いやー、めちゃくちゃですね。
学とみ子のSTAP細胞はキメラにならないのだそうです。
学とみ子の意味するSTAP細胞は、キメラは作れないって、以前から言ってるじゃないの？
唖然としますな。以前から言ってる？？どこで？どうやら見逃したようですので、これが書いてある記事をお示しください。
撤回された論文とはいえオリジナル論文でのSTAPとは「強い細胞ストレス下で初期化され多能性細胞へと変化する現象」で「刺激惹起性多能性獲得（Stimulus-Triggered Acquisition of Pluripotency、STAP）」といい、初期化された細胞をSTAP細胞と名付けたわけです（理研のプレスリリース体細胞の分化状態の記憶を消去し初期化する原理を発見を参照）。つまり細胞外からの刺激によって多能性能力を獲得した細胞をSTAP細胞と呼んだわけです。この定義にしたがって、これまで多くの方々が議論してきました。勿論、桂調査委員会でもです。この「多能性獲得」はこの細胞がキメラ動物に貢献することで証明されたとしたわけです。またACTHを含む培養液で培養することによっても幹細胞という多能性を持つ細胞に変化させることができたとしたわけです。
この定義を学とみ子は勝手に変えて、多能性が証明されなくてもいいというわけです。つまり細胞外から強力な刺激、致死になるような酸等の刺激を与えたとき生き残った複数の初期化蛋白を合成することができるが多能性はない細胞ななんだそうです。
科学は定義がしっかりしていないと議論にならないのは学とみ子ですらわかることかと思います。しかし、学とみ子はその定義を自分だけに通用するように勝手に変えて主張するわけですね。ですから当方を含めた他の方は学とみ子はデタラメを言うとするわけです。いつから学とみ子のSTAP細胞はキメラにならないということになったのでしょ？めちゃくちゃですね。もし学とみ子の言うような細胞なら多能性を獲得していなくてもいいわけで、STAPのAPを除くべきだとは思わないのでしょうかね。APの意味がわからないからしょうがないか。しかし、酸浴したら統率のとれない遺伝子の発現が生じた細胞を研究する意義とはなんでしょね。学とみ子は多能性を示すことができなくてもいいから研究するわけですか。
こういう共通の定義を持たない方がどうして科学的議論をしたい、しているというのでしょうか？めちゃくちゃですね。
こっちが猫だ、猫の性質はこうだといっているときに、同じ猫と言うけれど実は犬の性質を語る方とは誰も議論できないです。
ため息さんは、丹羽論文、相澤論文における、小保方主張のSTAP細胞作成の成功を読み取れないなら、相当に英語力、科学力が低いんじゃないの？
「小保方主張のSTAP細胞」とは上記の「細胞外からの刺激によって多能性能力を獲得した細胞」です。小保方氏が筆頭著者の撤回された論文に書いてある細胞です。違うとでも言うの？小保方氏のSTAP細胞とはOctを発現していればいいの？「多能性能力を獲得した細胞」は丹羽論文、相澤論文で作れないといっているんですよ。英語力、科学力がないのは学とみ子の方ですな。
へちま
またいつもの学とみ子の書いてないことを書いてあると主張するのが始まった。
学とみ子曰く：「桂報告書がでて、そこに、「小保方氏の責任は問えない」との文言が何回も出てくることになりました。これで、ESねつ造説をはすでに排除されたと考えて良いと思います。」だそうです。
桂調査委員会報告書を検索すればわかりますが、「小保方氏の責任は問えない」という表現はどこにもないし、そのようなな内容は書かれていません。逆に「この責任は大部分、小保方氏に帰せられるものである。」「図の作成や実験を行った小保方氏の責任と考えられる。」という文章があります。論文を撤回することになった責任は小保方氏だけではないが、実験結果を捏造した、データがない等の実験研究論文の最も基礎の部分がでたらめであると断定し、そこは小保方氏に責任があると明記しているのです。デタラメを書かないでください。
桂調査委員会報告書に「（桂調査委員会報告書に）ESねつ造説をはすでに排除された」などとは一切書いてありません。デタラメばかり言わないでください。嘘は書かないでください。
「混じったESはFES1ではなく、小保方氏の冷凍庫にあった129/GFP ESであると決まってしまいましたね。」 ← そんなことは何処にも書いてありません。嘘を書くな。
「BCA論文が出て、小保方氏が扱える期間では、FES1から129/GFP ESにはなりえないの事実も示されました。」 ← そんなことは何処にも書いてありません。嘘を書くな。
「理研には、ESねつ造説には反対の人たちも多かった」 ← 根拠のない妄想です。
「ESねつ造説普及を画策する学者たちは、活動の結果、岸氏とか、政府周りの学者たちを、ESねつ造信者にすることができました。」 ← 根拠のない妄想です。
「笹井氏や丹羽氏が、科学の真実に基づいてSTAP細胞を説明しても、マスコミは笹井氏や丹羽氏の正当性を認めませんでした。」 ← 疑問を挙げたのに、答えることができなかったのです。結果、ES細胞の混入だったわけでマスコミの追求は正当だったわけです。
「もし、小保方氏のSTAP細胞作製が偽物なら、そんな簡単なこと、専門家ならすぐわかるんですよ。」 ← 若山氏、笹井氏、丹羽氏という専門家は騙され、論文が完成してしまったのです。学とみ子が「論文実験の多くを小保方氏が単独でやって、かつ、小保方氏が若山研究室スタッフをだましながら、データを捏造しまくらないと、STAP論文は完成しないですよ。」と書いた通りです。
「STAP細胞作製が偽物なら、再現実験を実施しようなんての話にはなりません。」 ← 意味不明。ニセモノとの疑いがあったから、理研は論文撤回で済ませたかったのに、いやいや検証実験をしたんでしょ。
「理研は、再現実験の目的を、キメラ作成に置いたのです。」 ← 若山氏が参加するかどうかとは関係なく、「多能性獲得」の証明をするためです。キメラができれば、一切の疑問は吹っ飛んで論文の結論が正しいことが証明されるからです。
「再現実験を準備する前には、若山氏の参加を期待したし、若山氏の助言を期待したんですよ。」 ← 相澤氏は若山氏が参加しなかったと言っていますが、相澤氏は若山氏が参加しないのはわかっていたと思いますよ。再現実験ですからできるだけ同じ条件で行ったと報告したいので、若山氏がキメラを担当しなかったと書かざるを得ないだけの話です。若山氏はだまされた、キメラができるわけがないと思っていたのでしょう。したがって、もし検証実験に参加してもキメラができないわけで、できないのは若山氏がわざとできないように操作したなどと言われるに決まっているから参加などするわけがないのです。
学とみ子曰く：「今、ため息さんがやるべき事は、丹羽氏、相澤氏の検証実験結果を示して、学とみ子に反論することです。SNP解析も、反論できてません。」
学とみ子の主張「丹羽論文、相澤論文における、小保方主張のSTAP細胞作成の成功」を当方は丹羽氏、相澤氏の論文を読んで否定しました。「小保方主張のSTAP細胞」とは小保方氏が筆頭著者の論文にある「細胞外からの刺激によって初期化され多能性能力を獲得した細胞、キメラになる細胞」で、学とみ子のいう「キメラにはならない細胞」ではありません。小保方氏はキメラにならない細胞をSTAP細胞とは呼んでいませんからね。
はい、論文を読んで反論しましたよ。学とみ子の主張する「SNP解析」とはなんでしょね？
当方が酸浴したら統率のとれない遺伝子の発現が生じた細胞を研究する意義とはなんでしょね？と聞いたら、学とみ子曰く：「酸浴の刺激が、初期化遺伝子制御を変えたのですから、ここから色々な方向に向かって研究の可能性があります。
当初は、酸浴刺激は、エピジェネテクスを大きく変える刺激なのではないかとのスペキュレーションもあったようですが、そこが証明される前に、すぐES混入説が出てしまいました。」
初期化遺伝子だけが発現したとかなら意義があるでしょうけど、他の遺伝子も同様に制御されることなしに発現している可能性もあるわけで、目的は統制された初期化遺伝子の発現ならいいですけどね。しかし、「初期化遺伝子制御を変えた」のなら、小保方氏が若返り云々と発表記者会見ででっち上げたようなことが期待されるわけでしょ？「色々な方向」とは何さ？初期化、多能性以外に、初期化遺伝子の発現に意義が出てくるのさ？
「最初から、これは行ける、これはダメと言うことが決まらないのが研究です。」 ← 科学研究などしたことのない学とみ子がもっともらしく言うわけですか？「刺激したらOctが発現した、これはいける」ということでスタートした研究だったんでしょ。Octの発現が意味があるかどうかわからないのに「いける」と決めつけて、そして「いける」ように捏造したわけですね。
「酸浴刺激は、エピジェネテクスを大きく変える刺激なのではないかとのスペキュレーションもあった」 ← そりゃ、論文がfakeでないという仮定からの想像ですな。Fake だったので霧散しちゃったのは当然ですね。
若山氏が検証実験に参加しなかった件で、学とみ子曰く：「理研が若山氏に期待したことは、検証実験でキメラができるかを確かめさせることではなく、研究の主催者としてES混入疑惑についての研究室の見解をまとめもらうことでした。」
ちがいます。理研のＳＴＡＰ現象の検証結果にある
２−（１）検証の目的と概要 を読んでください。論文にある①キメラマウスが得られたこと②分化能を有する ES 細胞様の STAP幹細胞が得られたこと③ TS 細胞様の FI 幹細胞が得られたこと、が実現できるかを検証するのであって、ES細胞の混入疑惑に答えるものではありません。
ですから若山氏の参加の有無とは関係なく論文に記載されているように再現実験をしたのです。
嘘、デタラメを書かないでください。
いやあ素晴らしい。
うむ。最後の公式発言において笹井先生は酸浴など物理的刺激による多能性の獲得は一連の実験では存在していなかった旨を仰っている。
《学とみ子説は何も反していない。》のだから、多能性の獲得はなかったと学とみ子氏も認めているわけですね。
ううむ。多能性の獲得はなかったと学とみ子氏は、再度、認めているわけですね。
いやあ素晴らしい。
擁護派が維持していた戦線から後退し、かねてより御自身が掘っていた塹壕にみずから転落なさった。
いやあ素晴らしい。
学とみ子曰く：「因果関係をひとつひとつ丁寧に説明しないと、ため息さんは、理解できない人だ。」
はい、そうです。ですから学とみ子が定義したSTAP細胞というのは以前どこに書いたのですか？聞いているのです。答えがないのなら、今回始めて、「酸浴等のストレスを与えてOctが発現しているがキメラにはならない細胞」といったとしてこれが学とみ子のSTAP細胞と定義されたとします。
「丹羽氏、相澤氏の論文を空で思い出す」必要はないです。公開されているので読みに行けばいいわけです。
ＳＴＡＰ現象の検証結果にある２−（１）検証の目的と概要を読んでください。論文にある①キメラマウスが得られたこと②分化能を有する ES 細胞様の STAP幹細胞が得られたこと③ TS 細胞様の FI 幹細胞が得らたことが実現できるかを検証するのであって、ES細胞の混入疑惑に答えるものではありません。
「ため息さんが、論文を読んで理解していることが、周りの他人が理解するのは、ため息さん自身でないようを論じている時であり、ため息さんが「はい、私は読みました」と言ったところで、周りの人は納得しませんね。」 ← 意味不明。「ため息が論文を読んで理解していること」が主語ですね。これが「ため息自身が内容を論じている時」である、とはなんでしょ？
「ため息が読んだ」といっても「周りの人は納得しません」という根拠はなんでしょ？
意味の通る日本語で表現してください。
あらま、すぐに書き換えちゃいましたね。
が
に書き換えられました。
今度はまともな日本語になりました。しかし、主張は誤りです。当方は特に努力することなしに、論文の結論を正しく読み取っていると思います。その例として先のコメントにありますように、丹羽氏の論文では「STAP現象は再現しない」と、そして相澤論文の結論を「小保方氏が作成した”STAP細胞”はキメラにならなかった」と極わかりやすく書いてあります。
学とみ子はこれらの論文には「学とみ子のSTAP細胞ができたと書いてある」と主張するのですが、どうしてそのようなことが言えるのか説明をしたことがないでしょ？論文内容を深掘りし、考察し説明してごらん。そのためには「学とみ子のSTAP細胞」を再度定義してね。そうでないと、当方の説明に反論できないですよ。
それより、この上のコメントで「嘘を書くな、デタラメ言うな」という当方の発言に反論してごらん。できないの？嘘・デタラメだからね。
ハンニバル・フォーチュンさん
学とみ子が転落したのは、他の擁護の方も入れる塹壕ではなく、学とみ子だけしか入れない蛸壺ではないでしょうか？
学とみ子曰く：「でも、学とみ子は、ため息さんから科学に基づくしかるべき反論を期待してます。まずは、丹羽論文、相澤論文において、STAP現象があったと書かれている部分をしっかり抑えてくください。」
お答えしたいのですが、学とみ子に言わせると「学とみ子の意味するSTAP細胞は、キメラは作れない」わけですから多能性はないということですね。多能性がある＝キメラに寄与する、キメラになった＝多能性がある という論理はよろしいですよね。
ではこの多能性のない「学とみ子のSTAP細胞」に対応する「学とみ子のSTAP現象」とはどんな現象なんでしょ？これがわからなければ、答えようがないです。
理研のＳＴＡＰ現象の検証結果によると「STAP 現象は、マウス新生児の各組織の細胞（分化細胞）を一定の条件でストレス処理すると、多能性をもつ未分化細胞にリプログラミングされるという、上記研究論文に記載された現象である。」とあります。「多能性をもつ」ことは「キメラに寄与できる」ことで証明されるわけですが、「学とみ子のSTAP細胞」はキメラにならない、すなわち多能性がないということですから、この理研の「STAP現象」の定義と「学とみ子のSTAP現象」のそれはおのずから異なると思われます。
「学とみ子STAP細胞」と「学とみ子のSTAP現象」とはなんでしょ？それぞれの定義を述べてください。
当方が猫についてその性質を議論しようとしているのに、学とみ子は同じ「猫」といいながら犬の性質を述べているのなら、議論になりませんからね。
学とみ子がoTakeさんの「あの日」に書かれた嘘を講談社に批判文書を送った件について曰く：「それぞれ、どの出版社も、弁明の準備はしています。こうした焦点外れの答をもらって、質問者は、なぜ満足してしてしまうのですかね？出版差止め要請は、若山研究室は出せるんじゃないですか？」
oTakeさんのコメントの何処を読んでいるんでしょ。
oTakeさんが講談社に嘘ばかり書いてあると批判した → 講談社はoTakeさんに著者が書いたことだからとの返事 → oTakeさんは若山氏ではないから出版禁止等の裁判にすることはしないとした
極めて普通の当然の行動ですが、これに対して「焦点外れの答をもらって満足している」と評価する学とみ子の方が「社会的常識は、一般レベルに達してない」としか言えないですね。出版差し止めを訴えることができるのは「若山研究室」ではなく若山氏ですね。若山研究室は山梨大学の組織ですから山梨大学が裁判を起こすことになりますが、あの日に書いてあるのは山梨大学の職員としての若山氏に対する誹謗ではないのですから、若山氏個人が訴えるのが常識でしょ。oTakeさんもおっしゃるように、若山氏は小保方氏の評価が定まっているわけですから放置するのが一番の得策としているのですね。若山氏にとっては思い出したくもないいやな事件だったわけですからね。
Dさん
＞まあ、エセ暴露本を買ったが、日記を買わなかった信仰者がいる時点で大した信仰ではないと思いますけれど。
https://nbsigh2.com/?p=23179#comment-19688
Amazonレビューで議論していた時期、「日記までは小保方氏を擁護していたけど、文春のグラビアで目が覚めた」と仰っていた人がいました。かなり強固な「若山ガ～」でしたけど、普通に考えればわかることですものね。
しかし
＞個人の手記のファクトチェックなんて、雑誌社にできません。でも、責任ある大手出版社なら、ある程度にチェックしている項目はあるでしょうよ。裁判になれば出てくるものもあるかもしれません
ttps://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1887.html
この人は一体何が仰りたいのでしょうか。
「ファクトチェックなんて、雑誌社にできません」と言いながら「責任ある大手出版社なら、ある程度にチェックしている項目はあるでしょうよ」とは？
oTakeさんは大手出版社である講談社が「ファクトチェックをしていない」と述べた、ということを仰っているのですが、本当にoTakeさんのコメントの何処を読んでいるのでしょうね。
擁護の方々は「あの日」を読み、「出版社はファクトチェックしているから手記の内容は正しい！犯人は若山だー」と騒ぎたて、その主張は学とみ子氏のブログでも散見されましたが、学とみ子氏はそれについて反論することはなかったですよね。「ファクトチェックなんて、雑誌社にできません」と思っていたなら、「あの日」を根拠に若山氏を犯人扱いする人たちに対して苦言を呈してもいいはずですが、彼女は決してそのような発言はしませんでした。
散々言われていることですが、「あの日」には著者の都合の悪いことは一切書かれていません。科学を科学で反論できなかった研究不正者が、他の研究者に対して責任転嫁、誹謗中傷している内容について何故信じられるのか、著者と一緒に他の研究者を誹謗中傷できるのか、私には全く理解できません。
因みに、若山氏が犯人だと騒いでいる人にお聞きしたいのですが、若山氏がES細胞で捏造したとすると小保方氏の冷凍庫に在った〝129/GFP ES”のサンプルに貼られていた手書きのラベルも若山氏が書いた、ということになると思いますが、ちょっとあり得ないですよね。小保方氏は若山氏の筆跡をご存じだと思いますし、問題となるES細胞に自身の痕跡を敢えて残すとは考えられませんから。
学とみ子が当方に対して曰く：Octに関する原著論文を、少なくても20編位は読んでから論評しなさいよ。
はい、ではOctに関する論文を２０いや２００篇も読んだであろう学とみ子に質問します。
