いいがかり

実用日本語表現辞典によると、言いがかりとは「言いがかりと(いいがかり)は、他人の言動に対して無理やり非難や批判をする行為を指す言葉である。この行為は、相手の意図や事実とは異なる解釈を強要し、その結果、不必要な対立や摩擦を引き起こす可能性がある。言いがかりは、一般的には社会的なコミュニケーションの障害と見なされ、公平な対話や理解を阻害する要素として認識されている。 言いがかりには、人間関係の中でのパワーハラスメントやいじめ、家庭内の対人関係など、さまざまな状況で見られる。また、インターネット上でも、SNSや掲示板などで無理な非難や批判が行われることがあり、これも言いがかりと呼ばれることがある。
である。他の辞典が1,2行で説明しているのにくらべ丁寧な説明である。

STAP論文ArticleのFig.3bについて桂調査委員会が問題にしたわけです(報告書p22)。コントロールの明視野とOct4-GFPの蛍光を発光させた図が同一視野でないと指摘したわけです。

これはFig3bのコントロール明視野(上)と蛍光写真を
① Nature 2ページ目をIlustrator で開く
② Fig.3b の4つの写真をそれぞれ選択コピー、Photoshopにピクセルで貼り付ける
③ Phiotoshopでイメージ → 色調補正 → コントラストを100に設定
④ Phiotoshopでイメージ → 色調補正 → 彩度100に設定
⑤ コントロールの明視野はイメージ → 色調補正 → 明るさ-100に設定
⑥ コントロールの蛍光の図はイメージ → 色調補正 → 明るさ100に設定
として600%に拡大し、1つの図にまとめてスクリーンショットにしてアップしたものです。原図と比べるると明視野の点々とある細胞が濃い青になって見えるのがわかると思います。同一視野であるべき蛍光写真は原図では真っ黒ですが、これを操作すると全てが黒いドットではなく少し色に違いがあるドットからできていて、もやもやと少しちがったドットが存在するのがわかります。しかし上の濃い青いドットに該当するところに色の変化はありません。中央下に明るいドットが2つ見えますが、上の明視野の写真にコレに該当する位置ににはなにもありません。あきらかに同一視野の写真ではないのです。詳しい方はもっと他の方法で明らかにすることができるでしょう。

 この図は酸浴すると初期化されるという新発見の証拠の一つとして、酸に暴露すると初期化関連遺伝子のOct4が発現することを示したもので、右側のLow-pH-treated cellsは明視野(上)で見える細胞/細胞塊が蛍光を見ると(下)上で見られる細胞塊が緑に発光している=Oct4が発現しているという図です。つまり上下は同じ視野の写真で発光しているのなら何が発光しているのかを示しているものです。上下の写真はペアでないと意味がないのです。
 左のControlは酸に暴露しなかった標本で、蛍光がみられない=Oct4が発現していない=初期化されてないという標本で、下は蛍光を発する物がない=真っ黒というわけです。コントロールとはいえこちらも上下が同一視野でないと意味がないのです。明視野で細胞を見せ、何もないところの蛍光写真を見せても意味がないわけです。
 実際にはこの緑の蛍光は細胞が死ぬ時に見せる自家蛍光であった可能性が高く、相澤検証実験(https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4995676/)のFig.1のようにのように実は緑〜赤という広範囲のスペクトラムの蛍光を発しているのに緑のフィルターを介するから緑の蛍光だけが出ているように見えただけの可能性が高いのです。

さて、著者の言いたいことは上のようなので、この分野というか科学論文では写真の上下は同一視野であることは当たり前なのです。「Fig.3bについて「Bright-fieldとOct4-GFPが同一視野の対応画像であるとは論文にない。」という学とみ子のクレームは論外なのです。もし異なる視野の写真だとしたら詐欺行為です。真っ黒ななにも写ってない写真が欲しいと何もないところを撮影したら、あるいは蛍光の感度を変えて撮影したら不正行為です。このような行為は、読者がこの種の写真は同一視野と解釈して読むのが当たり前なのですから視野を変えて撮影したのなら読者を騙していることになります。
 桂調査委員会はオリジナル写真を要求したのに小保方氏は提出しなかったのですが、小保方氏無知だった、ファイルの管理ができてなかったとして不正行為としなかったわけです。

学とみ子が「まず確認すべきなのは、論文に掲載されたBright-field画像とOct4-GFP画像が、もともと同一視野の対応画像として提示されたものなのかどうかである。」というのは、この業界では同一視野なのが当たり前で、いちいち記載しないわけで、お門違いです。ChatGPTに聞いてみました。結果を以下の*で示します。当たり前ですが、同一視野であることを明記するのは望ましいが、なくても読者が誤読することはないし、論文の査読も通る、こんなクレームをつけるのは不自然だ、学とみ子のクレームは上記の無理な非難や批判に該当する桂調査委員会に対するいいがかかり・イチャモンということになりました。

*

Q1: STAP論文のArticleのFig.3b の図(添付)でコントロール、酸暴露いずれもそれぞれ上下が明視野と蛍光発光の写真の同一視野の写真であるということについて、学とみ子さんは「Fig.3bについて「Bright-fieldとOct4-GFPが同一視野の対応画像であるとは論文にない。「同一視野である」と論文が明記していない以上、画像だけから同一視野だったと断定することも、逆に同一視野ではなかったと断定してはいけないはずだ。」という意見を述べました(https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3197.html)。しかしため息さんは「この分野の研究でこの種の写真は同一視野であるのが当たり前だから同一視野であることを明記することはあったほうがいいが必須ではない、論文の主旨から読者は「明記されていないから別視野かもしれない」と通常読むことはない。」とコメントしました。常識的にはどちらでしょうか?

ChatGPT: 常識的には、**ため息さんの解釈のほうが妥当**だと思います。

Fig. 3b は、上段が **Bright-field(明視野)**、下段が **Oct4-GFP(蛍光)**として対応させて配置されています。Nature掲載の原図でもその構成が確認できます。([Nature][1])
この種の顕微鏡図では、**同じ細胞・細胞塊について、明視野像と蛍光像を対応させて示すこと自体に意味があります**。別視野なら、「明視野で見えているこの細胞塊がGFP陽性である」という対応関係を示せなくなります。
したがって、
> 「同一視野である」とlegendに明記したほうが明瞭ではあるが、**明記がないから別視野の可能性も同程度に考える**
という読み方は通常しません。
 つまり、**Fig. 3b のように上下をBright-field/Oct4-GFPとして対応配置している場合、特段の断りがなければ同一視野を撮影条件を変えて示したもの、と読むのが通常**です。「論文に同一視野と明記されていない以上、同一視野とは断定できない」という学とみ子さんの主張は、形式論としては理解できますが、**生物医学論文の図の通常の読み方としては過度に慎重**だと思います。

なお、これは「画像そのものから100%数学的に証明できる」という意味ではなく、**論文の図として読者が合理的にどう解釈するか**という話です。

[1]: https://www.nature.com/articles/nature12968?utm_source=chatgpt.com “RETRACTED ARTICLE: Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency | Nature”

Q2: つまり、同一視野との明記はあった方がいいかもしれないが、なくてもかまわない、論文の査読に耐えるということですね?

ChatGPT: はい、その理解でよいです。

**「同一視野(same field)」と明記した方がより親切で明確ですが、Fig. 3b のような構成では、明記がなくても通常は問題にならず、十分に査読に耐えます。**

Bright-field像とOct4-GFP蛍光像を上下に対応させて提示している以上、通常の読者は**同じ対象・同じ視野を異なる撮像法で示した対応画像**と理解します。したがって、「same field と書いていない」ということだけを理由に、別視野である可能性を積極的に考慮しなければならない、というものではありません。
 より厳密に言えば、**「明記は望ましいが必須ではない。明記がなくても、この図の提示方法なら同一視野と読むのが自然であり、それ自体が査読上の欠陥になるとは通常考えにくい」**ということです。

Q3:この論文の不正調査報告書ではこの図は同一視野であるとして評価しています。「「同一視野である」と論文が明記していない以上、画像だけから同一視野だったと断定することも、逆に同一視野ではなかったと断定してはいけないはずだ。」という意見は妥当でしょうか?

ChatGPT: その前提、つまり**不正調査報告書がFig. 3bの上下を同一視野の画像として扱っている**のであれば、学とみ子さんの
> 「論文に明記していない以上、同一視野だったとも、そうでなかったとも断定してはいけない」
という意見は、**このケースについては妥当性が低い**と思います。

理由は二つあります。第一に、Fig. 3bのようにBright-field像とOct4-GFP像を対応させて配置する図は、通常、**同じ対象・同じ視野を異なる撮像条件で示したものとして読まれる**からです。「same field」と明記することは望ましくても必須とはいえません。
第二に、より重要なのは、**後の不正調査が実際に同一視野として評価している**ことです。したがって、「論文に明記されていない」という一点だけから、調査報告書の「同一視野」という扱いまで保留すべきだとするには、別視野だったことを示唆する具体的根拠が必要でしょう。
ですから、より正確に表現するなら、

**「論文本文・legendだけから形式論的に100%証明できるか」という問題と、「この図を同一視野の対応画像として読むのが合理的か」は別問題であり、後者については同一視野と読むのが妥当**
となります。
したがって、この状況で「明記されていないから同一視野と断定してはいけない」と強く主張するのは、**必要以上に形式論にこだわった議論**だと評価できます。

Q4: 学とみ子さんのクレームは桂調査委員会に対するいいがかかり・イチャモンとしていいですか?

