以前から思っていたのですが、盛んに学とみ子は酸浴の方法が、他の再現実験を行った研究者は再現していないというわけです。
（２６日夕方最初にアップした内容を２７日早朝一部変更しました）
「分化細胞を培養液につけたまま、酸性液を滴下している方法は、丹羽氏以外の他の実験者はやっていないでしょう。小保方氏が編み出した方法なんでしょうね。しかし、他の再現実験ではやられていません。」
STAP細胞作成プロトコルが４つもあるのは異常だとすでに言われていますが、その通りで、つまり酸浴細胞は論文通りできないことを著者等が白状しているようなものです。
学とみ子は小保方氏や丹羽氏は「分化細胞を培養液につけたまま、酸性液を滴下している方法」だというのですがそうでしょうか。改めてチェックしてみます。
1️⃣Nature Article
After cell sorting, 1 X10^6 CD45-positive cells were treated with 500 µl of low-pH HBSS solution (titrated to pH5.7 by HCl) for 25 min at 37 ℃, and then centrifuged at 1,000 r.p.m. at room temperature for 5 min.
細胞選別後、CD45陽性細胞1×10^6個を、塩酸でpH5.7に調整した低pH HBSS溶液500 µl中で37℃にて25分間処理し、その後、室温で1,000 r.p.m.にて5分間遠心分離した(DeepL訳）。
2️⃣丹羽プロトコルhttps://www.protocols.io/view/essential-technical-tips-for-stap-cell-conversion-36wgqdz93vk5/v1
5 After cell sorting, 1 × 10^6 CD45+ cells were treated with 500 µl of low-pH HBSS solution (titrated to pH 5.7 by HCl) for 25 min at 37°C, and then centrifuged at 1,000 rpm at room temperature for 5 min.
細胞選別後、1×10⁶個のCD45+細胞を、500 µlの低pH HBSS溶液（塩酸でpH 5.7に調整したもの）に37°Cで25分間処理し、その後、室温で1,000 rpmで5分間遠心分離した(DeepL訳）。
5.1 The buffering action of HBSS is weak, so carry-over of the solution may affect pH. Please adjust pH to 5.7 in cell suspension by the following method. First, suspend the cell pellet with 494 µl of HBSS pre-chilled at 4°C, then add 6 µl of diluted HCl (10 µl of 35% HCl in 590 µl of HBSS) to adjust to a final pH of 5.7. Please confirm the final pH in a pilot experiment, and optimize the volume of HCl added, as necessary. Alternatively, suspend the cell pellet in HBSS-pH 5.4 pre-chilled at 4°C.
HBSSの緩衝作用は弱いため、溶液の持ち越しがpHに影響を与える可能性があります。以下の方法に従って、細胞懸濁液のpHを5.7に調整してください。まず、4°Cで予冷したHBSS 494 µlで細胞ペレットを懸濁させ、次に希釈したHCl（35% HCl 10 µlをHBSS 590 µlに溶解したもの）6 µlを加えて、最終pHを5.7に調整してください。予備実験で最終pHを確認し、必要に応じてHClの添加量を最適化してください。あるいは、4°Cで予冷したpH 5.4のHBSSを用いて細胞ペレットを懸濁させることも可能です(DeepL訳）。
3️⃣Vacantiプロトコルhttps://web.archive.org/web/20140321094008/http://research.bwhanesthesia.org/research-groups/cterm/stap-cell-protocol
A6. Add HBSS to the suspension to a total volume of 20ml, centrifuge at 1200rpm for 5 minutes and then aspirate the supernatant.
A7. Resuspend the cells in HBSS at a pH of 5.4, at cell concentration of 2 million cells/ml, then place in an incubator at 37°C for 25 minutes.
A6. 懸濁液にHBSSを加えて総容量を20mlとし、1200rpmで5分間遠心分離した後、上清を吸引する。
A7. 細胞をpH 5.4のHBSSで200万細胞/mlの濃度になるように再懸濁し、37°Cのインキュベーターで25分間培養する(DeepL訳）。
4️⃣小保方プロトコルSTAP HOPE PAGE https://archive.md/cJifN
11. Add 500μl of HBSS and suspend a cell pellet using a 1000μl-pipette***
12. Take out 6μl of the cell suspension for cell counting
13. Add 6μl of ATP solution（ほぼ飽和のATP液） (At this moment, the color of HBSS changes from red to yellow)
14. Incubate the cells horizontally at 37℃ (in the 5% CO2 incubator) for 15 min**** (During this time, count the number of cells)
11. HBSSを500μl加え、1000μlピペットを用いて細胞ペレットを懸濁させる***
12. 細胞懸濁液から6μlを採取し、細胞数を測定する
13. ATP溶液（ほぼ飽和のATP液）を6μl加える（この時点で、HBSSの色が赤から黄色に変化する）
14. 細胞を水平に保ち、37℃（5% CO₂インキュベーター内）で15分間インキュベートする****（この間に細胞数を計数する）
とあって、pHを測定していない。
論文、丹羽プロトコルの“500 µl of low-pH HBSS solution (titrated to pH 5.7 by HCl)”は「低 pH の HBSS 溶液」を作っておき、そこへ CD45+ 細胞（1×10^6 cells）を加えて25分間 37°C で処理した、ということ（下記＊）で、学とみ子の言うような細胞が入っている培養液に塩酸を滴下してpHを5.7にしたのではないのです。丹羽氏のプロトコルは論文と一致していますが、5.1 として補足？に細胞懸濁液に希釈塩酸を加える方法と、あらかじめ酸性にした冷やした培養液に細胞を加える方法も書いてあります。３種類もあって、どの方法がいいのか書いてないというお粗末なもので、これは丹羽氏自身が実施したのではなく、小保方氏から聞き取って書いたためのようです。プロトコルを実際にやったことのない方が書くというのはあまりにもお粗末です。
つまり学とみ子の言う「分化細胞を培養液につけたまま、酸性液を滴下」というプロトコルは基本的にないのです。学とみ子は(titrated to pH 5.7 by HCl)を読み違えているのです。細胞懸濁液に塩酸あるいはATPを滴下するというのは、実施したのか疑わしい丹羽氏プロトコルの一部と小保方氏のプライベートなWebページにある論文記載と違うものだけで、どれがSTAP細胞作成に最適なプロトコルなのかわからないのです。いずれにしろ、論文にあるような量の細胞は、小保方氏自身ですら、できなかったので意味はないのですけどね。
＞学とみ子
「分化細胞を培養液につけたまま、酸性液を滴下」というのはどこに書いてある方法を読んで発言しているのでしょうか？当方が挙げた以外にあるのでしょうか？
＊
Q： After cell sorting, 1 × 10^6 CD45+ cells were treated with 500 µl of low-pH HBSS solution (titrated to pH 5.7 by HCl) for 25 min at 37°C, and then centrifuged at 1,000 rpm at room temperature for 5 min. という方法は「あらかじめ塩酸を滴下してpHを5.7 にした HBSS液に細胞を入れた」と「細胞の入ったHBSS液に塩酸を滴下してｐHを5.7にした」のどちらですか？
ChatgGPT： この英文の解釈としては、
> “500 µl of low-pH HBSS solution (titrated to pH 5.7 by HCl)”
となっているので、
**「あらかじめ塩酸（HCl）で pH 5.7 に調整しておいた HBSS 溶液を用意し、その低pH HBSSに細胞を入れて処理した」**
という意味です。
つまり、後者の
> 「細胞の入ったHBSS液に塩酸を滴下して pH 5.7 にした」
ではありません。
理由としては、英語で “HBSS solution (titrated to pH 5.7 by HCl)” が HBSS 溶液自体を修飾しており、「HBSS を HCl で pH 5.7 に調整した溶液」という構造になっているためです。
実験操作としても、通常は：
1. HBSS を別容器で HCl により pH 5.7 に調整
2. その low-pH HBSS を細胞へ添加
3. 37°Cで25分処理
という流れになります。細胞懸濁液に直接 HCl を滴下すると、局所的な急激なpH低下が起きやすく、再現性も悪くなるため、一般的な記載法ではありません。
学とみ子がこの当方の記事を読んで、２７日朝追記です。「STAP論文の難しさは、再現性に問題のある細胞を扱っている点です。 … 人間作業がいかであったか？が鍵なんですが、理研は公開しませんでした。」の部分です。
「こうした特殊な酸浴細胞の問題点は、細胞を知らない人にはわかりません。ため息さんを見てるとわかりますが、文章と図を付き合わせていません。図を見ていないです。」と、当方の記事にクレームです。
はい、当方の記事はタイトルにありますようにプロトコルの培養液を酸性にするところをピックアップしたものです。ですから検証実験の結果は取り上げてません。それでは学とみ子の要望に沿って検証実験の結果をみてみましょ、学とみ子は論文のプロトコルに従ってないというのがそもそものクレームでしたが、この追記をみると、「酸性液を滴下する手法には、経験が大事なんですね。しかし、丹羽論文から、こうした実験の手法を読み取れない人は多くいます。」ということなので、おかしな話ですが、どうやら丹羽氏の論文の方法が適正であるからこれに従ってない再現実験はおかしいということのようです。成功したとされる方法（論文）ではなくて再現できなかったとされる検証実験の方法を使わないのはおかしいと主張するのは、変竹林だと思わないの？
むしろ、丹羽氏や相澤氏の検証実験は論文と異なる方法を使っているとクレームをつけるべきでは？
では検証実験では同様にして培養液を酸性にしたのでしょうか？その結果、GFP由来の緑の蛍光を発するかどうかについても合わせて調べてみます。
5️⃣丹羽検証論文https://www.nature.com/articles/srep28003
The amount of the diluted HCl solution used to achieve optimized low-pH condition was set at 10 μl based on the titration assay (Fig. 1a).
