前回の記事はImageJ のインストール方法とかが主だったけど、実際に使ってみる。有名な、筆頭著者のNature の Article のfig.1i の電気泳動の図だけど、一発で切り貼りを提示できる。

pdfでダウンロードしたファイルから図の部分をPhotoshopで読みpng として保存する。このpng ファイルをImageJ で開き image → Type → 8bit でモノクロに変換する。さらに、image → Adjust → Threshold で適当に調節すると

レーン3の切り貼りが一目瞭然だ。こっちのほうがPhotoshopdで明るさやコントラストを変えるより、簡単ではっきりする。管理人の研究分野では電位泳動の図のある論文査読なんてまずないから使わないだろうけどね。
しかし、査読でこんなの見つけたらがっかりしちゃうから調べたくないよね。
ImageJ Mac Extended Attributes
NIH が提供している画像解析ソフトがImageJである。Macintosh版、Windows版があるがMac の場合Gatekeeperとかが働いてダウンロード・解凍してApplications に入れて起動しようとしてもできない。
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ダウンロードしたファイル ij150-osx-java8.zip を見ると;
-rw-r–r–@ 1hoge staff 69968907 5 18 10:41 ij150-osx-java8.zip
となっていていて@がついている。この@はExtended AttributesとというものでMacだけで有効な検索用情報がかきこまれているらしい。これがあると単純にappダブルクリックしても起動しない。Gatekeeper とやらとは違うものだ。
このように圧縮ファイルだったら、解凍する前に @ を取り除くのがいいらしい。ターミナルでxattr -d でEAを除去する ればいい。xattr のオプションなどはここにある。
そのファイルのあるdirectory でsu で
sh-3.2# xattr -c -r ij150-osx-java8.zip
とすればいい。その後解凍したフォルダ内の @ の付いたファイルすべての @ が取り除かれる。
でこのアプリImage Jは、NIH Image と同じ画像解析の定番ソフトでMac版、Win版がある。昔はNIH Imageを使っていたな。最近は画像解析なぞやらないから現状はよくわからない。NIH Image の方は杏林大学の血液の研究室で解説ページがあるようだがOSXでは使えないようだからImage Jを使うしかない。ImageJ の解説はここにもある。
モル濃度
高等学校の理科は生物基礎と生物あるいは化学基礎と化学のように2本立てで、基礎とつくのが必須、つかないのがさらに進んだ内容で選択というのが普通だ。だから化学基礎はすべての新入生は履修してきたわけだ。
文科省の高等学校学習指導要領解説の56pによると化学基礎については;
(ア) 物質量について
中学校では,第1分野「(2)イ(ア) 物質の溶解」で,質量パーセント濃度について学習している。
略
物質量とその単位である「モル」を導入し,原子量,分子量,式量との関係やモル質量との関係
を扱う。また,気体については体積と物質量との関係,溶液については溶液の体積と溶質の物質量
との関係を表すモル濃度も扱う。
とあるわけで、モル濃度の概念はわかっているはず。
しかし、AO入試で早稲田大学に入った優秀な筆頭著者ですら、大学院を卒業しても、モル濃度の溶液が調整できない・現実に作成できない(110.57mg の ATPを 1ml の水に溶かして200mMとするなんて書いている)ことからもわかるように、早稲田には及ばない中小私立大学の学生さんには、”はず”があてはまらないのだ。
浸透圧実習を行ったのだが、大名実習で蔗糖の0.5 モル、1モル溶液を教員側が準備したので、学生さんにはモル濃度の調整の設問をレポートの課題として与えたのだ。毎年のことなんだけどね。
0.2 Mの蔗糖液を100 ml を作る方法を説明しなさい。蔗糖の分子量は342.3 である。
という設問である。モル濃度の溶液の調整方法は年度当初に、「単位の話」という小冊子で、なぜ医学では圧力をパスカルで表示しないのか等を含めた読み物を提供してある。学生同士が相談してもいい。ネットや教科書で調べてもいいという状況である。
ほとんどの学生さん(95名)が 342.3[g] X 0.2[モル] X 0.1[100/1000 ml] = 6.846 g の計算はできている。全員が計算できたかどうかはわからない。多分、友人の結果のコピペが何人もいるだろう。しかし、問題は、この6.846 g の蔗糖をどうやって溶かすかである。

正解は100 ml弱の水にまず溶かしてから水を加え、100 ml にするであるが、予想通り水100 ml に溶かすが最も多い答えになった。毎年のことだ。
