このヒト最悪!

ジャーナリストを自称するくらいなら、根拠をもって発言してほしい。
「笹井芳樹博士 言質 記者会見書き起こし」という例のデマ飛ばし自称ジャーナリストおばさんはブログ記事で、実は単なる記載ミスだった神戸市立医療センター中央市民病院での麻酔薬剤「プロポフォール」紛失事件が、ちょうど笹井氏の自殺と時期が近接していたことを、あえて暗示的に関係があるように書いて、煽っている。
さらに実験ノートが2冊しかないことを

小保方氏のノートも14年4月17日までは4、5冊ある事になってるのに(笹井博士も数を言っている)何故か三年間で二冊しか存在しなかった事になってますし、数が増えたり減ったり。
魔術ですか?

だって。ひどいね。小保方がもっとあると主張しているのにもかかわらず2冊しか提出しなかったんだろうが。
これは「若山照彦博士、STAP幹細胞は43株樹立 いくつ山梨大学に運んだか」の記事で

> わたくし、理系でないので引き算足し算が苦手でございますので皆さん、計算なさって下さい。

と言って
えりさんという方から

当時の朝日の記事(http://nueq.exblog.jp/22510986/)には「論文や共著者の若山照彦山梨大教授によると、STAP幹細胞は若山教授が少なくとも43株を作った。」とありますけど。
「少なくとも43株」なんですから、44株以上あっても特に問題ないんじゃないんですか?

と諭され、

3. 木星 2016年04月14日 18:15
えりさん、三木弁護士にどれくらいの数量だったのか、確認できたらしてみます。それから「少なくとも」という表現はわたくしも同意します

と返事をした後の記事だよ。最悪だね。

風が吹けば

鹿児島の友人から。

熊本で地震が頻発していますが、鹿児島は3回ぐらい揺れただけで最高でも震度4で、職場も家も問題ないです。ただ、既に物流への影響が出始めており、コンビニで弁当の品不足が起き始めています。

だそうで。風が吹けば桶屋が儲かるみたいだ。コンビニ弁当てそんなに、トヨタの車みたいにグローバルなのか。

移転したら単純にうまくいかなかったこと

移転したけど、うまくいかなかったこと。
すべてのファイルは移転できたようだけど
1)コメント欄がみえない → 設定 → ディスカッション をいじっていたらみえるようになった。
2)画像などのリンク先が昔のまま →  Velvet Blues Update URLs というプラグインで一括変換した。
3)Light Box 系のプラグインをつかうと別ページが開いたのちオリジナルのサイズの画像をみることになっちゃう。本来のポップアップにならない。→これは前からで、原因は調査中。Light Box系のHuge IT lightbox をプラグインとしてインストールしているけど。
例えば、下の図をクリックするとオリジナルの解像度の図が開く…..
20160413elephant
はずだが開かない。この写真は移転後にアップした写真だ。前のサイトから移築した写真は、コメントページが開いて、さらにクリックするとオリジナルの解像度・大きさの図が提示される。
んが、わからんぞ。時間がないから、後回し。
4)古い記事をみてみたら、図・写真がでてこない。最近のは問題ないけど。

WordPress アップデート

One click でWordPressのアップデートができていたのだが、なぜか4.4.2からできなくなってしまい。アップデートをちとサボっていた。
ようやく、先ほどマニュアルで終了した。プラグインやテーマのアップデートはone clickでできるようになったから、次からは問題ないのではと期待している。
アップデート中はウイルス防御のプラグインを止めていたわけで、そしたら17:49:44 Probably hack/malware attempt! なんてのがあったよ。p8163-ipbfp1903tokaisakaetozai.aichi.ocn.ne.jp 名古屋からです。ボットに感染しているんでしょうな。
広告URLだらけのコメントが投稿されていたしています。
[ 追記 ] 2016.4.12
WordPressの更新に伴い、いままでのサイトから引っ越しました。これまでのac.jp のサーバは問題とされたことはないのですが、個人的な意見表明が多くなりすぎたので引越しです。匿名での情報発信は禁じられているので顕名で言いたいことを勝手にわめいていたわけですが、組織の財産を使ってこんな好き勝手なことわめいていいのかと判断され、管理者自身にペナルティがあってもしょうがないでところです。しかし、ネットワークを管理するほかの人には迷惑になりえます。そこで、クレームがつく前に所属部署に設置したサーバではなく、個人的な別サイトに移転させることにしました。
ほんの一部の関係者しか読んでないブログでしたので好き勝手に書いた結果、関係者には評判がよかったわけですが、最近は関係者でない方もアクセスしていますからね。変な抗議を当局にメールされても面倒なことになるだけですからね。個人的なサイトだったらいいでしょ。

エアブラシ?

