有用な遺伝子を選ぶ

新規な記事を立ち上げる必要があるのですが、現在の話題は、学とみ子のいつものデタラメをとりあげるか、「聖痕」の有無がどうしてちがうのか、一言居士の惨めな話なので、ここでは一番初めをタイトルに使うことにしました。

学とみ子の

TCR再構成は、細胞自らで選びとる現象であるのだから、上記説明((TCR遺伝子再構成とは)1本のひも状のつながった遺伝子エクソンの連結から、細胞自らが、有用となる遺伝子を選び、いらない部分を切り取り又連結をする作業をくりかえして、成熟したT細胞になる)は間違い表現ではない。

というデタラメです。

「TCR再構成は、細胞自らが有用な遺伝子を選びとる現象」という考えが誤りであると以前から何回も、根拠を添えて説明しているのですが、今になってもその誤りを訂正しないのは何故なんでしょうね?

WiKiの説明はV(D)J遺伝子再構成は、骨髄や胸腺でのリンパ球の遺伝子断片(V、D、J)のランダムな組み合わせである。となっています。WiKiの説明は必ずしも正しくないことがありますが、ほかの解説サイトでも同じ説明で、現在の最も妥当な説で、教科書にも書いてあると思います(免疫の教科書が手元にないから未確認)。

学とみ子にとっては「有用な遺伝子を選ぶ」というのはランダムに選ぶなんだろうか?

「有用な遺伝子を選ぶ」への84件のフィードバック

  1. TCR遺伝子の再構成

    TCR再構成は、細胞自らで選びとる現象であるのだから、上記説明((TCR遺伝子再構成とは)1本のひも状のつながった遺伝子エクソンの連結から、細胞自らが、有用となる遺伝子を選び、いらない部分を切り取り又連結をする作業をくりかえして、成熟したT細胞になる)は間違い表現ではない。

    という学とみ子氏の出鱈目内容。もう、うんざりですね。
    そもそもTCR遺伝子再構成の構成選択は、ランダム偶発的なものなので、有益だとか、無益だとか、有害とかではないでしょうに。
    だからTCR遺伝子再構成された細胞は基本的に3つのパターンに分かれます(TCR遺伝子再構成されなかったものも存在しますが例外的なものなので省略。)
    ①T細胞として、有益
    ②T細胞として、有害ではないが有益でもない
    ③T細胞として、有害(自分を攻撃するようなタイプ)
    ①②③が大量に出来るんですよ。
    この時点では既にTCR遺伝子再構成されているでしょ。
    その後、負の選択、正の選択によって②③が除去されていき、最終的に①の有益なものが残って、それが成熟したT細胞として、活躍する。参考:河本研のページの説明
    今、学とみ子氏の説明だと、有益か、無益かなどの選択をTCR遺伝子再構成時に行なっていることになります。つまり、TCR遺伝子再構成後の細胞は上記分類の“①T細胞として、有益”なものしか出来ないような話です。負の選択、正の選択とかどこへ行ったんですかね。

    本来の説明なら、
    “取り敢えず有益かどうか分からんけど、TCR遺伝子再構成された大量に細胞作りました(だから、有害なものもある。)負の選択、正の選択の検品後、その合格品を成熟させますね。“となるところ、

    学とみ子氏の説明では
    “有益な部分を選択し、それ以外のものを削ぎ落とし、有益なTCR遺伝子再構成された細胞作りました。さぁ、成熟させますね。“という風になっているんですよ。
    学とみ子氏の説明の問題点は、擬人化だけの問題ではないですよ。

  2. oTakeさん
    Dさん

    講談社は2010年から「Rikejo」という雑誌を2018年まで発行してます。隔月刊で50号。
    並行してWEBでの展開も行っており、これは現在まで継続。
    おそらく、安倍政権の男女共同参画社会基本法の2005年第2次基本計画の、科学技術分野に参画する女性の育成というお題目に沿った取り組みの結果の一つではないかと思いますね。文科省から協力を求められたのか、文科省の取り組みで理系に興味を持つ女子学生が増えてニーズが出来てきたと読んだのかまではわかりませんが。

