The rain in Spain stays mainly in the plain.

My Fair Lady の中で出てくる、労働者階級と貴族階級との発音の話です。

学とみ子は「小保方氏が自身で混ぜたサンプルを、ジーバスに持ち込むことなど、考えられるのか?」といったわけです。これに対しGRASは「じーらす」と呼ぶのだという指摘がすぐにでてきたのですが、学とみ子は桂調査委員会記者会見の伊藤氏の発音を聞いても、「以前に、ジーバスって、GRASの一部にあるとの話でしたよね?伊藤氏が、ジーバスといっていると、学とみ子には聞こえます。」それから、伊藤氏はジーバスと言っているじゃないですか?と繰り返し指摘してもこれを修正することを拒否してきたのです。

しかしようやく「ジーバスでもジーラスでも、どちらでも良いじゃないですか」我々下々からの指摘をいやいいや認めることになりました。

そして「言葉が聞き取れないということは、いくらでもある。」 ← そうですな。しかし指摘されたのに頑として否定し続け、やっと認めるということは、意固地な方にしか見られません。当方等下々のからの指摘は受け入れないというわけで、認めたのは今回が初めてかもね。

澪標さん
私もCockney話者と一緒に仕事をした経験があります。猛烈な地口さえ控えてもらえば、すぐにどうにか慣れます。 ← 大昔NYに住んでいたとき、しばらく立ってからTVでWest Side Story を見たのです。マリア役のNatalie Woodの発音がヒスパニック風なのがそのとき初めてわかりました。日本国内にいたときは全く区別できなかったんですけどね。古いね。

「The rain in Spain stays mainly in the plain.」への92件のフィードバック

  1. 学とみ子はもう、あきれるほどの学力であるため息さんの状態は明らかになったと当方を誹謗するわけですが、お前のかーちゃんデベソ発言なのを理解しているのでしょうか?

    Among the TFs of the TSC-specific network, the evolutionarily conserved functions of Sox2, Eomes and Cdx2 are found in neuroectoderm, mesoendoderm and definitive endoderm, respectively (Box 1, Glossary) (Sasai, 2001; Beck and Stringer, 2010; Probst and Arnold, 2017), but they cooperate together to define an evolutionarily new cell type, the trophoblast.
    「TSに特異的な転写因子が、三胚葉分化に関係していくと書いてあります。紫字部分です。」などという誤訳をする方に言われたくないですな。こんな方が他人を捕まえて「英語の語彙力も薄そうだし・・・中途半端な状態でも、私はすごい!と思ってしまうから、英文読解も不正確なままになる。」などとどうして言えるのでしょうか?

    「小保方氏のSTAP細胞作製法も独学でしょうし、若山先生のキメラマウスも独学です。」 ← 最先端の研究には教科書はありません。GRASを「ジーバス」と発音するのは学とみ子が最先端の学問分野を独学しているからとでもいうのでしょうか。理研組織の略号ですから知ったかぶりするのではなく聞くのが一番ですな。GRASを「じーらす」あるいは「ぐらす」と発音するのか知らなかったらGRASと書けばいいのです。恥を書いたのは知らなかったことではなく、指摘されたのにいつまでたっても変えないことにですよ。わかっているの?

  2. ところで、oTakeさんの高性能ヘッドホンによる書き起こしの文章で、???の部分が二か所でてきますけど…
    (学とみ子ブログより)

    書き起こしのときに一度聞いて覚えて、打ち込んだだけだからね。
    一度で覚えるのに記憶量に限界があるだけ。私はサヴァン症候群じゃありませんし。だから、しょうもない単語とか???とかになったりすることもある。面倒くさいから聞き直して埋める作業をしてないだけだよ。それが 2 箇所あっただけ。
    学とみ子もやってみな。まぁ、スカスカかもしれんが(爆)
    そう、単語力とか、読解とかの問題じゃなく、記憶力の問題。
    つい最近、コメントした Daley 氏の YouTube 動画の書き起こしは、聞き直しをして穴がないようにしてる。

    サイエンス論文を正確に読めなかったことも認めないし、桂氏がESとSTAPが混ざると言ったという間違えも認めないし・・・
    (学とみ子ブログより)

    サイエンス論文を理解していないのは学とみ子なんだけど?
    論文の合成胚の ES 細胞、TS 細胞、PrES 細胞の培養と配置の最適解を決める話は書かれてないんですよ。それを決めるためにしたことは論文に書かれてないってコメントしたでしょうが。何故、論文の合成胚があのように構成されたか分かっているから、オルガノイドに混ぜる細胞の構造的配置が重要だと私がいったら、学とみ子はオルガノイドに混ぜる細胞はバラバラでもいいかのようにコメントしてたでしょ。中間経緯を知っていたら、絶対に分かるんだけど。結局、学とみ子は全く何も理解してないからこんな発言するんですよ。因みに論文を和訳しても出てこないよ(爆)
    結局、サイエンス論文を理解していないのは学とみ子だったってこと。論文というより研究かな。例えば、酸浴細胞を一度注入して、キメラ胚を作って、取り出して樹立したって話が STAP 細胞の話(Cumulina)であったでしょ。論文に書かれてないでしょ。中間経緯だからですよ。別の良い方法が見つかったからですよ。同じですよ。
    「桂氏がESとSTAPが混ざると言った」ではないですよ。丹羽先生が分離して混ざらないと言っていたこと関連して、ES 細胞と TS 細胞とは混ぜることができるのかと聞かれて、桂氏が「少し手間をかけるとできますよ」と言ったんですよ。これ、12/26 の会見とは違うんですけどねぇ。学とみ子は桂氏が12/26の会見外でもコメントをいろいろと出しているんですよ。某 TV 番組にゲストとして出演して、STAP のことコメントしてますし、こんなのも学とみ子は知らないでしょ。だって、関西ローカル番組だから、見てないでしょ(爆)
    学とみ子が見てないものは、存在しないっていつものことか(爆)
    桂氏が関西ローカル番組名とコメントを言ってみな(爆)
    そうそうぶたやまかあさんの座談会で遠藤先生がコメントした内容を言ってみな。

  3. 学とみ子は伊藤氏との質疑応答の書き起こしの最後に
    『*数点未確認聞き落としあり…』
    って、書いてあるのを見落としてるんですよ。
    覚えてなくて、その箇所を再度聞き直すなんてしてないからだよ。
    学とみ子は、これを見落としたのはわざとなのかwww

  4. 澪標さん。

    音韻の変化の法則でジーバスと聞き違える件、面白いジョークと承りました。
    大変に面白かったです。
    ありがとうございました。

    個人的には
    まほらま ⇒ まほろば
    みたいな変化を知るととても嬉しくなります。

  5. 学さんへ。
    「ジーバスでもジーラスでも、どちらでも良いじゃないですか」とのご発言。

    以前にもご紹介したことかと思いますが
    某歯科医にてフッ素化合物の名称をよく確認しないままに小さな女児の歯に塗った挙げ句に激しい苦痛のうちに死なせてしまった件があります。

    医師は職業がら、本能的に
    「ジーバスでもジーラスでも、どちらでも良いじゃないですか」
    みたいなことは忌避するはずですがいかがでしょうか?
    いい加減な処方をしそうで怖いですねえ。

  6. sighさん

    West Side Storyといえば、作曲が大指揮者レナード・バーンスタイン(昨日、訃報があった小澤征爾さんのお師匠さんでもあります)ですが、日本で紹介された当初は「レナード・バーンステイン」だったりします。
    ややこしいですね。

    ただ、読み方が決まっている単語に対して「どっちでもいい」は無いですね。「pHを」長らく「PH」と記載していた人ですから、些細な事だとしか思っていないでしょうね。

  7. いや、本当、学とみ子は典型的な言い掛かりのモンスタークレーマーみたいなものだよ全体通してみれば、書いてあるのにそこを知っていてわざとその内容を無視して、文句を垂れる。
    伊藤氏との質疑応答のメモの最後に”???”に対して、「*数点未確認聞き落としあり」という但し書きをつけてあった。学とみ子はこれを知ってて、”???”がただの書き起こし時のミスでその箇所は未確認だと書いてあるのを知っていて、私の但し書きを見なかったことにして、itemize とかそれは”???”があったのは、「あまり単語力がない」とか、いちゃもんをつけだした。
    以前、”However”に関する文章などに関してもそうで、前後関係を問われると都合が悪いから部分的に都合のいいように抜き出して書いてないとか、いいがかりをつける、いわば、たちの悪い言い掛かりモンスタークレーマーだ。

    “General”という英単語もそうだ。
    前後関係から、米国陸軍と空軍の将軍だというのは分かる。また、海軍は”Admiral”を使う。コメント発言状況から、現役ではなく退役軍人だろうということも分かるんですよ。つまり、米国陸軍と空軍の退役軍人の人ではないか、というのは分かったはずなんですけどね。退役軍人の元将軍は、愛称・敬称のように”将軍”と呼ぶのは一般的な常識のようなもの。現役ではないとか言っても意味がないんですけどね。日本でもあるでしょう。退官した恩師である教授でも”教授”とか”先生”とか呼んでるケースがたくさん。まぁ、学とみ子は常識がないから、米国国防総省長官なんて言い出してしまう。そして、何やら英語の辞書を持ち出し、長官という訳語があると言い出した。やれやれです。私は英語の辞書は、今までどのような意味で使われてきたかを整理したデータベースでしかない。どういう訳語かは、基本的な語の持つ意味にそって、最終的には文章などの前後関係を考慮にいれた訳語をあてる必要がある。また、英語話者は同語を反復するのは馬鹿のように思われるからといって、反復せずに別の単語を同義語として使う傾向があります。
    そういったことに慣れていない、英語ができない人は同義語なんだと気がつかずに異なる意味で訳してしまい、分かっていないことがバレてしまう。学とみ子はその典型的なパターン。
    そう言えば、昔、キートンの大列車追跡の原題が”The General”。この”The General”は蒸気機関車”将軍号”のことです。キートンは米国の喜劇俳優の名前。

    【オルガノイド】

    バラバラに人工的処理したTS, ESなのに、それを内側ととか、外側とかの位置関係に配慮する必要など、どこにありますか?
    (学とみ子ブログより)

    この文章が、学とみ子がオルガノイドに関して、PrES 細胞、合成胚に関する論文を理解していないことを示しています。
    生物学の胚発生の基本的なことですが、マウスの胚発生における成長における卵分割と胞胚形成は大体、以下のように進行します。
    0.5 ~ 2.5 dpc:2 細胞期, 4 細胞期, 8 細胞期
    3.0 dpc:桑実胚 molura
    3.5 dpc:胚盤胞 blastocyst(内部細胞塊、栄養膜外胚葉 TE: Trophectoderm)
    4.0 dpc:胚盤胞の孵化 hatching
    4.5 dpc:着床
    が標準的なものだと思います。8 細胞期から桑実胚には細胞同士が緊密化 compaction し、内部と外部に分かれた胚盤胞になります。内部細胞塊 ICM: Inner cell mass と栄養外胚葉 TE: Trophectoderm ですね。前者から樹立した幹細胞が胚性幹細胞 ESC: Embryonic stem cell と後者から樹立したものが栄養膜幹細胞 TSC: Trophoblast stem cells ですね。
    胚盤胞に注入するインジェクション法によるキメラマウスでは、ホスト胚は既に ICM と TE に分かれています。この時期において細胞の種類の違い、その配置がその後のキメラマウスの状態に大きく影響します。ESC と TSC を一様に混ぜたオルガノイドを注入しても、TSC は外側に配置していないため、その後のキメラ寄与がほとんど見込めなくなります。また、ESC と TSC を分離しないように足場 Scaffold を使用しているため、通常ならば、TSC はある程度外側に移動することがあるんですが、足場材料として、生分解性のものを使用していても、内部細胞塊と注入した ESC に埋没してしまう形がしばらく続き、発生が進んでいってしまい、胎盤に TSC が寄与することが見込めなくなります。胚構造が正しくないと、細胞の正常な発生が起こらなくなるんですよ。まぁ、これはオルガノイドを形成する際に、ESC と TSC を一様に混ぜているからです。

    合成胚に関して、PrES 細胞の関わったもの(2022)を紹介しましたが、ESC と TSC から擬似的に胚盤胞を再構成する実験が 2018 年にも発表されています。

    Blastocyst-like structures generated solely from stem cells(Nature 557,106-111(2018))

    この論文おいても細胞の正常な発生が起こるように ESC と TSC を胚盤胞に近い構造に構成しています。ESC を培養し、その後、TSC を後から加え、ESC が内側、TSC が外側にある構造をにしています。で、この論文において胚発生は最後まで進んだのかと言えば、残念ながら途中で止まってます。先日紹介した PrEs の論文においても ESC と TSC、PrESC も同様の考え方をしています。まず、内部に含める ESC と PrESC との混合塊、その後に TSC を先ほどの混合塊にコーティングするように被せて、TSC が外側になるように構成しています(PrES 論文の Fig 4 A & B ですね。)学とみ子は何故、このような手順になるかの科学的必然性を理解していないということです。
    ホストの細胞が含まれていない合成胚もキメラ胚も発生として根本的に同じなんですよね。ESC と TSC のキメラマウスを作る際、ESC とホストの ICM の混合状態、TSC はホストの TE との混合状態にしないと十分に寄与したキメラマウスを作成できないということになります。つまり、ESC と TSC を一様に混ぜたオルガノイドは発生を進ませるのに非常にまずいということです。
    だから、STAP 事件で ESC と TSC を混ぜようと思ったら、形態学的には混ぜることはできますよ。でもね、それで胎盤に寄与するかといった場合、非常に怪しいという話だったわけです。学とみ子のように「バラバラに人工的処理したTS, ESなのに、それを内側ととか、外側とかの位置関係に配慮する必要など、どこにありますか?」というのは、今述べたようなこと、配置により胚の発生に影響が出るということを理解していなかったことがバレバレなんですよ。
    そもそもオルガノイド形成の 3D 立体形状は均一に混ぜることが重要なのではなく、形成後のオルガノイドとしての培養で細胞組織化するのに最も都合の良い最適な立体配置することが重要なんですね。配置には科学的な意味があるんですよ。学とみ子は論文を読んだといっても、何故そのようなことをするのか、科学的意味を考えて読めていないんですよ。つらつらと英語を並べ、和訳?(怪しい、プッ!)をしているだけ。引用ではなく、ただの人の成果の相乗り。だから、「胚とオルガノイドを分かっていませんね」とコメントしたんです。

    Yahweh God formed man from the dust of the ground, and breathed into his nostrils the breath of life; and man became a living soul.
    (キリスト教 創世記 2:7)

    神様~泥こねて作るなんて、そんな簡単なものじゃないでしょう。

    で、PrES 細胞と合成胚の論文は(1)新規細胞 PrES 細胞について、(2)ES 細胞と TS 細胞、PrES 細胞で作られた合成胚(キメラ合成胚ではない)が中心となったものです。
    (2) の合成胚を作るにあたり、ES 細胞や TS 細胞の改良によるキメラ、組み合わせたときの細胞間相互作用をみるために複数のバリエーションのキメラが作成され、最終的な合成胚に使われる ES 細胞や TS 細胞、PrES 細胞が調整・決定され、最終的に 2018 年の他の研究チームの論文と同じようなオルガノイド構成になり、現状最適と考えられる合成胚(ETP 複合体)を形成し、偽妊娠マウスの子宮に移植したところ、胚発生の途中までは進みました。完全個体形成という意味ではまだ足りない点があるということですね。
    その足りない点というのが、どうやら TSC に原因があるようだと考えられているようですね。Cdx2 の発現強度がまだ弱いというのが問題にありそうです。
    根本的に、通常の胚とキメラ胚、合成胚の個体形成の可能性は

      通常の胚>ホストとのキメラ胚>幹細胞のみによる合成胚の個体形成

    となります。キメラ胚はホストの個体形成能に助けられているのですが、幹細胞のみによる合成胚はそのホストの個体形成能の助けがない状態ですから、上記のような個体形成の可能性の順列になるのは当然のことですね。必然的にホストの ICM と ES 細胞(+PrES 細胞)、TE と TS 細胞の品質を一致させていく改良が必要というのは明白です。
    学とみ子を含め多くの人が勘違いしていると思うんですが、キメラマウスができるということは注入された細胞が三胚葉に分化してはじめて成功したと言っているかのように勘違いしていると思います。注入された細胞がいずれかの個体形成された組織において、ホストの細胞と注入された細胞が複数混在し、併存しているマウスであればそれはキメラマウスと呼べるんです。つまり、ES 細胞で三胚葉に分化していないキメラマウスもあれば、胚発生時に細胞死しないような前駆細胞を用いて、それが最終的に複数の併存していればキメラマウスは作成できているということです。ホストマウスに肝臓関連の遺伝子を欠失させ、肝臓が作られないようにして、逆に注入する細胞も ES/iPS 細胞などの三胚葉に分化するようなものでなくても、肝臓に関する前駆細胞を注入することでターゲットとする肝臓を個体形成能を借りて再生させるという研究が今進められています。仮に ES/iPS 細胞を用いた場合、肝臓はホストの細胞を含まないキメラでない ES/iPS 細胞のみのものができ、他の組織はホストの細胞を含んだキメラになります。これは理論的なところでの話ではなく、成功例がいくつか報告されています(検索すれば出てくると思います。)
    ホストをヒトにする、ヒトの ES 細胞を使うというのは倫理的に問題になることは分かっていますので、ホストを異種(ブタ)にする、ヒトの体細胞から作られた iPS 細胞という組み合わせが現実的なところですね。そうなると、異種間キメラ(ヒトとブタ)で起こる問題も起こるわけですから、利用される先行研究も複雑にネストするということですね。まぁ、引用ができない学とみ子にはこのような先行研究の複雑なネストというものは理解できないでしょうが(笑)

    「ES 細胞と TS 細胞を混ぜることは形態学的にできる」というお話について
    学とみ子は本当に思い込み、妄想が激しいですね。
    まず、この関連の話が出たのは 12 月 26 日の調査委員会報告書の時期とは違うんですけど。学とみ子は 12 月 26 日会見動画を全部見たとか言ってますが、そもそも、ES 細胞と TS 細胞は混ざらないという丹羽先生らの話が出ていた頃の話なんですよ。多くの研究者とかが「ES 細胞と TS 細胞を混ぜることは形態学的にできる。胎盤に寄与するかどうかは分からない」というものですよ。分析結果が公表されているわけではないですからね。「丹羽先生らが分離すると言ってるけど? 本当に混ぜられないの?」という問いに対してのもの。だから、桂氏も聞かれて「少し手間をかければできますよ」と簡単な回答しただけの話なんですけどね。分かりやすくいうと、やってやれないことはないということ。具体的に分かっている状況でもないので詳細な回答はしていないんですよ。そもそも混ぜることに関しては調査委員会などの結論が出る前の話ですからね。
    調査委員会が結論を出した頃は、FI 幹細胞は ES 細胞の混入で、TS 細胞は小保方のサンプル調整した FI-SC3 の解析時に混ぜられていたものという見方をしていますからね。そもそも、この会見時に質疑応答で出てくるわけないんですけどね。学とみ子が勝手に 12 月 26 日会見時の話だとしているだけ(笑)
    そもそも若山先生に 酸浴細胞と ES 細胞と TS 細胞が混ぜられた擬態としてのオルガノイドを渡していた場合、生分解性の足場”Scaffold”で塊を作っているでしょうから、FI 幹細胞を作成する段階で生分解性の足場は消失し、それぞれが分離しているはずなんですよ。また、以前にもコメントしましたが、若山先生がそれを使ってキメラを作る際に、ES 細胞と TS 細胞をより分けて、TS 細胞を外側、ES 細胞を内側にしなければ胎盤に寄与する可能性はほぼないですからね。酸浴細胞と ES 細胞と TS 細胞が混ぜられた擬態としてのオルガノイドは作成することはできますが…それを実際にそんなことしたのかという点で「?」、懐疑的だったんですよ。だから、FI 幹細胞の胎盤寄与に関して、試料を用いて調べた、小保方が非常に怪しかったんですよ。つまり、試料解析したのは誰? そいつが犯人だろうという話になってました。若山先生は、キメラマウスの写真は撮ってますが、胎盤試料の解析そのものはしていません。これ、全部、小保方です。また、丹羽先生の協力があったはずです。CD1 が含まれていた FI-SC3 は小保方によるものでしょうしねぇ(笑)

