「論文捏造」カテゴリーアーカイブ

ES細胞の知識など皆無

ま、某ブログでわめいている科学的リテラシーも、著作権も無視してアフェリエイトで稼いでいると宣言している順法精神もないm氏の発言はどうでもいいのですが、

1293. m 2016年11月24日 22:40
1291. アノ姐さん。
>>5のサンプルの遺伝子解析で捏造がバレてしまうのではないですか?
これは聞いたことが有るかもですが、小保方さんはESに関する知識などはほとんど無かったんです。

に対して

1297. A10 2016年11月25日 00:12
NetScienceの2003/5/1のインタビューメールで大和氏本人がラボでESを扱っている…

とA10さんが大和氏の発言の記録を提示してくれた。
早速、該当ページを探したら、森山和道氏が大和雅之東京女子医科大学・先端生命医科学研究所教授の研究室を訪れてインタビューを行った記事 NetScience Interview Mail 2003/05/01 Vol.229 だった。
この大和氏へのインタビューでは;

森山:これは何ですか、「ES into heart 0109」というのは。
大和:ヌードラットにトランスジェニックで緑色に光るES細胞から作った再構成組織を移植したやつですね。去年の12月25日に1回移植して、年が明けて1月9日に1回移植部位を開けて生着を確認した後にもう一回閉じて、まだ今日も飼っているって、そういう意味です。

このインタビューの記事の日付は NetScience Interview Mail 2003/05/01 Vol.229 である。
2003年とは小保方が早稲田の学部2年生のときである。このとき、大和氏はES細胞を実験でガンガン使っているわけだ。小保方は大和の や も知らない時期だ。大和氏もSTAPの S も知らないわけで、ES細胞を使っていることを隠す必要もない時期だ。
それなのに「あの日」P62 には、PNASに投稿した論文がキメラで証明しなければだめだとrejectされ、

大和先生には『幹細胞の…仕方ないよ。こちらはES細胞とかそいいう研究分野の専門家はいないし、見たことさえもないんだから、一度、理研….修行にでも行ってみたら?』と励まして…

と記載されている。
「あの日」のP63でも、若山氏の発言でも 2010年7月に若山氏が手伝うのを開始したとあるから、小保方が書いた「ES細胞なんか知らん」という大和氏の発言は2010年ということになる。
「あの日」は著者の都合のいいストーリーで構成された私小説であることの証ですな。
[ 追記 ] 2016.11.26
ありゃ、えりさんのコメント 「1329. えり 2016年11月25日 23:54」とかぶっちゃった。えりさんがコメントしているとき、管理者はアルコールまみれで寝ていたよ。意見が同じなんだからしょうがないね。

沈殿 の続き

先の記事 沈殿 のコメント欄で 「七色仮面様から、勝手にコピペするなと訴えられないといいですね」と書きましたが、認識を変えました。
著作権侵害だという点は変更がないのですが、七色仮面さんがクレームを付けるのではないかということについては考えを改めます。七色仮面さんはクレームをつけないでしょう。
その理由は; 七色仮面さんとryobu-0123さんは、ともに「あの日」を聖書のごとく信奉されている方のようで、相互に、同感ということでリンクを張っているからです(全然決着などしていない<STAP事件の闇(2))。これではクレームをつけるわけがないですね。
両者が同じ共鳴箱在住者ということを知らずにいたところ、ryobu-0123さんのブログの記事七色仮面さんの記事の丸ごとコピペだったので、驚いたわけです。七色仮面さんのブログなど知らなかったわけで、この件を期に、幾つかの記事を読んでみました。結論を言いますと七色仮面さんのブログはおもしろいところがありません。ま、それは別にして。
七色仮面さんは、『STAP事件については私のスタンスは「少なくとも彼女のパートは捏造などしていない(2016.8 現在)」(「学問の世界」の事件考(1))』という方で、O氏自身が細胞増殖カーブやメチル化のデータを捏造したことを認めているのに、これを無視しているという、擁護派によくある考えのかたですね。「結論ありき」…ブログの「小保方さん擁護論の落としどころの(d)に分類される方のようです。「あの日」の『O氏の興味は「ストレス処理後の体細胞のOct4陽性細胞への変化過程のメカニズム}で若山氏の「幹細胞ができるかもしれない可能性を追う」ということと食い違った』という記述を、単純に信じてしまった方ですね。「あの日」に記載されているO氏の興味がホントなら、キメラを作る必要はないわけで、若山氏に依頼するわけがないでしょ。癌細胞でもOct4を発現しているわけで、Oct発現のメカニズムの研究はキメラである必要はなく、キメラにこだわるのは多能性を証明したかったからでしょ。騙されたんですな。団塊の世代によく?ときどき?ある盲目的な信者の方のように思われます。
たとえ意見が同じであっても、著者の承認なしの丸ごとコピペは著作権侵害です。これについては認識に変更がありません。