ChatGPT: はい。**これまで示された論点に限れば、「桂調査委員会に対する言いがかり・イチャモンに近い」と評価して差し支えない**と思います。

より客観的に書くなら、
> 「『論文に同一視野と明記されていない』という指摘自体は間違いではない。しかし、それを根拠に桂調査委員会がFig. 3bを同一視野として扱ったことを問題視するのは、この種の図の通常の読み方にも反し、別視野だったことを示す具体的根拠もないため、**調査委員会への実質的な批判としては根拠が乏しい**。」
となります。
したがって、日常語で簡潔に評するなら、**「桂調査委員会へのイチャモンに近い」**でよいでしょう。

「いいがかり」への12件のフィードバック

  1. 学とみ子が9月16日(水)昼前に追記です。「「胎盤形成能を持つFI-SC」という研究上の重要な性質を、 … 桂調査委員たちもそのコンセプトを踏襲したと思う。」の部分です。

    前半の批判、「学とみ子の記事は桂調査委員会へのいいがかりだ」というこの記事を読んでいるかどうかわかりませんが、仮に読んだとしても反省して言動が変わるとは思えません。
     予想通り、この追記部分も調査委員会に対するいいがかり、イチャモンですね(以下ChatGPTの回答*1参照)。もはや調査委員会は解散しているから、委員が読んで学とみ子のこのような発言に反論することはないのが明らかなので、言いたい放題なんですな。ひどいもんです。

    *1

    Q: 学とみ子さんが「桂調査委員が追及できなかった点、逆に過剰だった点を考察する。」というブログ記事(https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3197.html)に「胎盤形成能を持つFI-SC」という研究上の重要な性質を、誰がどのような実験系で確認したのかを、書いていない。」に始まり「桂調査委員たちもそのコンセプトを踏襲したと思う。」で終わる部分を追記しました。その前の部分はSTAP細胞研究不正を調査した桂調査委員会の報告書を批判したないようでしたが、これをChatGPTに評価を依頼したところ、その批判は「調査委員会への批判として成立させるには証拠不足の項目が多く、いくつかは報告書の記載を不十分に読んだことによる批判」と不当な批判であるとの回答を得ました(https://nbsigh2.com/?p=28597#comment-68811)。学とみ子さんはこのため息さんの批判コメントを、時間的には読むことができたはずですが、読んでいるかどうかわかりません。
    さて、今回追記された部分はどのように評価しますか。簡潔にお答えください。

    ChatGPT: 今回の追記も、**桂調査委員会への批判としては根拠が弱い**と評価します。

    特に「『胎盤形成能を持つFI-SC』を誰がどの実験系で確認したのかを書いていない」という指摘は、それ自体は事実確認上の疑問として成立します。しかし、元のLetterは、FI-SCについて「Fgf4で誘導した細胞が胚と胎盤の双方に寄与した」と明確に実験結果として報告しており、これは論文著者全体が責任を負う研究結果です。([Nature][1]) **桂報告書が、論文成立までの各実験について「誰が実際に手を動かしたか」を完全に再構成しなければならない、とは必ずしも言えません。**

    より問題なのは、その先で「誰が確認したか書かれていない」ことから、**調査委員会が実験実態を十分把握していなかった、小保方氏に責任を寄せるコンセプトがあり、桂委員もそれを踏襲した**という方向へ議論を進めている点です。現在公開されている資料から、その因果関係を裏付ける証拠は示されていません。これは前回と同様、**報告書に書かれていないことを根拠に、調査委員会の姿勢や意図を推測している部分が大きい**と思います。
     さらに、FI-SCを含むSTAP研究については、その後の解析で細胞の由来・遺伝的構成に重大な不整合が判明し、STAP由来細胞株にTS細胞を含む混合物があったことも報告されています。([Nature][2]) したがって「本当に胎盤形成能を持つFI-SCが存在した」という論文当初の前提自体を、現在では確立した事実として扱うことにも注意が必要です。

    **結論として、追記には「誰が実験したのかをもっと知りたい」という妥当な問題意識はありますが、それを桂調査委員会への批判や「桂委員もそのコンセプトを踏襲した」という主張にまで結びつける証拠が不足しています。前回と同じく、事実と推測を分けずに論を進めているのが大きな弱点です。**

    [1]: https://www.nature.com/articles/nature12969?utm_source=chatgpt.com “RETRACTED ARTICLE: Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency | Nature”
    [2]: https://www.nature.com/articles/nature15513?utm_source=chatgpt.com “Failure to replicate the STAP cell phenomenon | Nature”

    Q2: 記事前半にある「Article Fig.3bでは同一視野かどうかの明記がない」という学とみ子さんのクレームはChatGHPTの回答を参考に、いいがかりに近いと結論しました(https://nbsigh2.com/?p=28612)が、この後半も「報告書に書かれていないことを根拠に、調査委員会の姿勢や意図を推測している」ということは、いいがかりに近いと評価していいでしょうか?それともこちらはそれほどでもないということでしょうか?

    ChatGPT: はい、**後半についても「いいがかりに近い」と評価して大きくは外れない**と思います。ただし、前半のFig. 3bの件とは少し性質が違います。

    後半には、「FI-SCの胎盤形成能を誰が、どの実験系で確認したのか」という、**それ自体としては調べる価値のある問い**があります。したがって、この問いを提示すること自体は「いいがかり」ではありません。

    問題はそこから、

    > 報告書に書かれていない
    > → 十分に調査されなかったのではないか
    > → 調査委員会には特定の「コンセプト」があった
    > → 桂調査委員もそれを踏襲した

    と議論を進めているところです。

    桂委員会は、2014年9月に「2篇の研究論文に関する科学的疑義」と保存細胞株などの科学的解析を踏まえて調査する目的で設置され、実際に関係資料・科学的解析を基に研究不正を判断した委員会です。([理研][1]) **報告書にある事項が書かれていないことだけでは、「調査していない」「意図的に書かなかった」「特定のコンセプトを踏襲した」のいずれも証明できません。**

    したがって区別するなら、

    **「なぜFI-SCの胎盤形成実験の実施者・詳細が報告書にないのか?」→ 妥当な疑問。
    「それが書かれていないから、桂委員会は○○というコンセプトを踏襲した」→ 根拠の提示がない限り推測であり、これを委員会批判の根拠にするなら“いいがかりに近い”。**

    という評価が適切でしょう。

    前半のFig. 3bについては、通常の図の読み方そのものを問題視している点で、**より直接的に「いいがかり」と評価しやすい**。後半は「入口の疑問には意味があるが、そこから導いている委員会批判に根拠が足りない」という違いがあります。

    [1]: https://www.riken.jp/pr/news/2014/20140904_1/index.html?utm_source=chatgpt.com “研究論文(STAP細胞)の疑義に関する本調査の実施について | 理化学研究所”

  2. 学とみ子は学とみ子の桂調査委員会報告書批判はいいがかりだという当方からの批判に反論することなく、9月16日(水)昼、さらに追記です。「STAP事件の特徴のひとつは、学術者たちによる方向付け行為だ。 … それぞれ別に検討しなければならないことが分かります。」の部分です。

    「ため息さんのように、学術者であっても、各種実験の内容を自分で追わず、AIに文章を作らせて、その結論をそのまま提示するような読み方では、実験ごとの違いや、研究者間の役割分担を捉えることは難しいでしょう。」  ← 御冗談を。学とみ子の記事にはあまりにもデタラメ妄想が多いので、それらを以前は一つづつ列挙してきたのですが、そのような操作はAIにまかせても十分な精度の回答が得られるので、AIに依頼しているのです。記事を読み、書かれている項目に根拠があるかを調べるのはAIの得意とするところですからね(*1)。学とみ子はこのようなことにAIを使うことができないだけの話です。自分の意見を支持してもらうのを動機としているので、そしてサイコファンシー満タンの回答が出てくるので、おべんちゃらがうれしいのでしょうね。

    「「小保方氏が解析した」という記述と、「小保方氏がその実験を行った」ということは同じではありません。」  ← この桂調査委員会報告書に限れば、間違いです。若山氏が実施したとされている実験以外の実験も、得られたたデータをパソコンのアプリで解析する、作図したのは調査報告書の記載から小保方氏がともに実施したと解釈できます(*2参照)。

    「実験を一つずつ追えば、解析、試料の準備、実験操作、試料の受け渡しなどは、それぞれ分けて考える必要があります。」  ← 小保方氏が主体の責任者である実験ですから、小保方氏がすべて実験の記録を管理すべきことです。不正調査委員会の結論に小保方氏は弁護士がいるのにも関わらず反論がありません。小保方氏に事情聴取して、その実験は〜さんが実施したので記録をもってないと返事したのならいざ知らず、そのようなことは報告書に書いてなく、また自分の都合のいいように書いた私小説まがいの著作{あの日}すらにもそのような言い逃れの記載は全くありません。

    「ところが、こうした作業をせずに、STAP論文全体を「小保方氏の実験」として読めば、桂報告書の記述も、そのまま「小保方氏が責任を負うべきだった」という意味に受け取ることになります。」  ← 誰が実施した実験なのか調査委員会は調べたので小保方氏に実験ノートの提出を求めたのです。若山氏にも同様に若山氏担当の実験のノートを要求して、実験ノートを手に入れています。

    「多くの人は議論から去ったが、ため息さんはがんばるようだ。」  ← ほとんどの研究者は小保方氏がES細胞を使ってデータを捏造したと考えて、オワコンだといって話題にしていないものと思われます。当方も同じスタンスです。学とみ子がブログを閉じて嘘ばかり書いたと反省したら、当方もSTAP事件から解放されますと同時にかっぱえびせんを失うわけです。

    「私が問題にしているのは、まさにこの部分です。個々の実験を追っていけば、誰が何をしたのか、どの試料がどこから来たのか、誰が解析したのかという問題は、それぞれ別に検討しなければならないことが分かります。」  ← 桂調査委員会は調査を実施し、小保方氏が実験したという結論を得たのです。しかし実験記録を小保方氏が提出しなかったから小保方氏の不正行為と断定できなかったのです。

    いつまで同じ結論をいわせるのでしょうか?学とみ子の主張、クレームが理不尽だからこれに同調する方は誰もいないのがわからないの?