    一方で、2008年頃はまた、「細胞シート 特区」または「細胞シート 再生医療実現プロジェクト」あたりを検索すると、TWIns、セルシードあたりがどどーんと。プロジェクト代表者は共著者のあの方。
    どなたかはすでにできたてのTWINsに。論文に名前が出るのは2011年ですが。

  3. 学さんは、負の選択過程と正の選択過程とを含めて(ひっくるめて)遺伝子再構成と言っていて、まあそうした流儀も一部にはあろうかとは思います。
    ただし、その場合には、
    負の選択過程と正の選択過程とについてを、MHCや(自己)抗原などの存在を含めて、過程のシナリオを理解しておく必要がありますね。
    負の選択過程においても正の選択過程においてもT細胞みずからが単体で勝手に自分のアポトーシスの有無を判断・決定するわけがありませんので。

    というか、今日(こんにち)では、大学受験のテストでも遺伝子再構成の計算問題が出題されていますので、生物選択の高校生が学とみ子ブログを読んだら鼻を鳴らすかもしれません。マジかっとつぶやきつつ。

    ※私が受験した頃と比べると内容が明らかに現代化していますね。

  4. ハンニバル・フォーチュンさん

    うへ、高校生の常識なんですか。確かに遺伝子の再編成(免疫)の計算…というページがあるから、大学受験問題にあるんだ。

    すごいな〜。現代化というか進んでいるんですねぇ。学とみ子のブログを、万が一に高校生が呼んで、鼻先でせせら笑ってくれればいいのですが、騙されちゃう方がいたらまずいですねぇ。

  5. 高校生の方がまともなんでしょうね。
    理系科目の内容も私たちが高校の頃より内容が進んでいます。
    私が大学生の頃、受験生の家庭教師をしていたことがあって、その時に、内容が変わっていってるなぁと感じていたりはしたんですが、今の高校生の教科書はもっと変わっているんでしょうね。基本的に専門書しか読まないので、今更、高校生の教科書や参考書を読むことはないんですよね。
    高校生の家庭教師をしていた時にまず最初に教えたのが、読む対象を理解してから、自分の意見を言えということですね。
    相手がどのように言っている。一般的にどう言われている。その上で自分はどう考えるか。とされらをキチンと線引きをしないとあちらさんのように訳がわからないことになる。学とみ子氏の意味不明な説明を見ていると高校生に説明させた方がよっぽどマシなんじゃぁないかと思います。まず、学とみ子氏は知識だの何だの言う前に文章を何とかした方がいいのではないの?と思います。

    因みに私が高校生の時に使っていた国語の現代文で使っていた学校以外の教科書が次の2冊です。これしかやった覚えがありません。
    (1)現代文の科学的研究-松本成二著(あずみの書房 )1 評論編、2 文芸編
    (2)論理哲学論考(ヴィトゲンシュタイン)
    この“現代文の科学的研究“という書籍は、今、書店では手に入らないと思います。
    ヤフオクとかで、16,000円で売られています。名著なんですけどね。
    論理哲学論考は私の親戚(国語の教員)に勧められて読んでいたというところです。高校の頃はこれ読んだ方がいいよとか言って哲学書とか、送ってもらってました。
    この親戚からは医者になれと言われ、親からは弁護士になれと言われ、でも、本人としては研究者や技術者になりたかったんですよね。ま、それで今技術者なんですけどね。研究者を選ばなかったのは、新しいものを発見し続けるのは難しいと判断したからですけど。
    学とみ子氏はプロだのアマだのこだわるわけですけども、知識なんてプロだからあるというわけでもない。アマの方が詳しいなんてこともある。だから、あーんまり専門家だとか何とか、私はこだわり持ってない。

    それにしても何か懐かしいねえ(*´∀`*)

