昨日、猪突猛進女史なんて記事を書いた。書いた理由は、暇だからだ、何故、暇かというと、先日、壊れたHDDのPCのリカバリーを実施していたからだ。
PCがコケたので、まず最初にやったのは、中のホコリをぶっ飛ばすことだ。そのためにコンプレッサを仕掛けたと言ってもいいかも。パソコン内部のホコリをぶっ飛ばすなんてのは故障しないかぎりやらないからな。
原因がHHD(ハードディスク・ドライブ)にあるのはすぐわかったので、PC購入時付属のリカバリーDVDで新たなHDに購入時のシステムを構築すればいい。データは、もはや読めない(読むためにプロに依頼したらパソコンの価格どころでなくなっちゃう)から、あきらめだ。バックアップをみたら今年の1月以降バックアップされていない。なんてこった。だから、昨年度末と今年度初頭のデータがない。といっても、多分、事務関係の書類で、予算についてが主だから問題無いだろ。年度末の予算の最終決済は終わったので、手元にファイルがなくても問題ないだろうし、今年度の予算の執行は5月にならないとできないという大学なもんで、まだ執行していない(と思う)からだ。
ほかの、仕事はMacでやっているからいいでしょ。と、新しいPCを手に入れたからのんびりやっていたわけだ。HDDが壊れたPCをそのまま捨てるのはちと、もったいないから、余った700GBくらいのHDDがあったので構築しようとしたのが、昨日だ。
PCの箱内を圧縮空気でフラッシュして、ビデオカードやメモリーを抜き差しした(この辺のコネクションが問題になることがあるので)のが、最初の失敗で、再起動したらピーピーとうるさい。
メモリーカードを認識してくれないのだ。しっかり差し替えて解消。
モニターになにもでてこない。これもビデオカードを刺し直して解消。
どんなPCでも箱の中に手を突っ込んで作業するのは、部品が一杯あってやりにくいのだ。外側と違って箱の中の金属板などはエッジが作成時そのままなので、滑って手が当たると痛い。
ま、ここまではそれほど問題でなかったのだが、リカバリーDVDを読んでくれない。正常に動作しているPCでDVDが読めないとすると、その原因はだいたいすぐ分かるのだが、システムのないPCでDVDを読めないとなると理由はなかなかわからない。そももシステムがないんだからドライブが悪いかどうかわからない。
試行錯誤してどう考えても光学ドライブがまずいのでは?というわけで、古いPCを見つけ、その光学ドライブで試したら、読めた。だから光学ドライブがおかしいのだ。ほとんど使ってなかったからね。
で何回か起動・再起動をいわれるがままに実施して、HDを作り起動できることになった。
まだ問題があって、このHDDを起動ディスクとして認識してくれないのだ。起動のたびにF2を押して強引に進めていかないと立ち上がらないのだ。インテルのアプリがあって、ディスクを起動ディスクと認識してくれるようにすることができそうなのに、設定しても、シャットダウンするたびに、元に戻っちゃうのだ。
猪突猛進女史
「小保方晴子さんへの不正な報道を追及する有志の会」というブログを主宰されている木星こと上田眞実氏は自称ジャーナリストなんだけど、情報というかデータをまともに読めないで、なんでジャーナリストなんだろ。
2016年06月08日 「STAP細胞をヒト由来試料を使って研究する」事を承認した理研の会議記録 という記事では、若山氏とお嬢様の名前で倫理審査委員会に申請された公開書類を見つけて鬼の首をとってきたように騒いでいる。
研究倫理委員会が開催されたのは2012年4月27日(金)でこれは2014 年 6 月 10 日 CDB 自己点検の検証についての報告書(3p)にもある通りである。したがってヒトの細胞を使うことを企画していたのは周知のことなのに、何をいまさらというわけだ。
ヒトの細胞を使うという申請でこれがSTAPと結び付くかどうかは倫理委員会の議事録にないが、お嬢様が理研のGD(グループディレクター)や竹市センター長の前でプレゼンしたということだから、申請の研究目的はヒトの細胞を使ったSTAP現象を証明することにあったんだろう。議事録は、申請書の不備とか疑問点の質疑だけが記録されているわけで、申請書の中身が妥当なら計画の詳細は議事録に残らない。また、研究計画の申請だから、申請書にあることを全て実施したかどうかも、これだけではわからない。このあとヒトの細胞の培養のための薬品等を購入したようだが、この申請時期はまだまだマウスのSTAP現象についての実験が主で、ヒトの細胞を実際に使うところまで至らなかったと想像できる。その後だって大騒ぎになったんだからヒトの細胞を使った実験なんかできなかっただろう。「若山さんとオボちゃんがヒト血液細胞で幹細胞研究していた事の議事録も発見された。」なんて大嘘を平気でツイートしている。