のFig.1a とは
Indicated volumes of the diluted HCl or ATP solution was added to 500 μl of HBSS containing 7 × 10^5 liver cells and pH was measured.
で
Diluted HCl solution was prepared with 10 μ l of 35% HCl (Nakarai) in 590 μ l HBSS. Diluted ATP solution was prepared with ATP (Sigma) in distilled water at 200 mM. Titration of pH with various amount of diluted HCl or ATP was performed with 500 μl of HBSS containing 7 × 10^5 liver cells. As a routine method, 10 μl of either diluted HCl or ATP solution was added into 500 μl of cell suspension containing 5 × 10^5 cells in HBSS followed by incubation for 25 min at 37 °C,
つまりFig.1a の、HBBSで薄めた塩酸溶液（35%塩酸を590μlのHBSSに溶かす）か200mM ATP （ほぼ飽和溶液）を肝細胞懸濁液500μl に加えた実験をした結果どちらも10μlに設定したということです。
学とみ子はこの図をみて「酸性液を滴下する手法には、経験が大事なんですね。しかし、丹羽論文から、こうした実験の手法を読み取れない人は多くいます。」というのですが、この図は加える塩酸あるいはATPはどのくらいが、論文にあるpH5.7になるかを調べた結果で、これを見て経験もなにも関係ないですね。12μlにしたら全滅したそうです。
その結果「However, although we again observed increased auto-fluorescence and some reduction of CD45 expression, neither a specific signal ofGFP fluorescence nor an increase of E-cadherin expression was observed in the low-pH treated cells (Fig. 5b).Given these findings, we suggest that that there was no evident sign of reprogramming in low-pH treated spleen cells based on the expression of the GOF transgene.しかし、オートフルオレスセントの増加とCD45発現の若干の低下は再び観察されたものの、低pH処理を受けた細胞では、GFP蛍光の特異的なシグナルもE-カドヘリン発現の増加も認められなかった（図5b）。これらの知見から、GOFトランスジェンの発現に基づいて判断すると、低pH処理を受けた脾臓細胞にはリプログラミングの明らかな兆候は見られなかったと推測される（DeepL訳）。つまり脾臓細胞では緑の蛍光を観察する限り論文の現象は再現されなかったのです。
6️⃣相澤論文https://f1000research.com/articles/5-1056/v2
The pelleted cells were suspended in 500 μl HBSS, of which 6 μl was subjected to the counting of cell number; in exchange 6 μl 200 mM ATP (SIGMA 3377) or diluted HCl (10 μl 35% HCl to 590 μl HBSS) was added to the cell suspension. The cell suspension was incubated at 37°C for 15 min in 5% CO2 incubator, and then centrifuged at 1,500 rpm for 15 min at room temperature.
沈殿した細胞を500 μlのHBSSに懸濁し、そのうち6 μlを用いて細胞数を測定した。その代わりに、200 mM ATP（SIGMA 3377）または希釈した塩酸（35%塩酸10 μlを590 μlのHBSSに添加）6 μlを細胞懸濁液に加えた。細胞懸濁液を 5% CO2 インキュベーター内で 37°C、15 分間インキュベートした後、室温で 1,500 rpm、15 分間遠心分離した（DeepL訳）。
その結果The observed （green fluorescent cell aggregates）frequency was approximately 10 green fluorescent cell aggregates per 10^6 cells seeded; this was approximately 10-fold lower than that in the previous studies.そしてMost green fluorescent cell aggregates also exhibited higher or lower degrees of red fluorescence. Green fluorescent cell aggregates that exhibited no significant red fluorescence were rare.観察された（緑色蛍光を発する細胞凝集体）の頻度は、播種した10⁶細胞あたり約10個であり、これはこれまでの研究結果に比べて約10分の1であった。また、ほとんどの緑色蛍光を発する細胞凝集体は、程度の差こそあれ赤色蛍光も示していた。赤色蛍光をほとんど示さない緑色蛍光を発する細胞凝集体は稀であった（DeepL訳）。つまり相澤実験（小保方氏が実施した）でもGFP由来緑の蛍光を発する細胞はほとんどなかった、つまり論文の結果は再現できなかったのです。
検証実験では、学とみ子の言うように、細胞の懸濁液に塩酸あるいはATPを滴下する、結果のpHは測定していないということでした。しかしこれは論文の記載と違っています。論文は「CD45-positive cells were sorted by FACS Aria (BD Biosciences). After cell sorting, 1 x 10^6 CD45-positive cells were treated with 500 μl of low-pH HBSS solution (titrated to pH5.7 by HCl) for 25 min at 37 uC, and then centrifuged at 1,000 r.p.m. at room temperature for 5 min.」つまりあらかじめ塩酸でpHを5.7にした培養液に細胞を投入しているのです。学とみ子は、世界の様々な研究者が採用したSTAP細胞作成方法が丹羽氏の方法と異なるからだめだとクレームを付けているのですが、お膝元の理研の検証実験では論文とは異なる酸暴露を採用しているのです。何故、論文と異なる方法を採用したのかはわかりませんが、検証実験を実施する小保方氏が言ったからというのが、もっとも考えられる推測です。
いずれにしろ、再現できなかったのですから学とみ子がいくら主張しても、誰も学とみ子のクレーム—再現できない方法を使え–を支持しないでしょ。
「こうした特殊な酸浴細胞の問題点は、細胞を知らない人にはわかりません。ため息さんを見てるとわかりますが、文章と図を付き合わせていません。図を見ていないです。」 ← はい、図をみてこのように検討しましたよ。
「方法の違いが細胞に与える影響など考えたこともない人たちがいます。」 ← 丹羽氏や相澤氏は論文の方法ではなかったわけだ。彼等は「方法の違いが細胞に与える影響など考えたこともない人たち」なの？
