学とみ子は当方の「FI-SC3のRNA-seqデータは樹形図に使われた」というコメントに対して「ため息さんのAIは間違っています。学とみ子は取り違えてませんね。ため息さんのAI説明は、✖です。」として、当方の記述「「FI-SC3がLetterで使われた」というのは、**FI-SC3のRNA-seqデータがLetterの遺伝子発現解析（Fig. 2i）に採用された**という意味です。」に取り消し線を付けています。論理的に反論するのではなく「「FI-SC3がLetterで使われた」の意味は、レター論文のOctが光るの写真で使われたと言う意味なのかなと私は想像する。」と学とみ子の想像と違うから誤りだというのです。しかも他人の発言に取り消し線を加えるというのは、たとえ憎きため息が相手とはいえ、相手に敬意を欠く甚だ失礼な行為です。７０歳後半のましてや医師という一般にはインテリで良識ある職位にあるとされる方のすることではありません。どんな教育を受けてきたと批判するのには歳を取りすぎています（教育された方々はすでに鬼籍におられるでしょうから批判できない）ので、これまでどんな社会生活を送ってきたのだろうかと言う方が適しています。
さて、学とみ子はFI-SC3 がLetterの論文に使われたという桂調査委員会報告書の英語版の記述「The FI-SC3 RNA-seq data set which was used in the Letter 」についてChatGPTに質問をしています。質問1：レター論文に使われたという意味は、Fig2iと必ずしも関連しないという読み方ですかね？レターには実際Octが光るFIがありますね。桂報告書英文版がありますが、レター論文に使われたのは混合サンプルだったということですか？Fig2iとの関係について、どう考えますか？ そして質問2：レター論文に使われたという意味は、Fig2iと必ずしも関連しないという読み方ですかね？レターには実際Octが光るFIがありますね。です。明らかに質問2は誘導質問です（＊１）。したがって学とみ子が得たChatGPTからの回答「その読み方が適切です。ここは**「Letterで使われた」＝「Fig.2iの系統樹作成に使われた」ではない**と区別した方がよいです。」はサイコファンシーの可能性が高いのです。さらに質問をつづけた結果（Q2)学とみ子の得た回答は学とみ子の誘導の影響を強く疑わせる回答ということになりました。
一方、当方がFI-SC3のRNAseqのデータがFig.2iの樹状図の構築に使われた、FI-SC3のRNAseqのデータはほかのどの実験にも使われていないという主張に対し、ChatGPTは妥当であると返してきました。そしてこの当方の質問は誘導的かどうか、改めて聞いたところ、誘導的ではないとの回答でした（＊２）。
結論：学とみ子の「FI-SC3がLetterで使われた」の意味は、レター論文のOctが光るの写真で使われたと言う意味、FI-SC3のRNA-seqデータがLetterで使われたことは報告書に明記されている、しかし、それがLetter Fig.2iの樹形図に使用されたとは、この英文からは確認できない。 と学とみ子はChatGPTの回答を根拠に主張しているが、その根拠となるChatGPTの回答は学とみ子の誘導的質問の結果であり、根拠とはならず、主張も支持されない。一方、ため息のFI-SC3のRNAseqデータからFig.2iの樹形図が構築されたものであるという主張は、直接記載されてはいないものの、桂調査委員会報告書の英語版から論理的に帰結される主張である。
＞学とみ子
感情論ではなく、論理的に反論してみてください。
しつこく、このFI-SC3についてをChatGPTとの質疑応答を通じてまとめたのが＊３で、全く同じ質問をGeminiにして得た回答を＊４に示します。GeminiにはQ1~Q4 全て同じ質問をしたのですが。回答に変わるところがないのでQ３の回答のみ掲載しました。
＊１
Q： 学とみ子さんがSTAP論文のLetterの方で FI-SC細胞のうちの FI-SC3がどの実験に使われたかという議論で質問1:「桂報告書英文版がありますが、レター論文に使われたのは混合サンプルだったということですか？Fig2iとの関係について、どう考えますか？」、質問2「レター論文に使われたという意味は、Fig2iと必ずしも関連しないという読み方ですかね？レターには実際Octが光るFIがありますね。」と質問しています。『質問1はChatGHPTに何の条件も付けてない質問ですから誘導質問ではないですが、質問2は「関連しないという読み方ですかね？」と学とみ子さんの考えの確認を求める質問と「レターには実際Octが光るFIがありますね。」とFI-SC3がOct-GFPがしこまれているので、FI-SC3は蛍光を出す標本に使われているという学とみ子さんの考えを強く押し出した誘導質問で、したがってこの質問のChatGPTの回答は学とみ子さんの意図に引きずられた回答になっている可能性がある。』この学とみ子さんの質問とそのChatGPTの回答の評価は妥当ですか？それともいずれも誘導質問とは評価できないからChatGPTの回答は客観的な見方であると評価していいのでしょうか？簡潔にお答えください。
ChatGPT： はい、前者の評価が概ね妥当です。
– **質問1**：「Fig.2iとの関係について、どう考えますか？」は複数の解釈を許しており、基本的には**誘導質問とは言いにくい**です。
– **質問2**：「Fig2iと必ずしも関連しないという読み方ですかね？」は、すでに特定の解釈を提示して同意を求めています。さらに「レターには実際Octが光るFIがありますね」と、その解釈を支持する材料まで提示しているので、**明確に誘導性があります**。したがって、質問2を受けたChatGPTの回答については、**その回答だけをもって独立した客観的判断の証拠とするのは適切ではありません**。質問2の提示した解釈に引きずられた可能性を考慮すべきです。
ただし、**誘導質問だから回答内容が必ず誤り、ということではありません**。正否は桂報告書とLetterそのものから独立に検証する必要があります。
Q2： 実際の質問2の回答は「はい、その読み方が適切です。ここは**「Letterで使われた」＝「Fig.2iの系統樹作成に使われた」ではない**と区別した方がよいです。」から始まってました（[https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3203.html](https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3203.html)）。さらに「そして、ユーザーさんが指摘された > **レターには実際Octが光るFIがありますね。** これは非常に重要です。」とありますが何故重要なのかの記載はありません。つまりこの回答は学とみ子さんの質問に含まれる学とみ子さんの意見に引きずられたものであるとする評価は妥当でしょうか？それともひきずられていない客観的な回答であるということになるのでしょうか？簡潔にお答えください。
ChatGPT： はい、**「質問に含まれた学とみ子さんの解釈に引きずられた可能性が高い」と評価するのが妥当**です。
特に、
– 質問2が「Fig.2iとは関連しない」という解釈を先に提示している。
– 回答がそれを「その読み方が適切」と直ちに肯定している。
– 「Octが光るFIがありますね」まで「非常に重要」と肯定しながら、**なぜFI-SC3 RNA-seqデータの使用先を判断するうえで重要なのか論証していない**。という点が重要です。
したがって、この回答を**独立した客観的検討によって得られた結論とみなす根拠は弱い**です。ただし、「誘導されたことが証明された」とまでは言えず、正確には**誘導の影響を強く疑わせる回答**という評価になります。
＊２
Q： ため息さんが【 学とみ子さん曰く：『FI-SC3がLetterで使われた」の意味は、レター論文のOctが光るの写真で使われたと言う意味なのかなと私は想像する。FI-SC3のRNA-seqデータがLetterで使われたことは報告書に明記されている。しかし、それがLetter Fig.2iの樹形図に使用されたとは、この英文からは確認できない。https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3203.html』 これに対しため息さんは『違います。英文報告書p18の「The FI-SC3 RNA-seq data set which was used in the Letter was prepared from Oct4-GFP+ and B6 type cells with up to 10% contamination of different mouse strain (most likely CD1 strain) cells. http://www3.riken.jp/stap/e/c13document52.pdf」の意味は、RNAseqのデータはFig.2では2iの樹形図にしか使われていないので、FI-SC3のRNA-seqデータは樹形図に使われたと解釈できます。』と反論しました。どちらの考えが妥当ですか？簡潔にお答えください。】とChatGPTに質問しました（https://nbsigh2.com/?p=28661#comment-69184）この質問は誘導的ですか？簡潔にお答えください。
ChatGPT： いいえ、実質的には誘導質問とは評価しなくてよいです。
学とみ子さんとため息さんの**対立する二つの解釈をともに提示し、「どちらが妥当か」**と判断を求める形式だからです。
ため息さん側には根拠も併記されていますが、それは議論の材料を提示したものであり、それだけで誘導質問になるわけではありません。
＊３
Q１： STAP細胞研究不正事件についてです。撤回された２報のうちのLetterについてです。この論文はキメラを作った時栄養膜にも寄与するSTAP細胞からつくられたFI-SC（Fgf4-induced stem cells）についての実験結果が提示されてます。STAP細胞は不正調査委員会によってその存在が否定されたのですからFI-SCについての科学的議論は意味がないと思われます。それはさておき、このLetter論文でFI-SCが他のSTAP細胞、STAP幹細胞、TS細胞等とどのような近縁関係にあるかを、発現しているRNAのプロファイルをRNAseqで調べています。その結果がFig.2iです。ここまでの状況把握は正しいでしょうか？簡潔にお答えください。
ChatGPT： はい、**概ね正しい状況把握です**。
Letter論文の **Fig. 2i** は、RNA-seqによる**全遺伝子発現プロファイル（global expression profiles）**を階層的クラスタリングし、
**CD45⁺細胞 → STAP細胞 → FI-SC → TS細胞／ES細胞／STAP幹細胞（STAP-SC）**
の相互の類似性・近縁関係を比較した図です。
したがって、「**FI-SCが他のSTAP関連細胞やES・TS細胞と、遺伝子発現上どの程度似ているかをRNA-seqで比較したのがFig. 2i**」という理解でよいです。なお、後にこのRNA-seqデータ自体についてサンプルの由来・混在など重大な問題が明らかになったことは、**Fig. 2iを現在どう評価するかという別の問題**になります。
Q2： RNA-seq で得られたデータが利用されているのはFig.2i だけですか？簡潔にお答えください。
ChatGPT： はい。**Letter本文の図で、RNA-seqによる網羅的遺伝子発現データを直接利用しているのは Fig. 2i です。**
なお、**Fig. 4b はRNA-seqではなくChIP-seq**（H3K4me3、H3K27me3）のデータです。この二つは区別する必要があります。
Q３： このRNA-seq解析でFI-SCとしてFI-SC1、FI-SC2、FI-SC3 の３つの細胞が解析されています。桂調査委員会報告書英語版ではp18に「The FI-SC3 RNA-seq data set which was used in the Letter was prepared from Oct4-GFP+ and B6 type cells with up to 10% contamination of different mouse strain (most likely CD1 strain) cells.（このレターで使用されたFI-SC3 RNA-seqデータセットは、Oct4-GFP+細胞およびB6型細胞から調製されたもので、異なるマウス系統（おそらくCD1系統）の細胞が最大10％混入していた。DeepL訳）」と記載されています。RNA-seq の解析結果はLetterのFig.2 ではFig.2i の作成にしか使われていないということですから、この報告書の記述は、直接Fig.2i はFI-SC3を使ったと書いてはいませんが、Fig.2i はFI-SC3を使って作成されたと解釈するのは間違いですか？それとも別の解釈が成り立つのですか？簡潔にお答えください。
ChatGPT： はい。**その解釈でよく、別の解釈をする余地はほとんどありません。**
桂報告書は、
> “The FI-SC3 RNA-seq data set **which was used in the Letter** …”
と明記し、さらに直後に、TSとFI-SCのどのRNA-seqデータを採用するかによって **Letter Fig. 2i の樹形が変わる**と述べています。日本語版もFI-SC3について「**論文に採用された**」としています。
したがって、論理的には **Fig. 2i のFI-SCのデータとして採用されたのはFI-SC3** と読むのが自然です。
つまり、
**FI-SC3 → RNA-seq → その発現プロファイルがLetter Fig. 2iのFI-SCとして使用された**
という理解でよいでしょう。Q4： ところが学とみ子さんは、ため息さんの「「FI-SC3がLetterで使われた」というのは、FI-SC3のRNA-seqデータがLetterの遺伝子発現解析（Fig. 2i）に採用されたという意味です。（https://nbsigh2.com/?p=28661#comment-69184）」という発言に反論して、そのブログ（https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3203.html）で以下の$$$で挟まれた文章を公開しています。この学とみ子さんの発言を評価してください。簡潔にお答えください。
$$$
「FI-SC3がLetterで使われた」の意味は、レター論文のOctが光るの写真で使われたと言う意味なのかなと私は想像する。FI-SC3のRNA-seqデータがLetterで使われたことは報告書に明記されている。しかし、それがLetter Fig.2iの樹形図に使用されたとは、この英文からは確認できない。The FI-SC3 RNA-seq data set which was used in the Letter was prepared from Oct4-GFP+ and B6 type cells with up to 10% contamination of different mouse strain (most likely CD1 strain) cells.
