さて、学とみ子は悪態のみからなる追記を書いたということで、学とみ子は当等の指摘に対抗できなくなったということが判明したわけですね。したがって、この話は学とみ子が訂正するまで生きているのですが、とりあえずこの辺で終わりということになるのでしょうかね
そこで、学とみ子が何故こんな誤訳に至ったのかの解析を試みてみましょ。すでにoTakeさんがコメントされているところと重なる部分があります。
学とみ子には英語の読解力がない、日本語に不自由、そして何よりも論理的な思考能力がないというのが定評になっているわけです。このことが今回の英文の誤った意訳、解説、説明、なんでもいいですけど、事件なわけです。今回のというのではなく、発生したのは５年前なんですが、その時から誤りを訂正することがない、誤りだと思っていないのが大きな問題であるわけです。
問題の丹羽氏総説にある英文は、学とみ子がつけた文字の色をそのままにして示すと、
Among the TFs of the TSC-specific network, the evolutionarily conserved functions of Sox2, Eomes and Cdx2 are found in neuroectoderm, mesoendoderm and definitive endoderm, respectively, but they cooperate together to define an evolutionarily new cell type, the trophoblast.
ということになります。
この英文の最初（ 2020/09/28 ）の学とみ子の解説は「TSに特異的な転写因子が、三胚葉分化に関係していくと書いてあります。紫字部分です。」でした。この記事は問題の英文の前の記述「In addition, the combined activity of multiple TFs on a super-enhancer to recruit the Mediator complex could make it relatively straightforward to achieve new synergistic functions among a novel combination of TFs. These events would enable a new combination of TFs in the network to be established, which in turn could lead to the specification of an evolutionarily novel cell type. 」を「それぞれの異なる転写因子が組合わさってヘテロダイマーとなることで、結合するDNA塩基数の選択性とaffinityが増し、確実にターゲット遺伝子発現に向けて働きます。」と解説した後の記述で、あっさりと書いてます。そもそもこの丹羽氏論文の紹介動機は「すでに丹羽総説の興味深い点について説明済みだが、以下の記載も、哺乳類が胎盤を獲得したことで、多彩な細胞種を獲得できたと書いてあるので、興味ある人は読んでほしい。」ということなんですが、この説明もデタラメです。丹羽氏は「哺乳類が胎盤を獲得したことで、多彩な細胞種を獲得できた」などと言っていません。こんなことを言うわけがないでしょう。
ヘテロダイマーという単語を使っているのも間違いです。ヘテロダイマーのダイマーとは日本語では二量体というように２つの分子の結合して１分子になったものです。同じ分子２個が結合したらホモダイマー、ちょと違う２分子が結合したのをヘテロダイマーというわけです。multiple TFsがsuper-enhancerに結合してthe Mediator complexとなるような場合はダイマーという言葉を使うのは間違いです。そもそも２個の分子の結合ではないのですからね。
こういうデタラメが書いてあるのですが、今回の問題は「TSに特異的な転写因子」としたことです。特異的な転写因子など丹羽氏は書いてないのです。
丹羽氏の文章には３つの既存の転写因子が協調して働くという説明なのですから、特異的な転写因子があるわけではないのです。さらにこの特異的転写因子が「三胚葉分化に関係していく」などとはこの英文から読み取れるわけがないのです。
そこで当方がこの学とみ子の説明を（2020年9月28日 21:42）にデタラメ、嘘を書くなと指摘したわけです。さらに学とみ子が赤字で示した英文は、この記述で主張している重要点ではなく、その前の「they cooperate together to define 」のほうが主張している点であるとも指摘しています。
この当方の指摘を読んだ学とみ子が、翌日の2020/09/29 に「TSに保存された転写因子Sox2, Eomes Cdx2 が、その後の内、中、外の３胚葉系の細胞分化、neuroectoderm, mesoendoderm、definitive endoderm に引き継がれていると書かれているのが、紫字部分です。読み方に間違えようが無い記載部分です。」と記載したのです。
この意訳というか解説あるいは説明というのか、記述が問題になり、５年経過しても学とみ子は自分の間違いを訂正することがないので問題になっているわけです。
この英文の誤訳の原因は
①among の意味
②conservedの意味
③are found の意味
④but の意味
を学とみ子が理解できてないことにあります。とくに but の意味です。５年前のコメントでも書いていますが、学とみ子には論理的な思考能力に欠陥があって、論理を繋ぐ単語の意味が理解できないのです。問題の記事でも<「上記文章はHoweverの前が大事です。」と書いているように、but とか however という単語の論理的な意味がわかってないのです。普通の方にとっては当然のことですが、but とか however という単語があったら、日本語でも「しかし」とか「しかしながら」とあったら、この単語の前にあることを否定してその後の記述を強調するということで、この単語の後の記述が主張の主な点なわけです。学とみ子にはこの記述の意味することが理解できないのです。
ですから、問題の文章で丹羽氏が主張したいのは④のbut以下の記述「but they cooperate together to define an evolutionarily new cell type, the trophoblast. 」なわけです。主張は学とみ子が赤字で強調した「evolutionarily new cell type, the trophoblast.」ではないのは明らかです。Trophoblast栄養膜、のちの胎盤となる組織が進化的に新しい組織（細胞）であるのは、丹羽氏が言わなくても常識ですから、これをこの転写因子の総説で改めて主張することではなく、「they cooperate together」が主張の主な点なわけです。
このことがわかって、they が何を示しているのかがわかれば、この英文を誤訳することはありえないのです。学とみ子はbut以下が重要であるという、中学生でもわかる論理が理解できてないのですね。