  8. STAP 研究でインチキした奴は誰か?
    何を解決すればいいかというのは分かってます。
    3 つ目以降の FI 幹細胞(FI-SC3 とか)に関してですよ。FI 幹細胞(Oct4-GFP)に関してですよ。当事者はもう誰が諸悪の根源か分かっています。
    まぁ、若山先生は小保方を二度と信用しないでしょうね。若山研関係者は小保方を二度と信用しないでしょうね。理研の方も小保方に嘘をつかずに正直に話してくれればいいんですけどね…(いや、意地張ってでも、とぼけてでも嘘つきますって。)
    そもそも、129B6F1 マウス(Oct4-GFP)マウスなんて最初から若山研にいないですからね。論文に使われた FI 幹細胞は若山先生が作成に関わったものということですが、若山先生は FI-SC3、FI 幹細胞(Oct4-GFP)は作っていないのは明らかなんですよ。
    若山先生が作ったのであれば、小保方が「若山先生に渡されたものが GOF マウスだと思った」なんて、証言しないですよね。若山先生は CAG マウスを渡す → 小保方が酸浴細胞作成する(GOF マウスだと思った)→若山先生は CAG マウス系統の FI 幹細胞を作成。最初、小保方は 129B6F1 マウス(Oct4-GFP)だと思っていた。129B6F1 マウス(CAG-GFP)マウスだと若山先生と笹井先生が CAG マウスだと指摘。笹井先生が指摘していたということは、論文執筆時ですよ。その頃、若山先生は FI 幹細胞を作っていない。しかし、FI 幹細胞(Oct4-GFP)のデータを小保方は作っている。こんなの若山先生は気がつきますから、小保方は FI 幹細胞を作りましたと若山先生に言った。若山先生は、笹井先生のところで FI 幹細胞(Oct4-GFP)を作ったと完全に騙された。論文に記載のある FI 幹細胞(Oct4-GFP)関連は若山先生は知らないものなので、チェックスルー。一方、笹井先生には FI 幹細胞(Oct4-GFP)は若山先生が作ったものだと嘘をついた。笹井先生も若山研のマウス事情なんて知らないので完全に騙された。当然、笹井先生もチェックスルー。
    その状態で論文が受理、発表。発表後、小保方が論文に記載の FI 幹細胞(Oct4-GFP)に関しても問題になり、FI 幹細胞(Oct4-GFP)小保方は「自分が作ったものではない。論文にある FI 幹細胞は全て若山先生が作ったもの。自分が作ったものは論文には使用していない。」と主張する一方、若山先生は「そもそも129B6F1 マウス(Oct4-GFP)はいないし、FI 幹細胞(Oct4-GFP)は作っていない。」と主張。小保方は FI 幹細胞(Oct4-GFP)を偽装するため、解析には GOF-ES(Oct4-GFP)を用いた。ただ、それだと FI 幹細胞(FI-SC1, SC2)が、ES 細胞なので、同じように ES 細胞として結果が出るため、CD1 を 10% 程度混入させ、解析結果が ES 細胞によるものとは異なるように FI-SC3 として細工した。若山研にいたとき、FI 幹細胞はほぼ ES 細胞に近いものという話だったが、笹井研の頃、解析されたインチキ FI-SC3 によって、ES 細胞と TS 細胞の中間のようなものと結果がねつ造されていた。
    調査委員会では若山先生が FI 幹細胞(Oct4-GFP)は作っていないのは明らかなので、小保方が作ったものとして小保方を問い詰め、小保方は「自分が作った FI 幹細胞は論文に使用していない」、「FI 幹細胞(Oct4-GFP)関連のデータは、GOF マウスを渡されていたと思っていたからだ」と明らかにおかしい主張をして言い張った。後に小保方は自身の手記「あの日」にて、解析の FI 幹細胞のデータは、129B6F1 マウスがないので別の系統のもの(GOF-ES に該当)を使用したと認めてしまった。それが笹井研のときに出された FI 幹細胞(FI-SC3)のデータだ。この記載は「自分が作った FI 幹細胞は論文に使用していない」を否定するものであり、また、「FI 幹細胞(Oct4-GFP)関連のデータは、GOF マウスを渡されていたと思っていたからだ」というのも否定されるものだ。
    明らかに小保方が調査委員会で証言した内容と、後日自分で発表した「あの日」の記載内容と矛盾した内容であり、小保方が虚偽の証言をした、または、小保方が虚偽の記載をしたかのどちらかであり、どちらにせよ、小保方の FI 幹細胞に関する証言等は虚偽があるという結論に至る。

    笹井研で作られた FI 幹細胞は、若山研より受け継いだマウスは全く使用されておらず、それにも関わらず、STAP 細胞を作成し、FI 幹細胞までも作成したと主張している以上、検証実験において、マウスが違うなどという、特殊なマウスをしていたということも理由にならない。笹井研で作られた FI 幹細胞は論文には使っていないということも、それは論文に使っていないということだけであって、作成したという証言事実を否定するものではない。まぁ、作成したと嘘をついてましたと内容を撤回するのであれば別であろうが。

    最終的に 10 年も経過した今、桂調査委員会報告書の中に小保方が虚偽の証言があったとしても、それをあらためて事件を見直す必要があるとは思えない。また、見直したところで、STAP 研究が ES 細胞由来のものであったという科学的結論が変わるわけではないので、科学研究者・技術者が今後、取り合う必要が全くない。
    科学研究者・技術者が STAP 研究を疑似科学として扱い、過去の研究不正に関するものとして扱うのは当たり前だと思います。
    小保方、その支援者が科学として扱ってほしいのであれば、疑似科学として処理された STAP 研究を廃棄し、クリーンな研究として再構築するしかないということですね。
    小保方は FI 幹細胞を自分ひとりで作ったんでしょ。なら、できるんじゃないの? 作って貰いなよ(笑)
    ノフラー氏も、未だにSTAP があるといっている連中は…一体何だろうねと終わりにすればいいのに…と呆れかえってますし(笑)

  9. 学とみ子曰:「話し合いの焦点がずれてしまうのは、以前からoTakeさんの問題点であると思います。」さよで、ならば今回の議論になった点について学とみ子は焦点をずらすことなく答えてくいただけるでしょうか?

    学とみ子の伊藤氏は遠藤氏の手法を否定したという発言についてこれまでのやり取りをまとめてみました。これに対する焦点の定まった反論をお願いします。

    学とみ子の{彼(遠藤氏)の用いた手法は、桂調査委員の伊藤氏によって、否定されています。」「伊藤氏が遠藤手法を否定したことを、oTakeさんはわからないのですか?」「発現の高い遺伝子部分に限定してSNP解析をして出したデータを根拠に、細胞の同一性を判断することができないと、伊藤氏は言っています。」「ため息さんは、いまだに、伊藤氏の発言を理解できない。ダイレクトに否定したのだから、みんな分かります。」

    として伊藤氏の発言を

    DNAを読むのは、30倍の被覆率で読んでいるが、RNAデータでは、ゲノムの数%しか読めないし、30倍の遺伝子発現部位でのSNP解析をしようとしても、そうした部分は少なく、発現の高い遺伝子部分に限定してSNP解析をして出したデータを根拠に、細胞の同一性を判断することができないと、伊藤氏は言っています。

    と言って「上記の説明で、oTakeさんは理解できましたか?」
    と主張しました。

    この学とみ子の主張に対し
    ため息曰く:「伊藤氏が遠藤氏を否定したという発言は、記者会見の後、誰もいってないと思います。学とみ子以外にそんなことを言った方がいるんでしょうか?」そして遠藤氏の論文の解説記事(https://www.bengo4.com/c_18/n_2110/https://www.nikkei-science.com/wp-content/uploads/2014/06/20140611STAP.pdf)を挙げて、伊藤氏の発言が遠藤氏の主張を否定しているものではないとしました。

    澪標さん曰く:「桂委員会報告中で伊藤さんの言明のターゲット(同定)と遠藤さんの論文のターゲット(相違の有無)は全く異なりますし、方法論的にも悉皆調査と統計的解析で全く異なります。上記伊藤さんの発言中に衛藤さんの論文に対する否定的含意はありません。同定には全ゲノム解析(悉皆調査)が必要と言っているに過ぎません。」

    澪標さん曰く:「遠藤論文は複数細胞間の同一性を問うてはいません。」

    oTakeさん曰く:「BCA 論文と呼んでいるものですが、その重要な論文資料として、遠藤先生の論文は加わっています。」この遠藤氏論文を引用しているところは「桂調査委員会報告書の元になった細胞の解析結果であるBCA論文STAP cells are derived from ES cells Daijiro Konno1…Fumio Matsuzaki1 に 「However, these cell lines (FLS and the Fgf4-induced stem-cell line CTS) had co-insertions of two GFP transgenes(遠藤)」と引用していて、遠藤氏の論文を否定していません。遺伝子の有無だけで細胞の同一性についての議論ではありません。

    ため息曰く:「学とみ子は伊藤氏の記者会見での古田氏からの質問の答えの文字起こしをしていますがこれをもって「学とみ子のこうした説明」と言っています。しかし、何も説明していません。「伊藤氏の〜〜と言う発言は、#$%&ということだから、遠藤氏の$□&#という説明を否定していることになる」としなければ説明になりません。」

    このように当方等は伊藤氏の発言が遠藤氏の手法を否定したたという学とみ子の主張に反対しており、学とみ子は説明をしていないとしています。学とみ子の説明とは伊藤氏の発言の文字起こしを示しただけで、「遠藤氏は細胞の同一性を判断していない」という当方等からの主張に反論していません。
    焦点をずらすことなく、遠藤氏の手法を伊藤氏は否定したという主張の根拠を示してください。

  10. 学とみ子が11日朝になって曰く:「ため息さんは、どうして、もっと自分自身をみないのでしょう。「私(ため息)は、遠藤論文をしっかり理解している人である」 ことを示すのが先でしょう。どこで間違っているのか?どこが読みきれていないのか?が、ため息自身で分かりますよ。」

    さよで。当方はインフォマティクスを専門としているわけではないので、正直、遠藤氏の論文を読みきれません。ですから論文のsummaryとかを読んで判断し、その判断が他の方と同じであるということで、遠藤氏の論文には理研が公開したRNA-seqのデータを解析した結果、細胞の同一性を問題にしているのではなく、論文にあるべきtransgeneがある・ないとかトリソミーがあるのがわかる程度しかわかりません。遠藤氏は細胞の同一性を議論していません。

    学とみ子は「遠藤論文をしっかり理解している人」なんでしょうから伊藤氏が遠藤氏論文を否定していることを、伊藤氏の発言のコピーを提示するだけではなく説明したらいいでしょう。

    DNAを読むのは、30倍の被覆率で読んでいるが、RNAデータでは、ゲノムの数%しか読めないし、30倍の遺伝子発現部位でのSNP解析をしようとしても、そうした部分は少なく、発現の高い遺伝子部分に限定してSNP解析をして出したデータを根拠に、細胞の同一性を判断することができないと、伊藤氏は言っています。

    という学とみ子の発言は、遠藤氏は細胞の同一性を議論しているのではないから「伊藤氏が遠藤氏論文を否定している」ことにならないのはおわかりですか?

    説明してみ。

  11. 学とみ子が11日朝になって曰く:「遠藤論文は、細胞の同一性を論じているわけではないのです。学とみ子の文章を、そのように理解してしまうことに、ため息ブログの問題があります。」

    学とみ子は言いました。「彼(遠藤氏)の用いた手法は、桂調査委員の伊藤氏によって、否定されています。」
    では学とみ子は遠藤氏の何を否定しているの?

    遠藤氏が「同一性判断と同じ手法を使っている」 意味不明。説明してちょうだい。

    「遠藤論文が、何を示したかを、学とみ子はもう何度も書いたのだから、その部分を引用して、学者ため息さんは、ブログメンバーに教える立場なのに、それができないのです。」 ← はあ?学とみ子が説明してもいないのに、どこを探して、本人ではない当方がなんと説明したらいいんだよ。ばかじゃないの?

  12. そもそものはじめは

    彼の用いた手法は、桂調査委員の伊藤氏によって、否定されています。
    この伊藤発言について、遠藤氏の反論を期待した人もいたと思いますが、彼自身もそこに触れていませんね。
    不思議ですね。反論して欲しいですけどね。

    という学とみ子の発言です。

    この伊藤氏の記者会見での発言に対し、遠藤氏は何もコメントしていません。桂調査委員会の調査の根拠となる遺伝子解析等の結果がBCA論文でありこの論文に遠藤氏の論文が根拠として引用されているということは、委員会が、委員会メンバーが遠藤氏の論文を、遠藤氏の手法を否定したものではないことは明らかです。

    学とみ子は「細胞の同一性の検索ツールとして、RNA発現データを用いてはいけないと、伊藤氏が言っている」といいますが、遠藤氏は「細胞の同一性の検索」をしたわけではありません。

    学とみ子も引用しているBCA論文は以下(学とみ子は引用文献番号をそのままにしているから、この番号を除き、遠藤氏論文の引用部分を下線でしめした。機械訳も添えてある)
    The STAP stem-cell line FLS and the Fgf4-induced stem-cell line CTS were reported to carry a homozygous insertion of a single cag-gfp transgene with the genetic background of 129 female3B6 male (Extended Data Table 1). However, these cell lines had co-insertions of two GFP transgenes, sperm-specific acrosin-promoter-gfp and ubiquitously expressed cag-gfp (hereafter designated Acr/cag-gfp) at chromosome 3, which originated from an Acr/cag-GFP B6 mouse strain8 not described in the STAP papers.(STAP幹細胞株FLSとFgf4誘導幹細胞株CTSは、129メス3B6オスの遺伝的背景を持つ単一のcag-gfp導入遺伝子をホモ接合体で挿入していることが報告されている(Extended Data Table 1)。しかし、これらの細胞株は3番染色体に2つのGFP導入遺伝子、精子特異的アクロシン-プロモーター-gfpとユビキタスに発現するcag-gfp(以下、Acr/cag-gfpと呼ぶ)を共挿入しており、これはSTAP論文には記載されていないAcr/cag-GFP B6マウス系統8に由来するものであった。)

    このように遠藤氏は論文の記載と理研が公開したデータが一致しない、他にも公開データにはトリソミーがあるということを示したわけで、伊藤氏がこの結果を否定していません。

    「学とみ子の答えは、遠藤氏が「同一性判断と同じ手法を使っている」」といいます。その通りに同一手法を使っていたとしても、その手法ではわからないことを遠藤氏は結論しているわけではないわけで、だから桂調査委員会=BCA論文は遠藤論文引用しているのでしょ。

    「「ばかじゃないの?」、「おったまげた!」「日本語おかしい」「英語が読めない」とか悪口言っているため息ブログを読んで、滑稽だと感じる読者がいることに、ため息さんはもっと、気づいた方が良いですよ。」 ← 当方のブログを呼んで学とみ子の言動が滑稽だと思っている読者がいたら嬉しいです。事実ですから、滑稽といったら悲劇ですけどね。

    もう嘘をつくのは「もういい加減、やめなさいよ。」

  13. 伊藤氏の発言を問題にする前にさ、当方が提起した質問の答えは?
    話をごまかしたと思っているでしょ。だから、再度聞きます。

    桂調査委員会は「小保方氏がディッシュの蓋などに載せて持って来たSTAP細胞塊を若山氏が切り刻んでマウス胚に注入し、キメラを作製した。」と報告しています。このキメラはES細胞由来細胞だったわけです。この報告書の記載からES細胞はどこで混入したと学とみ子は思うのですか?誰が混入させたか事故だったかは関係ないですよ。

    ① 小保方氏が持参した細胞塊にES細胞が混入していた
    ② 若山氏がES細胞を注入した(小保方氏持参”STAP”細胞に加えてでもES細胞だけでもいい)
    ③ それ以外
    どれでしょ?③だったらその詳細は?

  14. 学とみ子は「ES 細胞と酸浴細胞の 3 次元構造の細胞塊に関して、遠藤先生も…コメントしています。」という私のコメントに対するものとして、「彼の用いた手法は、桂調査委員の伊藤氏によって、否定されています。」と頓珍漢なことを学とみ子が言い出したことが発端ですね。

    遠藤先生は、解析によっていろいろな重要な手がかりとなる情報を導き出しています。論文はその一つにしか過ぎないのです。私は”ES 細胞と酸浴細胞の 3 次元構造の細胞塊に関して”とコメントしています。これに対して、論文はそもそも桂調査委員の伊藤氏が話したことと全く関係のないことなんですけどね。DNA データや RNA データ、遺伝子発現データ、何でもいいですが、この種の解析から、”ES 細胞と酸浴細胞の 3 次元構造の細胞塊”が分かるものではありません。学とみ子のコメントが最初から、頓珍漢だったんですよ。

    遠藤先生は、自身の解析以外とは別の内容のコメントもされています。学とみ子が全く関係のない伊藤氏の話を持ち出して、あたかも遠藤先生の手法が否定されたかのように印象操作し、また、同時に”ES 細胞と酸浴細胞の 3 次元構造の細胞塊に関し”たコメントを否定されているかのように印象操作したということなんですよ。

    私が”Establishmento of mouse…”の論文に大日向先生だけでなく、遠藤先生も関わっています。つまり、遠藤先生は基本的にバイオインフォマティクスが専門ですが、3 次元構造の細胞塊に関する情報・知識にも明るいんですよ。STAP 細胞塊の擬態として作ることができることぐらいの十分な知識はあるんですよ。学とみ子は”知を共有する”ことがどういうことかを知った方がいいんじゃないですか?