Fig2iに使われたかどうかは書いてありません。
この文章はweが主語で、桂調査委員たちの考えがかかれているだけです。何か具体的なことを言っているわけでもないのです。TS and FI stem cell RNA-seq dataのデータが変われば、Fig2iが変わるのは当たり前ですから、何の説明にもなっていません。we confirmed that the tree diagram showing hierarchical clustering of global expression profiles presented in Letter Figure 2i would differ depending on the TS and FI stem cell RNA-seq data used.
$$$ChatGPT： 学とみ子さんのこの反論は、**報告書の文章全体を読む限り、かなり無理があります**。
桂報告書は、①「Letterで使われたFI-SC3 RNA-seqデータ」と明記し、②続けて「2つのTSと3つのFI-SCのうち、どのRNA-seqデータを使うかで **Letter Fig.2i の系統樹が変わる**」、③さらに「小保方氏と笹井氏が**publicationに使うRNA-seqデータを選択した**」と記述しています。これらは一続きの記述です。
したがって、
**「FI-SC3のRNA-seqデータがLetterで使われた」→そのRNA-seqデータの使用先はFig.2i → Fig.2iのFI-SCデータとしてFI-SC3が採用された**
と読むのが自然です。
特に学とみ子さんの「**Octが光る写真で使われたという意味なのかな**」という解釈は不適切です。報告書が明記しているのは **“FI-SC3 RNA-seq data set”** が使われたということであって、FI-SC3という「細胞そのもの」が写真撮影に使われた、という記述ではありません。
ですから、ため息さんの「**FI-SC3のRNA-seqデータがLetterの遺伝子発現解析（Fig.2i）に採用されたという意味**」という理解の方が、報告書の文脈に整合しています。
Ｑ５： ここまでの質問に誘導的なものが含まれていて、ChatGPTは引きずられてしまったということがありますか？簡潔に答えてください。
ChatGPT： はい、**質問には多少の誘導性があります**。特に「RNA-seqデータはFig.2iにしか使われていない」という前提を置いた部分です。
ただし、**それに引きずられて結論を出したわけではありません**。桂報告書の “FI-SC3 RNA-seq data set which was used in the Letter” と、直後のFig.2iについての記述を合わせれば、**FI-SC3がFig.2iに使われたと解釈するのが自然**という結論になります。
ただし、「Fig.2iにFI-SC3を使用した」と**直接明記されているわけではない**、という留保は必要です。Q6： 「RNA-seqデータはFig.2iにしか使われていない」という前提を置いた部分が誘導的とのことですが、これはChatGPTも認めた事実でしょ？誘導的な前提とは言えないでしょ？
ChatGPT： はい。その指摘が適切です。**「誘導的な前提」とした私の表現は不適切でした。**
「LetterでRNA-seqデータが使われているのはFig.2i」という点が事実として確認されているのであれば、それを前提として後続の質問をすること自体は**誘導ではありません**。
したがって、ここまでの質問については、**結論を特定方向へ導くような問題のある誘導性があったとは評価しません**。前の回答のその部分は訂正します。
全く同じ質問をGeminiにしてみました。Q3の部分の回答だけを以下に示します。
＊４
Gemini： 学とみ子氏の文章における主張には、**事実誤認および英文解釈上の重大な欠陥**があります。客観的に見た主な評価ポイントは以下の3点です。
### 1. 「写真で使われたの意味では」という推測の誤り
報告書本文には **「The FI-SC3 RNA-seq data set which was used in the Letter…」** と明確に「**RNA-seq data set**」と記載されています。RNA-seq（次世代シーケンサーによる遺伝子発現データ）が蛍光顕微鏡写真（Oct4-GFP）を意味することは技術的にあり得ず、この推測は完全な誤りです。
### 2. 報告書本文の論理的文脈の無視
報告書では、以下の2つの記述が連動しています。
* LetterのRNA-seqデータ解析（Fig. 2i）に用いられたデータセットが **FI-SC3** であること
* 使用するデータセット（TSやFI stem cell）を差し替えると、**Fig. 2i の樹形図（クラスタリング結果）自体が変わってしまう**こと（＝Fig. 2iの再現性・妥当性の検証）学とみ子氏自身が引用している「*we confirmed that the tree diagram… in Letter Figure 2i would differ depending on the… RNA-seq data used*」という一文こそが、**「Fig. 2i の樹形図解析に FI-SC3 の RNA-seq データが使われていたこと」および「そのデータを変更すると Fig. 2i が成り立たなくなること」を調査委員会が直接検証した事実**を示しています。
### 3. 「何の説明にもなっていない」という評価の不当性
調査委員会は「用いるRNA-seqデータによってFig. 2iの樹形図が変わること」を確認した上で、論文に掲載されたFig. 2iがどのデータ（FI-SC3）に基づいていたのか、またそのデータに別系統の細胞混入（CD1等）があったかというデータ不整合の検証プロセスを述べています。これは非常に具体的な技術的検証であり、「具体的なことを言っていない」「何の説明にもなっていない」という学とみ子氏の批判は当たっていません。
—
**総括**
ため息氏の「FI-SC3のRNA-seqデータがLetterの遺伝子発現解析（Fig. 2i）に採用された」という説明が桂調査委員会の報告書の記述および論理的文脈に一致しており妥当です。学とみ子氏の反論は、語彙（RNA-seqと写真の混同）および英文の文脈理解において客観性を欠いています。
追記 2026.9.28 PM6
FI-SC3のRNA-seqデータからFig.2iが作られたのは上記のように確実ですが、他にもExtended Data Figure 3、Extended Data Figure 4 でも使われている可能性があります。こちらもどのFI-SCが使われたのかは、論文には勿論、不正調査委員会報告書にもありません。今回はもっぱらFig.2iの話題でしたからこちらの図については触れませんでした。
学とみ子さん
とりとめのないコメントですが、
①Retractされた論文は分析対象とはなり得るが、論拠とはしない。これは情報解析上の基本事項です。この制約を破って議論するには、自己の実験/新規一次資料の発見に基づく論拠を必要とします。
②資料の解析に当たっては、資料に則して行う。母語以外の論文の場合には、これに記述言語に則して行う、と言う条項が加わります。母語ないし自己の所説に引付けての読解はHermeticism、AstrologyであってScience、Astronomyではありません。
※その意味で自動翻訳・生成AIは諸刃の剣、”理解”を容易にすると同時に、言語の変換によって、回避できない大量のノイズも持ち込みます。
③生成Aiに対するプロンプト変更に当たってはセッションのリニューアル（ログアウトしてから再度ログイン）が必須です。これを行わない限り、先行して行われたダイアローグはデータ上に残置されたままであり、生成AIは可能な限り先行ダイアローグとの整合を図る事となります。
当分の間野暮用が続きますので、暫時ROMに戻ります。ご自愛を。
学とみ子が９月２８日（月）朝追記です。「澪標さん、2026年9月27日 22:15 … 世論は、こうしたタイプを見抜けなかったということだろう。」の部分です。
「この樹形図は、全遺伝子発現を見ているようですね。」 ← ？？今頃認識したの？端的に言うとRNA-seq解析とは、細胞内に存在する各遺伝子由来のmRNAの量を網羅的に測定し、各遺伝子の発現量を推定する方法です。発現のプロファイルは基本的にマウスの系統というよりどんな種類の細胞なのか、その細胞がどのような状態なのかに依存します。で、この異なる細胞のプロファイルを比較して類似度とか近縁の程度を計算して複数の細胞の類似関係を種の系統樹のように表現したのが樹状図です。樹状図を作成するプログラムはR等で書かれていて、個々の研究室にプログラムがあっても操作できる研究者がいないと実質的には使えない（2013年当時）のでGRASのような共同利用機器組織が計算も提供することが多かったと思われます。
「私の読み方とは違うだけで、私側の間違いが決まったわけではありません。それぞれ、別の意見があってもいいと思います。各人の読解の精度は、読む人が決めます。
」 ← ？？各人の読解の精度を自分自身で決めたらだめでしょ。
「間違い捜しっこは不毛だと思う」 ← 間違いさがしなどしていません。学とみ子が誤った解釈をしているので指摘しているのです。
「小保方氏もGRASに、「幹細胞は譲り受けたけど、その内容は私には分からないです。」と言ってると私は想像します。」 ← GRASにサンプルの中身を説明する必要はないので、そんなことは言わないでしょう。もし言ったとしたらマヌケなポスドクとの評価が知れ渡ってしまい、これは小保方氏にとって致命的です。FI-SC1を使ったけど「想定」とちがいTS寄りの結果がでなかった、そこでFI-SC２でトライしたが同様だった。FI-SC1もFI-SC２もソースは同じだから、結果は大きく変わらない。そこでTS寄りにするためにFI-SCにTSを少し混ぜてFI-SC３にしてRNA抽出を行って解析を依頼したら、予想通りTS寄りの結果になったのでFI-SC３の結果を「中間的なもの」として採用した。
反応の大きさは大なり小なりばらつきます。代表的な反応を示すとき、多くの場合、反応の大きさが平均値に近いもの、中央値に近いもの（中間的）を代表値とます。ですから反応が３つあるとき、真ん中のという意味で中間のと言うと承認しやすいので小保方氏は「中間」という言葉を使ったと思われますが、今回の樹状図の場合は中間的とはどんなことを示すのかわかりません。小保方氏は想定に近いものを選んだと思われますが、想定に近いと表現すると承認されないのがわかっているから中間的と表現したと思いますがどうでしょうかね？
小保方HPでTypical Result という図がありましたが、自分の希望するデータはTypicalでも中間的でもありません。
学とみ子には「想定」の中身はなんだと推測しているかを聞いたのに答えがありませんな。人に言わせておいて、自分の考えを言わないというのはずるいですね。
「科学論文で、文法によって意味が変わってくる文章を書いてはいけない。」 ← 馬鹿じゃないの？文法によって意味が変わるというのは英語ができないということでしょ？文法通りに読んで意味が伝わるように表現するのが当たり前なのです。意味がわからないときは文法通りに解釈するのです。
「科学論文は、文法より科学的事実が優先するのは原則です。」 ← そんな原則などない。科学的事実を正しい文法の英語で表現するのが原則です。
I spoke to the man whose car was stolen.