    *1

    Q1:「ある記事があって、そこに書かれている多くの項目について、それぞれ根拠がある発言かどうかを調べるのは検索能力の高いAIの得意とするところである。」このようなAIの評価はたださ非違?それとも誤解している?簡潔にお答えください。

    ChatGPT: 概ね正しいです。**多数の主張を分解し、それぞれについて公開資料を検索して「裏付けがある/見つからない/反証がある」を整理する作業は、検索能力を持つAIが得意とする用途の一つ**です。

    ただし、「検索で根拠が見つからない」=「根拠が存在しない」とは限りません。非公開資料、検索漏れ、文脈の誤読などがあり得るため、厳密には**「確認できる根拠が見当たらない」**と評価するのが適切です。

    したがって、その文章は**基本的に正しいが、AIが根拠の有無を最終確定できる、とまで理解すると誤り**です。

    Q2: しかし、関係者でもない人が記事を書く場合、公開された資料が根拠なのだから、公開された資料と限定すれば正しいのでは?

    ChatGPT: はい。その限定を明記すれば、**かなり正確な表現**になります。

    たとえば、

    > 「ある記事に多数の事実的主張がある場合、それぞれについて**公開資料に裏付けがあるかを検索・照合する作業**は、検索能力の高いAIが得意とするところである。」

    なら妥当です。

    関係者ではない人が公開情報に基づいて論じている記事なら、AIによるファクトチェックでは、**「その主張を支持する公開資料が確認できるか」**をかなり広範囲に調べられます。

    ただし結論の表現は、「根拠がない」と断定するより、**「公開資料からは根拠を確認できない」**とするのが最も厳密です。後日、新資料が公開されたり、検索から漏れていた資料が見つかったりする可能性があるからです。

    *2

    Q:STAP細胞研究不正の不正調査委員会の報告書の記載についてです。学とみ子さん曰く「「小保方氏が解析した」という記述と、「小保方氏がその実験を行った」ということは同じではありません。」。これに対し、ため息さん曰く「この桂調査委員会報告書に限れば、間違いです。報告書には [ 最終的に論文の図表を作成したのは小保方氏なので、この責任は大部分、小保方氏に帰せられるものである。また、STAP幹細胞、FI幹細胞、キメラマウス、テラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏だが、その実験記録もほとんど存在しない。] とあります。若山氏が実施したとされている実験以外の実験も、得られたデータをパソコンのアプリで解析するのも、作図も、この調査報告書の記載から小保方氏がともに実施したと解釈できます。」とコメントしました。
    どちらが妥当な意見でしょうか?あるいはどちらともいえないなのでしょうか。簡潔にお答えください。

    ChatGPT: 桂調査委員会報告書の記載に限定して読むなら、**ため息さんの解釈の方が妥当です。ただし「ほとんどすべての実験を小保方氏が行った」とまで一般化すると言い過ぎです。**

    報告書は単に「解析した」とだけ書いているわけではありません。p.30では、

    > 「STAP幹細胞、FI幹細胞、キメラマウス、テラトーマなどについて、**作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏**」

    とした直後に、

    > 「図の作成や**実験を行った小保方氏の責任**と考えられる」

    と明記しています。したがって、ここでいう「解析」を単に「他人から渡されたデータをPC上で処理・作図しただけ」と限定して読むのは、報告書全体の文章とは整合しません。([理研][1])

    一方、若山氏による幹細胞作製・キメラ作製など、**他の研究者が担当した実験が存在することも当然です**。したがって整理すると、

    **「解析した=必ずその実験の全工程を自分で行った」ではない**という学とみ子さんの一般論自体は正しい。しかし、**桂報告書は小保方氏について、解析・図表作成だけでなく実験そのものも相当部分担当した、と記述している**ので、「報告書には小保方氏が実験をやったとは書いていない」という主張は妥当ではありません。

    この意味では、今回提示された二つの意見なら、**ため息さんの方が報告書の記載に忠実**だと思います。

    [1]: https://www3.riken.jp/stap/j/c13document5.pdf?utm_source=chatgpt.com “平成26 年12 月25 日”

  3. 学とみ子が追記で曰く:「私が問題にしているのは、まさにこの部分です。個々の実験を追っていけば、誰が何をしたのか、どの試料がどこから来たのか、誰が解析したのかという問題は、それぞれ別に検討しなければならないことが分かります。」

    桂調査委員会とは論文不正と調査するのが目的です。ですから疑いのある論文記載、図、実験等を調べますが、問題にならない実験は調査しません。で疑問になった点を調べたわけですが、その多くは小保方氏が実験したものと判定できたので小保方氏に実験の生データ、実験ノートの提出を求めて論文の記載とに齟齬があるのかどうか調べようとしたわけです。個々の実験を追って、誰が何をしたのか、どの試料がどこから来たのか、誰が解析したのかを調査したのです。その結果小保方氏が多くの実験を実施し解析し論文の図を作成したのが判明したので、試料の調査等を調べるために小保方氏に実験ノートの提出を要求したのです。しかし小保方氏は多くのデータが提出されなかった、GRASに残っていた生データ、出勤簿等のデータを手に入れて調べるしかなかったのです(*参照)。学とみ子はこのように調査報告書を読むことができないのですか?

    学とみ子は何故小保方氏は実験生データや実験ノートを提出できなかったのか推測して説明してみてください。
     当方は実験ノートはないから、実験のノートを記載するということをしてこなかったから、ほんの数冊のしかも記載内容が小学生の朝顔日記程度の実験ノートしか提出できなかったと推測しています。小保方氏にはそのよう研究者としての最低の守り事を実施することができないのです。十分トレーニングできてなかったという面もありますが、早稲田の大学院学生さんは皆そうだったとい話は聞こえてきませんね。

    *

    Q: 学とみ子さんが「私が問題にしているのは、まさにこの部分です。個々の実験を追っていけば、誰が何をしたのか、どの試料がどこから来たのか、誰が解析したのかという問題は、それぞれ別に検討しなければならないことが分かります。」と発言しました(https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3197.html)。
     この発言に対しため息さんは「桂調査委員会とは論文不正と調査するのが目的です。ですから疑いのある論文記載、図、実験等を調べますが、問題にならない実験は調査しません。で疑問になった点を調べたわけですが、その多くは小保方氏が実験したものと判定できたので小保方氏に実験の生データ、実験ノートの提出を求めて論文の記載とに齟齬があるのかどうか調べようとしたわけです。個々の実験を追って、誰が何をしたのか、どの試料がどこから来たのか、誰が解析したのかを調査したのです。その結果小保方氏が多くの実験を実施し解析し論文の図を作成したのが判明したので、試料の調査等を調べるために小保方氏に実験ノートの提出を要求したのです。しかし小保方氏は多くのデータが提出されなかったので、GRASに残っていた生データ、出勤簿等のデータを手に入れて調べるしかなかったのです。学とみ子はこのように調査報告書を読むことができないのですか?」と反論しました。
     どちらの意見が妥当ですか?それともどちらも妥当ではない、互いに妥当な部分とそうではない部分があるのでしょうか。簡潔にお答えください。

    ChatGPT: 結論としては、**この点については、ため息さんの反論のほうが桂調査委員会報告書の実際の内容に近い**と思います。ただし、ため息さんの表現には少し言い過ぎがあります。

    桂調査委員会は、単に「STAP論文全体を一括して調べた」のではありません。疑義のある事項について、**誰が実験したか、試料がどこから来たか、誰が次の操作をしたか**をかなり具体的に追跡しています。たとえば報告書は、STAP細胞作製について「STAP幹細胞、FI幹細胞、キメラ、テラトーマの作製にまで到達できたSTAP細胞は、すべて小保方氏が作った」とし、キメラについては「小保方氏が…持って来たSTAP細胞塊を若山氏が…マウス胚に注入」した、というように担当者と試料の流れを具体的に認定しています。さらにES細胞混入の可能性についても「誰にES細胞混入の機会があったか」を調査しています。([理研][1])