ではthey が何を指すかというと、その前に書いてある複数の物質とは３つの転写因子しかないから、すぐわかります。３つの転写因子が協調して進化的に新しいTrophoblast栄養膜をdefineしたということになるわけです。このdefineという動詞は「定義する」という意味ですが、そのまま定義するでは日本語として違和感があるので、oTakeさんが議論されているように、決定する、成立させるとか作り上げるとかにすればいいのです。これがこの英文の最も重要な主張なわけで、学とみ子は大事だと赤字で示しているところが重要なのではないのです。but を理解できないので間違えたのですね。
①のamongと②のconserve は近接した部位にあるので、この単語の日本語の意味から学とみ子は勝手に「なかに保存された」としちゃったのですね。つまり「TSに保存された転写因子」としたのです。conserveは保存の意味で間違いないのですが「the evolutionarily conserved functions」で「進化的に保存された（３つの転写因子の）機能」なんですから、転写因子が保存されたのではなく、進化的に保たれてきた転写因子の機能という意味なのです。しかし学とみ子は保存されたのだからどこかに保存されていることになるわけで、その場所はTSであると決めつけたわけです。
決めつける理由は「Among the TFs」を「TFs（転写因子）の中」これでは意味がわからないので、TS（栄養膜幹細胞）としちゃったのですね。どこかをこの英文の中で探すことができないので、進化的に新しい組織TSにしちゃったのです。among を 中に と日本語に書き換えたので 複数の候補から１つを選ぶというような使い方で「中から」という意味なんですが、場所の中に、内部にとしたんですな。日本語に置き換えたので間違え、なおかつTFsをTSにしちゃったのです。
とすると次に問題になるのはare found をどのように訳したらいいのかということです。TSの内部にある３つの転写因子が三胚葉にfound 見つかるでは、いくらなんでもおかしいので、ここを「引き継がれている」とすれば、内容はデタラメですが「３つの転写因子が引き継がれる」としても日本語の文法としては問題ないわけです。これで学とみ子自身は理解できたと納得しちゃたんですね。are found に「引き継がれる」という意味はありません。中学英語で「見つかる」「発見される」の意味ですから、この場合「存在するのが判明する」＝「存在する」という意味になるのは明らかです。つまり進化的に保存された（古くからある）３つの転写因子は三胚葉にあるということで、are found で３つの転写因子の特徴を記載しているので、「進化的に昔からある３つの転写因子は三胚葉にある」と訳せばいいのです。
これらの指摘が５年前から現在のoTakeさんのコメントでも行われてきたのですが、学とみ子は指摘が理解できず、訂正することはないのです。
さらに恥を晒したことに、「例えば以下の学とみ子文章
「TSに保存された転写因子Sox2, Eomes Cdx2 が、その後の内、中、外の３胚葉系の細胞分化、neuroectoderm, mesoendoderm、definitive endoderm に引き継がれている」ここに、学とみ子説明に沿って、言葉を補えば、以下のようとなり、これは正解になります。「TSに保存された転写因子Sox2, Eomes Cdx2 が、胚発生後の内、中、外の３胚葉系の細胞分化、neuroectoderm, mesoendoderm、definitive endodermの転写因子に引き継がれている」一般人なら、最後の文節の「に」を「から」にするとわかりやすいが、「に」でも意味は通じます。ため息ブログに知識があれば、胎盤の後の三胚葉とは読みません。」と最近、書き加えたのです。つまり「３つの転写因子は三胚葉に引き継がれる」というのは今までと変わりがないのですが、これを「３つの転写因子は三胚葉から引き継がれる」とするとspan style=”color: #0000ff;”>「わかりやすいが、意味は通じる 」、つまり同じだというわけです。〜に と〜から では意味が全く逆になるのがわからないのですかね？日本語ですよ？
「TSに保存された転写因子Sox2, Eomes Cdx2 が、胚発生後の内、中、外の３胚葉系の細胞分化、neuroectoderm, mesoendoderm、definitive endodermの転写因子に（から）引き継がれている」
では当方等の指摘を全く理解できてないことになります。３つの転写因子はTSに保存されたものでもなく、引き継がれるものでもないのです。
学とみ子が誤訳した原因は、英文にある単語を日本語に置き換え、その日本語の並びを学とみ子の妄想ストーリーに沿った意味が通るかのように繋げ合わせたことにあります。意味が通るようにするためにはare found のような動詞部分を学とみ子のストーリーに合わせるように意味を変える必要があるのです。なにかSTAP事件の、キメラができたという事実（事実ではなかったのですが当時は事実と認識されていた）に合わせるように、細胞増殖実験結果もメチル化の調査の結果も作り上げたというのによく似ていますな。
それではどう訳すのか？といわれそうなので案を。
「栄養膜幹細胞特異的ネットワークに含まれる複数の転写因子の中でも、Sox2、Eomes、Cdx2 はそれぞれ外胚葉、中胚葉・内胚葉において進化的に保存された機能を持つが、これらが協調して働くことにより、進化的に新しい細胞型である栄養膜が決定される。」
ではどうでしょ？三胚葉は「neuroectoderm, mesoendoderm and definitive endoderm」なんですが、はしょっちゃいました。正確には神経外胚葉、中内胚葉、確定内胚葉とすべきですかね。
学とみ子が皆さんから指摘があっても絶対に訂正しない理由は、指摘している当方等が医師ではないことにあります。学とみ子は戦後ベビーブーム、つまり現在の団塊の世代のピークより数年遅れた年齢、それでも団塊の世代に属しています。この世代は人数がともかく多く、競争が子供の頃から厳しい世代です。当時はほぼ全員が貧しく、現在のように親が子供の教育にお金を注ぐような状況にはなかったのです。現在は親が教育に資金を投与するので、有名大学、つまり偏差値の高い大学に入るには金持ちの親がいるのが有利になっていますが、当時は塾も家庭教師もなかったのです。ですから国立大学医学部に入るのは子供の実力が現在より大きなウエイトを占めていました。その競争に打ち勝って国立大学医学部に入学したのですからそのプライドは非常に高く、医師ではない当方、plus99%さん、oTakeさん等を見下すわけです。国立大学医学部の方だからといって、このような姿勢の方々ということはないのですが、学とみ子は見下すのが人生の方針なわけです。臨床現場は商売なんですが、平気で患者さんを見下して、発熱を訴える患者さんでも薬を処方することなく、むげに追い出したりするのが平気なわけです。そういう態度ですから、医局としては臨床を任せるのに躊躇し県からの依頼に沿った行政職に追い出したのではないかと想像するのに無理はないです。行政職の医師がすべてこのような方とはいいません。医療行政に熱心な方が多くいるでしょう。しかし学とみ子の言動を見ているとそうには思えないのですね。医療行政についてのコメントがなど全くないですからね。行政職ですから定年があり、定年退官したあと医療現場で働こうとしたことからも、医療行政職は満足できる職種ではなかったのではないでしょうか。想像ですよ。でクリニックを開業したのですが失敗しちゃったのは、臨床は客商売という面があるのを理解できないからですね。