  15. 訂正
    私が”Establishmento of mouse…”⇨ 私が示した”Establishmento of mouse…”

  16. 学とみ子さん(簡単な質問です)
    ❶ 桂委員会報告書(スライド)の20/24の表、妥当性をどうやって担保したとお考えですか?
     伊藤さんは調査委員ですので、当然のことながらこの表の妥当性について責任を負っています。

    ❷学さんの引用
    ”伊藤氏は、「我々はRNAサンプルを用いたSNP解析で、細胞同一性を決めることはやっていない」と言いました。
    ここに、”我々”という言葉が入ることが、ミソで、伊藤氏の言葉には、「他の人なら、やる場合があるかも」の含みを持たせているのです”

     伊藤さんが”我々はRNA・・・」、会見ヴィデオのどこにあるかTime Stampでご教示お願いします。いろいろ再生してみましたが見つけらませんでしたので、ご教示頂ければさいわいです。

    ため息さん
     遠藤さんの論文あらためて読んでみました。とてもチャーミングですが、ツッコミどころもかなりあります。
     メモを取りながら読みましたので、ご下命があれば元数値解析屋なりに整理した骨子とコメントを作ってアップします。<めんどくさがりなので(;’∀’):ご下命の際は整理と再チェックに1日程度のお時間ください。>

  17. 【何かと言い掛かりをつけたい学とみ子】
    ようやく学とみ子が「バラバラに人工的処理したTS,ESなのに、それを内側とか、外側とかの位置関係に配慮する必要など、どこにありますか?」ということに対し、配置により胚発生に影響が出るということを理解できていなかったのを自覚したのかと思ったら、よほど、悔しかったのか、何かまたグチャグチャ言い出してますね。

    oTakeさんは、組織学の勉強なんてしてませんよね。胎盤の組織図において、どこをどう見るのかの想像すら、oTakeさんはできないヒトですよね。
    そんなレベルの人が、偉そうに以下を言いますね。
    (学とみ子ブログより)

    はぁ・・・うっとうしい。

    医学部出身でもない小保方氏が、胎盤の胎児側血管、胎児側血管におけるGFPの鑑別など、普通はできませんよ。
    若山氏だって専門家ではないのでしょう。
    その証拠に、桂氏は、胎盤組織について、専門家に聞いたけど、わからなかったと言ってますよね。
    専門家に聞いてわからないことが、どうして小保方氏にわかると、oTakeさんは思うのですかね?
    oTakeさんは、桂氏が、胎盤組織を話題にしていることすら、イメージできない人だと思いますよ。
    (学とみ子ブログより)

    私は、一言も小保方が胎盤に詳しいなんて言っていないんですけどね。また、若山先生も胎盤に詳しいわけでないですから、若山先生は小保方に TS 細胞などの研究をされている丹羽先生らに聞いて協力してもらって調べるようにという話だったんでしょ。つまり、丹羽先生や笹井先生から胎盤に寄与していることの根拠に何が必要かを聞いているということです。試料というのは胎盤そのもの以外にも元になった FI 幹細胞も含まれるわけで、これを若山研にいたときに解析した調べたものは ES 細胞と近い結果が出ていた(FI-SC1, SC2 は ES 細胞混入ですから当たり前なんですが。)FI-SC1, SC2 ではその根拠としては都合が悪いんで、若山先生の関与のない、CD1 10% 混入の FI-SC3 などを作りだし、ES 細胞と TS 細胞の中間的なものを示そうとしたんですよ。因みに若山先生は笹井研において小保方の作った FI 幹細胞でキメラマウスまで作成したと思っていたんですよ。2014 年 2 月以降の問題発覚後、笹井研ではキメラマウスは作っていないと判明したんですよ。つまり、小保方はキメラマウスも作成していないのに、胎盤寄与に関わった FI 幹細胞として、系統樹図を作成したということです。これはインチキ以外の何物でもないという話。
    TCR 遺伝子再構成に関する不整合データ(報告書p27-28)に関する記載の中に「笹井氏らは STAP 幹細胞がヘテロな集団であり、長期的な継代培養により再構成が起っていた細胞が消失したという解釈を採った。」とあるわけだけど、TCR 遺伝子再構成はキメラマウスの細胞とそれに用いた STAP 幹細胞との比較でないと意味がない。
    複数の細胞が混合している場合、培養前の細胞群が示す性質と(長期)培養後の細胞群が示す性質は、その複数の細胞の構成比が変化することは教科書にも載るぐらい当たり前のことなんですよ。「長期的な継代培養により再構成が起っていた細胞が消失したという解釈」はごく当たり前の話ではあるんだけど、そもそも、小保方は初期培養時の(キメラマウスが作成された頃のほぼ同質と考えられる) STAP 幹細胞を所有しているのに、長期培養された細胞を使用すること自体、おかしいんですよ。
    小保方は実験条件がことなるものを同じ実験条件で行なわれたかのように論文のデータを構成しているんですよ。桂報告書p17に『本来比較対象とならないデータを並べて論文に使用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。…小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった』と書かれているわけで、根本的な問題がいろんなところに出ているんですよ。
    テラトーマの写真でも博士論文からの流用写真がありました。明らかに紙からスキャニングして、貼り付けた画像です。電子データファイルからではありません。偶然、ファイルを間違えたのではなく、意図的なものです。実験条件が異なることが分かっているのに、笹井先生には実験時期は異なるが実験条件等が同じものとして嘘をついて、写真を使ったんでしょ。

  18. 学とみ子が喚き散らしていますが、まとめてみましょ。

    そもそも学とみ子が彼(遠藤氏)の用いた手法は、桂調査委員の伊藤氏によって、否定されています。といったことに始まります。

    ま他学とみ子は伊藤氏の説明を「発現の高い遺伝子部分に限定してSNP解析をして出したデータを根拠に、細胞の同一性を判断することができない」と説明しています。

    oTakeさんから学とみ子の「彼(遠藤先生)の手法は、桂調査委員の伊藤氏によって、否定されています。」って、一体何ですか? という質問に対し学とみ子は、上記の説明で、oTakeさんは理解できましたか?と答えましたが、学とみ子は何も説明していません。どこが説明の文章なんでしょ。その前の発言は伊藤氏の発言を述べただけです。伊藤氏の発言には当然ながら遠藤氏についてふれたものではない一般論なわけですからね。

    当方等から伊藤氏の発言は遠藤氏の手法を否定していないとのコメントがありました。

    すると学とみ子は
    (遠藤氏は)同一性判断と同じ手法を使っていると、学とみ子は説明してるのです。と言い換えてごまかすわけです。御本人はごまかしているとは思っていないでしょう。

    遠藤氏が独自の手法で指摘したトリソミーとかあるべきはずのtransegeneがないとかいうことは、桂調査委員会やBCA論文でも指摘しています。後者は遠藤氏の論文を引用しています。

    前にも述べましたが当方はインフォマチックという分野については素人です。遠藤氏の手法を批判する能力はありません。ですから学とみ子が遠藤氏の用いた手法を否定したということ自体の正否を直接判断できません。しかし、伊藤氏の発言が遠藤氏の手法を否定したという話は10年経過して初めて学とみ子から聞きました。これまで誰もそのような指摘をした方は、伊藤氏を含めどなたもいません。
    また遠藤氏の論文には細胞の同一性を議論しているところはありません。

    澪標さんからも伊藤氏は全ゲノム解析(悉皆調査)が必要と言っているに過ぎません。として伊藤氏が遠藤氏の方法、結果を否定した意味で発言していないとの発言がありました。

    そこで再度聞きますが、伊藤氏は遠藤氏の論文のどの結果を否定したのでしょうか?具体的に指摘してください。伊藤氏が説明したRNA−seqデータの解析方法を遠藤氏はどこに当てはめたが、これは不適切な手法であると具体的に指摘してください。学とみ子じはその方法論を、ため息ブログ全員が理解してないのです。というのですから説明できるでしょう。遠藤論文が、何を示したかを、学とみ子はもう何度も書いたのだからと言いますがそのような記載はどこにあるのでしょ。どこにも書いてないでしょ。

    ため息さん自身の言葉で英文を語れないということが致命的であると思います。遠藤論文がどのようなものか?を、ため息さんは読み取れていないのです。というのですから、学とみ子が英文をかたって、遠藤氏の結果のどれが伊藤氏の発言にある方法を誤って適用して得た結果なのか説明してください。

    「議論は、お互いに知識のキャッチボールです」というのですから質問に答えてください。

  19. 伊藤氏は、「我々はRNAサンプルを用いたSNP解析で、細胞同一性を決めることはやっていない」と言いました。といって堂々と「”我々”という言葉が入ることが、ミソで、伊藤氏の言葉には、「他の人なら、やる場合があるかも」の含みを持たせているのです。」と発言したわけです。

    そんなことは言ってないという澪標さんの指摘があると「何度か、伊藤氏は、「やっておりません」と言っていますが、”我々”は無かったです。
    学とみ子の頭だけで補足していたようです。大変、すみません。」
    と訂正するのですが、元の文章には訂正が入っていません。消去することなく取り消し線で訂正部分を示すべきです。時々刻々と行われるコメントの往復を追っているわけではないので、訂正すべき文が残っていると混乱するだけです。遡って訂正してください。

    この件を見ただけでも、学とみ子の判断には非常に強い偏見が入っていて、言ったこともない、書いてもないことを、言っている、書いてあるとするのがよくわかります。当方がそんなことは言ってない、書いてないと指摘しても無視するわけですが、他の方が指摘すると慌てて確認して、訂正するというのはどういう料簡なんでしょね。

    「補足していた」 ← またデタラメな日本語です。補足は足りないところを補うことで、嘘を書き加えることではありません。

    当方の挙げた学とみ子の嘘の一覧には学とみ子の訂正ははいっていませんよね。嘘はそのまま書いてあるとしていいのですよね?

  20. 澪標さん

    遠藤氏論文について「整理した骨子とコメントを作ってアップ」していただけると嬉しいです。当方はインフォマチックのような分野はど素人で、彼の方法の妥当性など判断できませんので。

  21. ため息さん
     承りました。元数理解析屋<専門はScalingとGLM(
    General Linear Model)>視点からの取り纏め・コメントとなる事を予めお断りしておきます。
     ※生物学プロパーの部分は論文祖述(それもカナーリ怪しい)です。(;’∀’)

     午後は別の予定が入っていますので、アップは今夜(目標21時)になると思います。

  22. 学とみ子が当方の澪標さんへのコメントに割り込んで曰く:インフォマチックを学ぶ前に、学者なら、論文を自動訳に頼らず、自身の言葉で説明することが必須です。

    学とみ子が、遠藤氏の手法のどこが、伊藤氏の言う方法を当てはめたから悪いかを説明すればいいでしょ。当方にはそのようなところは見つからないといっているのだから、ここが間違いと具体的に指摘すればいいのです。あるところを示すのですから簡単でしょ?

    コメントに割り込む位なら、当方からの質問に答えたらいいでしょうが。

    若山氏がちぎった細胞塊にES細胞が混入していたのは認めたの?

    遠藤氏の手法のどこを伊藤氏が否定したの?

    具体的に答えてみろよ。

  23. 12日午後、学とみ子が当方のコメントに答えて曰く:「間違ったのは確かですし、謝罪すべき、謝罪しました。しかし、問題語「我々」 がなくても、

    だから、間違った文章をそのまま残したり、消去するのではなく、取り消線等の方法で訂正を加えろといっているのだよ。そうでないと、学とみ子の間違えた文章を読んだ読者が余計なつまらないことを考えることになるでしょ。後の方を読んで学とみ子が間違いだと言っているのを知ったら腹が立つでしょ。コメント欄とは異なり管理者が書き換えができるのだから、何が間違いだったかがわかるように、加筆訂正しろよ。

    当方は無知で「賢い一般人」ではないので、わからないから、学とみ子に言わせると遠藤氏の手法を伊藤氏が否定したというのだから、遠藤氏の結果のどれが、その使ってはいけない手法で得た結果なのか具体的に教えてください。

  24. ため息さん
     天文関係のシミュレーションでクラッシュ(メモリ・オーバーフロー)してしまいました(;’∀’)。作業中のファイルはパーorz

     少し前のファイルから作業開始しますので、2回に分けてアップします。前半21時、後半深夜。

     予めご報告しておきますが、RNA-seqによる細胞間由来関係決定の議論は論文中にはありません、若干由来関係に触れた言明はありますが、将来的可能性としてであり、この論文はカテゴリー的判別の為の検定・検出方法を対象としたものです。

  25. 【FI-SC3 について、学とみ子がいちゃもんをつけてきています】

    (試料というのは胎盤そのもの以外にも元になった FI 幹細胞も含まれるわけで、これを若山研にいたときに解析した調べたものは ES 細胞と近い結果が出ていた(FI-SC1, SC2 は ES 細胞混入ですから当たり前なんですが。))FI-SC1, SC2 ではその根拠としては都合が悪いんで、若山先生の関与のない、CD1 10% 混入の FI-SC3 などを作りだし、ES 細胞と TS 細胞の中間的なものを示そうとしたんですよ。因みに若山先生は笹井研において小保方の作った FI 幹細胞でキメラマウスまで作成したと思っていたんですよ。2014 年 2 月以降の問題発覚後、笹井研ではキメラマウスは作っていないと判明したんですよ。つまり、小保方はキメラマウスも作成していないのに、胎盤寄与に関わった FI 幹細胞として、系統樹図を作成したということです。これはインチキ以外の何物でもないという話。
    2024/2/12 01:19 コメント再掲

    学とみ子がこれに対していちゃもんをつけてきている。

    oTakeさんの発想は、後の調査で判明した事実から、逆戻りで想像したものですよ。
    こうした企みのできる人は、ES、TSの性質に熟知した研究者でも、難しいです。otakeさんは、そうした想像をしてしまうけど、専門家なら、難しいのは分かるから、oTake論を、机上の空論と思うでしょう。でも、プロが素人騙しをする時は、そうした説明になるかもしれませんけどね。oTakeさんは、専門家から吹く混まれた可能性はないですかね?

    FI-SC3が、小保方氏が作成した怪しい細胞なら、桂調査委員会は、小保方氏が作成したルートを突き止めます。ところが、調査委員会は、FI-SC3が、なぜ小保方氏が所有しているのかの見当がつくから、調査を深掘りしないのです。
    (学とみ子ブログより)

    まったく、状況を理解していないのですね。
    まず、2014 年の桂調査委員会の時、小保方は FI-SC3 は様々な細胞をかき集めて、解析に出した。その試料はよく分からないという話で、GOF マウスを渡されていただの嘘を言って、研究不正認定から当時、逃れたんですよ。
    桂調査委員会が終了した後に、FI-SC1, SC2 は若山研時代のもの、FI-SC3 は笹井研時代のものであり、FI-SC3 は誤記でもなんでもなく、必要なマウス系統がなかったので、別系統のマウス(GOF-ESですね)を 129 B6 F1 マウスのものとして虚偽解析をしたことを自白してしまったんですよ。その詳細は以前にコメントしました。小保方は気が緩んだんでしょうね(笑)
    結局、小保方は「FI 幹細胞を作った」ということで若山先生はこのインチキをしてチェックを逃れ、若山先生の証言が正しかったことが判明し、笹井先生に対しては、FI-SC3 は「若山研で作ったもの」と虚偽の報告をしていたことが確定したんですよ。既に手遅れです。私の想像ではありません。
    ES 細胞と CD1 の混入の故意性は、STAP 細胞の ES 細胞混入と同様にうやむやになるかもしれませんが、別系統のマウスを故意に偽って虚偽解析していたことが確定するので、研究不正という扱いになります。間違いなく小保方の責任が問われますね。
    Ooboe らが桂調査委員会の調査をやり直すなら、FI-SC3 は確実に小保方の責任が問われることになるところだったんですよ。だから、桂調査委員会の調査をやり直しをしても別に良かったんですね。非常にお間抜けなお話です。ちゃんちゃん。

  26. その1です。

    Ⅰイントロダクション

     ➀ 分子生物学的実験では種々の要因によるコンタミの防止が肝要であり、細胞レベルの解析の一般化により一層重要に。
     ⓶ コンタミの検出は困難であり、実験結果と予想があまりに食い違っている為、実施者がコンタミを疑った場合のみと言って良い。
     ③ 品質管理での種々の技法が提案されているが、本件に係わるものはすくない。
     ④ 今回、次世代シーケンサー(NGS)を用いた研究、特にRNA-seq技術に基づくトランスクリプトーム解析におけるコンタミネーション検出手法につぃて述べる。
     ⑤ 今回の提案のマイクロアレイ技術と比較した場合の利点の一つとして、ゲノム配列に関する情報もある程度得られることがあげられる。


    ➀mRNAは両方の常染色体に由来することが予想される。そのため、NGSデータの配列断片には2つ(またはそれ以上)の対立遺伝子が観察されることが予想される。
    ⓶観察されたSNPによって評定される対立遺伝子の頻度の歪みは、いくつかの生物学的現象可能性を意味しうる。
    ⓶-1生物学的な見地に立って望ましいのは、ゲノムインプリンティングや突然変異のような対立遺伝子特異的な発現である。しかし、もう一つの原因として考えられるのは、ターゲット細胞とは異なる遺伝子バックグラウンドもつサンプルのコンタミである。
    ③対立遺伝子の発現頻度は各対立遺伝子についてのPCR増幅効率に依存し、今回の解析では特に分布の分散はPCRのコンディションに依存したが、ヘテロ接合SNPでの平均は細胞の種類によらず約50%であった。
    ④RNA-seqにおける対立遺伝子発現頻度分析は、インプリンティング遺伝子の検出に実績(DeVeale et al.)
    ④-1今回のアプローチは、ヘテロ接合SNPを用いたRNA-seq研究におけるコンタミネーション細胞の検出へと適用を拡張するものである。
    ④-2このアプローチは染色体異常を検出する方法も提供する。対象組織での異数性が予め想定済みでない場合に、異常細胞からのデータを除外することができる。
    ④-3この方法は、実験の質を後ろ向きに評価するために適用可能である。明確に再現性がない結果を解釈するのに有用である。

    Ⅱ結果と考察
    ❶数理モデルとシミュレーション
     ➀二倍体細胞には一対の相同染色体があり、遺伝子は父方染色体と母方染色体からほぼ同じ頻度で発現する(インプリンティング遺伝子や性染色体上の遺伝子の場合を除く)(DeVeale et al. 2012; Lagarrigue et al. 2013)。
     ⓶発現頻度は、二項分布に沿うと予想される。
     ③PCR増幅によるバイアスはこの分布に影響を与えるため考慮に入れる
     ④ヘテロ接合性のSNPを持つ非インプリンティング遺伝子を対象とした場合、1つの細胞型のみからなるサンプルでは対立遺伝子頻度は約50%になると予想される。
      ④-1コンタミがある場合、分布上のピークのシフトとして現れるはずである。
     ⑤PCRバイアスを考慮に入れ、コンタミを検出ししうる数理は以下の通りである。
            *********** 
    *  モデル数式  *
    ***********
     ⓺図1Aのシミュレーションは、N = 50、b -aが正規分布に従う条件で行われ、標準偏差は0(PCRバイアスなし)または1(PCRバイアス大)であった。
      ⓺-1分布の分散はPCRバイアスに大きく依存し、分布の最頻値はSNP対立遺伝子の構成に対応することが示された。
     ⓻公開データベースから入手した様々な細胞型のRNA-seqデータ数セットのアレル頻度を調べたところ、結果はシミュレーションと一致した(図1B)。
    ⑧0%と100%のピークは、観察された細胞内のホモ接合SNPに起因する可能性がある。⑨純粋なC57BL/6(B6)造血幹細胞(造血幹細胞)と、129とB6胚性幹細胞(胚性幹細胞)の、RNA-seqデータセットを対象とした種々の割合でのランダムサンプリングによって人工的にコンタミ状況を生成した
    ⑩数学的シミュレーションで示されたように、曲線の形とピーク位置は混合比率に沿って変化した(図1C、灰色線)。