STAP HOPE PAGEのprotocolのページの典型例の緑の蛍光が明るすぎるというのが誰が見ても疑問に思うところだ。「STAP細胞を語る会 小保方さん擁護派も批判派も」の4月6日頃の投稿では、ブラシで描いたのでは?という疑問が呈されている。All or None のデータじゃないんだから、本当なら適当な露光時間で撮影すべきだからな。
理研の報告書の蛍光顕微鏡による酸処理後形成されるSTAP様細胞塊の緑色蛍光検出のpdfをブラウザ(Chrome)で開き、25%に縮小して(上)表示し、STAP HOPE PAGEのprotocolのページの典型的結果という写真の明視野とOct4が発現してGFPが発光したと称している写真をブラウザで500%に拡大し(下)スクリーンキャプチャで撮影して並べてみた。
20160409stap_compare
どちらもオリジナルの写真はないし、写真の倍率が違うから、明視野の細胞塊がだいたい同じになるように縮小/拡大したのだ。
明らかなように理研報告書の方はムラが見え、STAP HOPE PAGEの写真はムラがなく均一に緑色だ。

20160409stap_expand

Photoshopで明るさを-100%、コントラストを+100にして保存し、さらに明るさを+25%、コントラストを+100%にし、400%に拡大し、スクリーンキャプチャしたのが上の写真です。ムラが見えてきました。さて、このムラは左の明視野の写真の構造と対応するでしょうか?それともエアブラシの痕跡でしょうか?手作りかどうかは判断できないですけど….
こんなに騒ぎになったんだから捏造なんてありえないというのが当たり前ですが、主人公の行動については、普通の人なら〜のはずなんだけど、ユニークで、ことごとく期待と違うんだよね。
ガンガンに露光時間を長くする場合と、そうではない場合とか、この場合だったら、この細胞塊とネガティーブだった細胞塊も同一視野に収めるとか、要するにコントロールをしっかり提示しないと、たった1ケの写真示したってダメでしょと言われるだけですね。
しかし、提示されたデータが信用されない状況なんだから、誰からもクレームが付かないように十分検討して提示しないとまずいんじゃない?大学院とかポスドクの時期に学習するのが普通なんだけど、違ったんだろうね。現状は、誰も指導してくれないからこんな図を提示しちゃうんだろうね。
この写真は理研の検証実験の、理研が公開していない写真で、理研の許可がないと思われる。いいのかな?理研としては、もう結論のついたことなんで、クレームをつけて余計な騒ぎにしたくないのかな?それとも検証実験の写真でない?
それにしても、独自のページを立ち上げても、間違いだらけ、疑問だらけでインパクトがないので、どこも騒いでいないね。こんなページの公開を批判派が妨害したと擁護派が騒いでいたけど、こんな内容だったら、批判派が嫌がらせにしても公開を妨げる理由がないね。

突っ込めとヤジがあったので

コメント欄以外から突っ込めというヤジをいただきました。例のSTAPのブログは突っ込みどころ満載なんですが、漫才が商売じゃないし、新学期が始まって忙しくなりつつあるので、遠慮して一つだけ加えてみました。
管理人のジジイは英語ができるわけではない(というかできない部類に入る)のですが;
The character of STAP stem cells was quite similar to both ES cells and iPS cells.
という英文は学生さんのよくやる初歩的ミスですね。「ESやiPS細胞の ”それ that of ” とよく似ている」としないといけないのですが、日本語だと「Aさんの性格はBさんとよく似ている」で通じてしまうのでこれをを英訳にしちゃった結果ですね。日本語でも正確には「Aさんの性格はBさんのそれ(性格)とよく似ている」ですけど。
様々な項目について比較するとよく似ていると主張したいと思うので、複数にしたほうがよくて;
Characteristics of STAP stem cells were quite similar to those of ES cells and iPS cells.
のほうがいいかと愚考します。characteristics に定冠詞を付けるかどうかはよくわからないというのが管理者の情けないところで、多分いらないでしょ。ちなみにGoogle翻訳を実行すると問題の英語は

STAP幹細胞の特性の両方が、細胞やiPS細胞のESにかなり類似していました。

となり、both が書いた人の意図通りに訳されませんね。ジジイの英語は

STAP幹細胞の特性は、ES細胞やiPS細胞のものと非常に類似していました。

となりました。
でこれらの日本語を同じくGoogle翻訳で英語にすると、STAPブログ作者のは

Both of the characteristics of the STAP stem cells, was quite similar to ES cells and iPS cells.