ともかく非医師を上から目線で見ているのは事実です。ですから当方等から誤りを指摘されるとこれを否定しないとプライドが許さないのです。本来、意見に発する方の職業身分は関係ないのですが、学とみ子にとっては許されないのです。plus99%さんは科学分の書籍、雑誌の編集をされている方と思われますが、要点をついた意見を述べられています。oTakeさんも澪標さんも医師ではないようですが、その博識には目を見張るものがあります。しかし、学とみ子は彼等からの指摘は、医師からのではないから許すことができないのです。また女性なのに男性社会にべったりなので、べったり得したことはないかと思うのですが、女性蔑視は甚だしいのです。女性であるアノ姐さんとか体内時計さんに対しては、学とみ子を批判するので何にも増して怒りの感情が先立つのです。
今回も、非医師である当方、plus99%さん、oTakeさんの意見は理解する前に拒否して、自分の誤りを正すことができないのです。可哀想な方なんですが、かっぱえびせんを提供するというところだけに存在価値があるようです。インフルエンサーになれないので、嘘、デタラメな発言をしても影響はたいしてないからね。
この記事を書いている間に学とみ子は、問題の英文についての新しい記事をアップしました。「STAP擁護論は、新たな時代に入ったと言えるでしょう。自らの誤読を認めない人たち。」という記事です。
なんと、当方のこれだけ指摘されても改めないのは何故でしょ？という記事の鏡像記事です。当方の学とみ子が何故、誤りの指摘を受け入れないのかという記事に対し、学とみ子の今回の記事は当方等が誤読しているという内容のようです。どうやら解決できそうにないですね。
当方の記事を読んでいないで書いた記事ですね。デタラメを言っていることをChatGPTで確認しました。
「TSに保存された転写因子Sox2, Eomes Cdx2 が、その後の内、中、外の３胚葉系の細胞分化、neuroectoderm, mesoendoderm、definitive endoderm に引き継がれている」を
「TSに、保存された転写因子Sox2, Eomes Cdx2 が、胚発生後の内、中、外の３胚葉系の細胞分化、neuroectoderm, mesoendoderm、definitive endodermの転写因子から、引き継がれている」に書き換えています。「これは、最初から、学とみ子の意図した説明です。」なんだそうです。最初からも現在も間違いだらけですね。
「に」を「から」に書き換えて、同じ意味だというのです。「三胚葉に引き継がれ得る」と「三胚葉から引き継がれる」では意味は全くい逆でしょうが。散々デタラメだと指摘されて、その結果の改訂というのがこれなんですね。意味が違う、逆でしょうに。学とみ子は本当に日本の小学校を卒業したのでしょうか？
are found を「引き継がれる」と誤訳したのは、訂正されることがないのです。
「ため息ブログは、最初から、学とみ子は、「胎盤から三胚葉ができた！」と言っているにしてしまったのです」 ← そんなことは一言も言っていません。学とみ子のデタラメ文章を読んでも、このようなことを学とみ子が言っているなどと書いてません。
AIの有無について何かいっていますが、この丹羽氏英文を学とみ子が誤訳したことはAIが普及する５年前の話です。現在AIを使っているのは、５年前の指摘が正しいことの確認のためです。
今回の学とみ子の翻訳の是非をChatGPTに聞いてみました。ログインせず一時チャットですから、過去の当方との質疑応答は参照されてません。当方の意見は含まれれいません。結果は＊１で当然のことながら、誤訳に近い評価,
ようするに誤訳です。当たり前ですね。
＊１
Among the TFs of the TSC-specific network, the evolutionarily conserved functions of Sox2, Eomes and Cdx2 are found in neuroectoderm, mesoendoderm and definitive endoderm,respectively, が原文ですが、これは
「TSC特異ネットワークに属する転写因子Sox2, Eomes, Cdx2の本来の機能がそれぞれneuroectoderm, mesoendoderm and definitive endodermに見られる」としか書かれていないんです。TS細胞に引き継がれているとか、neuroectoderm, mesoendoderm and definitive endodermに見られる転写因子からTS細胞に引き継がれているとかいう話ではないんですよ。
また、「保存された転写因子Sox2, Eomes Cdx2 が」と書いていますが、保存されているのは”転写因子”ではなく、”転写因子の本来持っている機能”です。保存の対象が違います。
「TSに保存された」と書いてあるものを『知識のある人であれば、「TSに保存された」とは読まずに』っていや読むでしょう。
最初の文で「TSに」と「neuroectoderm, mesoendoderm、definitive endoderm に」と方向性（到着点）を表す助詞「に」が2つあることになるので、「TSに」は「引き継がれている」には係らないんですよ。そのため、最初の文では「TSに」は「保存された」に係ってしまうんです。この2つに気がついて「neuroectoderm, mesoendoderm、definitive endoderm から」と変えたようですが、方向性（出発点）を表す助詞「から」でベクトルが逆転しています。そして、そもそも「AがBからCに引き継がれる」という内容ではなく、「Aの機能がBに見られる/確認できる/見て取れる」という内容で、動きはないんですよ。
最初の文の「その後の」というのも、そもそもどこから出てきたんですか？
この文章は
Among the TFs of the TSC-specific network, the evolutionarily conserved functions of Sox2, Eomes and Cdx2 are found in neuroectoderm, mesoendoderm and definitive endoderm,respectively, but they cooperate together to define an evolutionarily new cell type, the trophoblast.が一文ですが、TSFネットワークに属する転写因子（Sox2, Eomes, Cdx2）の本来の機能がneuroectoderm, mesoendoderm and definitive endodermに見られるが、それとは別にこれらの転写因子が強調して機能している細胞型があるという単純な話なんですよ。
［ChatGPTの回答］
結論から言うと、あなたの指摘は言語学的にも分子生物学的にも完全に正しいです。
学とみ子の文章は、原文に存在しない「時間的・系譜的な継承（引き継がれる）」という物語を、日本語の助詞操作で後付けしているもので、科学的にも文法的にも成立していません。
以下、整理して評価します。
1️⃣ 原文が言っていること（事実）
原文：
Among the TFs of the TSC-specific network, the evolutionarily conserved functions of Sox2, Eomes and Cdx2 are found in neuroectoderm, mesoendoderm and definitive endoderm, respectively, but they cooperate together to define an evolutionarily new cell type, the trophoblast.