    ❷STAP論文の再解析:FI-SCの遺伝子型解析
    ➀本研究では、RNA-seqデータ中のSNP対立遺伝子頻度を用いて、データセットの特性を示す方法を検討した。
    ⓶小保方らは最近、STAP現象、体細胞が(胚盤胞に注入すると胚や胎盤組織を産生できる)多能性幹細胞に、細胞初期化し誘導される現象を報告した(Obokata et al.)
    ③当該研究者から提供されたNGSデータセットを調べるために、上述の対立遺伝子頻度アプローチが用いられた。
    ④参照対立遺伝子(dbSNPではB6遺伝子型に相当)と代替対立遺伝子(本研究では129遺伝子型に相当)の間の対立遺伝子頻度を、TruSeq試薬を用いて得られた7回の反復実験から得られたRNA-seqデータで調べた(Supporting Informationの図2AおよびS1)。
    ④-1 7つの実験のうち6つの実験の対立遺伝子分布は、図1Aで予想された親染色体の均等な表現を示した。
    ④-2ESC、STAP細胞、STAP幹細胞(STAP-SC)を用いた実験では、0%のピークは見られなかった。これはおそらく、公開データベースに登録されている細胞とは遺伝子型が異なる、実験室内で戻し交配されたマウスから得られた細胞であったためであろう(J. Sharif and K. Isono, 私信)。
    ⑤F1 129Sv(129)とB6細胞集団に由来すると注釈されたFI-SCは、非バイアス非インプリンティング遺伝子の対立遺伝子分布パターンを示さなかった(Supporting InformationのFig.S1)
    ⑤-1その分布は不均等な染色体を持つ細胞のものに類似していた。これらのFI-SCは、STAP細胞からFgf4で誘導され、遺伝子発現プロファイルや胎盤に寄与する可能性など、絨毛幹細胞(TSC)に類似した特徴を持つことが報告されている(Obokata他2014a)

    ⓺129B6F1遺伝子型とFI-SCとの分布曲線の明らかな違い及びSNPの大部分のB6との類似と相まって、FI-SCがほぼ純粋なB6背景の新生児マウスに由来することを示唆
    ⓺-1さらに遺伝子発現パターンを解析した結果、B6型対立遺伝子と非B6型対立遺伝子間のSNPの不均一性は遺伝子の発現特性に起因している可能性が示唆された。
    ⓺-2図2Bに示すように、129(すなわち、非B6)とB6の間で不均一であると予想されるSNPを、いくつかのESCマーカー遺伝子で調べた。ESCはこれらの遺伝子座で129とB6の両方のバックグランドに由来する対立遺伝子を有していたが、FI-SCはESCと同じ遺伝的バックグランドを有すると記載されているにもかかわらず(小保方ら、2014a)、B6由来のSNPのみを有していた。
    ⓻B6遺伝子型の優勢は、TSCマーカー遺伝子では観察されなかった。(図2C)。
    ⑧FI-SCの特異性は図2BとCに示した遺伝子に限定されなかった。
    ESCに特異的なSNP、TSCに特異的なSNP、その他の遺伝子のSNPsに三分類したところFI-SCのみがすべてのヘテロ接合体を有していた(図2D)。

    ⑨FI-SCはいくつかのTSCマーカーで特異的な遺伝子型を示したため、
    ⑨-1TSCが混入した可能性がある。
    ⑨-2FI-SCはマウス胚線維芽細胞(MEF)フィーダー細胞と一緒に培養されたため、フィーダー細胞も混入源となる可能性がある。
    ⑨-3両方をチェックした結果FI-SCではMEF遺伝子が発現していないことを確認(図2E)。したがって、MEFによるコンタミの可能性は無視できる、
    ⑩ RNA-seq実験で検出された対立遺伝子頻度分布の偏りを説明する最も有力な仮説はFI-SC集団が 2つの細胞タイプに由来することである
    ⑩-1B6遺伝的背景を持つESC様細胞と、CD1に類似した遺伝子型を持つTSC様細胞である。

  27. 【悪質な学とみ子】

    >因みに若山先生は笹井研において小保方の作った FI 幹細胞でキメラマウスまで作成したと思っていたんですよ。

    例えば、上記のoTake文章はこれはどういう意味なんでしょうね。
    これは誰も知らない情報ですね。
    oTakeさんと、若山研究室周りの人たちは情報を共有していたのですか?
    若山氏は山梨に行ってから、自身では胃米良ができなくて困っていたんですよね。
    若山氏にはできないけど、小保方氏にはできることがわかっていたら、若山氏は普通、安心しますよね。
    安心していたんですか?
    ところが、その時の若山氏は、キメラの再現ができなくて悩んでいたんですよね。矛盾しませんか?
    (学とみ子ブログより)

    まず、わざと分かっていて文章を部分的に引用してミスリードさせようとしないでください。
    「因みに若山先生は笹井研において小保方の作った FI 幹細胞でキメラマウスまで作成したと思っていたんですよ。2014 年 2 月以降の問題発覚後、笹井研ではキメラマウスは作っていないと判明したんですよ。」と書いたはずです。若山先生は、小保方が 自分一人で笹井研にいるときに FI 幹細胞をつくり、笹井研においてキメラマウスが作成されていた(作ったのは笹井研、だから、「笹井研において」と書いてあるし、続く文章で「笹井研ではキメラマウスは作っていない」と書いた。後ろの文章を読めばキメラマウスを
    作ったのが笹井研だと簡単に気づかれるから、後の文章をわざと学とみ子は省いた。)と小保方に聞かされていた。ところが、論文発表後、2014 年 2 月以降の問題発覚後に小保方は論文に自分が作った FI 幹細胞は論文に使っていないと言い出した。若山先生は、Oct4-GFP の FI 幹細胞を作ってない(そもそも 129B6F1(Oct4-GFP)のマウスなんていないでしょ)から、若山先生は笹井先生に確認したところ、小保方は FI 幹細胞を作ったが論文に使ったのは、若山研のものだとしらを切った。結局、小保方は誤魔化し、だんまりを決め込んだ。
    だから、そもそも小保方が笹井研にいたときに、STAP 細胞そのものを作っていたのかを調べた。その結果、笹井研にいた 2013 年の 11 月頃までの、動物実験計画書が存在していない。もし、その間にマウスを解剖し、STAP 細胞を作成していたら、小保方は条例違反になります。また、同時に CDB 若山研のマウスは小保方に移管し、小保方は理研のマウス飼育管理施設に委託(経費は小保方研から管理費支出)、また、これらのマウス使用履歴は理研に管理部門に残るはずなのでこれを調べたら、使用されていないことが判明。因みに 2013 年 11 月頃からの動物実験計画書は存在している。つまり、笹井研で夏頃までキメラマウスどころか、FI 幹細胞すら小保方は作っていなかったことになる。動物実験計画書がなかったのは当然だったということですね。笹井先生は、最初、失念していたと説明したが、後に別の動物実験計画書で誤魔化そうとしたが、マウスの種類も小保方の名前もない。笹井先生は失念していたわけではなく、笹井先生としては何の問題もなかったのだが、小保方の虚言により、振り回されて別の動物実験計画書で誤魔化すようなことをしてしまった。結局は、小保方がやっていたのは凍結保存された培養細胞のみだったことが分かる。つまり、実験が行なわれていないので小保方は条例違反には問われないが、若山先生らに嘘をついていたということが判明する。2013 年に若山先生が再現できないといって、小保方は「笹井研では幹細胞など作れている」と回答している。実はこれも小保方の嘘だったわけだ。若山先生は、使用している薬剤などの問題かもしれないと小保方に笹井研で小保方が使用しているものを送って貰ったが、小保方の嘘だもの、当然、再現できるはずがない。
    若山研で作られたものではなく、小保方が FI 幹細胞を作っていなかったということは、小保方が FI 幹細胞(FI-SC1, 2 以外)の試料として、解析したものは全て、小保方が ES 細胞、また、TS 細胞を混ぜた偽物試料としか考えられなくなる。FI-SC3 がまさにそれ。解析・分析結果、理研の報告にあるような結果が出るのは当然と言える。
    後に小保方は解析試料 FI 幹細胞に関して、調査委員会とは異なる証言、若山研時代のもの、笹井研時代のものの混在していたことを自白しており、FI 幹細胞(Oct4-GFP)と FI-SC3 は若山先生の関与のない、小保方によるものであり、ES 細胞、また、TS 細胞を混ぜた試料ということを使ったと推認できる。

  28. 後半です。
    ************************
    ❸撤回論文の再解析: 染色体異常の検出
    ➀SNP分布解析は異数性の検出にも応用可能。
    ➀-1各染色体の対立遺伝子頻度を調べる場合、対になる染色体の重複数が同じでない場合、歪んだ分布になる
    ➀-2図3Aに示すように、STAP細胞では8番染色体に異常が認められた。
    ➀-3対立遺伝子頻度のピークは、1つの細胞が異なる系統の両親から2本の染色体を得た場合、約50%になると予想される。しかし、STAP細胞の対立遺伝子頻度のピークは約33%であり、これは2本の染色体のうち1本が重複し、8番染色体が3本になっていることを意味する。重複染色体129親由来のものと推定される。
    ➀-4トリソミー8はマウスESCにおいて最も一般的な染色体異常であり、
    ➀-5トリソミー8を持つESCは増殖に有利であるが、キメラはこの変異を生殖細胞系列に伝達しない
    ➀-6マウスのトリソミー8は妊娠12、13日目までに胎生致死
     ⓶トランスクリプトーム解析を用いた異数性検出は既に報告されていることから、本研究では各染色体上の遺伝子の発現を解析した。
    ⓶-1 8番染色体上の遺伝子および13番染色体上の遺伝子は、STAP細胞とESCsでは発現パターンが有意に異なっていた。
    ⓶-2 第8染色体遺伝子の発現は、STAP細胞ではESCsの1.3倍であった(P値 = 2.89X10^-25;図3B)。この結果は SNP解析で検出された8番染色体のトリソミーと一致。したがって、対象細胞のSNP遺伝子型がわかっており、対照細胞の核型が正常であればこのNP対立遺伝子頻度法は適用可能

    ❹SNP対立遺伝子頻度の利用可能性
     ➀方法の感度はシーケンスリードの深さに依存する。
      ➀-1今回の限られた数のRNA-seqデータセットに基づくと、利用可能なSNPの数が約1,000より少ないと、グラフにノイズが多すぎて分布の違いを検出できなくなる。
    ➀-2例えば、5948個のSNPしか持たないMEF細胞は、23 838個のSNPを持つESCのデータよりも顕著に多くスパイクを生成する。
    ⓶各染色体に割り当てられたSNPは、SNP数が1000未満になると、分布が非常にノイジーになる可能性が示唆された
    ③二項分布の分散は試行回数に依存するため、カバー率も感度にとって重要である。
    ④図1Bはまた、人工多能性幹細胞(iPS)のゲノムの安定性に関して、いくつかの興味深い側面を示している。
    ④-1 129B6F1から作製されたiPS細胞では B6型対立遺伝子のホモ接合SNPが多かった。
    ④-2 細胞のコンタミネーションの結果かもしれないし、2つの実験に使われた細胞の性質の違いによるものかもしれない。
    ④-3 この2つの実験には、興味深い可能性もある。iPS細胞工学はゲノムやエピゲノムの不安定性を誘導することが報告されている(
    ④-4 今後の研究では、iPS細胞の対立遺伝子頻度を調べることが重要である。
    今後の研究では、iPS細胞の対立遺伝子頻度を調べることが重要であろう。
    ⑤RNA-seqや他のNGS実験で検出されたSNP頻度の差が、核型の直接観察によって検出されるものよりも正確であるとは言えない。
    ⑤-1しかし、本研究で述べた方法は、対象細胞が利用不能となっていても染色体異常の検出に用いることができる、
    ⑤-2また、遺伝子型(SNP)と表現型(遺伝子発現)の両方からから検出することができ、遺伝子型や表現型単独よりも信頼性の高いエビデンスが得られると期待される。
     ⓺SNP対立遺伝子頻度法の潜在的可能性として染色体の親由来の検出・決定が挙げられる
    ⓺-1。仮想核型分析(Ben-David et al. (Ben-David et al. 2013)と比較した場合のもう一つの利点は、異数性のない対照細胞を必要としないことである。二倍体細胞の対立遺伝子頻度シミュレーションモデルでは、二倍体細胞の対立遺伝子頻度が約50%のピークを示すと予想されるからである(図1A)。

    ❺FI-SCサンプルのコンタミネーション
    ➀RNA-seq断片中の対立遺伝子頻度を調べることで、サンプリングされた細胞の特異的特徴を検出することができる。
    ➀-1特定の細胞タイプで特異的に発現する遺伝子セットが明確な、その細胞の起源を推測することができる。
    ⓶小保方らの研究から得られたmRNA配列リード中のSNPを解析した結果、STAPおよびFI-SCサンプルの起源は、当初の報告とは異なる可能性が高いことが示された。
    ③シミュレーションにより、分布の最頻値はサンプルの細胞構成とPCRバイアスによる分散の可能性の両方に依存することが示された。
    ④二項分布のPCRバイアスを無視すると、コンタミ細胞の比率は分布のピーク位置によっておおよそ推定できる。
     ⑤原研究にてFI-SCにコンタミしている可能性が最も高い細胞タイプであるTSCは、非B6ホモ接合型対立遺伝子よりも多くのヘテロ接合型(B6/非B6)対立遺伝子を持っていた。  
    ⑤-1 FI-SCのSNPは、B6と129が異なるヌクレオチドを持つ対立遺伝子でカウントされ、重複実験の結果、6859と7243のヘテロ接合のSNPが得られ、24および14の非B6ホモ接合対立遺伝子が得られた。
    ⑤-2 集団のピークが約10%であると予想されるのに対し、対立遺伝子頻度のピークは約95-96%であったことから、遺伝子型の観察により汚染細胞の割合を推測することができる。
    ⑤-3この結果はTSCマーカー遺伝子の発現と一致した。調べたTSCマーカー遺伝子はすべて、TSCの約10%に発現していた(図4A)。

    ⓺B6と129由来の配列が同じヌクレオチドを共有し、FI-SC由来の配列は共有しないFI-SC特異的SNPも調べた。これらのSNPのほとんどは実験に用いたTSCのCD1バックグラウンドと一致し、B6や129とは異なっていた。
    ⓺-1 遺伝子ごとの表示(図4B)と全 SNP 解析(図4C)は、FI-SC が TSC 特異的 SNP を共有していることを示した。
    ⓺-2 FI-SCにおけるコンタミネーションTSCの割合はわずかであったため、TSC特異的SNPのほとんどはヘテロ接合体であった。
    ⓻これらの結果は、RNA-seqデータには2つの主要な細胞集団からの転写産物が含まれており、約90%のB6細胞はESC様の発現パターンを有し、約10%のCD1様細胞はTSC様のパターンを有するという見解を支持するものである。
    ⑧したがって、FI-SCが胎盤に寄与しているという小保方らの論文の主張は、臓器幹細胞であることが知られているTSC(Tanaka他 1998)のコンタミネーションによるエラーに基づくものである可能性がある。

    ⅢSTAP現象の解釈
    ❶SNPを用いた異数性の検出も、元の実験における混入を示唆した。
    ➀遺伝子型と表現型の両方の解析から、小保方らの実験に使われたSTAP細胞は8番染色体のトリソミーであることが示唆
    ⓶転写アッセイでは13番染色体上の遺伝子の非典型的発現が示された。8番トリソミーはマウスで最も一般的な染色体異常であり、8番染色体は13番染色体の末端に融合することが報告されている(Kim et al.)
    ③これらの観察結果は、図3Bの仮想核型分類の結果を説明するかもしれない。図3で使用したRNA-seqデータは、STAP細胞が増殖しない条件下で培養された新生児マウスの脾臓細胞由来であると(STAP論文では)注釈されている。
    ③-1この記述はトリソミーを持つ細胞の卓越とは一致しない。純粋なトリソミー8を持つマウスは胎生致死だからである。従って、この細胞はESCと非常に類似した発現特性を持つ培養細胞であったという結論を示唆する。

    結論
    ここで説明したSNP対立遺伝子頻度法は、コンタミネーション細胞と実験対象細胞が共通の遺伝的背景を持つ場合、対立遺伝子頻度がコンタミネーションを検出するほどには異ならないという事実によって制約される。しかし、この方法は原理的には多型を含むあらゆるRNA-seqデータに適用可能であり、RNA-seq実験の前向きおよび後ろ向き品質管理、特にESC細胞やiPS細胞、およびそれらの誘導体のような培養細胞を用いた研究に有用であろう。
    ************************
     
    *DeepLをツールとして使用しています
    *推敲未済の試訳です。

  29. 学とみ子曰く:メチル化実験で、同じ大腸菌コロニーをつついて真っ白データを出した人がいるかどうかなんて、調査委員会は調べません。

    この学とみ子の主張は、桂調査委員会報告書p20「小保方氏はこのような危険性について認識しながらデータを選別したうえ、手動で作図して存在しないデータを新たに作り上げたものである。」と書いてあることで何回も否定されているのに反論することなく、同じ繰り言をいうわけです。調査委員会は調べたから断定していて、この結論に小保方氏は異議を唱えていないし、私小説では他人に押し付けることすらできないからこの捏造については何も書かないわけです。それでもメチル化の図の黒を白に置き換えたのは小保方氏ではないとする学とみ子は、もはや誰が何と言っても主張を変えることができない哀れな老婆になってしまったとしか言いようがないです。

    「それを学とみ子が「なるほど」と思うなら、ギャップは埋まっていくと思います。」 ← メチル化の実験についてですら、御本人が黒を白に入れ替えたと言ったと指摘しても、決して学とみ子は小保方氏の捏造を認めないわけですから、学とみ子が考えを変えることなどありえないでしょう。

  30. 澪標さん

    ありがとうございます。これでどこにも細胞の同一性など問題にしているところがないのがわかりました。

    >学とみ子
    あんたが曰く遠藤論文では、混合サンプルを証明するために、同一性証明のSNP解析手法を用いているんですよ。

    澪標さんの示した「⑤-3この結果はTSCマーカー遺伝子の発現と一致した。(FI-SCsでは)調べたTSCマーカー遺伝子はすべて、TSCの約10%に発現していた(図4A)。」

    Expression of TSC marker genes in ESCs, TSCs, and FI-SCs.
    The solid line indicates the average TSC gene expression and dashed line indicates 10% of the average.(Endo, T. A. Genes Cells 19, 821–829 (2014).)
    という結果は「同一性証明のSNP解析手法を用いて」いるのでしょうか?ご教授願います。

