ため息 のすべての投稿

mean±SD/SEかBox plotか

これだけ皆さんにボロクソに言われ、さらに擁護の誰もサポートしないのに頑張りますね。驚嘆すべきことですね。

複数のデータが得られたとき、グラフで表示するのは平均値プラスマイナス1標準偏差あるいは標準誤差(men±SD/SE)で表示することがこれまで多かった。しかし、最近の高校数学では箱ひげ図(Box plot)で教えているようだ。つまり最大値・最小値・第1四分位数、中央値、第3四分位数+平均値で示す。どちらがいいかというと後者の方が情報量が多いからいいのかもしれない。しかし、管理人のようなジジイはmean±SDのほうがなじみがある。

昔、大学院時代に一緒に実験した外国人研究者(教授)からmean±SEのほうがばらつきが小さく見えるから、こっちのほうがいいと教わった。統計学者でないとこんな感覚なのさ。

統計学を教える先生とどっちかに統一する?と話したのだが、特にどっちと決めなかった。SPSS などを使う場合が多いが、SPSSやSASは高価で学生の身分では自宅では使えない。R もいいけど、コマンドラインで入力する(?)よく知らないから当方にはちと敷居が高い(お勉強が嫌いだ)。

高度な統計計算をするわけではないのなら R よりGUIに近い自宅のPCに必ずあるExcel のほうがいいと思っているけど、時代遅れか?澪標さんから一言あるでしょうね。

PubMed でiPS cells で検索して出てきたtop20の英語論文をざっとみたところ、棒グラフで表現する場合は、すべてがmean±SD/SE で箱ひげ図で表示している論文はなかった。学部学生だったら Excel でmean±SDの棒グラフが描けるように教えるのが、いいのではないだろうか?

そういえば、標本の大きさ(いわゆるサンプルの数)が大きいとSDが大きくなると、堂々とおっしゃった医師がいましたな。


白にピンクの縁取りのバラです。きっと品種に名前があるのでしょうけど不明です。Hybrid Tea Rose ‘Honore de Balzac’なんだろうか。

油断していたら

油断していたら、皆さんの活動が活発なので、コメントが100件をこえちゃいました。
赤いバラの前になにかあとで加筆するかもしれませんが、とりあえずコメントの場を確保します。

The days of wine and roses and you. というときは赤いバラだと思うのですがどうでしょうか?Andy Williamsですね。あこがれの生活で、なんとか実施しようともがいております。アル中に、ではないですよ。

デタラメ解説は削除すべき

学とみ子は丹羽氏総説のでたらめ解説をさっさと削除すべきなんですけど、mjもんたの場合の味の素(株)さんに相当するBiologists社あるいは丹羽氏から直接クレームがこないと削除しないだろうな。いや、当方のブログのコメントを大量に転載したとき、当事者である当方が抗議したのに削除しなかったから、丹羽氏が抗議しても削除しないだろうな。そうでないと筋が通らない。魚拓http://archive.is/O6GKL

人様の論文を、著作権がまだあるのに、第三者が批判するとかではなく、許可なく転載し解説する、しかも誤って解説を加えるというのは許されないのですけど、理解できないでしょうね。社会のルールなど無視して独自ルールで動いている方ですからね。だからといって赤信号を無視して横断歩道を渡るような度胸があるわけではないだろうから、要するに身勝手なだけですな。


There’s a yellow rose of Texas That I am going to see No other fellow knows her No other, only me. She cried so when I left her It like to break my heart And if I ever find her We never more will part. ミッチー・ミラーですな。写真はテキサスのではありません。国内のバラです。

あっちはどんどん壊れてきている…

あっちのブログ主とその有象無象のコメントも根拠がなく、毎度同じで、壊れていくようなんですけど…大丈夫でしょうかね?

先の記事のコメント欄が100件になったので、新しい記事です。

特にセイちゃんは大丈夫でしょうか?

気まぐれペルドンさん宛のコメント

小保方さんは、キメラができると思って細胞塊を若山さんに渡し「できない」ことは知らない。だからできたと「捏造」する動機がない。
しかし、若山さんはキメラが「できない」と知っている。だからできたと「捏造」する動機がある。これだけでもどちらが不正をしたかが分かりそうなものだか‥。

何言っているのか事実認識と論理がデタラメですな。小保方氏はキメラができてほしいとして細胞塊を若山氏にわたしたんでしょ?これが若山研究室に来る理由だもんね。
どうして「若山さんはキメラが「できない」と知っている。」のでしょ?できるかできないかわからないから実験したんでしょ?できたらすごいけどできなくても若山氏に失う物はないのです。若山氏に捏造する動機はないでしょ。捏造がバレたらこれまでのすべてを失うのですからね。