「学とみ子の意味するSTAP細胞は、キメラは作れない」ということですからPluripotency多能性をAcquisition獲得できなかった細胞なわけです。そのような細胞にOctが発現する意義とはなんでしょう？Octに関する論文を２０いや２００篇も読んだであろう学とみ子ですらOctは多能性を維持する・分化を抑制する転写因子であることはご承知でしょう。これを踏まえて、「学とみ子のSTAP細胞」はOctを発現するのに多能性がない（キメラにならない）とはどういうことなんでしょうか？また、この現象は「酸浴の刺激が、初期化遺伝子制御を変えたのですから、ここから色々な方向に向かって研究の可能性があります。」としていますが、例えば、このストレスに晒されるとOctは発現するということの意義を、色々ではなく、具体的にお聞かせください。当然、がんの発生とOct転写因子の関係は議論されている（例えばhttp://www.saitama-med.ac.jp/jsms/vol37/01/jsms37_038_042.pdfなど、Oct4 転写因子 がん で検索すると色々ある）と思いますので、この点でもいいですが、酸に晒すことが、これまで行われていたOctとがん発生の研究になにか光明を与えることがあるのでしょうか？小保方氏はがん発生メカニズムではなく新しい多能性細胞を作った夢の「若返り」細胞だといったことをお忘れなく。またOctは発現するがうまく初期化の制御ができていないなどという妄想はやめてください、無秩序にOct等が発現することに意義があるのなら、その意義を唱えてください。
学とみ子の当方に対する質問：
にお答えします。
当方は、小保方氏を始めとする論文著者あるいは関係者が具体的にどのような実験プロセスを踏んだかはわかりませんので、桂調査委員会報告書等の限られた情報源から考えられることを述べています。これは学とみ子も同様と思いますが、以下の当方の返事に異議があるのなら、その根拠を添えて反論してください。
①混入した細胞は小保方氏の冷凍庫にあった129/GFP ESではないと思います。桂調査委員会報告書p6では「STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、および129/GFP ESは同一の細胞由来であり、ES細胞FES1と同一、あるいはそれから派生した株の可能性が高い、と結論づけた。」とあります。つまりどの細胞かは断定していません。そして桂調査委員会の記者会見で使ったスライドの１１枚目の近縁の程度を示す数値（和モガ氏にならって近縁率とします）を見るとFES1は明らかにFES1、CTS1、129/GFP ES３つの細胞グループと異なります。99.9% か 99.1~99.3% かということです。これは学とみ子も認めているところで、したがって学とみ子もFES1が混入したとは思ってないでしょ。では混入したのが129/GFP ESなのかその親に相当する培養細胞なのかは、129/GFP ESに対してこの近縁率でいうと99.95（FLS3）、と99.93%（CTS1）という数値で判断できるかどうかわかりません。
細胞株を解凍して利用するときは当然、増殖させて使うでしょう。解凍したものをそのまま使うとは考えにくいです。さらに使う可能性を考えると増殖させてキープするでしょうね。とすると冷凍庫に残したサンプルは、親となる培養株を分けて保存したものと考えるのが当然です。という意味で129/GFP ESそのものを混入させた・混入したというより、混入させた・した細胞株を分けた細胞株の一つが129/GFP ESであったと考えるのが普通だと思います。桂調査委員会は129/GFP ESであったと断定していません。そのようなことを判定する意味が委員会にはないからです。和モガ氏の近縁率の論理にしたがって桂調査委員会の出したデータを判断すると、もっともありそうなのは当方の掲げた図です。
②FES1から129/GFP ESになる期間についてですが、以前にも、例えば単一細胞に分離し、その単一細胞を増殖させたらSNPの変化は細胞株全体に共通になりますといいました。つまりSNPsの伝搬は培養条件で異なるでしょう。FES1から129/GFP ESができたのは確実ですが、その間どのような増殖株分けをしたのかがわからないから、SNPsの量と培養期間を簡単に対応できないと思います。学とみ子には例えばFES1と129/GFP ESには、上の近縁率の値が99.28%なわけですが、この値の違いを生ずるための期間はどのくらい必要なのかデータがあるのでしょうか？あるのならその根拠を添えて、この変化は小保方氏が理研に滞在した期間ではできないと主張すればいいのです。当方には、該当期間にこの程度の変異が生じうるかできそうにないのかの判断はできません。このくらいの変異があってもおかしくないから桂調査委員会では特に問題にしなかったものと思います。
はい、質問に答えました。昨日行った質問
①学とみ子のSTAP細胞
②学とみ子のSTAP現象
の定義を、オリジナルの論文とは違うはずですから、ご教授ください。
また今回の「学とみ子のSTAP細胞」はOctを発現するのに多能性を獲得しないというのは、どのような研究の発展に結びつくのでしょうか？
にお答えください。
＞学とみ子が、「ファクトチェックはできない」と書いた文章と、「ファクトチェックはしている」と書いた文章が矛盾すると思うみたいです。
「できない」と、「してない」の違いがわからないのでしょうかね。
https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1887.html
ちょっと意味がわからないですね。
繰り返しますが
『講談社側は小保方氏の手記の内容について、事実確認（ファクトチェック）をしていません。手記内容に対する数々の指摘がございますが、虚偽や出鱈目、誤魔化しがあってもそれは小保方氏によるものです。』
とあるように、講談社は小保方氏の手記に対して「事実確認（ファクトチェック）をしていません」と述べているのです。これは、できるか否かの問題ではなく、講談社はファクトチェックを「していない」ということです。
「出版社はファクトチェックできるけどしていない」という言い方なら分かりますが、学とみ子氏は「ファクトチェックなんて、雑誌社にできない」と書きながら、「責任ある大手出版社なら、ある程度にチェックしている項目はある」と書いているのです。
もっとも、筆頭著者は幹細胞の作成を「できない」としながら、実際にFI幹細胞の作成を「していた」ようですから、あり得る話なのかもしれませんが。
久しぶりに学とみ子氏からコメントをいただいたのでお返事したいと思います。
https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1887.html
＞あり得ないとか、言うのはおかしいでしょう？学とみ子からすれば、体内時計さんの考えがあり得ないです。
何故でしょう？
学とみ子さんが捏造者だとして、その捏造したツールに自分の筆跡があるものを残しますか？あり得ないでしょう？
＞全てが、闇のままなんですよ。小保方氏も、あきらかにしてないんです。誰がラベルを書いたかは分かりません。
はい。誰が書いたのかはわかりませんが、少なくとも小保方氏がラベルを見たときに、誰の筆跡なのかを彼女が判断できるような人物ではないと思います。
＞第三者は、色々考えるしか手がないのですが、その時に、科学が必要なんです。
「科学が必要」と考えるのであれば、小保方氏がデータを出さないことをスルーするのは何故でしょう？いくら論文を読んでもデータが本物か出鱈目かもわからないのですが。
また、「学生」さんのような専門家と思われる方の意見を聞こうとしないのは何故でしょう？学さんの言う「科学」とは、小保方氏がES細胞で捏造していない可能性を見出せる科学でしょ？小保方氏にとって不利になる科学や専門家の意見には耳を傾けようとはしませんよね。そんなのは科学でも何でもありません。宗教です。
＞体内時計さんは、小保方氏の手元では、混入株にはなれないと理解してますか？
恐らく、学とみ子さんはBCA論文の”30%”のことを根拠にそのように思われるのかもしれませんが、それも近縁率と同様、ため息さんの
「細胞株を解凍して利用するときは当然培養増殖して使うでしょう。解凍したものをそのまま使うとは考えにくいです。さらに使う可能性を考えると増殖させてキープするでしょうね。とすると冷凍庫に残したサンプルは、親となる培養株を分けて保存したものと考えるのが当然です。という意味で129/GFP ESそのものを混入させた・混入したというより、混入させた・した細胞株を分けた細胞株が129/GFP ESであったと考えるのが普通だと思います。」
https://nbsigh2.com/?p=23212#comment-19715
このコメントで説明が付くと思います。
学とみ子さんは”30%”に強くこだわっていますが”differ slightly “を無視しています。この”differ slightly “が「小保方氏の手元では、混入株にはなれない」理由になるとは思えませんし、そのような主張も学とみ子氏以外で聞いたことがありません。
ため息さんが仰っているように、私も小保方氏の冷凍庫に在った”129/GFP ES”は直接捏造に使われていないと思います。
例え話ですが、以前、カスピ海ヨーグルトというのが流行っていたと思います。我が家でも母親がご近所から種（Aとします）を分けてもらい家で発酵させて作っていました。大量にできるのでいくつかの容器に分けて保存（Bとします）していたのですが、残り少なくなったころ、母親は自分で発酵させたカスピ海ヨーグルトをさらに増やし（Cとします）、一時期冷蔵庫がヨーグルト一杯になっていた記憶があります。ここで言うAはFES1だとすると、Bは捏造に使われたES細胞、そしてCが129/GFP ESだと私は理解しています。理由は色々ありますが、ここでは書きません。また、この推理だと和モガ氏の近縁率説も説明できるかと思いますが。
＞セイヤさんの説明の理解を、もっとしっかり読む事をおすすめします。
あの人は、一研究者・教育者時代からいくつもHNを変え、在米ポスドクさんや感想さんのような素晴らしい専門家の方から何度も説明を受けたにも拘わらず、「若山ガ～」から抜け出せない人です。そして「あの日」を読んで「やっぱりな」と納得してしまう人です。
挙句の果て、目を覆いたくなるような卑猥で汚らわしい言葉や差別の言葉を平気で公共の場に晒すことができる人です。
わたしとは住む世界が違う人だと判断しましたので、そのような人物の説明には興味がありません。
因みに、そのような人物のコメントを敢えて承認するブログ主の倫理観も理解できません。
学とみ子が当方が回答したのに曰く：「ため息さんは従来の議論を繰り返すだけです。」だそうです。そりゃそうでしょ。何か新しい知見がでてきたわけではないのですからね。あ、いや違っった、『「学とみ子のSTAP細胞」はキメラにならない、多能性がない』というのは新しい知見です。
「129/GFP ESについては、すでに当ブログに書いたように、幹細胞作成過程で、129/GFP ESが混入した後、さらに培養された後、凍結したかもしれません。」 ← はて？「幹細胞作成過程で、129/GFP ESが混入し」その後「さらに培養された後、凍結した」だったら、現実に冷凍庫に凍結保存されていたのが「129/GFP ES」なわけですから、その前の「幹細胞作成過程で混入したのは129/GFP ESの親の細胞」ということでしょ。繰り返すとこの学とみ子の推測は「129/GFP ESの親株の細胞」が幹細胞に混入し、子株の129/GFP ESが凍結保存されていたということですよね。つまり、「129/GFP ESの親株の細胞」というのは当方の図の細胞Aではないですか。意見が一致しましたな。混入したのは129/GFP ES細胞ではなく、その前の親株であるA細胞である（当方の図では、わかりやすく幹細胞の前の細胞をB細胞、C細胞と描いていますが、B細胞、C細胞はそれぞれ幹細胞と同じでいいとしています）わけですね。
「今のところ、ため息さんは新知見を見つけて、反論する力がありません。同じ説明の繰り返しです。」 ← はい、学とみ子と、当方の昔の説明と意見が一致しました。めでたし、めでたし。
え？違うとでも言うの？？？
「ため息さんは、学とみ子の質問の意味がわからないのです。」 ← わかっているから、答えたところ、学とみ子と意見が一致したわけですね。よかったですな。
②についても答えていますよ。学とみ子の反論は？繰り返しますが「小保方氏が理研にいた期間ではこのような変異量が生じない」という学とみ子の主張に対しては「培養増殖の過程がわからないからこの変異量と小保方氏滞在期間との関係はわからない、桂調査委員会も問題にできなかった」が答えです。学とみ子は根拠を添えて「小保方氏の滞在期間と変異の量」を論じてください。
当方は、学とみ子は満足しなかったかもしれませんがまともに答え、さらに当方の答えに対する学とみ子の反応にも答えたのですから、学とみ子は当方の質問に答えてください。
①学とみ子のSTAP細胞とは？
②学とみ子のSTAP現象とは？
③Octを発現するのに多能性を獲得しない細胞は、どのような研究の発展に結びつくの？
学とみ子曰く：裏をいろいろ考えるセイヤさんが、ため息ブログメンバーの幼稚性に切り込みました。だそうですが、セイヤ曰く：「ファクトチェックと言っているけど学さんの発言に根拠はあるのかという意味なら、学さんは小保方氏に捏造は無理だとさんざん言ってきたことがそれだ。」などという論理も、証拠も示すことのできないおっさんが当方等のどこに切り込みをいれたのでしょ？
このセイヤの言い分は、「学とみ子の発言の根拠は学とみ子の発言にある」ですからね。こんなトンチキを相手にする学とみ子がおかしいという体内時計さんの意見に同意します。
セイヤ曰く：その実験ではキメラは作製できなかった。だから小保方さんの作ったSTAP細胞塊はES細胞と関係なく、細胞塊はキメラができないということだ。では、なぜ若山氏はキメラはできたと言ったのか。 ← ES細胞の混入があった細胞塊を小保方氏から渡されたからです。こんな単純な話がわからないの？
セイヤ曰く：「僕は小保方さんに騙されました」と自分の恥を天下に晒している。 ← 若山氏が正直であることを示しています。実験データを提出しない小保方氏に比べたらはるかにすぐれた人格者です。
「消防署の方（ほう）から来ました。」
と云いつつ
粗悪品の火災報知器や消火器を売り歩く詐欺師が昔いましたね。
「消防署から来ました。」ではなく「消防署の方（ほう）から来ました。」と言った、これは嘘ではないと逮捕された詐欺師が言うのですね。
「消防署の方（ほう）」とは、方角のことを言っているのだとの主張。
《消防署の職員であるとは一言も言っていないし》勝手に誤認した被害者が悪い、正当な商取引をしているのに何故俺が逮捕されるのかわからない、などと詐欺師が主張するのですね。
――
多能性を獲得していない細胞に
学とみ子さんが、「刺激惹起性多能性獲得細胞：STAP」とネーミングしているとするならば、
それは、
消防署の職員でもないのに
「消防署の方（ほう）から来ました。」
と言うやからと同じで、
詐欺師の振舞いですよ。
やめたほうがいいです。
ため息曰く：そのようなこと（混入したES細胞は129/GFP ESである）を判定する意味が委員会にはないからです。
これに反応した学とみ子曰く；何をバカなこと言ってるのですかね？理研の調査チームは、129/GFP ESの性状を示すことが、NGS解析の目的であり、混入株がFES１だと言うだけなら、NGS解析なんて必要が無いんですよ。これだけ説明しても、相変わらずため息さんは何も変わらない。だそうです。混入株がFES１だなどという結論は桂調査委員会報告書にはありません。NGS解析の結果、報告書p6「STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、および129/GFP ESは同一の細胞由来であり、ES細胞FES1と同一、あるいはそれから派生した株の可能性が高い」と結論できたのです。FES1あるいは129/GFP ESのどちらかが混入したとは結論していません。このように根拠を添えて何回も言っているのに、学とみ子だけが理解できないのです。今回、学とみ子は129/GFP ESのもととなった細胞（株）が幹細胞に混入したと考えた＊のですから、129/GFP ESが混入したと言わないでください。
＊学とみ子曰く：幹細胞作成過程で、129/GFP ESが混入した後、さらに培養された後、凍結したかもしれません。です。この「さらに培養された後、凍結」されて冷凍庫から発見されたサンプルが129/GFP ESですから、この学とみ子の発言は「幹細胞作成過程で、129/GFP ESのもとになった細胞（株）が混入した後、さらに培養された後、凍結し129/GFP ESとなったかもしれません。」と正確には表現んされるべきです。
「129/GFP ESの性状を示すことが、NGS解析の目的」 ← 違います。Acr-GFPを持つ細胞があるのはありえないから桂調査委員会報告書p6「Acr-GFP/CAG-GFPを持つES細胞FES1、FES2、ntESG1、ntESG2、および関連するマウス系統のゲノムDNA解析を行った」のです。その結果、「STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、そしてES細胞FES1並びにFES2、ntES1並びにntES2, および129/GFP ESの7株の第3染色体の同一部位に共通に存在することが判明した」のです。この結果が幹細胞はES細胞由来であると結論する一つの根拠になりました。129/GFP ESというサンプルがあってもなくても結論はかわりません。桂調査委員会の目的の一つが達成されたわです。129/GFP ESというサンプルがあってもなくても誰が混入させたかを判定できませんでした。129/GFP ESの性状を示したところで、論文が不正であったことに何ら変わりがありません。ですから在米ポスドクさんは「おまけ」とおっしゃったのです。129/GFP ESという細胞株が小保方氏冷凍庫にあったということは、確かに誰かがFES1を解凍し培養を続けていたということが確認できたわけですが、FES1の末裔が混入したという結論の重要な傍証にはなりますが、必須な証拠というわけではありません。
これだけ説明しても、相変わらず学とみ子は何も理解できないのですな。
ハンニバル・フォーチュンさんがおっしゃるように、学とみ子のSTAP細胞は、オリジナル論文や、皆さんの議論の対象となっているSTAP細胞とは異なるので、また同様に笹井氏が述べたSTAP現象も学とみ子のSTAP現象と違うわけで、さらにまた129/GFP ESは冷凍庫にあったサンプルで、学とみ子はその元になった細胞が混入したというのだから、この元になった細胞を129/GFP ESと言ってはいけないのです。詐欺師になりたくなかったら定義して、名前も「STAP細胞学」とかにしたらどうでしょ？
＞見た目での筆跡というのは、こうした事件性のある状況では、参考にならないのでは？確定が難しいです。
筆跡を似せて書くことは可能だし、ラベルの貼り換えることも可能です。
ある人が書いたラベルを、他の人が他の目的に使うとかなど、いろいろありますね。
小保方氏も含め、皆がだまっているのだから、話題にしても意味ないです。
ttps://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1889.html
過去の学とみ子さんのコメントですが、