沈殿

「結論ありき」の非専門家ブログが社会を混乱させている:世界三大不正STAP事件の正しい理解を社会に広める会 が、とある研究者グループによって立ち上げられたとき、管理人は、もはや科学的な結論は出ているのだから、いずれ沈殿するから、あえて遠心機にかけるより、研究作業に力を注いだら?といったわけだ。管理人と違ってバリバリの研究者の方のようだったから、時間がもったいないと思ったわけだ。
もはや、新しい事は発生せず、今後あるのは、せいぜいBPOの審議結果だけだろう。主人公であるあの方は、博論を公表すると宣言したものの、そのWebページは半年になるが更新されていない。相変わらず一部の擁護者が同じ主張を繰り返しているだけで、その件数も減ってきた。一研究者のブログの最新の話題は研究費配分の問題だ。
そんな中で、上記の「結論ありき」…  での英訳を木星こと上田氏が記事に剽窃して使った事件があり、これを期に木星こと上田氏は完全に沈殿してしまったようだ。「結論ありき」…は以外な方法で擁護派のトップで、デマ情報を撒き散らしていた当人を沈殿させてしまったわけだ。させたというか、ご本人が遠心機に飛び込んじゃったわけで、期せずして主な目的が達成されたわけだ。
南青山とかmとかジムという雑魚がわめいているけど、そして例の武田教授を招いて講演会のようなことが企画されているらしいが、共鳴箱に閉じこもって騒いでいるだけだろ。ryobu-0123なんてひどいもんだ。書くことがないからか、他人のサイトの記事をまるごとコピペだぜ。オリジナルのサイトには連絡先が書いてないので、許可を得てコピペしているとは思えない。魚拓を取るということと意味が異なるだろうが。著作権も知らないのかな。多分、魚拓でも著作権を侵害していると思うけど、何も加えず記録のためにコピーしてあるだけだ。ryobu-0123のページはそうではないからな。

アルコールのせいだ

今週はちと講義、実習、講義と実習の準備とちといそがしく、くたびれて、帰宅してアルコールを胃に注ぎつつ、最近、静かになった他所様のブログなんか見ていて、まだ日本シリーズも始まってないしね、他所様のブログにコメントしてしまった。意見を述べる場があるのだから、何も他所様にお邪魔することはないのにね。
アノ姐さん すんません。敬称をわすれちゃった。
[ 追記 ] 2016.10.22
武田センセは昭和18年(1943)6月生まれで、現在73歳。中部大学の定年は70歳だろ。だから現在は毎年更新の特任教授なんだろ。実験室はない可能性がある。総合工学研究所に所属しているがこの研究所は研究プロジェクト単位で構成されているようで、普通の大学の講座制ではないので弟子が教室を主催しているというような形ではないのかもしれない。そうだとすると小保方氏を受け入れる余地はないのかもね。