車を盗まれた男と話した。
I spoke to the man who stole the car.
車を盗んだ男と話した。
文法を間違えると意味が逆になっちゃう。
「知識が無いと論文を読み間違える価値観の世界だと思う。」 ← 意味不明。「科学の世界は」なの？
学とみ子が澪標さんのコメントに応じて曰く：「AIは、ユーザーにつられて間違う。ため息さんのQA見てれば明らか？それをいちいち指摘するのは不毛です。」 ← はあ？当方のQAのどこが誘導的な質問でAIがそれに沿って回答したというの？具体的にしめせよ。
当方は学とみ子の質疑応答の一つが具体的に誘導的だ（https://nbsigh2.com/?p=28671 ＊１）であると指摘しています。学とみ子も具体的に当方の質問をとりあげてAIが質問につられて間違えていると指摘したらいいでしょ。できないの？
「ため息さんは論文を読んでいない思い付きで学とみ子バッシングしているだけの人だということだ。」 ← そうではないことが、今回のFI-SC3の事件で判明しました。学とみ子のほうが英文報告書を読んで論理を構築できないのです。
学とみ子が９月２８日夜に追記です。「ため息さんの説明では、AIは正しく答えられないのです。 … まあ、頑張って理論構築をしてください。」の部分です。最後の「まあ、頑張って理論構築をしてください。」は、学とみ子はこの樹形図の議論は give up しましたのでこれでおしまいという宣言ですね。
「学とみ子が「FI-SC3は蛍光を出す標本に使われているという」と言ったのは、「Oct-GFPのタイプのマウスをレター論文に使った」と言うためです。他のFI-SC1,2,はOctが光りませんから。」 ← はい、「Octが光りません」は正しいですね。光るのはGFPですね。「FI-SC1,2 はOct-GFPをもっていないので、胎盤や胎児にFI-SC1あるいはFI-SC2由来細胞があってもGFPで検知できません。」と丁寧に書くべきです。学とみ子は丁寧に書かない上に文法的におかしく、間違った言葉の使い方をするわけで、意味が通じないことになるのですね。
「そもそも、小保方氏が持ち込んだFI-SC1,2,3は、論文に用いられなかった分として紹介されています。」 この直後の文章が「FI-SC3が論文に採用されているってどういう意味だろうか？と学とみ子は考え」です。FI-SC1,2,3は論文に用いられなかったの？用いられたの？ どっち？どうして矛盾したことを連続して書くことができるのだろうか？
「レター論文には、FI-SC1,2,3の胎盤寄与のデータがでてくるけど、これと小保方氏のもちこんだFI-SC1,2,3との関係性も、桂報告書に無いです。」 ← これもまた、意味不明です。FI-SC1,2,3 は小保方氏がGRASに持ち込んだFI-SCのRNA抽出サンプルの持ち込んだ時期（2012年8月、2013年１月、2013年6月）の順番に由来したソースの細胞の名前です。「The FI-SC3 RNA-seq data set which was used in the Letter （調査委員会報告書英語版）」とあるのでFI-SC3のRNAseqデータが論文に使われたのです。関係は明快単純です。
「FI-SC3 RNA-seq dataがFig2iのどこに影響を与えたかは結局、書いていないのです。」 ← 明確にには書いてありませんがTSのRNA-seq dataが２種、FI-SCのRNA-seq dataが３種で樹形図は６通り描けます。そのうちもっとも小保方氏の期待に沿った図が選択されて論文になったのでしょう。普通、反応の大きさが中間的なものを選んだというよくある説明は一次元に並べたデータから選ぶので研究者の好都合なものが選ばれたということにならないので問題ないのですが、樹状図は二次元に配置されるので、中間的と判断する基準がわかりません。好都合なものを選んだとは言えないので中間的と反応の大きさで選ぶ時に使われる言葉を選んで調査委員会に説明したのでしょう。調査委員会は、FI-SCのRNAがどれをとっても本来のマウス由来でないから、この樹形図が論文の記載通りではない（不正らしいが証拠がない）ことが証明されたので、これ以上つっこまなかったのでしょう。小保方氏が提供したとは思われないので６つの樹形図を公開することはできなかったのでしょう。あるいはGRASにデータが残っていて再現できたかもしれませんが、正しい方法で得られた樹形図ではないことが証明されたのでこれ以上進めなかったのでしょう。そもそもSTAP細胞の存在が否定された、ES細胞だったのですからLetterの胎盤にも寄与するというFI-SCという細胞も否定されるわけで、実験記録も提供されないし、これをさらに詳細に調査する意義はないのです。
「小保方氏は自身の手掛けなかった胎盤能力のあるFI細胞の研究なんてできなくても恥ずかしいことなどありません。」 ← これは当方の学とみ子が「小保方氏もGRASに、「幹細胞は譲り受けたけど、その内容は私には分からないです。」と言ってる」という発言に対し当方が「GRASにサンプルの中身を説明する必要はないので、そんなことは言わないでしょう。もし言ったとしたらマヌケなポスドクとの評価が知れ渡ってしまい、これは小保方氏にとって致命的です。」と返したことに対する発言です。GRASが依頼者が持参したサンプルは適宜に処理されたものかを聞くかもしれませんが、どんな細胞から抽出したのかなど聞くことはないでしょう。聞いても解析の操作に関係ないからです。仮に依頼者に何の細胞かと聞いた時、依頼者がわからないと答えたら、そして依頼者がポスドクだったら、どのように評価されるのかは一目瞭然です。
「桂報告書に「小保方氏が1回作ったなんて書いてあるけど」他の部分では、小保方氏は作っていないと書いています。相澤論文にも、FI-SCは作っていないとあります。」 ← 報告書、論文のどこに書いてあって矛盾すると指摘したらいいでしょ。
桂調査委員会報告書p25には論文に使ったFI-幹細胞は若山氏が作成したとある
桂調査委員会報告書p14には小保方氏が１回だけFI-幹細胞を作成したと言ったとあるが、これは小保方氏の供述であって調査委員会が確認したわけではないし、論文には使ってないとの供述である。
相澤論文にはFI-幹細胞は若山氏が作成したという旨の記述がある
というわけで学とみ子は調査委員会報告書に矛盾があるといっているが、矛盾するとことはない。小保方氏が作成したことがあるというのは小保方氏の発言でこれを調査委員会が確認していない・できないのだから調査委員会報告書に若山氏が作ったと書いてあることに矛盾はない。どうして、このようにわざと調査委員会の報告に矛盾があるかのように記述するのでしょうか？このような操作を印象操作というのです。このことを持って「FI-SCの実験結果には桂報告書の説明がつながらないことが多いです。」というのですから、学とみ子が報告書を読めないだけの話でしょ。
「桂調査委員会は、わかるところまでで、終わらせた」 ← そりゃそうでしょ。調査報告書が判明できなかったことを書くことはできないです。
「ため息さんはFI-SC実験の疑惑に、笹井氏も小保方氏もかませたいのだろうから、まあ、頑張って理論構築をしてください。」 ← 学とみ子は反論できないから、このFI-SC実験についてはgive upしますという宣言ですね。
ため息さん
早起きしてしまい、調べる時間があったので、少しだけコメント
①中間的：
英語版での措辞とFig 2iをから見て、樹形図においてTSと（ES～STAP-SC）の中間を意味する可能性が高いと存じます
②クラスター解析はデータセットの構成と距離尺度の設定によって樹形図の形は大きく変動します。可塑性が高いと言うか所詮お筆先とみるか意見が分かれるところです。
※Graduate School時代はパス解析もクラスター解析も結構使いましたが、若気の至りと反省いたしております。
③Kahoの日記や感想さんの再解析から見る限りRNA₋seqデータは論文に付随してアップロードされた公開データだと思います。（どちらのサイトも既にありませんが、Kahoの日記の魚拓からトレースする限りその可能性が大です。）
ではまた深夜か早朝(;’∀’)
澪標さん
「樹形図にしたらFI−SCのRNAseqによる遺伝子発現プロファイルの位置がSTAP細胞（実はES細胞）とTS細胞の「中間」に来たから選んだ」というのが澪標さんの説で、当方は「小保方氏が想定した＝期待した位置にきたのを選んだことを小保方氏は「中間を選んだ」と表現した」で、中間の位置に来るのは小保方氏の期待する位置のことだから結局同じこと としていいですか？
「樹状図にしたら期待通りの位置（STAP細胞（実はES細胞）とTS細胞の「中間」）に来る組み合わせを選んだ」かな？
そもそも１回目（FI−SC1）が想定通り（期待通り）でなかったからもう一回（FI−SC2）、それでもだめだったので３回目（FI−SC3）を使って測定したら、要約期待通りになった、だから３回目を論文にしたという実験は、ものすごくヤバい実験です。普通は３回目で期待通りになったのなら、さらに４回目、５回目と実施して確認するのです。TSを混ぜない限り期待通りにならないのですから、回数を加えてもうまくいかないはずで、想定＝期待が間違いとすることになるのですけど、捏造を躊躇することのない筆頭著者と血迷ったシニアの組み合わせでは、するっと通ってしまったんでしょね。
学とみ子がFi-SC3の話をあきらめて、９月２９日（火）朝、「STAP事件の考察では、桂報告書が科学的説明をしない、結論を書いていない課題は何であったのかを確認することが大事です。」という新しい記事を立ち上げました。
「ため息さんは、ほぼ全部の実験の全行程を小保方氏がやり、最終的な論文作成も彼女がやったとするものです。
そうすれば、FI-SCの胎盤寄与もエア実験で構わないということになります。」 ← キメラ、STAP幹細胞、FI幹細胞を若山氏が作成した以外のほとんどの実験（実際に手を動かす操作、解析、論文用の図の作成、論文執筆まで）に小保方氏が主体的で責任があったのは桂調査委員会報告書にある通りです。これがFI-SCの胎盤寄与実験がエアであったか、なかったのかとは関係ないです。エア実験と判定されたのは細胞増殖の計測だけで、他は、実験データを小保方氏が提供しないのでわからないというのが桂調査委員会の判定です。
「前後で言っている事が矛盾するという場合であったり」 ← 桂調査委員会報告書のどこが矛盾しているのでしょ？学とみ子は具体的に指摘することなく、平気で嘘を書くのですな。
「議論になっている「小保方氏がFI-SCを作製した」というのはどのような意味なのか？」 ← 小保方氏は１回だけ作成したが論文には使わなかったと自身が言っているだけで、確認されていません。嘘つき晴子ですからどこまで信用できる発言かわかりません。嘘つき晴子を嘘つきとみ子がどこまで信じるかは学とみ子の自由ですが、根拠が小保方氏の発言にあるときは晴子が言ったと明確にすべきです。
「「笹井氏や小保方氏は、Fig2iを変えたのか？Callusのラベルの変更以外に何をしたのか？」にも、科学的説明がありません。」 ← これらは科学的調査の対象ではないので科学的説明を求めるほうがおかしいのです。最終的な論文掲載の樹状図は複数作ったのが推定されます。でなければ複数のFI-SCのRNAseq解析をするわけがないです。
「当時のGRAS、小保方氏、笹井氏の間で、どのような情報が共有され、何を問題として追加解析・追加サンプルの提出が行われたのか」 ← GRASは研究内容にコミットしないので「調査報告書からは（GRASの関与を）十分に読み取れない」と言うけど調査委員会は何もなかったことを書くわけがない。
