学とみ子はSTAP実験は、特殊な遺伝子異常を抱えたマウスが使われました。といいます。そこでこの学とみ子の「STAP成功は遺伝子異常マウスだから成功した」説を検討してみました。
学とみ子が「特殊なマウス（後に遺伝子異常と同義であると説明しています）」という表現を使ったのは；
2019/06/09学とみ子の想像ですが、もともと人工的操作された特殊なマウス脾細胞を材料にしたからこその、キメラの成功だったのはないかと？普通のマウス細胞使用では再現性が得られなかったのではないか？という発言が最初のようです。つまりキメラができたのは「特殊な遺伝子のあるマウス」からSTAP細胞が作られたのであり、複数の再現実験ではwildなマウスを使ったので再現できなかったのだという考えです。
その後も；
・2019/09/26 STAP事件は、遺伝子構成が極めて近似している特殊なマウスを材料とした実験で起きた研究トラブルである。
・2019/10/07 特殊なマウスからSTAP細胞が作られたとの事実は、BCA論文のExtFig1である。＊
＊：STAP cells are derived from ES cellsというBCA論文の Extended Data Figure 1 は Genome-wide SNP patterns of STAP-cell-related cells and mice.で、STAP幹細胞等の関連細胞の遺伝子解析の図が「特殊なマウス」を示しているという学とみ子発言であるが何が特殊なのか意味不明。
・2019/10/16 長期間、若山研究室で閉鎖的に飼育されていた特殊なマウスがSTAP研究で使われていた。染色体や、遺伝子構成が標準マウスでは無かった。だからこそ、簡易検査でも、STAP細胞はES細胞とそっくりになってしまったのである。＊
＊クローズドのコロニーでのマウスの飼育は、そのマウスの細胞がES細胞とそっくりになるというおったまげた考えです。
・2019/10/23 世界の科学界は、特殊なマウスがSTAP実験に使用されていたことと、調査報告が [混入] とで納得しました。
・2019/11/21 若山氏も、渡したのは、１２９xB６としか、言わなかったけど、使われたのは特殊なマウスです。
・2019/11/23 以前から、人工操作が多く入った個別コロニーマウスは、遺伝子制御が狂っているので、幼弱化しやすいのか？とか、学とみ子は言っています
という発言が続きます。一貫としてSTAP細胞ができ、キメラができたのは実験材料であるマウスが特殊だったからであり、再現実験に失敗したのはこのようなマウスを使わなかったからであるという考えです。（遺伝子構成が）特殊なマウスであるという根拠はBCA論文のExtended Data Figure 1 の Genome-wide SNP patterns of STAP-cell-related cells and mice.遺伝子解析の図です。
このような考えに対し、誰もが発想するのは、学とみ子の言う「遺伝子異常マウス」とはどのようなマウスなのか？という疑問です。
2020年7月20日 07:19 軒下管理人さんが学とみ子に聞きました。
①この文章「STAP実験は、特殊な遺伝子異常を抱えたマウスが使われました。」の根拠となる文献と、該当する文章を引用してください。
②その上で、どこに『特殊な遺伝子異常を抱えたマウス』が使われていたことが分かるか、その理由を述べてください。
③何が『特殊な遺伝子異常』なのか、説明してください。
この質問に対する回答が2020/07/19 の記事の追記にあります。
①に対して「ご質問にはすでに答えています。何を今さらなんですかね？特殊なマウスであることは、桂報告書が示しています。理研の調査人は、それを研究界に示すために、BCA論文を書きました。世界はそれで納得しました。＊」
との答えです。②と③に対する返事はありません。
＊：上にあるようにBCA論文のSTAP関連細胞の遺伝子解析結果を示しているものです。幹細胞はES細胞由来であるという証明の図です。
軒下管理人さんはこの返事を読んで2020年7月20日 12:08 にコメントされています。