違う人だよ

剽窃と断定されておとなしくなったあっちのブログですが、「ため息」さんという方がコメントしていました。どうやら、アク禁になったようです。あそこは、少しでも批判すると、あるいは異議を唱えると排除されるブログですからね。
この「ため息」さんは、当方とは全く関係ありません。誤解されちゃうと困るので。ま、表現スタイルも違うし、ここがそんなに有名でもあるわけがないので誤解されることはないと思いますがね。ため息を商標登録しているわけじゃないからね。

Article Fig.5cのグラフ

捏造と断定されたArticle Fig.5cのグラフなんだけど、「結論ありき」さんが取り上げているので、連休だったし…
Aticleのpdfファイルをダウンロードし、問題の図のあるページをイラストレータで開き、グラフ部分を見たわけです。
不思議な点はプロットのマークが2つのオブジェクトからなることです。外側の黒い線の◯と中の塗りつぶしが黒と白の二種類のマークである。この図では塗りつぶしの白を黄色に変更してある。


普通、イラストレータで作図するときは黒丸を描きその中を黒または白で塗りつぶすから1つのマークが2つのオブジェクトでできていることはない。
すべてのマークに番号をつけた。それぞれ最も若い日を1とするとES細胞はES1からES45、STAP StemCell はSTAP_SC1からSTAP_SC45となる。

それぞれのマークの番号を、マークの中心(目視で決めた)を通る青い線で判別しやすくした。この青い線の傾きが最終日間際に急になるのが、おかしいことは先に述べた。 また、3つのプロットがコピーではないかと「結論ありき」さんで問題となっているのをP1~Y6と加筆してある。STAP_SC21〜23がピンクの1〜3、STAP_SC24〜26が黄色の4〜6に該当する。 ピンクの2が一番上にあって、エクセルのような表計算ソフトではZ軸(重なり具合)は一定だからおかしいと指摘している。このようなところは他にもある。 マークをESは一つ置きに外側の◯を黄色の線に、STAP_SCも同様に一つ置きに赤丸にすると、重なり具合がわかる。


ESのプロットがSTAP_SCより後(上にある)ということがわかる。ES10は前後に比べ上におかれている。ES13も同様だ。STAP_SC11は両隣より下に配置されている。
イラストレータで各マークの中心位置を読み取り、表にしてみた。単位は mm でグラフの原点は(0,0)である。これで、何かがわかるだろうか?
[wpdm_file id=13]
ここまでで、力尽きた。風呂、酒、飯だからな。
捏造と断定され、不服も申し立てず、「あの日」で自由に反論できたのにやってないし… これ以上やってもしょうがないけど、グラフの捏造方法について考察できるかもね。
[ 追記 ] 2016.1011
イラストレータで読み取ったマークの中心の位置が、オリジナルの図と一致するかをチェックしないといけない。数値を読むためにオブジェクトを選択するとマウスを誤って動かしオブジェクトの位置がうごいちゃう。そこで数値化したエクセルの表からグラフを作成し、そのマークを図と重ねてみた。


ES細胞は黒または黄色の枠に黒の塗りつぶし、STAP-SCは黒または赤の枠である。赤いビットの荒い☓が、表から作図したSTAP-SCのエクセルのマークをイラストレータの図にコピペして縦横のサイズを右上と左下が一致するように変えて重ねたものだ。一部のみ拡大してある。数字は上の図とおなじだ。拡大したことになってエクセルの赤い☓はベクトルデータでないのでピット表示になっている。1ビット位の差がある、つまり数値化は問題なかったと判断した。
コピペではないかと疑われているマークの位置(STAP-SCの21から26)をエクセルでグラフにし

21~23 を24〜26に重ねてみた。

結果は21と23、24と26の位置関係はよく一致、22と25はずれているということになった、だから「結論ありき」さんの結果と微妙に異る。pdf → イラストレータ で数値化するときにどのくらいの誤差がでてくるのか、エクセルのグラフをイラレにコピーするときどのくらい精度が落ちるのか等、調べないと一概には言えないのかもね。