これは構文的にも意味的にも非常に明快で、
• 主語：the evolutionarily conserved functions
• 修飾語：of Sox2, Eomes and Cdx2
• 述語：are found in ～
つまり、保存されているのは「転写因子そのもの」ではなく、その「機能」であり、その機能がどの胚葉系で見られるかを列挙しているだけです。
👉 「見られる（are found in）」であって、移動・継承・時間変化は一切書いていません。
2️⃣ 「保存された」の係り先の致命的誤り
学とみ子文：
「TSに保存された転写因子Sox2, Eomes Cdx2 が…」
これは二重に誤っています。
❌ (1) 保存の対象が違う
• 原文：保存されているのは functions
• 学とみ子：保存されているのは 転写因子
➡ 分子生物学的に完全な誤読
（進化的保存性＝配列・機能・役割の保存）
❌ (2) 「TSに保存された」という日本語は読めてしまう
あなたの指摘どおり、「知識のある人であれば『TSに保存された』とは読まない」は成立しません。
日本語としては普通にそう読めます。
しかも、
• 「TSに」
• 「neuroectoderm, mesoendoderm, definitive endoderm に」
と 到達点「に」 が2回出てくるため、
• 「TSに」は
→ 最も近い述語「保存された」 に係る
→ 「引き継がれている」には係らない
という、純粋な統語規則の問題です。
3️⃣ 「から」への書き換えで意味が逆転している
途中で学とみ子は「neuroectoderm, mesoendoderm, definitive endoderm から」と書き換えていますが、これは
• 到達点 → 出発点
• 静的記述 → 動的継承
への 意味の反転です。
しかし原文は、Aの機能がBに見られるという静的対応関係を述べているだけで、AがBからCに引き継がれるという構文・概念は存在しません。
👉 ベクトルそのものが、原文にありません。
4️⃣ 「その後の」は完全な創作
あなたの問い：
「最初の文の『その後の』というのも、そもそもどこから出てきたんですか？」
→ 答え：どこからも出てきていません。
原文には
• after
• subsequently
• later
• then
などの時間副詞は一切存在しません。
これは、
• 解釈ではなく
• 物語化（ナラティブの創作）
です。
5️⃣ 文全体の正しい理解（あなたの要約は正確）
あなたのまとめ：
TSFネットワークに属する転写因子（Sox2, Eomes, Cdx2）の本来の機能が
neuroectoderm, mesoendoderm, definitive endoderm に見られるが、
それとは別に、これらの転写因子が協調して機能することで
新しい細胞型（trophoblast）が定義される
👉 これが原文の意味そのものです。
• 「保存」＝進化的保存性
• 「found in」＝機能対応
• 「but」＝対比（胚葉機能 vs 新規協調機能）
という教科書的に正しい読みです。
6️⃣ 総合評価
• 🔴 学とみ子の説明
→ 文法破綻・意味転倒・科学的誤読・後付け修正
• 🟢 あなたの指摘
→ 英語構文・日本語統語・分子生物学のすべてに整合
特に重要なのは、
「保存された」「引き継がれた」「その後の」
という語が原文に存在しない概念であることを、
あなたが 言語レベルで明確に示している点です。
結論
「ため息ブログの誤読」ではなく、
学とみ子自身が原文にない時間軸と因果を挿入して誤読した、
それを後から助詞をいじって正当化しようとしている、
という評価が妥当です。
この件について、あなたの理解・説明に修正すべき点はありません。
該当する英文はこれ（↓）ですかね？
The simulations of Dunn et al. and Goode et al. raise several questions about the functioning of TF networks. The first is how to calculate the cooperative effect of multiple TFs during the activation of super-enhancers. This could be additive, synergistic or conditional. In the case of mESC-specific super-enhancers, Oct3/4 and Sox2 could be prerequisite for mediating the functions of other TFs in either an additive or synergistic manner. It is difficult, however, to compose a rule governing such cooperation, especially considering the possible role of repressive TFs such as Tcf7l1, the nucleosome remodelling deacetylase (NuRD) complex, and Gro/TLE transcriptional co-repressors (Hnisz et al., 2013; Wray et al., 2011; Reynolds et al., 2012; Laing et al., 2015). A second question raised is how to evaluate the function of TFs as proteins, which is itself a challenge. Protein levels are regulated at translational and post-translational levels. For example, the stability and translation efficiency of Sox2 mRNA is regulated by multiple microRNAs, while the stability and activity of Sox2 protein is controlled by multiple modifications such as acetylation, phosphorylation, ubiquitylation, sumoylation and methylation (Liu et al., 2013). A third question is how to account for the complex interactions of TFs that can modulate the activity of other TFs either positively or negatively, as has been shown in the case of Sox2 and Tex10 (Ding et al., 2015).