となり、both が主語になっちゃっているのがわかります。ジジイのほうは

Characteristics of the STAP stem cells, were very similar to those of ES cells and iPS cells.

となりました。 cells の後の , (カンマ)はいらないと思うけどね。
自動翻訳はなかなかうまくいかないのですが、日本語を英語に翻訳して、その英語を日本語に翻訳すると、翻訳された英語のどこがわるいのか、日本語なので抽出できることがしばしばあります。

めちゃくちゃなプロトコル

例のSTAP細胞作成プロトコルだが;
1)ATP濃度がめちゃくちゃだというネットの批判を受けて 200 nM が 200 mM に訂正された。
April 5, 2016 の追加情報として「ATPはモル濃度の理論値ではなく、最も良い結果のでた測定値だ。ATPの重量はpH値の変化に基づいて決めた。」なんてわけのわからないことが加わってます。なんでしょね。1 mの水に110.57 mgのATP溶かしてどうやってpHを測定するんだろ?こうなのかな?「1 mLの液体のpHを測定しつつATPを加えていって、あるpH値にする。でそのときの重さが110.57 mgだ。」ということかな?ありえないだろ。できないだろ。

10.Carefully the discard the supernatant
11.Add 500μl of HBSS and suspend a cell pellet using a 1000μl-pipette***
12.Take out 6μl of the cell suspension for cell counting
13.Add 6μl of ATP solution

こんな有効数字1桁の実験に110.57と有効数字5桁の試薬量を加えて意味があるかよ。溶けるかどうか知らないけど「110 mg を 1 mL の水に溶かす」程度の精度で十分だ。真面目に 0.01 mgの精度で測定して200 mM溶液を作らないといけないのかよ。学生実習の電子天秤の使い方じゃないんだぜ。意味のないことやるな・やらせるな。
Vacanti のプロトコルでは200 mM ATP 溶液のpHは3.0 程度だそうで、これをHBSSにATP溶液を滴下してpHが5.0 になるようにする。その結果、ATP濃度は 3-5 mM になるそうな。こっちのほうが、STAP細胞ができるかどうかは別にして、本当らしい。
2)500 ml of HBSSを加えるというところが500 μl of HBSSに訂正された。これはネットの指摘がなかったようで、自分で気がついたようだ。
3)在米ポスドクさんの本ブログでの指摘 ATP がAdenosin5’-triphosphate disodium salt hydrate とadenosine の最後にe が抜けていることにはまだ気がついていないようだ。
4)管理者の指摘;数字と単位の間はスペースが必要 はまだ気がついていないというか、論文のコピペしたことはあるが、自ら書いたことがないから知らない様だ。
5)試薬の文中についての在米ポスドクさんの本ブログでの指摘;「Aliquot in 30μl incrementsあるいはAliquot in 10μl increments」 の意味はなんだ?
どのくらい分注して保存するかは、このあとの手順で、一度にどのくらいの量を使うか、試薬の価格は、保存に耐えるか等の要素で決まる。ATPはそんなに高価な薬品でないようだし、1培養皿に 6μl 加えるようで、これを一回の実験で5ケつくるから 30 μl に分注保存するんだろうか?6μl x 5ケ で 30 μL は無理ですな。4 ケ だな。分注することまでプロトコルに書くのがいいのか、書くのなら、その理由も加えて丁寧に記載したほうが親切だというものだ。どのくらい分注して保存するかは、実験手順できまるから、実験者によって様々になる。だからいちいち書く必要はない。
あるいは、他の人にSTAP細胞を作ってもらいたいんだだろうから、そして文章の長さに制限がないんだから、ミスのない丁寧な説明にすべきだよな。本当に実験やった・できたんだろうか?英文論文は書いたことがないようだ。英語については、丁寧な添削があるよ。「STAP HOPE PAGE、小保方晴子の英語が洒落にならない」だ。
細胞培養の実験なんかやったことの無いジジイの言いがかりかもね。

