今週はちと講義、実習、講義と実習の準備とちといそがしく、くたびれて、帰宅してアルコールを胃に注ぎつつ、最近、静かになった他所様のブログなんか見ていて、まだ日本シリーズも始まってないしね、他所様のブログにコメントしてしまった。意見を述べる場があるのだから、何も他所様にお邪魔することはないのにね。
アノ姐さん すんません。敬称をわすれちゃった。
[ 追記 ] 2016.10.22
武田センセは昭和18年(1943)6月生まれで、現在７３歳。中部大学の定年は７０歳だろ。だから現在は毎年更新の特任教授なんだろ。実験室はない可能性がある。総合工学研究所に所属しているがこの研究所は研究プロジェクト単位で構成されているようで、普通の大学の講座制ではないので弟子が教室を主催しているというような形ではないのかもしれない。そうだとすると小保方氏を受け入れる余地はないのかもね。
剽窃と断定されておとなしくなったあっちのブログですが、「ため息」さんという方がコメントしていました。どうやら、アク禁になったようです。あそこは、少しでも批判すると、あるいは異議を唱えると排除されるブログですからね。
この「ため息」さんは、当方とは全く関係ありません。誤解されちゃうと困るので。ま、表現スタイルも違うし、ここがそんなに有名でもあるわけがないので誤解されることはないと思いますがね。ため息を商標登録しているわけじゃないからね。
捏造と断定されたArticle Fig.5cのグラフなんだけど、「結論ありき」さんが取り上げているので、連休だったし…
Aticleのpdfファイルをダウンロードし、問題の図のあるページをイラストレータで開き、グラフ部分を見たわけです。
不思議な点はプロットのマークが２つのオブジェクトからなることです。外側の黒い線の◯と中の塗りつぶしが黒と白の二種類のマークである。この図では塗りつぶしの白を黄色に変更してある。
普通、イラストレータで作図するときは黒丸を描きその中を黒または白で塗りつぶすから１つのマークが２つのオブジェクトでできていることはない。
すべてのマークに番号をつけた。それぞれ最も若い日を１とするとES細胞はES1からES45、STAP StemCell はSTAP_SC1からSTAP_SC45となる。
それぞれのマークの番号を、マークの中心（目視で決めた）を通る青い線で判別しやすくした。この青い線の傾きが最終日間際に急になるのが、おかしいことは先に述べた。 また、３つのプロットがコピーではないかと「結論ありき」さんで問題となっているのをP1~Y6と加筆してある。STAP_SC21〜23がピンクの１〜3、STAP_SC24〜26が黄色の4〜6に該当する。 ピンクの２が一番上にあって、エクセルのような表計算ソフトではZ軸（重なり具合）は一定だからおかしいと指摘している。このようなところは他にもある。 マークをESは一つ置きに外側の◯を黄色の線に、STAP_SCも同様に一つ置きに赤丸にすると、重なり具合がわかる。
ESのプロットがSTAP_SCより後（上にある）ということがわかる。ES10は前後に比べ上におかれている。ES13も同様だ。STAP_SC11は両隣より下に配置されている。
イラストレータで各マークの中心位置を読み取り、表にしてみた。単位は mm でグラフの原点は（0,0）である。これで、何かがわかるだろうか？
[wpdm_file id=13]
ここまでで、力尽きた。風呂、酒、飯だからな。
捏造と断定され、不服も申し立てず、「あの日」で自由に反論できたのにやってないし… これ以上やってもしょうがないけど、グラフの捏造方法について考察できるかもね。
[ 追記 ] 2016.1011
イラストレータで読み取ったマークの中心の位置が、オリジナルの図と一致するかをチェックしないといけない。数値を読むためにオブジェクトを選択するとマウスを誤って動かしオブジェクトの位置がうごいちゃう。そこで数値化したエクセルの表からグラフを作成し、そのマークを図と重ねてみた。
ES細胞は黒または黄色の枠に黒の塗りつぶし、STAP-SCは黒または赤の枠である。赤いビットの荒い☓が、表から作図したSTAP-SCのエクセルのマークをイラストレータの図にコピペして縦横のサイズを右上と左下が一致するように変えて重ねたものだ。一部のみ拡大してある。数字は上の図とおなじだ。拡大したことになってエクセルの赤い☓はベクトルデータでないのでピット表示になっている。１ビット位の差がある、つまり数値化は問題なかったと判断した。
コピペではないかと疑われているマークの位置（STAP-SCの２１から２６）をエクセルでグラフにし
２１~２３ を２４〜２６に重ねてみた。