  6. オルガノイドがキメラに貢献できる

    知らないのは学とみ子氏なんですよ。
    実際にオルガノイド状にするのは、ES細胞の分化能力を持つものから末端の分化済の細胞まで様々出来るんですよ。

    ES細胞のオルガノイド状のものからキメラマウスを作るには、バラすんですよ。このバラした後の細胞でキメラマウスを作ることが出来ることは実験で確認出来ていますからね。ES細胞と他の細胞の混合の場合は条件付き確率論的なものになります。この条件とは選択基準をどうするかですけどね。ES細胞にしても、iPS細胞にしても大きさが様々あって、ある程度、大きいものだけ集めたり、小さいものだけを集めたりしてオルガノイド状の大小もコントロールしたものも出来るんですよ。
    若山先生がバラして出来なかった理由もどういうことか、大体分かりました(笑)
    その理由に関して、ため息先生が以前推論立ててましたが、ほぼ当たり。
    学とみ子氏はオルガノイド状にしたら、ES細胞の分化能力が変わると自分勝手に思っているんでしょうね。自分勝手な妄想はやめてよね。
    臓器などの再生医療に使えるオルガノイドは、組織に近いところまである程度分化させていないと移植後に分化誘導が難しくなります。基本的にこういった研究は、ES細胞のオルガノイド状のものは組織までの距離が長いので使わないというのが現状。

  7. 胚、発生に詳しい人だったら、“ES細胞と他の細胞の混合の場合は条件付き確率論的なものになります。この条件とは選択基準をどうするかですけどね。“がどういうものかわかるはずですけどね。それが出来なかった理由に直結してます。
    学とみ子氏は科学知識豊富なんでしょ。具体的にどういうことか、黙っていよう(笑)
    若山先生にキメラマウスの作る時のポイントなど聞いたらすぐ分かるでしょうねー
    若山先生がSTAP論文で採用していた方法(細胞塊-大をいくつかの細胞塊-小に分割)は、ES細胞と他の細胞の混合の場合は条件付き確率論的なものではなくなるんですよ。だから、ES細胞が含まれていた場合、キメラマウス作成率が高いものになる。

  8. 学とみ子が当方のこの記事に反応しました。
    しつこい嫌がらせをし続けるため息さんは新記事まで立ち上げましたね。 ← この例に限らず、学とみ子は自分の誤りを訂正することがない(次のコメントがその例)からですね。妄想の上に嘘を、あるいは嘘の上に妄想を重ねるからですね。

    「ため息さんは、切れたらつながらないと言ったんです。」 ← そんなことを言ってません。言ったという証拠を見せてください。ないのは「ため息さん自身で消したんでしょうね。」という都合のいい推測はやめなさい。TCR再構成のときにそんなことを言うわけがないでしょうが。

    「だから、学とみ子は、わかりやすく説明したのです。」 ← 御冗談を、学とみ子から教わるわけがないでしょうが。だから「有用なのを選ぶ」ではなく「ランダム」だといっているのでしょうが。

    「その後、ため息さんはアットランダムという言葉を知って」 ← ちがいます。TCR再構成はランダムな過程があることは将来襲ってくるかもしれない不明な病原体に対応するための重要な点ですからね。学とみ子は将来が推測できるから「有用な遺伝子」を選択するといっているんでしょ。T細胞に意思があって将来が予測できるといいたいのでしょ。擬人化しないと理解できないからね。

    「生体の仕組みは、100%アットランダムではありません。どこからかいつからかの司令が入ります。」 ← 意味不明。具体的な例を挙げてみろ。当方は生体の仕組みがランダムだけだなどとは一言もいっていませんよ。話をずらさないでください。

    「こんな試験問題は、質が悪いですね。」 ← 自分ができない、ランダムな過程を理解できてないだけの話ですな。

    「TCRレパトワは、平均的に使用されず、頻回に使われるものと、ほとんど使われないものがあります。」 ← 仮にそうだとしても、「有用な遺伝子が選択された」結果ではないでしょ?なボケているの?

  9. 話が変わりますが、学とみ子のTCR再構成が生じたT細胞は細胞死に向かうから、TCR再構成を分化した細胞が初期化したという証拠には使えないという主張の記事を示します。Yahooブログが消滅したので、魚拓です。
    https://archive.ph/lPb0y#selection-321.0-321.50
    2018/6/6(水) 午後 10:12 の記事です。
    FC2の再掲載はhttps://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-724.htmlです。