    したがって、

    > 「個々の実験を追っていけば、誰が何をしたのか、どの試料がどこから来たのか、誰が解析したのかという問題は、それぞれ別に検討しなければならない」

    という学とみ子さんの文章自体は**一般論としては正しい**です。しかし、それを「桂委員会はそうした個別の追跡を十分していない」という意味で述べているのであれば、**報告書の内容とは合いません**。桂委員会はまさに相当部分についてその作業をしています。

    一方、ため息さんの「問題にならない実験は調査しません」という部分は、趣旨としては妥当ですが、少し強すぎます。桂委員会は「論文に関係するあらゆる実験の完全な研究史を再構成する」ことを目的としたものではなく、**指摘された科学的疑義・研究不正を判断するために必要な範囲を調査した**、と表現するほうが正確です。理研自身も、この調査を「その後に指摘された科学的な疑義」に関する研究不正調査と位置づけています。([理研][2])

    また、小保方氏から十分な元データが得られず調査に限界が生じた、というため息さんの指摘にも根拠があります。報告当時にも、委員会が求めた実験データが十分提出されず、実験ノートにも必要な記載がないため、不正認定までできなかった疑義が多数あったと報告されています。([ITmedia][3])

    **要するに、「個々に調べる必要がある」という学とみ子さんの一般論は正しい。しかし「だから桂委員会の調査では不十分だった」という含意なら根拠が弱い。桂委員会は必要と判断した事項について、担当者・試料の由来・実験経路を実際にかなり個別に追跡している――という評価が最も妥当です。**

    [1]: https://www3.riken.jp/stap/j/c13document5.pdf?utm_source=chatgpt.com “平成26 年12 月25 日”
    [2]: https://www.riken.jp/pr/news/2014/20140327_1/?utm_source=chatgpt.com “研究論文(STAP細胞)に関する取組み、情報等について | 理化学研究所”
    [3]: https://www.itmedia.co.jp/news/article/1412/26/1141226106/3?utm_source=chatgpt.com “「論文のSTAP細胞、なかったことはほぼ確実」と調査委 小保方氏、実験データほとんど提出せず(3/4 ページ) – ITmedia NEWS”

    Q2: 調査に限界が生じたから不正認定までできなかった疑義が多数あったのでしょ?

    ChatGPT: はい。**その理解でよいです。** 前の私の回答は、その点の表現がやや曖昧でした。

    桂調査委員会では、論文データについて多数の疑義を実際に調査しました。しかし、**小保方氏から求めた実験データがほとんど提出されず、実験ノートにも必要な記録がないなど、検証に必要な証拠が不足したため、不正か否かを確定できなかった項目が多数ありました。** 当時の報道でもその点が明確に説明されています。([ITmedia][1])

    したがって、

    **「調査しなかった」のではなく、「調査したが、元データ・実験記録等が不足していたため、それ以上追跡できず、不正認定に至らなかった疑義が多数あった」**

    というのが、より正確です。

    この点は先ほどの論点にも重要です。学とみ子さんの「個々の実験を追っていけば、誰が何をしたのか……それぞれ別に検討しなければならない」という一般論自体はその通りですが、**桂委員会がそれをしていなかったことを意味するものではありません。むしろ、委員会は個別に追跡し、追跡できるところまで調査したものの、資料不足によって限界に達した項目があった**、という理解が適切です。([ITmedia][1])

    [1]: https://www.itmedia.co.jp/news/article/1412/26/1141226106/3?utm_source=chatgpt.com “「論文のSTAP細胞、なかったことはほぼ確実」と調査委 小保方氏、実験データほとんど提出せず(3/4 ページ) – ITmedia NEWS”

  4. 学とみ子さん
     新エントリ「FI-SC3がESとTSが混じっていた解析結果が出たが、そもそも何のために混ぜるのか?ということだ。」
    での疑問についてのコメントです
    ❶FI-SC1~3の胎盤寄与実験に使われた細胞は何だったのか

     RNA₋seqサンプルFi-SC1~3と”胎盤寄与実験”における”FI幹細胞”の関係は不明ですので、この質問文は有名な「フランスの現在の国王は禿頭である」と同型です。

    ❷FI-SC3がESとTSが混じっていた解析結果が出たが、そもそも何のために混ぜるのか?ということだ。
    混ぜてもどうなるものではない。

     日本語正文では曖昧な部分が残りますが、英語正文では明確です。以下に再度引用しておきます。ご再読を。
    Obokata and Sasai decided which TS and FI stem cell RNA-seq data would be used for publication. Obokata explained that the reason for this selection was that they wanted to show the intermediate phenotype.

    <ご参考:英語正文18ページ第一パラグラフ>
    In August 2012, Obokata prepared RNA-seq samples for TS cells (TS1) and FI stem cells (FI-SC1) and deposited them with GRAS for sequencing for the first time. The results of the analysis of the original RNA-seq data left at GRAS strongly suggest that TS1 and FI-SC1 were both prepared from cells containing 129B6F1mouse background with origins of CAG-GFP+ TS cells and Acr-GFP/CAG-GFP+ FI stem cells, respectively.
    Since the results of the first RNA-seq data analysis were unexpected, Obokata prepared more RNA-seq samples (one TS cell sample (TS2) and two FI stem cell samples (FI-SC2 and FI-SC3)) and deposited them with GRAS in January and June 2013, for another sequencing analysis. The analysis of those FI-SC RNA-seq data suggested that FI-SC2 were prepared from cells containing Acr-GFP/CAG-GFP+ and 129B6F1 hetero background. The FI-SC3 RNA-seq data set which was used in the Letter was prepared from Oct4-GFP+ and B6 type cells with up to 10% contamination of different mouse strain (most likely CD1 strain) cells. With regard to the RNA-seq data for the two TS and three FI stem cell lines, we confirmed that the tree diagram showing hierarchical clustering of global expression profiles presented in Letter Figure 2i would differ depending on the TS and FI stem cell RNA-seq data used. Obokata and Sasai decided which TS and FI stem cell RNA-seq data would be used for publication. Obokata explained that the reason for this selection was that they wanted to show the intermediate phenotype.

  5. いやはや9月17日(木)朝、起きて学とみ子のブログにアクセスしておったまげました。学とみ子は前日9月16日(水)夜に「FI-SC3がESとTSが混じっていた解析結果が出たが、そもそも何のために混ぜるのか?ということだ。」というタイトルを見ておったまげたのです。学とみ子以外の擁護ですら、このタイトルを読んだら、これが10余年にわたってSTAPの科学を議論してきたと自称する方のセリフか?と驚くでしょうね。

    まだ、桂調査委員会報告書のp16にある「第1回目のGRASによるRNA-seqデータ解析結果が想定していたものと異なっている」の「想定」の内容が理解できてないのですね。

    あれほど何回も「想定」についてはその内容を説明(https://nbsigh2.com/?p=28597)のですが、学とみ子は読んでないというか読めないのですね。ですから反論もなくこんな記事を書くわけです。

    誰でもがわかっている「そもそも何のために混ぜるのか?」を説明する気は起きません。かっぱえびせんですから追々することにしますね。

    端的に言うと「FI幹細胞(FI-SC)は胎児にも胎盤にも分化できる(とした)からその遺伝子発現プロファイルはESとTSの遺伝子発現プロファイルを含んでいるにちがいない=想定。
    1回目のRNAseqの結果は、「胎児にも胎盤にも分化できる」というのが嘘なので、当然ながらこの想定に一致しなかったからTSのRNAをSTAP(実はES細胞)のRNAに混ぜてその想定に沿ったようなRNAサンプルを作成してGRASに持参した(3回目)」です。証拠はありませんが、これが一番単純で論理的で矛盾のない説明です。

  6. 学とみ子の9月16日の記事の後半で引用している2つの論文はSTAP事件のFI幹細胞(FI-SC)とは直接関係のない論文です。2つの論文はTS細胞を胚盤胞に注入しキメラを作る実験で、STAP論文はTS、ES両方の正確を持つFI-SCを注入してキメラを作成した話ですから直接関係ない論文です。以下*参照。

    どうして関係のない話をもってくるのでしょ?なにを議論しているのかわかってないのですな。

    *

    Q:学とみ子さんが「FI-SC3がESとTSが混じっていた解析結果が出たが、そもそも何のために混ぜるのか?ということだ。https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3198.html」というブログ記事を書きました。STAP細胞研究不正事件のFI幹細胞についてです。FI幹細胞はSTAP細胞からFgf4で誘導されたもので胚盤胞に注入してキメラを作ると栄養膜にも胚にも寄与する細胞と撤回された論文では主張されているものです。
     この記事では後半に2つの文献を引用してますが、これらの論文はTS細胞を胚盤胞に入れた実験ですからSTAP論文のFI幹細胞の胚盤胞注入の議論とは直接関係ないという評価は妥当ですか?