＞学とみ子
何故、丹羽氏、相澤氏は論文通りにしなかったと思うの？コメントしてちょうだい。
「STAP細胞の遺伝子の中身を知ってる人たちの中から疑惑がでています。」 ← ？意味不明。誰がどんな疑惑を言ったの。引用してちょうだい。妄想なの？ちがうの？
「公開データまでの人間作業がいかであったか？が鍵なんですが、理研は公開しませんでした。」 ← 公開したのは小保方氏です。小保方氏が実験ノートを提供しなかったからで、理研の職員だから理研のせいだといえばそれまでですが、小保方氏が公開すべきだったのでしょ？ちがうの？
学とみ子が２７日午後さらに追記です。「STAP細胞４つのプロトコルの新記事2026年5月26日 … こうした発言も、細胞実験の不確実性を全く理解していない人の発言です。」の部分です。当方の追加コメントを読んだ上での追記かどうかはわかりません。
当方が丹羽氏プロトコルに5.1として別の方法も挙げていることについて学とみ子は「４種の手法は違っているのではなく、共通している点もあるし、丹羽氏の続く次なる説明文を読めば、方法論はわかります。」というのですが、なにが共通してなにが違う、だから 「方法論はわかる」と書かないので、何を言っているのわからないのです。丹羽氏がさらに３つを加えたのは違うことを加えたのですよ。学とみ子は何を言いたいの？
丹羽氏プロトコルhttps://assets-eu.researchsquare.com/files/nprot-3013/v1/7d79719f-6fb3-4890-9d2c-82cb712da4f7.pdf?c=1631825009 の問題の箇所は；
です。
つまり、
①５ は論文掲載の通りであらかじめ塩酸でpH5.7にした培養液に細胞を入れる
②5.1-1 ４℃に冷やした培養液に遠心して集めた細胞を入れて塩酸を加え、pH5.7にする
③5.1-2 ４℃に冷やしたpH5.4の培養液に遠心して集めた細胞を入れる
の計３つの方法が記載されてます。
「４種の手法は違っているのではなく」 ← ？記事の1️⃣2️⃣は同じで3️⃣、4️⃣は違っているのです。学とみ子は「分化細胞を培養液につけたまま、酸性液を滴下している方法」でないから再現されないと言っているのですが、「４つが違っていない」とここで言うのはどういうことでしょうか？
学とみ子が酸浴の方法が違うというから酸浴の方法に限って議論しているのがわかる？
「共通している点もあるし、丹羽氏の続く次なる説明文を読めば、方法論はわかります」 ← 丹羽氏の続く説明文とはどれで、方法論の何がわかるの？
「ため息さんは、自身が理解できたところだけで判断します。」 ← 誰でもそうでしょ。理解できないのなら判断しないです。当方の理解が間違っているのなら指摘してみろよ。
「「お粗末」なんて、簡単に相手に言うような言葉ではありません。」 ← お粗末ですよ。作成方法が３つもあるプロトコルで、その３つがどれでも同じなのかどれがいいのかの記載がないのです。論文の方でも塩酸あるいはATPを添加したときのpHの変化のグラフだってお粗末です。横軸は連続変数なんだから、添加量が０、６，８… となっているのが等間隔なのはおかしいのです。こんなグラフがレポートにあったら減点するでしょ。
「こうした発言も、細胞実験の不確実性を全く理解していない人の発言です。」 ← 御冗談を。細胞実験でも不確実なら論文にならないです。定量的にばらつきがあるのは許されますが、定性的に安定していない結果など論文にならない、科学の対象にならないのです。対象が細胞だから許されるということはないのです。実験研究をしたことのない妄想脳の持ち主であることがわかる発言です。
不確実な実験結果は論文にならないし、査読なしの雑誌に掲載されても結果が不確実なら誰も追試しません。結果が一定出ない実験などだれが追試します？タイトルの「正常細胞」ではないというのも、学とみ子が研究を何も理解できてない証拠です。iPS細胞の論文は、遺伝子導入がある学とみ子曰くの「非正常細胞」でしょ。iPS細胞の論文にはiPS細胞を使った実験なんだから、学とみ子曰くの”正常細胞”は出てこないでしょ。iPS細胞の論文が難しいとの評価など聞いたことがありません。
学とみ子が2026年5月27日 15:58のコメントを読んで、２７日夕方、追記です。「以下に至っては、日本語もおかしいです。 … ＞丹羽氏や相澤氏の検証実験は論文と異なる方法を使っているとクレームをつけるべきでは？」 の部分です。
「以下に至っては、日本語もおかしいです。」 ← とありますが以下が何を指すのか不明です。当方の発言でしょうけれど、このあとに引用している当方の発言は、別に「ここは、ため息さんと議論しても」ということですから、該当する当方の発言がないのです。
「STAP現象が出ないように、理研が対策することは可能です。」 ← 何故、理研はそのような操作をするのでしょ？理研にとってはSTAP現象が確認できれば、ものすごく嬉しいことなのです。論文の一部に不正（電位泳動のレーンの切り貼りや博論の図を使ったこと）があったかもしれないが、この大発見は間違いのないこととなれば、これらの不正は小さいもので、理研の名誉が守られるし、処分は軽微なものにして、世間を納得させることができたのです
「検証実験の総括者である相澤氏から批判が出るようでは、話にならない。」 ← 意味不明。検証実験の総括責任者がこんな検証実験はおかしいと発言するのがおかしいのです。実施した検証実験の方法がまずいのなら、総括責任者なんだから、そうではないまずくない方法を採用すべきでしょうが。無責任だといわれてもしょうがない行動でした。相澤氏のレポートは小保方擁護と科学者としての立場がぶつかって、なんともひどい物です。若山氏が参加しなかったことを残念とか言っていますが、キメラ作成を担当したDr. Hiroshi Kiyonariの立場はどうなる？相澤氏は丹羽氏とちがって共著者ではないのだから、もっと客観的な立場で対応すべきだったでしょうに。
「ここは、ため息さんと議論しても意味はない。」 ← こことは当方の発言を引用しているのだから、「丹羽氏や相澤氏の検証実験は論文と異なる方法を使っている」ことです。どうして議論するのに意味がないの？学とみ子は、これまで第三者の再現実験では、酸浴の実験方法が違うからだめだと言ってきたのでしょ？STAP現象を出したという論文の方法と、STAP現象は再現されなかったというレポートの方法が違うのだから、検証実験では何故論文の方法を採用しなかったのかとクレームをつけるべきでしょうに。
反論、議論できないから意味はないといって逃げるだけなんですな。
「今のようなつまみ食いでは、何もわからないはず…」 ← 学とみ子は、論文と検証実験の酸浴の方法が違うことを認識できてないということは、つまみ食いですらできてないのでしょ。
学とみ子曰く：「「少し出た」は、「出ない」とは違う。」
擁護のよく言うセリフで、検証実験で自家蛍光ではなく緑に光った細胞があった、GFPを発現した細胞があった、これを持ってSTAP細胞は再現できたのだという主張です。学とみ子の「全くでない」のではなく「少し出た」というのもこのことです。
この緑に光った細胞があったということを根拠に、小保方パートは成功したというのも擁護のセリフです。勿論、緑に光ったことがSTAP細胞の再現ではないので、検証実験ではあくまでもキメラあるいはテラトーマの作成までめざしたわけですが。キメラやテラトーマを作成するだけの”STAP細胞”ができなかった、それでも強引に胚に注入したがキメラはできなかったので、STAP現象の再現に失敗した、別途解析した結果、残されたサンプルはES細胞だったということからSTAP現象などなかった、STAP細胞の存在は否定されたわけす。
私小説では、p220に検証実験の中間発表の前に、相澤実験で小保方氏の作成した細胞塊に多能性遺伝子（正確には初期化関連遺伝子でしょうね）の発現があった、丹羽氏の検証事件で肝細胞を使って一部の細胞に多能性遺伝子の発現とOct4蛋白があったと書いていますが、検証実験の中間発表では「GFPの蛍光を明確に検出することはできていない。PCRでも免疫染色でも内在性Oct3/4遺伝子の発現上昇は検出できていない。」となっており、小保方氏の「私が若山研で実験を行っていた範囲でのSTAP現象は、確かに確認されていた。」というのは嘘ですね。