「すでに答えていると言うが何処に書いてあるかも示さないのでは議論が進まない」と怒っていますが、水掛け論になるからと、バカを相手にしたことを反省しています。
さらに④『特殊な遺伝子異常を抱えたマウス』＝『特殊なマウス』でいいのですか？⑤「特殊なマウス」とあるが桂調査委員会報告書のどこにそのようなことが書いてあるのか？と質問しました（④、⑤は当方が加えたもの）。さらに学とみ子が学とみ子は、読者が理解しやすいように言い方を変え、例示をしめしています。というのだから、きちんと説明しろと仰ってますが、学とみ子から返事が期待できないのだからもう止めると、バカを相手にしたくないと言っています。
この軒下管理人さんの質問に答え、追記で
「ため息ブログの皆さんが、STAP実験に使われたのは特殊なマウスという認識をお持ちでないのは、学とみ子には意外でした。質問されたのも意外でしたし、学とみ子が桂報告書にあると言っても、その意味を理解していただけないのも意外でした。」とコメントしています。
④に対しては『特殊な遺伝子異常を抱えたマウス』と『特殊なマウス』とは同じで「はい。言葉足らずですみません。」と謝罪しています。
⑤に対しては；
桂報告書は、遺伝子構造の異常と、SNPのランダム性を調べています。
桂報告書が、これだけはっきりと、幹細胞とES細胞が同一性が高いと結論できたのは、両方とも特殊な遺伝子構造異常を共有していたからです。（ある程度の長さに及ぶ）欠失や重複、逆位 X染色体異常など、STAP実験に使われたマウスは遺伝子構造異常があったと、桂報告書にあります。
学とみ子はこれを言っているんですけど・・・、ご納得いただけないのでしょうか？
加えて、人工的な遺伝子（Acr-GFP/Cag-GFPなど）の挿入があります。コピー数も多いです。
こうした遺伝子の構造異常を抱える細胞は、TS,ESのそれぞれに異なるシグナル伝達経路に影響を与える可能性はありませんか？
そして軒下管理人さんへのコメントが続きます。
納得いただけなくてもかまいません。
岡部マウスも正常マウスにない構造変化があります。
人工操作下にあるマウスの遺伝子構造は脆弱ですし、変化しやすいと思います。
桂報告書は、ひとつの時点でのマウスの遺伝子状態を調べたにすぎません。
人工的操作を繰り返してきたマウスにある遺伝子異常ということです。
あなたが私より専門家であるなら、自論を主張されていったら良いと思います。
「学とみ子は何も知らないと。マウスは特殊でないと」 と文献を示されても良いのではないですか？
桂報告書が調べたのは、塩基配列までですから。でも、それが細胞機能にどのような影響を与えるかの詳細は明らかではありません。桂報告書に書かれた岡部マウスの遺伝子構造異常は、その後のSTAP実験関連細胞に引き継がれていること位は理解なさいね。STAP実験に、岡部マウスは使われていないとかは関係無いですよ。
ここまで読むと（読まなくてもわかるか）学とみ子の論理がメチャクチャなのがわかります。
「キメラ、幹細胞、テラトーマになった細胞の由来、桂調査委員会報告書あるいはBCA論文のそれぞれの細胞の遺伝子を調べた結果、すべてGFP遺伝子やAcrosinプロモータが仕込まれた細胞由来であった。さらに染色体の欠失やトリソミーがあった。このそれぞれの細胞の遺伝子解析をみれば、Wildのそれではなく、人工の遺伝子挿入や染色体の異常という『特殊な遺伝子異常を抱えたマウス』であり、だから酸浴でキメラ等ができたのであり、そうではないwildマウスを使った再現実験ではキメラはできないのである」
これが学とみ子が当方等はSTAP実験に使われたのは特殊なマウスという認識をお持ちでないと驚いた理由で、STAP細胞は遺伝子異常マウスだから成功したという考えです。
STAP実験にはES細胞由来細胞であってはならないということがわからないのか、解析結果がES細胞由来であったという証明が、ES細胞だったというのを無視して、STAP現象成功はES細胞にあった遺伝子異常のせいだとするわけです。
この学とみ子の考えは、ブログタイトルにもある素晴らしい「考察」であるのは、皆さん同意されるでしょう。