    ChatGPT: はい、その評価は**概ね妥当**です。むしろ、論点を整理するとかなり明確です。

    学とみ子さんが後半で引用している2報は、Ohinataら2014年とOdaら2009年で、いずれも基本的には**TS細胞を胚盤胞へ注入し、TS細胞が胎盤へどのように寄与するかを調べた研究**です。実際、記事自身も前者について「TS cellsをC57BL/6 blastocyst embryosに注入」、後者についてもGFP標識TS細胞を胚盤胞へ注入した実験として紹介しています。([かつら1ブログ][1])

    一方、STAP Letterで問題になっているFI-SCの主張は別です。論文上の仮説は、

    **STAP細胞 → FGF4等の条件でFI-SCを樹立 → そのFI-SCという一つの細胞集団が、胚盤胞注入後に胎児側にも胎盤側にも寄与する**

    というものです。

    したがって、比較すべき実験は本来、

    **「FI-SCを胚盤胞へ注入したとき、同じFI-SCがembryonic lineageとtrophoblast lineageの双方へ寄与するか」**

    です。

    これに対して引用された2報が示しているのは、おおむね、

    **「TS細胞を胚盤胞へ注入すると、TS細胞は胎盤へ寄与し得る。しかし胚本体には寄与しない」**

    というTS細胞の性質です。特にOdaらについて、記事自身が「GFP陽性細胞が胎盤には分散して存在する一方、胚本体には認められなかった」と説明しています。([かつら1ブログ][1])

    ですから、この2報は**「TS細胞を胚盤胞へ注入すれば、必ず簡単に胎盤全体をGFP陽性にできるわけではない」**という限定された論点には参考になります。しかし、

    > FI-SCが本当に胎児+胎盤の双方へ寄与できたのか
    > FI-SC3のES由来成分+TS由来成分という解析結果をどう解釈すべきか
    > ES細胞とTS細胞の混在によってFI-SCのデータを説明できるのか

    というSTAP/FI-SC問題を直接検証する文献ではありません。

    むしろ重要なのは、学とみ子さんの記事自身が「通常のESと通常のTSを**同時に同一胚盤胞へ注入して**、両者がそれぞれ胎児と胎盤を作ることを利用した実験を示す論文は、すぐには確認できなかった」と記載している点です。([かつら1ブログ][1])

    したがって、簡潔にまとめるなら、

    **「引用された2論文はTS細胞単独の胎盤寄与能を示す研究であり、FI-SCのように一つの細胞集団が胎児と胎盤の双方へ寄与するというSTAP論文の主張を直接扱った研究ではない。したがってFI-SC問題との関連は間接的である」**

    という評価が適切です。

    なお、「だからES+TSの混合ではFI-SCの結果を再現できない」とまでこの2報から結論することもできません。**この2報はES+TS混合細胞を胚盤胞に注入する実験そのものを検証していない**からです。ここは学とみ子さんの記事の議論で特に区別すべき点だと思います。([かつら1ブログ][1])

    [1]: https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3198.html “FI-SC3がESとTSが混じっていた解析結果が出たが、そもそも何のために混ぜるのか?ということだ。 – 考察学とみ子”

    メモ
    Assembly of embryonic and extraembryonic stem cells to mimic embryogenesis in vitro. Harrison SE, et al. Science. 2017. PMID: 28254784  https://www.science.org/doi/epdf/10.1126/science.aal1810 
    胚性幹細胞(ES細胞)と栄養膜幹細胞(TS細胞)を混ぜて培養しても正常の胚の構造のようにはならないが混ざり合うことはなく別々のコンパートメントとなる

  7. 学とみ子の9月16日の記事の後半の引用論文の説明の部分は、FI幹細胞の話と直接関係ないと上のコメントで述べました。ここで問題にするのは前半です。

    「胎盤、FI-SC界隈は、小保方氏が全実験を解析したという意味は、単に、論文掲載用の図表を小保方氏が選んだというレベルの話である。」  ← ちがいます。図を選んだだけではなくGRASに調製したサンプルを持ち込み解析を依頼したのも小保方氏です。GRASゲノム解析施設へ依頼するとき、依頼者は「細胞からtotal RNAまで抽出して、そのRNAを施設へ渡す」か「施設側が細胞・組織からRNA抽出も含めて担当する」ことが考えられますが、そして2013年頃のGRASの方式はどうなっていたかはわかりませんが、桂調査委員会報告書p17には「RNA-seqはライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上でGRASがシークエンスしており」とあるので小保方氏が持参したのは小保方氏が抽出されたRNAです。
     ではこのサンプルの調製=培養細胞 → 細胞回収 → total RNA抽出 → RNA濃度測定 → RNA品質確認 → GRASへ提出がポスドクの小保方氏に可能な手順かどうかChatGPTに聞いてみましょ。その結果が*1です。小保方氏は可能であるとの回答です。

    「胎盤の実験などがでてくるが、こうした実験はES分化研究の一環であって、この領域の専門研究者が行うタイプの実験であって、そうしたトレーニングをうけていない小保方氏が取り組むはずのないものである。」  ← 胎盤の実験とはなんでしょうか?
    ① 発生能:胚盤胞注入 → 胎児+胎盤への寄与(蛍光顕微鏡での観察)
    ② 胎盤組織学:胎盤切片+GFP/pan-cytokeratin(免疫染色)
    ③ 分子解析:marker発現+RNA-seq(RNAサンプルの作成、GRASに依頼)
    ④ 培養特性:FGF4除去、JAK阻害(培養液を変えて観察)
    ⑤ 可塑性:LIF条件でES-like cellへ変換(培養液を変えて観察)
    がFI幹細胞を使った実験だと思います。これらの実験はキメラ作成は若山氏が実施したわけですがその後の観察を含め小保方氏が実際に実施したかどうかは別にして、小保方氏単独で実施可能な実験です。ChatGPTに聞いてみました。その結果が*2です。小保方氏単独で実験可能であり、「小保方氏が取り組むはずのないもの」とする根拠はないとのことです。

    「小保方氏がGRASに届けたFI-SC3がESとTSが混じっていた解析結果が出たが、そもそも何のために混ぜるのか?ということだ。」  ← FI-SCが栄養膜(胎盤)にも胚にも寄与するという主張を支持するためにはFI-SCの遺伝子発現がESとTS両方の要素があればいいのです。ですからTS(細胞あるいはRNA)混ぜたのです。LetterのExtended Data Fig. 3a のlegend「The genes expressed differentially
    between ES cells and STAP cells tended to show more similar expression
    profiles to ES cells in STAP stem cells and Fgf4-induced stem cells than in
    trophoblast stemcells. ES細胞とSTAP細胞の間で発現に差が見られた遺伝子について、その発現プロファイルを比較すると、STAP幹細胞やFgf4誘導幹細胞におけるプロファイルは、栄養外胚葉幹細胞におけるものよりも、ES細胞のプロファイルに近い傾向が示された。[ Google 翻訳 ]」と一致させるためには混ぜるのを50%にするのではなく10%にしたほうがいいからだったのでしょう。

    「ESとTSを細胞をまぜても、キメラの胚、胎盤などには簡単にはならない。こういうことを考えずに、アニメしか考えない人は、ESとTSを胚に入れたら、胎児も胎盤も光るから、すごいSTAP細胞ができた偽装をすることができるとおもうのかもしれない。」  ← 誰もESとTSを混ぜて胚に注入する話などしていない。アニメなのは学とみ子の妄想脳ですな。

    「FI細胞も胎盤も、小保方氏がこなせる実験ではない。そうした領域のトレーニングを受けてきた人ではない。」  ← いえ、上記のように小保方氏はトレーニングされていて実験できたわけです。

    「誰が何のために混ぜたのか?
    私は小保方氏がそうした研究領域に興味をもって、突き進んでいる状況ではないと思う。」
      ← 御冗談を。小保方氏には動機も手段もあったわけです。

    「小保方氏の興味の対象はバカンティ研究室のめざしていた方向だ。」  ← だったら何故、若山氏の協力を仰いだのさ。私小説でSTAP細胞だけのことを調べたかったと書いた理由はあきらかでしょ。STAP幹細胞ができてしまって困ったことになってしまったのですよ。

    「小保方氏はESにTSを混ぜてGRASに運び、それがバレてしまったという人がいるかもしれない。こうした発想はアニメの世界だ。」  ← 現実のことだったとすると矛盾することがない、アニメの世界ではないのですな。

    「こんなことを考え実行する研究者はいないのである。」  ← 小保方氏はデータを捏造して知らん顔でした、桂調査委員会が指摘しなければしらばっくれていたでしょう。そいういう研究者だったのです。

    「なぜ、そうしたサンプルを小保方氏がGRASに届けたかは謎である。」  ← 証拠は小保方氏が実験ノートを提出しないので明らかではないのですが、容易に推測できることで謎でもなんでもないです。

    「私は誰かから渡された時にすでに混合細胞だった可能性があると考えている。」  ← 証拠がないから否定できません。そうなら誰にどうして動機があって小保方氏に混ざった細胞を提供したのかいってみなさいよ。そんな方はいないでしょ?