『この【129／GFP ES】の筆跡が、誰のものかはわからないのですが、ES派や擁護派の間では、小保方氏の筆跡に似ていると評価されていたのかを知りたいです。
つまり、人々の間は、どのように噂されていたのか？を知りたいです。
2021/06/11』
https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1548.html
とあるように、学とみこさんご自身も筆跡に対して無関心ではなかったようですね。
これに対してOoboeさんのコメントがあるようですので、ご自身で確認してください。
＞STAP論文に、デタラメな記載なんてないですよ。
STAP論文にデタラメな記載があるとは書いていません。データが本物か出鱈目かもわからないと書いているのです。
報告書にも
・論文の図表の元になるオリジナルデータ、特に小保方氏担当の分が、顕微鏡に取 り付けたハードディスク内の画像を除きほとんど存在せず、「責任ある研究」の基盤が崩壊 している
・STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラマウス、テ ラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏だが、その実験記録も ほとんど存在しない。本当に行われたか証拠がない（行われなかったという証拠もない）実 験も、いくつか存在する
・STAP 幹細胞やキメラについて明らかに怪しいデータがある
この様に記載されています。これはどう説明されるのですか？これが学とみ子さんが仰る「真面目にとりくんだけど、実験者が気付かないところでミスがあった」結果ですか？
＞ところが、ESねつ造説に反対の立場の理研の学者グループは、FES1でなく、”129/GFP ES”であることを、NGS解析で確かめました。
？
調査グループはNGS解析により、「STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、および129/GFP ESは同一の細胞由来であり、ES細胞FES1と同一、あるいはそれから派生した株の可能性が高い」と結論したのですが。FES1or129/GFP ESのどちらが混入したとは結論していません。
ため息さんが何度も何度も説明されているのに、何故、理解できないのでしょうか。
ため息さんのご説明は本当に分かりやすいです。もっと謙虚な気持ちでコメントを読まれることをお勧めします。
学とみ子は当方が質問に答えたにもかかわらず、当方からの質問には答えず、体内時計さんのコメントに対してデタラメを書き連ねてています。
「STAP論文に、デタラメな記載なんてないですよ。」 ← ひどいね。
・博士論文の異なる実験の図の流用
・ゲル図の改ざん
・実施したことのない増殖曲線の創作
・筆頭著者本人が捏造と認めたメチル化の実験
・桂調査委員会報告書（以下報告書）p10「、Articleのメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有するSTAP幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfpマウスは理研CDBに導入された記録や飼育記録はないことから、これは誤記と考えられ、」
・報告書p11「Article Fig.2eとExtended Data Fig.4a-cに登場するSTAP細胞由来のテラトーマは、いずれもOct4-GFP+細胞の7日目細胞塊から由来したとされている。しかし、…、これらの図に登場するSTAP細胞由来のテラトーマは、ES細胞FES1に由来する可能性が高い。」
・報告書p12「、移植細胞に由来すると報告された小腸上皮（Article Fig.2e右）と膵臓（Article Extended Data Fig.4c）様の組織はGFP陰性であり、テラトーマに由来するものではなくホストマウスの組織である」
・報告書p15「、RNA-seqにおけるFI幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なっている」
・報告書p16「、未登録RNA-seqデータで用いられていた細胞株／マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いるとLetter Fig.2iは再現できない
・報告書p17「論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系統やGFP挿入のあるマウスの使用」
・報告書p22「Article Fig.3b 同一視野の写真とは考えられない…作図に用いた画像ファイルが本来の対応関係にないことは明白である。ControlのBright-fieldとOct4-GFPの画像が対応していないことは、取り違えによる」
・報告書p22「Article Extended Data Fig.2f Bright-fieldとOct4-GFP画像を重ね合わせると、同一視野から得られた写真ではないと考えられる」
・報告書p22「Article Fig.2b、3d、3g、Extended Data Fig.1a、Extended Data Fig.6dについて
エラーバーが不自然 ….小保方氏本人も図が不正確であると認識していた」
・報告書p24「Article Fig.1c、Letter Fig.3c-dの実験についても適切な測定条件のもとに実施されたのか、疑問が残るが、オリジナルデータを調査することはできなかった」
・報告書p25「論文に記載されたOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株が作製された証拠を得ることはできなかった…、LetterFig.2b-e、Fig.3, Extended Data Fig.5、Extended Data Fig.6はOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株ではない」
と論文には数々のデタラメ、誤り等が、意図してかエラーなのかわかりませんがあります。
「学とみ子の考えは、酸浴実験以後は、小保方氏が責任者として実験を担当してないと思いますよ。」 ← 何回も行っていますが、学とみ子どんな根拠でいっているのかわかりません。桂調査委員会報告書には「最終的に論文の図表を作成したのは小保方氏」「STAP幹細胞、FI幹細胞、キメラマウス、テラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏」とあり小保方氏はこれを否定していません。どうして学とみ子は根拠のないデタラメを書くの？
「酸浴実験以後の実験を主体的にやったのは誰なのか？を、桂報告書は公開しませんでした。」 ← 同上。小保方氏がやったと書いてあります。
「これは学とみ子の想像ですが、幹細胞、キメラ実験…小保方主張の正当性に関連する物的証拠を示すのではないかと思います。」 ← 学とみ子の妄想です。
「学とみ子文章が間違っている時は、学とみ子の科学理解が間違っている時です。…学とみ子が科学的間違いに気付けば、誠意をもって訂正します。」 ← 嘘つきめ。間違えていると指摘しているのに無視しているのは誰だ。
「突然変異を起こした細胞が1個から増えていくということを考えてはだめと、ため息さんに注意しましたから、ため息さんも理解したでしょう。」 ← そんな説明は聞いてない。何処でした？どの記事？例えば、１個の細胞から増殖させることは可能なのだから、そのような培養を行えば１個の細胞でのDNAコピーエラーはその細胞株に共通のSNPになるとはいいましたよ。
「ため息さんは、FES1が混じった事にしたいからです。」 ← そんなことは言ったたことがありません。細胞Aあるいは細胞Aからできた細胞が混入したのであってFES1が混入したとは思っていません。
「ESねつ造説に反対の立場の理研の学者グループは、FES1でなく、”129/GFP ES”であることを、NGS解析で確かめました。」 ← 嘘を書かないでください。どこにそんな記述があるのでしょうか？学とみ子でも129/GFP ESの元になった細胞が混入したといっているではないですか。
「ため息さんは、これからも、”129/GFP ES”が混じったとは言わないでしょうね。」 ← 言わないですよ。学とみ子も「129/GFP ES”が混じった」とは言わないのでしょ？「細胞Aのショック」はもう忘れたの？学とみ子が当方の図が正しいと解説した話だよ。１週間ほど＊ショックで寝てたでしょ。（１０日ほどと先に書きましたが１週間です。7/18に細胞Aを書いて 7/25まで次のSTAPに関する記事がありませんでした）
当方の質問に答えてね。
①学とみ子のSTAP細胞とは？
②学とみ子のSTAP現象とは？
③Octを発現するのに多能性を獲得しない細胞は、どのような研究の発展に結びつくの？
学とみ子は当方が質問に答えたにもかかわらず、当方からの質問には答えず、別の当方のコメントに対し何か、見当はずれです。とのことです。
この件はまず学とみ子が129/GFP ESについては、すでに当ブログに書いたように、幹細胞作成過程で、129/GFP ESが混入した後、さらに培養された後、凍結したかもしれません。と書いたことに始まります。「かもしれません」とありますが、他の対案を書いている、あるいはこの案が間違いであるということを示している文脈にあるわけではありませんから「幹細胞作成過程で、129/GFP ESが混入した後、さらに培養された後、凍結した」と学とみ子は考えていることになります。とすると下図のようになります。
しかしこの図の「凍結された細胞」というのは小保方氏冷凍庫で発見された129/GFP ESですから、おかしなことになります。つまりこの図の「129/GFP ES」は冷凍庫で発見された「129/GFP ES」ではなく129/GFP ESの親株になります。ですから学とみ子の主張を描くと
となります。単細胞の元、129/GFP ESの元はFES1に由来する細胞で「FES1の末裔」としました。
はい、この「FES1の末裔」は当方の図の細胞Aですね。
学とみ子の日本語を図にしてみました。どこが見当外れなんでしょ？
学とみ子は当方が質問に答えたにもかかわらず、当方からの質問には答えず、話をそらすために、別の当方のコメントに対し追記で反応しています。
当方が例えば１個の細胞から増殖させることもありうるというといったわけですが、学とみ子は「培養中の細胞集団では、そういう風に1個、1個の細胞を離して別ウエルで培養するわけではないから」との返事です。学とみ子もFES1を解凍して継代培養して129/GFP ESになったとしているのでしょうけど、どのように継代培養したかはわからないのでしょ？どうして、そのようなことが言えるの？FES1が129/GFP ESになるまでSNPsの違いからどのくらい年月が必要なのか、どうやって計算するの？小保方氏在籍中にはならないとどうして言えるの？根拠を添えて言ってみたら？当方は誰もわからないから桂調査委員会でも議論の対象にしていないと言っています。
「129/GFP ESの元でも、129/GFP ESの先でも、どちらでも同じですよ。」 ← また嘘を言う。 だったらどうして当方の細胞Aなどない「ため息さんの頭にあるだけの細胞」とか言うのさ。細胞Aは129/GFP ESですとどうして言わなかったのさ。都合が悪くなるとすぐ言葉を変えて逃げ出すわけだ。
＞以前から学とみ子が言ってますが、桂報告書には、小保方ねつ造で決着したい学者たちが影響を与えました。
学者の無知やら思いこみ、印象操作で逃げ切りろうとする学者の姿勢も、桂報告書に見えます。
それは学とみ子さんの勝手な思い込み、妄想ですね。
以前から何度も申し上げていますが、そのような根拠のない下らない妄想を書いて恥ずかしくないのですか？
科学の無知や思い込み？それは紛れもなくご自身のことでしょう？
＞しかし、理研には笹井派、丹羽派もいるんですから、小保方氏を守ろうとする人もいます。だから、小保方氏に有利となるような証拠も、桂報告書に盛り込んだのですよね。
笹井派？丹羽派？よくわかりませんが、そのような方々がいたとしても小保方氏を守ろうとしたのかはわかりません。そして、そうだったとしても、彼らが誠実な研究者であれば、事実を捻じ曲げて誰かに有利な証拠を調査報告書に盛り込むような行為はしないはずです。理研の研究者を侮辱しないでいただけませんか？
＞キメラ・幹細胞は若山氏の実験分担であることを明記し、幹細胞作製時のES混入の可能性を書き、不審な細胞129/GFP ESの性状を知っている人がいたことを桂報告書に示しました。
また出鱈目を書いていますね。
・[STAP 細胞作製] STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラ、またはテラトーマの作製にまで 到達できた STAP 細胞は、すべて小保方氏が作ったものである（P.14）。
・[STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラの作製] 小保方氏がディッシュの蓋などに載せて持 って来た STAP 細胞塊を若山氏が切り刻んでマウス胚に注入し、キメラを作製した。ま た、キメラ作製に使用した STAP 細胞塊の残りから、若山氏が STAP 幹細胞や FI 幹細胞 を作製した（P.14）。
・STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラマウス、テ ラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏だが、その実験記録も ほとんど存在しない（P.30）。
何度もお伝えしていますが、報告書には幹細胞作製時のES混入の可能性など書かれていません。不審な細胞129/GFP ESの性状を知っている人がいたことなど、報告書には示されていません。書いてあるというなら、その個所を示してください。できないと思いますが。
因みに、BCA論文の”30%”に関しては、結論ありきブログの雑談コーナーの以下で感想さんが説明して下さっています。
素人が思い込みで「小保方氏の手元では、混入株にはなれない」などと主張する前に専門家の説明に耳を傾けたらいかがでしょうか。
「1699. 感想 2017年02月10日 09:49」
「1708. 感想 2017年02月12日 07:34」
「1709. 感想 2017年02月12日 07:35」
「1710. 感想 2017年02月12日 07:35」
失礼しました。
上記コメントの雑談コーナーでの感想さんのコメントですが、ブログを確認したらナンバーがズレているようです。
正しくは以下です。
「1708. 感想 2017年02月10日 09:49」
「1717. 感想 2017年02月12日 07:34」
「1718. 感想 2017年02月12日 07:35」
「1719. 感想 2017年02月12日 07:35」
久しぶりに結論ありきブログを読みましたが面白いですね。擁護の方々もそれぞれですが、少なくとも妄想を繰り返したり、調査報告書を小説のように読む方はあまりいらっしゃらいませんでした。
意見の相違はあっても、書いてないことを「書いてある！」と主張され、「ではどこに書いてあるのか？」と聞くとスルーされてしまうようでは議論にならないですからね。
笹井先生は、テラトーマもまた、 STAP細胞によるものではないと 知った わけです。
で、自死を選ばれた。
《笹井氏の意味するSTAP細胞イメージに、学とみ子説は何も反していない。》のだから、《テラトーマは作り物》という笹井先生の認識に、学とみ子さんは、なんら、意見を異にしてはいらっしゃらない。
そのことは了解いたしました。
学さんの御主張によれば、
《学とみ子の意味するSTAP細胞は、テラトーマは作れないって、以前から言ってるじゃないの？》
ということなのですね。
あくまでも、細胞を酸浴しただけと。
【そんな人が筆頭著者になるわけない】
という常識をふまえてくださいな、学とみ子さん。
学とみ子は当方が何回も根拠のない妄想だと言っているのに追記でしつこく妄想を繰り返しています。体内時計さんのコメントと重なるところがあります。
「以前から学とみ子が言ってますが、桂報告書には、小保方ねつ造で決着したい学者たちが影響を与えました。」 ← そのような学者とはだれでしょ？そのような学者が書いた、表明した意見を根拠として提示したらどうですか？できないでしょ。学とみ子の頭の中にしかない妄想です。
「いづれにしろ、個人を切り捨て、学術界の価値観が優先されました。
」 ← 誰が優先したのですか？そのような方が表明した意見を根拠として提示したらどうですか？できないでしょ。学とみ子の頭の中にしかない妄想です。
「騒動の火消しに向けて、学者の失敗が目立たないように、学者間の権力抗争が目立たないようにとの配慮がされました。小保方氏は配慮から外されました。」 ← 誰が火消しをしたのですか？そのような方が表明した意見を根拠として提示したらどうですか？できないでしょ。学とみ子の頭の中にしかない妄想です。
「しかし、理研には笹井派、丹羽派もいるんですから、小保方氏を守ろうとする人もいます。」 ← 笹井派、丹羽派とは具体的にどのような方々で構成されているのですか？根拠を提示したらどうですか？できないでしょ。学とみ子の頭の中にしかない妄想です。
「キメラ・幹細胞は若山氏の実験分担であることを明記し、幹細胞作製時のES混入の可能性を書き、」 ← 幹細胞作成時とは材料となった小保方氏持参のSTAP細胞に混入した可能性も含めているのは、桂調査委員会が７日間の培養期間に培養器に部外者ですらアクセスが可能であったことを議論していることからも明らかです。学とみ子はこれを無視して、若山氏に手渡されて以降に混入したと根拠なく言い続けているのです。テラトーマはどうやって説明するのでしょ？
「不審な細胞129/GFP ESの性状を知っている人がいたことを桂報告書に示しました。」 ← 桂調査委員会報告書にはそのような記載はどこにもありません。だれもこのサンプルは知らないといったとしかありません。いつもの「書いてないこと」を「書いてある」と主張する学とみ子なんですな。つまり学とみ子は大嘘付きということです。
「体内時計さんは、桂報告書のこうした記載には注目せず、」 ← 桂調査委員会報告書に書いてないことに注目しろとはどういう了見なんでしょ？理解し難い方ですな。
「お互いに相手を説得するのは難しいと思いますね。」 ← そりゃ、一方が「書いてないこと」書いてあるからしっかり読めという妄想脳の持ち主ですから、その呪縛を解くのは、統一教会から脱会させること同様、ものすごく困難なことです。
＞体内時計さんが感想さんの説明を紹介してくれました。
これは、幹細胞がESと同じであるとの主張の一部ですね。
なぜ、これらが、学とみ子への反論と思うのでしょうか？
専門家たちからの、学とみ子説への反論と感じてしまうのは、なぜでしょうか？
以下です。
？?