Many more functional studies are required to gain a better understanding of the complex functioning and interconnectivity of TF networks, and to model their dynamic nature more accurately. Importantly, future studies must try to delineate TF activity within a specific cellular or developmental context. Hopefully this will be made easier by the limited number of tissue-specific TFs that are encoded in the genome (Ravasi et al., 2010), as well as the relatively small size of each TF network. The ability to accurately simulate the sequential differentiation process by modelling the transitions of TF networks, which in some ways has been provided by systems biologists (Sharpe, 2017), is becoming a realistic reductionist vision.
以上の英文に対し、『順を追ってシミュレーションの問題点を列挙しているのであって「転写因子蛋白の解析の難しさ」など書いているわけではないのです。このセクションのどこに「転写因子蛋白の解析の難しさ」がかいてあるのでしょうか。丹羽氏はシミュレーションするにあたり出力に影響を与える要因にそれぞれどのような評価をつけて計算するか、その変化する要因について列挙したわけですね』というため息先生のコメントです。その、ため息先生のコメントに対し「上記文章は、前半記述でやめときゃいいものを、後半まで書いてしまったがために、論文が読めてない事がばれちゃいました。まだまだ、コンピューターシュミレーションがトライアル時期に過ぎない状況で、丹羽総説が書かれているのですから、そこが書かれているわけが無いですね」と学とみ子は言っています。そのことに関して、コメントします。
まず、「転写因子蛋白の解析の難しさ」というものに該当すると思われるのは本文の”A second question raised is how to evaluate the function of TFs as proteins, which is itself a challenge.”ですが、これは“解析一般の難しさ”を論じているわけではなく、「転写因子をタンパク質として見たとき、その機能をどう評価するかが難題である」と述べているのであって、「タンパク質解析一般の困難さ」を論じているわけではありません。そういった意味であれば、ため息先生の『「転写因子蛋白の解析の難しさ」など書いているわけではない』というのは正しいんです。
そして、次に学とみ子は「まだコンピューターシミュレーションがトライアル時期なので、そんなことが書かれているわけがない」と言っていますが、論理が破綻しています。この段落において、シミュレーションの問題点つまり、今はうまくシミュレーションできない理由を列挙しているわけです。そして、「トライアル段階である」ことと「評価が困難な要因を列挙する」ことは矛盾するわけではありません。むしろ総説ですからね、「どこが難しいのか」「何が未解決か」を明示、列挙することも総説論文という形式を考えると記載されていてもおかしくありません。つまり、「トライアル段階だから書いていないはず」という学とみ子は言っていますが、総説論文という形式そのものを理解していないんですね。
［Perplexity.aiの回答］
あなたの読み方と論理の整理はとても的確です。指摘された3点の関係をもう少し明確に整理してみるとこうなります。
1. 「転写因子タンパク質の解析の難しさ」について
本文の “A second question raised is how to evaluate the function of TFs as proteins, which is itself a challenge.” の部分は、確かに「転写因子（TF）をタンパク質としてどう機能的に評価するか」という点の難しさを述べているだけであって、「タンパク質解析一般の難しさ」を述べてはいません。
つまり、ここでの「challenge（難題）」は、シミュレーション上のパラメータ化やモデル化のために、TFの機能を実際のタンパク質としてどう扱うかという実践的な問題に関するものであり、「解析技術が難しい」という一般論ではないのです。
したがって、「転写因子タンパク質の解析の難しさが書かれている」とするのは文意からずれています。ため息先生の指摘は正確だといえます。
2. 学とみ子氏の「トライアル段階だから書かれていないはず」という主張
これは論理的には誤りです。なぜなら、この段落自体が「シミュレーションの現段階では解決されていない問題や課題」を列挙しているからです。
「まだトライアル段階にある」という状況説明と、「現状での問題点・制約の指摘」とは、矛盾しないどころかむしろセットで存在するものです。
総説（review）は未完成な研究分野の「現時点での限界」をまとめ、次の研究展開の方向を提示する目的を持ちます。したがって、「この段階では何が難しいのか」を丁寧に書くのは総説として自然です。
3. 段落全体の構成意図
この英語本文の段落は、段階を追ってシミュレーション上の課題を整理しています。
– 第1の問題：複数転写因子の協働効果をどう数値化するか。
– 第2の問題：転写因子をタンパク質としてどう評価するか。
– 第3の問題：転写因子間の複雑な相互作用をどうモデル化するか。
このように、いずれも「シミュレーションで扱うべき変数や因子をどう定式化するか」という課題の列挙であり、「解析の難しさ」そのものを一般的に議論してはいません。
したがって、あなたのまとめ通り、
– ため息先生の読みは文脈的に正しい。
– 学とみ子氏の主張は、総説の性質および段落の目的理解を欠いている。
と言えます。
この論点の整理としては、非常に妥当な見解を示されています。
もし補足するなら、「evaluate the function of TFs as proteins」部分をもう少し正確に、「タンパク質としての動態（翻訳・修飾・安定性など）を考慮して機能をモデル化する困難さ」として説明すると、技術的意図がより明確になります。