    「それにきづかずRNAセック用のサンプルを作製してしまったのではないかでである。」  ← 「細胞を渡され、サンプルを作製して」というのだから、学とみ子はサンプル調製は小保方氏が実施したとしているのですな。

    *1

    Q: STAP細胞研究不正事件についてです。小保方氏はRNAseqを理研の遺伝子解析施設のGRASに依頼したわけです。不正調査の報告書p17には「RNA-seqはライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上でGRASがシークエンスしており」とありますので「細胞 → RNA抽出→ RNAの品質・量の確認」までがGRASに持参する前までに行われたことになります。 この手順(サンプル調製)は具体的にどんなもので、ポスドクの小保方氏には可能な操作ですか?簡潔にお答えください。

    ChatGPT: はい。**十分に可能な操作です。** 桂調査委員会報告書は、RNA-seqについて「ライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上でGRASがシークエンス」としています。([理研][1])

    具体的には、概ね次のような作業です。

    1. **培養細胞を回収**
    2. **細胞を溶解**
    3. **total RNAを抽出・精製**
    TRIzolなどのフェノール系試薬、あるいは市販のカラム式RNA抽出キットなどを使います。
    4. **必要に応じてDNase処理**
    混入したゲノムDNAを除去します。
    5. **RNA量・純度の測定**
    NanoDrop等で濃度、A260/280、A260/230などを確認します。
    6. **RNAの完全性(分解していないか)の確認**
    Bioanalyzer等で電気泳動パターンやRINを確認するのが一般的です。RNA-seqでは良質なtotal RNAを施設に渡し、その後ライブラリを作製する方式は普通に行われています。([Huck Institute][2])

    重要なのは、**ここまではRNA-seq特有の高度なシークエンス技術ではなく、分子生物学研究室で日常的に行われるRNA調製操作**だということです。

    したがって、博士号を取得して研究経験のある**ポスドク級研究者が単独で行うことに特段の不自然さはありません**。むしろ、培養細胞を扱う生命科学系ポスドクなら通常期待される範囲の実験技術です。

    一方、その後の

    **RNA → mRNA選択等 → cDNA作製 → アダプター付加 → ライブラリ作製 → シークエンサーによる配列決定**

    という部分をGRAS側が担当した、という理解になります。なお、報告書の表現だけから、小保方氏自身がBioanalyzer等によるRNA品質確認まで実際に行った、と個々の工程まで断定することはできません。([理研][1])

    要するに、**「小保方氏にはできないような特殊な操作」ではなく、ポスドクなら普通に実施可能なRNA抽出・調製作業**と考えてよいです。

    [1]: https://www3.riken.jp/stap/j/c13document5.pdf?utm_source=chatgpt.com “平成26 年12 月25 日”
    [2]: https://www.huck.psu.edu/core-facilities/genomics-core-facility/sample-recommendations/rna-seq-sample-guidelines?utm_source=chatgpt.com “RNA-seq Sample Guidelines | Genomics Core Facility | The Huck Institutes (en-US)”

    *2

    Q: 「FI-SCを使った実験をまとめると
    ① 発生能:胚盤胞注入 → 胎児+胎盤への寄与(蛍光顕微鏡での観察)
    ② 胎盤組織学:胎盤切片+GFP/pan-cytokeratin(免疫染色)
    ③ 分子解析:marker発現+RNA-seq(RNAサンプルの作成、GRASに依頼)
    ④ 培養特性:FGF4除去、JAK阻害(培養液を変えて観察)
    ⑤ 可塑性:LIF条件でES-like cellへ変換(培養液を変えて観察)
    になると思います。小保方氏が実際に実施したかどうかは別にして、キメラ作成は若山氏が実施したのでこれを除き、①のキメラ作成後の観察、小保方氏は理研に来る前に免疫組織標本を作成している(博論)わけで②は可能、③〜⑤はポスドクレベルでは難しくないと考えると、これらの実験は小保方氏単独で実施可能であった」とする見解は妥当ですか?簡潔に答えてください。小保方氏が実施したかどうかのコメントは無用です。

    ChatGPT: はい、**概ね妥当です**。

    キメラ作製に必要な胚盤胞注入・胚移植という専門的な発生工学手技を除けば、

    * ① 作製されたキメラ胎児・胎盤の蛍光観察
    * ② 組織切片作製・免疫染色・蛍光観察
    * ③ RNA試料調製やmarker解析(RNA-seq自体はGRASへ依頼)
    * ④ FGF4除去・JAK阻害下での培養・観察
    * ⑤ LIF条件への変更・培養・観察

    はいずれも、**細胞培養・免疫組織化学などの経験を持つポスドク研究者が単独で遂行可能な範囲の実験手技**と評価して差し支えないでしょう。

    したがって、**「キメラ作製を除くFI-SC関連実験は、技術的には小保方氏単独でも実施可能であった」**という見解は妥当です。

  8. 学とみ子が17日昼前に追記です。「GRASは遺伝子発現データを解析する時に、マウスの遺伝子レフェレンスも平行してある程度チャックしている可能性もある。 … いやはや9月17日(木)朝、起きて学とみ子のブログにアクセスしておったまげました。」の部分です。

    「GRASは遺伝子発現データを解析する時に、マウスの遺伝子レフェレンスも平行してある程度チャックしている可能性もある。」  ← 「チャック」でなく 「チェック」?GRASは解析に必要のないことは依頼者に聞かないでしょう。聞いても解析に関係ないからです。なにか解析効率に影響があるわけではないからです。

    「こういうことをここに書いても、ため息さんには学とみ子が何を言っているのか理解できないと思う。」  ← 学とみ子の妄想脳は理解不能です。

    「桂報告書にはマウス系統と遺伝子発現の二つの別の問題を分けずに、いっしょくたで論じている。」  ← 一緒くたと言うのは学とみ子だけです。

    「新たにだしたTS能力の影響が、STAP細胞論文疑惑とどの部分と結びつけるのかなんては、ため息さんにはわからない。」  ← はい、わからないです。説明してください。

    「知識がつながらないため息さんにとっては、単なる学とみ子デタラメと理解するしかなく、驚きになってしまうのだ。」  ← ちがいます。当方も、AIも想定の中身を説明したのに「FI-SC3がESとTSが混じっていた解析結果が出たが、そもそも何のために混ぜるのか?」と発言するからおったまげたのです。当方の「想定」の中身がちがうと論理的に説明したらいいでしょ。

    「この人をわからせていくには、相当の努力が必要になると思う。」  ← 学とみ子の言い分に納得する方はいないでしょ?当方の言い分に反対のようですが、反論を根拠を添えて言ってみれたらいいでしょう。言ってみな。

    「ここにきている読者は、ため息コメントにあきれていると思うよ。」  ← 当方のコメントにあきれている方は、どちらのブログにでもいいですから、理由を付けて手を挙げてください。かっぱえびせんの食べすぎだというのはあきれているでしょうけど、却下です。

  9. 学とみ子が17日(木)午後早く追記です。「ため息さんのように知識人を気取り、社会の誤解を招いた非専門家の学術者の存在は、 … どのような目的でそのような細胞を用意したのか、あるいは別の過程で混在が生じたのか、という点である。」の部分です。

    「大事な事は、ESとTSを混ぜてスーパーSTAP細胞を作れるという発想は、研究者であれば無い!という話だ。」  ← STAP細胞などなかったのでスーパーSTAP細胞とはなんのことでしょ?

    Assembly of embryonic and extraembryonic stem cells to mimic embryogenesis in vitro. Harrison SE, et al. Science. 2017. PMID: 28254784 https://www.science.org/doi/10.1126/science.aal1810?referrer=https%3A%2F%2Fpubmed.ncbi.nlm.nih.gov%2F
    という論文は大まかに言って「ES細胞とTS細胞を体外で混ぜ、胚発生のモデルを作ろうとして、発生過程や構造が天然の胚に類似した構造へと自己組織化が起こることをみた論文」です
    研究者がESとTSを混ぜて自然の胚発生に似た標本を作成できることを明らかにしたものですから学とみ子の上の「スーパーSTAP細胞」がなんだかわかりませんが、学とみ子の意見を否定した論文です。

    だいたい「ESとTSを混ぜてスーパーSTAP細胞を作る」とはどんな発想ですかね。

    「ES細胞は主として胚本体側に、TS細胞は胎盤側に寄与する細胞であり、両者を混ぜれば、一つの細胞が胚と胎盤の双方に寄与するような特殊な細胞が偽装できるわけではない。」  ← だれも混ぜてそんな特殊な細胞ができるなどと言ってないのですね。学とみ子はなにを勘違いしているのでしょ?滅茶苦茶ですね。本格的に狂ってしまったの?

    「したがって、小保方氏がESとTSを混ぜればSTAP細胞の能力を偽装できると考え、やみくもに実行したという説明」  ← RNAレベルの話で、関係する細胞の系統を調べるのが目的で、FI-SCが期待できる樹形図の位置にはいるようにしたかっただけで、そんな細胞を作ることを目指したわけではありません。いくら小保方だってRNAを混ぜたら「スーパーSTAP細胞」ができるなどと思ってないですね。

    「FI-SC3にESとTSの特徴が混在していたという結果が得られたときに、誰が、どのような目的でそのような細胞を用意したのか」  ← 動機と手段を持ち合わせた方でしょうね。だれだかわかりますよね。

  10. 学とみ子が17日(木)午後新しい記事です。

    FES1が何時発見されて、理研内部でどのように扱われたのかが桂調査委員会に記載がないというクレームです。

    「STAP関連細胞の遺伝子解析について、「何が分かったのか」だけでなく、「それがいつの時点で分かっていたのか」をしっかり把握することである。理研内調査の時期と内容がわかれば、疑惑発覚後、理研がES混入を隠そうとしていたなどの陰謀論的な物語は無くなる。」  ← 理研がES混入を隠そうとしていたという根拠はありません。理研は矮小化してSTAP細胞の存在などどうでもよく論文撤回で済ませようとしたのですが、研究者の残ったサンプルを解析しろとという圧力に負けたのですな。