「桂調査委員会がここで、疑問点を置いているということが大事だと思う。」 ← 意味不明。調査委員会は何を問題として追加解析・追加サンプルの提出が行われたかを記載している。想定＝期待と異なるからやり直したと書いてあるではないか。
「桂報告書14頁は作ったと言う意味を科学的に説明していません。作ったという供述はどのような流れで出てきているのかですね。桂報告書は、質問と答えをマッチさせていません。」 ← 何が言いたいの？小保方氏がFI-SCを作ったが使わなかったと供述したことの意味は、論文に関係がないから研究不正を調査している桂調査委員会は研究不正と関係ないから突っ込むことはないでしょ。
「小保方氏がSTAP細胞を作り、fgf培地で培養したら自己増殖能を獲得した幹細胞になったことを確認できたなどとは書いていません。幹細胞であることをいかに確認したかもありません。」 ← 何が問題なの？小保方氏自身が作ったといっただけで論文と関係ないのになんで突っ込むの？
「ため息さんは小保方氏がFI-SCの研究に従事しており、FI-SCの胎盤寄与の図も小保方氏が作ったことにつなげたいのでしょう。」 ← ？？FI-SCはSTAP関係者しか知らない細胞で、これを使った実験は小保方氏が主体的に責任を持って実施された実験で小保方氏以外のだれも従事していない研究でしょ？誰が実施したというの？論文のグラフや図は小保方氏以外の誰が作成したというの？
「そんな漫画のストリーは不可能なことはAIに聞けば答えはすぐでます。」 ← 学とみ子が聞いてみて、不可能という回答をもらったらいいでしょ。やれよ。
学とみ子は実施しないにきまっていますから、代わってやってあげました。その結果が＊です。FI-SCの胎盤寄与の図も小保方氏が作ったというのは漫画のストーリーではないとのことです。
＞学とみ子
論理的な反論をどうぞ。あるいは学とみ子がAIに質問した結果を公開してみ。
「ため息さんのようなESねつ造派は、このような切り取り回答をとても大事にして、「本人がそう言った」を強調しますね。問題点が浮き彫りになるだけです。」 ← ？？どんな問題点が浮き彫りになるの？「本人がそう言った」を強調しているわけではないです。学とみ子が「桂報告書に「小保方氏が1回作ったなんて書いてあるけど」他の部分では、小保方氏は作っていないと書いています。」と嘘を言ったから小保方氏が作ったというのは本人の自供だけで確認されてないと、学とみ子の嘘だと書いただけですな。
ため息さん
私の説ではなく、桂委員会報告書（英文版）による”小保方さんの言い分”です。 指し示す先は同じですが、辿り着くまでの経路は大きく異なると存じます。
余談ですが。Letter論文中でFI-SC1～3と言うラベルが現れるFig 2.hと、桂委員会報告書や報告会スライドのFig 2.i関連部分と見比べると、モヤガエシをみているような気がしてきました。
澪標さん
英文の桂調査委員会報告書の該当部分はp18にあって；they wanted to show the intermediate phenotype.」「小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えた」と供述したことになります。小保方氏によればtheyですからどれを採用するかを決めたのは笹井、小保方の二人ですね。
Since the results of the first RNA-seq data analysis were unexpected, Obokata prepared more RNA-seq samples (one TS cell sample (TS2) and two FI stem cell samples (FI-SC2 and FI-SC3)) and deposited them with GRAS in January and June 2013, for another sequencing analysis. The analysis of those FI-SC RNA-seq data suggested that FI-SC2 were prepared from cells containing Acr-GFP/CAG-GFP+ and 129B6F1 hetero background. The FI-SC3 RNA-seq data set which was used in the Letter was prepared from Oct4-GFP+ and B6 type cells with up to 10% contamination of different mouse strain (most likely CD1 strain) cells. With regard to the RNA-seq data for the two TS and three FI stem cell lines, we confirmed that the tree diagram showing hierarchical clustering of global expression profiles presented in Letter Figure 2i would differ depending on the TS and FI stem cell RNA-seq data used. Obokata and Sasai decided which TS and FI stem cell RNA-seq data would be used for publication. Obokata explained that the reason for this selection was that they wanted to show the intermediate phenotype.
だと思います。
「were unexpected」が日本語報告書p16の「想定していたものと異なっている」ですね。当方が従来から「想定＝期待」と書いてきたことに一致するかと思います。
「The FI-SC3 RNA-seq data set which was used in the Letter was prepared from Oct4-GFP+ and B6 type cells with up to 10% contamination of different mouse strain (most likely CD1 strain) cells. 」はFI-SC3がどのような遺伝子背景にあったかの説明で、RNA-seq 解析したらRNAにCD1、遠藤氏によるとTSのそれが10%混入していたということですね。
「Obokata and Sasai decided which TS and FI stem cell RNA-seq data would be used for publication. 」は、TS２種とFI−SC３種の組み合わせで樹形図（Fig.2i）が変わるので（Figure 2i would differ）小方と笹井は、論文掲載にどのTSおよびFI幹細胞のRNA-seqデータを用いるかを決定した。ということですね。つまり小保方と笹井はTS２種XFI-SC３種＝６種の樹形図を比べどれを論文に採用するかを決めたわけです。その判定基準は、「想定＝期待していたものと異なっている」のが再調査の理由ですから、「想定＝期待していたもの」に一番近いものです。
この判定操作を小保方氏は「Obokata explained that the reason for this selection was that
一次元に並べられた反応の大きさから中間的 と言われればだれでもが納得しますが、dendrogram樹形図のような2次元平面上なら「中間」という意味は一意には決まりません。複数のTS・FI-SCのRNA-seqデータの組合せから、FI-SCについて研究者側が示したいと考えていた位置関係を表すdendrogramを選択した、つまり期待するのはES(STAP）細胞のプロファイルにTS細胞のそれが含まれた中間的な様相に合致する配置で、これに見える樹形図を選んだということでは？複数あって期待＝仮説に合致するのを選んだでは科学的に認められないから「中間」という言葉を選んだというのが当方の推測です。
ちなみにRNA-seqの結果は各遺伝子の発現量という数値データになる。その一部、特に発現差の大きい遺伝子をheat mapで示したのがExtended Data Fig. 3である。一方Fig. 2iのdendrogramは、RNA-seqによる遺伝子発現プロファイルを比較して細胞間の類似性を示したものである。ともにFI-SC3のデータがつかわれたかどうか明示されてませんがFig. 2iはFI-SC3を使ったとするのが自然です。普通ならExtended Data Fig. 3も同一データで作成しますが、筆頭著者は普通ではないのでわかりません。いずれにしろFI-SCはSTAP細胞の存在が否定されたのだから、こちらの存在も否定されるわけで、議論する価値はないですね。
学とみ子が９月３０日（水）早朝追記です。「ため息さんは以下を書くけど、ため息さんはAIに教わった結果、 …将来の読者が一次資料を検証することで改めて判断される問題と思う。」の部分です。
「ため息さんはAIに教わった結果、レター論文は、ESねつ造説に不利となる理由がわりましたか？」 ← ES細胞を使ったデータの捏造説はLetter論文に書かれた内容から否定されることはないかと思います。学とみ子が「ESねつ造説に不利となる理由」を挙げてください。その内容によって、同意するかもしれません。
「30頁は、書いた人の感想が、書かれています。」 ← 何の30頁？Letter論文は３０頁もありません。学とみ子の忌み嫌う桂調査委員会報告書の３０頁？ここは総括ですから一つ一つの細かいイベントを記載するところではありません。ここまでに調べた事実から論理的な帰結が記載されているところで、ここの記載は感想ではありません。学とみ子にとって不都合だから感想とするのですが、この３０頁を感想とする方は学とみ子しかいないでしょう。この３０頁について学とみ子の日本語版と英語版の違いの指摘は妥当かどうかChatGPTに聞いてみました。その結果が＊１です。結論は「日本語版と英語版は実質的に同じ内容を述べていると読むのが自然」と学とみ子の意見は却下されました。」
＞学とみ子
学とみ子の意見は適切な指摘であるというAIの回答を得て、反論してみてください。
＊１
さらに、学とみ子は桂調査委員会は小保方氏の研究者としての資質や研究室の運営についてまで口出ししているというコメントを書き加えています。このコメントの妥当性をChaGPTに聞いたところ（＊２）研究室の運営等が後世の評価対象になるというのは、他の調査結果と同じで当然のことだが、「その時の感情を書いたもの」という部分は根拠のない評価と否定されました。
＊２
ため息さん
少し前に報告書（英語・日本語及びその相違）のこの辺りはOIST資料としてみるととても面白いと申しました。詳細に渡って記述する考えはこれからもありませんが、ため息さんのコメントに関係する所だけすこしだけCapriccio。
❶Dendrogram
①おっしゃる通り二次元ですが、意外と一次元のX軸投影（＝直観的近縁関係）としてみる方が多いものです。
②元統計屋としてみるとこのDendrogramは模式図です。これがデータとして通用している世界のようですので、報告書中の蒟蒻問答としか思えないやり取りもやむを得ないとおもいます。