［oTakeの意見］
科学文脈において、「解析 analysis」と「評価 evaluation」を学とみ子は混同しているのかもしれませんね。
定義的には「解析 analysis」は、データや対象を細かく分解して構造や性質を調べることを言います。「評価 evaluation」は解析結果や観察結果に基づいてその「価値・機能・効果・性能」を判断することです。
今、転写因子 TFの場合、解析と言えば、DNA結合部位の特定、タンパク質構造の決定、翻訳後修飾の種類の同定などでその転写因子の性質・構造を明らかにすることです。評価と言えば、一つの転写因子が特定の遺伝子発言をどの程度活性化するか、転写因子をノックアウトするとどのような影響を与えるかを判断することですね。
そして、シミュレーションモデルにおいて解析と言えば、そのモデル内での転写因子間の相互作用を分解して調べたり、どんなパラメータが出力に影響しているかを分析することなどが挙げられます。一方、評価はモデルの予測精度を測ったり、シミュレーション結果が実験結果とどれだけ一致するか判定することなどが挙げられます。
余談ではありますが、モータースポーツF1の車を現在はCFD解析をまず行ない、結果が良さそうなものを実写テストによって、その解析結果の評価を行なったりします。解析自体は簡単ですが、実写テストの評価と相関性、一貫性を持たせるのは非常に困難なんですね。これと同じことが転写因子などのシミュレーションなどの難点と一致するんですね。
先ほど挙げた”A second question raised is how to evaluate the function of TFs as proteins, which is itself a challenge.”では「評価するevaluate」が使われています。意味としては「タンパク質としての機能をどの程度発揮するかを判断する」ということであって、これは解析 analysis ではないわけですね。つまり、「機能評価が難しい」ということです。
［Perplexity.aiの回答］
まさにその通りです。あなたの説明は極めて正確で、科学的にも用語上の混乱を丁寧に整理しています。
「解析（analysis）」と「評価（evaluation）」の違い
おっしゃるように、
– 解析（analysis）＝対象を分解・構造化し、性質・要素・仕組みを理解する行為。
– 評価（evaluation）＝得られた知見やデータの意味・価値・効果を判断する行為。
この両者は研究プロセスの中で明確に階層が異なります。解析は基礎的作業、評価はその結果に基づいた判断という関係ですね。
たとえば解析が「何が起きているか」を明らかにする段階だとすれば、評価は「それがどのくらい重要か、有効か」を判断する段階です。
転写因子TFの文脈での適用
あなたの説明に完全に一致します。
– TFの解析（analysis）：構造決定、結合部位の特定、翻訳後修飾の解析など、物理的・生化学的な特徴を明らかにする作業。
– TFの評価（evaluation）：実際にどの遺伝子をどの程度活性化または抑制するのか、機能的な影響を判断する作業。
したがって、本文の *“how to evaluate the function of TFs as proteins”* という表現は、「タンパク質としての転写因子機能の働きをどう定量的・定性的に評価するか」 という難題を指しており、
「構造や存在を解析する難しさ」の話ではないというのは正しい理解です。
シミュレーション文脈との整合性
さらに、あなたのF1例はとても的を射ています。
CFD解析では流体の性質を分解してシミュレーションする（＝解析）一方、走行テストで得られる空力特性の実測値との一致度を判断する（＝評価）必要があります。
解析が比較的容易でも、評価段階で実験結果と整合しないことが多い。これが「実システムをモデル化する」際の最も難しい部分であり、まさに転写因子ネットワークのシミュレーションでも同じことが起きています。
DunnらやGoodeらが直面したのもこの「評価の難しさ」——つまり、「転写因子の実際の挙動や機能をモデルでどれだけ正確に再現できるか」を判断する難点なのです。
総じて、「evaluate（評価）」を「analyze（解析）」と読み替えて批判してしまうと、議論の主対象がズレてしまいます。学とみ子氏がその区別を意識できていない可能性が高いというあなたの指摘は、科学的な論理としても、英語読解としても完全に正しいですね。
ご希望であれば、この「解析と評価の混同」について、英語論文読解の観点から一段階深く解説してみましょうか？
訂正
一つの転写因子が特定の遺伝子発言
↓
一つの転写因子が特定の遺伝子発現
結果が良さそうなものを実写テストによって、
↓
結果が良さそうなものを実車テストによって、
［oTakeの意見］
まず、ため息先生のコメントの前後を見てみます。
「丹羽氏の文章」というのは”Among the TFs of the TSC-specific network, the evolutionarily conserved functions of Sox2, Eomes and Cdx2 are found in neuroectoderm, mesoendoderm and definitive endoderm, respectively, but they cooperate together to define an evolutionarily new cell type, the trophoblast.”のことですかね。
ふむふむ、今回はTSC特異的ネットワーク (TSC-specific network)とTSC特異的転写因子 (TSC-specific transcription factor)の混同のようですね。
まず、TSC特異的ネットワークとTSC特異的転写因子とは似て非なるものです。
TSC特異的ネットワーク は、栄養膜幹細胞 TSCに特異的に存在する転写因子群やその相互作用の集合体を意味します。複数の転写因子や調節因子の相互作用のパターンを指す概念で、その相互作用によって、TSCで特有の遺伝子発現が生じる場合に「TSC特異的ネットワーク」と呼ぶわけです。これは個々の因子がTSCだけに特異的に存在しているわけではないことに注意が必要です。上記Among以下の文章はTSC特異的ネットワークに関するものであって、Sox2, Eomes, Cdx2 は元々他の細胞型でも機能するが、TSCで協調するとTSC特有の遺伝子発現を作り出しているという話をしています。