私が紹介したコメントとは違うものを引用されていますね。
・1707. 感想 2017年02月10日 09:48
・1714. 感想 2017年02月10日 20:10
・1716. 感想 2017年02月10日 21:25
私はこれらのコメントを紹介していませんが。
他者のコメントを大量に引用するのであれば、またそれに対して反論するのであれば、きちんと該当箇所を確認されてからにしていただけないでしょうか？
また、他者のコメントを引用されるときは引用元がわかるようにURLなどを明記されたらいかがでしょうか？
これも何度もため息さんから注意されていることだと思いますが。このように最低限のルールさえ守れないのなら、ブロブなど止められた方がいいと思います。
体内時計さんご紹介の感想さんのコメント1708. 感想 2017年02月10日 09:49に「分けられた時に、細胞数が一旦少なくなる過程が入っていれば（例えばリクローニングなどの作業によって）、そこからまたＮＧＳで検出可能な変異が入りますね。」という発言があります。さらに「FLS3とCTS1,129/GFP ESなど間では、途中で細胞数が少なくなる過程がなかったので、検出できるような点変異が出なかったと解釈できますね。」とあります。これは当方が「例えば単一細胞にわけてから培養増殖したら」ということに該当します。つまり継代培養の条件によって変わるから変異の量から継代培養した期間を単純に推定できないということになります。学とみ子の「小保方氏在職期間中に生じる変異の量ではない」という主張を否定することになります。
さらに「これが、ＢＣＡ論文の「サブストックに由来」という意味ですね。」と言う感想さんの発言のBCA論文のサブストック＝当方の細胞Aですね。
学とみ子曰く：当ブログ内容が、不正確とか、簡略化してある時は、他の仕事をしていたり、時間がない時です。
だったら書くな。
これまで書いてきたことがデタラメばかりということはすべて時間がないときだったの？嘘つくな。デタラメを繰り返しているだろ。
読者は学とみ子に時間があるのかないのかわかるわけがないだろ。時間がないのなら書くな。
「体内時計さんも、どこが学とみ子説への否定になるのかを教えてください。」 ← 体内時計さんに申し訳ないけれど、この学とみ子のコメントを読む前に、上のコメントで学とみ子説の否定を書いてしまいました。学とみ子説「小保方氏在任期間ではFES1とFLS3、CTS1、129/GFP ESグループとの間のSNPsの変化量を説明できない」を継代培養条件がわからないから一概には言えないと否定しました。
ため息さん
＞体内時計さんに申し訳ないけれど、この学とみ子のコメントを読む前に、上のコメントで学とみ子説の否定を書いてしまいました。
ありがとうございます。
まさにそのコメント（1708. 感想 2017年02月10日 09:49）が最も学とみ子氏に紹介したい部分だったのですが、スルーされ脱力していました。
＞読者は学とみ子に時間があるのかないのかわかるわけがないだろ。時間がないのなら書くな。
仰る通りですね。真剣に議論しようと思う方が間違っているのだと改めて思いました。今さらですが。
当方の恩師から教わった論文の読み方を学生向けと貶しておいてこの言い草は何ですか？
この姿勢の結果がこれだよ！
体内時計さん
＞仰る通りですね。真剣に議論しようと思う方が間違っているのだと改めて思いました。今さらですが。
この後、きっと「体内時計さんは学とみ子の考えが理解できないから～。」とか、「そうやって逃げるのがため息一派の特徴で～。」とコメントされると思いますよ。
あらま、2022年8月13日（土）午前11時43分現在、学とみ子のこんがらがった話を、整理するためには、独学しかありません。は消去されました。体内時計さんが本日（１３日）朝、学とみ子は違うコメントを転載していると指摘したら、出先で訂正できないとの返事でした。ですからご帰宅されたようです。
ですから「当ブログ内容が、不正確とか、簡略化してある時は、他の仕事をしていたり、時間がない時です。」という言い訳は消えてしまいましたね。
ですから
という学生さんからのコメントも消失してしまいました。
学とみ子のこんがらがった話を、整理するためには、独学しかありません。が不復活したようです。体内時計さんの示さなかった感想さんのコメントの転載を取り除いたようです。
しかし、1707. 感想 2017年02月10日 09:48 のコメントは残っているので、これは読んだんでしょうね。ではその読んだ結果はどうなったんでしょね？
めちゃくちゃですね。当方が指摘していることを根拠を持って反論できてないのです。反論できないのに当方の発言を”こじつけ”と、学とみ子の考えとちがうからだけで、決めつけるわけです。
学とみ子曰く：今度のエピソードも、彼らの勘違いの例ですね。と言って「感想さんは、自ら考えた方法論て、STAP幹細胞と、129/GFP ESの同一性を確かめた結果を示し、考察しています。…細胞をサブストックに分注によって、塩基変異に偏りができ、細胞全体の塩基変異が若干早まるだろうというような議論をしています。」と感想さんのコメントを読んでいます。そうですね、継代培養の方法によって変異のスピードが変わると、学とみ子は理解できたわけです。ただし感想さんは「若干早まる」などと言っていません。勝手にデタラメを付け加えないでください。結局、培養の方法によってスピードが変わるという当方の考えと一致したんでしょ？よかったよかった。
しかしながら理解できたのにも関わらず、相変わらず「FES1から、短期間で129/GFP ESになるという話とは結びつきません。」と言っています。この短期間というのは小保方氏が理研に在職した約２年間（Wikipedia 小保方晴子によると2011年4月から2013年2月まで）のことです。
「小保方氏がFES1を扱える期間では、3割もの多量の箇所において、細胞全体に占めるまでに至る塩基の突然変異は起きないであろうということが言えます。」と最後に繰り返しています。どうして「言えます」と言えるのでしょうか？根拠がないではないですか。
何回も言っていますが、細胞を増殖させて培養したわけですが、その変化のスピードは培養条件によって異なるから、桂調査委員会でも議論ができない、議論していないのです。学とみ子は変異スピードの根拠を示して、２年間ではFES1からFLS3、CTS1、129/GFP ESグループとの差は生じないと示したらいいでしょうが。できないでしょうから、希望＝嘘を述べるのは止めなさいね。
「桂報告書13頁にも、培養細胞における塩基変異はめったに起きないと記載があります。」といって、桂調査委員会報告書の「培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異（親マウスにはないもの）がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。」を引用しています。学とみ子は日本語が理解できていないのです。
この桂調査委員会報告書の記載は、「同じ部位に同じ変異が発生する確率は非常に低いから、２つの細胞株を調べて複数の決められた部位に同じ変異がある場合は同一細胞由来である」ということで塩基の変異が発生する確率を述べているわけではありません。つまり「塩基変異はめったに起きない」ということを示しているのではありません。日本語が読めないようですね。「わずかずつ変異が生じる」と「めったに起きない」とは同じではありません。日本語を勉強しなさい。
学とみ子曰く：〜とため息さんが主張するなら、そうされたらよいと思いますよ。だそうです。
培養細胞でのDNA変異のスピードは科学的な議論だと思います。当方は培養方法・条件で変化するから簡単には決まらないと言いました。これに対して、「そう思うのならそれでいい」と返すのは議論ではありません。〜に〜との記述があるから、１年間あるいは２年間ではこれほどの変化は起こらないだろうと反論するのが科学的議論です。素直にわからないと言えばいいのですが、決してため息に負けてはいけないのです。
科学的議論をしたいと言ったのはどなたでしょうかね？
「短期の培養によって塩基がどんどんかわってしまったら、SNP解析だって、できなくなります。」 ← 意味不明。変異を調べるのがSNP解析で、変異の量とは関係ありません。
当方が、学とみ子が〜とため息さんが主張するなら、そうされたらよいと思いますよ。というから、そういう反応だと議論が進まないとコメントしました。しかし、学とみ子は追記で当方の同じコメントにある「短期の培養によって塩基がどんどんかわってしまったら、SNP解析だって、できなくなります。」 ← 意味不明。変異を調べるのがSNP解析で、変異の量とは関係ありません。という発言に対して曰く：ため息さんは、こうした素人だまし的な以下レスポンスをするので、この人と議論しても、学とみ子は、前に進まないと感じます。と返してきました。学とみ子が反論できなくて「そうされたらよいと思いますよ。」 というからそれでは議論が進まないと言ったのですよ。理解できないの？
当方の学とみ子の発言に対するコメントは、「素人だまし的なレスポンス」 なんでしょうか？短期にしろ長期にしろSNPが数多く発生してもSNP解析自体には関係ありません。たくさん変異あるいはコピーミスがあったよというだけでしょう。どこが「素人騙し」なんでしょうかね？
これにつづいいて学とみ子は「培養細胞では塩基変異しないから、研究者は評価に使うと学とみ子は、言ってます。」 だそうです。なにが言いたいのでしょうか。FES1からFLS3、CTS1、129/GFP ESグループになったのは細胞を培養してきた結果です。塩基が変異しているではないですか。解析して変異した量を調べ、関係が近い・遠いを議論しているのではないでしょうか？親マウスにないが培養細胞にあった染色体の欠損が共通だったというだけでは関係の近い・遠いがわからないわけですね。共通の培養細胞から別れたということがわかるだけですね。SNP解析してどの細胞がより近いか、遠いかがわかったのでしょ？ほんとバッカじゃないの？
「結局、ため息手法は、独学できない人、気付けない人を、いつまでも混乱させたままにしておくのです。ため息さんは、わざと、文章を読み間違えさせたり、本筋と末梢をすり替えたりします。」 ← 誹謗ですな。具体的に当方のどの発言が、読み間違いをさせる、すり替えなんでしょうか。具体的に指摘してみろ。できないでしょ。単に当方の指摘に対して反論できないから「お前のカーチャンでべそ」といっているだけでしょ。ほんとにバッカじゅないの？
これってものすごい誹謗発言です。当方がいつ「他人を騙し」たのでしょうか？学とみ子の方が根拠のない妄想・嘘を垂れ流しているのでしょうが、幸い学とみ子の言うことが支離滅裂なので素人さんを含めた誰も騙されていないだけの話です（同じ標榜発言が次の記事の冒頭にもあります）。
学とみ子のSTAP細胞事件の認識の誤りが、この記事に書いてあります。
全く違います。学とみ子自身が以前書いたように論文実験の多くを小保方氏が単独でやって、かつ、小保方氏が若山研究室スタッフをだましながら、データを捏造しまくらないと、STAP論文は完成しないですよ。だったのです。実験ミスとは誰も思っていません。学とみ子の実験ミス説とは、「ES細胞の混入が若山氏に小保方氏からSTAP細胞なる細胞を手渡され、さらに若山氏レベルで培養を続けているうちにES細胞が事故で混入した」というものです。当方は何回もこの説を否定しました。論文にあるし、論文の実験をできるだけ忠実になぞっろうとした検証実験でもキメラに使われた酸浴した細胞は酸浴してから７日目のもので、この７日というのは小保方氏が若山氏に手渡した細胞の培養期間のことです。それ以降培養を続けてキメラや幹細胞作成の材料にしたという記述はどこにもありません。学とみ子は記載がないからあり得るというトンチキな考えなのです。この７日以降も培養を続けたときに混入したという考えではテラトーマにES細胞が混入していたという事実を説明できません。学とみ子の実験ミス説を支持している方は擁護ですら誰もいません。
「知らないことを知ってるふりをして、それに騙される人がでてくることを、ため息さんは楽しむことさえしているようです。」 ← 何回も言いますが、当方を誹謗するのは止めなさい。具体的に当方の発言のどれが人をだましている発言なんでしょうか？「お前のカーチャンでべそ」は聞き飽きました。根拠を添えて批判しなさい。根拠がないからいつまでたっても「お前のカーチャンでべそ」なんですよ。
学とみ子曰く：
「結論ありき」．．．ブログの雑談コーナーでの感想さん、L さんは「FES1から、短時間で 129/GFP ESになる」かどうかは議論していません。できるともできないとも言っていません。学とみ子の「短期間ではならない」という主張の根拠にはなってません。むしろ1708. 感想 2017年02月10日 09:49 分けられた時に、細胞数が一旦少なくなる過程が入っていれば（例えばリクローニングなどの作業によって）、そこからまたＮＧＳで検出可能な変異が入りますとあるように、継代培養の方法によっては、変異が容易に次の世代に検出できるようになると言っています。変異が次の世代に容易に伝わるということです。これは培養方法によって、検出される変異の量が増えるという結果になるでしょう。ですから、小保方氏在任期間中にどのくらい変異が生じたかどうかは培養がどのようになされたのかがわからないと、なんとも言えないということです。FES1を解凍し培養し、また凍結して１年間保存し、これを解凍した細胞株が混入したのなら変異の量は少ないでしょう。しかしFES1を解凍し何回も”細胞数が一旦少なくなる過程”がある継代培養が行われれば変異が容易に次の代に伝わるので変異の量は大きくなるでしょう。議論は結びついているのです。学とみ子のように小保方氏在任中に生じないと断言できないのです。
「一種のヤマ勘論法なんですかね？」 ← というわけですから体内時計さんが引用したのはヤマカンではありません。
「桂報告書は、誰にでもわかるようにシンプルには書かれていない…その理由は、ESねつ造派学者からの監視や修正を恐れているからです。」 ← 学とみ子が読めないだけです。
桂調査委員会報告書の「培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異（親マウスにはないもの）がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。」について、当方は学とみ子は日本語が理解できないといいました。これに対して学とみ子はまだわかってないのがわかる説明を加えています。
①には時間関係を示す説明はどこにもありません。複数の同じ場所で同じ塩基変異が生じる可能は皆無と言っていいという意味です。ここに時間関係は何もありません。１週間ごとにリクローニングのような継代培養を１０回行ったときと１ヶ月毎に１０回行ったのと結果に変わりがないでしょうということです。時間の変数はどこにもないのです。
学とみ子の理解した②は正しいですが、ここにも時間関係はありません。
「当方が②しか取り上げない」と学とみ子はいいますが、当方のコメントでは、①②に時間関係がないのだから、この桂調査委員会報告書の文面は、学とみ子いわくの「塩基変異はめったに起きない」ということを示しているのではありません。」と「めったに」という時間関係を含む言葉を使うのは誤りであるといっています。
「桂報告書の①の説明は、FES1から、短期間では、129/GFP ESにはならないということを読者に教えています。」 ← ①の説明に時間関係はないのだから、このような学の主張の根拠にはなりません。
ですから「学とみ子は慎重に読んで、桂報告書の真意を判断しているのですが、ため息さんは否定します。」と続けていますが、学とみ子は報告書を正しく読めてないのです。これが慎重というのなら、理解力がないのに繰り返し慎重に誤りを繰り返しているとしか言えません。
「上記で、ため息さんは、「塩基変異はめったに起きない」と言っています。」 ← ちがいます。「めったに起きない」と言ったのは学とみ子です。学とみ子が桂調査委員会報告書を誤読して曰く：「桂報告書13頁にも、培養細胞における塩基変異はめったに起きないと記載があります。」と嘘を書いたのです。
自分の書いた嘘くらい憶えておきなさい。
「素人だましを目論んでいる」のは学とみ子です。すぐばれちゃいましたけど。
「紫字の説明（桂報告書13頁の、「培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異（親マウスにはないもの）がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。」）は、正しくは、「培養細胞において、細胞集団全体に広がる塩基変異はめったに起きない」です。」 ← だから感想さんはリクローニングのような細胞数を減らすような操作を伴う培養があると、全体に容易に広がることになるとおっしゃっているのです。学とみ子が理解できないだけの話です。
また勝手に解釈する。学とみ子曰く：桂報告書13頁紫字の意味は、「培養細胞において、細胞集団全体に広がる塩基変異はめったに起きない」です。
桂報告書13頁紫字とは「培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異（親マウスにはないもの）がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。」です。
この桂調査委員会報告書に文章に「細胞集団全体に広がる塩基変異はめったに起きない」などという意味はありません。変異が起こることと、それが培養細胞株全体の細胞に波及するかどうかはまた別のことです。何回も言っていますが、感想さんが1708. 感想 2017年02月10日 09:49 分けられた時に、細胞数が一旦少なくなる過程が入っていれば（例えばリクローニングなどの作業によって）、そこからまたＮＧＳで検出可能な変異が入りますとおっしゃていることの意味が理解できないのですか？
皆様に伺いたいことがございます。
宜しくお願いいたします。
引用します。
詳しくは上記に引用したテキストをお読みください。
この件は参議院でも質問がなされたようで、議事録に残っています。
ちょっと引用します。
……小保方氏による例の「夏休み観察日記」にマンガが記載されていたテラトーマ実験のホストマウスは実在していたのか、という疑念なのですけれども。
皆様に伺いたいことがございます。
どなたか、この件の顛末を御存じでしょうか。
たとえば、《残存していたテラトーマ切片のホストに由来する細胞のゲノム解析が実は済んでいて論文と一致していることが確認されている》等。
学とみ子が追記で曰く：桂報告書13頁紫字の意味は、「培養細胞において、細胞集団全体に広がる塩基変異はめったに起きない」です。は間違いであると上記コメントで説明しましたが、学とみ子は理解できないでしょうから、再度、感想さんの説明を図示して説明します。もちろん当方はこの分野の研究をしたことがるわけではないので、想像です。感想さんのコメント通りではないかもしれません。素人なのは学とみ子も同じです。絵に描くと絵を描けない学とみ子は怒るわけですが、文字での表現よりわかりやすいのは事実ですからね。
細胞は浮遊培養ではなく培養皿にへばりつくような培養を想定しています。
いまFES1細胞を解凍し少数の細胞を培養皿に撒いたとします。図の（１）ではこれを３個の細胞とし、それぞれこの時に変異が別のところで生じたので３種類の色の違う細胞としました。３個でなくてもっと多くてもいいのですが、説明を簡単にするためです。これが培養皿一杯 confluentに増殖しました（２）。この状態では学とみ子が言う「細胞集団全体に広がる塩基変異」が起きているわけではありません。このまま維持するのではなく、さらに株を増やしたいとか、しょっちゅう使うので凍結ではなく培養器の中で維持したいとき、古いのは捨てて常に新しい生きの良い株で維持したいとかで、増やすとき、（２）から一部を切り取って別の場用皿に移植（３）し、増殖させます。このとき切り取る部位にはどの細胞が含まれてているかは区別がつかないわけですが、３種類の異なる変異のあった細胞がそれぞれおなじように増殖した場合、浮遊培養ではないので培養皿にはそれぞれが均一に存在するのではなく（２）のように、それぞれが塊になって存在するでしょう。したがって（３）に移植する細胞塊はどれか特定の変異（この場合赤い細胞群）が偏っている可能性があります。とすると（３）が増殖して（４）になったとき、この培養皿には赤い細胞が優位に存在することになります。これを同じようにさらに移植（５）したとき、移植された細胞塊は赤い細胞だけになる可能性が高くなります。かくして（５）から増殖した（６）は赤い細胞だけ、つまり培養細胞全体におなじ塩基変異がみられることになります。