93.154 ml あるいは93.154 g の水に溶かすというのは中学で習った重量%濃度が尾を引いているんだろうな。
こういう記述問題を出すと、必ず意味不明な文や、記載が不十分な回答が出て来る。単に「6.846 gを溶かせばいい」とかである。
昨年度は正解者が17%だったので、今年のほうがはるかに良い。良いといってもこの程度だけどね。
最終的に100 ml に調整するわけだが、ビーカーを使ってというのが多く、メスフラスコでという答えは一人だけだった。高校では実際にモル濃度の液体を作らせていないんだろうな。
なぜこのような面倒な操作をするかの解説を行った上で、再度期末試験に出すわけだ。計算ができない学生がいるから、正解者は半分いるかいないか程度になるだろう。
ま、こんなもんでしょうね。教えがいがないというのか、1/4だったのが半分ができるようになったのはすばらしいというのか、よくわからん。
しまった、女子会の…
実は、先週の週末は女子会だったのだ。その記録を掲載しそこなった。
メニューは、前菜に 烏賊塩辛納豆、蛸とレモンのマリネ、オクラとミニトマトのミニサラダ、うどと牛肉の炙りカルパッチョ でした。んで、季節ですから カツオのたたき があって、肉料理はラムのソテーで、 パエリア、お土産のショートケーキ、コーヒー でした。某女史が何故か「私は日本酒が合うのよ、日本酒、日本酒」とわめくもんで、越前の梵艶という大吟醸をチンチンに冷やしたのと、白ワインを用意させていただきました。
管理人は、度重なる強要された女子会なので、当初とは異なり緊張感が薄れたのでしょうね、撮影した図は、ピンぼけ(Auto focusのくせに何故か)、手ブレで、料理はいつものように美しいのですが写真がないというお粗末なことになりました、唯一、まともな写真のパエリアだけを。

あさり、するめいか、金目鯛、なんとかえび、一応サフランで黄色く色づけしてあります。お米はリゾット風になってしまいました。おこげも美味しいのですがね。
で、今晩は、久々に、サンデー・ファーマー(もはや偉くなっていることもあり、畑やっていけるのかよ?と思うのですが)からスナップえんどうが届いたので、お酒の一品としてベーコンと炒めました。

ベーコン(スーパーで売っているのはインチキなので本格的なやつ=塩がきつい)をオリーブ油で炒め、おろしニンニクと輪切りの唐辛子を加え、筋を取り除いたスナップ・エンドウを炒め、胡椒と粉チーズを振ります。ベーコンに塩が付いているので塩を降ってはいけません。お酒のおつまみにどうぞ。
かもしれない ではね。
個人のブログなんだから何を書いても、どんな意見を表明してもいいけど、小説ではないのだったら、しっかり根拠がをもって、書いてほしい。約80の文で構成された記事のうちの約半分の文が「だろう」「かもしれない」で終わるようなブログを書いてなにが言いたいんだろ?
学とみ子のブログの「須田氏はこの時点で、GRASに残っている検体の遺伝子解析をすれば、ESねつ造説が確定すると考えている。」は、引用部分を除くと78の文から構成されている(数え方によって違うかもしれないけど)のだが、その文の最後の語句を集め、断定している文とそうではない(非断定)文とを分けてみると:
| 断定文 | 非断定 | ||
| 数 | 数 | ||
| である。 | 6 | かもしれない。 | 13 |
| がある。 | 4 | ようだ。 | 6 |
| しまった。 | 2 | ようだった。 | 2 |
| だけだ。 | 2 | であろう。 | 6 |
| 考えてみたい。 | 2 | 感じだ。 | 2 |
| しまっている。 | 2 | と思う。 | 2 |
| かいてある。 | 2 | 1回だけ使われている語句 | 6 |
| 書いている。 | 2 | ||
| わからない。 | 2 | ||
| しない。 | 2 | ||
| 1回だけ使われている語句 | 13 | ||
| 計 | 39 | 37 | |
| 1回だけ使われている語句とは ていた。戻す。 信じていた。 しない。 他 |
1回だけ使われている語句とは ありそうだ。だろう。 想像できる。 様子だ。見える。 思われる。 |
||
となるのだ。他所様のブログを解析してなんになる?といわれたらそれまでだけど、約半分が「かもしれない」「ようだ」で終わる文から成る記事は、その自らの想像・推定を根拠として論理を組み立てているのだから、記事全体が妄想と言われてももしょうがないでしょうね。論文の考察がこんなんだったらボロクソに言われるのは間違いのないところです。学とみ子のブログは小説とは思えませんからね。
ちなみに論文・レポートらしい表現という記事では「かもしれません」は論文・レポートでは”使いにくい表現”の例になっています。この記事は台湾在住の日本人が日本語nativeではない人のために日本語論文を書くために作成した指導要領(正しいかどうかわからない)のようで、妥当なことが書かれています。”使いにくい表現”とありますように使ってはいけないわけではありません。