    この記事で学とみ子は「笹井氏、丹羽氏もこの考え(「キメラマウスに元TCR痕跡が残る」は、STAPの実験系では達成不可能と考えられます。)を支持しており、…分化済(痕跡のある)T細胞はすでに用済の細胞であり、細胞死に向かうタイプの細胞だからです。」 と書きました。
    これは明らかに学とみ子の間違いでです。笹井氏や丹羽氏は、T細胞が死滅するからではなく、数の問題でT細胞はキメラで検出できなかったと説明したのです。この点は、この学とみ子ブログのコメントでplus99%さんが2018/6/9(土) 午前 9:57と2018/6/9(土) 午前 9:58で学とみ子の考えを否定しています。

    L さんが人工的に移植したT細胞が長く生きて機能するという臨床例を示して、学とみ子のT細胞死滅説を否定したのですが、それに対する反論は、ガブさんとやらから話がずれていると批判されています。

    このplus99%さんの指摘には、指摘が正しいので、学とみ子は反論も訂正もしないで話をずらす、といういつもの手を使っています。学とみ子とは議論ができない典型的なページでもありました。

  10. >学とみ子のブログを、万が一に高校生が呼んで、鼻先でせせら笑ってくれればいいのですが、騙されちゃう方がいたらまずいですねぇ。

    こんな試験問題は、質が悪いですね。
    生体は、数学的な単純計算で成り立つわけではありません。
    そのように誤解させる懸念があるので、話としてはおもしろいかもしれませんが、試験問題にすべきではないと思います。

    学とみ子氏は“数理生物学“というものを知らないんでしょうか?
    生物学に於いて“数理モデリング“を行なって、認識した現象を数式化して、理解することがあります。現象やその認識を他者に100%正確に共有出来なくても、それを100%正確ではないにしても数式そのものは100%正しく共有できますし、数式であればその性質を知ることが出来ます。そうして導出した性質も、現象の中に内包されているものである必要が出てきます。学とみ子氏のいうように生物を理解するのは確かに複雑で難しい。そこで、数式で現象の代わりになるもの(モデル)を表現して、その性質を調べ、元の複雑な現象と比較するんですよ。
    これは“数理科学“と言われる立派な科学分野ですよ。
    先日、私がTCR遺伝子再構成に関して、数式でモデルを立てたでしょ? それは笹井先生の解釈を数式でモデル化したんですよ。その際に、幾つか現象を理解する為に簡素化している場合もあります。実際の現象と比較する必要も出てきます。
    そう言ったことを理解出来ていないのは、学とみ子氏だというのがまだ分からないようで。
    高校物理なんて、特に数学的なモデルのオンパレードですよ。等速度運動や放物線運動なんて、現実の世界と単純比較しても意味がない。空気抵抗だの、他の物体からの万有引力を受けているわけですよ。それじゃ、煩雑過ぎるので、基礎的概念を理解する為に簡素化したモデルを使うんですよ。
    実際に高校の物理だけでロケットを作ったら、落ちますけどね(笑)

  11. (追加)
    例えば、今日と明日、F1メキシコGPがあるわけですが、その開発に数値流体力学 CFD:Computational Fluid Dynamicsという空気の流れをコンピューター・シミュレーションで解析することがあります。数値流体力学はモデル化の精度が流れを完全に再現できずその近似値にとどまるため、風洞実験やテストによって、フロービズによって実際の現象と比較することがあります。

  12. 学とみ子が学とみ子は、わかりやすく説明したのです。というのは
    https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-728.html
    https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-729.html
    の記事のことかもしれない。
    この記事は当方が紹介した理研の論文解説ページを解説している物です。
    紹介した解説記事とは「TCR再構成のあるT細胞が、初期化されうる(iPS細胞)こと、増殖し、三種類の胚葉になること」を証明した論文の解説記事のことです。学とみ子は、この解説記事を読み、解説にある図をそのまま盗用してさらに解説するというバカなことしたのですが、デタラメな言葉の使い方で当方からデタラメだと指摘されてます。そもそも、論文ではなく解説記事を解説するとはどういう了見なんでしょね?