ともかく学とみ子の言う「全く出ない」ではなく「少し出た」に意義があるか、ChatGPTに聞いてみましょ。当然ですが、この小保方レベルでの成功と称する緑に光った細胞塊がわずかにあったことには意義を見出すことはできないということです。STAP細胞研究に限ると、学とみ子の「少し出た」については「全く出ない」と科学的には等価であるということですね。
学とみ子が当方の2026年5月28日 13:13のコメントを読んで２８日夜追記です。「ため息さん、2026年5月28日 13:13 … こうしたやり方では、細胞を語れる学術者と思われない。」の部分です。
「「擁護のセリフ」なんて生易しい表現ではない。（小保方パートは成功したというのは）科学のエビデンスだ。しっかり初期化遺伝子が作られることが証明されているのですよね。」 ← 学とみ子が読んだ上の当方コメントにあるように、しっかりとした反応が出たというためには
①論理的にあり得るか
②再現性があるか
③ノイズではないか
④その結果が次の反応を発生させるに十分か
ということが満足される必要があるのです。ChatGPも同意しています。この当方のコメントを読んで反論すればいいのに、そうではなく、「証明された」と喚くのはいかがなものでしょうか。
分化した細胞をATP（酸）に暴露した場合は；
①理論・論理などないから該当しない
②再現性は、緑に光る、初期化関連遺伝子が出る場合がある についてはある
③ノイズの可能性が高い（＊）
④次の反応、この場合はキメラ胚ができるか、は否定された
わけです。
＊：丹羽氏論文Fig.3b ではATPを10μl で刺激したとき得られた１４個の細胞塊で、複数の初期化関連遺伝子の発現量を測定すると、Oct3/4（赤）に限ると４例だけがES細胞のレベルの1/10を超えています。Sox2（緑）は５個、Esrrb（青）は３個、Klf4はATP刺激なしの５つの細胞塊を含めて全部がES細胞並、Nanog（紫）は無し、Rex1（橙）は２個でした。こういう図を提示するのは、ATP暴露しなかった左５例とATP暴露した右１４例を比べて、ATP暴露が、棒グラフの色を問わず全体的に長い（大きい）という傾向があると、ATPには初期化関連遺伝子発現を促進するということが図のパターンとして見えるわけですが、そのような傾向は全くなく、ATP暴露無しとどこに差があるの？ということになります。つまりノイズレベルを超えていないというのが結論でしょう。このOct3/4が発現した14中の4例をもって初期化関連遺伝子発現を誘発したとは言えないです。
幼稚園の年長組の14名を集めて「女性ホルモンと言う名の神話」という本を先生がとりあげました。14名ほとんどが無関心でしたがしばらくして４名が泣き出しました。
①「女性ホルモンと言う名の神話」という本が幼稚園児にどのような作用をもたらすかについての論理、経験則はないから論理的推測の有無は検討外、予断することは不適切。
②翌日同じ事を実施したら、今度は別の子供５名が無き出したから再現性があるかも？
③提示したのは１日目は昼寝直前だったので無き出したのは眠たいだけだったのかも、２日目は外で道路工事を実施していて、大きな音がしたからかも
④泣いた子供はその後他の子供と比べ成長した行動を示すなどということは観察されなかった。
この結果をもって「女性ホルモンと言う名の神話」という本が幼稚園児を刺激し反応させ、彼等の成長に影響を与えるという仮説は成立するといえますか？
「丹羽論文、相澤論文で、STAP細胞はできている。」 ← 学とみ子は論文を読めないのですね。研究者の誰に聞いても丹羽、相澤検証実験は「STAP細胞ができた」という結果ではないというでしょう。STAP細胞ができたという擁護も、無教養であっても、ほとんどいないかと思います。無教養な擁護は緑に光った細胞が出たから小保方パートは成功したと言うのです。ChatGPTにこの２つの論文に「丹羽論文、相澤論文で、STAP細胞はできている。」と書いてあるかどうかきいてみました。その結果が＊１です。当然ですが、この学とみ子の言い分は否定され、両論文ともSTAP細胞ができたなどとは書いてないということです。
「刺激がなければ反応は起きない。」 ← 例えば細胞の凝縮反応ですが、丹羽氏の論文によれば「Occasional formation of aggregates was also observed in the culture of non-treated cells, suggesting that low-pH treatment does not enhance the formation of cell aggregates.」とあり細胞塊を作るという”反応”は酸がなくても生じるようです。
「刺激無しでOct光ったのは1回あった」 ← どこに書いてあるのか引用してください。丹羽氏論文に「The presence of Oct3/4-positive cells in the cell aggregates found only 1 in 14 cases in cultures of non-treated liver cells suggests that such cells are derived from Oct3/4-positive cells present in the liver cell population, that in vitro culture may itself be a source of the stress to the cells, or that the immuno-staining technique may produce some non-specific signal.未処理の肝細胞の培養において、細胞凝集体中にOct3/4陽性細胞が認められたのは14例中1例のみであったことから、これらの細胞は肝細胞集団内に存在するOct3/4陽性細胞に由来しているか、あるいはin vitro培養そのものが細胞へのストレス源となっているか、あるいは免疫染色法によって非特異的なシグナルが生じている可能性が示唆される。(DeepL訳）」 というのがありましたがちがうでしょうね・
「これを持って特異点ではないとの証明にはならない。」 ← なんですか「特異点」とは？Geminiに聞いてみました（＊２）が「特別な現象」位の意味なんですかね？いずれにしろこのパラグラルをAIに読ませると学とみ子の主張は「筆者独自の主観的な解釈」ということで否定されちゃうのですね。
「ため息さんは、自身がわからないことは、その話題から離れてしまい、ほかの話に移す。」 ← はあ？そんなことはないでしょ。学とみ子が返事をしないから議論は途切れるのです。今回は酸浴の方法についてプロトコルや論文、検証実験での方法について議論しているわけですが、学とみ子は何故、「STAP細胞を作ったという論文の方法ではなく、STAP細胞などできなかったという検証実験の方法を採用すべきだ」というのかという疑問に答えてないでしょうに。
話題をそらすというのは学とみ子が質問に答えられない等の不都合があるときに起こす行動ですね。以前から何回も指摘されています。
「とにかく、ESねつ造説を唱えるためには、科学的エビデンスは使えない。印象操作と個人攻撃しか手段が無い。こうしたやり方では、細胞を語れる学術者と思われない。」 ← 当方は別に細胞を語る者であると自称しているわけではありませんが、これまで公開されている撤回された論文、不正調査報告書、検証実験の結果等にある科学的な証拠を元に、小保方氏がES細胞を混ぜたと推測するのが最も単純で合理的であるとしているだけです。この考えが学術者（定義はわからない）にふさわしくないというのは学とみ子だけです。
「ESねつ造説は、ESの性状を無視したものだから、科学を掘り下げれば疑問だらけだが、ため息さんは、その疑問に気付く力が無い」 ← 意味不明。どこが、何が、疑問なのか具体的に言ってみ。ES細胞を使った捏造説はES細胞の性質を無視した説であるという根拠は何？①ES細胞は分化した細胞と接触するとキメラ能をすぐに失う、②ES細胞と酸浴細胞をまぜても強く結合しあった細胞塊にならない、③ES細胞と酸浴細胞が混ざったら若山氏は気が付く等々は、そのような実験がないからだれもわからないわけで、これらを根拠に小保方氏がES細胞を混入させたのではないという論理は成立しないわけです。これらのES細胞は混ぜることができないという理由は、学とみ子の事故でES細胞が混入したという説と矛盾しているでしょ？矛盾していないとでも言うの？答えてちょうだい。