賛成

あちらの一流の研究者を嫌っているところがあるけれど、そして向こうも嫌っているだろうけれど、管理者はあちらの全ての意見に異議唱えているわけではない。最近のあの方の発言

121. ブログ管理人 2016年10月04日 08:51

今、ノーベル賞が日本からたくさん出ている理由の一つは、「バラマキ」と言われた研究費分配法時代に行われていた研究です。「選択と集中」による現在の方式を続けていけば、10〜20年後にはノーベル賞は出なくなるでしょう。

という考えには賛成します。こういうことを発言していただけるといいのですが、正直言って結論ありきブログの「レベルが低いと考えるのが最も妥当」についてのコメントはもう辟易としています。
最近は、法人化された国立大学のいわゆる基本校費とかいわれる、文科省から配分された経費のうち各教員に無条件でばらまかれる経費はどうやら教授でも数十万円以下のようですね。かつては、教室運営費となる経費は教授、助教授(准教授)、講師、複数助手(助教)という1講座に割り当てられた経費は合計300万円くらいあったのでは?
数十万円だと、科研費では支払えない事務経費、共同機器の負担分などを支払うとおしまいになっちゃう。多様性を維持するのならバラマキかもしれないが、最低の研究ができる経費を分配すべきだと思います。そのときの風潮で集中配分してもいいですけど、その他大勢も研究できるようにしないと、それこそユニークな研究がでてこないと思うところです。

グラフの捏造

例のNature論文の細胞増殖曲線のグラフ、筆頭著者は捏造と判定されて異議を申し出なかったので、桂委員会の判定が最終決定だと思っていたのだが、阿塁未央児という方が、グラフのプロットのx方向の間隔(時間)が一定でないというのと、筆頭著者の桂委員会での正確に3日毎ではなく、できるときにやったとかいう供述に一致しているのでは?と言い出した。つまり実測値からプロットしたのでは?というわけだ。ツイッターの記事なので意味がわからないところがある。もしプロットが下記の指摘のようにコピペだったらx軸方向の間隔を細かく見ても意味がない。逆にx軸方向の間隔が一定でないのはコピペというかマークをマニュアルで適当な位置に置いた証拠なんだろ。エクセルの表の横軸を時間単位で入力したとは思えない。日の単位だろ?だったら等間隔あるいは一定の比になるだろうな。
阿塁未央児さんの考えに対して「結論ありき」のブログの管理者の一人の方がコピペだと指摘している。プロットのマーク(丸)が大きいと隣のマークと重なる。この場合、普通グラフ作成ソフトでは表示は後から(この場合x値の大きい)のマークが上に重なるように表記されるが、そうなってない、重なり具体が一定でない、つまりグラフにはコピペしたプロットがあるのではと、このグラフが捏造されたことを指摘している。
一方、本ブログの管理人は最初にグラフを見た時、おかしいと思った点は、120 日間なのに45 回、つまり平均2.6 日毎に測定していることと
20161003graph
ES細胞とSTAP幹細胞は同じ回数測定しているのだが、図でわかるように順番の該当するプロットを結ぶ赤い線の傾きが、最後になって急に大きくなるように変化していることだった。
確か、ES細胞とSTAP幹細胞のプロットが縦に並んでないというのが疑問であるというのが最初の疑惑の指摘だったが、これは、同一日時に測定したのでなければ説明ができる。例えば1回目の測定が3日後と4日後と異なり、2回目以降どちらも3日毎だったら、プロットは縦に並ばず一定のズレのままのグラフになるだろう。ES細胞とSTAP幹細胞それぞれの縦軸の変化が同じようだったら、この赤線の傾きはの変化は最初から一定の傾向になるだろう。この場合ES細胞の増殖率が少し大きいので、赤線の傾きは次第に大きくなっていくだろう。しかし図では、最後の数回だけ傾きが急に大きくなっている。ES幹細胞の増殖スピードが最後の数回のみ急に増加した(STAP幹細胞の増殖が急に低下した)ということになる。これはありえないでしょ。増殖スピードが変化したのなら、グラフの途中とかでもあってしかるべきでしょ。
一番考えられるのは、STAP幹細胞のマーク幾つかを何回かコピペしたら、最後の数点が枠からはみ出し(120日を越えちゃう)ので、これを少しずつ左にずらしたから でしょ。同じ回数測定されてなければならないと思っているからね。ES細胞とSTAP幹細胞でカウント日時数が同じでないといけないということはないからね。むしろ増殖率が異なるだろうから、120日と限定したら、コンフルエントになるたびに入れ替えるのだったら測定数が異なってしかるべきだ(正しいかな?増殖する細胞数をカウントしたことがないからわからない)。
そもそも120/45=2.6 … というのがありえないので、なんで捏造するにしても3日毎なんだから40点のプロットにしないんだろ?
この方については、普通、捏造するならわからないようにこうやるだろという推測が通用しないからな。図でマークをコピペしたり、位置をずらしたりするより、表の数値を変えるほうが捏造は楽なのにね。
ちなみにエクセルでは、後からセルの数値を変更しても、マークの重なり順番は変更されない。マークの重なりはxの値が大きい方が前面に来なければないらないという規則はどこにもない。逆だって可だ。ただし、表からグラフを作るソフトでは、その関係は一定で、セルの数値を変えたらそのマークが最前面にでてくるなどというのはないだろうな。イラレにかぎらず絵お絵かきソフトでは普通コピペすると重なり具合はコピペの順になる。あとから貼り付けたのが前面に来る。
測定した記録がない、これはハーバードではなく理研での実験だから実験ノートがないという言い訳は通用しない。せめてエクセルの表でもあればいいのに、これもなかったんでしょうね。エクセルの表で数値をいじってグラフを作成したら「結論ありき」さんの指摘はなかっただろうね。出張で測定できない時があったはずという指摘にも、測定記録がないから答えられないのも当然と思われるよね。でも図の Legendには8例あると書いてあるよ。「あの日」にはこのグラフの件について何も書いてないのは何故?愛読者のryobuさんだったら答えてくれるかな?