偽魚拓の定義だとかなんだか意味のわからないことを言っていますな。プレスリリースの件同様、沽券に関わるので、できないことを認める気はないのですな。

あぢ、あぢ

しかし、梅雨があけたら突然熱くなりましたな。熱中症アラートだって。
本日は休日なのに出勤です。で、その仕事は15時頃終了したので、皆さん、さっさと帰宅です。それはいいのですが、全館の冷房も切ってお帰りで、当方は仕事があって残っています。だんだん暑くなってきて、あー帰ろ。しょうがない。

百日紅です。あぢあぢのとき満開になる木ですな。

前の記事はあっという間に100件に近づき、今晩は超えるでしょう。ですから新記事です。こちらにどうぞ。

桂調査委員会報告書 目次

桂調査委員会報告書の目次として項目と、各項目についての責任者に言及した部分の結論をまとめてみました。学とみ子がp25とp30に齟齬があり、それぞれ調査員にES派とSTAP派がいてそのせめぎ合いがあると主張するからです。
(以下は (2020年8月6日 15:19:25)に書いた記事です。すぐ公開しても良かったのですが、前記事のコメントが100件近くなったらと、公開を保留していました。ところが、plus99%さんが、この記事に関わるコメントをアップされた(2020年8月7日 10:06 AM 、10:08 AM 、10:12 AM )ので、おくればせながら2020年8月7日 11:30 AM頃公開することにしました。plus99%さんのコメントを読んで書いたものではないのは、上の投稿時刻を見ればわかると思います。)

1.調査に至る経緯….p1

2.調査の内容….p2
2−1.調査の目的
2−2.調査の期間と方法等
2−3.調査結果および評価
2−3−1.科学的検証等の結果から生じた新たな疑義の調査
2−3−1−1.STAP関連の細胞株、キメラマウス、テラトーマに関する調査結果および評価
【STAP幹細胞、FI幹細胞はES細胞由来である 混入者を同定できない】
2−3−1−2.ChIP-seqやRNA-seqなどの公開データに関する疑義
【小保方氏が研究者としての基本を理解していない、記録もない】
2−3−2.論文の図表や本文等に関する疑義の調査
1)Article Fig.5cについて  【小保方氏の捏造】【若山氏の監督不十分】
2)Article Fig.2cについて  【小保方氏の捏造】【若山氏の監督不十分】
3)Article Fig.2eとExtended Data Fig.4a-cについて
4)Letter Extended Data Fig.1aについて
5)Letter Fig.1a、1bについて
6)Article Fig.3bについて  【小保方氏がデータを出していない、オリジナルデータがない】
7)Article Extended Data Fig.2fについて  【小保方氏がデータを出していない、オリジナルデータがない】
8)Article Extended Data Fig.5fおよびArticle Extended Data Fig.8kについて  【小保方氏がデータを出していない、オリジナルデータがない】
9)Article Fig.2b、3d、3g、Extended Data Fig.1a、Extended Data Fig.6dについて  【小保方氏がデータを出していない、オリジナルデータがない】
10)Letter Extended Data Fig.5g、Letter Fig.3c-dについて  【小保方氏がデータを出していない、オリジナルデータがない、小保方氏が機器の使い方を習熟していない】
11)Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、 Fig.6について….p24 【異なる細胞株を使ったか混入があったが、エラーなのか故意なのか、またその行為者を同定できなかった】
12)Letter Fig.2i 、Extended Data Fig.6dについて….p26
13) 予備調査の結果、本調査での検討は不要とされた以下の事項について…p26
2−3−3.論文作成過程における疑義の調査…p27
1)TCR遺伝子再構成に関する不整合データ隠蔽の疑いについて 【意図的な隠蔽とはいえない】
2)STAP作製のプロトコールが論文の記載と異なる問題(酸性化に関するATP不記載)について 【小保方氏がデータをださない】
3)STAP幹細胞FLSのGFP挿入パターンがホモではなくヘテロであったことを著者が認識していながら、その実験の不整合の原因を確認しなかった疑いについて 【若山氏が原因を追求しなかったのは科学者として不誠実である】

3.まとめ….p29
①STAP細胞の存在は否定、ES細胞の混入は意図的であるが誰が実施したのかはわからない
②実験データの存在が証明できない。小保方氏は無責任である
③実験から論文をまとめる過程に過失が多すぎる。小保方氏の責任である
④若山氏と笹井氏の監督責任が大きい

【 】内と①〜④は読み取った結論を極短くしたものです。
学とみ子はSTAP論文にかかれた実験は…魚拓)で’

桂報告書には、ふたつのマインドがあって、この学者勢力が、せめぎあっていたようだとの想像を書いています。
桂報告書の大事なページは、25ページと30ページであると、学とみ子は言いました。
25ページと30ページで、書き手の意見がぶつかっているのです。