  31. むしろ、oTakeさんにとって、”理研にはSTAP細胞を擁護する人がいただろう”とする学とみ子の意見の方がまずいのではないですか?
    もし、そうなら、oTakeさんは、そこに対する反論を言っていけば良いだけですよね。
    「理研には、STAP細胞擁護者なんていない!小保方擁護者もいない!」と、oTakeさんが思うなら、それをエビデンスを示していけば良いと思いますよ。
    (学とみ子ブログより)

    理研に STAP 細胞を擁護する人、小保方を擁護する人がいて、私には何の関係もありませんから、そんなのどうでもいいです。いても別にいいと思いますよ。まずいと思う学とみ子がどうかしているんじゃないですか? そういう人がいても何の影響もないですから、私には意味がわからないんですけどね。

    それを学とみ子が「なるほど」と思うなら、ギャップは埋まっていくと思います。
    (学とみ子ブログより)

    私の根本的な思考がわかっていないんでしょうね。
    情報のネットワークとして、マスコミなどによるもの、人のつながりによるものがあります。私は情報で最も重視するのは人のつながりです。必ず重要なつながりを持つキーマンがいます。そのような人を”ネットワーク科学”において”ハブ”と言いますが、私はそこを重視しています。普通の一般人は二の次なんですよ。
    あくまでも私にとってですが、意思決定権を持つ者であったり、重要な情報をもたらしてくれる者を重要視しています。普通の一般人はまずそこに含まれません。
    だから、2014 年の騒動期に私たちは自分たちのところで STAP 研究の科学の見極めがおおよそついたときに、一般に公開して広めることを考えていなかったんですよ。そもそも科学研究者ではないですからね。科学技術者ですよ。これは何の役にも立たないと判断したら、もう用事がないんですよ。小保方に何か特別な思いがあるわけでもありませんし。だから、研究不正であるかどうか、処分がどうなるかというのは、完全に法的な視点やロジカルな視点でしか見てません。感情論でもって見てませんからぶっちゃけどうでも良かったんですよ。この状況だと研究不正だと見るものあれば、この状況だと研究不正と断定できないねと極めて客観的に判断しています。
    石川先生の刑事告発に関しても、分かっている状況からどう考えるのが妥当かということしか考えてませんでしたからね。刑事告発は不起訴だったわけですけど、それは妥当だと私は考えてますからね。
    話を戻しまして、相澤先生や丹羽先生が検証実験でやっていたころ、夏頃にはもう科学として見極めがついてましたからね。もう、笑って見てました。
    自分たちがやってできないものを四六時中追っかけても仕方ないわけで、理研が検証実験をやっているわけですからね。必ず結果は公開するのでそれを待ってればいい。結果が出たらそのときにどんな結果が出たのかを見ればいい。それまでは考える必要がないでしょ。時間の無駄以外の何物でもないですよ。結果が大きく違っていたら、何故、考えていたことと違うのか、比較するだけですし、予測通りならやはりねと思うだけで、あとはデータを確認するぐらいですし。
    まぁ、そういった中で、学とみ子はどんな存在かと言えば、私にとって何の影響もない人でしかない。つまり、何かギャップを埋めなきゃいけないとか、理解を求めるとか必要としていないということですよ。学とみ子が「小保方は清廉潔白だ」と言っても、別に「あー、そうですか。研究者はそうは思わないだろうね」と私は思うだけですからね。学とみ子の思い込みを「小保方は悪質な研究不正者だ」という内容に変える気はない。心の中で「損するのは学とみ子で、ホント馬鹿だなぁ。」と思うだけですから。
    ため息先生が「決して学とみ子は小保方氏の捏造を認めないわけですから、学とみ子が考えを変えることなどありえないでしょう。」とコメントされてますが、私はその状況下で学とみ子に認めさせようと思ってなくて、私は一応、一通り説明するわけですが、その根底には学とみ子にお馬鹿晒してチョンマゲ!と思ってコメントしているだけですからねぇ。HMS の Daley 氏が「STAP 研究が妄想で、小保方とか未だに言っている人に何を言っても通じないwww」というようなコメントしてましたっけ。Daley 氏は、バカンティ氏らにいろいろ説明したんですよね。その結果、何度説明してもバカンティ氏も聞く耳持たないって言って、呆れてました。

  32. 当方が、後から訂正されてもわからないから、訂正すべき文章は消去するのではなく取り消し線で訂正しろといったら、なんと学とみ子はここに、”我々”という言葉が入ることが、ミソで、伊藤氏の言葉には、…と取り消し線で訂正しました。このように素直に指摘を認めたことは初めてかと思います。まだ成長するのびしろがあるのかも(訂正:下記)しれませんが、まだわかりません。数多くのが残されたままですからね。様子をみましょ。

    折角訂正したのに「こういうところ、ため息さんは聞き取れていないでしょう?どうなの?」という文はそのまま残っています。どうしたことでしょね?

    [ 追記 ] 学とみ子はこのあと桂調査委員会委員長が言ってもないことを、また勝手に創作し、これが指摘されても訂正することなく、さらに折角取り消し線で訂正したこの発言を実際に伊藤氏の言葉にはなくても、何度も繰り返したからして、その意味(我々という意味)があったとしました。したがって訂正は間違いだったとのことなので、「まだ成長するのびしろがあるのかも」という上記の記載は取り消します。

  33. 学とみ子曰く「理研には、STAP細胞擁護者なんていない!小保方擁護者もいない!」と、oTakeさんが思うなら、それをエビデンスを示していけば良いと思いますよ。とブーメランを投げました。

    学とみ子は「ES捏造画策学者」の存在のビデンスを示してください。ちなみに「いない!」ことを証明するの不可能ですが「ES捏造画策学者」いるというのは、もしホントなら証明可能です。証明してください。

  34. ため息さん
     ❶Fig 4A:TSCマーカー遺伝子の発現率のグラフですので極めてコンヴェンショナルなものだと思います(Wetは苦手です)。本論文での使用目的は、モデルによる検定結果(FI-SCでの混合)のバックアップだと考えています。
     ❷伊藤委員が無理と言っているのは:
     ”同一性・由来の確定的結論を含意する”推定には、次世代シーケンサーデータを使用できないと言う事です。
     遠藤さんの論文は「次世代シーケンサーデータを使用した確率的【異種性の検定+近縁性】推定」です。ので手法的同一性は全くありません。
     ❸同一性があるとすれば、WET⇒DRYの過程ですが、遠藤さんは公開データベースを使用していますので、この部分についての責を負う事はありえません。
     ❹遠藤さんのモデル、考えれば考えるほど面白いので、すこし温めてからコメントを書きます。多分閑古鳥が鳴く趣味のブログでやります。
     ❺話は変わりますが、スラド1月末でサービス終了しています。Kahoの日記まだ読めますので、関心のある方は何らかのアーカイビングをなさる事をお勧めします。
     

  35. oTakeさんとのやり取りですが、oTakeさんとは関係無い点について。

    学とみ子曰く

    学とみ子の理解では、CDB上層部が、検証実験の目的をキメラ達成に置いたのは、若山氏によるキメラ作成の問題点を提起するためのものであるのです。
    CDB上層部は、STAP細胞の初期化を目の前で見ているのだから、CDB上層部は、そこには疑問を感じていないでしょう。

    「CDB上層部が、検証実験の目的をキメラ達成に置いた」というのはどんな根拠があって言うのでしょうか?

    STAP現象の検証の実施について(2014年4月7日)
    スライド2枚目の検証実験の目的には「■STAP現象が存在するか否かを一から検証する。」とあり、酸浴からの検証することを示しています。また同STAP現象の検証の実施についてでも「CD45 陽性血液細胞を調製。次に、これらを酸処理し、7日間培養して GFP 発現の誘導を検討する。」から始まっています。

    これらの発表された検証実験の目的が「若山氏によるキメラ作成の問題点を提起する」とはどこにも記載されていません。CDB上層部がこれ以外の場でなんと発言したのか根拠を示してください。ないでしょ。いつもの学とみ子の願望に沿った妄想でしょ?お答えください。

    「STAP細胞の初期化を目の前で見ている」とはなんでしょ。緑に光ったというライブセルイメージングのこと?これは初期化の証明ではありません。

    「外国の検証実験が、細胞を酸性液に浸す実験だけに集中していた」 ← あたりまえでしょ。酸浴に再現性がないから先に進めなかったわけだからね。

    「特に初期化能力が高い肝臓組織中の細胞、おそらくマクロファージの存在を指摘しています。」 ← ??丹羽氏の検証結果論文には macrophage という単語はでてきません。

    「細胞の全ゲノムを読むことが必要で、RNA解析ではそれが可能でないと、伊藤氏は言ってます。」 ← 遠藤氏は「細胞の全ゲノムを読むこと」をしていません。だから伊藤氏は遠藤氏の手法を否定したわけではありません。

  36. 澪標さん

    Kahoの日記のアーカイビング

    すでに魚拓がとられています。魚拓はコメントが80ケだけしか記録されませんが、80以降のコメントにkaho氏のコメントがないのを確認しました。

    kahoの日記: STAP細胞の非実在について
    https://srad.jp/~kaho/journal/578529/
    https://web.archive.org/web/20240131193927/https://srad.jp/~kaho/journal/578529/

    kahoの日記: STAP細胞の非実在について#2
    https://srad.jp/~kaho/journal/578550/
    https://web.archive.org/web/20240131194355/https://srad.jp/~kaho/journal/578550/

    kahoの日記: STAP細胞の非実在について#3
    https://srad.jp/~kaho/journal/578591/
    https://web.archive.org/web/20240131173745/https://srad.jp/~kaho/journal/578591/
    kahoの日記: STAP細胞の非実在について#4
    https://srad.jp/~kaho/journal/578623/
    https://web.archive.org/web/20240131160907/https://srad.jp/~kaho/journal/578623/
    kahoの日記: STAP細胞の非実在について#5
    https://srad.jp/~kaho/journal/578726/
    https://web.archive.org/web/20240131014640/https://srad.jp/~kaho/journal/578726/

  37. うーん、学とみ子レベルの人を相手しても仕方がないんですけどねぇ。

    oTakeさんが、研究者でないと宣言する理由はなんなんですかね?
    本物の科学者ではないから、知識や判断に足りないことがあるという自覚を言っているのかと、学とみ子が思うと、次には、また、違うことを言いますよね。
    本物の科学者ではないと宣言することは、自身の科学的判断が十分でない、論文理解に十分の知識背景が無いとの自覚である、他人は判断しますよ。
    研究者ではないと宣言している人が、どうして、自分自身の判断に、「そんなに自信を持てるの?」「矛盾してませんか?」と、他人は問いたくなります。
    (学とみ子ブログより)

    私が科学研究者でないと言っている理由が分からない? 何を馬鹿なことを言っているんですかね。学とみ子は、私が科学研究者ではなく、科学技術者であるとあえて対比させて言っている理由が全く理解できないんですかね? この意味が分からないのなら、かなり低レベルの人ですよ。
    まず、科学研究者は専門的な研究等を行ない、「新しい科学技術を発見する人」を指します。私は新しい科学技術を発見するために日夜研究しているわけではありません。だから、科学研究者ではありませんと言ってます。対して科学技術者は「研究者が新しく発見したとする科学技術を実際に行なう人」を指します。つまり、科学技術者は、発見したとする科学技術や知識が実際に実現できるのかを確かめたり、また、確実な運用性確保したりするわけですよ。ここには科学というものに対する取り組む方向性が「新規発見」なのか「確実な運用」なのかという点で大きな違いがあります。しかし、扱っているものは科学研究者と科学技術者は、その基本となるものは同じ自然科学であって、その根底にある知識・論理はほとんど同じです。
    学とみ子はこんな簡単なことが理解できないから、「本物の科学者ではないと宣言することは、自身の科学的判断が十分でない、論文理解に十分の知識背景が無いとの自覚である、他人は判断しますよ。」といった、頓珍漢なことを言い出すんですよ。また、『「そんなに自信を持てるの?」「矛盾してませんか?」と、他人は問いたくなります。』と滑稽なことを言い出すんですよ。
    “科学技術者は、発見したとする科学技術や知識が実際に実現できるのかを確かめたり、また、確実な運用性確保したりする”と先ほどコメントしました。これは自分が扱うものに対して、その前提には”再現性の確保”というものが中心核にあります。だから、科学の”再現性の危機”などの科学の現状が非常に気になるわけですよ。Nature などの調べで医学生命科学系の 7 割も再現性がないなんて言われたり、それがさらに悪化するような科学の現状だと、”科学技術や知識が実際に実現できるのかを確かめ”ようとしても、また、”確実な運用性確保し”ようとしても、多くの無駄が発生するんですよ。研究データやプロセスなどが全くデタラメだといい加減にしてくれとなるわけですよ。

    oTakeさんが信じるハブとなるパーソンが正しと判断したら、もう、それでズーと、それでいくということなのでしょうかね?
    その人は、教祖みたいな人なんですかね?
    (学とみ子ブログより)

    ホント馬鹿ですね。私はマスコミでも研究機関などの広報ではないんですよ。だから、以前にコメントしたでしょ。「情報のネットワークとして、マスコミなどによるもの、人のつながりによるものがあります。私は情報で最も重視するのは人のつながりです。」と。私が行なうのはマスコミのように一般大衆に広める情報の扱いではなく、情報を活用し運用する人との連携やフィードバックなどなんですよ。それはその活用する、運用するのに重要なキーマンを重視するんですよ。だから、その意思決定権を持つ者であったり、重要な情報をもたらしてくれる者(例えば関係する研究者や技術者がこちらに含まれます)を重視するんですよ。普通の一般人が、情報を活用し運用するわけではないですからね。それをするのは関係する研究者や技術者だったりするわけですよ。だから、一般人に情報を公開して広めるつもりもなく、関係する研究者や技術者と情報の共有を行なうことが基本的姿勢になってくるんですよ。一般の人に隠す必要もないものだから、普通にこのようなブログの場でコメントしたりしているだけです。
    つまり、学とみ子の教祖とかいう発想が幼稚すぎるんですよ。学とみ子は自分のコメントを見て恥ずかしくないんですか?
    「これは何の役にも立たないと判断したら、もう用事がないんですよ。」とコメントしましたよね。これは先ほどコメントした”科学技術者は、発見したとする科学技術や知識が実際に実現できるのかを確かめたり、また、確実な運用性確保したりする”ことに関係しているんですよ。実現できない、運用確保できない、役に立たないとなると、”科学技術者”として、不要ということになりますからね。

  38. 学とみ子曰く:こういう不遜なタイプの人(自身の科学知識が不十分であるにもかかわらず、おごった性癖の役人)が上にいると、、理不尽に研究者を品定めして、恩着せがましく研究費配分するのかもしれません。

    何を言っているんですかね。「不遜なタイプの人」とは学とみ子そのものなんですよ。

    学とみ子曰く:ため息さんは、澪標さんのコメントを問わないといけないのです。

    そんな上から目線で当方を指導するような不遜なことを言わずに、学とみ子が澪標さんに直接コメントすればいいでしょうが。なにがなんでも医師である学とみ子は非医師であるため息の上に存在しないといけないわけで、その唯我独尊不遜な言動が皆さんの反感と失笑を買っているのにも気が付かず、態度を改めることができないわけですな。

    「plusさんがいたら、さすがにこの惨状には気づくと思いますね。」 ← plus99%さんはもはや学とみ子を相手にするのは馬鹿らしいとして、最近はコメントされていません。そこで最近のコメントからいくつか学とみ子の評価についてひろってみると:
    ・学とみ子はあ、小学校1年に戻って「学級会」や「夏休みの自由研究」からやり直してきたらいかーが?
    ・学とみ子は、STAP論文を「読むことすらできない」なんですなあ。
    ・学とみ子は遠藤氏よりも科学をよくわかっていると自分の手で証明しなければ、ただのバカだと自分の手ですでに証明しているということですよ。

    などがあります。学とみ子の妄想脳の惨状はすでに気が付かれていて、今更、繰り返しコメントすることはないでしょう。

    「つまり、”細胞同一性を論じるには”という言葉の重要性が、ため息さんにわからないから、ため息さんは自身のコメントから、ら、キモなる言葉の、”細胞同一性を論じるには” を除いてしまうのです。」 ← 遠藤氏は細胞の同一性など論じていないし同一性を根拠に論じているわけではないと当方は思うわけですな。ですから、学とみ子は伊藤氏の言う「細胞の同一性を論じてはいけない手法」を遠藤氏が論文で使っているということを示せば、皆さんが遠藤氏の手法の誤りを理解できるわけです。解説してみろ。できないんだろ。ただ単に伊藤氏はRNA-seqのデータか推測できる限界を述べた、遠藤氏はRNA-seqのデータを使ってSTAP論文のインチキを述べた、だから遠藤氏の主張は誤りで”ES捏造画策学者”だといっているだけでしょ?ちがうの?

  39. 学とみ子が14日(水)早朝追記で曰く:ため息ブログ全員が、論文把握に問題があります。論文全体が分からないのではなくて、一部のウエットの部分が、わからないようです。

    何を言っているんですかね。

    遠藤氏のインフォマチックな研究ではなく純粋にウエットな実験の質問

    桂調査委員会は「小保方氏がディッシュの蓋などに載せて持って来たSTAP細胞塊を若山氏が切り刻んでマウス胚に注入し、キメラを作製した。」と報告しています。このキメラはES細胞由来細胞だったわけです。この報告書の記載からES細胞はどこで混入したと学とみ子は思うのですか?誰が混入させたか事故だったかは関係ないですよ。(テラトーマもES細胞だったことも考えてね。)

    ① 小保方氏が持参した細胞塊にES細胞が混入していた
    ② 若山氏がES細胞を注入した(小保方氏持参”STAP”細胞に加えてでもES細胞だけでもいい)
    ③ それ以外
    どれでしょ?③だったらその詳細は?

    にはいつ答えてくれるのでしょうか?ウエットな実験を学とみ子はわかっているのでしょ?お答えください。

    「そこをお互いに議論して、納得し合うという作業を、彼らはやらない。それぞれため息ブログ各人が、「私は分かってる人だ!」を演じるから、不明点を、そのまま、わからないままでスルーすることになります。」にならないように、「互いに議論」するためにも学とみ子の主張をはっきりさせてくださいな。

  40. 学とみ子が14日(水)朝、曰く:学とみ子になぜ、聞くの?

    学とみ子が遠藤氏の手法は間違えているというから、具体的に遠藤氏の出した結果のどれが間違えた手法を使った結果だというのかを聞いているのですよ。当方らは遠藤氏が細胞同一性を問題にして結果をだしていないというのだから、遠藤氏のどの結果が細胞の同一性を根拠にした結果なの?