ヒトの細胞培養のための準備をしただけで、ヘルシンキ宣言違反だとか言ってもしょうがないだろ。どこがスクープなんだかわからん。先も見えずにただひたすら猪突猛進はこの女史のお得意とするところだな。
ああ言えばこう言う
もはや小保方氏のSTAP細胞は否定されて・証明されず終わったと思うのだが、ご本人は依然として婦人公論に出たりして人気者なのだ。
詫摩雅子氏が、特許申請書類の図がインチキだ(元図ですらインチキの可能性があるけど)と見つけ出したのに、擁護の方の反論は

改ざんする意味がないから、なんかのエラーだというわけだ。あの有名なワトソン氏は都合が悪いと「揚げ足取り」ということにしちゃうのだ。擁護者の弁はああ言えばこう言うになって、議論にならない。ま議論する方が無理なのだ。そう言えば昔、「ああ言えば上祐」というのもあったね。とあるブログでは、このSTAP物語をドラマするというわけで、キャストを決めたりしている。擁護グループはサイエンスには関係なく、STAPを種に遊びたいのだ。他にすることがないからな。
リクエストに答えて
週末何食べたい? スペイン風のなんか。 というわけで、アリオリソースのサラダを。

サラダはいいにしても、他には?ということでスペイン風としてタコの唐揚げと、アヒージョを。


アリオリソースのサラダのレシピ:
アリオリて、にんにく入りマヨネーズなんで、すりおろしたにんにくに卵黄とレモン汁とオリーブ油を混ぜればいいのだ。スライスして塩を振って放置した柔らかくなったきゅうりを
水洗いして、巻いて、玉ねぎみじん切りを入れ、シーチキンを入れ入れ、アリオリソースをいれ、プチトマトをさいの目に切ってのせ、ミントを載せます。
たこ:ぶつ切りタコに片栗粉とカレー粉を混ぜてまぶして、揚げるだけ。なんかの葉っぱとレモンを添える。
アヒージョ:スライスしたにんにくと輪切り唐辛子をたっぷりのオリーブ油で炒めて香りがでてきたら、殻と背わたを覗いたエビを入れ揚げる。みじん切りパセリを散らす。油にエビの味がでているので、パゲットを添えて浸して召し上がっていただく。
メールサーバの変更
教職員数合計500名程度の小さな大学のメールサービスは大学職員だけでは維持管理できないから外注になる。立ち上げ時に KDDIと契約したらしい。KDDIは、収益の上がらない大学のサーバなんてやってられないからサービスは最悪だ。Yahoo とかGoole に負けちゃう。そのYahooも大学相手のメールサービスはやめちゃう。というわけで、教職員のメールサービスがKDDIからGoogleにこの6月に変更になる。
ユーザが500名程度というと、管理者が管理していた・しているこっちの大学の学部のサービスのユーザより少ない。こっちのサービスも、始めは管理人を含めた教員が実施していたわけだが6年ほど前に、大学中央の情報部門に首を突っ込んでいるベンチャー会社に外注した。もはや大学教員が行うサービスじゃないからね。もっとも大学教員が実施していた・いるサービスだからユーザのわがままに対応した、ユーザからみると嬉しいシステムなのだ。ほかのメールサービスが一通2MB,サーバ容量が最大100MBなんていう時代の時から、両方とも無制限だもんね。だからデカイ写真を何枚も添付するのが自由で、しばしばよそのネットに届かないとクレームがきてたからな。現在の大学の全学生全教職員へのサービスは同じような制限が依然としてあるから、医学部出身の学長なんか使っていられないわけで、学長は医学部独自のサービスを使っている。
あっちの大学でもKDDIのサーバじゃもはや立ちいかなくなり、変更したのだ。学内での議論なんかなかったよ。トップダウンだな。こっちの大学の医学部ではGoogleに投げようという案は何回もでたけど、大学の・医学部のプライドとかがあって、今ので不自由でないのだから(実は維持管理が大変なんだけどユーザからは見えない)なんでGoogleを使うんだよ?Googleはメール読んでいるぞ、そんなとこに依頼できない といわけでGoogleに移行することはない。
あっちの大学は、メール読まれているなんてことは無頓着なんでしょうね。セキュリティが甘いんだよね(実は…..というやばい話があるんだけど、ここには書けない)。
長過ぎるIntroductionだったけど、このメールシステムの変更はユーザにとって大変な作業だ。