一部を切り取り移植して培養皿一杯に増殖するのには、例の増殖曲線のインチキ実験に従えば３〜４日ですね。小保方氏在籍中にFES1から129/GFP ESになる可能性は十分あると思いませんか？
はい、上記の絵の説明に対して早速反論がありました。
そんなこと、絵を書かなくても、すぐ理解できます。ため息さんは無理なんでしょうね。これは、変異が広がる仕組みを示したもので、早く広がる仕組みの説明ではありません。
言葉で説明したのにわからなかったのでしょ。
早く広がるといっているでしょ。細胞が培養皿にコンフルエントになるのに４日なんだから、この図の左から右２週間でできちゃうことですよ。どこを読んでいるんでしょ？絵にしてもわからない？
桂調査委員会報告書には「培養細胞において、細胞集団全体に広がる塩基変異はめったに起きない」などと何処にも書いてないのがわからないの？
桂報告書13頁の、「培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異（親マウスにはないもの）がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。」は「細胞集団全体に広がる塩基変異はめったに起きない」という意味ではないよ。日本語だよ。理解できているの？
「数を数えるにも指を使うような行為ですね。」 ← そうですよ。学とみ子は指を使っても数えられないのね。なさけない。博士号はどうやって取得したの？？
上の当方のコメント細胞が培養皿にコンフルエントになるのに４日なんだから、この図の左から右２週間でできちゃうことですよ。どこを読んでいるんでしょ？絵にしてもわからない？を読んだ学とみ子が追記での反論していますが、反論になってないです。
わからないかな。
「25億対のうちの1箇所で起きた塩基変異が、必ず広がるわけではありません。」 ← まず元のFES1の凍結チューブから解凍した細胞の少数をとってきて培養皿に撒いたわけです。そしてその少数が分裂増殖するわけです。その最初の分裂で塩基の１個をミスコピーしたというのが（１）の絵です。変異ができた場用は同じではないから、ここでは説明のために３個の細胞ができた、その３個の細胞の変異は場所がちがうから、黄色、赤、灰色で示したとしているのですよ。
３個の細胞がそれぞれ増殖して（２）になったわけです。浮遊培養でなければそれぞれの細胞の子供は同じような場所を専有するから円グラフのように描いたのですよ。このときは一個の細胞で生じた変異が培養細胞全体に広がってないことを示しています。次にこのコンフルエントになった培養皿から一部を切り取って、次の培養皿に移植したんですよ。（２）から（３）ですね。そのとき切り取る場所によって、切り取った細胞に含まれる赤い細胞、黄色の細胞、灰色の細胞の比率は異なるわけですね。
（２）で切り取った部分に赤い細胞が黄色い細胞より多い、灰色の細胞はないというような状況があり得るでしょ。でそのままコンフルエントになるまで増殖すると（４）になるでしょ。つまり（４）では赤い細胞が優勢になったわけです。次に同じような一部を切り取る操作（４）をすると、黄色い細胞が少ないから赤い細胞だけになる可能性が高いでしょ。そうなったら（５）では赤だけ、それが増殖した（６）も赤だけとなるわけだ。
だから、一箇所の塩基の変化が、培養細胞全体に共通になるわけね。
「各細胞分裂のたびにコピーミスの起きる部位は、25億対のうちの1箇所の偶発です。」 ← それでもいいのですよ。（１）から（２）、（２）から（３）で変異はまた別の場所で生じるでしょうけど、最初に変異があった塩基がまた変異することは可能性としてほどんどありえないでしょ。だから最初の変異がずっと保存されるわけですね。あとからの変異も加わっているけど、最初の変異だけに注目した話ですよ。（１）の赤い細胞は（６）の赤い細胞と同一ではないですよ。（６）には（１）で起きた最初の塩基の変異はずっと保持されていますが別の場所の変異が加わっているのです。でもこの別の場所の変異は示してないわけですな。
「次の分裂では、又、別の条件となります。」 ← 意味不明。次の分裂では先の変異が保存されたままで、新たな変異が加わるわけですね。
わからないか、疲れるな。この説明が妥当かどうかこの分野での仕事をしたことがないからわかりませんが、考えとしていいでしょ？こうにはならないということを学とみ子が説明したらいいでしょ。
またさらに反論があって
赤、グレイ、黄細胞は、そのままの割合で増殖するとは限りませんし、新たな色の細胞が分裂のたびに出現します。
まだ理解できてない。
「そのままの割合で増殖するとは限りません」 ← 増殖スピードが異なる理由はないでしょ。仮の話なんだから理由がなければ同じスピードで分裂増殖するとしているのです。もしどれかの分裂増殖スピードが早いとしたら、その細胞が培養皿に広まるのは早くなるだけだから、スピードが異なっても関係ないです。
「新たな色の細胞が分裂のたびに出現」 ← だから最初に発生した変異だけに注目しているのですよ。最初の変異を保持している細胞を同じ色で示しているのですよ。理解できないのか。
わからないかな。
「学とみ子は、立体図の展開とか、物理とかは不得意です。
頭の中で空間構築をする能力が劣っています。」 ← 二次元の絵で説明しているんですよ。
２次元の絵もわからないくせに、図示しようとすると、ため息さんのように行き詰まるのね。だって。笑っちゃうね。
「ただし、SNP論では、空間認識の才能は有しません。それは、現象がさきにあり、人間が後から仕組みを考えているにすぎません。」 ← 意味不明。
「図示しようとすると、ため息さんのように行き詰まるのね。すぐ細胞の色が足りなくなるわよ。」 ← 全く意味が理解できてないわけですね。１個の塩基変異に１色をあてがっていると思っているようです。バカとしかいいようがないですね。
具体的に当方の図はどこがおかしいと言えばいいのに、言えないから、「行き詰まるのね」 とお前のカーチャンデベソしか言えないわけだ。どこが行き詰まっているのでしょうね？
「細胞が分裂するたびにコピーミスが起きても、それで細胞はぐちゃぐちゃにはなりません。」 ← 細胞がぐちゃぐちゃになるなどとはいっていません。学とみ子の頭はぐちゃぐちゃですけどね。
「しかし、現実の結果として、培養細胞では、全体の塩基がドリフトしてくるのは事実なので、そのメカニズムも研究対象だと思うよ。」 ← 意味不明。培養細胞の全体の塩基の話などしていません。１細胞の塩基のミスコピーが培養細胞全体に共通となる話、そして時間も大してかからない場合があるのでは？を話しています。
「背伸びは行き詰まるから、老後は無理しないことですね。」 ← 自分がついた嘘「塩基変異はめったに起きない」ですら記憶できない老婆が言うことができるセリフではないですな。
学とみ子の日本語を当方が読めていないと学とみ子が主張します。
当方が
と学とみ子の書いた文章が意味不明と言ったところ、ため息さんは、「１細胞の塩基のミスコピーが培養細胞全体に共通となる話」と書いてますが、学とみ子と同じ事を言ってます。学とみ子の文章が読めてないと言うことです。という応答でした。
「同じ事」とはどう考えても「１細胞の塩基のミスコピーが培養細胞全体に共通となる話」ですね。では、学とみ子の「培養細胞では、全体の塩基がドリフトしてくるのは事実」という意味不明の文章のどこに「１細胞の塩基のミスコピーが培養細胞全体に共通となる話」があるのでしょ？
ないですよね。ではその前の文章に関係することが書いてあるでしょうか？
これらは違うことを言ってますよね。どこで学とみ子は「１細胞の塩基のミスコピーが培養細胞全体に共通となる話」を言っているのでしょうか？
だから、１細胞の塩基のミスコピーが培養細胞全体に共通となるまでには時間がかからないと図を使って、根拠を示して説明しているわけでしょ。この考えを根拠を添えて否定してから「用意に予想できる」根拠を述べなさいよ。「現実に起きる現象」とはなんだよ。具体的に示してみろ。
「１年間で、数十箇所も培養細胞全体の塩基が変異するとのため息オリジナル説を採用すると、細胞同定として、NGS解析、SNP解析に精度がなくなる。」 ← 意味不明。当方の説は「１年間で、数十箇所も培養細胞全体の塩基が変異する」ではありません。「１年間で、数十箇所も塩基が変化した細胞が培養細胞全体に広がる」ことですよ。これほど何回も言っても理解できないのかなぁ。「NGS解析、SNP解析」が同一培養細胞由来という細胞同定の手段としての根拠となることですよ。
「変化しないと書かれた桂報告書にも反する。
桂報告書には、「 たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く 」と書かれている。」 ← 桂調査委員会報告書を読めないのですな。「変化しない」などと書かれていません。報告書p13の「培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低い」の意味は、例えばある２つの細胞で１つの細胞で見つかるある場所の（共通である親細胞にはない）塩基変異は、もう一つの細胞の同じ場所には確率的に見られないということです。だから同じ変異があることが共通の祖先を持っていることの証明になるのでしょうが。
「FES1から、１年では、数十箇所の塩基変異のある129/GFP ESにならないとの説明」など、学とみ子は何処にもしていなではないですか。どこで説明したというの？ただひたすら「FES1から短期間では29/GFP ESにならない」ということを繰り返しているだけではないですか。
当方は、１塩基の変異が培養細胞全体に受け継がれることがあり得ること、変異の量は分裂増殖の回数に依存するわけで、そのような培養細胞の一部を取り出し増殖させるには３，４日もあればコンフルエントになるのだから、これが繰り返されれば「１年ではならない」ということにはならないだろう、つまりFES1と129/GFP ESの塩基の違いが生じるための期間は培養条件に依存するからわからないといっているわけです。専門家の誰もこの変異の量がどのくらいの期間で発生したかの議論をしていないのは培養条件で変異のスピードは異なるから議論できないのだといっているのです。
学とみ子は１年で変異しないという根拠を何処にも示していないでしょ。提示してみろ。
「二次元、三次元の話じゃなくて、生命現象の謎ですね。」 ← 三次元の事象は理解できない、「頭の中で空間構築をする能力が劣っています。」と自称するわけですが、前回の図や今回の二次元の図も理解できなかったから二次元もだめで、地下鉄の１路線の駅名の順番とかSTAP事件の時間経過とかのような一次元の情報処理はできるのでしょうかね？
卑猥な発言をする方とは関わりたくなかったのですが、私が嘘を付いていると思われたくないので反論しておきます。
ttps://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1886.html#comment7994
＞「いくつもHNを変え」って、なんか悪いような言い方だが、私は３つのブログに投稿し、それぞれHNを変えているだけだ。３つのHNは同一人だと自分で言っているし、同じブログ、同じ話題に複数のHNを登場させたことはないから悪いことでもなかろう。
「一研究者・教育者の意見」での“もくれん”と“ダボ”は同一人物だったと記憶していますが。
どなたかに指摘され、ダボ氏は「もくれんは死にました」とコメントされていたと思いますが、生まれ変わり？ということで同一人物ではないということでしょうか？
＞「専門家の方から何度も説明を受けた」というが、在米ポスドク氏とやり取りはあるが、感想氏とはない。
ダボ氏はアノ姐氏に対し卑劣な言葉で誹謗中傷し、それを手厳しく指摘されていたと思います。それは感想さんからだったと思いますが記憶違いでしょうか？
＞「あの日」を読んで「やっぱりな」と思うところは、多くのサンプルが作製されたが、若山氏から「シーケンサーによる解析は行わないように指示が出されていたものもあった」（Ｐ128）というところ。
それが事実であったとしても、何故、若山氏がそのように述べたのかはわかりませんね。
在米ポスドクさんが仰っていたようにシーケンサーの費用が高額だったというだけのことかもしれません。
また、「Nature」などは論文が掲載される際には、実験に使用したSTAP細胞やSTAP幹細胞の遺伝子データを公開のデータベースに登録しなければならない、という規定を設けているわけですね。そのことをわかっている若山氏が捏造しているのであれば、「シーケンサーによる解析は行わないように」などと指示するはずがないと思いますが。
いずれにしても、科学を科学で反論できなかった研究不正者の主張を真に受けるのは滑稽ですね。自分も同じような生き方をされてきたのであれば理解できるのかもしれませんが。
＞「卑猥で汚らわしい言葉」とは、一研究者の裏記事でやっていたのを読んだのだろうが、これは普通に落語の「バレ噺」を引用しただけ。
一研究者の裏記事など知りませんけど。
ご自身が学とみ子氏のブログでどのようにコメントされていたのか、読み返されたらいかがでしょうか。
＞「STAP 幹細胞や FI 幹細胞の作製時に ES 細胞が混入したと認められる」（Ｐ13）と書いてある。
報告書P.13
『以上の論理を用いて、STAP 幹細胞や FI 幹細胞が ES 細胞に由来すると結論すること ができた。この場合、STAP 幹細胞や FI 幹細胞の作製時に ES 細胞が混入した可能性、 ES 細胞作製時に STAP 幹細胞や FI 幹細胞が混入した可能性、の 2 つの可能性が考えら れるが、今回の場合はいずれも ES 細胞の方が STAP 幹細胞や FI 幹細胞より早い時期に 樹立されている。よって、STAP 幹細胞や FI 幹細胞の作製時に ES 細胞が混入したと認 められる。（P.13）』
学とみ子氏もセイヤ氏もこの中からワンフレーズを自分の主張に都合よく引っ張ってきただけなのですね。
日本語が理解できる人なら、この文章は
① STAP 幹細胞や FI 幹細胞の作製時に ES 細胞が混入した可能性
② ES 細胞作製時に STAP 幹細胞や FI 幹細胞が混入した可能性
のどちらかについて述べており、①が結論だと理解できるのですが、彼らには難しいようです。
調査委員会もまさか報告書をこのように読まれるとは思っていなかったでしょうね。
＞STAP 細胞塊の作製時ではＥＳの混入は無理なのだ。これは専門家の遠藤高帆も実名で混入を否定している。
遠藤氏がそのように述べているというエビデンスをお示しください。
ついでに過去のコメントですが
ttps://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1886.html#comment7991
＞「若山氏が犯人だと騒いでいる人」って、これは私を名指ししているということなのだろう。
それはあり得ない話ではない。ラベルも中身も若山氏のものだとしても、それが「盗まれた」ということになれば、あり得る話になる。
実際には“129/GFP ES”に対し「盗まれた」ではなく「知らない」と述べたのですから、その仮説は無意味ですね。
また、実験を行ったことがない人にはわからないかもしれませんが、自身の研究成果に対して意味不明なラベルをつけて他者のスペースに置く研究者などいるはずがないと思います。「盗まれた」とするなら、明らかに自身のものだとわかるように明記するはずだと思いますね。
学生さんという方が当方の図が間違いであるとのコメントを書いています。当方は最初からこの分野を専門としないから実際の研究ではどうなっているかわからないと、言っています。ですからこのような間違いであるとの指摘が経験者から来るのは大歓迎です。
学生さんの説明では、通常オリジナルの株は、解凍し培養させた（起こした）ら、その一部を凍結保存する。同様なサブストック（冷凍保存）もいくつか作り、その後の実験にはこのサブストックを解凍継代培養して使うとのことです。そうではなく長期培養を行うと変異してしまうからという理由はもっともで、普通はそうするのでしょうね。同意します。
当方の図は１塩基の変異を起こした細胞が培養細胞全体の細胞の祖先になり得ることを説明しただけです。学生さんの説明で、実験はオリジナルの細胞を解凍培養しいくつかのサブストックを作ってこれを利用するのが普通なのはわかりますが、そうではない状況、サブストックが足りないというような状況になったとき、当方の図のような操作、少ない細胞から増殖させるというような操作が行われれば、１つの塩基変異を起こした細胞が培養細胞全体の祖先にないうるといっているだけです。
通常ではこのような継代培養した細胞を使うのではなく、なるべくオリジナルから起こたサブストックとして凍結した細胞を使うでしょうね。しかしSTAP細胞は事件だったのです。普通の実験ではないのです。
FES1は京大にすべて回収したと思われていた、つまり若山研に残っていたオリジナルのサンプルは数が少なかったでしょうね。さらに計画的にFES1を使うことがなかったから学生さんのおっしゃるような手順はとれなかったと思われます。
STAP事件ではFES1というオリジナル細胞の凍結サンプルがあり、129/GFP ESという子孫の細胞株があって、その塩基の変異が結構（当方には変異の量が多いか少ないかを判断できませんが）あるわけです。ということは129/GFP ESに至るまで、つまり129/GFP ES、あるいはFLS3、CTS1の親の細胞は、普通の実験のようなオリジナルから起こしたサブストックではないと思われます。
誰が何のためにFES1という細胞株を解凍して維持していたのかわからないわけです。オリジナルから起こしたサブストックの数が少なく、なくなったのなら、継代培養した細胞株を使ったとするのは当然の考えだと思います。その継代培養のとき、当方の図のように限られた細胞を切りだし増殖したことが何回かあったのではないかと想像するわけです。
繰り返しますが、当方の図の説明は、学とみ子の「培養細胞において、細胞集団全体に広がる塩基変異はめったに起きない」を否定する説明です。当方の図は１塩基の変異が培養細胞全体に広まることがあり得るという説明で、普通の実験とは違うSTAP事件なので、この考えが間違いだとは決めつけられないと思いますが、どうでしょうか？
学とみ子のブログに返信すべきですが、当方からのコメントは許されてないのです。
学とみ子はこの学生さんのコメントを読んで、私もそう思います。とはなんでしょうね？これまでの学とみ子の主張と何処が一致し、一致しないのかを述べたらいいでしょうが。単に「ため息の図が間違い」とあるので応じただけですね。情けないですな。
＞とみ子はこの学生さんのコメントを読んで、私もそう思います。とはなんでしょうね？これまでの学とみ子の主張と何処が一致し、一致しないのかを述べたらいいでしょうが。単に「ため息の図が間違い」とあるので応じただけですね。情けないですな。
そうですね。
学とみ子氏はため息さんの1～6の図に対して、
「そんなこと、絵を書かなくても、すぐ理解できます。」
と述べられているのですけどね。
絵が間違っていると思っていたとは思えない発言ですね。
＞誰が何のためにFES1という細胞株を解凍して維持していたのかわからないわけです。オリジナルから起こしたサブストックの数が少なく、なくなったのなら、継代培養した細胞株を使ったとするのは当然の考えだと思います。その継代培養のとき、当方の図のように限られた細胞を切りだし増殖したことが何回かあったのではないかと想像するわけです。
同意します。
通常の成果を得るための実験ではなく、捏造の為に使われたのであれば、様々な可能性が考えられると思います。
学とみ子が当方のコメント専門家の誰もこの変異の量がどのくらいの期間で発生したかの議論をしていないのは培養条件で変異のスピードは異なるから議論できないのだといっているのです。を引用して、
と返してきました。
当方が「専門家の誰も議論していない」に対して「どこの専門家がそこまで踏み込んでいるの？」という反応は信じられません。学とみ子とは日本語を使った意見交換などできないのがよくわかります。