と 『11)Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、 Fig.6について』 の記述がSTA派の意見をねじ込んだものであり、3.まとめ がES派の主張であると言っています。

どうしてそのように考えるのか不思議ですな。すでにplus99%さんが述べておられるように、p25の記述は、疑義のある項目の一つについて、調査しその結論を記述したものであり、p30以降はこれらの調査項目を総括した部分ですから、対比する記述ではないのです。あっちの項目は若山氏の責任を問題にしているが、こっちは小保方氏のそれでだ とかいうような対比でしたらわかりますが、様々な項目についての調査結果を総括したp30の部分は、学とみ子のいうSTAP派のねじ込んだp25も含んだ結論で、対立した内容ではありません。上記の目次に当方が加筆した【 】内をみればわかりますが、小保方氏の責任、若山氏の責任がそれぞれ書いてあり、これを読めばp30の総括に至るのが誰でも理解できるでしょう。

学とみ子の言い分がいまちち理解できない点ですね。多分、小保方氏が故意に実行したのではない、なにかの間違いだという予め設定している偏光眼鏡をかけて報告書を読んでいるからでしょう。あるいは単に、このような整理された報告書を読むことができないだけなのかもしれません。

観賞用兼食用唐辛子、小さいくせに料理につかったら十分辛かった。 画像と記事には特別な関係はありません。

科学者は議論しない

とりあえず、前記事のコメントが100件をこえたときのための記事を書いておきます。前記事のコメント受付が停止したら、この記事のコメント欄にどうぞ。

小保方犯行説のまま…魚拓)から。

学とみ子曰く:

STAP細胞の論文内容は、説明できないことが多すぎて、科学者は議論してはいけないことなのです。科学者と思われる人は、決して、論文の中身を議論しようとしない事に一般人は注意を向けるべきです。

科学者は撤回された論文にある結果を議論してはいけないのではなく議論できないのです。実験が本当になされて得られた結果なのかわからない(桂調査委員会報告書p30)からです。だから科学者は論文の中身を議論するわけがないのです。学とみ子が、論文の中からその妄想に都合の良い部分を取り上げて議論…していないな。

一向に収まらないのは

一行に収まらないのは、学とみ子への批判と新型コロナウイルス感染で、記事を新設しても、すぐにコメントが100件に近づきます。コメントの続きはこちらにどうぞ。今日の東京都は400名を超ええるらしい。

[ 追記 ] 2020.8.1
今朝からセミの大合唱が始まりました。ようやく梅雨明けですね。


Beach Spider Lily

雨が続きますなぁ

この4連休も雨ばかり。洗濯物を干さないから、物干し竿には蜘蛛の巣が、そして、バジルの苗を移植する予定の植木鉢には、日照不足で苗が双葉からなかなか成長せず、移植していないでいたら、きのこが生えてきました。

なんというきのこか全くわかりません。

先の記事に続いてこの記事でコメントをどうぞ。

紫陽花その5

前記事のコメントが100件を超えそうで禁止になったら、コメントの続きをどうぞ。

Go To キャンペーンは、夏休みに家族旅行を想定して政府は前倒しに開始したはいいけれど、第2波(第1波よりピークが高いので言って良いと思う)のため部分的になっちゃって、もはや完全に止めたほうがいいかと、観光業に関係のない当方は思うだけです。一方、当方が関係している大学では、オンライン講義を続けるのか、予定通り対面講義の移行するのか、検討中でなかなか決めてくれないので準備ができない。都内の大学は予定変更してオンライン継続するところが出てきたようだ。

関係する大学では、バイトがなくなったりして経済的に就学困難になった学生をサポートする基金を作って募金を集めているけど、なかなか集まらないらしい。一人あたり10万円の一律給付はほぼ終わったはずで、自営業ではない大学教員やサラリーマン・ウーマンのほとんどは収入が減ったとは思わないわけで、この新型コロナウイルスによる被害は、感染したのでなけば、ほとんどなかったと思うわけで、あったとしたら子供の給食がなくなった、旦那・奥さんがテレワークになって食費が増えたくらいで、4人家族だったら40万円の臨時不労所得なんで、その一部を寄付したっていいかと思うけど、寄付しているのだろうか?
当方は、食費の増加ではない、感染したわけではない被害があったけど、10万円/人から ん万円 寄付したけどね。

Go To キャンペーンに予約したが、最大2万円/人のサポートがなくなると、4人家族で8万円になる。キャンセルするとキャンセル料が取られて悩ましいという夏休み旅行を企画した家族が多いだろうけど、そのような企画をした家族は新型コロナウイルス被害がないから企画したと思うので、40万円もらっているからいいじゃん、東京からウイルスをばらまきに行くなとか思うこの頃です。

上記の”想い”はなんらかのデータに基づいたものではありません。ネット、TV、新聞の情報からの感想にすぎません。


八重の紫陽花です。