＞学とみ子
話をそらさないで、論理的に反論してみ。
＊１
＊２
＞学とみ子
嘘つきというのは既に定まった学とみ子の評価なんだけど、だからといって、この評価をさらに確固たるものにする発言をするのは、自虐ギャグなんですか？
学とみ子曰く「細胞を刺激する（酸あるいはATPで）と改変が始まり、しっかり初期化遺伝子が作られることが証明されている」
学とみ子が２９日（金）午前に当方の2026年5月29日 09:42 のコメントを読んで追記です。「このため息質問も、図を特定していないから、AIもしっかり答えない。 … 生物学的な意義を認めることはできないという結論ですね？」の部分です。
「このため息質問も、図を特定していないから、AIもしっかり答えない。」 ← どの質問なのか、学とみ子は指示代名詞を使いこなせないからわからないのです。図とあるから、当方のコメントでは丹羽氏論文のFig.3を話題にしてますからこの図の事と思われます。しかしながら、当方はこの図に関してAIに質問していないのだから「図を特定していないから、AIもしっかり答えない。」と言われる筋合いはありません。AIに聞いているのは学とみ子の「丹羽論文、相澤論文で、STAP細胞はできている。」という発言の是非でFig.3についての質問ではありません。
「ため息さんは、図3を張り付けてAIと議論すべき。」 ← 学とみ子がこのFig.3から「凝集塊において、他の（初期化関連）遺伝子発現もしっかりとらえている。かどうか聞いたらいいでしょ？言われなくても結論はでているのですが、学とみ子に言われたのだから以下のように実施しましたよ。その結果は＊ですね。結論は以下＄の部分です。
「図3の説明を求めると、発現しているとのAIの答えになってしまうから、ため息さんはそうした回答をアップしないような聞き方をしてるの？」 ← いえ、そもそもFig.3 についての質問をしていないのです。
それではこのFig.3を持って初期化遺伝子が発言しているとAIは判断するのでしょうか？図をアップして聞いてみましょ。図はpdf文書から取り出してPNGフォーマットにしてアップしました。答えは以下の＊です。＄「細胞を刺激すると改変（リプログラミング）が始まり、しっかり初期化遺伝子が作られることが証明された」とは、この図だけからも論文全体からも言えません。」が結論で、学とみ子の発現は否定されました。AIは、論文本文を読み図を見た結果、初期化関連遺伝子が発現しているとは判断していません、
＞学とみ子
論理的な反論をしてください。
＊
学とみ子曰く：「ため息さんはそうした回答をアップをアップしないような聞き方をしてるの？」
「そうした回答」というのは「図3では、丹羽論文は、凝集塊において、他の遺伝子発現もしっかりとらえている」のだから「図3の説明を求めると、発現しているとのAIの答えになってしまうから」そのような回答にならないような質問の聞き方にしているにちがいないと学とみ子は言うわけです。当方の質問、「Q3：「STAP細胞ではないが、強いストレス後にOct3/4関連マーカーを示すごく少数の細胞またはシグナルが観察された」ということは、生物学的な意義を認めることはできないという結論ですね？ 」が誘導質問ではないかというわけですね。
当方はQ4に「ここまでの質問は誘導的でしたか？」と聞いており、Q５では「ChatGPTに偏った回答を要求するには至らないと判断していい？」と聞いているのです。その結果「* 「偏った回答を強制する質問」ではない* しかし「ある評価軸を優先する形の問い」にはなっている が、これは科学議論では普通のことで、評価軸の選び方自体に立場性が多少入るのは避けられません。ということで「「明確に偏った回答を要求していた」とまでは言えない」と、当方の質問が偏見に沿ったものではないと、同じコメントに書いてあるのです。
このコメントの最後まできちんと読んでから、誘導的な質問である、ChatGPTの判定は誤りであると根拠を添えて批判すればいいでしょ。
学とみ子は「聞き方をしてるの？」というから「当方の質問は誘導的ではない」とAIが言っているとの返事をしたのに、学とみ子は都合が悪いから、別の話題の新しい記事を2026/05/29昼ごろアップするのです。しかし新しい記事の日付は2026/05/26なのです。どうなっているんでしょ？
きっと２６日に書いた記事なんですが、当方とやり取りしていてアップしそこない、当方の指摘に都合が悪くて反論できないところになってしまったので、話題を変えるために３日前に準備した記事をアップしたのですね。ちがうかな？
「ため息さんはどこも反論できていないのじゃないの？との印象だ。遠藤論文解釈はどうしたの！？」 ← はあ？学とみ子の主張は根拠をそえて否定しているのに、学とみ子が反論しないのでしょ。いつもボールは学とみ子の側にあるのです。遠藤氏論文について何をしろというの？レビューしろとでも言うの？御冗談でしょ。人に頼らず学とみ子が自分で勉強すればいいのです。
「ESねつ造の実行なるものは、科学の議論をつめていけば、誰でも、不可能だとわかる。」 ← 学とみ子だけです、こんなことを言う方は。学とみ子に賛同している方はいるの？いないでしょ。学とみ子一人の妄想論理なんですよ。MITのJaenisch氏のように、多くの方は小保方氏がES細胞を混ぜたと推測しているのですね。学とみ子に同調する方を探してみろ。
「多くの一留（流？）専門家に囲まれて、ねつ造検体を他者に渡すスタイルのねつ造などできるはずが無い」 ← 細胞増殖曲線、メチル化の図、これらは小保方氏がシニアの研究者をだましたのでしょ？シニアの方々は小保方氏が提示した論文になる最終的な図だけを見て信用した、騙されたわけですね。実験の途中を誰もモニターしてなかったわけです。「ねつ造検体を他者に渡す」のは若山氏に細胞塊を渡すときだけです。酸浴細胞とES細胞は実態顕微鏡下では大きさがちがうが大きさの分布に重なりがある、細胞塊の場合混在していたらわからないというわけで、若山氏はまさかそんなことを予想していないのですから騙されたのですな。
「まず、ため息さんは、論文を誤読してしまう。細部や続きの文章全てを読まない上に、自身の判断を優先させて、それが正しいことであるかのように自信たっぷりに記載する。私（ため息）は、わかっているポーズが得意だ。」 ← 当方が論文のどこを誤読したのか、具体的にいってみろよ。言えないでしょ。当方が学とみ子の英文の読み方がデタラメだという具体例を挙げることができるよ。are foundですね。
「細胞を培養液に漬けたまま、酸性液を追加するとの記載が書いてあっても、ため息さんは、「そんなものは無い！」と言えてしまいます。」 ← そのようなことは言ってません。論文はあらかじめ酸性にした培養液に細胞を投与した、丹羽、相澤検証実験では細胞懸濁液にATPを投与した、論文とは別途公開したプロトコルは細胞を酸性液に投与した、細胞懸濁液に塩酸を投与したの２種類あるとSTAP細胞４つのプロトコルと２つの検証実験にあると書いているでしょうが。嘘、でたらめを書くな。
「自身の主張をサポートしたい時、エビデンスを出すのは、学術者として当然なのに、ため息さんは、それをしない。」 ← ？？どこどこに書いてあると常に根拠をそえているでしょ。根拠なく決めつけている、すなわち妄想を言っているのは学とみ子のほうでしょうが。
「世の中には、どうしてもESねつ造説を維持したい人がいる」 ← いないよ。研究の世界ではほぼ確定していて、もうオワコンなんだから。
「なぜ、こうした方法をとったのか？ため息さんは考察しない。」 ← 学とみ子が論文と異なる方法を検証実験では何故実施したのが説明してみろよ。STAP細胞ができたという論文の方法と、STAP細胞は再現されなかったという検証実験の方法があって、何故検証実験では前者を採用しなかったの？学とみ子は第三者の再現実験では細胞懸濁液に塩酸を垂らす方法を取らなかったから再現できなかったというのだが、検証実験では学とみ子の言う方法だったが再現できなかったわけだ。どうして検証実験ではSTAP細胞ができたという論文の方法をとらなかったと批判しないの？答えてちょうだい。