月も金星も動いているのは間違いない。だから、明日、月が金星に衝突するかもしれず、その結果、月が地球に落ちてくるかもしれない。だからシェルターを購入しよう。なんて書いていたらアホかと言われ無視されるのが落ちでしょ。
ちなみに一研究者さんの記事を同じように解析してみたら、断定文が34,非断定文が14でした。意見を表明する場合、この位の比率が普通かどうかはわかりません。また、一研究者さんの記事が対照としてふさわしいかどうかは別の問題で、科学者と思われる方の書いた記事の1例としてあげただけです。内容の妥当性とは関係ありません。
マニュアルを読めないかも
今時の若者はマニュアル人間だなんてことをよく聞く。マニュアル通りにはできるが応用が効かないとかいう意味で年長者がけなすわけだ。これが正しいかどうかはわからない。
管理人の担当している実習では実習書というマニュアルを、当然のことながら、用意してある。

なんとこの実習書は180ページを超えているのだ。こんなに分厚い実習書は多分どこにもないだろう。簡単な説明では学生さんは実施できないので、step-by-step で説明することになり、長くなってしまったのだ。180ページ余りを綴じて冊子にして学生さんに渡しているわけではない。学生さんは実習前に読んで臨むなんてことがないし、予め渡すと、実習当日持参してこないのだ。だから毎回該当する数ページ〜十数ページ分を実習当日配布するわけだ。勿論、予め知りたいという学生さんは、ネットにpdf がアップロードされているからこれを読めばいい。そんな学生さんはめったにいないけれど。
予め読んでいるわけがないから、実習の開始時に読ませ、その後、口頭で目的、手順等を解説するわけだ。読んで、わかるとは思えないからな。口頭では大まかに説明し、実習書にはstep毎に記載してあるからその通りやってよねというわけだ。
毎年、最初の3回はレポートの書き方と統計処理・検定の方法なので、連休が明けて、本格的な実験がようやく始まったのだ。
今年の学生には、マニュアルを読めないのがかなりいるようなのだ。読ませているときの学生の態度から判断できる。
一応、読む学生は、マーカーなどで、重要と思われる部分をマークする。理解しているかどうかは別として、文章のパターンで、ここが要らしいと判断するわけだ。ところがこのような動作をする学生が例年と比べ少ない。すぐに顔をあげて、キョロキョロ始めたり、実習器具をいじったりし始めるのだ。明らかに実習書を読んでいないというか読めないのだ。長いからな。かなり絵、写真があって文章だけではない実習書なのにだ。
マニュアル人間どころか、その手前なのだ。弱ったな….
マンガにするわけにいかないしな…
Mac Mini Mid 2010 の RAM 増設
Mac mini (Mid 2010)を手に入れた。

もう7年前の製品だから化石に近いが、Sierra がインストールできた。しかし、如何せんRAMが4GBなので、遅く使えない。増設すればいい。
ネットで見ると、16GBまで増やすことができている。しかし、規格の1066MHz RAM(スロットが2ケだから8GB x 2)はべらぼうに高い。1333MHz のほうが安い。
で、考えた。ダメもとで 1333MHz の8GB を2枚 1066MHzの4GB を2枚 でテストするのだ。1333MHz の8GB 2枚で動動いた/動かない例があるようで。
8GBは
Transcend ノートPC用メモリ PC3-10600 DDR3 1333 8GB 1.5V 204pin SO-DIMM (無期限保証) TS1GSK64V3H DDR3-1333(PC3-10600)
中古で2枚で¥ 11,940
4GB は
Transcend ノートPC用メモリ PC3-8500 DDR3 1066 4GB 1.5V 204pin SO-DIMM (無期限保証) TS512MSK64V1N
DDR3-1066(PC3-8500) 2枚で¥ 8,580
| 4GB | 2GBx2 | オリジナル、問題なし |
| 8GB | 8GBx1 | 問題なし |
| 8GB | 4GBx2 | 問題なし |
| 10GB | 8GB+2GB | 起動時システムエラーが出るがなんとか動く |
| 12GB | 8GB+4GB | 問題なし |
| 16GB | 8GBx2 | ビープ音がでて起動しない。 |
という結果なので4 GB+8 GB=12 GB で動かすのだ。

クロックは 1067 MHzで動いている。2枚とも1333 MHzだと1333 MHz で動こうとしてだめになるのかも。1枚が1067 MHz だとこれに合わせるから1333 MHz RAMが1067 MHzで動いちゃうのかもね。だから1333 MHz RAMが使えるのかも。いや1333 MHz RAMが1枚のときは問題ない。わからないな、この辺は。クロックは揃えないと行けないというのが常識だけど、使えるからいいや。