※偏見に基づく発言と言われたらその通りですが、Dendrogramが相関行列の二次元視覚表示であり、Give us an answer, will do. な性質のものです。それを模式図で表示されると・・・繰り言です。
❷「Obokata explained t hat the reason for this selection was that they wanted to show the intermediate phenotype.」
以下は戯論にすぎませんが：
ほとんど一発レッド（DOGSO）ですが、この証言でレッドカードを出すと、笹井さんの関与の有無と若山さんのAuthorshipについても審議の対象となってしまいます。VARはないしそんなこと当時ルールブック（研究不正規定）にも記載がないし、そこでむにゃむにゃ・・・
ベネズエラー日本戦を見ていてそんな感想を・・(;’∀’)
ではまた。断れない野暮用＜統計学史：StudentとFisherの論文輪読サポート：対面なら田舎から出る気はないと断れますがリモートでいいからと言われて・・・＞の準備に戻ります。
さらに学とみ子は３０日朝追記です。「ため息さんは論文理解も、日英文章の比較理解も全面的にAIにお任せですね。 … の中間に位置するものを最終的に作図に用いたとのことであった。」の部分です。
「日英文章の比較理解も全面的にAIにお任せですね。」 ← はい、単純な比較はAIに該当部分を探し出してもらえばいいのです。考えるところではないからです。検索と同じですからね。AIの使い方の一つです（＊Q1）。学とみ子はこのような用途にAIを使わず、両方から該当部分を探し出すという、時間のかかることをやっているわけだ。数年前ならいざ知らず、世の中は進歩しているのですよ。
学とみ子の比較結果が妥当かどうかを、当方の考えを述べて質問するというのは誘導的になるので、これを避けるために意見を添えず評価してくれと依頼するのです（*Q2）。学とみ子はこのような工夫をすることができないので、学とみ子の質問はいつも、答えが学とみ子の意図に一致するような質問＝誘導的になり、誘導結果の回答を根拠に論を進めようとするから、バカにされるのです。
日本語版では「作図に用いた」なのに英語版は「chose 選んだ」とちがっているというクレームですが、「実質的な意味はほぼ同じ」というのがChatGPTの結論です（＊２）。データを選んで（＊）、論文掲載の図を作った（作図した）と思われるので実質同じだという結論は納得できます。
＊RNAseqの出力は数字だけで、これから３つのFI-SCのどのデータを使うのがいいのかはわからないでしょう。Heat Mapにしても同じです。選ぶためにプログラムが出力した図があったと思われます。樹形図作成プログラムが出した図そのものを論文に掲載するにはふさわしくないので、図を改めて作成したのではないでしょうか。エクセルの出力した棒グラフをそのまま論文に掲載しないのが普通なのと同じです。小保方氏ではない誰か（GRAS職員の可能性が大）がプログラムを操作し、TS２種ｘFI−SC３種の６枚のコンピュータ出力図を小保方氏と笹井氏が検討して期待に近いものを選び、コンピュータ出力の図は論文掲載のフォーマットにそぐわないので小保方氏が整えた（作図した）というのが自然な推定かと思います。ですから実質選ぶと作図は同じ意味ということです。学とみ子が違うというのならどういう流れで掲載する図ができたと思うのか言ってみ。
「既に学とみ子が書いてる部分を、ため息さんは引用できない。」 ← 馬鹿じゃないの、自分のいいたいところを引用して表示するのが先だろうが。わけのわからないことを書いて原文のどこが該当するのか探せというのかよ。学とみ子を中心に世の中動いていると思っているのかよ。
＊１
＊２
澪標さん
ふむ。樹形図作成アプリは入力したらともかく答えを出すということですな。期待の結果を選んだというのはRed Card なのを小保方氏はわかっているから「中間の」と言っているのであって、もし数がもっと多かったらSTAP HOPE PAGEのようにTypical Resultにしちゃうのでは？
学とみ子が３０日午前さらに追記で、「ため息さんが納得するのは良いけど、他人も納得するかどうかが問題でしょう。」だそうです。
資資料・論理を添えて意見を検討させるためにAIを使うと、AIの回答は他人も、多くの方も納得すると思われる回答になる可能性が高くなる（＊）のです。そのような質問の結果「英語版も日本語版も言葉は違うものの、実質的な意味はほぼ同じ」となったわけで、きっと学とみ子だけが納得できないということになっているのだと思います。
＊
学とみ子があんまりに酷いので…
【酸暴露後の細胞からの幹細胞化について（FI 幹細胞）】
FI 幹細胞の手法は、
Niwa.H. et al.“Interaction betwwn Oct3/4 and Cdx2 determines trophectodem differentiation”Cell 123, 917-929(2005)
から ES 細胞を FGF4 培地による培養を応用したもの。これは ES 細胞を TS 様にしたものです。STAP 論文と共通部分はあるのですが、異なる部分もあります。論文では、Oct4 の抑制や Cdx2 の強制発現等によって TE 方向への分化誘導がなされ、FGF4 存在下で TS 細胞を維持・増殖させるというプロセスが採られています。そうすることにより、TS 様細胞が得られる、としたものです。STAP 論文の FI 幹細胞の作製においては FGF4 存在下で培養しただけです。
FI 幹細胞のキメラマウスを作成したとき、キメラマウスの胎仔がまず若山先生に確認されています。そして、キメラ胎盤の FI 幹細胞の寄与、つまり、GFP 寄与は小保方により確認されたとされていました。
[胎盤の蛍光は本当に GFP による蛍光か]
Letter Fig.1a,1b に ES 細胞の胎盤と FI 幹細胞の胎盤の比較写真があります。これには 両写真画像が酷似しており、長時間露光ではないのではないかという点が問題になった（論文撤回の理由になっています）。この蛍光写真は蛍光顕微鏡付属のハードディスクに2012年7月17日撮影したものが元になっておりそれとの比較が行なわれました。その結果、報告書では p.21-22 で「デジタル的に増感させた痕跡も確認できなかった」とされています。しかし、同じ画像であるにも関わらず露光強度が変わっているということは、デジタル的に増感しているからであり、単に痕跡を確認できなかっただけです。
GFP 蛍光は、緑・赤フィルターを通して、それぞれ蛍光強度をグレースケールで撮影し、それぞれ緑に変換、赤に変換し、最終的に合成します。蛍光写真（R）と蛍光写真（G)の画像を適切に画像処理しないと最終的な色味が変わってしまいます。そして、合成前の2画像を個別に増感したりしてしまうと確実に変わりますね。つまり、小保方はRとGの二つの蛍光写真を個別に（赤色系を抑え）増感させ、それを「長時間露光」という形で表現したということです。
報告書では「増感は確認できなかった」とありますが、比較するための元画像が存在しなかったからですね。
須田桃子著『捏造の科学者』に以下のような記述があります。
この中で「小保方さんが持ってきた試料（画像）を見ると、確かに胎盤が光っている」とあります。確認したところ、これは胎盤の実験試料サンプルではなく、この長時間露光とされた画像だったわけですね。小保方は画像処理をして若山研で「胎盤が光っています」と披露したわけですね。最初の画像で光っていたのであれば、まず若山先生が先に気付くはずですからね。状況が分かりました。
（注）画像処理についてですが、部分改変でない科学的に画像処理を行なっていれば問題はなく、研究不正ではありません。
この Letter Fig.1a,1b の問題点はまず、ES 細胞の胎盤と FI 幹細胞の胎盤の比較として記載されていますが、両方が STAP 細胞由来のものであるという点です。つまり、FI 幹細胞の胎盤は画像処理したから胎盤がよく光っているように見えただけで、元々は Letter Fig.1a 程度であったということです。
報告書 p.22 の評価では「研究の価値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性があるが、悪意であったと認定することはでき」ないが、「誤りであることは確実」であり、胎盤に寄与したとする Letter Fig.1a, 1b は証明力はありません。
さて、次はこの蛍光の正体についてです。
Letter Fig.1b の FI 幹細胞の胎盤の蛍光は、GFP 蛍光によるものかという点です。酸暴露後の細胞の蛍光が自家蛍光がほとんどであったと同様に、胎盤の自家蛍光の類と考えられます。
そもそも生体組織には、外来蛍光色素がなくても蛍光を発する内在性蛍光物質 fluorophores があります。胎盤では、細胞・細胞外マトリクス ECM に由来する蛍光に加え、血液・血管成分による吸収・散乱、コラーゲンなどの組織成分は青～緑系の自家蛍光を示すことがあります。これらが蛍光画像の見え方に影響します。そのため、GFPのような緑色蛍光を観察する条件では、緑～褐色の自家蛍光として観察されることがあります。Letter Fig.1b を補正した結果、緑～褐色であることが確認できました。
先述の画像強度の増感のことも加え、FI 幹細胞の胎盤寄与としての証拠性はない、もしくは、低いと言えます。GFP 陽性細胞の胎盤への寄与を示すのであれば、さらに GFP のスペクトル特性、適切な陰性コントロール、免疫染色、FACS による確認が必要になります。
胎盤の試料はホンモノか？
次に、Letter Extended Data Fig.2a に小保方が作成した胎盤が ES placenta（上）とFI-SC placenta（下）として掲載されています。
この試料画像を調べた結果、FI-SC placenta 画像（下）には ES placenta 画像（上）には見られない、scaffold（足場材料）由来の vacuole artifact と疑われるものが見られました（vacuole artifact とは、PGA シートを用いた移植標本で、よく見られる気泡です。シート端部や試料端部で見られます）。その vacuole artifact の分布から、PGA シート（3x3x1mm）を7枚程度使用した可能性が極めて高いです。小保方は東京女子医科大にいたときに PGA シートを用いた細胞移植、integrate の実験をやっていますから、恐らく同じ技術を用いたのでしょう。
これは、「数枚の PGA シートに ES 細胞を播種し、抗 GFP 抗体による免疫染色等で赤色に染め、作成したその複数枚の PGA シートを 10mm 程度の胎盤切片に移植し、integrate させ、胎盤層と ES 細胞層（GFP）の試料を重ね合わせたかも1層のように見せかけ、FI-SC placenta 画像を捏造した疑い」が濃厚だということです。確定までは言いませんが、少なくとも PGA シートを用いたかどうか確認したいですね。
この「これまでにないパターン」という記載ですが、小保方が不自然な形でGFP陽性細胞を移植・integrate させてしまったからではないかと推測します。
私のブログ（olive 2026年4月16日記事『STAP 事件の胎盤試料について』）でも、取り上げたのですが、胎盤試料を共焦点レーザー顕微鏡や FACS によるダブルポジティブ確認（胎盤は壊れやすく難易度は高めですが）、つまり、共在性の確認が必要だったと思います。丹羽先生や笹井先生は胎盤試料を目視することだけしかしていなかったんでしょうね。騙されたのだと思いますよ。