    「学とみ子は、ウエットな実験を知っているわけでなく、ウエットな知識なら独学が可能だ、と言ってます。調べ方のスキルが、ため息ブログより高いのでしょう。」 ← だったら、何故、上のコメントにある「報告書の記載からES細胞はどこで混入したと学とみ子は思うのですか?」に答えないの?前に答えたではなく、答えたというのなら再度答えてちょうだい。

  41. 学とみ子さん
     桂委員会報告「スライド20/24」、「報告書2−3−1−2.ChIP-seqやRNA-seqなどの公開データに関する疑義(15p~)」をお読みになった上で、以下の言明を吟味なさる事をお勧めします。

    ”分かっていない人に説明しようがありません。RNA解析と、DNA解析では、精度が違うと、伊藤氏が言ってる事を聞き取れないなら、ため息さんは勉強し直して、自身の理解をあれか、これかの独り言を言えば良いでしょう。そうしたら、本物の研究者が来てくれるかもしれません。”

  42. 結局学とみ子は、伊藤氏の発言が遠藤氏の手法を否定しているという主張を説明できないのですな。

    分かっていない人に説明しようがありません。RNA解析と、DNA解析では、精度が違うと、伊藤氏が言ってる事を聞き取れないなら、ため息さんは勉強し直して、自身の理解をあれか、これかの独り言を言えば良いでしょう。そうしたら、本物の研究者が来てくれるかもしれません。

    説明するとは「分かっていない人」にわかるように解説することですよね。わかっている人に説明する必要はどこにもないわけですな。

    学とみ子は説明できないということで、伊藤氏が適用してはいけない手技を遠藤氏が使って解析したという学とみ子の主張はなんの根拠もないデタラメであったということですね。

    これまで何回も嘘を書いてきたわけですから、もういい加減、嘘をつくのはやめたらどうでしょ?

    そして、いつになったら、上のコメントにある「報告書の記載からES細胞はどこで混入したと学とみ子は思うのですか?」という質問に答えてくれるの?

  43. くどくなりますが、絵解き* をしてみます.
    *【くどき、デロリン祭文の方が正確な表現ですが、死語( ;∀;)】

    前提1:二種類の細胞CaとCbがあります。
    前提2:それぞれのゲノムサンプリングデータGSaとGSbがあります。

    伊藤さんの言明:
    ➀CaとCbの同一性または詳細な系統関係を、確定的に推測するには全ゲノム解析が必要であり、ゲノムサンプルを使用した分析では確定的言明は不能
    i.e. GSa VS GSb、Ca VS GSb, GSa VS Cbによる確定的由来推定は不能

    遠藤さんの論文
    ➀GSaとラベリングされたサンプリングデータがCa由来の物である事を棄却可能とする検定方法を提案。
    ⓶Ca由来のものである事を棄却された場合に、対象サンプルの特性をデータライブラリーと参照する事により、ラフにその由来を推定する事が出来る可能性を提案。
    ③STAP実験のFI幹細胞を上記➀⓶例として取り上げた

    *************************
     桂委員会報告書15P以降のRNA-seq,ChIP-seq解析は遠藤さんの方法またはそれとパラレルな方法によるものと思われます。
     方法を明記していないので、断言はできませんが、桂報告書16Pの以下の表現が遠藤さん論文と平仄が合っている事は、論文(または私の書いた骨子)を参照頂けば自明と存じます。
    <桂委員会報告書16Pより>
    FI幹細胞のRNA-seqデータとNGS解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により得られたSNPsデータを詳細に解析すると、大多数のアレルはB6ゲノム配列と一致するのに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つSNPs箇所が多く認められる。これは大部分のRNA-seqデータがB6ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持った細胞から取得されたRNA-seqサンプルが少量混じっている可能性を示す(少量混じっていると考えられるRNA-seqデータが示すSNPs分布はTS細胞の RNA-seqデータ(CD1系統)と酷似している)。

  44. 学とみ子が14日(水)午後に追記していわく:もともと、科学用語の使い方にも問題ある人たちだから、議論が成立するはずがありません。
    ご冗談でしょ。当方等が誤った科学用語を使っているという具体的な指摘はできないでしょ。学とみ子が言われているからオーム返しに言っているだけでしょ。「細胞受容体」なる単語がタイトルにある論文があるといったけどそんな論文を示すことはできなかったでしょ。「胚の遺伝子異常感知能力」なにこれ、科学用語なの?GRASの読み方は「ジーバス」なの?「胚の免疫寛容」??免疫システムがないところに「寛容」がどうしてあるの?このような一見科学用語、専門用語らしきデタラメ単語を作るのはどなたなの?

    「当ブログが、ため息ブログに助言しても、彼らは、用語の理解が不十分で、結局、受け入れないのだから、もう無駄だと思います。」 ← ご冗談を。このような嘘ばかり並べてこれが助言だ、説明だとでも言うの?デタラメと言われているのにもう反論できないと言っているわけですな。

    臍で茶が沸いてますな。

  45. 学とみ子は、小保方が FI 幹細胞を ES等を使ってねつ造していたことが判明していることから、矛先を逸らすのに必死なんですよ。
    ES 細胞混入させた疑いではなく、はっきり言って確定的なものですからね。

  46. うーん。??
     「一息ついて、二つくらい前のエントリーから読み返せば」とお勧めしたくなります。
     でも陰キャラなので、もう一度!
    学とみ子さん
    ➀ 桂委員会報告書15~16P(スライド20/24)に記載されている公開ChIP-seq,RNA-seqデータの系統推定は、どのようにして導出されたのでしょうか?
    <ご参考>
    2−3−1−2.ChIP-seqやRNA-seqなどの公開データに関する疑義
    STAP論文において用いられたNGSデータ(RNA-seq、ChIP-seq inputデータ(公共データベースに公開))、および本研究に関連して取得され、論文には用いられなかったRNA-seqデータを、本調査にてシークエンスしたNGSデータ(各種ゲノムおよびSTAP ChIP-seq inputサンプル由来DNA)と関連づけて解析することにより、以下の問題点が明らかとなった。

    oTakeさん
     ↑同意。FI幹細胞と「あの日」127Pの記載内容がリンクする事に気づいた(より正確に言えば指摘によって気づかされた)以降は、前にもまして迷走。これまで気づいていなかった事自体にびっくりと言うのが正直な感想です。

  47. 小保方氏の冷凍庫から見つかった「129/GFP ES」と書かれたチューブなのですけれども。

    学さんのためにクドい説明をしておきますが、
    《129は市販の白マウス、GFPは蛍光たんぱく質を意味する》のです。

    チューブの中身は太田先生が作成したもの(FES1)でしたが
    ラベルに書かれた文字は太田先生の筆跡ではありませんでした。
    ※おそらくは小保方氏の筆跡と推定されたこともありますが警察による鑑定が発表されたわけでもありませんし濃いめのグレーなままですけれどね。

    いくら書いても読解力の劣る学さんには理解できないものと思います。

  48. 学とみ子の14日夜の記事は、これまでの当方等からの質問やクレームに対して答えられないから話題を変えるための記事なんですが、またいつもの「小保方氏の犯行」否定説を述べているだけですね。「STAP 幹細胞や FI 幹細胞の作製時に ES 細胞が混入した」という桂調査委員会の結論は、「酸浴後day7の小保方ES混入」を否定する文章であるというのが学とみ子の主張です。桂調査委員会のこの文章を読んで、「酸浴後day7の小保方ES混入」を否定している文章だと解釈する方は、擁護を含め、学とみ子だけで誰もいません。

    「ESねつ造画策学者」と並んで「理研には、STAP研究を支持する研究者グループ」「小保方ESねつ造無罪を、必死で桂報告書(下書き)に書きこんだ理研の学者」という理研内部に派閥があって「理研の学者間で、大変なバトルがあったと思う」わけで、そのせめぎあいの結果が報告書に反映しているというのが学とみ子陰謀説なんですね。具体的にグループを構成しているのは誰のことなのは、学とみ子は明らかにしませんといういうかできません。

    今回は論理を結ぶ単語「よって」が「小保方ESねつ造無罪を、必死で桂報告書(下書き)に書きこんだ理研の学者」が加えたものだというわけです。しかしこの「よって」が「酸浴後day7の小保方ES混入」を否定することを意味するという学とみ子の論理は誰も理解できない不可思議なものです。「AとBは同一だったが、AとBができた時期はAのほうが早かった、よってBはAが混入したものと結論した」この論理に「BにAを混入させたのがXである」という内容は含まれません。単純な日本語の問題ですね。

    論理を結ぶ単語を使えないのが学とみ子で、「よって」がどうして「酸浴後day7の小保方ES混入」を否定するのかあるいは派閥の対立を示すのかわかりません。妄想ですからね。学とみ子は説明したというのですが誰もその説明を聞いたことがないし、論理が成り立ってないから、学とみ子のこの説を支持する方は誰もいません。もともと学とみ子説を支持していたわけではないけどコメント欄を利用するだけの無駄口与太郎はPCRー電気泳動の誤解があって引っ込んじゃいましたし、Ooboeにいたっては久しぶりに閲覧に来ました。ですから、学とみ子は孤立無援なわけです。

    それでも「単独行動で、ES混入を故意でする人など不可能性であると考える人たちは、理研に当然いますから。」と主張を続けるわけです。どうして「当然います」なんでしょね。学とみ子の妄想脳内だけの論理なんですな。

  49. 学とみ子曰く:桂調査委員会の記者会見の時、記者から、どの位の期間、小保方氏がES混入をしていたかの質問がでた時、桂氏は、若山研究室に来てから研究終了時までずっとみたいなことを言ってしまったので、記者たちも、内心、「ええっと、そんなに長くなの?」と思ったでしょう。

    このような桂調査委員会委員長の発言は二コ動画の何分のところにあるのでしょうか?桂委員長は小保方氏が混入させたと結論していないのに「小保方氏がES混入をしていた時期」など言うわけがありません。

    何処でしょ?また「我々」と同じように学とみ子の妄想脳が作り出した発言でしょうね。

  50. 桂調査委員会の記者会見は、冒頭から、なかなかの良い質問ではあったのですが、…もうメンバーから抜かれてしまいましたね。が、15日(木)午前中に追記された部分です。以前からの否定されている主張を繰り返しているだけです。

    胎盤の問題ですが、桂調査委員会はほとんど問題にしていません。切片が残ってない、小保方氏が提示しないからですね。

    メチル化実験についても学とみ子の従来からの根拠のな主張を書いているだけです。誰が学とみ子の主張を支持しているのでしょうか?誰もいないでしょ?

    メチル化実験も、なぜ、小保方氏が結果を出さないのか、なぜ、桂調査委員たちは、出すように要望しないのか?
    小保方氏が、なぜ、データを持っていないのか?
    左図から右図を導けないというなら、なぜ、もっと別のデータを求めないのでしょうか?
     ← バカじゃないの。委員会がデータを要求したにき決まっているでしょ。小保方氏が提出しなかった、できなかっただけでしょうが。だからGRASに残っていたデータで判断したんでしょうが。小保方氏が異議をとなえていないのに、どうして何の根拠ももたない野次馬学とみ子が委員会がデータを請求しないとか言えるのでしょうかね。

    「どこがインチキなのか、桂氏は、指摘できるはずです。」 ← 指摘しているでしょ。論文の図の根拠となるデータがないといっているのがわからないの?

    「桂氏は、メチル化実験の問題点の原因を、小保方不正であるかのような説明を繰り返す」 ← 小保方氏の不正行為と断定して小保方氏は報告書に異議を唱えないし、その後に書いた私小説でも異議を唱えていないという事実を学とみ子はどう解釈するの?自分の研究者生命が途絶えるという瀬戸際なのに、誰かを庇った?誰を何故、かばうの?答えてみろよ。

    学とみ子がさらに追記で、伊藤氏の発言に「我々」と言う発言がなかったのに、学とみ子があったと誤解したことについて曰く:「我々」は、実際に伊藤氏の言葉にはなくても、何度も繰り返したからして、その意味があったんです。 と書いています。学とみ子の解釈では「その意味(我々が)があった」ということでしょ。この「我々」事件は伊藤氏が何と発言したのかは正確に記載し、これを学とみ子が何と解釈したのかは別なのではっきり分けるべきだというのがわからないの?バカだから、ただ言ってなかったで済ませちゃうわけですな。ですから今回も、妄想して桂氏が発言もしていないのに「小保方氏がES混入をしていた時期」と桂氏がいったと書いたのは、学とみ子が全く学習していなかったことを示しているわけだ。先に、学とみ子は取り消し線で訂正したから、のびしろがあると言いましたが、全く学習していなかったわけで、当方の先の発言は取り消します。

  51. 学とみ子が15日昼直前追記しました:ため息さんは、こうした貴重なソースを、独自に掘り下げる力がありません。メンバーに、越されてしまいました。

    意味不明。誰が何について当方を追い越したの?当方が追い越されるのはなにかまずいの?
    二コ動画のコメントを表示して何の意味があるの?研究者はだれも垂れ流しコメントを書くわけがないでしょ。外野の野次馬がなにか言っても意味ないですな。

  52. 学とみ子が「メチル化実験も、なぜ、小保方氏が結果を出さないのか、なぜ、桂調査委員たちは、出すように要望しないのか?」というから、当方が「小保方氏が異議をとなえていないのに、どうして何の根拠ももたない野次馬学とみ子が委員会がデータを請求しないとか言えるのでしょうかね。」と行ったら、学とみ子曰く:メチル化実験は、若山研究室スタッフがやったと、桂報告書に書いてあるからですよ。そういう説明をしているでしょう?そうですよ。だから桂調査委員会報告書p19に「CDB若山研におけるプログレスレポート(PR)にて提示された資料、論文原稿の各バージョンで示された図、実験を担当したCDB若山研メンバーより提供された実験ノート記録、GRASのコンピューターに残っていた実験データを照合し、PR資料や論文図に示されたデータの信憑性を検討した。また、小保方氏に作図法やデータ処理について聞き取り調査を行った。」と書いてあるから、桂調査委員会は小保方氏以外からはデータを要求し得たわけですな。そして「データの真贋性を裏付ける実験データやノート記録を確認することはできなかった」とあるのは小保方氏に説明を求めたわけですな。若山研究室スタッフの実験ではなく小保方氏の実験だからね。若山研究室スタッフがだしたデータを小保方氏が改竄したのでしょ。他になにが考えられるの?調査報告書は「そういう説明(小保方氏が捏造した)をしているでしょう?」。若山研究室スタッフが捏造したと書いてあるの?

  53. 学とみ子曰く:桂調査委員会は、胎盤写真を持っていますよ。 そなの?そんな記述どこにあるの?胎盤の蛍光写真でしょ。胎盤か卵黄かわからんという写真では?組織切片の写真などないでしょ?

    「専門家が見ても、判断できない理由」とは蛍光の写真で組織切片の写真ではないのでは?

  54. 学とみ子の妄想はどんどん極まってきています。メチル化の捏造についてです。めちゃくちゃですな。

    誰が何をしたのか?後から調べてもわかりません。 ← はあ?あとから調べて小保方氏が捏造したのが判明したんだよ。

    「他の人が担当した実験を、小保方氏が、勝手に内容変更したら、実験した人から怒これれます。それこそ、プログレスレポートで議論になるでしょう。」 ← ニコ動画1:26:25~ 若山件のプログレスレポートでオリジナルデータのチェックがなかった と桂委員長が発言しています。小保方氏が捏造したのを誰もチェックしなかったのでしょうね。

    「意図的なデータを誰が出したのかについての論拠も、桂報告書にはかかれていません。」 ← 報告書p20「小保方氏の聞き取り調査から、メチル化のデータを取りまとめる際に、仮説を支持するデータとするために意図的なDNA配列の選択や大腸菌クローンの操作を行ったことが確認された。」とあります。小保方氏がやったんですよ。どこを読んでいるの?

    「メチル化実験は、複数の実験者がかかわってデータをだしているはずですから、複数の証人がいても良いのです。しかし、桂調査委員会は、証人を集めていません。」 ← 報告書p19「実験を担当したCDB若山研メンバーより提供された実験ノート記録」とありますから小保方氏以外から実験ノートを集めただけではなく当然事情聴取しているでしょうね。ノートだけもらったで済ますわけがないでしょ。

    「小保方氏が、「誇れるものでない」と言った言葉は、「私(小保方)がやりましたが、誇れるものではありません」であるかのような印象操作をしているように見えます。」 印象操作ではないですな。報告書p20「小保方氏から誇れるデータではなく、責任を感じているとの説明を受けた。」とあります。この記述がどうして印象操作なんでしょ。はっきり小保方氏が捏造したと自白したんですよ。「小保方氏が、デタラメなデータを作ったという証拠(証言)」なんですよ。報告書のどこを読んでいるの?

    「小保方氏は、自身の担当した実験でないから、データを出せないのではないか?の部外者からの質問に対しても、説得力のある回答を、桂調査委員たちは提示することができません。」 ← そんな質問は誰がしたの?記者会見のどこ?また妄想でないことを書いているわけですな。

    「調査委員たちは、調べたけど、捏造の証拠をみつけることも、実験協力者たちからの証言を得ることもできなかったということです。」 ← 調べて、捏造の証拠を見つけ小保方氏に問い合わせたら自白したんですよ。報告書のどこを呼んでいるの?

    妄想が激しく、本人が認めている捏造も学とみ子の妄想脳内では捏造などなかったことになっているようです。大丈夫でしょうか?ご家族が心配しているのでは?

  55. 学とみ子曰く:桂報告書、13頁、17頁には、小保方氏の作業範囲が書かれてます

    p13に小保方氏が何をやったかなど書いてありません。ES細胞の混入の根拠を示し、ES細胞の樹立日とSTAP幹細胞の樹立日を比べたらES細胞のほうが早いから、STAP幹細胞作成時に既存のES細胞が混入したと断定したと書いてあるだけです。
    p17は小保方氏の作業が書いてありますが、「小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった」、小保方氏に実験の記録がなく「本人の記憶しかない」と小保方氏が研究者としての基本ができてないことが書いてあるのです。

    学とみ子は何がいいたいのでしょうか?天才小保方を否定する記述を取り上げて何がいいたいのでしょ?