    この解説を解説するというのは、先日もありました。たとえば、和モガ氏の図で言えば、FES1から時間がかかって細胞Aになり、ここからそれぞれ近い時点で、129/GFP ES FLS、CTSになってます。FES1から何度も培養が繰り返され、129/GFP ES FLS、CTSになっています。と、当方の解説図を、おなじ養護の和モガ氏の絵と誤解して解説しちゃったのです。わかりやすくなった絵なので理解できて、さらに解説するという間抜けなことを昔もやっていたわけです。

  13. 普通、培養開始後、細胞は何回か分裂を繰り返すと、急に分裂しなくなり、その後細胞は死滅してしまいます。初代培養細胞“primary cell culture“ はこの段階です。
    数回の継代培養を経た細胞集団で、永続的に継代培養が可能(不死化)であるとは確認できていない段階の細胞を短期培養細胞“primary cell line“といいます(これを細胞株と呼ぶことがあります。)この段階から遺伝子の状態が色々と変わってきます。若山先生が“STAP幹細胞“として作成したとしたものはここまでの話です。そして、この細胞は更に培養すると増えない状態(増殖クライシス)に陥り、継代培養は不能になる場合があります。しかし、以後も死滅することなく何年にもわたって分裂を繰り返すような細胞を得ることがありますが、これを長期培養細胞“permanent cell line“といいます。若山先生に言われ、小保方氏が増殖度の実験を行なったことになっていますが、増殖クライシスに陥るのか、不死化するのかのSTAP幹細胞の性質を調べるのに重要だったわけです。まぁ、その実験も小保方氏はいい加減なことをしたわけですが。

    酸浴細胞は初代培養細胞“primary cell culture“の状態で、分裂せず、死滅するという状態です。いくつかもある培養方法の中から、副腎皮質刺激ホルモン(ACTH)で培養したものをSTAP幹細胞、FGF4で培養したものをFI幹細胞としたわけですが、これは酸浴細胞が増殖力を得て、培養・増殖したのではなく、小保方氏が若山先生に渡した酸浴細胞塊にES細胞由来のものが混入していた為に増殖力を得たように見えただけだったのです。つまり、幹細胞“stem”化はしていなかったわけです。
    ここで小保方氏はSTAP幹細胞とFI幹細胞は保存していないと調査委員会で証言しています。ところが、小保方氏のみで作成されたSTAP幹細胞とFI幹細胞が小保方研試料より発見されています(ES細胞混入を示す記載あり。)小保方氏の証言の矛盾です。小保方氏はどうやっても増殖しなかったとしています。しかし、調査委員会でFI幹細胞を作成したが保存はしていないと証言しています。これまた小保方氏の証言の矛盾です。これらの矛盾は追求すべきだったでしょうね。
    今、STAP幹細胞のTCR遺伝子再構成に於いて、笹井先生らは、STAP細胞を作成する際、CD45指標にリンパ球を集めている為、TCR再構成を持たない細胞が大半で、持つTCR再構成を持つ細胞は少量であったと解釈した為、小保方が行なった実験でSTAP幹細胞初期のものは少量ではあるがTCR遺伝子再構成が見られた。そして、TCR再構成を持つ細胞は少量であった為、小保方氏が長期培養したSTAP幹細胞は消失した(数学的根拠は以前のコメント参照。)
    これは科学論理性の妥当性が認められるものです。
    しかしながら“However“、ES細胞由来のものが混入しているという結果が出ている以上、 STAP細胞によるテラトーマやキメラマウスによる分化多能性証明、そのSTAP細胞より作成したSTAP幹細胞の増殖性の証明がその証明力を失い、無効となります。“小保方が行なった実験でSTAP幹細胞初期のものは少量ではあるがTCR遺伝子再構成が見られた“のは酸浴細胞で初期化していない残存細胞との見方も出来てしまう為、全く意味をなさない話となります。
    plus99%さんがコメントされているように、クリーンな状況で再現しないと議論は出来ないということになるのですね。
    plus99%さんもコメントされていますが、何故、STAP幹細胞の確認の為に長期培養細胞を使用したんでしょうかね? この時、パッセージの低い長期培養していないSTAP幹細胞を小保方氏は持っていたんですよね。それで確認していない時点で駄目でしよ。