1)Gmailを利用するにあたって、これまでのメールのパスワードとは異なった、新たに作成された初期パスワードを大学のページから取得する必要がある。この初期パスワードを使ってGmail にログインし(アカウントは既にできている)、新たなパスワードを設定する必要がある。
2)他のパソコン・スマホ等でのWebメール=Gmail を設定するにあたり、スマホのメッセージ・ショートメールを使ってGoogle側から送られる6桁の数字を受け取り、これを入力する必要がある(一回きりの確認コードだ)。異なったパソコンやスマホでWebメールを利用する場合、全て個別に新たにこの確認コードをGoogleに申請・取得する必要がある。確認コードは使い回しできない。
3)メーラー(WinのLiveとかMacのMail、Thunderbirdなどね)を使う場合は、また別の12桁の文字列(アプリパスワード)をGoogleに申請し、取得し、設定しないといけない。これも1回だけのパスワードで本来使うパスワードとは別物である。そのPCの、そのメーラーを承認するためだけに使うのだ。使い回しできない。
4)これまでのKDDIのサーバに届いたメールを新しいGmailのアカウントにコピペする必要がある。どうせもう二度と見ないメールなんだから、捨てちゃえばいいんだけどね。幸いなことにKDDIのサーバに保存できるメールの容量の制限があって、ときどき警告がきて、古いのは削除しているはずだから、そのコピペの量は少ないに違いない。最大容量は100MBじゃなかったかな?管理人の場合は、削除したから、コピペの結果、この1月以降のメールしかサーバになかった。こっちの医学の場合だったら数GBあるはずだからやばいことになったな。
つまりパスワードのような文字列・数字列が4種類あるのだ。
初期パスワード、パスワード、6桁数字の確認コード、12文字のメーラ・アプリ・パスワード の4つである。こりゃ、皆さん、移行できないですね。ダウンロードできる移行マニュアルは20ページを超える。読んでられないでしょ。全てのメーラーに対応したマニュアルじゃないしね。IMAP、POP、SMTP、ポート番号、認証方式、暗号化なんて聞いたこともない人ばかりだもんね。
メールの受信設定をともかく6月中に設定しないとメール読めなくなっちゃうからね。大変だな。大学中央の情報関係の部署の人(普通は離れたキャンパスにいる)が個別に設定の援助に来る。一人30分だそうで、こっちのキャンパスにいる全ての希望する教員に個別に対応することになっている。管理人は、学科の対応者に選ばれたわけだけど、個々の教員の設定なんかやりたくない、仕事は、単にこの援助する人・される人の間の1回だけのスケジュール調整だけですね。あとは個別に連絡して頂戴ですね。でも、相談と称して設定の手伝いをすることになるかもね。断れないんだよね。人がいいから。
[ 追記 ] 2016.6.4
どうやら、あっちのキャンパスでは各学科の助手クラスの若い人が、該当学科の教員の面倒を見ることになっているらしい。こっちのキャンパスでは何故か学科に担当者を指定しろという命があって、管理人の学科では管理人が指名されたのだ。で管理人は助手ではないので、各教員に対応してもらうわけには行かないということらしい。
牛タン赤ワイン煮
お嬢さんの博士論文のテラトーマ
アノ姐さんからコメントをいただいて、どう思う?と聞かれたので…コメント欄に返そうと思ったのですが、長くなっちゃったので。
おかしなところがあったらコメントくださいな。
テラトーマですが、11jigenさんのページ(http://stapcells.blogspot.jp/)にある博士論文のテラトーマの図(Fig.14)の legend は「Figure 14 Teratoma like mass from bone marow spheres …」となっていますので、「あの日」の55ページの「組織工学の技術をつかってテラトーマに似た組織を作ることができた」と記述は一致しています。博士論文本文にテラトーマができたという記述があるかどうかはわかりません(後述のように本文に記載がないのかもしれません)。早稲田大学の博士論文の調査(下記)ではテラトーマと記載されていてテラトーマ様組織(細胞塊)とテラトーマの区別はできていません。