「丹羽先生は、国際学会誌にレビューを書くような専門家だ。どうしてそうした立場の人を、ため息さんが採点するの？」 ← ？？研究の世界では、たとえノーベル賞を受賞した人だからといって、その方の発言を無批判に受け入れることはないのです。あたりまえでしょ。
人種差別者のShockley、宇宙人に遭遇したMullis、ホメオパシーのMontagnier等々いますよ。丹羽氏は老いてこのような奇行をしたというのではないですが、グラフは大学１年生でも書かない初歩的なミスでした（＊１）。
「gaki15さんが、以下のレビューを書いて」 ← 引用元が書いてないから学とみ子の言い分を評価できない。アマゾンカスタマーレビューの★１つの投稿者にgaki15さんはいない。
「ため息さんは、ChatGPに、科学的なスタイルでの質問をしていない。ため息さんの質問に具体性が無いから、AI回答も気合いが入らないままの忖度だ。」 ← はあ？どこがどうして科学的ではないの？具体的に指摘できないだろ。学とみ子にとって不利なのでこのような切り返ししかできないのです。これで反論したつもりになっているのでしょう。AIに気合などないです。
「ため息さんが、以下のスタイルで聞けば、AIは「誘導では無い」と答える。」 ← ChatGPTに「ここまでの質問は誘導的でしたか？」という質問は忖度を要求した質問かどうか聞いてみました。その結果が＊２です。「AIは忖度して『誘導ではない』と答える」という主張には根拠が必要で、一般論としては妥当とは言いにくいと学とみ子の考えは否定されました。
「ため息さんのAIは、「しっかり」とか曖昧な言葉をいれて、回答をごまかしている。」 ← あほか。「しっかり」という表現は学とみ子が言い出したものだ。前の記事でctrl+f で「しっかり」と検索してみろ。学とみ子が「しっかり初期化遺伝子が作られる」と使ったのを当方が引用して質問しているのです。自分が何を言っているのか自覚がないのね。危ないな。
「Legendを出しても意味無い。実際の論文は、結果を淡々と示している。クリックひとつで全訳になるのに、なんで、そこを避けて、AIに示すの？かしら。」 ← ？？論文のURLを示すと、この丹羽氏論文の場合はChatGPTは「はい、読めます（少なくとも要旨・本文の主要部分と結論は確認できます）。」と返してくるのです。AIは英文を読めるのですから翻訳する必要はありません。
「ここをAIにいれて、AIに否定してもらったらどうか？」 ← やってみましょ。＊３に結果があります。当方がここで別途解説するのではなく、学とみ子が＊３の回答を読んでください。要するに「低pH処理後の細胞集塊の中に、ES細胞並みのOct3/4を発現する細胞が稀に存在することは確認された。しかし、それはSTAP細胞の生成を示す証拠ではなく、全体としては多能性誘導は極めて乏しく、STAP現象の再現には至らなかった」ということで、初期化関連遺伝子が出た、出たとこの部分だけ取り上げて騒ぐ意味はないのだということです。わかった？
１４名の幼稚園児に「女性ホルモンと言う名の神話」という冊子を提示しても、泣き出す子がいるかもしれないが、子供の成長に何の影響もないのというのですよ。
＞はい、学とみ子に代わって実施してあげましたよ。根拠を添えて反論してみ。
＊１
＊2
＊３
学とみ子が２９日（金）午後、当方のコメントを読んで追記です。「ため息さん＞当方が論文のどこを誤読したのか、具体的にいってみろよ。言えないでしょ。 … 他者をバカにするという言動に抵抗がない人なのだな。」の部分です。
学とみ子が「まず、ため息さんは、論文を誤読してしまう。」というから、当方が「当方が論文のどこを誤読したのか、具体的にいってみろよ。」と言ったら「ため息さんが論文を誤読している実態を、この記事の一番上に書かれてしまっているのを、ため息さんは無視しているね。」とのことです。
「この記事の一番上」に、何が書いてあるかというと；
①「ため息さんの反論に対し、 … 」
②「「ため息さんとの議論は意味がない」という感じ …」
③「ESねつ造の実行なるものは、 … 」
④「表面的理解の人へのため息さんの … 」
⑤「ため息さんの主張は、論文をきちんと読まない … 」
⑥「まず、ため息さんは、論文を誤読してしまう。 … 」
⑦「細胞を培養液に漬けたまま、 … 」
⑧「自身の主張をサポートしたい時、 … 」
⑨「世の中には、どうしてもESねつ造説を … 」
で、どこにも当方が「論文を誤読している実態」は書いてありません。しいて言うのなら⑥の論文を誤読 が対応するのかもしれませんが、これは論文の誤読の実態ではなく、誤読だということの繰り返しで該当することではありません。
「ため息さんが論文を誤読している実態を」とありますがどこにあるのでしょ？
「細胞を培養液に漬けたまま、酸性液を追加するとの記載が書いてあっても、ため息さんは、「そんなものは無い！」と言えてしまいます。」ですかね？しかしこれは論文と別途のプロトコルと検証実験の酸浴方法を紹介しているのですから、学とみ子の細胞の入っている培養液に酸あるいはATPを垂らすという方法も当然記載しています。論文の方法はあらかじめpH調整した培養液に細胞を入れたと書いてあるとしてますが、これが誤読なんですかね？誤読でないのをAIに確認しています。
「ますます、居直りがひどくなっている。」 ← 居直りではないです。どこに誤読の実態が書いてあるの？という質問です。答えてちょうだい。
「当ブログの記事で、ため息さんに、何度言っても、自身の言い分しか言わない状態なのだから、相手にしても意味はない。」 ← 違います、学とみ子の主張は間違いだと根拠（最近はAIの回答が多いね）を添えて指摘しているのに、学とみ子が答えられないという状況なのです。
「ごまかせば、そのままで通ってしまうという生き様なんですね。」 ← 学とみ子は答えないで別の話題の記事にするという行為は「ごまかして逃げる」ということで、これはoTakeさんも同様に指摘されています。答えたらいいでしょうが。
最近の質問をざっとみて挙げると；
・「成功したとされる方法（論文）ではなくて再現できなかったとされる検証実験の方法を使わないのはおかしいと主張するのは、変竹林だと思わないの？」
・「むしろ、丹羽氏や相澤氏の検証実験は論文と異なる方法を使っているとクレームをつけるべきでは？」
・「丹羽氏や相澤氏は論文の方法ではなかったわけだ。彼等は「方法の違いが細胞に与える影響など考えたこともない人たち」なの？」
・「何故、丹羽氏、相澤氏は論文通りにしなかったと思うの？」
・「何故、理研はそのような（STAP現象が出ないように、理研が対策する）操作をするのでしょ？ 」
・「「細胞を刺激すると改変（リプログラミング）が始まり、しっかり初期化遺伝子が作られることが証明された」とは、この図だけからも論文全体からも言えません。」が結論で、学とみ子の発現は否定されました。」に対して「論理的な反論をしてください。」と言っているのに返事がない
・「話題を変えるために３日前に準備した記事をアップしたのですね。ちがうかな？」などというどうでもいいけど学とみ子が答えることができるはずの質問
・「gaki15さんはどこにいる？」
・「学とみ子に代わって実施してあげましたよ。根拠を添えて反論してみ。」
ですけど、学とみ子はひとつも答えてないね。当方は学とみ子の質問に答えているでしょ？
学とみ子曰く：「相澤論文も、丹羽論文も、再現性はあるんですよ。」 ← 滅茶苦茶ですね。
☆ 相澤論文https://f1000research.com/articles/5-1056/v2
「Obokata is presumably the best qualified to prepare “STAP cells”. The present study focused on assessing pluripotency by chimera production using cell aggregates prepared by Obokata. Under the assay conditions reported here, we observed no evidence of pluripotency in cell aggregates she prepared herself.