これらの確認をすれば胎盤層と ES 層の二層構造になっていれば確実に分かります。
丹羽研究とSTAP研究の違い
上記丹羽論文（2005）を応用したものと書きましたが、丹羽先生の実験の詳細と STAP 論文の FI 幹細胞の実験を比べると共通点、相違点が見られ、FI 幹細胞が一体どういうものだったのかが推測できます。
まず、丹羽先生の実験は
① ES 細胞を Cdx2 の過剰発現、Oct4 の抑制等による TE へ分化誘導する
② 誘導された細胞を FGF4 培地により約1週間培養し、TS 細胞を得た
というものです。
次に、STAP 論文の FI 幹細胞の実験はSTAP 細胞を FGF4 培地により培養しています。
つまり、FGF4 培地により培養しているという点は共通していますが、丹羽論文の ① の Cdx2 の過剰発現や Oct4 の抑制を行ない、TE へ分化誘導というプロセスが存在しません。丹羽論文（2005）では、ES 細胞から TE/TS 系譜への移行には、Oct4 の抑制やCdx2 の活性化など、TE 系譜への分化状態を成立させる過程が重要で、FGF4 はその後のTS 細胞の誘導・維持に用いられています。したがって、「ES 細胞を FGF4 培地で培養すれば、それだけで TS 細胞になる」と理解するのは適切ではありません。STAP 細胞の Cdx2 が過剰発現しており、Oct4 が抑制された TE と同一状態にないと FGF4 培地により培養しても大きく変化することはなく、TS 細胞のように胎盤に寄与することはないと考えられます。STAP 細胞は ES 細胞由来であり、若山先生が関わった FI 幹細胞も ES 細胞（FI-SC1とSC2）でした。FI 幹細胞の ES 細胞はただ単に TS 様化することなく、増殖しただけだったのでしょう（TS 様になっていなかった）。
そのことを裏付ける話があります。元 CDB 若山研の方によると、FI 幹細胞は、ほぼ ES 細胞に酷似した性質であり、2012年8月に FI-SC1 の RNA-seq を行なった結果は、遺伝子発現のプロファイルデータは ES 細胞と STAP 幹細胞と FI 幹細胞が同じにクラスタリングされていたそうです。CDB 若山研で作られた FI 幹細胞（FI-SC1、SC2）の GRAS 解析は、TS 細胞と ES 細胞の中間になかったということです。すなわち、FGF4 培地で培養した細胞（ES 細胞）は胎仔にしか寄与していなかったと考えられます。
FI-SC1 の RNA-seq の解析結果は、小保方の Letter Fig.1a,1b と Letter Extended Data Fig.2a 等の胎盤の寄与を示したデータと不整合になります。キメラマウスとキメラ胎盤の両方に寄与したとの主張に問題が生じていたわけです。これが成立するには理論的に TS 細胞と ES 細胞の中間の階層 Height に FI 幹細胞が位置する必要があります。
小保方は、STAP 細胞は ES 細胞なので、FGF4 培地で培養すれば、丹羽先生の論文のように胎盤に寄与していないとおかしい、と思ったのかもしれません。実際のところ、丹羽研究を参考、応用しているとはいえ、TE への分化誘導をしていないため、FGF4 培地での培養だけで TS 細胞のように変化し、胎盤に寄与するというのは懐疑的です。そのため、「あり得るが疑わしい」と考えるのが妥当だと思います。
小保方が“想定”した内容は、STAP 細胞が TS 様（ES 細胞と TS 細胞）に変化したことを示す遺伝子プロファイルだった、ということですね。想定的には失敗していたわけです。そのため、小保方は、2013年1月に FI-SC2 を再シーケンスしたがこれもやはり FI-SC1 の結果と変らず、最終的に成功データを作り上げたいために、Oct4-GFP を持つ B6 系 ES 細胞と CD1（TS 細胞）とを混合比 約 9:1 の割合で混ぜて、調整し、2013年6月に再シーケンスしたと推測できます。そして、FI-SC3 は若山先生が作ったものではなく、若山先生らには「笹井研で FI 幹細胞を作った」と虚偽報告をしたわけです。若山先生は論文を見て、FI-SC3、Oct4-GFPを持つ FI 幹細胞は小保方が作ったものだという認識だったので、論文のチェックをすり抜けてしまったわけです。
ところが、2014年に論文の疑義が挙がり、小保方は「FI 幹細胞を作るには作ったが、論文に使用してもないし、保存もしていない」と言い張ったわけです。若山先生は FI-SC3、Oct4-GFP を持つ FI 幹細胞を作成していませんから、これらが「Oct4-GFP を持つ FI 幹細胞は樹立されていなかったのではないか」「樹形図は捏造・改ざんしたものではないか」と疑義が挙がったわけです。FI 幹細胞（FI-SC1）の樹形図は公表されていないので外部の人は知りようもありません。これらの疑義は若山先生側から挙げられたものです。若山先生は論文の最終版を2014年1月の中下旬（発表の1週間前）に受け取り、論文の内容を確認する時間がなく、発表後、若山先生は CDB の若山研時のデータを確認したそうです。
樹形図は、FI-SC1～3 の RNA-seq データから、キメラマウスとキメラ胎盤の両方に寄与したとの主張に都合の良くなるように FI-SC3 を創作し、これを RNA-seq し、樹形図作成に用い、この FI-SC3 を登録したわけですね（FI-SC1 と SC2 の RNA-seq データは未使用・未登録です）。
【FI幹細胞のキメラマウス作成はES細胞＋TS細胞の混合物によるものではない】
結論から言いますが、FI 幹細胞のキメラマウス作成は ES 細胞＋TS 細胞の混合物によるものではないです。
ES 細胞や TS 細胞はそれぞれ単独ならば、ES 細胞はキメラマウス、TS 細胞はキメラ胎盤に寄与するのが普通です。ES 細胞と TS 細胞を同時に扱えば、それぞれの寄与が生じうることは既に知られています。しかし、それを単純な混合細胞として注入することによって、再現性良く、胎仔と胎盤の双方への適切な寄与を得られることを意味しません。ES 細胞と TS 細胞は活性が強いので、同時にインジェクションするとこれらは相互作用することで発生が起こり、それを適切な細胞数・細胞比率・空間配置・細胞の分化状態の最適化をされていないと通常の発生は進まず、通常のキメラマウスやキメラ胎盤を同時に得ることは偶然的に成功する以外に考えにくいです。論文を見かけないのは、偶然にキメラマウスができることはありますが、適切な最適化の条件が分からないので論文報告されていないということです。
これと関連して、酸暴露後の細胞と ES 細胞のオルガノイド状混合塊では、相互作用を考慮し、細胞数・細胞比率・空間配置・細胞の分化状態の最適化をしているからキメラマウスができるわけです。酸暴露後の細胞と ES 細胞のオルガノイド状混合塊のキメラマウス作成と、ES 細胞や TS 細胞の混合塊のキメラマウスと違うのは相互作用の強さと空間的配置を TS 細胞ほどシビアに考えなくて良い点です。相互作用の影響は異なります。
ES 細胞や TS 細胞の混合物のキメラマウスの研究は、体内なので細胞数・細胞比率・空間配置・細胞の分化状態の最適化が難しいので、まずは体外で胚組織形成の研究を行なっているのが現状です。
これを発展させたのが、ETS embryo（ES 細胞 + TS 細胞）、ETX（ES 細胞 + TS 細胞 + ZEN 細胞）、ETP（ES 細胞 + TS 細胞 + PrES 細胞）などの人工合成胚の研究ですが、これらの成否は細胞数・細胞比率・空間配置・細胞の分化状態の最適解を見つけられるかが鍵です。
STAP 研究の FI 幹細胞においては、元々、ES 細胞から FGF4 を用いて胎盤寄与したという丹羽先生の研究が元になっており、FGF4 培地で培養すれば TS 様に変化すると小保方は思っているので、STAP 細胞は ES 細胞混入なので TS 細胞もわざわざ混入させて、成功率を下げるようなことはしていないでしょう。つまり、STAP 細胞塊としては ES 細胞が混入されてさえいれば良いと考えたというわけです。
FI 幹細胞の捏造に関しては、最初の試料において行なわれたのは STAP 細胞塊への ES 細胞の混入のみであり、胎盤寄与すると期待したが想定通りにいかなかったため、その結果を捏造したということですね。
【まとめ】
FI-SC1（CTS1）、FI-SC2（CTS11-13）：小保方より ES 細胞を含む STAP 細胞塊を受け取り、それを FGF4 培地下で培養。増殖はしたが TS 細胞様にはなっていなかった。
→ 2012年8月に FI-SC1 を GRASに出し、系統樹を出したが FI-SC1 は、ES 細胞と同じにクラスタリングされた。胎盤に寄与しているというデータを作出しているので、TS 細胞と ES 細胞の中間に位置していなければならない。FI-SC2 は再度確認のため、試料を変え、RNA-seq し、樹形図を作成したが変わることなかったので、ES 細胞と TS 細胞を混合し（報告書p.17では「小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統や GFP 挿入のあるマウスの使用や本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用した」、つまり、混合したのは明らかとしているが過失・故意の判定はしていない）、FI-SC3 を作出し、これを GRAS に出し、この結果が中間に位置していたので論文に採用した。
FI-SC1 と SC2 は ES 細胞の混入、FI-SC3 は ES 細胞＋CD1（TS 細胞）の混入であったことは分かっており、これだけでも論外なんですが、そもそも、FI 幹細胞の階層クラスタリング樹形図が試料によって変わるのであれば、樹形図として成立しません。少なくとも、論文には、FI-SC1～3 全ての階層クラスタリング樹形図は載せた上で、その違いを論じるべきであったと思いますけどね。また、FI-SC3は作成履歴すらなく、キメラマウス作成やキメラ胎盤のデータがとられていないので、まぁ、論外なんですけど。
oTakeさん、コメントありがとうございます。
小保方氏が作成したFI-SC は小保方氏は使用せず廃棄したというのですが、実はFi-SC3だったというのはありえますね。
Fi-SC3のGFPはOct-GFP でOct-GFPのES細胞はGOF-ESでGOF-ES由来のSTAP 幹細胞GLS-1~13は2012 1/31に樹立、FI-SC3のRNAのGRASへの持参は2013年6月ですからGOF-ESは冷凍保存していれば自由になり、T細胞はこの再度のRNAseq解析のとき丹羽研から、フレッシュなTSを解析するということで分けてもらっているから混入したサンプルの材料を持っていたことを否定できません。
いずれにしろ、学とみ子は何故こうまでも調査報告書に書いてない細かいことを持ち出して、この書いてないことを小保方有利な根拠としたがるのですかね。書いてないことを学とみ子が持ち出しても、当方等の反論にあって少しも小保方有利になってないのですけどね。
学とみ子が追記で曰く「https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3205.html」 ← 馬鹿じゃないの？学とみ子が「英語の桂報告書27頁は、「選んだ」で、日本語の桂報告書26頁は、「作図に用いた」」 と記述が違うと問題にしたから、「実質同じ意味だ」とChatGPTに確認したのでしょうが。