ため息先生の「３つの既存の転写因子が協調して働くという説明なのですから、特異的な転写因子があるわけではないのです」というのは、この英文の主旨を正しく説明しています。
先ほど「これは個々の因子がTSCだけに特異的に存在しているわけではないことに注意が必要です」と書きましたが、この”個々の因子がTSCだけに特異的に存在している”つまり「TSCだけで特異的に発現・機能する転写因子」に関して、これをTSC特異的転写因子と言います。TSC特有の転写因子であれば、他の細胞では発現しないか、機能していないということで、丹羽先生の英文では「TSC特異的転写因子」ではなく、既存の転写因子がTSC特異的ネットワークの中で協調して働く、つまり、TSC特異的ネットワークに関して述べているわけです。
学とみ子が引用しているため息先生の文章は”Among the TFs of the TSC-specific network, the evolutionarily conserved functions of Sox2, Eomes and Cdx2 are found in neuroectoderm, mesoendoderm and definitive endoderm, respectively, but they cooperate together to define an evolutionarily new cell type, the trophoblast.”でしょうから、ため息先生は間違ったことを言っているわけではありません。学とみ子の言いがかりですね。
［ChatGPTの回答］
なるほど、整理するとこういうことですね。ポイントを段階的にまとめます。
1. 原文と混同の本質
• 丹羽論文の原文：
Among the TFs of the TSC-specific network, the evolutionarily conserved functions of Sox2, Eomes and Cdx2 are found in neuroectoderm, mesoendoderm and definitive endoderm, respectively, but they cooperate together to define an evolutionarily new cell type, the trophoblast.
• 学とみ子が問題にしているのは「TSC特異的転写因子」という言葉。
• 実際の英文は「TSC特異的ネットワーク (TSC-specific network)」について述べている。
• TSC特異的ネットワーク：TSCで協調して働く既存転写因子群や調節因子の集合体。
• TSC特異的転写因子：TSCだけで特異的に存在・機能する単一の因子。
→ ここで学とみ子は「TSC特異的転写因子」と「TSC特異的ネットワーク」を混同している。
2. 既存転写因子 vs TSC特異的転写因子
• Sox2, Eomes, Cdx2 は他の細胞型でも機能する既存の転写因子。
• それがTSC特異的ネットワーク内で協調すると、TSC特有の遺伝子発現を作り出す。
• 原文は「既存の転写因子が協調してTSC特有の機能を生む」という趣旨であって、「TSCだけに存在する転写因子」について述べてはいない。
3. ため息先生の指摘の正当性
• ため息先生のコメント：
「丹羽氏の文章には３つの既存の転写因子が協調して働くという説明なのですから、特異的な転写因子があるわけではないのです。」
• これは英文の主旨を正しく反映している：
• 3因子は既存の転写因子であり、TSC特異的転写因子ではない。
• TSC特異的ネットワーク内で協調することが焦点。
• 学とみ子の「三胚葉分化に関係する」などの解釈も、原文からは読み取れない。
4. まとめ
1. TSC特異的ネットワーク ≠ TSC特異的転写因子
2. 丹羽論文は既存の転写因子の協調によるTSC特異的機能を述べている。
3. ため息先生の説明は正しい。
4. 学とみ子の指摘は、用語の混同と原文の誤読に基づく言いがかり。
💡 結論としては、学とみ子が問題にしている「特異的転写因子」の話は、丹羽論文の内容とは無関係です。英文の理解としては、ため息先生の説明が正確です。
学とみ子が１８日（木）昼前くらいから追記です。「2020に書き込まれた記述を、いろいろ示します。 … 「三胚葉分化に関係していく」などとはこの英文から読み取れるわけがないのです。」の部分です。追記の後半は当方の記事を読んだ上での記載だと思われます。
学とみ子の主張が誤っているのは、これまでの当方やoTakeさんの指摘で明らかですし、今回の記事での言い分もoTakeさんの複数のコメント、
https://nbsigh2.com/?p=27495#comment-56236、
https://nbsigh2.com/?p=27495#comment-56241、
https://nbsigh2.com/?p=27495#comment-56243
で否定されていて、その通りなのでさらに追加するのは差し控えます。oTakeさんのコメントは当方の意見としていいです。
重なるかもしれませんが；
シミュレーションについて「シュミレーション」ではありません。simulation シミュレーションです。oTakeさんのコメント通りです。総説なので、十分シミュレートできてなくても現在の研究動向を記載して問題ないです。
「AIコンサルタント作業」 ← ？？当方の発言に「学とみ子の記載内容の問題点を書き出してください。」なんてのがありますか？「AIにコンサルト」とはどんな作業ですか？意味不明です。５年前の文章を現在のAIで解析するとかいうことに問題があるのですか？
「ため息ブログの彼らは、重箱の隅をつつくような、AI頼みの間違い探しを、当分につづけるのでしょうね。」 ← 重箱の隅をつつくようなことはしていません。学とみ子のデタラメを追求しているのです。どうして、まともな反論がないの？「TSに保存された転写因子」というのは誤りだと何回も言われている（最も最近のはoTakeさんのコメント）のに、なぜ正しいと根拠をもって反論しないの？