>混乱するので別記事？？誰も混乱してませんよ。
「人々が、「FES1が1-2年では、129/GFP ESにはならない」の説明を理解してしまわないよう」 ← 学とみ子は説明していないではないですか。学とみ子が引用する桂調査委員会報告書の文章はそのようなことが言える根拠ではないといっているんですよ。
「実際には、広がらないことが多いんですよ。ある程度に特異的部位の塩基変異が広がった場合には、」 ← 場合が多い、少ないの問題ではないのですよ。当方が説明したようなことがあると培養細胞全体に広がる、培養細胞のほとんどがその塩基が変異した細胞の末裔になりうるといっているのですよ。誰も129/GFP ESがどのようにしてできてきたかわからない（一人は知っているか）から、可能性を考えているわけでしょ。
学とみ子は「２年ではFES1が129/GFP ESにならない」というけど、その説明ができていないといっているんですよ。
「特異部位における塩基変異が検出可能まで広がる確率は低い」 ← 確率の問題ではないといっているんですよ。培養方法で広がるといっているんですよ。
「これが、学とみ子の 「FES1が1-2年で、129/GFP ESにならない」 の論拠です。」 ← はあ？論拠になってないでしょ。当方の考えがありえないと否定してはいないではないですか。「これ」とはなんですか？「確率が低い」？ ある塩基変異を起こした細胞が培養を繰り返すと数で優位な細胞になり得るのは確率の問題ではありません。
「こんな話（報告書p13）は、当然、学とみ子はわかっていますよ。」 ← わかってないでしょ。学とみ子は桂報告書13頁にも、培養細胞における塩基変異はめったに起きないと記載があります。と書いていますが、そんなことは書いてないです。わかってないではないですか。
「まるで、学とみ子がわかっていない人であるかのように言いますよね。
すり替え作戦ですね。」 ← すり替えどころか、まともに言ってます。学とみ子が理解できてないだけです。桂調査委員会p13の
には「培養細胞における塩基変異はめったに起きない」という意味はありません。
「論拠をしめしているけど、ため息さんが理解できないだけですよ。」 ← 論拠など示していないではないですか。上記の「これ」ですか？
学とみ子が小保方氏在任の２年程度ではFES1と129/GFP ESの塩基の差異は、変異のスピードからありえないと、変異のスピードを示さないと誰も納得しないのですよ。 当方は変異のスピードは培養方法で変わるからわからない、わからないということはありうるという意味ですよ。
「②小保方氏を犯人にしたいグループに対抗するために、理研調査チームは、NGS解析をして事実を示そうとしたのではないか？」 ← 桂調査委員会の調査に至る経緯に「実験に使われたマウスの由来に対する疑義」があるから調査したとあるでしょ。学とみ子の妄想です。
「FES１aとかbとかの考えを感想さんが言いましたが、FES１はひとつです。」 ← FES1はひとつですが、129/GFP ES等があるから、FES1から培養増殖させた株があったに違いないという当然の帰結を書いているわけですよ。
FES1のサブストックが足りなくなったのではという当方の想像に対し、学とみ子曰く：太田さんは、実験に使わなかったと言っています。だから、サブストックが足りないもありません。との反応です。
想像力に欠けてますな。太田市は若山研からFES1、FES2すべて京大に持ち帰ったはずといっているわけですね。しかし、何故か若山研に残っていて小保方氏冷凍庫に129/GFP ESというFES1由来細胞株があったわけです。どう考えても若山研に何本ものFES1凍結チューブが残っていたとは思えないでしょ。このFES１由来細胞を若山研の誰かが解凍して培養したわけですよね。若山研では足りなくなったことが容易に想像できるではないですか。それが事故で混入したか誰かが混入したのかわからないとしても、このFES1を計画的に使うという目的がないとすると、もともと少ないFES1のサブストックが足りなくなっちゃったというのは容易に想像できるでしょ？最初からFES1を使って捏造しようと計画した方がいたら、学生さんがおっしゃるような方法でサブストックをいくつも保存していたかもしれませんがね。計画的でなく、いきあたりばったりで混入させたとすると、元々少なかったFES1ですからこれから作るサブストックも少なかったでしょうね。
＞この件で、体内時計さんの山勘も外れています。
ttps://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1894.html
意味がわかりませんね。そもそも私のコメントが山カンであるという根拠は？ご自分が常に山カン発言を繰り返しているから他者も山カンだと感じるのではないですか？
＞この「絶対、自分は正しく理知の人である」との体内時計的な自信はどこから来るんですよね。
「来るんでしょうね」の間違いでしょうか？私は自分は正しく理知の人であるなどと述べたことはいませんが、そのように感じて下さった、ということでしょうか？
私は以前から生物学は素人だと述べています。ですから、専門家で誠実だと感じられる研究者の意見を参考にし、報告書を読んでいます。
学とみ子さんはご自身も素人であるのに、何故、勝手な想像で断定的な発言を続けるのでしょうか。
FES1から、短期間では、129/GFP ESにはならないということを読者に教えています。
などと、誰一人も主張していないことを繰り返していますが、何故、自身の想像を事実であるかのように述べるのでしょうか。
〇〇の調査委員は小保方氏の味方だとか、××の調査委員は政府から圧力を掛けられているとか、ワイドショーの見過ぎでは？
また、小保方氏が若山研在職中の期間ではFES1から129/GFP ESにはならないということは、他の若山研のスタッフなら可能だということですよね？しかし、若山研のスタッフの実験ノートを確認してもFES1についての記載はなかったことが報告書に記載されています。ということは、若山研のスタッフが自身の研究の合間にこっそりFES1を融解し培養を続けた、ということになりますが、どのような意図で、何故、そのような行為をしなければならなかったのでしょうか？研究者はそんなに暇ではありません。小保方氏を貶めるための行為であれば、小保方氏が若山研に来てからの期間になりますから、条件は小保方氏と一緒ですね。
＞体内時計さんが、信仰でなく科学の人であるなら、学とみ子への反論がいくらでもできるはずです。
学とみ子さんのブログで散々反論してきたはずですが、お忘れになったのでしょうか？結局、信者さんには何を言っても時間の無駄なので、徐々にフェードアウトしてきて今に至っています。
＞今回の体内時計さんは、誤った解釈による引用を反省することすらできません。
私の引用のどこの何が誤っているのでしょうか。何が正しいのでしょうか。お示しください。
私としてはこちらの説明が腑に落ちるのです。
ttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=18584#comment-242845
ハンニバル・フォーチュンさん
ありがとうごじます。まだ旧サーバがいきていますが、plus99%さんのコメントは新サーバでは
https://nbsigh2.com/?p=18584#comments
になります。
plus99%さんが同じことを言ってたわけだ。
学とみ子曰く；
「一部領域にとどまる塩基変異現象」 ← 意味不明。染色体上の一部にある変異？この後の文章を見ると「培養皿にコンフルエントに増えた細胞を見ると一部の部分だけが同じ塩基変異を起こした細胞が集まっている」ということのようですね。つまり当方の図の（２）ですね。
「どの特異的部位の変異が、細胞集団全体に広がるかはわからないです」 ← だから、当方の考えは、培養皿に一面に広がった細胞は、最初数が少なかったから増殖した結果同じ変異の細胞が集まったことになる（当方の図の（２））ことになるわけです。特異的部位に変異した細胞全体に広がらないのです。
「継代で細胞をすくい上げる時にそれが優位になる」 ← そうです（３）から（４）のことです。
「少なくても、そこまでの多さに、特異的部位の塩基変異が広がることが条件になります。」 ← （４）のようになるでしょ？（４）のようになったら、同じように一部のみ切り取って培養すると、細胞全体が共通の変異を持った細胞になる（６）でしょ？
「特異部位における塩基変異が検出可能まで広がる確率は低い」 ← 当方の図のようだったら確率は低くないでしょ。
「それまでに時間がかかる」 ← ２週間もあれば（６）になりますね。
したがって、論拠は「FES1が1-2年で、129/GFP ESにならない」ことを示していません。
当方曰く：学とみ子とは日本語を使った意見交換などできないのがよくわかります
気まぐれぺルドン曰く：だったら、どうして意見交換を続けるのですか・?
臭いものに蓋をするのだが、臭いのを確認しないといられない、あるいは かっぱえびせん だと言っています。
いや、ひどいね。全く理解できてないのですね。
学とみ子が追記で曰く：
この桂調査委員会の文章に時間軸がないのが理解できないのです。なんとかして、変異の量から変異するのに時間がかかると言いたいがために、書いてもない文章に学とみ子の欲望を満たす意味をでっち上げるわけです
学とみ子は３次元はもとより２次元になると解析できないと、先に言いましたが、今回は時間軸がないのに時間の次元を強引にくっつけるということをしたわけで、やはり、次元を一つ加えるともうめちゃくちゃになるわけですね。一次元の現象しか理解できないのでしょうね。中学のY=aX+b で止まっちゃたんですね。総武線の千葉駅から両国駅までの駅名を覚えるくらいが限度なんでしょうか？
「たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低い」とどうして「FES1から、129/GFP ESになるのに時間がかかる」のでしょうかね。
あたりまえなので、ここで説明するのも恥ずかしいのですが、学とみ子は理解できていないので。「たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低い」というのは、例えば第６番染色体のDNA塩基対の端から３６５番目の塩基が、親細胞にはない塩基であった、塩基変異があった、つまり分裂のときDNAの複製時にエラーが発生したとします。このエラーはランダムに発生しますから、ほかの細胞でも同じDNA鎖の３６５番目の塩基に変異があるということはほとんどありえないわけです。ということは、２つの細胞でこの３６５番目の塩基の変異が同じだったら、その細胞は親子、兄弟等の類縁関係にあるわけです。１箇所ならいざしらず、類縁関係がないのにこのような同じ部位の塩基変異が数カ所にあったとしたら、このようなことになる確率は天文学的な数値になり、ありえないということです。この同じ部位の塩基変異がFES1にあったとしたら、オリジナルのFES1から最初にできた細胞であっても、FES1が何代も継代培養が続けられた結果の細胞であっても同じなのです。何代にもわたってコピーされるからですね。ですからこの同じ部位の塩基変異があることには、時間の関数などない、時間軸などないのです。中学生だって理解できているでしょうね。あー恥ずかしい。
体内時計さん
＞学とみ子氏もセイヤ氏もこの中からワンフレーズを自分の主張に都合よく引っ張ってきただけなのですね。
あのスヌーピーで有名なピーナッツにこのようなお話があります。ルーシーが「姉」という単語を聖書から見つけて、クリスマスプレゼントを差し出せという無茶苦茶な展開です。
彼らの都合の良い単語があると都合よく解釈する点がそっくりですね。
因みに、その次のお話はライナスがこのように旧約聖書か新約聖書かどっちなのか聞いて論破しております。ルーシーが答えられず、ライナスにまたぶん殴ってやろうかと脅している点が彼らの論破された時の侮辱発言にそっくりですね。
なお、GoComicsは違法サイトではありませんので、ご安心を。
久しぶりで訪問しましたが、ためいき先生奮闘しておられますね。自分は忙してくてこのもんん台から離れていましたが、youtubeでなかなか秀逸な動画と解説があり、非常に面白かったので紹介させていただきます。多分ご存じとは思いますが。ただ、自分が書き込んだのは学氏にも是非この一連の動画を見て欲しかったからです。お盆休みは暇にあかせてこれらの動画を拝聴しました。非常によくまとまっていると思います。まあ、化学と化学を混同したり様を「さま」と読んだりするツッコミもありますが、問題点と問題でないところのメリハリが素晴らしいと思います。学先生もバトルの合間にじっくり見てみてください。
https://www.youtube.com/watch?v=KB4CB55s2DA
すいません、誰かさんと同じで良く推敲しないで書き込んでしまいました。訂正します。
もんん台→問題
化学と化学→化学と科学
ええ、学先生も間違った時は早めの訂正が良いですよ。STAP問題では、間違いを認めず拗らせたことが問題を大きくしてしまったわけですから。
学生さんがさらに当方の漫画についてコメントされたので、その返事です。
「3種のSNVを一つづつ持つ3個の細胞を一万から数千個の何もSNVのない正常な細胞の中から3個同時にシードしてくる不可能にため息さんはまだお気づきでないようです。」 ← 培養細胞の実験などしたことがないから想像です。現実には解凍したintactなFES1の細胞は少数で培養皿一面にあるのではないでしょ？これがコンフルエントになるまで培養したとします。最初に生じたミスコピーによる変異はどの細胞も均一ではないわけで（これを３つの色で表しています）コンフルエントになった培養皿にある細胞はある塩基変異についてだけ注目すると変異があった細胞集団とそうではない集団になるでしょ？（３色にしないで２色のほうがよかったですね。灰色の細胞は関係ないのですから）
ですから３つの異なった塩基変異のある細胞を１万の細胞から選ぶのではなく、（２）から（３）の過程のように少数の細胞をパンチアウト（この表現がいいかどうかわかりません）した＊とき特定の塩基変異を起こした細胞の方が多く採取される可能性があります。その結果（４）になります。
＊培養細胞を培地から剥がす時に一部だけを取り出すという意味です。そのような方法は普通の継代培養ではやらないのでしょうね。剥がしてトリプシンでバラバラにして、新しい培地にばらまくのでしょうね。よく知らないです。
この説明は現実的ではないのでしょうか？実際を知らないので教えてください。
「それにそもそも一個づつからの培養などはSTAP実験では行われていないし、そんな必要もないからですね。」 ← FES1を誰がどのように増殖・培養したのかはわからないのでなんとも言えません。一個ずつというのはわかりやすくするための極端な話で、少数（どのくらい少数なのかもわかりませんが）の細胞から増殖・培養しても同じことになるのでは？
オスメスの議論を当方はしていませんが、ここで関係するのでしょうか？
学とみ子が追記で反論らしきを書いているのですが、よくわからないです。
１箇所の塩基変異が共通だったら姻戚関係にあるというのは「そんなことはみんな、わかってます。」だそうです。よかったよかった。一つでも学とみ子と意見が一致すると安心です。
「３６５番目の塩基にしぼります。」 ← はい。いいですね。ここに塩基の変異がFES1で生じていた、この変異は親マウスにはないという前提で、議論しましょ。このような変異がFES1と129/GFR ES等に共通しているということですからね。FES1から129/GFR ES等になるのは時間がかかるかかからないかの問題です。
残念ながら「1個の細胞の培養を繰り返すと、いろいろとランダムな場所に塩基変異を起こしてきます。
３６５番目は、25億分の一だから、そこに当たりません。
しかし、何度も何度も、分裂していると、そのうち、３６５番目の場所で塩基変異が起きるかもしれませんね。」 ← 意味が不明です。すでに25億分の１の３６５番目の塩基に変異があるという前提です。何回も分裂してもここに再度変異が生ずる確率はほぼゼロです。ご了解できますよね。
「25億分の1のうち、10億回位目で、その場所に当たるかもしれません。」 ← 塩基の数と分裂の数は明確に区別してください。１０億回の分裂という設定は非現実的ですね。それでも再度同じ場所に塩基変異が発生することはないでしょう。
「だから、1個の細胞の分裂をおっていって、３６５番目の塩基変異を確認するまでに、大変、時間がかかるということになるのです。」 ← 意味不明です。該当細胞が分裂増殖して多数の細胞になって（他の部位に塩基変異が加わるでしょうけれども、該当の３６５番目の塩基は変異したままどの細胞にも共通です）解析可能になるには、例えば培養皿にコンフルエントになるには１週間もかからないのでは？
「到達しにくいから、実際に起きるとなると時間がかかるということです。」 ← 同上で、時間はかかりません。
「つまり、二つの細胞の由来が共通であるとの判定につかえるという論拠は、とても珍しい起きにくい（頻度が低い）事だから、です。」 ← はい、これは、最初の当方との意見の一致したことのことで、時間軸は関係のない話です。頻度が低いどころかほとんどありえないということが論拠ですね。
意味不明です。考えやすくないです。幹細胞や129/GFP ES共通にあってFES1には無い１つの塩基変異は、FES1が何回分裂を重ねても、いくら時間がかかっても確率的に発生しないでしょう。
意味不明です。３６５番目の塩基の話からどうしてこのような話になるのですか？「つまり」という論理をつなげる言葉が論理をつなげていません。「珍しい事が起きるためには、分裂の回数が多くないと達成できない」とはなんですかね？すでに生じている塩基変異が広まる話ではないのですか？
「こうした説明はすでに、行っているのに、ため息さんは一向に理解しません。一体、どうなっているの？」 ← 学とみ子は説明したつもりのようですが、上記のように説明になってないからです。
どうやら、「３６５番目の塩基にしぼります。」 ← という前提が異なるようです。「３６５番目の塩基」になにもなかったことから始まるのですか？当方の３６５番目の塩基の例はFES1にすでにある塩基変異について恥ずかしい説明をしたのですから、これとは条件が違うのらその前提を示してください。
今問題になっているのは「FES1から129/GFP ESになる時間」の問題でしょ。当方は「３６５番目の塩基」の変異が、培養細胞全体に広まるのは時間がかからないだろうと言っているんです。
FES1の樹立が2005.12.7 FLS1の樹立が2012.1.31 ですから丸６年です。この期間で現実にFES1からFLS1ができたので、小保方氏在任中てもありうる時間の長さでは？
surgさん
おひさしぶりです。
おもしろい動画ですね。間違いもありますが、「あの日」をぼこぼこに叩いていますね。当然ですけど。誰が読んでも伝聞ばかりで都合のいいように解釈している私小説ですが、擁護を騙すのには十分だったようです。
＞でも、ため息さんより早く、「小保方氏が若山研在職中の期間ではFES1から129/GFP ESにはならない」を理解してくれたのであれば、学とみ子はうれしいです。
ttps://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1894.html
申し訳ないですが、全く理解できません。
私は細胞を扱ったことがないのではっきりした主張はできませんが、例えば
https://www.thermofisher.com/blog/learning-at-the-bench/freezing-and-thawing-cells/
このサイトを見ても、細胞の凍結や融解が簡単ではないことが理解できます。
以前も述べたと思いますが、細胞の扱いに不慣れな人物がFES1を解凍・培養・凍結を行った場合、またそれを何度か繰り返した場合、元の細胞（FES1）に何らかの影響が出ることは考えられると思います。
繰り返しますが、「時間」「期間」には関係なく、「どのように」「何度」解凍・培養・凍結を繰り返したのかが問題だと思います。
Dさんの
可愛いアニメの紹介ありがとうございます。
＞ルーシーが答えられず、ライナスにまたぶん殴ってやろうかと脅している点が彼らの論破された時の侮辱発言にそっくりですね。