「小保方氏があれもやったこれもやったと、いくらため息ブログが、騒いでも、実在の人で利害関係のない人の証言を探さないとダメですよ。」 ← 馬鹿じゃないの？不正調査委員会の報告ではほとんどの実験を小保方氏が実施したとしているのですから、これに反論するためには、学とみ子が小保方氏が実施したのではないという実在の人で利害関係のない人の証言を探さないといけないのです。
学とみ子がoTakeさんのコメントを読んで９月３０日夜、追記です。「ため息さん、2026年9月30日 16:37 … 実験の工程と担当者を明らかにする必要があるからである。」の部分です。
「当時、小保方氏が胎盤やFI-SCをつくっていた、小保方氏がFig2iの内容を変えたとする説明を桂調査委員会は受けていたのですね。そして聞き取り調査などでまとめたいと思ったけど、できなかったのでしょうね。」 ← ？？小保方氏から聞き取り調査をして３回もFI-SCのRNAseq を実施しLetter Fig.2i を作成した経由が明らかになったのでしょ？詳細に書いてないところがあるかもしれませんが、報告書には必要なことが記載されていればいいのです。調書すべてを公開する意味があるのでしょうか？学とみ子は記述がないことを取り上げて、妄想で埋めてなんとか小保方氏の責任を回避させようというのが、今回の追記です。
「oTakeストーリーは桂報告書のこの部分のあいまいさにつながる謎解きのようで興味深いですね。」 ← 学とみ子もoTakeさんのように最初から筋の通った物語を書いたらいいでしょ。
「桂調査委員会は、FI-SC3とFig2i変更問題を裁定する事ができず、わかりにくい説明のペンディングで処理したのでしょう。」 ← 何がわからないからどういう問題になっているのか、細切れに出すのではなく学とみ子の一通りの筋のある考えを書いたらいいでしょ。できないの？
「よくわからない文章には、STAP細胞事件を解くカギがあるということです。」 ← STAP細胞事件はES細胞が混入した事件、STAP細胞などなかったと決着したのです。学とみ子ですら学とみ子の意味するSTAP細胞は、キメラは作れない。と論文のSTAP細胞を否定しているではないですか。STAP事件はわかるところまでわかって世間はそれで納得したオワコンなのです。
「小保方氏も胎盤研究は若山研究室の「おはこ」だから手がだせませんよ。」 ← 若山研のおはこは胎盤研究ではありません。核移植です。
「小保方氏が胎盤研究をしていた証拠を提出すれば良いと思いますよ。」 ← 小保方氏は胎盤研究をしていたと主張する方は誰もいません。学とみ子の藁人形攻撃です。
「oTakeさんのストーリーでは、FI-SC → ES → 小保方氏がESから胎盤を作製 → 画像処理 → 胎盤に見せる → TSを混ぜる → Fig.2iを操作するという具合に、かなり多くの出来事が小保方氏一人の行為として連結されています。」 ← 調査委員会報告書に書いてあるからです。oTakeさんのコメントは、この通りではありませんがね。FI-SC作成、胎盤作成（キメラ作成）は若山氏担当です。
「ある図に異常と、「その図を作った人物が小保方氏である」ことを証明することは別問題です。」 ← 図に異常があれば図を作成した方の責任です。その図を作ったのは小保方氏です。調査委員会報告書に「最終的に論文の図表を作成したのは小保方氏」と書いてあります。これを否定する根拠は？ないでしょ。嘘を書くなよ。
「「小保方氏が作った」→「小保方氏が意図的に偽装した」も別問題です。」 ← 細胞増殖曲線、メチル化の調査の図は「小保方氏が意図的に偽装した」と桂調査委員会は裁定しています。ほかの図もその可能性がありますが小保方氏が実験データ、実験ノートを提出しないのでわからないとなってます。
「結局、中間的なものと言ったことが、結果としてどうなったのか？が桂報告書に無いですね。」 ← 報告書p17に（評価）という項目があって調査委員会の結論が書いてあります。「論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統やGFP挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用した」とあります。つまり論文の記載は実際の実験と異なるということです。研究不正かどうかは当時の規則では判定できなかったということです。調査委員会の仕事は研究不正の有無ですからこれ以上突っ込むことはできなかったし、しなかったのです。Letterに掲載された結果は論文の記述通りではないとしたので十分だったのです。
学とみ子は以下でFI-SCの３系統の遺伝子背景を書いていますが、これは後になって判明したことで、Letter Fig.2i作成時にはわかってなかったことなので混ぜてまとめるから滅茶苦茶になるのです。使った細胞の系統はRNAseq解析には直接関係ないのです。
「小保方氏が実験に用いるマウス系統に詳しくない事は会話を通じて、GRASスタッフにも見当はつくはずだ。」 ← RNAseq解析ではマウスの系統がただちに判明するわけではないので、当時は誰も問題にしてません。GRASスタッフは解析結果を検討しないので見当がつくどころか何も意見を言うわけがありません。何回も言っていますがGRASのスタッフは依頼者の持参したサンプルが何であるかを知ることもなく、議論することもなく、論文作成に関わりがないのです。
「マウスの系統についての情報が無い人が、RNA-seqおよびChIP-seq実験を単独で行うことはできないのである。」 ← できるのですな。採取した細胞がどの系統のマウスであろうと、実験操作に影響しないわけで、細胞生物学分野での研究歴があるのなら、GRASに持参するサンプル調製は可能なのです。
「小保方氏が実験に入る前に、必要な細胞を適切に揃えることができないのだ。」 ← できたのですな。STAP細胞は自分で作成したし、STAP幹細胞は若山氏が作成しそれを分けてもらっているし、丹羽研究室からはTS細胞をわけてもらっているし、冷凍庫にはFES1があるし、ほかのES細胞も若山氏からわけてもらっていたわけです。TSが10%混ざったサンプルなど簡単につくれる状況にあったのですな。
「研究上の役割分担を明らかにすべきであるとの問題提起である。」 ← 研究不正調査ですから実験の役割分担は調査されたと考えるのが普通で、桂調査委員会がこれを怠ったという根拠はありません。分担者がわかって調査した結果です。
「不明点を確認するために必要な情報があるなら、本人の記憶だけで終わらせず、周囲の研究者、技術担当者、解析担当者などから得られる情報を突き合わせるべきではないのか。」 ← 桂調査委員会は突き合わせたのでしょうね。それが研究不正調査ですからね、そんなことはしていないという根拠があって言っているの？
「本人の記憶しかない」 ← 調査した結果、小保方氏が実施した実験だから小保方氏に資料の提出を求めたが提出されない、聴取したら「記憶にない」、強制調査の権限がないから、ほかに残っていたデータを調べ本人に説明を求めたら記憶にあって捏造を自白した。これが調査結果です。
「科学的な責任を問うのであれば、誰に対しても同じ基準で、実験の工程と担当者を明らかにする必要がある」 ← 研究不正調査は科学ではありません。科学的に論文の記載に不正があったかどうかを調査するのが本来の役目で、どうして不正行為が行われたかはわかる限り調べますが、「本調査委員会の能力と権限の限界（調査報告書p30）」があって完全には明らかにできなかったのです。不正調査委員会の役割を学とみ子にはまだ理解できてないのですね。もう１２年も経過しているのに全く成長していない学とみ子で、お歳だからしょうがないといって嘘デタラメを撒き散らすのを許すというわけにはいかないでしょう。SNSで嘘を撒き散らすことが問題になっていますが、ブログもSNSの一つですよ。学とみ子もその問題を起こしている一人にカウントされているのですよ。
学とみ子曰く：「Fig.2iについても、複数のTSおよびFI-SCのRNA-seqデータによって樹形図が変化すること、論文に用いるデータを小保方氏と笹井氏が決定したことは記載されている。しかし、どのデータを、いつ、誰の判断で選択し、その選択についてどのような議論があったのかという具体的な過程までは明らかにされていない。」。そうでしょうか？前にも書きましたがFI-SC1、FI-SC2、FI-SC3と解析したのですが、最後のFI-SC3のRNAseqデータを作ってLetter Fig.2i は作成されたのです。これを選択した/判断したのは笹井氏と小保方氏です。いつなのかはFI-SC3のRNAseq解析の依頼が2013年6月ですからそれ以降のいつかで、この日時がなにか決定的な事を示すわけではないでしょ。
Fig.2i はどのFI-SCのデータを使って構築されたのか、報告書の日本語版と英語版を突き合わせて調べろとAIに要求するとFI-SC3であると根拠を添えて返ってきます（＊）。どのデータを使ったのかは明らかにされているのです。
そもそも「論文に用いるデータを小保方氏と笹井氏が決定した」と書いているのに、次の文章で「どのデータを誰の判断で選択し、という具体的な過程までは明らかにされていない。」と書くのはどういうことなんでしょね？学とみ子の妄想脳についていける方はいるのでしょうか？
＊
過去の学とみ子ブログを紐解くと、学とみ子は面白い発言を過去にしています。
2017/06/14「STAPがESだったら、レター論文そのものが成り立たない」というタイトルで、さらに
「しかし、FI細胞としてレター論文実験に使われたはずの、OCT４入りのB6マウスから作ったFI細胞はなかったという若山証言があり、実験で使われたFI細胞は存在しないになってしまいました。これでは、レターの軸となる仕事はすべてねつ造だったということです。」とレター論文を全面否定しているのです。なのに最近またレター論文を持ち出すのはどういうことなんでしょね？
「レター論文は、ESねつ造説（ES細胞を使ったデータ捏造説）に不利となる理由がある」というのですが、どんな理由なのか聞いても答えは返ってきません。そこで邪推すると【FI-SCがES細胞なら胎盤に寄与しないはず、しかしLetter論文ではFI-SCは胎盤にも胚にも寄与している。したがって、FI-SCがES細胞を使った捏造であるという説は却下される。】ということなんですかね？
＞学とみ子
答えを待ってます。何故Letter論文はES捏造説に不利なんですか？
FI−SCについて学とみ子が過去に言及しているのが2017/06/11「小保方氏自身が想定とは違うと感じたとしっかり書くべきと思います。」などという記事にあります。
RNAseq実験なのに
◯ 「データのシークエンスの作業は、DNA（RNA）の塩基の配列を調べる事、解析作業は、塩基の配列の欠損、重複、SNPｓなどを調べて、細胞の起源を知る作業であると、学とみ子は理解しています。ここが違うのですか？」
◯ 「この時は、混ざりもの検体であるとの情報が、小保方氏に入っていないのです。」
◯ 「小保方氏なり、笹井氏なりが、遺伝子データがまざりものであることを知っていたら、公開データベースにアップしないと思います。」
◯ 「１回目の持ち込み検体のFI細胞もアクロシン入りだったわけにもかかわらず、小保方氏は、原因を追及しなかったわけですから、ここも謎です。」
こういう発言をしていることからみて、学とみ子は当時、RNAseq実験で細胞の系統が判明できていた・できたはずと思っていたのは間違いないでしょう。