結果は２１と２３、２４と２６の位置関係はよく一致、２２と２５はずれているということになった、だから「結論ありき」さんの結果と微妙に異る。pdf → イラストレータ で数値化するときにどのくらいの誤差がでてくるのか、エクセルのグラフをイラレにコピーするときどのくらい精度が落ちるのか等、調べないと一概には言えないのかもね。
今年は秋刀魚が不漁？毎年、今頃は１匹１００円未満でスーパーに並ぶんだけど、今年はなかなか安くならないし、大きさも小さい。お決まりの、大根おろしと醤油とすだちのような柑橘類を添えた塩焼きはもう皆様は召し上がったでしょ。そこで、イタリアンてのはどうでしょ？
半分に切って（オーブントースターに入らないから）、アルミホイルにのせ、塩、胡椒を振って、ロズマリ−とタイムの葉っぱをちらし、にんにくスライスをのせ、オリーブ油をかけて冷蔵庫で３０分位おき、アルミホイルごとオーブントースで焼きます。
肉体的にも精神的にもデプレっているということだったが、元気を取り戻したようだ。良かったね。
おさがわせで、皆さん情報がほしいようなので、あのHopeとかいうページでもいいから提供してほしいもんですね。
パターンで教えると理解されるのか？というタイトルでしたが、本文と乖離しているので「イラストで教えると理解されるのか？」に変更しました。すんません。
食用ガエルの坐骨神経を単離し、電気刺激して神経線維の活動電位を記録するというのは医学関係の学部では定番の実習だ。カエルをさばいて坐骨神経を取り出すまでは大騒ぎなのだ。その後、刺激ー記録するための装置（電極となる銀線がはしご状にならんでいる箱）に切り出した神経を載せてから、刺激装置と記録装置に配線するわけだ。刺激はプラスマイナスの２本、記録はプラスマイナスとアースの３本が必要になる。勿論、文書で書いてもわからないから、図示するわけだ。
赤、黒、緑のミノムシクリップで電極である針金（銀線）をつまむわけだが、この図のパターンのように接続しなさいと言ったら、できないのだ。端から順番にこの図のようにそれそれの色のクリップで銀線を挟むことがなかなかできない。この絵は模式図でクリップでつまむ部分はこの絵の通りになってないところがあることもある。この３色のクリップの意味がわかってないこともある。絵の通りできても、その銀線の上に神経が乗っかってないなんてことになるのだ。絵で示せば分かるというわけではないのがわかる。意味がわかっている場合は絵でわかるが、そうでないとなかなか教えるのも難しい。
イラストで示すと理解されやすいと、一般には信じられていて、最近の教科書は絵が一杯だ。しかし文字列を読んで意味を理解して欲しいもんだ。「勉強の仕方」という新入生に教える講義がある（大学なのに信じられないのだが、ま、それは別においておいて）。この授業を割り当てられている管理者が教えるのは、教科書の本文から、絵を見ない・隠して、イラストを描く、逆に、イラストから本文を記述する、これを行えば理解できるよ、と伝えているのだが、実施してないよね。
あちらの一流の研究者を嫌っているところがあるけれど、そして向こうも嫌っているだろうけれど、管理者はあちらの全ての意見に異議唱えているわけではない。最近のあの方の発言
121. ブログ管理人 2016年10月04日 08:51
略
今、ノーベル賞が日本からたくさん出ている理由の一つは、「バラマキ」と言われた研究費分配法時代に行われていた研究です。「選択と集中」による現在の方式を続けていけば、10〜20年後にはノーベル賞は出なくなるでしょう。
という考えには賛成します。こういうことを発言していただけるといいのですが、正直言って結論ありきブログの「レベルが低いと考えるのが最も妥当」についてのコメントはもう辟易としています。
最近は、法人化された国立大学のいわゆる基本校費とかいわれる、文科省から配分された経費のうち各教員に無条件でばらまかれる経費はどうやら教授でも数十万円以下のようですね。かつては、教室運営費となる経費は教授、助教授（准教授）、講師、複数助手（助教）という１講座に割り当てられた経費は合計３００万円くらいあったのでは？
数十万円だと、科研費では支払えない事務経費、共同機器の負担分などを支払うとおしまいになっちゃう。多様性を維持するのならバラマキかもしれないが、最低の研究ができる経費を分配すべきだと思います。そのときの風潮で集中配分してもいいですけど、その他大勢も研究できるようにしないと、それこそユニークな研究がでてこないと思うところです。