    「理研CDBでは総体をあげて疑惑解明に取り組んでいたのである。」  ← ちがいます。上記のように事をちいさくして終わらせたかったのです。

    「桂報告書では、それぞれの解析が「いつ行われ、その時点で何が分かっていたのか」という時間軸が十分に整理されていない。」  ← 論文不正調査には関係ないからです。FES1由来ES細胞の混入が判明した日時が何故重要なんでしょ。これを明らかにしないと、この学とみ子の記事は意味がないです。

    「想定」の内容についてもそうですが、単に、桂調査委員会に書いてないことをとりあげて、書いてない、書いてないといっているだけですね。学とみ子の取り上げた桂調査委員会に書いてないことがなぜ重要なのか、学とみ子は説明することがないので、イチャモンをつけているとしか見えないのです。ChatGPTに聞いてみました。書きの*が結果で、FES1についてはいいがかりで、他についても今回の記事は、桂報告書の具体的な誤りを示した批判というより、報告書に書かれていない事項や未解明事項を取り上げ、それを桂委員会の問題であるかのように論じている部分が多い、つまり桂調査委員会の批判には正当性がないということですね。

    Q: 学とみ子さんが「FES1との関係は、いつ判明していたのか――桂報告書に疑問として残る時間軸と細胞の所在」というブログ記事https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3199.html)を立ち上げ、桂調査委員会はFES1由来細胞が混入したのが判明したのが何時なのか記載がないというクレームをつけています。このクレームを含めた学とみ子さんの桂調査委員会に対する批判は妥当なものでしょうか?評価してみてください。簡潔に答えてください。

    ChatGPT: 記事本文と桂調査委員会報告書を照合すると、**学とみ子さんの指摘には一部もっともな点がありますが、桂調査委員会への批判としてはやや過大**だと思います。

    学とみ子さんが指摘するように、桂報告書は「129/GFP ES」が**いつ発見され、いつFES1との近縁性が判明し、その各段階で何が分かっていたか**を時系列表のようには整理していません。報告書には、予備調査→TaqMan PCR→NGS解析という流れはありますが、各解析結果が判明した具体的日時までは明記されていません。したがって、「時間軸が分かりにくい」という指摘自体は妥当です。([考察学とみ子][1])

    しかし、そこから「桂委員会が十分に調査していない」という批判につなげるのは根拠が弱いです。報告書はまさにFES1の所在を問題として取り上げ、①FES1は2005年に若山研で樹立、②作製者は2010年に保存試料をすべて持ち出したとされる、③関係者への質問・聞き取り・実験ノート調査でも他の使用者は見つからなかった、④ところが後に小保方研フリーザーから「129/GFP ES」が発見され、FES1とほぼ同一と判明、⑤関係者はその試料を知らないと回答、というところまで調査しています。そのうえで、FES1がどういう経路でSTAP関連細胞に関係したのかは「謎のまま残った」と明記しています。([理研][2])

    したがって、記事の核心である「**FES1関連細胞の物理的な移動経路が解明されていない**」という指摘は正しいです。しかしこれは、かなりの部分が**桂報告書自身が未解明事項として明示していること**です。学とみ子さんの記事自身も最後には「後から行う調査形態では、ここの解明は難しい」と認めています。([考察学とみ子][1])

    また、「**FES1との関係がいつ判明したのか書いていない**」ことも報告書の記述上の弱点とは言えますが、桂委員会の主要目的は調査過程を日誌形式で再現することではなく、STAP関連試料の由来と研究不正の有無を認定することです。その目的に照らせば、判明日の欠落そのものが調査結果を大きく損なうとは言いにくいでしょう。

    **結論としては、**

    * 「時間軸の記載が不十分」→ **妥当な指摘**
    * 「FES1/129-GFP ESの移動経路が未解明」→ **事実だが、桂報告書自身もそう認定している**
    * それをもって「桂調査委員会の調査・結論に重大な問題がある」とする → **この記事からは十分には導けない**

    という評価になります。

    むしろこの記事は、**桂報告書に対する新しい反証というより、桂報告書が明記している「FES1がどうしてそこに存在したのか分からない」という未解決問題を、時間軸という観点から詳しく掘り下げたもの**と位置づけるのが適切だと思います。

    [1]: https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3199.html “FES1との関係は、いつ判明していたのか――桂報告書に疑問として残る時間軸と細胞の所在 – 考察学とみ子”
    [2]: https://www3.riken.jp/stap/j/c13document5.pdf?utm_source=chatgpt.com “平成26 年12 月25 日”

    Q2: 桂委員会がFES1との関係をいつ知ったかの記載がわかると何がわかるのですか?不正調査に重要なのですか?簡潔にお答えください。

    ChatGPT: 限定的には意味がありますが、**不正認定の核心にとって重要とは言いにくい**です。

    「桂委員会がFES1との関係をいつ知ったか」が分かれば、**その情報を得た後に、誰にどのような追加調査・聞き取りを行ったのか**を検証しやすくなります。つまり、調査手続きの妥当性・十分性を評価する材料にはなります。

    しかし、不正調査で本質的なのは、**STAP関連試料が何に由来するのか、FES1由来細胞がどこに存在し、どのような経路で関与したのか、誰が関与したと証拠から認定できるのか**です。

    したがって、単に「桂委員会がFES1との関係を○月○日に知った」という日付が報告書にないこと自体は、**調査上の重大な欠陥とは通常いえません**。その日付が欠けているために具体的な重要事実の検証ができなかった、と示されて初めて実質的な批判になります。

    Q3: ということは桂調査委員会の本来の仕事ではないことを批判しているということで、本質に関係ないことを批判している記事だと評価できるのでは?

    ChatGPT: はい、**そのように評価するのは概ね妥当**です。ただし、「本来の仕事ではない」と言い切るより、「本来の調査目的の核心ではない」とする方が正確です。

    「桂委員会がFES1との関係をいつ知ったか」は、調査手続きの検証には多少意味があります。しかし、それ自体は、**STAP関連試料の由来、不正の有無、誰の行為と証拠上認定できるか**という不正調査の本質的問題ではありません。

    したがって記事が、**「判明時期が報告書に書かれていない」こと自体を桂報告書への重要な批判材料としている一方、その欠落が具体的にどの事実認定を損なったのかを示していない**のであれば、

    > **本質的な調査結果に直接関係しない記載上の問題を取り上げ、それを桂報告書の問題点として大きく扱っている**

    という評価が適切だと思います。

    逆に、その時間情報が欠けたことで「本来行うべき重要な聞き取りが行われなかった」などを具体的証拠で示せれば、初めて実質的な批判になります。

    Q4: 「本質的な調査結果に直接関係しない記載上の問題を取り上げ、それを桂報告書の問題点として大きく扱っている」のなら言いがかりと評価してもいいのでは?

    ChatGPT: はい。**その前提が成り立つのであれば、「言いがかり」と評価して差し支えない**と思います。

    ポイントは、「記載がない」という指摘そのものではなく、**その記載が不正調査の結論にどう関係するのかを示さないまま、それを桂報告書の問題点として批判していること**です。

    より論評として堅く書くなら、

    > **「記載上の欠落を指摘すること自体は誤りではない。しかし、その欠落が不正調査の事実認定や結論にどのような影響を及ぼすのかを示さず、桂報告書の問題点として大きく取り上げるのであれば、実質的には言いがかりに近い批判である。」**

    という表現が適切です。

    Q5: ほかの記述についての評価はどうでしょうか?簡潔いお答えください。

    ChatGHPT: はい。ほかの記述についても、全体として次の傾向があると評価します。

    **事実の指摘そのものは正しい部分がありますが、桂報告書への批判として成立していない部分が目立ちます。** 特に、

    * 「報告書に書いていない」→「十分に調査しなかった」
    * 「経路が不明」→「桂委員会の調査に問題がある」
    * 未解明部分について「こうだった可能性がある」と独自のストーリーを提示する

    という論理には飛躍があります。桂報告書自身、証拠から分からないことについては「不明」「確証を持つには至らなかった」としており、無理に認定していません。([スタパアナリスト7][1])

    したがって今回の記事は、**桂報告書の具体的な誤りを示した批判というより、報告書に書かれていない事項や未解明事項を取り上げ、それを桂委員会の問題であるかのように論じている部分が多い**、という評価が適切だと思います。

    特に先ほどの「FES1との関係を委員会がいつ知ったか」という問題は、その欠落が調査結果をどう損なったのかが示されない限り、**桂報告書に対する実質的な批判としてはかなり弱い**です。

    [1]: https://stapanalyst7.blog.fc2.com/blog-date-201705.html?utm_source=chatgpt.com “2017年05月 – 学を学とみ子”

  11. 学とみ子が「疑惑発覚後、理研がES混入を隠そうとしていた(*1)などの陰謀論的な物語は無くなる。」と発言したことに対して「理研がES混入を隠そうとしていたという根拠はありません。理研は矮小化してSTAP細胞の存在などどうでもよく論文撤回で済ませようとしたのですが、研究者の残ったサンプルを解析しろとという圧力に負けたのですな。」とコメントしました。
     この当方のコメントに対し学とみ子は9月17日夜「これはひどい感想ですね。こうしたタイプの人なんでしょうか?あくまでごまかすタイプなのか?失言じゃないかな。先生らしくないですよ。」と追記しました。