小保方氏は、おそらく「STAP細胞」を調製するのに最も適任であると考えられる。本研究では、小保方氏が調製した細胞塊を用いたキメラ形成による多能性の評価に焦点を当てた。本報告で示した試験条件下において、彼女が自ら調製した細胞塊には、多能性を示す証拠は認められなかった。（DeepL訳）」
STAP細胞を作成できたのは小保方氏以外に誰もいなかったというのが、この検証実験のときわかっていたはずなのにこんなことを書くとは相澤氏も何とぼけているんですかね。
「 it is important to report that Haruko Obokata herself failed to reproduce the reported phenomenon,
大保方晴子氏自身が、報告された現象を再現できなかった ことを指摘しておくことが重要である。（DeepL訳）」
☆ 丹羽論文https://www.nature.com/articles/srep28003
「As a result, we have concluded that the STAP phenomenon as described in the original studies is not reproducible.
その結果、我々は、当初の研究で報告された STAP現象は再現できないという結論に至った。（DeepL訳）」
論文にはこれほど明確に再現できなかったと書いてあるのに、「相澤論文も、丹羽論文も、再現性はあるんですよ。」というのはどういうことですかね。学とみ子は妄想の世界から一歩も出てくることができないのですね。
学とみ子が５月３０日（土）午前、追記です。「丹羽論文に書かれた上記の英語部分では、 … 自らの考察の甘さを露呈しているなどと考えないのだろう。」の部分です。
どうやら学とみ子の再現できたというのは相澤、丹羽の検証実験で「しっかりと細胞変化に触れている。丹羽論文も、相澤論文も、酸浴刺激による細胞変化に触れている。」ということらしい。
「素人には、「しっかり出ること」「少し出ること」の違いがわからない。」 ← わからないです。「しっかり」と「すこし」は元の英文論文のどの単語に相当するのでしょ？
「ため息さんのようなESねつ造画策者は、こうした争点をターゲットにする。「少しなら意味はない」と強弁する。」 ← 強弁などしていません。反応の大きさが少しでも意味がある場合はあります。しかし検証実験では、酸あるいはATP浴細胞の何かの変化に細胞の多能性をもたらす働きがあったとは証明されなかったのです。つまり、その変化はその後の意味のある反応につづかなかったのですから、反応の大きさとは関係なく、酸あるいはATP浴の反応に意義はなかったのですね。
丹羽氏の検証実験では「Induced cell aggregates show poor induction of pluripotency-associated markers（pluripotency-associated genes）.」 でした。このpoorを学とみ子は「しっかり出た」「少し出た」あるいは何と訳すのでしょうかね？
相澤論文では蛍光を観察していて「Green fluorescent cell aggregates that exhibited no significant red fluorescence were rare.」とのことです。このrareを学とみ子は「しっかり出た」「少し出た」あるいは何と訳すのでしょうかね？
＞学とみ子
「しっかり出た」というのは何がしっかり出たのか、相澤、丹羽両論文の「しっかり」に該当する部分はどれか示してください。
学とみ子が５月３０日（土）午前、追記です。「丹羽論文に書かれた上記の英語部分では、 … 自らの考察の甘さを露呈しているなどと考えないのだろう。」の部分です。 の続きです。
「it is important to report that Haruko Obokata herself failed to reproduce the reported phenomenon,で、相澤氏が言いたいことは、以下である。it is important to report that Haruko Obokata herself can reproduce the reported phenomenon,」 ← ええええ？！「しかし、この本音の言い方を、相澤氏はしなかった」 「論文には再現できなかったと書いてあるが、相澤氏の本音は小保方氏は再現することができた」と学とみ子は主張するのですね。ひどいね。滅茶苦茶ですね。何を根拠にこんなデタラメを言うのでしょうか？学とみ子の妄想脳と表現してきましたが、ここまでくると気が狂ったか？としか思えません。
「検証チームは、少しでも陽性反応が出たことを、そのまま記録に残すことを選択した。」 ← 相澤検証実験で「少しでも陽性反応が出た」というのはどの反応でしょうか？
脾臓細胞で細胞塊ができたこと？緑だけの蛍光を出す細胞塊はrareだったこと？キメラはまったくできなかったからちがうよね？
一方丹羽氏論文については「上記で、当ブログが指摘した These data suggest that some proportion of cells in the aggregates express pluripotency-associated genes at comparable levels to those of ES cells.も、そうしたスタイルだ。」と学とみ子は言うわけだ。丹羽氏論文の本文の該当部分は；
「We found that some aggregates expressed a comparable amount—more than 10% of the expression level in ES cells— of pluripotency-associated genes, including Oct3/4 (Fig. 3b). Since the cell aggregates consist of ~10 cells, such expression level indicated possible existence of the cell(s) expressing pluripotency-associated genes at the equivalent level to that in ES cells. Klf4 expression was detected in all samples, which may reflect its expression in liver cells, and thus serves as a positive control in this assay. Of cell aggregates derived from liver cells treated with ATP, 19% expressed the amount of Oct3/4 comparable to ES cells (Fig. 3c). These data suggest that some proportion of cells in the aggregates express pluripotency-associated genes at comparable levels to those of ES cells.