    「桂報告書では、STAP論文の全てを小保方氏が関与したかのような印象操作部分があり」 ← 印象操作ではありません。報告書p30「最終的に論文の図表を作成したのは小保方氏、STAP幹細胞、FI幹細胞、キメラマウス、テラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏」と、そのほとんどに小保方氏が関与したと明確に記載してあります。

    「桂報告書は、異なる見解の学者同士がぶつかり合ってると理解すると、詠みやすくなります」 ← 偏見で読むことのお薦めなんですね。桂調査委員会委員で相互に意見が異なるという情報はありません。残されたサンプルの解析を実施した松崎氏等の意見が委員会メンバーと対立していたという情報もありません。学とみ子の妄想です。

    学とみ子の妄想は10年経過しても解消されません。妄想から出てきた数々の嘘が指摘されても🐸の面にxxなのは何故でしょう。以下から選択あるいは記述しなさい。
    ①指摘は誤りで自身の記述が間違えとは思っていない
    ②自身の発言が誤りと認識できたが都合が悪いので反応しない
    ③自身の発言と思っていない
    ④その他(記述してください)

  56. 小保方支援者は、小保方は若山研とは関係なしに FI 幹細胞を作ったんだから、小保方にそれを作ってもらえばいいじゃない。
    ♪───O(≧∇≦)O────♪
    すぐに解決しますよー(棒)

  57. 桂調査委員会報告書のp17にある「小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった」という記載をとらえ、だからこれは小保方氏の知識では、ESを混入を行う事はできないと世間に知らせた文章です。

    なんという間抜けな論理なんでしょ。小保方氏はES細胞とは何か、現在行っている実験はES細胞、iPS細胞並の多能性細胞を作ること、これだけはわかっているのでしょ?だから小保方氏が作成したSTAP細胞とやらにES細胞が混入していれば、若山氏の手によってキメラができると理解していたわけでしょ。違うとでも言うの?桂調査委員会報告書のどこをどうやって読めば「小保方氏の知識では、ESを混入を行う事はできないと世間に知らせた文章です」。になるんだよ。めちゃくちゃですな。

  58. 学とみ子曰く:ため息さんは、やっぱり予想通り読みきれてない。マウスの種類や幹細胞の構成細胞を知らない人が、ES混入を故意にやれないという

    まだ間抜けなことを言っている。調査委員会報告書のp17の「小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった」というのはGRASによるRNA-seqデータ解析等のことで、論文記載マウスと公開データのマウスが違うとかいうことで、ES細胞の混入のことではない。幹細胞樹立のときに混入があったES細胞は緑に光る仕掛けのある細胞で、ただのES細胞ではないことから、混入させた者がいるとすると、その者は緑に光るES細胞を選んだわけだ。緑に光るのがキメラ成功の指標だったからね。小保方氏が手元にあるES細胞がどんな細胞か知らなかったとでも言いたいの?単なる事故でES細胞が混入したわけではないことを意味するのだ。

  59. 学とみ子が日本語がでたらめなことを自白しているような文章です。同氏という言葉の挿入を入れた文節、入れていない文節があって、区別したいようです。以下の文節には同氏(小保方)が、入っていません。小保方氏が混ぜたとならないための文章上の工夫があります。

    桂調査委員会報告書p17の以下の文章のことです。

    一方、FI幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏(小保方氏)が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた能性が高いこと(故意か過失かは不明)から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とは認められない。

    (アンダーラインが学とみ子が引用した部分。(小保方氏)は当方の加筆)
    この前の文章で「小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった」と言っています。そしてサンプルを用意したのは小保方氏で小保方氏に記憶がないと言っているのだから、誰が読んでも「複数細胞種を混ぜた」のは小保方氏です。他に誰がいるというのでしょうか?他の可能性があるのなら、このような1文に個人名が一つだけということはありえないでしょう。学とみ子の未熟な日本語では、あらゆる場合にも主語を書けということなんですな。Thereforeで区切られた文のとき、学とみ子は2文に分かれているから前の文にあった day 7 は次の文には適用できないと言ったわけです。今度は1文です。主語は「同氏(小保方氏)」と統一されていると、学とみ子の論理でも、していいでしょう。違うのですか?

    ちなみに、学とみ子の主張を的確に示すのなら、「当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと(故意か過失かは不明)から不正の可能性が示されるが、」ではなく「複数細胞種を混ぜた能性が高い」という部分をアンダーラインとか太字で示すべきです。的確な日本語表現ができるように国語を勉強してください。

  60. 既に終了しています。
    学とみ子は本当に往生際が悪いですね。

    調査委員会報告書 p17 の記載です。

    FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いことから不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを容易したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つに至らなかった。よって、捏造に当たる研究不正とはみとめられない。

    既判力について、前の確定判断と矛盾する主張を取り上げてはならないと後の判断に与える作用。つまり、既判力による遮断についてです。上記調査委員会報告書の内容は、確証を得るためには不明な点が多くあったため、捏造との判断ができなかったものである。では、後に不明な点が解消し、確証を得るための情報が得られた後の判断ならば、既判力による矛盾する主張ではなく、調査委員会報告書の判断による既判力による遮断はない。

    追加解析において、FI-SC3 が使用したマウスの種類も含め結果が異なることは、小保方が同一のマウスを使うべきことを認識しており、同一のマウスが使えないのであえて故意に異なっているマウスのものを使用していたことが小保方本人の証言により判明した。また、この異なる状況を生み出したのは 若山研時ではなく、笹井研の時であることも判明した。しかしながら、笹井研時のマウスを使用したとするマウスの使用歴(動物実験計画書、マウス飼育管理施設による使用マウス履歴等)を調べた結果、マウスからの実験が行なわれていないことが分かり、その時に解析した細胞サンプルは凍結して保存してあった ES 細胞、TS 細胞を体細胞由来のものとして捏造目的のために使用したことが結論づけられる。TS 細胞は意図しない混入と考えられなくもないが、ES 細胞に関しては明らかに体細胞由来の細胞でないことを意識して使用したものである。
    ここから分かることは (1) 小保方が FI 幹細胞を作った(論文に使用していない)という調査委員会での証言が虚偽であった、(2) 小保方の ES 細胞による捏造は行なっていないという調査委員会での証言が虚偽であった、(3) 若山先生から渡されたマウスが小保方は GOF マウスと認識していたというのが虚偽であったなど後に判明した事実となる。

    よって、『FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、それにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用したマウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いことから不正の可能性が示されていたが、どのようにサンプルを容易したかを含め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つに至らなかったが、後に判明した事実等により、小保方は調査委員会において数々の誤魔化し、虚偽証言を行なっていることも判明し、FI 幹細胞のデータ等を ES 細胞等を用いて、捏造に当たる研究不正を意図的に行なっていたと結論づけられる。』ということで解決・終了です。これ以上、考える必要はありません。

    vs.~知覚と快楽の螺旋~(福山雅治「ガリレオ」より)のピアノ演奏(楽譜は YAMAHA 、ぷりんと楽譜を使用。2013年度版アレンジはまた今度。)

    https://m.youtube.com/watch?v=rxdnKT2HeQM

  61. 学とみ子に的確な日本語表現ができるように国語を勉強してください。といったら2月16日夜の新しい記事でリンクため息さん自身は、指導力も、知識もあると勘違いしている。と返してきました。

    だったら「桂報告書は、解決不可能な事実を前に、委員長の自論の部分もあります。
    「疑いを拭い得ない」という表現は、桂氏の気持ちが書かれている部分と思われます。」
    などと書いてはいけないのです。

    桂調査委員会報告書p12には「研究者の常識としては、誰かが故意に混入した疑いを拭うことができない。」と書いてあり「疑いを拭い得ない」と書いてあるところはどこにもありません。

    日本語として「疑いを拭うことができない。」は正しいですが「疑いを拭い得ない」は不自然です。「得ない」についてはその解説が日本語教師のまる得にあります。2つの意味があって、意志動詞=「できない」、無意志動詞=「可能性がない」ということだそうです。今回は前者で「できない」の意味で使うことになります。この場合、「想像し得ない」、「予測し得ない」、「獲得し得ない」というような名詞に「する」をつけたサ変動詞が「し」になって先行するのが普通です。ですから「拭い得ない」ではなく「払拭し得ない」とするのが普通で、学とみ子の「拭い得ない」は誤用といっていいと思います。

    録音でもなく文書として残されたものから引用するのですから、正確にすべきです。ましてや日本語ができないといわれている上に、「的確な日本語表現ができるように国語を勉強してください。」というコメントがあった直後なわけですから、このような記述をするのは、奢りでしかないですな。

  62. 2月16日夜の新しい記事は、いつものように妄想の羅列です。〜と思われると断定を避けた表現になっているのもありますが、その根拠を求められても示すことができません。にもかかわらずこの主張を繰り返すのは断定しているに等しいのです

    ・もともと、いろいろな読み方ができるように、工夫した文章になっている
    ・理研の研究者たちが下書きを書いて、桂調査委員会は、それを基本にして、新たな書き込みをおこなって桂報告書を完成させた
    ・上記部分の担当執筆者は、「故意か過失かは不明」の文言が抜けないように、小保方なる主語が、この文節に入らないように、頑張った
    ・(記者会見での桂氏も、桂報告書も)「小保方氏しかその候補がいない」というは
     (そんな発言も記載もありません)
    ・ESねつ造を信じてしまった権力者は、有形無形なるプレッシャーを理研にかけた
    ・理研の人たちは、個人レベルでは、ESねつ造が実行不可能と思っている
    ・桂氏の言葉には、ESねつ造画策者に完全に吹き込まれている

    これらの学とみ子の発言には根拠がありません。何回も根拠を示せといっているのに、示さない、示すことができないのは学とみ子の妄想脳内のできごとだからです。誰もこの学とみ子の妄想を信じていないし、教祖一人で頑張っても嘘を信じる信者ができることはあり得ないので、続ける意味がないのですからいい加減止めたらいいでしょうに。

  63. 学とみ子が折角コメントしてくれた しろうと さんに対し

    幅広い交友関係を持つoTakeさんのお友達ですか?もしそうなら、ため息ブログに書き込んだ方が、たくさんの応援が得られる。ここでは、学とみ子の独断で、ボタン1個で消されてしまうから、せっかくの示唆に富むしろうとコメントが、もったいないです。

    だって。

    学とみ子はどのように処理したいのでしょ?「嫌なコメントだから削除します」と言いたいらしいのですが、「示唆に富む(良いコメント)だから(学ブログにはふさわしくないので)削除しますよ」だそうです。学とみ子を批判しているが、的確なコメントなので、削除しないということなんでしょうね。

  64. ため息さん こちらで出た話題なので、私なりの整理を簡記します。

    ❶遠藤さんの二つの論文について
     ➀二項分布を利用した検定論文(以下:検定論文)とパス解析型推測統計をテーマとした論文(以下:推測統計論文)は、当初からそれぞれ独立した別論文であり投稿先も異なります。
     <投稿先>
      ⅰ検定論文はGenes to Cells
      ⅱ推測統計論文はNature←記者会見模様

     ②推測統計論文は、SNPではなくCNV(copy number variation)を利用したものである可能性が高いと考えています。←Kahoの日記、記者会見模様をベースにした私の推察

     検定論文は採択されましたが、推測統計論文はRejectされ、遠藤さんもReject理由を妥当として廃棄。←記者会見模様

    ❸桂報告書スライドと遠藤2論文の対応
     ➀検定論文<Gene to Cell投稿論文>は桂報告書スライド15/24及び20/24:1,2,4項
     ②推測統計論文<幻のNature投稿論文>は多分桂報告書スライド7/24~14/24

    に対応する領域をカヴァーするものと考えています。
     ※②は幻ですので私の揣摩臆測です。

    ❸桂委員会記者会見での古田さんの質問と伊藤さんの回答は  
     ➀古田さんの質問がいくつかのサブ質問を内包するものであったこと。
     ②伊藤さんの回答もサブ質問の幾つかへのアドホックなものであった為
     ③この部分の問答はかなりのブレと行き違いを含んだものとなっています。

     ※後代の読者が、この問答を利用して立論しようとする場合には、一言明毎に分節し、当代資料(Retractされた論文、調査報告書、調査報告書スライド)と突合して、テキスト校合を行った上でのみ利用可能となると考えます。

  65. 澪標さん

    いずれにしろ、「細胞の同一性」を論じているのではないわけですよね。

    「古田さんの質問と伊藤さんの回答」がずれていることについてですが基盤がそもそも違うので、記者会見のような短時間ではすり合わせての質疑応答は難しいのでしょうね。他の記者の「STAP細胞からマウスを作ってES細胞をつくったら…」というトンチンカンな質問もありましたね。

  66. 何か、学とみ子が錯乱中? ホント必死なんですが(笑)

  67. oTakeさん

    妄想がこじれて、おっしゃるように錯乱状態のようですね。

    2月18日(日)朝の追記は「遠藤氏は、一定しない遺伝子発現の細胞を前に、……..。TS、ESのような典型的人工細胞の性状とは、STAP細胞は違うのです。です。相変わらず妄想だけです。

    「いづれにしろ、ES捏造説というのは、科学的にもこじつけのような説なのですけど、科学界は、何も論評しません。STAP細胞が、ESであるというなら、分化細胞が、酸浴後1週間の変化の実験は、作り話になりますが、ここは、実験ノートがあるから、桂調査委員会は、何も言えないのです。」 ← 何回も言っていますが「いづれ」ではなく「いずれ」です。正しい現代用語を使いましょう。

    「ES細胞を使った捏造」は科学的には「ES細胞が混入した」と結論され、捏造か事故かは科学ではないので公式には結論されてませんが、研究者の世界では事故ではありえないというのが主流の考えですから、さらに「論評」などすることはありません。数多くある研究不正の一つで、有名になったということで研究倫理の講習会で話題になるだけです。

    「酸浴後1週間の変化の実験は、作り話に」 ← 「作り話」でもなんでもなく、たしかに実験事実はあります。しかし細胞が初期化されているわけではなく、細胞がどんどん壊れていく過程が緑に光っただけの話です。科学的な意味がないので、10年経過して、誰も問題にしていません。学とみ子は、キメラにならないというわけですが、テラトーマもES細胞だったわけで、誰も再現できていないという事実をふまえたら、酸浴で細胞はどんな意義のある変化を示したというのでしょうか?

    「STAP細胞は、遺伝子発現の一部が初期化したものの、制御された分化ではなったのです。」 ← 「一部が初期化した」とはなんですか?意味不明です。「酸浴で初期化関連遺伝子の発現が生じた細胞がある」では初期化とはいいません。これを「一部の初期化」というのですかね?そのようなでたらめな表現はどこにもありません。

    「STAP細胞の分化は一部で、ES並みで無いのです。だからESを使ってごまかすことなど、小保方氏にはできません。」 ← 意味不明。「だから」とはどんな理屈なの。「STAP細胞はES並みで無い」だから「小保方氏はESを使ってごまかすことはできない」とは理屈にもなってません。1+1=2のような誰にでも理解できる論理を述べてください。

    「STAP細胞はES並みで無い」だから「小保方氏はESを使ってごまかした」が誰にでも理解できる論理です。

    「小保方氏は、自分の細胞の限界をしってました。」 ← そうです。だから「ES細胞混入させた」というのが普通の当たり前の論理です。『だから「小保方氏はESを使ってごまかすことはできない」』ということにならないのですが、学とみ子の妄想脳の論理は逆です。説明してくれますか?

    「専門家の説明があれば、ES捏造説の破綻は、誰でも理解できるのです。」 ← 専門家はES細胞を使った捏造と考えているから、そしてこの考えは研究者の間での共通認識だから、「ES捏造説の破綻」など思ってないわけで、考えてもないことは説明しない・できないのです。学とみ子の妄想脳はこのような現実を理解できなから、珍紛漢紛な論理で発言するわけです。

    「最初に登場する酸浴実験の質を問う質問」 ← 意味不明。「酸浴実験の質」とはなんですか?細胞が死に行く状況・過程のこと?

    「TS、ESのような典型的人工細胞の性状とは、STAP細胞は違うのです。」 ← 意味不明。「TS、ESのような典型的人工細胞」とはなんでしょ?既存の「人口細胞」の定義は「細胞の機能の一部を人工的に再構成した細胞状の構造」です。つまり合成された物質を集めて細胞状に形成したもので、具体的には細胞膜に相当するリン脂質二重層の膜でできた小胞のなかに、生命現象でみられる化学反応ができるような物質を詰めた物です。TS、ES細胞は生物が作りだした細胞ですから人口細胞とは決して言いません。このように学とみ子の既存の単語をデタラメに使うことが、他の方との議論が不可能になる原因の一つです。

    「TS、ESのような典型的人工細胞の性状とは、STAP細胞は違う」 ← 多能性を持つ初期化された細胞と称するSTAP細胞はなかったのですから、議論になりません。「学とみ子のSTAP細胞」は論文のSTAP細胞と異なりキメラにならない=多能性がない細胞のようですが、これがTS、ES細胞と違うという議論は可能かもしれませんが、「学とみ子のSTAP細胞」が、学とみ子が作製したわけでもなく、どのような性状なのか全くわからないのでこれも議論できる代物ではありません。

    というわけで、この記事でも学とみ子の妄想はことごとく否定されるわけです。反論をどうぞ。

  68. んが。錯乱がまだ続く。

    学とみ子曰く:「STAP細胞からキメラマウスを作ってES細胞をつくったら…」は、トンチンカンではなく、マウスというべきところをキメラマウスと、間違ったのです。

    撤回された論文のSTAP細胞があったとして、これからキメラマウスではなく、マウスをどうやって作製するの?

    当方のコメントは記者会見での記者の質問と委員の答えは話が噛み合ってないことがあるということだけを言ったんですよ。

  69. oTakeさん、ため息さん。 うーん
     これまで学さんは、「桂委員会で小保方さんが”実質無罪”を勝ち取ったロジック」が”分かりたくない”のだと思っていましたが、生成りで”分かっていなかった”のかも(;’∀’)。
     それとも”袋小路に入ってしまったのが故のDanse Macabre?

    学とみ子さん
     テキストと、それを担保する資料が背馳した瞬間に自然科学ではなくなります。武器軟膏やN線の世界です。それとも『化学の結婚』による錬金の現前を、希っているのでしょうか!(^^)!

  70. 桂調査委員会記者会見時にある記者が質問したことに対して、学とみ子曰く:FES1と、ぴったり一致するSTAP細胞ができても良いのじゃないか?が、記者が聞きたかった事です。こんな簡単な話も、ため息さんは整理できないのです。ここでの質疑応答を理解でき無いままの10年です。

    違いますね、この記者はSTAP幹細胞等が遺伝子解析でES細胞であったという結論なので、遺伝子が一致するということは、STAP細胞が先にできて、これからES細胞ができていても説明がつくのではないかという疑問のもとに質問したんですよ。その答えは報告書にあるわけですが、委員の方々はありえないことだから記者の質問の意図が理解できなかったんですよ。「FES1と一致するSTAP幹細胞、キメラ、テラトーマがある」というのが報告書の結論なんですから、記者が「FES1と、ぴったり一致するSTAP細胞ができても良いのじゃないか?」と聞くわけがないでしょうが。学とみ子のほうが間抜けで何も理解できてないままの10年なのですな。

    [ 追記 ] このコメントは頓珍漢なところがあるので訂正はしませんが、そもそもの問題提起からしてトンチンカンなのでこれ以上議論しないことにしました。

  71. ため息さん
     記者会見該当部分(1:11:40~1:16:00)、不条理演劇また落語状態の問答です。
    ➀記者の想定
     STEP1:129B6 F1マウス⇒STAP細胞(⇒STAP幹細胞)
     STEP2:STAP細胞⇒4Nキメラ
     STEP3:4Nキメラ⇒FES1
    ②記者の想定が、委員のパースペクティブを遥かに超えている為に不条理演劇発生
     ※1伊藤さんは、プロセス的には不可能ではないが、論文とは異なるプロセスであり無意味とし
     ※2桂さんはSTEP3での変異発生に言及している
    ように見受けますが、当初からのやりとりでの混乱していますので、不条理演劇化orz
    以上取敢えず。

    かぶったかもです(;’∀’)

  72. 澪標さん

    そうですよね、この記者は「遺伝子が同一なんだから、逆にSTAP細胞からFES1(ES細胞)ができてもいんじゃね?」という主旨の質問ですよね。調査委員会の結論が「FES1からSTAP幹細胞等ができた」なんですから、学とみ子曰くのFES1と、ぴったり一致するSTAP細胞ができても良いのじゃないか?が、記者が聞きたかった事です。であるわけがないですね。

    学とみ子はこの例に限らず、論文を読んで、ここが肝心だと紹介するけど、その肝心な部分は別で、本人は真剣なんですが、実はデタラメなことが(https://nbsigh2.com/?p=17309https://nbsigh2.com/?p=17779#comment-15097など)よくありますからね。今回は口頭発言でしたけど同じでピンボケなんですな。

    ですから、当方等の主張の反論ができないからそして質問にも答えられないから話題を変えるために立ち上げたTV動画の紹介記事には、この例のようにデタラメ紹介があるのではと思うので読むことはないです。興味があるのなら引用元の動画を直接見たほうがいいですからね。

  73. 笹井氏、丹羽氏の意見を越えるような専門家はいないのに、専門家でない人が、STAP論評している。 他にもES細胞を使うような発生の研究者はいくらでもいます。専門家だけがSTAP事件を論評する資格があるとする根拠はなんでしょね?素人の学とみ子でも論評(デタラメだけど)しているんでしょ。自己矛盾ですな。

    専門家は、STAP細胞は、三胚葉分化、テラトーマになってもESにはなれないと思っているのだろうから、そこを説明して欲しいと思う。 ← どの「専門家がSTAP細胞は、三胚葉分化、テラトーマになる」と言っているんですかね?学とみ子の妄想でしかないですな。

    テラトーマもES細胞由来だったわけで、「論文にあるようなSTAP細胞」、「学とみ子のいうキメラにはならないが三胚葉分化、テラトーマになるSTAP細胞」ともに、研究者の誰も肯定していないでしょ。素人学とみ子の言う「三胚葉分化、テラトーマになるSTAP細胞」を肯定している専門家とは誰?そんな方がいるの?