Erratum

STAP HOPE PAGE にNwes というタブが出来て、こここでも、あっちこっちでも問題になったATP濃度について、訂正が書かれている。本人が気が付いたのか、あちこちで問題にされているのを誰かがご注進したのかわからない。
当ブログでは200 nMは200 mMの間違いだろと指摘したがその通りだった。でそんなに高濃度になるかということについては、溶けると書いてある。しかし1 mLのミリQ水に溶かすというのは非現実的だろ。濃度はそうかもしれないが、プロトコルなんだから xx mg を溶かして10 mL にするとかにすべきだよな。pHは調整はしないのだろうか?
訂正があるのはいいことだが、それにしても、こんな誤植?があるのは、注目されたいのに、迂闊というか理解しがたい性格の人ですな。
挙足取りだけど、200mM、 500μL という表記は誤りである。数字と単位の間には半角スペースを入れるのが決まりだ。200 mM、 500 μL が正しい。卒論で指摘される、あるいは修士論文作成時に教わることだ。自分で論文書いたことないんだな。$40 とか 40%、40℃ の時は半角スペースが入らない。何故かは知らない。

被害者妄想?

STAP HOPE PAGE が立ち上がったら、すぐにアクセスできなくなった。サイバー攻撃だと騒ぎになった。「研究者が公開したプロトコルにサイバー攻撃をかけるというのは、「研究弾圧」であり「言論弾圧」でもある。」、「(小保方氏は)『それほど私の研究内容を阻止したいのか』と不思議がっていた」(小保方氏の代理人 三木秀夫弁護士)」、「https の証明書が書き換えられた」、「DoS攻撃だ」などといわゆる擁護派は批判派がやってるのではないかと大騒ぎ。
違うんじゃね。このページの著者は、早稲田での博論再提出がうまくできず、博士号が取り消しになった時、「今回の再提出した博士論文や関連するデータは年度内をめどに随時公開して参る所存です。」と27年度中に公開すると大見栄を切ったもんで、著者がページを立ち上げたら多くのアクセスがあるにちがいないと、サイト乗っ取りだけが目的の、STAPには何の関心もない誰かが、妨害しただけでしょ。サイト乗っ取り者は、公的サイトだったら大義名分があるかもしれないけど、今回は妨害/乗っ取り自体が目的だから話題になるところを攻撃したんだろ。批判派は、この著者の発表内容をコケにするような発言をするけど、肝心の著者の言い分が見えなかったら、コケにできないから、妨害なんかしないだろうね。被害妄想だよね。
こんな、科学的にも不十分な、かといって一般向けに解説したわけでもないページを立ち上げる目的はなんだ?博論公開できない代わりか?このページができたことで「STAP細胞問題はやっと科学的議論、検証の世界に戻った。」なんて頓珍漢なことを言う擁護派(上田眞実/ジャーナリスト)もいるけどね。科学ではすでに結論が出ているのに何をわめいているんでしょね。
理研もサイトの構成を変えてSTAP関係は奥まったところに押し込んじゃったしね。
著者がSTAP現象があると信じているのはわかったけど、科学界ではもはや新規に証明しないとダメだと諦めて、別の道を歩んだ方がいいのでは?理研の許可があるのかわからないデータの都合のいいとろだけつまみ食いして公開したりしても、結論をひっくり返すデータはないわけだ。まだ30歳そこそこで、人生の半分も終わっていないんだしね。著者よりはるかに年上の東大分生研の加藤元教授は、商売替えて、相馬でボランティアとか若い人の指導しているみたいだよ。
まだ続けたいのなら、助けてくれと表明して、擁護派が研究所を作ってあげたらいい。すでにご本人が本の売上3千万円以上あるようだから数年分の自身の給与はいらないでしょ。商売替えしない韓国の黄禹錫(ファン・ウソク)は支持者(宗教団体らしい)が研究所作ってくれてマンモス再生なんかやるようだ。ネットで騒ぐ擁護派どもは貧乏人だろうけど、名乗りを上げそうな宗教団体があるでしょ。

It's alright, I say It's OK. Listen to what I say.