例のNature論文の細胞増殖曲線のグラフ、筆頭著者は捏造と判定されて異議を申し出なかったので、桂委員会の判定が最終決定だと思っていたのだが、阿塁未央児という方が、グラフのプロットのｘ方向の間隔（時間）が一定でないというのと、筆頭著者の桂委員会での正確に３日毎ではなく、できるときにやったとかいう供述に一致しているのでは？と言い出した。つまり実測値からプロットしたのでは？というわけだ。ツイッターの記事なので意味がわからないところがある。もしプロットが下記の指摘のようにコピペだったらｘ軸方向の間隔を細かく見ても意味がない。逆にｘ軸方向の間隔が一定でないのはコピペというかマークをマニュアルで適当な位置に置いた証拠なんだろ。エクセルの表の横軸を時間単位で入力したとは思えない。日の単位だろ？だったら等間隔あるいは一定の比になるだろうな。
阿塁未央児さんの考えに対して「結論ありき」のブログの管理者の一人の方がコピペだと指摘している。プロットのマーク（丸）が大きいと隣のマークと重なる。この場合、普通グラフ作成ソフトでは表示は後から（この場合ｘ値の大きい）のマークが上に重なるように表記されるが、そうなってない、重なり具体が一定でない、つまりグラフにはコピペしたプロットがあるのではと、このグラフが捏造されたことを指摘している。
一方、本ブログの管理人は最初にグラフを見た時、おかしいと思った点は、120 日間なのに45 回、つまり平均2.6 日毎に測定していることと
ES細胞とSTAP幹細胞は同じ回数測定しているのだが、図でわかるように順番の該当するプロットを結ぶ赤い線の傾きが、最後になって急に大きくなるように変化していることだった。
確か、ES細胞とSTAP幹細胞のプロットが縦に並んでないというのが疑問であるというのが最初の疑惑の指摘だったが、これは、同一日時に測定したのでなければ説明ができる。例えば１回目の測定が３日後と４日後と異なり、２回目以降どちらも３日毎だったら、プロットは縦に並ばず一定のズレのままのグラフになるだろう。ES細胞とSTAP幹細胞それぞれの縦軸の変化が同じようだったら、この赤線の傾きはの変化は最初から一定の傾向になるだろう。この場合ES細胞の増殖率が少し大きいので、赤線の傾きは次第に大きくなっていくだろう。しかし図では、最後の数回だけ傾きが急に大きくなっている。ES幹細胞の増殖スピードが最後の数回のみ急に増加した（STAP幹細胞の増殖が急に低下した）ということになる。これはありえないでしょ。増殖スピードが変化したのなら、グラフの途中とかでもあってしかるべきでしょ。
一番考えられるのは、STAP幹細胞のマーク幾つかを何回かコピペしたら、最後の数点が枠からはみ出し（１２０日を越えちゃう）ので、これを少しずつ左にずらしたから でしょ。同じ回数測定されてなければならないと思っているからね。ES細胞とSTAP幹細胞でカウント日時数が同じでないといけないということはないからね。むしろ増殖率が異なるだろうから、１２０日と限定したら、コンフルエントになるたびに入れ替えるのだったら測定数が異なってしかるべきだ（正しいかな？増殖する細胞数をカウントしたことがないからわからない）。
そもそも120/45=2.6 … というのがありえないので、なんで捏造するにしても３日毎なんだから４０点のプロットにしないんだろ？
この方については、普通、捏造するならわからないようにこうやるだろという推測が通用しないからな。図でマークをコピペしたり、位置をずらしたりするより、表の数値を変えるほうが捏造は楽なのにね。
ちなみにエクセルでは、後からセルの数値を変更しても、マークの重なり順番は変更されない。マークの重なりはｘの値が大きい方が前面に来なければないらないという規則はどこにもない。逆だって可だ。ただし、表からグラフを作るソフトでは、その関係は一定で、セルの数値を変えたらそのマークが最前面にでてくるなどというのはないだろうな。イラレにかぎらず絵お絵かきソフトでは普通コピペすると重なり具合はコピペの順になる。あとから貼り付けたのが前面に来る。
測定した記録がない、これはハーバードではなく理研での実験だから実験ノートがないという言い訳は通用しない。せめてエクセルの表でもあればいいのに、これもなかったんでしょうね。エクセルの表で数値をいじってグラフを作成したら「結論ありき」さんの指摘はなかっただろうね。出張で測定できない時があったはずという指摘にも、測定記録がないから答えられないのも当然と思われるよね。でも図の Legendには８例あると書いてあるよ。「あの日」にはこのグラフの件について何も書いてないのは何故？愛読者のryobuさんだったら答えてくれるかな？
It's alright, I say It's OK. Listen to what I say.