我々は、一部の細胞塊において、Oct3/4を含む多能性関連遺伝子の発現量が、ES細胞の発現レベルの10%以上という同等のレベルで発現していることを確認した（図3b）。細胞塊は約10個の細胞から構成されているため、このような発現レベルは、ES細胞と同等のレベルで多能性関連遺伝子を発現している細胞が存在する可能性を示唆している。すべてのサンプルでKlf4の発現が検出されたが、これは肝細胞におけるKlf4の発現を反映している可能性があり、したがって本アッセイにおける陽性対照として機能する。ATP処理した肝細胞由来の細胞凝集体のうち、19%がES細胞と同等の量のOct3/4を発現していた（図3c）。これらのデータは、凝集体内の細胞の一部が、ES細胞と同等のレベルで多能性関連遺伝子を発現していることを示唆している。（DeepL訳）」です。
単名著者の論文なのに主語がWe となっている。
丹羽論文の図３ｂにカウントするためのマークを付けたのが上図である。
図説ではOct3/4の相対発現レベルが0.001を判定基準にしているから、この基準で発現した細胞に赤丸、しなかった細胞に黒丸をつけた。本文では相対値が、細胞塊が〜１０個の細胞でできているからそのうち１個でES細胞並に発現しているのが有意という推測がなされているから0.1を超えた細胞にはさらに大きな緑丸を付けた。
丹羽論文の図３ｂとc の図説は；
「(b) Q-PCR analysis of the single cell aggregates derived from the ATP-treated or non-treated liver cells cultured for seven days. The liver cells were prepared from 4-days old of C57BL6/129 mice and the single cell aggregates were separately treated for quantification of gene expression. The relative expression levels of pluripotency-associated genes to Gnb2l1 were indicated with standard deviation. The expression levels in 10 control ES cells were set at 1.0. (c) Frequency of cell aggregates showing the levels of Oct3/4 expression comparable to ES cells. The relative expression levels of Oct3/4 in single cell aggregates derived from liver cells were measured as b and the frequency of the cell aggregates with the levels of Oct3/4 expression over 0.001 of relative expression to ES cells is indicated
(b) 7日間培養したATP処理群および非処理群の肝細胞由来の単一細胞凝集塊に対するQ-PCR解析。肝細胞は生後4日齢のC57BL/6×129マウスから調製し、遺伝子発現の定量のために単一細胞凝集塊を個別に処理した。Gnb2l1に対する多能性関連遺伝子の相対発現レベルを標準偏差とともに示した。対照ES細胞10株の発現レベルを1.0とした。(c) ES細胞と同等のOct3/4発現レベルを示す細胞凝集塊の頻度。肝細胞由来の単一細胞凝集塊におけるOct3/4の相対発現レベルは(b)と同様に測定し、ES細胞に対する相対発現レベルが0.001を超えるOct3/4発現レベルを示す細胞凝集塊の頻度を示した。（DeepL訳）」
図３ｂでは未処理で3/5=60%が、ATP処理で10/15=67%が相対発現レベルが0.001を超えており、図３ｃでは5/24=19%が超えていた。
Oct3/4の相対発現レベルgが0.1以上に意味があるとすると、未処理は0/5=0%、ATP処理は4/15=27%が有意である。
図説では0.001を有意な検出値としていて、19% という発現割合を示しているのに本文では0.1を超えたものをカウントして19%と書いている。齟齬がある。
0.001を有意な発現とすると未処置の60%、ATP処置では67%がOct3/4を発現したということになる。未処置とくらべたら0.001という基準が反応の有無の判定基準にはならないでしょ。
グラフが初めてエクセルで作成したかのようなミス、We、0.1なのか0.001なのか統一されてない。0.1の根拠も細胞塊が細胞１０個でできているからという怪しげな根拠。丹羽氏もやりたくない実験をやって手抜きもいいところで、査読者がいないから公になったようなものですね。
それはさておき、学とみ子が「初期化蛋白合成を示した。」というのもこの図３が根拠かと思いますが、Q-PCR analysisですから、「初期化蛋白合成」という言葉はありませんがきっと「初期化関連蛋白合成」なんでしょうけれど、タンパク量を測定したのではないのです。
それはいいとしてもこの図３のデータをもって初期化（多能性）関連遺伝子が発現したのだから小保方パートは再現されたと学とみ子は主張するわけです。
しかし、以前コメントしたように反応が小さいとき、この反応が意義があるかどうかは
①論理的にあり得るか
②再現性があるか
③ノイズではないか
④その結果が次の反応を発生させるに十分か
で判断されるのです。丹羽氏のレポートでは、確かに初期化（多能性）関連遺伝子が発現したわけですが、
「 However, when we used ATP instead of HCl, also based on a suggestion by the authors, a few cells in a subset of cell aggregates expressed the pluripotency marker Oct3/4 at levels comparable to those in ES cells that were reproducibly detected by QPCR (Fig. 3c) and immunostaining (Fig. 4b). However, the frequency was very low; 5 × 105 liver cells yielded only ~30 cell aggregates, in which about 20% of the cell aggregates contained 1–2 Oct3/4 positive cells, indicating a frequency per seeded liver cell of 0.0012–0.0024%.
しかし、著者らの提案に基づき、HClの代わりにATPを使用したところ、一部の細胞凝集体において、ES細胞と同等のレベルで多能性マーカーOct3/4を発現する細胞が少数認められ、QPCR（図3c）および免疫染色（図4b）により再現性をもって検出された。しかし、その頻度は極めて低く、5 × 10⁵個の肝細胞から得られた細胞凝集塊は約30個に過ぎず、そのうち約20％の凝集塊に1～2個のOct3/4陽性細胞が含まれていた。これは、播種した肝細胞1個あたりの頻度が0.0012～0.0024％であることを示している。（DeepL訳）」
そして
「Moreover, the pluripotency of such cells was not confirmed by chimera formation assay, and they did not give rise to any stem cell lines.
さらに、このような細胞の多能性はキメラ形成アッセイによって確認されず、いかなる幹細胞株も樹立されなかった。（DeepL訳）」
つまり、キメラもACTHを使った幹細胞の樹立もできない、つまり上記の④を満足しないのです。この僅かな初期化（多能性）関連遺伝子の発現は意味がないということで、したがって丹羽氏は「the lack of evidence supporting the existence of the reported STAP phenomenon. 報告されたSTAP現象の存在を裏付ける証拠の欠如を浮き彫りにしている。」と結論せざるを得ないのです。学とみ子の発現したという表現は間違いではないですが、その量が少なく意味がない、間違って発現した、間違って検出された、ノイズだということなんですな。ノイズを見てあるあるとさわいでも誰も納得しないわけです。
「彼（ため息さん）は、「少し出ること」と、「出ないこと」の、科学的意味の違いを考える人ではない。ため息さんにとって、「少し出ること」と、「出ないこと」は、イコールなのだ。」 ← 上記のように、少し出たことに意義がある場合もあるし、意義がない場合もあるというのが当方の意見です。意義があるという主張をするためには上記の①〜④をクリアする必要があるのです。https://nbsigh2.com/?p=28247#comment-63294のChatGPTとの質疑応答を読んでください。学とみ子は読めないのですかね？このコメントには反論ができないようです。
当方を侮辱する前に当方の発言を理解すべきです。できないから侮辱するのでしょうけれどもね。
追記：当方の提案した①〜④の基準に納得できないのなら、AIに「刺激して反応が小さいとき、この反応に意義があるかどうかはどのような基準で判定したらいいでしょうか？」と聞いたらいいでしょう。そして①〜④を提示して妥当かどうか聞いてみればいいのです。全く新しい現象の場合は①の論理がないがそれでもいいかとも聞いてみてください。
わかるでしょ？検証実験の場合は、キメラがでなかった（相澤、丹羽）、STAP幹細胞に相当する細胞株は樹立できなかった（丹羽）というので、①は不問、②はあるかも、③はノイズの可能性があるが不明、しかし④がクリアできずこの僅かな初期化（多能性）関連遺伝子の発現に意味を見いだせないのです。
小保方パートが再現されたというのは間違いで、再現されなかったのです。論文の記載に比べ圧倒的に数が少ない、次のステップの実験にならない、つまり少し出た反応は意味がないものだったということですね。
次の記事に話題を続けましたので、この記事でのコメント受付は停止します。続きのコメント投稿は丹羽氏検証実験のOct3/4発現は意味がある？のほうへお願いします。