この頃からRNAseqの解析が遺伝子発現を調べているのであってサンプルとした細胞の系統とかを調べるものではない、後になってRNAaeq解析をしたサンプルの系統、GFPがなにの発現を示すのか等のDNA解析が行われたのであって、当時はサンプルの細胞の系統がわかっていたわけではないとか、「想定」とはなにか等がみずどりさん、yap*ari*w*katt*na*さん、STAPさん等からコメントがあったのにすべて無視していたのですね。当方のこの時期のブログをみたら学とみ子ブログを読んではないようです、mjもんたとかのコメントを批判していますからね。
そしてなんとSTAPさんのコメントを引用しているのです。
これに対する返事はありません。理解できてないから、「マウスの系統についての情報が無い人が、RNA-seqおよびChIP-seq実験を単独で行うことはできないのである。」などと平気で発言するのですね。
さらにSTAPさんとのやりとりを以下に示します。
つまり当時はSTAP細胞がES細胞だったらLetter論文はすべてねつ造だった、成り立たないと学とみ子は考えていたのです。
＞学とみ子
今ではどうなんですか？2017年6月当時と同じ用にSTAP細胞がESだったらLetterr論文のデータは捏造であり、Letter論文は成立しないとしているのですか？
もしそうならSTAP細胞はES細胞だったと証明されたのですからLetter論文は捏造で、議論する価値はないと思います。にもかかわらず論文の図はどのFI-SCをつかったのかなどと議論して何がわかるのですか？
ここから2026/09/29の記事https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-3205.htmlに戻ります。
「当時のGRASがRNA-seqの発現パターンだけでなく、細胞のマウス系統や遺伝的背景について何らかの疑問を持っていなかったか、という点は検討する余地がある。」 ← 検討すると何がわかるのですか？
「ここから「GRASが系統を疑って再提出を求めた」と断定することもできない。ただ、可能性を考えることはできる。」 ← 可能性を考えると何がわかるのですか？
「当時のGRAS、小保方氏、笹井氏の間で、どのような情報が共有され、何を問題として追加解析・追加サンプルの提出が行われた」 ← が明らかになると何がわかるのですか？
「小保方氏がSTAP細胞を作り、fgf培地で培養したら自己増殖能を獲得した幹細胞になったことを確認できたなどとは書いていません。幹細胞であることをいかに確認したかもありません。」 ← 桂調査委員会は小保方氏が自身で１回FI-SCを作ったことがあると供述したと言っているだけです。桂調査委員会がこの供述の真偽を確かめると何がわかるのですか？
「Letter Fig.2hに示されたFI-SC1、2、3との対応関係も明確ではない。」 ← 関係がわかると何がわかるのですか？
「どのRNA-seqデータが、どの図に使用されたのかを一つずつ確認する必要があるのである。」 ← 確認できると何がわかるのですか？
「「FI-SC3がFig.2iに採用された」と話を進める」と何が不都合なんですか？
学とみ子が「レター論文は、ESねつ造説（ES細胞を使ったデータ捏造説）に不利となる理由がわかりましたか？」というから、わからないから教えてといっても返事がない、そこで【FI-SCがES細胞なら胎盤に寄与しないはず、しかしLetter論文ではFI-SCは胎盤にも胚にも寄与している。したがって、FI-SCがES細胞を使った捏造であるという説は却下される。】が理由か？と聞いても返事がない。この当方の案を転載しているのだから読んだのでしょ？どうして返事がないの？
学とみ子が１０月１日（木）夜、追記です。「あまり勉強をしない学術者がばらまく無知にふりまわされたのがSTAP事件です。 … 実験前に、調べるべき細胞を選ぶ時に、マウス情報は必須だという意味ですね。」の部分です。
「実験の手技を調べないため息さんは、ピペット操作ができる人ならチップセック実験もできる、胎盤染色できると思いつきを言う。」 ← こういう嘘を書くな。当方はRNAseq実験や胎盤の免疫染色実験を、小保方晴子単独ではできないと学とみ子が言うから、そんなことはない、RNAseq実験は特殊な手技を必要としないから細胞生物学の実験をして博士号を習得したポスドクならできないことではないし、博士論文にはテラトーマの免疫染色の写真が掲載されているのだから、組織の免疫染色が一人でできるはずと言ったわけです（https://nbsigh2.com/?p=28612#comment-68896）。これを「ピペット操作ができる人ならチップセック実験もできる、胎盤染色できる」と意味を変えて当方が発言したかのように書く、これを印象操作、藁人形攻撃というのです。
９年も前（2017/06/14）に学とみ子はSTAPさん等とコメントのやり取りをしていて、ここでは（この記事はYahoo時代のブログをFC2に引っ越したのでコメントが記事本文にあるのとコメント欄にあるのが混在しています）学とみ子は；
①2017/06/18「皆さんはレター論文をどう評価しますか？STAP、FI細胞が存在しないなら、レター論文の図表、文章はすべてねつ造になります｡実験に参加した複数の研究者が協力してでたらめな論文を書いた事になります｡」
②2017/06/18「世の中に無い細胞を使って実験し、それらしい数値を予想してグラフを書くことをねつ造と言います｡」
と発言し、STAP細胞は世の中に無い細胞なので、あらあらさんから「あらあら、学さんもついに小保方の捏造を声高らかに認めてしまったのね 2017/06/19」、2017/6/15(木) 午前 8:53[ tsu*isa*u*15 ]さんからも「学とみ子さんと同じく僕もレターが丸ごと捏造である可能性が大きいと考えています」というコメントをもらっています。つまりこれらの方々は、学とみ子の発言から学とみ子もLetter論文が捏造だったことを認めたと解釈されてます。学とみ子も、世の中の多くの研究者同様、Letter論文が捏造論文であると断定したと解釈されています。当方と意見が一致していました。今でもそうですか？
ちなみにArticleがES細胞を使った捏造論文で、Articleで示されたSTAP細胞は否定されたのですからこのSTAP細胞を使ったLetter論文も捏造論文であると言えますが、「実験に参加した複数の研究者が協力してでたらめな論文を書いた」とはいえません。今回のようにデータの提示が小保方氏からだけで論文が作られた場合は小保方氏が捏造データを提示したら共著者が小保方氏を信用していると捏造論文は出来上がります。これを共著者が捏造に協力したとは言いません。だまされたと言います。まさに学とみ子の論文実験の多くを小保方氏が単独でやって、かつ、小保方氏が若山研究室スタッフをだましながら、データを捏造しまくらないと、STAP論文は完成しないですよ。という発言は極めて要領よくまとめた文章であるということです。（後日、この文章は反語だという言い訳がありましたが、誰が読んでも反語ではありません。学とみ子の意図を表していないのなら、中学生でもわかる構文を使いこなせないということになります。国内最高の教育を受けた博士号を有する方とはおもえませんね。）
＞学とみ子
Letter論文は捏造データからなる論文という考えは変わったのですか？
「ため息さんは、わからないことが一杯あるみたい・・・。」 ← 全く当方のコメントの意味が理解できないようですな。
「わからないことが一杯あるみたい」という発言は当方のコメントに「何がわかるのですか？」というのが羅列していることを指しているのでしょう。この学とみ子への「何がわかる？」質問の羅列は、学とみ子がLetter論文を捏造だと判断しているのに、Letter論文に対する桂調査委員会報告書の記述がが十分でなくわからないというクレームをつけていることに対して、仮にその不十分なことが説明できるようになって、どういう意味があるの？という意味なのですが、わからないようなので、ここに書きました。繰り返します、学とみ子が桂調査委員会のLetter論文の調査が不十分だというクレームは、Letterr論文を捏造だと断定しているのに何の意義があるのですか？
「レター論文は、ESねつ造説（ES細胞を使ったデータ捏造説）に不利となる理由がわかりましたか？」という学とみ子の質問は、上記の質問とは異なり、わからないから教えてということです。当方の推測は書きましたがこれでいいのですか？
「ヒント：RNA-sec解析をする時には、得た大量のリードをマウスのレフェレンスゲノムへのマッピングを行う。遠藤さんもやった作業です。彼もマウス系統を当てました。SNPを用いる作業だから、必然的にある程度のマウス系統を知ることができます。ため息さんはRNA-sec解析のやり方をAIに聞いたことがないのでしょう。」 ← これが当方の「学とみ子は当時、RNAseq実験で細胞の系統が判明できていた・できたはずと思っていたのは間違いないでしょう。」という発言に対するヒントなんですか？
2017/06/11の記事で2017/6/14(水) 午後 7:27[ STAP ]さんが当時のRNAseq解析では「遺伝子発現プロファイルを調べる事にのみ使われ、細胞の起源を知る事には使われていない」と説明されたのが理解できてないのですね。確かに遠藤氏は後になってRNAseqの公開データから、サンプルのもとになった細胞の系統やGRFの起源を推定しましたが、実験当時はRNAseqのデータをそのような目的で使ってない・解析してないからサンプルのマウスの系統などわかってなかったのです（小保方氏はどのESを使ったかが実はわかっていたかもしれません）。
「ため息さんの文章で「当時はサンプルの細胞の系統がわかっていたわけではない」と言っているけど、残ったRNA-secサンプルから、マウス系統を決めることができているじゃあないの？なんで、そこがわからないのかしら？」 ← はい上記のように当時はサンプルのマウスの系統は不明のままで、後に遠藤氏の解析あるいは桂調査委員会の段階で明らかにされ、小保方インチキの疑いがさらに強まったのです。まだ上記の[ STAP ]さんのコメントが理解できてないの？
学とみ子の「マウスの系統についての情報が無い人が、RNA-seqおよびChIP-seq実験を単独で行うことはできないのである。」に対し当方が、当時マウスの系統がわかっていないのに実際に小保方氏が単独でRNA-seq実験をしたわけですから、学とみ子のこのような発言は事実を無視しているということなんですけど、当時使用マウスの系統がわかっていたという偏見を持つ学とみ子の妄想脳では理解不能なんでしょね。
「RNA-seqおよびChIP-seq実験そのものの手技とは関係なく、実験前に、調べるべき細胞を選ぶ時に、マウス情報は必須だという意味ですね。」 ← 別にRNA-seq実験とは言わず、STAP細胞のような遺伝子解析を伴う研究では、使用マウスの系統を知っている必要があるのは常識でしょ？それがないから桂調査委員会から小保方氏は批判されたのですが、実は、小保方氏はわかっていて、後に遺伝子解析でマウスの系統など調べるわけがないとして、手近にあるES細胞を適当に使ったと疑われるわけです。中国からの研究生の若山研の冷凍庫に保管されていた凍結した細胞を一箱自分の冷凍庫に隠しておいたのも、他のES細胞を確保しておくためだったと疑われるわけですね。
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