特許の申請等については全くわからないのですが、特許情報プラットフォームで、審査状況がわかることになっています。
このトップページの　特許・実用新案　にプルダウンメニューの　「５.審査書類情報照会」

を開き 「特許出願番号」　を選び 番号として　2015-509109　を入力し、

「照会」　ボタンをクリックすると　「参照可能書類リスト」　というのが出現して、最新の日付の書類、この場合　「17. 2018/06/20 ：手続補正書 」をクリックすると最新の申請等の書類が読めます。最新の書類は　「手続補正書」　ということで、クレームに対して下した裁定に対して、最新のクレームが掲載されているわけです。
この最新のクレームは、以前のクレームから「細胞を、低ｐＨストレスに供する工程を含む、Ｏｃｔ４を発現する細胞を含有する細胞塊を生成する方法」だけにして再申請したもののようです。
しかしながら、トップページの　「経過情報」

というプルダウンから　 「1.番号照会」　を選び　「出願番号」　に　先程と同じ番号　2015-509109　を入力し　「照会」　ボタンをクリックすると　１項目のみ表示され、番号をクリックすると　「基本項目」　のタブのページが出現します。
このページの最後には「審判記事登録記録 査定不服審判 2018-008515 請求日(平30.6.20) 審判(判定含む) 審判請求取下 最終処分日(平30.7.10)」とあって、この７月１０日に　審判請求取下　とあり、あきらめたようです。
「審判情報」　のタブのページでも「請求取下 : 対応発送番号(07118053171) 差出日(平30.7.10) 受付日(平30.7.10) 作成日(平30.7.13)」、つまり、７月１０日に請求が取り下げられ、同日に受け付けられたようです。
つまり、日本でのSTAP細胞特許の申請は最終的に取り下げられたということなんでしょね。
できない物をいつまでもあきらめずになぜここまで引っ張ったんでしょね。まだ擁護の方々はSTAP細胞はあると信じているんでしょうか？そうだとしたら憐れな方々ですな。口が裂けても「あの記者会見に騙された」とは言えず、しょぼくれて小さくなっていくのを待つだけなんでしょね。
理研STAP細胞論文調査委員会報告、改革委提言等への根本的疑問というブログの「拒絶査定不服審判請求がなされました（6月20日付・日本JPO）」という記事のコメントから得た情報です。このブログではSTAP細胞の特許について延々と議論してきたわけで、最新記事として取り上げてもいいと思うのですが、都合が良くない情報は小さく掲載するだけなんでしょうね。米国の特許を期待しているようですけど、あきらめきれないんですね。
[ 追記 ] 2018.8.4
栗原潔弁理士によると、なにやら払うものをはらわなかったかららしい。