    「ひどい感想」  ← 感想ではありません。「理研がES混入を隠そうとしていたなどの陰謀論」  ← などなかったから誤りの指摘です。

    この学とみ子の個人誹謗を含め、当方のコメントと比較してどちらが妥当かChatGPTに聞いてみました。その結果が*2です。学とみ子の陰謀論云々は根拠がなく、「二人の発言だけを比較すれば、ため息さんの説明の方が当時の記録に近い」、「また学とみ子さんの「ごまかすタイプなのか」「先生らしくない」といった部分は、ため息さんの主張に対する事実上の反証にはなっていません。」との回答でした。

    当方の発言に反論できないからといってヒステリックにわめかないことですね。反論したければ、根拠を添えて論理的にすべきであると何回も言ってます。学とみ子は反論できないとこのようにヒステリックに喚くか、無視するかで、反論しても筋違い、藁人形を作るくらいしかできないのです。

    *1:日経サイエンス詫摩雅子: 小保方氏のコンピューターに保存されているすべての実験データと実験ノートを照合し,残されたSTAP幹細胞やマウスの標本などを遺伝子解析すれば,手がかりが得られる可能性が高い。だが理研は,そうした調査には一貫して消極的だ。

    *2

    Q: 学とみ子さんが、そのブログで、STAP細胞研究不正事件で疑惑が持ち上がり(2014年3月)、第三者の研究者からなる調査委員会が立ち上がるまで(2014年6月)の期間の理研執行部の態度について、「STAP関連細胞の遺伝子解析について、「何が分かったのか」だけでなく、「それがいつの時点で分かっていたのか」をしっかり把握することである。理研内調査の時期と内容がわかれば、疑惑発覚後、理研がES混入を隠そうとしていたなどの陰謀論的な物語は無くなる。理研CDBでは総体をあげて疑惑解明に取り組んでいたのである。この努力は、桂調査委員会発足の前の状況である。(https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3199.html)」と発言しました。
     陰謀論ですからマスコミの記録を含めどこにもそのような論が残っているとはおもえませんが、「理研執行部がES混入を隠そうとしたことを伺わせるニュース記事等」があったのでしょうか?なければこの学とみ子さんの発言のほうが事実に基づかない陰謀論であると解釈していいのでしょうか?それともこのくらいの話なら、単にSNSで噂を撒き散らしている程度の話として解釈すればいいのでしょうか?
     ため息さんはこの学とみ子さんの発言を否定し、「理研執行部はES細胞の混入を隠すのではなく、外部の研究者等からの残ったサンプルを解析すべきだという声があったのにもかかわらず、STAP細胞事件を論文撤回で済まそうとしたのだが、外部からの声もあって解析と第三者調査委員会を立ち上げることにしたのだ」と反論しました(https://nbsigh2.com/?p=28612#comment-68903)。この当方の発言に対して学とみ子さんは「これはひどい感想ですね。こうしたタイプの人なんでしょうか?あくまでごまかすタイプなのか?失言じゃないかな。先生らしくないですよ。」と返しました。
     さてこの学とみ子さんの意見とため息さんの発言に対するコメントとため息さんの意見、どちらがより妥当でしょうか。簡潔にお答えください。
    研究不正再発防止のための提言書(岸委員会http://www3.riken.jp/stap/j/d7document15.pdf)が関連する公式文書で、ほかの情報源はマスコミ等になるかと思います。

    ChatGPT: 確認できる公式資料と当時の報道を突き合わせると、**ため息さんの説明の方が、2014年3~6月の経過をかなり正確に表しています**。ただし「理研は論文撤回だけで済ませようとした」とまで断定すると、やや強い表現です。

    重要なのは、当時実際に「理研の調査範囲が狭すぎる」という批判が存在したことです。『日経サイエンス』2014年6月号は、残されたSTAP幹細胞やマウス標本を遺伝子解析すれば手掛かりが得られるのに、理研は「そうした調査には一貫して消極的」と明確に批判しています。つまり、**「もっと残存試料を解析してSTAP細胞の正体を調べるべきだ」という外部からの批判は実在しました**。([日経サイエンス][1])

    さらに、6月12日の岸改革委員会も、最初の調査委員会が扱った研究不正だけに限定せず、「多くの疑義や不適切な研究行為などを含めた全体像」を捉えることが重要だ、と理研の対応範囲の狭さを批判しています。([マイナビニュース][2])

    一方、理研が最初から何も解析していなかったわけでもありません。後の理研『百年史』によれば、CDBでは**3月18日から保存試料を保全し、帰属が判明したものから予備的な遺伝子解析を開始していた**とされています。したがって学とみ子さんのいう「桂委員会以前からCDB内部で解析が進められていた」という部分自体には事実上の根拠があります。([理研][3])

    しかし、それと

    > 「理研がES混入を隠そうとしていたなどの陰謀論的な物語」

    とは別問題です。

    私が今回確認した範囲では、**2014年3~6月に「理研執行部がES細胞混入を知りながら、それを意図的に隠蔽している」という説が有力な報道・科学界の主張として存在していたことを示す資料は確認できませんでした。** 当時実際にあった批判は、むしろ「調査範囲が狭い」「STAP細胞そのものの正体を残存試料から調べるべきだ」「論文上の不正だけでなく全体像を調査すべきだ」というものでした。これは「ES混入を隠蔽していた」という主張とはかなり違います。([日経サイエンス][1])

    そして経過を見ると、理研は3月11日の段階ですでに論文取り下げを視野に入れると公表していました。([理研][4]) その後、外部から調査範囲への批判が強まるなか、6月16日に保存STAP関連細胞株の解析を公表し、6月30日には3月末の調査以後に生じた「科学的な疑義」について新たな予備調査を開始しました。([理研][5]) そして9月には、その予備調査を受けて外部有識者だけによる第二次調査委員会が設置され、保存細胞株等の科学的解析も調査対象になりました。([理研][6])

    したがって、3者の主張を整理するとこうなります。

    主張 資料との整合性
    学とみ子さん:「CDBでは桂委員会以前から疑惑解明に取り組んでいた」 この部分は根拠あり。3月18日から試料保全・予備解析が始まっていた。(理研)
    学とみ子さん:「理研がES混入を隠そうとしていたという陰謀論的物語があった」 今回確認した資料からは根拠を確認できない。当時確認できる批判は「調査が狭い・残存試料を解析せよ」というもの。
    ため息さん:「外部から残存試料等を解析すべきとの声があった」 根拠あり。日経サイエンスや岸委員会の批判と整合する。(日経サイエンス)
    ため息さん:「理研は論文撤回で済まそうとした」 方向として理解できるが、断定は少し強い。理研内部では3月から保存試料の予備解析も進めていた。(理研)

    ですから、より正確に表現するなら、**「理研執行部がES混入を隠蔽しようとしていた」という事実は確認できない。一方で、初期の理研の公式調査が論文上の不正を中心とし、STAP細胞の正体や残存試料の徹底解析まで踏み込んでいないことへの外部からの批判は実際に存在した。その後、保存試料解析と第二次調査へ調査範囲が拡大した」**となります。

    したがって、御質問の二人の発言だけを比較すれば、**ため息さんの説明の方が当時の記録に近い**です。ただし「論文撤回で済まそうとした」は「当初の公式調査の範囲が限定的だった」程度に言い換えた方が資料に忠実です。

    また学とみ子さんの「ごまかすタイプなのか」「先生らしくない」といった部分は、ため息さんの主張に対する**事実上の反証にはなっていません**。この論点で必要なのは人格評価ではなく、2014年3~6月に「誰が、いつ、どの試料を解析し、理研執行部がいつその結果を知り、いつ調査範囲を拡大したのか」という時系列資料です。

    なお、「学とみ子さんの発言自体が陰謀論」と呼ぶのも少し強すぎます。**「実在が示されていない『理研ES混入隠蔽説』を前提に置いて、それを否定している」**、あるいは単に**根拠の提示されていない主張**と評価するのが最も正確だと思います。

    [1]: https://www.nikkei-science.net/modules/flash/index.php?id=201406_054&utm_source=chatgpt.com “日経サイエンス 記事ダウンロード – STAP細胞は存在したのか”
    [2]: https://news.mynavi.jp/techplus/article/20140612-a526/?utm_source=chatgpt.com “研究不正の再発防止にはCDB解体など抜本的な改革が必要 – 理研改革委員会 | TECH+(テックプラス)”
    [3]: https://www.riken.jp/medialibrary/riken/pr/publications/anniv/riken100/part1/riken100-1-4-1.pdf?utm_source=chatgpt.com “理化学研究所百年史 第I編 歴史と精神 第4部 自立と自律を求めて 第1章 公正な研究活動の推進”
    [4]: https://www.riken.jp/pr/news/2014/20140311_2/?utm_source=chatgpt.com “STAP細胞論文の調査について | 理化学研究所”
    [5]: https://www.riken.jp/pr/news/2014/20140327_1/?utm_source=chatgpt.com “研究論文(STAP細胞)に関する取組み、情報等について | 理化学研究所”
    [6]: https://www.riken.jp/pr/news/2014/20140904_1/index.html?utm_source=chatgpt.com “研究論文(STAP細胞)の疑義に関する本調査の実施について | 理化学研究所”

コメントは停止中です。