研究倫理eラーニングコース

あの「あの日」の著者が大々的にやってくれたこともあったし、世界変動展望さんや白楽ロックビルさんとかが大量の不正行為を暴いているし、この記事を書いている時点では東大医学部のセンセも疑われていることもあるし、研究倫理は改めて教育しないといけないということになり、あっちの大学では、全員が研究倫理eラーニングコースを受講しなければいけないことになった。パスワード等を含んだ案内メールが9月の30日に来て、10月中に修了書を得る必要がある。テキストは122ページ、ポイント確認集は19ページで、
20161003e-learningetjics
これらを読めばいいのだが、正直いって読みたくないよね。で、そんなのは読まず実施したのだ。ページが指示する通り行うと1時間半位かかる。確実に読ませるために、次のページ、次の吹き出しがでるのに時間をおいているからだ。設問は、一発で正解しないとまずいような基本的な問題だ。この設問は当然として、例えば、応用問題とかして、もっと微妙な例、判定が白黒どちらもあり得るような例などをあげたら、興味を引いてよかったのではないだろうか。吹き出し内の文書の句読点が  , (カンマ)と  。(句点)の組み合わせなんだよね。違和感があったよ。
修了証書は大学当局に届けるのかしらん?それとも、大学単位で申し込んでいるので、大学の管理者は成績(一発で回答できたか)と修了をモニターしているんだろうか?
このコースを修了した後、担当副学長に、うちの大学はこの点が不備じゃないの?とメールしたけどどうなるだろ。
[ 追記 ]午後に、副学長から対処するとのメールがきた。小さい大学は、コミュニケーションがいい。しかし、実行速度は大学の大きさと関係ない。