この博論の図14をNature Article 論文 Nature 505, 641–647, 2014)のFig.2eの免疫染色の下段3枚に流用したわけで、Nature のこの図の legend では「Teratoma formation assay of day 7 clusters of Oct4-GFP+ cells.」とあり、こちらは骨髄と脾臓という由来の違いの他にも「like 様」がないという大嘘つきだったわけです。
さて、「あの日」によると、Vacanti 研究室では「テラトーマに似た組織」しかできず、PNASに投稿した論文はrejectされたわけですね。キメラを作れと言われ、2010年7月に当時理研の若山氏とキメラの相談のため面会したわけです。この日から同年12月の博士論文を作成するまでの間、さらにキメラができる2011年11月(CDB 自己点検の検証について http://www3.riken.jp/stap/j/c13document14.pdf)までテラトーマの実験を行ったとの記述はどこにもないようです。この間はキメラ作成に集中していたと思われます。博士論文の提出は2011年2月です。
次にテラトーマについて話題になっているのは、STAP細胞を使った実験で、博士号取得後の理研で行ったものですね。2011年12月27日に移植、2012年1月24日に取り出した実験です。例の実験ノートの漫画のやつです。そして2012年2月末ころ免疫染色をおこなった(画像Bの?)そして6月に写真撮影した(画像B)というのがあります。
理研調査委員会がテラトーマはES細胞だったと判定したのは、この2011年12月以降に、理研で作成した標本ですね。
「あの日」の62ページには、若山氏に面会に行く前の大和氏の発言として「こちらにはES細胞とかそういう研究分野の専門家はいないし、みたこともない…」とあるので、早稲田、東京女子医科大学、Vacanti研究室にはES細胞はなかったことになります。つまり博論のテラトーマ(様細胞塊)はES細胞ではないことになります。[ 追記 2016.5.30 ]下記コメントにありますようにES細胞だった可能性があります。TE論文に本当にES細胞を使ったとしたら大和氏の発言がデタラメか、お嬢さんが大和氏の発言を創作したことになります。
早稲田大学の調査書(大学院先進理工学研究科における博士学位論文に関する調査委員会 平成 26 年 7 月 17 日 http://www.waseda.jp/jp/news14/data/140717_committee_report.pdf)でのテラトーマについては、22ページに
本件博士論文本文には、この画像に対応する記載は存在せず、また問題箇所⑪に記載された説明文によっても、さらにその他の本件博士論文に記載された本文、図等によってさえも、問題箇所⑪(Fig. 14 の上段の 3 枚の写真)の意味を理解することができない。よって、意味不明な記載といえる。
のほかには提出論文とスライド発表の図との差異等についての記載はあるものの、テラトーマ実験がどのようになされたかの議論はないですね。実験ノートはVacanti研究室にあるので提出できないという主張がなされたわけで、どのような実験でこの図が得られたのかを裏付けるものは示されていなようです。
さて、以上のことを考えると、博士論文のテラトーマ(様細胞塊)はなんだったんでしょ?
(1)スフェア細胞を移植した結果だ。
(2)培養筋細胞の写真とかをどっかのページからコピペしてきたのと同様に盗作だ。
(3)「あの日」によると、培養皿では、一つの培養皿に混在しているわけではないが、培養皿によって3つの胚葉のどれか由来の細胞に分化した(?すでに各組織の幹細胞に分化した細胞が混在して増殖したのかも)ようなので、この培養細胞の免疫染色の図を流用した。凍結切片の免疫染色だと組織構造がはっきりしないからね。HE染色は、違う部分をパラフィン切片でつくるから組織の形態が違ってもわからないし。
(1)だったらいいんですけどね。なんせ、信用されてないし、これを裏付けるデータは、ハーバードが公開しないからとかいって示してないからね。
若山氏にキメラをお願いするときに、印刷した博士論文を提示したわけではないでしょ。なんせ大学に提出する2部しか製本しないで、自分自身も持っていないという状況ですからね。若山氏への説明はお得意のパワポのプレゼンだったんでしょうね。どうやらパワポの使い方は素晴らしいようですから。
テラトーマができたと言われたら、やってもいいかなと思うでしょうね。
お嬢さんの頭のなかで「テラトーマ様(つまりテラトーマとは判定できない物)」がだんだん「テラトーマ」になったのでは?