  74. 学とみ子さん
     前のコメントでも書きましたが、この問答は不条理演劇か落語と見るのが妥当と考えています。
     ギリシア悲劇をスラップスティックにするのは趣味悪で済みますが、不条理演劇を悲劇化するのは論外だと思っていますのでパス。
     私の想定も、Zscan4さんの想定も、可能解の一つだと思いますが、問答の最後まで質問者の意図は藪の中。
     いずれにせよ質問者の言辞・受け答えがパルプンテですし、ある意味で虚をつかれた委員の答もパルプンテ。
     殊更に深読みしてコロス付の劇に仕立てるのは到底ムリ!! あしからず

  75. 澪標さん

    質問する方も答える方もパルプンテに同意します。こんなのを問題にする方もパルプンテ。

  76. 当方の学とみ子の発言、「ES捏造説の非現実性を言うのは、立場、身分ある人は難しいでしょう。」に対する当方のコメント「ES捏造説の非現実性を言う学とみ子は立場も身分もない、なんの組織にも属さない無職の年金生活者あるいはホームレスのような方なんですか?」を学とみ子は読んで上記のような子供じみた侮辱を止めてだそうです。

    学とみ子の主張「立場、身分ある人はES捏造説の非現実性を言わない」が真ならば、その対偶である「ES捏造説の非現実性を言うのは立場、身分のない人」も真です。学とみ子は「「ES捏造説の非現実性を言う」のですから、学とみ子は立場も身分もない方、つまり実際にはどのような組織に属さない、年齢から考えて無職の年金生活者あるいはホームレスに該当するわけですな。それとも当方が「ような方なんですか?」と質問しているのですから、ホームレスではないのならどんな身分なの?言ってみ。

  77. 学とみ子曰く:ため息ブログを見ていると、デタラメな書き込みがありますからね。 ← 具体的の当方等の発言のどれがでたらめなんでしょ?

    当方は具体的に学とみ子のどの発言が嘘・デタラメであるかをリストにしています。学とみ子も当方等のどの発言がでたらめなのか具体的に示したらいいでしょう。当方が学とみ子発言はデタラメであるというので、オウム返しに反応しているだけでしょ。オウム並の妄想脳の持ち主だからね。

  78. 理研・調査委員会記者会見(第一部)書き起こし(仮)を 3rd Reference Room の記事として 14 編、公開しました。参考にしてください。再度修正編集する予定にしていますので、これは消去するかもしれませんが。

    http://olive.liblo.jp/

    Part1 – 桂委員長による説明(-0:44:00)

    【Part2~14 までは質疑応答】
    Part2 – 日経 BP の河野氏(0:44:00-0:49:25)
    ・胎盤の確認
    ・メチル化実験の不正について
    ・データの不十分性
    Part3- ニコニコ動画の七尾氏(0:49:25-0:52:44)
    ・ES 細胞の混入時期
    ・小保方を指導する立場の研究者について
    ・科学的謎は解けたか
    Part4- 朝日新聞の野中氏(0:52:44-0:59:50)
    ・FES1 の入手について
    ・STAP 細胞の研究室内での再現
    ・キメラの作成手法を変えて成功?
    Part5- 日本経済新聞の荒井氏(0:59:50-1:05:25)
    ・ES 細胞混入の故意性・過失性について
    ・ES 細胞混入時期の若山研の環境
    Part6- 東京新聞の榊原氏(1:05:25-1:11:15)
    ・ES 細胞混入に関する小保方氏の反論等
    ・調査委員会の開始時期について
    ・調査の限界について
    Part7- 不明(1:11:15-1:16:16)
    ・FES1 による ES マウスの作成について
    Part8- 日経サイエンスの古田氏(1:16:16-1:23:30)
    ・ChIP-seq、RNA-seq について
    Part9- 日経バイオテクの宮田氏(1:23:30-1:26:51)
    ・不正防止ができたとすれば?
    Part10- 共同通信の中沢氏(1:26:51-1:30:49)
    ・今後の教訓について
    Part11- NHK の藤原氏(1:30:49-1:33:33)
    Part12- 読売新聞の富山氏(1:33:33-1:39:04)
    ・酸暴露に使われた薬剤(HCL、ATP)について
    Part13- 毎日新聞の須田氏(1:39:04-1:43:52)
    Part14- NHK の中川氏(1:43:52-1:48:00)

  79. oTakeさん ありがとうございます。文字起こしは毎日新聞の有料サイトしかないと思うので助かります。

    ちなみにどうやって文字起こししたのですか?アプリがいろいろあるようですが何を使ったのですか?よろしかったら教えてください。

    学とみ子が問題にしているのはpart7の不明記者による質問です。FES1からキメラを作り成長させて(脾臓からの細胞を酸浴させて)STAP(幹)細胞を作っても遺伝子は一致するのではないか?という主旨だと思います。言葉を変えて、「(ES細胞から)キメラを作って、掛け合わせて純粋な系統を作ったら(その系統の動物)は同じ遺伝的特徴を持った体細胞がえられ、(これからSTAP細胞)をつくれるのでは?」とも伊藤委員に対して発言しています。
    伊藤氏の返事は仮にそのようなことができても、論文の記載とちがう、そんな面倒なことをしないで、はじめからFES1を使えばいいというものです。当然で「体細胞を初期化する」が論文のテーマですから、ES細胞から体細胞を作るなどという操作に意味がないので、捏造者はそんな面倒なことをする必要はどこにもないわけです。

    そもそも、学とみ子がこの記者の質問を問題にしたわけです。「(STAP細胞から)マウス(を作って)というべきところをキメラマウスと、間違った」と学とみ子は言うわけですが、仮にSTAP細胞ができたとしてSTAP細胞からキメラマウスではなくマウスを作ることができないわけで、質問した記者も学とみ子も「トンチンカン」なんですよ。 「でもこの記者は、マウスコロニーは皆同じ遺伝子構成であることを知っていたのです。」というのはなんですかね?近交系マウスコロニーがこの話にどんな関係があるのでしょ?

    これに対して当方は記者が「FES1と、ぴったり一致するSTAP細胞ができても良いのじゃないか?」と聞くわけがないなどと言いましたが、これも頓珍漢なところがあり、要するに澪標さんがおっしゃるように落語状態の問答なので取り上げるべきではない話題なんですな。頓珍漢な質問を取り上げたほうが「トンチンカン」でこれを批判するのも頓珍漢だったようですな。

  80. 学とみ子が21日(水)早朝に追記です。
    小保方氏が、好き勝手に実験をしていたとのストーリーが崩された。 ← はあ?誰が「小保方氏が、好き勝手に実験をしていた」というストーリーを作って、これを公開したの?学とみ子の妄想でしょ。

    伊藤委員の発言で古田氏の頭の中がひっくり返ったというのは何?RNA-seq を3回したわけだが、これが査読者からの要求のある前に実施したこと?伊藤委員が「2012 年の夏」といったことに古田氏が反応を示したこと?(oTakeさんの文字起こしpart8、動画の(1:19:20))
    伊藤氏のどの発言が古田氏の考えをひっくり返したの?

    「STAP論文のすべての実験に、小保方氏が直接関わっていたからこそ、好き勝手な操作が可能であるとしたかったのだが、伊藤発言によって否定された。」 ← はあ?伊藤氏のどの発言が、小保方氏がすべての実験に関わっていたことを否定したの?前に説明したというのなら説明した記事はどれ?再度掲載してもいいですよ。

    「ES捏造画策学者は、桂氏をコントロールできたが、伊藤氏を、コントロールできなかった。」 ← だから何回も聞いていますが、「ES捏造画策学者」とは誰のこと?どの発言等を聞いてその方だと断定したの?匿名でもいいから「ES捏造画策学者」からの発言と思われるのはどこにあるの?

    「若山研究室は、小保方氏にSTAP細胞を作らせて、いろいろ実験をしていたのだろう。oTakeさんが、明らかにしてくれた。」 ← 同上のoTakeさんの文字起こしpart8にある伊藤氏の発言:「2012年のある時期に、あの、とにかく、それは別の目的だったそうなんですけども、たくさん、若山先生から作ってほしいって依頼があって」ということ?別にそんな伊藤氏からの返事がなくても、桂調査委員会報告書p30に「STAP幹細胞、FI幹細胞、キメラマウス、テラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏」とあるわけで、これらの実験・解析は若山氏と小保方氏の協議の上で論文に必要と思われるので小保方氏が実施したわけで、誰にでもわかることだし、誰も問題にしていない。伊藤氏の発言でなにか明らかになったわけではない。「別の目的」が若山氏だけがわかっている目的ではないのは当たり前でしょ。共同実験で、何のために行う実験か理解しないで実験するバカはいませんな。小保方氏がそうだというのなら学とみ子の小保方天才説は成り立たないですな。

    学とみ子の妄想脳内にしかいない方なんでしょ?返事を待ってます。

  81. ため息先生

    えーと、文字起こしですが、音楽の耳コピで譜面化するのと同じような要領で行なっています。単純に一度、聞いて覚えて、それを文字化する…って、単に普通に聞いて、入力という、単純な方法です。さすがに全文章を覚えるのは大変なので、一文章ごとに聞いて覚え、動画を一時停止、その文章を入力というのを繰り返しです。聴き取りミスなどがあった場合”???”を入力して、最後にもう一度聞き直して、その聴き取りミスの部分を修正するという作業ですね。何にも特別なアプリを使っていません。慣れると、案外、1時間50分の動画でも”動画の時間”×2+入力の時間+修正の時間で、全 8 時間くらいで済みますよ(笑)
    早口の人は、再生速度を 75 %くらいに落としたりもして。
    音声認識ソフトを使ってもいいんですが、機械任せに文字化されるので、内容が分からないまま、修正をすることになるので、この修正は精神的に結構、大変なんですね。私だけかもしれませんが。酷い場合、最初から自分で聞いて、普通に入力すれば良かったと思うことが過去に何度も(笑)

    さて、何だか、質疑応答で不明(記者?)な人が意味不明というか、意図不明なこと聞いてましたね。
    ES 細胞(FES1)から、4N キメラを作ったり(質疑応答ではこっちだろうけど…)、もしくは、ES マウスを作ったりして、それを実験に使えば、小保方の使った体細胞は FES1 と遺伝子的にほぼ同等なのではないかというような質問ですよね。
    これには桂氏も伊藤氏も米川氏も困惑の「???」だったと思いますよ。まず、何のためにということが頭に浮かんだと思います。
    そもそも ES 細胞(FES1)はその細胞の特性・特徴を作った大田さん本人ですら、実験的に調べていないんですからね。他の人からしたら、得体の知れない、よく分からない ES 細胞でしかないわけですよ。それをわざわざ、4N キメラを作ったり、もしくは、ES マウスを作ったりするということが、頓珍漢なんですけどね。訳も分からないものを使ってまで何でそんな手間かけるんですかというお話ですね。このようなものを使うなら、何か理由があるでしょう…それは一体何?
    そもそも若山先生がそんなことする理由もなければ、そんなことしたという事実すらないのに、何の意味もない質問ですよ。
    そもそも、何でこんなこと聞いたんでしょうかねぇ。因みに文字起こしの Part2~14 まで質疑応答には 13 名の質問者がいますが、こんな頓珍漢な質問をした人だけが自分の所属、名前を告げずに質問しているんですよね(爆)
    何か納得。

    例えば、東京から大阪へ移動するとき、新幹線で移動というようなことが普通考えられることですけど、東京からニューヨーク、そこからロンドンに飛んで、ロンドンからインドへ、そして、大阪へ…とこういう移動手段も可能ですよねなんて言われたら、「はぁ?何でそんなお金と時間のかかるルートを選ぶんですか? そんなルート選択する必要が何かあるんですか?」ってなるようなものですよ。

  82. 学とみ子が21日(水)早朝に更に追記でなぜ、脳内整理が、できている記者と、できてない記者がいるかを考えよ。

    このトンチンカンな質問をした記者は「脳内整理ができてない」、知識不足なんでしょ。記者の「ES細胞からキメラマウスを作ってその体細胞を使ってSTAP細胞を作る」という実験を試みる人がいると思うの?学とみ子は思うのかよ。さすがですな。

    落語状態であるとバカにするのは簡単だが ← バカにしているのではありません。状況を端的に説明する言葉を使ったのです。学とみ子の発言を「妄想脳内からの出力」というのも端的にわかりやすく学とみ子の神経活動の状況を説明しているのです。真剣に書いたことをバカにされたと思うのなら、学とみ子の数々の嘘と指摘されたことは妄想ではないと反論したらいいでしょう。

  83. oTakeさん
     拝見しました。その結果ですが、
     Part7:名無しの権兵衛記者の質問。Zscan4さんの想定の方が記者の思いに沿ったものと判断しました。同想定についての私の説は取り下げます*。
     *蛇足ですが、桂さんの応答は私の想定と平仄があいますが、Zscan4さんの想定とは齟齬をきたします。
     いずれにせよ「石切梶原」と真逆の漫才。
     それにしても、仮にそうだったとするならば、当時の研究不正規定に照らしても漆黒。大向こうから”役者も役者”と声を掛けたくなろうと言うもの。
     
     ついでですが、テキストについてコメントしているのであって、話者や記述者を評価しているのではありません。

     <オマケ>さて”増殖しないSTAP細胞をかき集めた”として、どうしたらこのような結果が得られるのでしょうか?
     Control genomic DNA sequences for STAP cell chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experiments (Fig. 4 in ref. 2) had been deposited in the NCBI database2. To gain sufficient sequencing coverage, we re-sequenced the genomic DNA prepared from the STAP cell lysate used for ChIP-seq (Extended Data Fig. 1a). We confirmed that this STAP cell sample shared all the genomic characteristics described above for 129B6F1 ES1 (Extended Data Fig. 2c), indicating that the STAP cell sample used for ChIP-seq was derived from 129B6F1 ES1 cells.
    ーSTAP cells are derived from ES cellsーより

  84. 学とみ子がSTAP細胞の本質を21日(水)早朝さらなる追記でまとめたようです。

    STAP細胞理解のみそは、FES1からSTAP細胞が作ることができるけど、STAP幹細胞はES混入無しではできないという事です。STAP細胞と、幹細胞は別物で、STAP細胞の初期化は一部遺伝子に限られ、制御されたものでないから幹細胞にはならないのです。専門家もそう想定したと思います。

    「STAP細胞」の定義が、学とみ子の定義と撤回された論文のそれとは異なるのでこの文章の意味が不明になるわけです。撤回された論文の「STAP細胞」とは動物の分化した細胞に弱酸性溶液に浸すなどの外的刺激を与えて再び分化する能力を獲得させた細胞です。以下ではこの論文の主張である体細胞が酸浴で初期化された細胞を「STAP細胞」と呼びます。学とみ子の発言の部分は、論文の「STAP細胞」と「学とみ子のSTAP細胞」なのか本人が意識していないのでそのままです。そんな細胞はなかったというのが調査結果です。

    「FES1からSTAP細胞が作ることができる」これは間違いです。分化した体細胞から「STAP細胞」ができるという主張なわけで、ES細胞(FES1)は「STAP細胞」にはなりません。もともと初期化している細胞ですからね。「FES1からSTAP細胞が作ることができる」のならこの「学とみ子のSTAP細胞」はテラトーマにもキメラにもなります。

    「STAP幹細胞はES混入無しではできない」 ← はい論文の「STAP幹細胞}はES細胞でしたから、これは正しいです。

    「STAP細胞と、幹細胞は別物」 ← 撤回された論文の主張です。

    「STAP細胞の初期化は一部遺伝子に限られ、制御されたものでないから幹細胞にはならない」 ← 「一部遺伝子が初期化された」という表現は不正確で意味不明です。多分学とみ子の言いたいのは「初期化関連遺伝子の一部が(メチル化が解けて)発現しているが制御されていない」ということで、これを「一部初期化された細胞」とは誰も言いません。 

    「専門家もそう想定したと思います」  ← 専門家は「一部の細胞が酸浴で無秩序に初期化関連遺伝子の一部が発現した状態」を「STAP細胞」と認識しているというのは正しいかと思います。専門家の誰かがこのような発言をしたかと思いますが、ちと探し出せません。当方はこの考えです。学とみ子が「幹細胞にはならない」というのとは一致しています。しかし学とみ子はSTAP細胞は、遺伝子発現の一部が初期化したものの、制御された分化ではなったのです。三胚葉分化はしてもキメラはできない。*と言っています。Article Fig 2d は「Immunostaining analysis of in vitro differentiation capacity of day 7 Oct4-GFP+ cells.」で三胚葉それぞれ特異的な蛋白発現があるという図です。day 7で初期化と分化が同時に起こっているのでしょうか?

    *「学とみ子のSTAP細胞」はテラトーマにもなるようです。
    三胚葉分化能やテラトーマ形成能がある初期化細胞
    学とみ子のSTAP細胞は、三胚葉、テラトーマ形成能のあるSTAP細胞
    、STAP細胞には、テラトーマ形成能や三胚葉分化能は有しており
    しかしつまり、小保方氏の作製したSTAP細胞は初期化現象を始めた細胞に過ぎなくて、三胚葉に分化する能力はあるものの、テラトーマもES並みの立派な腫瘍にはなりません。という発言もあってテラトーマはできるが…ということのようです。
    しかし、桂調査委員会の結論はテラトーマもES細胞由来でした。

  85. oTakeさん

    ありがとうございます。そうですかアプリじゃないのですか。正確なんで、どんなアプリかなと思ったのですけど、マニュアルということで納得しました。大変でしたね。

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