特に今回のセイヤ氏の発言（ttps://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1886.html#comment8000）がそっくりですね。
自分の嘘がばれたり、都合の悪いことを指摘されると、それには触れず相手を攻撃して自分の嘘を誤魔化すのですね。まあ、これは彼の平常運転ですね。
surgさんご紹介の動画、とても面白いですね。文系の博士（修士は理系）ということで、文章に対する突っ込みどころが鋭くて笑えます。FES1を留学生が作製したなど、間違いもありますが、「あの日」はこのように笑いながら読んでもいいのかも知れませんね。他の動画もかなり笑えます（実験ノートのくだりなど）
学とみ子が追記で曰く：：さらにこのSTAP幹細胞、(1)29/GFP ESに共通の1290箇所＊をみつけ、その3割が、FES1では共通していない
だからこの３割の変異が短期間で生じないということなんでしょ？
どうして？という疑問に学とみ子は答えていないと思うわけです。
「単細胞で起きた1個の塩基変異が、全体細胞に至るまでは、継代と分裂のための時間がかかります。」 ← ですから「継代と分裂」を繰り返せば生じるというのは意見が一致すると思いますが、「継代と分裂」がどのようになされたかがわからないから、「短期間で生じない」という根拠がわからないといっているのです。短時間で生じないという根拠を示してちょうだいといっているわけです。FES1からFLS1ができるまでは丸６年ですから小保方氏滞在中にできた可能性は十分あるでしょ。これが数ヶ月だったら、できないかも、しかし意図したらできるかな、とは思いますよ。
当方は、限られた細胞を取り出して継代培養したら、ある特定の塩基変異がある細胞ばかりなるでしょといっていますが、これは、学とみ子の「培養細胞にひろがらない」という意見を否定しているのです。しかし広がるのに時間はかからないのでは？と言っているのです。
学生さんは、「混濁した細胞を撒く」とおっしゃってますが、そうではなく、均一になってない培養細胞群の一部のみをピックアップして継代培養すると特定の塩基変異が共通になっている細胞ばかりになるでしょと言っています。そんな面倒なことを誰がやる？ありえないといわれても、当方は現実の細胞培養をしたことがないのでわかりません。机上の空論かもしれませんが、不均一な少数細胞を培養したら特定の塩基変異を持つ細胞ばかりなることがあるのでは？と言っています。
＊正確には桂調査委員会報告書p6「ES細胞FES1とFES2でのみ異なるSNPs、1,290SNPs」でこの1,290の塩基変異は「STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、および、ES細胞129/GFP ESは同一細胞株といって良い程の高い類似性を示す」です。BCA論文（松崎）では「1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005.Regarding these SNPs (1,290 SNP allele), STAP cell lines FLS3 and CTS1 and 129/GFP ES cells are nearly identical, but differ slightly from FES1 (at 30% of these alleles)、このFES1 と FES2 で異なる1,290SNPsはFLS3 and CTS1 and 129/GFP ESではほとんど同じだがFES1とは少し(30%）違う」です。「共通の1290箇所をみつけ」たわけではありません。正確に記載しないと誤解します。
この1,290SNPsが桂調査委員会のスライドの24,649 sites とどうちがうのでしょ？どっかで議論になったかと思うのですが、誰か教えてください。
＞この1,290SNPsが桂調査委員会のスライドの24,649 sites とどうちがうのでしょ？どっかで議論になったかと思うのですが、誰か教えてください
今、ざっとググったレベルですが「一研究者・教育者の意見」（ttp://blog.livedoor.jp/pyridoxal_phosphate/archives/29709918.html#comments）で
『681. ブログ管理人
2015年05月30日 18:38
「679. メリカ」さん
SNP問題については、図の「24,649 sites」と、報告書の「1,290SNPs」の違いが何なのか報告書には書かれていませんので「議論するには情報が足りない」というのが私の判断です。』
『733. 在米ポスドク
2015年05月31日 16:07
ブログ主の「24,649 sites」と「1,290SNPs」の違いについて議論するには情報不足、岡部マウスがCAGにコンタミ、というのは奇抜過ぎる、という両意見には賛成です。』
等がありました。
「24,649 sites」と「1,290SNPs」の違いについて、私も明確な説明を読んだ記憶がないのですが。
体内時計さん
ありがとうございます。
たしか、だれも明確な答えを持ってなかったと思っていたのですが、やっぱりでした。
異なった発表なので、異なっていてもいいといえばいいのですが。
体内時計さん
＞可愛いアニメの紹介ありがとうございます。
日本ではグッズ用のマスコットキャラのイメージが強いスヌーピーですが、原作漫画のピーナッツはアメリカの新聞で連載された4コマ漫画で（例外あり。）、日本でいうサザエさんのような風刺の強い漫画です（サザエさんが4コマ漫画なのも忘れがちですが。）。
余談ですが、ピーナッツによく使われる単語が「sigh」だったりします。本来なら意訳で「はぁー。」と訳されるのですが、日本語訳版ピーナッツの翻訳を担当された谷川俊太郎先生の訳ではわざわざ「ため息」と入れてたりします。なかなか良いセンスをされております。
なお、ピーナッツの日本語訳版でsighをため息という意味を当方は知りました。
で 1,290、
除外しなければ 24,649 と読むのは大外れなのでしょうか？
ハンニバル・フォーチュンさん
かもしれません。第 6、第 11、第 12 染色体の一部は親がヘテロだったためにFES1と FES2で異なった部分なので、一塩基変異だけを対象とするため1,290を対象としたのかもしれませんね。でしたらあの近縁率の図も1,290で作ればいいのに、何故でしょね。
私は24649siteと1290SNPsの違いは以下のように理解しましたがド素人故まちがっているのでしょうか。
1、まずFES1、FES2と解析対象のSTAP幹細胞やFI幹細胞のSNPsを比較してこれらの細胞に共通するSNPsを選び出したら24649個あった。
2、次にこれらの細胞の親に当たるマウスの系統の遺伝子情報と対照してこれらの細胞に共通するSNPsを差し引いた。（これはこれらのSNPsは親から引き継がれたことを意味している。）
3、これらの過程で第6、第11、第12染色体が本来129系統とBのヘテロでなければならないはずが129ホモだったりしたため比較できないので外した。
というわけで残った1290個のSNPsが細胞が樹立されてから入った変異として解析されその結果どの細胞とどの細胞がより似ているか（より近縁か）が示されたのが99.ⅹⅹという数字だと理解しました。
誤記がありました。ごめんなさい。
1、はこれらの細胞に共通するは誤りでそれぞれが持つSNPsを選び出したです。
アノ姐さん
コメントありがとうございます。体内時計さん、ハンニバル・フォーチュンさん、アノ姐さんのコメントのおかげで、素人読みで再度考えてみました。
FES1とFES2は兄弟ですが、親が近交系であるべきところ第6、第11、第12染色体の一部が、親がヘテロだったわけです。他の部分はホモで違いがないハズです。違いがあったらそれぞれが確立するときに生じた１塩基の変異SNPだということになります。
桂調査委員会の記者会見のときのスライドでは「Acr-‐GFP/CAG-‐GFP (FES1-‐FES2で異なるSNPsのみ使用して比較)24,649 sites」
とあります。単に異なった塩基をカウントしたということでしょう。
桂調査委員会報告書p6には「ES細胞FES1とFES2でのみ異なるSNPsに関して、両者の遺伝的背景の相違によると判断された上記第6、第11、第12染色体のSNPsクラスターを除外し、残った1,290SNPsを用いて比較を行うと、STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、および、ES細胞129/GFP ESは同一細胞株といって良い程の高い類似性を示すことが判明した。」
「両者の遺伝的背景の相違による」というのが第6、第11、第12染色体の親がヘテロだったことに由来する部分だと思います。この部分にある塩基の違いは FES1 と FES2 が確立してから塩基の点変異で生じた違いか、違いが親がヘテロだったから親から受け継いだのかのどちらかわからないので除いたということでしょう。ですから、もしSNPがDNA複製のときのコピーエラーとするのならスライドの方に「異なるSNPs」としているのが不正確ですが、SNPが単に一塩基の違いの意味だったら間違いではないということではないでしょうか。ハンニバル・フォーチュンさんの意見と一致です。
としたら、近縁率は1,290塩基で比べたほうがいいのではないかと思うのですが、どうなんでしょうかね。
しかし、学とみ子はハンニバル・フォーチュンさんと当方コメントを読んで、参加したくとも意見がないので参加できず、「何故でしょね。」と言う前に、ため息さんは、「公表されてませんね」と答えるべきですね。と意味不明のいいがかりというか、ヤキモチ発言です。
学とみ子の「全体を視野におかず、FES１、129/GFP ES、STAP幹細胞のちがいの比較が可能となる特異点1290を、選んだと考えると良いと思います。」 ← は完全な間違いでFES１とFES2で違いのあるSNPsですからね。
学とみ子の「全体を視野におかず、FES１、129/GFP ES、STAP幹細胞のちがいの比較が可能となる特異点1290を、選んだと考えると良いと思います。」という発言は完全な間違いとコメントしたら、方法論が書かれていないのだから、第三者にわかるわけないでしょう。方法論が無いのに、何が間違いなんですか？との反応です。
当方が誤りだと指摘したのは根拠があるわけで、その根拠も添えてコメントしているのだから、その根拠の解釈が違うとかいうクレームならいざしらず、読みもしないで、当方が否定したから単純に「学とみ子を潰すことしか、ため息さんの頭にはありません。ため息さんは、正当な考えを潰す」と、脊髄反射なわけです。
桂調査委員会報告書p6に「ES細胞FES1とFES2でのみ異なるSNPs（のうち、）1,290SNPsを用いて比較を行う」とあるわけで「129/GFP ES、STAP幹細胞」はこのSNPsの選択に関係ないのです。
「方法論が書かれていない」 ← SNPsを比較したんですね。どうやってSNPsを調べたかはこの分野では常識なんですね。だからSNPs調査方法に関して誰からもクレームがないわけですね。確立した方法なんですね。
記載されているところを具体的に示してこれを根拠にコメントしているのだから、これを読めば学とみ子といえ、理解できると思うわけです。しかし否定するのですから、読まないか、読んだけど理解できなかったのどちらかです。前者だったら人様と議論したいなどと言うべきではないし、後者だったら、日本語の勉強をやり直す必要があります。勘違いだったら素直に間違えたといえばいいのです。
https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1553.html
昨年の学とみ子氏のブログに「一研究者・教育者の意見」に投稿されたコメントが引用されています。
Aさんという研究者と思われる方が
〝24649- the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity=1290“
と述べられていますね。
BCA論文には
“After the above three SNP clusters reflecting parental heterogeneity are excluded, the remaining 1,290 SNP alleles that distinguish FES1 and FES2 are supposed to have accumulated at or after establishment in 2005.”
と記載されていて、24649siteから親の交叉原因を取り除いたものが1290SNPsということで、皆さまの意見と同様かと。
＞としたら、近縁率は1,290塩基で比べたほうがいいのではないかと思うのですが、どうなんでしょうかね。
私もため息さんの意見に同意です。
因みに、このAさんのコメントが書かれた一研究者ブログの記事は削除されてしまったのですね。昨年は忙しくてまともに読んでいなかったのですが、何かあったのでしたっけ？
http://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=18599
失礼しました。このため息さんの記事を読み返したのですが、どうもAさんは研究者ではないようですね（和モガ氏っぽい）。1年前のことなのに、すっかり忘れてました。
体内時計さん
「因みに、このAさんのコメントが書かれた一研究者ブログの記事は削除されてしまった」のは当方が、特定のコメントが名誉毀損・人権侵害にあたるからとlivedoorに正式な抗議を行ったからです。多分、ブログ管理人がLivedoorから抗議があったという連絡を受け、多数ある該当コメントのみ削除するなどというのは面倒なので、コメントを含めた記事全部を削除したものと思われます。
このブログの記事はコメントが複数ページにまたがっているので、すべてのコメントを含んだ魚拓は採取できません。記事とすべてのコメントのコピーは保存してありますので、赤玉、白玉の議論等再構築できます。
体内時計さんご紹介の学とみ子の記事にあるAさんのコメントは、元記事にあるコメントの転載であることが確認できます。もし、学とみ子がこのAさんのコメントを読んで理解したとしたら、「FES１、129/GFP ES、STAP幹細胞のちがいの比較が可能となる特異点1290を、選んだ」などというデタラメ発言がでるわけがありません。
Aさんのコメント
です。当ブログの議論と一致しています。
ちなみに赤玉白玉の件は
で、当方の図と考えが一致しています。その後、ざっとみたところ、この件についての議論はないようです。
体内時計さん
Aさんがどのような方かわかりませんが、和モガ氏ではないと思います。2021年6月21日の時点で当方は和モガ氏の近縁率の図を否定しているのですが、Aさんから2021年06月23日 に当方に言及するコメントがあるので、もしA氏が和モガ氏ならなんらかの反応を書いていると思います。
学とみ子曰く：Aさんは、一言居士さんでしょう？
も違うでしょうね。この「一研究者・教育者の意見」というブログ記事に一言居士さんが盛んにコメントしていますが、その論調と全くちがいますからね。（追記 2020.8.18 15:15 はっきりしないので取り消します）昔のサーバはまだ生きていますのでhttp://seigi.accsnet.ne.jp/sigh/blog/?p=18599を見ることができますが、https://nbsigh2.com/?p=18599 が現行のサーバのページです。
URLのp=18599が同じになります。
学とみ子が追記で曰く：
学とみ子の言い分は珍紛漢紛ですね。当方は「1,290SNPs」の話と「１個の塩基変異が広がる」話を混同していることはありません。なにをいっているんでしょうね。
確立された方法、推測、公開された文書 すべて区別していますが、具体的に区別できてない当方の発言はどれでしょ？具体的に言えないでしょ。「お前のカーチャンでべそ」発言ですからね。
ため息さん
ありがとうございます。
一研究者ブログ、カオス状態でしたね。
私は在原のなんちゃらとか小野なんちゃらの一人芝居が出てくると気分が悪くなるので極力読まないようにしていました。
＞Aさんがどのような方かわかりませんが、和モガ氏ではないと思います。2021年6月21日の時点で当方は和モガ氏の近縁率の図を否定していて2021年06月23日 に当方に言及するコメントがあるので、もしA氏が和モガ氏ならなんらかの反応を書いていると思います。
ありがとうございます。確かに以前の和モガ氏は自身の仮説を否定されると脊髄反射で反論されていましたものね。
＞学とみ子曰く：Aさんは、一言居士さんでしょう？もちがうでしょうね。
それはほぼ確実に否定できますね。
そういえば「学とめ子さん」という方もいらっしゃましたね笑
体内時計さん
そうですね。あのブログにコメントされる方は在米ポスドクさんを始めとするまともな方々と、匿名をいいことに不適切な発言をするバカどもがいて、読むのが不快になることが多々ありましたね。まともな方の発言を拾い読みするのも面倒でしたね。
＞＞学とみ子曰く：Aさんは、一言居士さんでしょう？もちがうでしょうね。
＞それはほぼ確実に否定できますね。
https://nbsigh2.com/?p=23212#comment-19856
すみません。
＞ほぼ確実に否定できますね
これは撤回します。証拠がないのに「ほぼ確実」というのは不適切でした。
失礼いたしました。
＞Aさんは、一言居士さんでしょう。ため息ブログのレスポンスには驚きます。議論を追えないし、内容理解もできないようです。
もうこれにこりたら、ため息ブログ主、メンバーたちは、他人をバカにして、自らを、知識人ぶるのは止めてくださいね。
ttps://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1894.html
現在、「一研究者・教育者の意見」を読むことはできませんから議論を追うことはできませんね。
しかし、学とみ子さんは一研究者ブログを閲覧できる状態でありながらも
と述べていたのですよね。
他者を誹謗する前にご自分のコメントを確認されることをお勧めします。
…と書いたのですが
＞＜一言居士のSTAP事件簿＞より引用
(一言居士注)
ご承知の通りAさんは無論僕ですよ。本人が言ってるんですから間違いないですよね。僕の書いている物を読みなれている人にはすぐわかるでしょ。Ts.Mさんは分かってますよ。でも、そうだとは思っていても文章だけで断定することはできませんからね。これは誰にもできないんです。ttps://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1894.html
なるほど、一言居士氏がご自分で「A」氏だとカミングアウトされていたわけですね。
つまり、学とみ子さんは「一言居士のSTAP事件簿」を読んで彼がA氏だと理解されたわけですね。
であるなら、そのように書けばいいだけであり、「議論を追えないし、内容理解もできない」などと他者を中傷する材料にするのはおかしいですね。
1年前の議論の真っ最中に「Aさんは新登場の方であることは明らかで、今までの誰でもないということ」と述べたことは学とみ子氏ご自身が「議論を追えないし、内容理解もできない」人であったということになりますね。
体内時計さん
学とみ子が自分が過去に何を言ったのか記憶にないのは周知のことですからね。
消された記事http://blog.livedoor.jp/pyridoxal_phosphate/archives/83403104.htmlには
というようなことが書いてあります。Aさんが誰であるかを追求しても意味がないです。
ため息さん
＞Aさんが誰であるかを追求しても意味がないです。
ありがとうございます。仰る通りですね。
しかし
＞ため息ブログに記憶に無かったのは驚きでした。https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1894.html#comment8007
誰もが一言居士氏のブログを読んでいると思い込んでいるところが驚きですね。
ため息さん、体内時計さん。
学さんの所。やつしと言うか、アラバールと言うか!(^^)!