2万円使ってしまった。4GBと8GBが1枚ずつの1万円分と、2GBが2枚余っちゃった。でも使い道はあるのだ。心配するな(<- 誰が心配するかよ)。
16GB乗っけている別MacでWord, Photoshop, Illustrator, Thunderbird, Chrome, mi, Excel を起動して、あとはバックグラウンドで動いているいくつかのapplication があってActivity Monitor でメモリの使用状況をみたら
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というわけで12 GBあれば、問題ないでしょ。
RAM が4 GB だと、Safari, 写真、プレビュー位だけを起動すると
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と3 GBも使っちゃうわけで、これでは遅くて仕事にならない。
わからないのは、Sierra インストールSDカードを作ったのだが、これで初めからクリーン・インストールすると、ファイルが壊れていてインストールできないと言ってくる。本来の10.6.8 のDVDでインストールしてから、同じSDカードでSierra を上書きインストールするのは問題がないのだ。
現行のMac Mini の一番安いやつにRAM 16 GB 積むとキーボードとかマウスを加えて10万円位かかるから、この中古で3年持使えればコストパフォーマンスはいいでしょ。
[ 追記 ] 2017.5.22
別のMac Mini Mid2010 で同じことを試行した。
1)新規にフォーマットしたHDDにインストーラのあるSDカードからSierra はインストーラが壊れているからと言われてインストールできない。メモリが2 GBだろうと12 GBだろうと関係ない。
2)OS10.6.4 インストールされているHDDにSDカードからSierraの上書きインストールは、メモリが2 GB だと可能だが、12 GBに増やしておくと、インストーラが壊れているからと言われてできない。したがって、2 GBでSierra にアップグレードしてからメモリを12 GB に増やすのがいい。
こんな医者もいた
学とみ子というわけのわからない意見をブログで表明しているのは医者らしいのだが、まだ他にもいる。勿論、内海なんかが超有名だけど、また別口を知った。黒部信一という慶應義塾大学医学部卒の小児科医だ。
黒部信一のブログの日本脳炎ワクチンを廃止しようという記事によると;
その(獲得免疫の)仕組みは、利根川博士によって解明されました。一つの遺伝子が断片となって存在し、それらを合成して抗体を作ります。そして胎児発生の過程で胎児の細胞からリンパ球ができる際に遺伝子の配列に再構成が起こり、抗体遺伝子の構造が変化するというのです。一度獲得された免疫の記憶は、遺伝子によって一生残ります。これが次の世代に受け継がれると、私は推論します。それ故、世代を経るごとに感染しても発病率や後遺症率、致命率が低くなり、軽症化します。これが私のとる病原環境説または適応説です。
だそうな。
あのさ、T細胞の遺伝子再構成が子供に伝わるわけがないでしょ。生殖細胞は発生の初期から体細胞とは独立するので、獲得形質は遺伝しないというのは医学・生物学の常識だろうが。もし、T細胞の再構成された遺伝子が子供に伝わったら、その子供は1種類の抗体しか作れない・免疫不全になるだろうが。あんた、本当に医学部出たの?
すべてのワクチン接種を否定しているわけではないようだけれど;
最近登場したヒブワクチン、肺炎球菌ワクチンは前に述べたように、常在菌ですから、叱らずのびのびと子どもを育てると、かかりません。
はないでしょ。内海の「自閉症など障害児は親の不摂生が原因だ」とどっこいどっこいの考えですな。
乳幼児のビフ感染症とか肺炎の責任は親の育て方かよ。「私は子供をのびのびそだてているからビフワクチン接種をしません」なんて親がいて子供が髄膜炎になったら、あんたのせいだよ。困るよね、医師のくせに独りよがりの考えをおしつけちゃ。
天然痘は地球上から絶滅したからワクチンを打つ必要がないことになった。しかし日本脳炎は絶滅したわけではない。東南アジアから持ち込まれるから、接種したほうがいい。麻疹だってワクチン打っていない人がかなりいるからパンデミックにはなってないけど結構拡散しているだろうが。40代以上はほとんどが麻疹に感染したけ経験があり(昔はすごかった。麻疹の子供がいると敢てその子供に自分の子供を接触させに行かせたのね、接触でほぼ完璧に感染するからね。)、抗体を持っているけど、麻疹の抗体産生が遺伝するのなら、その子供である若者は麻疹に感染しないだろ?上記のようなでたらめな考えの医者の言うことは聞きたくない。
同窓会
同窓会は当然ながら同じ年齢の者が集まる。もはや管理人は自他とも認めるジジイだから、同窓会に行くと話題になるのは….