テラトーマができるのは真実なので、この真実に合うデータがあるべきで、だからデータがあったのでは?
Light Box 系のプラグインが動かない
ブログ記事の写真をクリックすると拡大して表示することができるプラグインがある。いわゆるLight Box 系のやつでこれはjqueryというjavaとコンフリクトするらしい。jqueryを$に置き換えて動作するのだが、ほかの、例えばテーマとかプラグインも同じ$を変数として使うからのようだ。
chrome-extension://fmcdfigcdfkdghdklblbbpacikcchbbh/jquery-2.1.0.min.js:2 Uncaught TypeError: Cannot read property ‘slice’ of null
と、すべてのプラグインを止めても、このブログを表示するとエラーになる。エラーにqueryという言葉があるのだからこいつのせいなんだろ。まだ良くわかっていない。
というわけで、テーマをかえちゃったりしているのです。すみません。
Webページ作成.app(サムネイル付きの写真をアップする)
スポーツフェスティバルとかがあって(管理者は参加しなかったけど)そのとき撮影したスナップ写真を学生に配布したいがどうしたらいい?と相談があった。いまどきのコンパクトカメラは解像度がよくてファイルが大きい。それが何枚もあると、配布するのが大変だ。
専用サイトがあるのはわかっているけど、学生に実習資料とかを配布するサイトがあるので、ここにアップして学生が勝手に落とせばいいということになった。
しかし、写真なので、サムネイルで表示し、選択してフルサイズの絵がでてくる・ダウンロードできるとするのがのぞましい。数十枚あるとこれをつくるのは結構たいへんだ。どっかにフリーのソフトがあるに違いない、というわけで探したら、なんとMacでは最初からWeb掲載用のページができるソフトがあった。

アプリケーションにあるのではなく、/システム/ライブラリ/Image Capture/Automatic Tasks/Webページ作成.app というのが隠されていたのだ。
このアプリに、画像が詰まったフォルダをドラッグ&ドロップすると出来あがる。フォルダの名前が日本語になっていたりして、アップロードしたときにふさわしいフォルダ名にならない。フォルダ名(directory名)をアルファベット名に変更して、最初のページ(index.htmlができる)のdirectory名を置換すれば一発でできる。
サムネールの絵が並んだページ(index.html)と、フルサイズの写真が掲載されるページが自動的にできるから、これらをアップロードしたらおしまい。凝ったサイトをつくるわけではないので便利だ。
1年生の実習レポート
1年生に生理学実習のレポートを書かせるようになったわけだ。最初は統計計算の演習のようなものだったのだが、いよいよ、機器を使って測定し、レポートを書かせるような実習になってきた。
なにせ、高校時代はレポートを書いたことがないわけで、目的ー方法ー結果ー考察ー引用文献とセットになったレポートをいきなり書くのは無理である。最初のうちは、表とかグラフには単位があること、軸の説明があること、表、グラフにはタイトルがあることなどができていればいいことになる。1年かかって、考察までものにできればいいという方針なのだ。
しかし、中年Hに任せているコースでは、中年Hはそれでは満足できず、例えば引用文献(文献といっても教科書だが)がないと30点減点するとか学生に宣言するのだ。
学生は、びびっちゃって、先生の言うとおりのフォーマットでないといけないわけで、戦々恐々なのだ。結果とか考察が十分まだ書けないのに文献引用がなくて30点も減点されちゃうと、最終的に20点とかの評価になっちゃう。一生懸命努力した結果が20点だったら学生はやる気をなくす。0点の時もある。
だから、最終成績が60点を超えない学生がごろごろ出てきちゃうわけで、それでは、まずいので最終的に下駄をはかせることになる。そんな方法はやめろというのだが、変わらない。
こっちは、最初のうちは、いくつか不備があって、指摘はするけど、そんなに減点にはしない。満点になるようなレポートを見つけてこれを基準に点数をつけるのだ。だから、毎回満点のレポートが数通できるが、本当の意味での満点ではない。年度最後になって本当の満点レポートがでてくるようになればいいのだ。
考察に、気の利いたことが書いてあったら、かりに誤りであっても、考えて書いてあったら、加点するのだ。100点を超えちゃってもいい。通年で平均したら100点を超えることはないからな。ほめてあげないとね。