学とみ子さん
”shattering hindsight complacency is the best way to make us appreciate how uncertain everything seemed before everyone became contaminated by outcome knowledge.” Geffrey Parker
※”hindsight complacency”を避ける事は困難を極めますが…
どちらさまにも、建築家とアッシリア皇帝。
気分転換になれば幸いです＜でも重篤な副作用あり!(^^)!＞
Aさんが一言居士とか誰かを追求しても意味がないといいました。
しかし、学とみ子自身がAさんについての自分の記事を紹介したので、読んでみました。以前にも読んだのですが、改めてです。そこに転載されているAさんのコメントが一研究者・教育者でのコメントかどうか、学とみ子は引用元を書くことがないので確認するのが大変なのですが、例の削除した記事に、転載されたコメントがありました。
です。
一言居士氏は確か自分のブログでこのコメント同様に電子顕微鏡でなにか操作するようなことを書いていたと思うのですが、一言居士氏のブログから探すのはいやですね。ときどき読んでいるだけですから記憶は曖昧です。Aさんは電子顕微鏡がどんなものか知らないので、このコメントにあるように、実体顕微鏡のように見ながらなにか操作することができるような発言をしています。医学生物学系の大学を出ていれば電子顕微鏡がどんなものなのかを常識として知っているので（医師である学とみ子はこのことにツッコミを入れてないから電子顕微鏡を知らないかもしれない）、このような誤りをするわけがありません。つまりSTAP事件のSNPについてコメントする方でこんな誤りをする方は、皆無と思うので、当方の記憶が正しければ、Aさんは一言居士氏の可能性が高いです。まるで複数のサイトのSNPが一致しているかのように同一人物なのかも。当方のこのことについての前言は取り消します。かつての当方のコメントでは学とみ子のＡさん＝一言居士氏にのって、同一人物であるような発言をしていました。自分で同定したわけではないのですが、学とみ子が一言居士氏やセイヤ等と褒め称えているので、それに乗って確かめもせずコメントしていました。
A氏がだれなのかはどうでもいいですけどね。夏休み暇なもんで。高校野球のほうが第２試合、第３試合ともに接戦で面白いですね。
トリプル・プレイだぜ。
学とみ子がこれからもFES1から129/GFP ES（FLS1, CTS1）に変異するのは時間がかかって小保方氏在任中はできないことを説明したというでしょうから、学とみ子の論理がめちゃくちゃで説明になってないことを書いておきます。
学とみ子曰く：
この意味不明の文章を考えてみます。
桂調査委員会報告書p13の「培養細胞樹立後もわずかずつ変異が生じるが、たまたま同じ部位に同じ変異が生じる確率は非常に低く、数か所に同じ変異（親マウスにはないもの）がある場合は、同一の培養細胞由来と判断できる。」は学とみ子は「そんなことはみんな、わかってます。」というのですがどうでしょうか？「何度何度も分裂をくりかえすいう条件下であれば、低い確率ではあるが、２細胞間で、たまたま一致することはありえるかも」 というのは誤りで報告書の「非常に低く」はほとんどありえないということです。この確率は塩基の一致が発生する確率のことで、塩基の変異の量を説明するものではありません。
学とみ子は「1－2年では、FES1から、129/GFP ESにならないことは、容易に想像できます」といいますが、変異の確率ではなく変異の量がどのくらいの時間でできるかの説明がないので「容易に想像：などできないのです。
そして「だから、FES1から129/GFP ESに時間がかかるだろうとの考えに至ります。」というのですから、この「だから」は「低い確率」だからとしか読めません。仮に「低い確率」であったとしても、この変異が生じるのは分裂の時ですから、何回も分裂しないと1,290塩基の30%の違いは生じないわけです。
サイコロを降って６が出る確率は1/6です。３回連続して出る確率は(1/6)^3ですからかなり低くなります。では三回連続して６がでるまでさいころを振ってみます。すぐ出るかもしれませんが、なかなかでないでしょう。この「なかなか」が時間がかかるということです。しかしこれをパソコンでプログラムを作って実施したら多くの場合すぐにできるでしょう。パソコンでは”さいころを振る時間”（１〜６のどれかをランダムに出力する時間）がほんの少しだからです。確率は同じでも実施して結果が出るまでの時間は確率の問題ではないのです。
＞学とみ子
学とみ子の「だから」という論理は成立しないのがわかりますか？
学とみ子が全体を視野におかず、FES１、129/GFP ES、STAP幹細胞のちがいの比較が可能となる特異点1290を、選んだと考えると良いと思います。と言ったので、当方は、この考えは完全な間違いと批判したわけです。
桂調査委員会報告p6には「ES細胞FES1とFES2でのみ異なるSNPsに関して… 1,290SNPsを用いて比較を行うと、STAP幹細胞FLS3、FI幹細胞CTS1、および、ES細胞129/GFP ESは同一細胞株といって良い程の高い類似性を示すことが判明した。」とあります。ですからこの「特異点1290」の選択に「FLS3、FI幹細胞CTS1、および、ES細胞129/GFP ES」は何の関与もないことがわかります。「129/GFP ES、STAP幹細胞のちがいの比較が可能となる特異点1290を、選んだ」のではありません。「1,290ケのSNPsを用いて比較を行」った結果FES1と「129/GFP ES、STAP幹細胞」の間に異なったSNPsがあったのです。
従って「方法論が書かれていないのだから、第三者にわかるわけないでしょう。
方法論が無いのに、何が間違いなんですか？」という学とみ子の反論は、意味不明です。
さらに「方法論が、書かれていないとかが分かる人は、良く考えている人たちです。途中の経緯は抜けていても最後の拠り所はあります。」という反論も意味不明です。方法論など誰も議論していないのです。SNPsの検出方法なと誰も問題にしていないのです。
「デタラメを、自信を持って学者が書いてしまうと影響が大きいです。」 ← 上記のように学とみ子の発言がデタラメなんだから、デタラメと言って何処がわるいのでしょうか？
さて、129/GFP ES（FLS1, CTS1）がFES1に由来したことが塩基の変異でわかったわけです。FES1は2005年12月、FLS1は2012年1月にそれぞれ樹立されていますのでほぼ丸６年の時間があります。つまり1290のSNPの30%つまり 387ケの塩基の変異は６年未満で発生したことになります。
以下の素人計算、どこか間違ってますか？
弘前大学農学生命科学部畜産学研究室（繁殖生理学分野）のサイトの突然変異の頻度のページでは「ヒトや他の哺乳動物では，修正されないエラー ( すなわち，突然変異 ) が 5 千万 ( 5 x 10^7 ) 個のヌクレオチドを引き渡すうちに約 1 回の割合で起こる。」とあります。これは培養細胞ではなく生体での変異の頻度のようです。この頻度を適用すると、1290のSNPサイトに一回の分裂で発生する塩基変異は1290/5×10^7 =0.0000258ケになります。 387ケの変異が発生したわけですから387/0.0000258=15,000,000 回の分裂が生じたことになります。
ES細胞の分裂周期は10~30時間、平均15時間という記事があります。15時間とすると15,000,000 回ｘ15時間＝225,000,000時間＝25,685 年となります。学とみ子は喜ぶかもしれませんが、６年未満で変異が生じたので全く当てはまりません。つまりこの塩基変異の頻度（１回の分裂で 5 x 10^7 個の塩基にに約 1 個の塩基変異）は全くあてはまらず、もっと培養細胞の場合は頻度が高いことになります。１回の細胞分裂で1,000倍以上の変異が発生しないと説明できないことになります。
きっと、このような点変異が多数発生したのではなく、１回の分裂でどっかがごっそり入れ替わったとかのエラーがあったのではないかと推定されます。つまり、どのくらいの時間で1290のSNPのうち387個の変異が生じたかは、培養がどのように行われたかとかの情報がないとわからない、わかっても各ステップでどのように変化したのかがわからないとわからない、ともかく６年未満で発生したとしか言えないと思います。つまり小保方氏在籍中にFES1が解凍され株分けされて使われた可能性があるとしか言えません。小保方氏在籍中に生じなかったと断定することはできないと思います。
どうでしょ？こういう推測は間違いですか？
突然変異の頻度のページで例示されているところの当該の頻度は生殖細胞における頻度であると読めるのですが、違いますでしょうか。
今回、欲しいのは体細胞における頻度であると思います。
… ES の場合も同じかどうか …は置いておきます。
継代培養であっというまにトリソミーができてしまうことを考えると脆そうにもおもいますが……
傍証をみつけました。
体細胞と生殖細胞 ( hXXp://nature.cc.hirosaki-u.ac.jp/lab/3/animsci/text_id/Germline%20vs%20Soma.html )
のページ最下部に、
《生殖細胞の突然変異の頻度
[ 突然変異の頻度についてはこちら ]》
とリンクがあり、このリンクを踏むと、 sighさんご紹介の、
《突然変異》のページに飛びます。
生殖細胞の突然変異の頻度であることは間違いないでしょう。
高等な動物の生殖は、かなりセキュアになっていまして、異常個体の数を減らす方向に進化していることかと。
いつまでやるんだよー、と oTake。
surg さんの紹介の YouTube 動画は、私が以前（2022年8月10日 16:43）のコメントの最後の方で、
YouTube 動画
【ゆっくり動画】博士号持ちが「あの日」をもう1回読んでみた”
と、紹介したものと同じですね。
まだ、全部完成していないので、小保方支援者に荒らされやしないかと思って、リンクを貼ってなかったんですが、surg さんは貼っちゃったのね、大丈夫かなー（笑）
因みに、これら動画群は全て、文字に全て書き起こしています。
講談社に批判意見を述べた 2016 年に手記「あの日」の全解析（裏取り等含む）したのと併せ、比較しいつか Web で動画で公開しようかと考えています。
一応、私の YouTube 動画の音楽以外のチャンネルはあるんですが、動画作るのが大変なんで、保留状態なんですよ。なので、あまり期待しないで下さいです（笑）
STAP や小保方の件はオワコンなんで、余計面倒くさくて、あんまり、やる気出ないんですけどね。
ということで、“けるびなあかでみー”さん、取り敢えず頑張って下さいねー（他力本願）
ま、小保方は“捏造”かもしれんが、私 oTake は“熱情”なんですよ。
因みに、“熱情”とは、BEETHOVEN の 3大ソナタの一つのことです。（初見演奏に近いんで、全然納得がいってないんですが）
SONATE Op.57“Appassionata”
1楽章: 0:00 ～ 8:58
2楽章: 9:00 ～ 14:15
3楽章: 14:15 ～ 21:44
Piano: Steinway Concert Piano（French Law 435 Hz）
Date: 2022.8.15
https://m.youtube.com/watch?v=JEw5BzX1WJ8&t=45s
学とみ子が“FES1が1-2年で、129/GFP ESになりうるのか？”云々、吠えてますけど…
結論から言いますけど、半年もしないうちに変異しますよ。変異していると言った方が良いですかね。
生体内の細胞は、変異細胞が細胞競合（Cell competition）などによって、恒常性が保たれ、最終的に変異はあっても数個という話になっています。
sighさんの引用
『弘前大学農学生命科学部畜産学研究室（繁殖生理学分野）のサイトの突然変異の頻度のページでは「ヒトや他の哺乳動物では，修正されないエラー ( すなわち，突然変異 ) が 5 千万 ( 5 x 10^7 ) 個のヌクレオチドを引き渡すうちに約 1 回の割合で起こる。」とあります。これは培養細胞ではなく生体での変異の頻度のようです。』
これはあくまで生体内だから言えることであって、培養細胞に於ける変異はその限りではありません。培養細胞の場合、生体内とは違って、恒常性が保たれないので、変異があっても細胞が死滅してしまうものでまない限り、蓄積していきます。変異発生の要因は、細胞の状態、培養の仕方などの影響が大きく、生体内にある時よりも変異しやすい。
小保方支援者は、生体内での変異発生率（一度の分裂で起こす変異は数個）で、逆算しているから、現実離れした数年の長期に渡る継代培養とか、おかしなことになっています。
細胞培養での変異発生率は細胞の状態や培養の仕方の具合で、数個から数百の幅で簡単に変動します。理研の調査結果の変異量だと、数日（数継代）から数年（継代数？）と逆算されるので、変異量から継代数がどの程度なのか判別出来ません。
そもそも、数年に渡る長期培養というのが、細胞培養を知っている人からすればナンセンスの極み。えっ、何の為に？となります。
培養細胞は生体内とは違い恒常性が保たれていないので、その培養中にどんどん変異してしまい、特に培養が下手であったり、培養する細胞にあった至適な培養条件を設定してやらなければどれだけ変異が発生するか分からないですね。
一般的な研究室での培養の継代数は、変異などを考慮に入れて、継代数の上限 20 程度だと設定していると思います。それを超えた場合、細胞に異常がなくても廃棄し、継代数の少ない Stock を使用、もしくは、新たにマウスから ES 細胞を作成するのが原則で、例外的なのは、STAP 実験でも見られた、長期に渡る増殖度実験など必要がある場合、細胞そのものが特殊なもので培養し続けて、仕方なく継代数を重ねざるを得ない場合だけ。
実際、若山研に於ける ES 細胞の使用が日常どうであったかですが、先程の一般的な研究室と同じで、継代数をおさえた細胞培養を行っています。最初に必要だと考えられる ES 細胞を大量に作って、もし、足りなくなってしまった場合は、新しいラインで新たにマウスから ES 細胞を作成しています、と話を伺ってます。
この話は、随分前に終了しています。
何度繰り返すんでしょうか（呆）
oTakeさん、本当に有り難うございます。
――
今回勉強してビックリしたのですが、８番トリソミーを起こした細胞の増殖率は他の細胞のそれよりも大なので、培養中の株であっというまに支配的な存在比率になるようですね。
コロナみたい。
テラトーマも作れないことは、笹井先生も最終的に同意していらっしゃることで、この笹井先生によるイメージと、学とみ子さんによるイメージは一致すると、学とみ子さんが確信を込めて言明していらっしゃいます。
テラトーマもキメラも作れない、そんな、多能性のかけらもない小保方細胞を、いつまでも後生大事にすることは、学とみ子さんの人生の無駄遣いではありませんでしょうか？
oTakeさん、 ハンニバル・フォーチュンさん
ありがとうございます。
学とみ子が小保方氏の理研滞在中にFES1から129/GFR ES への変異は期間が短くてありえないというので、そんなことはないと、ES細胞の培養に伴う塩基変異の頻度を調べたのですが、なかなか見つかりません。生体内での分裂増殖時の変異の頻度は見つかったので、これを根拠に遊んでみたわけです。例えばハンニバル・フォーチュンさんご指摘のトリソミーは培養細胞では珍しくないわけで、これをSNPsにカウントするのはおかしいのですが、これ同様、かなり大きな変異が簡単に発生するものと、先のコメントの結論に書いた書いたわけです。
ES細胞を培養している方は塩基変異、染色体変異が高頻度に発生するのが常識で、そんなことは論文にならないので書く方はあまりいませんからね。変異の量はばらつきが大きくその測定をすること自体が研究対象にならないのでしょうね。
oTakeさんのおっしゃるように、またES細胞は不安定との論文があるように、あるいは学生さんも触れたように、継代培養を続けることは普通行わず、オリジナルの株あるいはこれを最初に増殖した株（サブストック）を多数保存し、実験を続けるためには、この元の株を解凍して使うというのが常識なのは、培養細胞では変異量が多いから継代培養すると性質が変化するからというのは納得できる話です。
FES1の場合はほどんどを京大に持ち帰ったとされているので、若山研に残っていた凍結チューブは数が殆どなかったと推定されます。ですから継代培養を続ける必要があったのでしょう。最初から計画したものではないとすると、冷凍庫に残った株、129/GFR ES がほんの少ししかないというのは当然と想像できます。
「この話は、随分前に終了しています。」そうでしょうね。変異の量がおかしいという議論は何処にもなかったと思うし、FES1とくらべた129/GFR ESの変異の量自体はだれも問題にしなかったのは、当然だったのですよね。
というわけで、この学とみ子の「小保方氏の理研滞在中にFES1から129/GFR ES への変異は期間が短くてありえない」説は否定された、短い期間（小保方氏の理研滞在期間程度）でこの程度の変異量はありうる、こととします。学とみ子に反論があるのなら、変異するに要した時間は変異の確率と直接関係ないことを意識したうえで、根拠を添えて、トライしてみてください。できないでしょうから、この件は、学とみ子の「FES1とFES2の親のコロニーが異なる」説が否定されたのと同様、決着が付いたとします。
学とみ子の新しい記事については 続く です。
学生さんの新しいコメントは当方が素人だからでしょうが、意味がわからないです。
「4細胞サンプルの中に互いに同じvaliantを持つ細胞が少しづつ含まれている」 ← 「互いに同じvaliant」とは何のこと？
「一つの検体内の全細胞に同じSNVがあるのではありません」 ← 「検体」とは培養細胞のコロニー？ たとえばシングルセル継代ではある特定の塩基の変異はコロニーを構成する細胞すべてにあるし、クランプ継代では、コロニーの一部の断片を播種するということになりますから、特定の塩基変異を持つ細胞が偏って採取される場合があるからこれを繰り返すと、コロニーすべての細胞が特定のSNPを共有する事がありうるのでは。SNPと当方がいっていたのは正しくなくSNVですかね、調査委員会報告書にならっていたのですが。
「その含まれている種類の割合によって4細胞サンプル間での分裂回数の違いが解ると言う論理」 ← 「その」とは valiant＝SNVのこと？valiantnoの種類の割合でどうして分裂回数がわかるのでしょ？
「一言さんのおっしゃっているのは、登録SNPs上に培養過程で発生した新たな1290箇所のSNV共有比較で分裂回数の違いが判ると言う報告書の論理は正しくない」 ← 一言居士氏がどこで言ったのかわかりません（引用元を示してください）が、桂調査委員会報告書には分裂回数を議論したところはないのでは？「分裂回数」という単語は検索してもないし「分裂」でヒットするところは関係ないです。
この記事のコメントが100件に達しますので、新しい記事、oTakeさんが登場するということは、学とみ子説が否定されたということです。を立ち上げました。コメントは新しい記事の方へどうぞ。この記事のコメント欄は閉じます。