「俺はステントまだ1本だけど、お前は3本?!! 負けた。」
「膝が痛いから同窓会は椅子の会場にしてくれ」
「お前、何回、ぎっくり腰やった?」
「なんだ、お前も高血圧の薬のんでいるんか、なに?俺はまだ5 mgだぜ。お前よりまだ少ないな。」
「へ?そんなに眼圧が高いのかよ、やばいじゃん。」
「予想より髪の毛多いじゃん。なにやってる?教えろよ。」
このブログも管理人が腰が痛いといったらコメントが増えた。皆さん、そこそこに年功を重ねたことがわかりますな。
で、本日は、片足で立ってパンツ履けるし、トイレの便座に座る・立つが不自由なくできるようになりましたし、床に落ちているものも拾えるようになりました。皆様の激励のおかげです。ありがとうございます。今晩も、風呂・酒・飯・寝る [ という筆頭著者日記状態 ] ですから明日はもう普通だと、確信しております。
Mac Dual Display 一方の電源が入っていないと
デスクトップのMac とWinを3台のディスプレイで使っている。中央のディスプレイはHDMI接続で切り替えスイッチを介して両方のパソコンを、左はWinのみ、右はMacのみというわけで、どちらかのパソコンを使うときには2台のディスプレイを使うということになる。
土日休日や研究日という実質的な休日に自宅から、他の職場からリモートでTeamViewerで操作するのが日常的なのだ。
いつからか、何故かMac にアクセスすると非常に遅くて仕事にならないことになった。同じネット環境にあるWinの方は問題ない。Macが仕事のメインマシンなので困っていた。原因がわからないのだ。少なくともネット環境のせいではなくMac特有なのだ。
昨日、気がついたのだ。上述のようにディスプレイを3台使っているわけで、帰宅するときパソコン本体の電源は落とさず(リモートで入るからね)ディスプレイの電源のみを電源スイッチで落としていたのだ。帰宅しかかって、3台のディスプレイの電源を落とした後、メールの用事があったのでディスプレイ1台のみの電源を入れて操作を試みたのだ。そしたら、マウスの動きが間欠的でカーソルが動いては止まるを繰り返すのだ。んが、なんだこれというわけで、もう1台のディスプレイの電源を入れたら問題なくなったのだ。
TeamViewerが使えない理由がわかったのだ。TeamViewerでアクセスすると、本体の電源は生きているので問題なく接続できる。しかし、2台のディスプレイの電源が落ちていて、そもそも1台だけだったらディスプレイの有無に関係なく動作するのだが、もう1台のディスプレイも落ちているともう1台のディスプレイにアクセスするのだが応答がないので、動作が間欠的になるーマウスが間欠的にしか動かないーからリモートでは遅くてなんともできないのだ。
ディスプレイの電源スイッチを落とすことをせず、スリープでディスプレイの機能を落とすことにすればいいのではないだろうか。というわけで、今週末はディスプレイの電源スイッチを操作して電源を落とすのではなく、スリープ設定でディスプレイを落とすことにする。
同じネットにあるWin からTeamViewer でMac にリモート・ログインできるわけで、この環境で、1台のモニターの電源を切る、スリープでモニターを落とすという条件でのテストで、1台のモニターの電源をスイッチで落とすとまずいがスリープだと大丈夫というわけなので多分いいのだろう。
Sierraに変えたからなのだろうかMacを変えたからなのだろうか…Winではディスプレイの一方の電源が入ってなくても動作そのものに影響はない。カーソルが電源の入ってないディスプレイの方にも動くだけだ。
[ 追記 ] 2017.5.7
リモートで接続し、動作もそこそこなのを確認しましgた。上記の推測は正しかったようです。Macでは2台のディスプレイを使っているとき、1台の電源を落としてはいけないようです。