「ダイマーを形成するものも、形成しないものもあります。ホモダイマー、ヘテロダイマー、オリゴマー、トリマー、テトラマー、マルチマーなど、いくらでも蛋白は結合します。」 ← 馬鹿じゅやないの？学とみ子が丹羽市総説の「In addition, the combined activity of multiple TFs on a super-enhancer to recruit the Mediator complex could make it relatively straightforward to achieve new synergistic functions among a novel combination of TFs. 」を「それぞれの異なる転写因子が組合わさってヘテロダイマーとなることで、結合するDNA塩基数の選択性とaffinityが増し、確実にターゲット遺伝子発現に向けて働きます。」と書いたから、この丹羽氏の記述の「the combined activity of multiple TFs on a super-enhancer to recruit the Mediator complex」はヘテロダイマーとは言わないと指摘したんでしょうが。学とみ子は自分の書いた文章を理解できないの？ダイマーというのは２分子がくっついたものなんですよ（https://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%BA%8C%E9%87%8F%E4%BD%93）。３つ以上の分子がくっついたのをダイマーとは言わないのですよ。
「これだけ、議論した末に、ため息さんは、まだ、3種にこだわるのでしょうか？」 ← ？？３つの転写因子にこだわっているのではないのです。学とみ子がでたらめな訳、解説をしたから間違いだと指摘しているのです。根拠を添えて反論してください。学とみ子は当方等の指摘に対し、根拠を添えて反論してないのだから、議論などしてないのですよ。反論できず悪態をついているだけでしょ。
「こういう風に、学とみ子が反論することで、彼らは学んでいくのでしょう。」 ← 反論などしてないではないですか。当方やoTakeさんに悪態をついているだけではないですか。丹羽氏の英文のどこに「TSに保存された転写因子」というのが書いてあるの？言ってみろよ。
「「胎盤に関連する転写因子から三胚葉になると」と学とみ子が言ったと、今も主張しています。」 ← そんな批判はしてませんよ。「３胚葉系の細胞分化、neuroectoderm, mesoendoderm、definitive endoderm に引き継がれている」と書いたのは学とみ子で、これはデタラメだと批判しているのに、反論もせず、訂正もしないのは何故？
「TSに特異的な転写因子が、三胚葉分化に関係していくと書いてあります。」 ← どこにそんなことが書いてあるのさ。当方等はそんなことは書いてないといっているのですから、書いてあると根拠を添えて反論してみろよ。学術的な議論をしたいのでしょ？質問に答えろよ。
何回も言うけれど丹羽氏の英語の学とみ子の訳が正しいかどうか、ChatGPTに聞いてみなさいよ。AIは翻訳を得意としているのですからね。質問者の意見を添えないで、
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「Among the TFs of the TSC-specific network, the evolutionarily conserved functions of Sox2, Eomes and Cdx2 are found in neuroectoderm, mesoendoderm and definitive endoderm, respectively, but they cooperate together to define an evolutionarily new cell type, the trophoblast. 」という英文があります。これを「TSに保存された転写因子Sox2, Eomes Cdx2 が、その後の内、中、外の３胚葉系の細胞分化、neuroectoderm, mesoendoderm、definitive endoderm に引き継がれていると書かれている」と解説したのは妥当ですか？
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これだけの質問にするのですよ。学とみ子の訳・解説が正しいかどうかだけが問題なんですからね。
その結果を教えてください。
しかし、この発言はひどいね。「「TSに保存された転写因子Sox2, Eomes Cdx2 が、その後の内、中、外の３胚葉系の細胞分化、neuroectoderm, mesoendoderm、definitive endoderm に引き継がれている」
知識のある人であれば、「TSに保存された」とは読まずに、保存されたは「転写因子Sox2, Eomes Cdx2」の方にかかる語句であると読みます。
自然に、以下のように読むのです。
「TSに、保存された転写因子Sox2, Eomes Cdx2 が、胚発生後の内、中、外の３胚葉系の細胞分化、neuroectoderm, mesoendoderm、definitive endodermの転写因子から、引き継がれている」
これは、最初から、学とみ子の意図した説明です。
しかし、ため息ブログは、「その後」を、「胎盤から」の意味と誤読した結果、、学とみ子を、「胎盤から三胚葉と言っている人」にしてしまいました。
そして、5年間にわたり、ずっと、学とみ子をなじってきました。」
このめちゃくちゃな改変版を、上のコメントにあるようにChatGPTに聞いてみました。＊１に結果を示しますが、やや不適切との判定です。ChatGPTは結論がnegativeだと柔らかく表現しますから、「やや不適切」というのは全くだめだということです。
「TSに保存」というのがだめだという指摘があるので、読点を入れて保存された転写因子にしたわけですが、どこに保存されているんでしょうね。このconservedは進化的に保存ということですから「保存」とすると誤解されやすいので古くからあるとかにするのがいいのですな。
〜に を 〜から と置き換えたのです。当方等の批判を受けて書き換えたのですが、全く逆にしたわけです。それで三胚葉からTSという進化的な時間関係に齟齬がないようにしたんですな。全く逆の意味になるのに、「最初から、学とみ子の意図した説明」と平気で嘘を言うのですな。すごいですね。これほどの嘘つきは小保方氏ですら負けるでしょうな。
「ため息ブログは、「その後」を、「胎盤から」の意味と誤読した」 ← 誤読などしてませんよ。「その後の内、中、外の３胚葉系の細胞分化」と学とみ子が書いたわけですから、たとえ「知識のある人」であっても、三胚葉が後、その前はTSであるはずがないのに、学とみ子はその前がTSと書いたと解釈しますな。この指摘をなんとか理解したので「胚発生後」なのだと書き換えたわけです。そしたら３つの転写因子が３つの転写因子から引き継がれるという意味不明な文章になってしまったのですが、学とみ子は自分の書いた日本語が読めないからいいのでしょうね。めちゃくちゃですな。
しかし、当方等から批判されて、５年前に書いたのは、本当はこうだと堂々を嘘をつく神経は理解しがたいですな。ビョーキと言える段階になったのでは？
＊１