    今、学とみ子氏がTCR遺伝子再構成がどうたら言ってますけどね。実のところ、どうでもいいのよ(笑)
    みんなそう思っているでしょうね。

    (オマケ)
    ため息ブログと学とみ子ブログとどちらを読もうと思いますかと高校生に聞いたらどうなるか。
    ため息ブログは真面目過ぎる。そして学とみ子ブログはおバカ過ぎる。読むとしたら学とみ子とその仲間たちのおバカっぷりを観察する為に学とみ子ブログを読むという結果になるかもしれない(爆)
    だってあんまり真面目だとつまんないもーん。
    高校生がブログで勉強しないでしょ。
    学とみ子のブログで勉強したら、大学受験失敗するよー
    ♪───O(≧∇≦)O────♪

  14. oTakeさん、澪標さん

    細胞増殖の比率の件です。

    細胞増殖の数はa^2nではなくa*2^n つまり a*(2^n)ではないでしょうか?
    一個の細胞が分裂増殖するとき細胞数は
    1-2-4-8-16-32-……
    ですよね。oTakeさんの式、a^2n は (a^2)*n ですから
    1-2-3-4-5-6-…
    となってしまいます。

    とすると、何回分裂してもTCR遺伝子再構成のある細胞数の比率は変化しないことになります。当方の考え、何処かおかしい?

  15. ため息さん
     はい。a*(2^n)です。 取り急ぎpekori
     収束(前の表はまちがい)はかなりおそくなり、相澤さんの理屈と平仄が合います。

  16. 学とみ子の論理は「書いてないからあり得る」を基礎として組み立てられています。その例がキメラ作成はday 7の細胞を使ったと論文、私小説に書いてある、あるいは検証実験で同じ方法が採用されているのにもかかわらず、day 7 以降も培養されていてこれがキメラ作成に使われなかったとは書いてないから、day 7以降も培養されていた細胞がキメラ作成に使われた可能性がある、これが拡大して使われたにちがいないとするものです。

    論文にしろ、どんな書類でも、あらゆる場合を記載するわけではなく、「〜という条件で行った」とあったら「〜ではない条件では行わなかった」ということを意味し、あえて「〜ではない条件では行わなかった」とは何処にも書きません。「day 7の細胞を使った」と書いてあるのだから「別途記載がない限り、day 7以外の細胞はキメラ作成に使わなかった」ということです。科学論文とは限らず当たり前の話です。

    学とみ子は自分の希望、妄想に叶うのならどんなことでも採用するというメチャクチャな方、非常識な方なんですね。

    ですから学とみ子曰くの

    小保方氏が、全ての増殖実験をやったわけじゃないです。STAP細胞、幹細胞の増殖作業は、平行してやられていました。
    論文にもないし、桂報告書も触れていません。ここは企業秘密のようなものだったようで、誰も触れていません。

    は、学とみ子の希望「こうあってほしい」を述べただけにすぎません。桂調査委員会報告書では細胞増殖実験は小保方氏が実施したと書いてあり、小保方氏も異議を唱えていないのだから、部外者の何も知らない学とみ子が勝手な想像しても無意味です。小保方氏以外が実施したのではないと書いてないから他の方が実施したにちがいないと学とみ子は言いたいようですが、そんな根拠はどこにもありません。秘密にする理由がありません。細胞増殖実験は小保方氏が実施したのです。学とみ子に言わせると書いてないことは秘密なんだそうです。メチャクチャですね。

    「day7以後も、STAPは、塊状で増殖していたのですから、そのための培地交換など人の手技が入ります。小保方氏も沈黙してます。」 ←  確かに論文にはday 7以降も培養を続けたデータが示されていますが、これも小保方氏が実施したと考えるのが普通で、何故、day 7以降は他の方が維持するようにするのでしょうか?STAP細胞を作成するのが小保方氏の役目なんでしょ?誰が何故代わって実験材料をいじるのでしょうか?もし、そのような状況があるのなら、伝聞で若山氏を陥れる記述が目立つ私小説ですから、それを匂わすような記述があるはずですよね。ありませんよね。

    「大事なことは、STAP関係者は沈黙し、それ以外の人がアレコレ話を作っています。」 ←  アレコレ話を作っているのは学とみ子そのものではないですか。

  17. ため息先生、澪標さん

    初期値a×倍のn乗ですので、a2^nですね。
    m(_ _)m

    >多分、式はこれで合ってると思う(^_^;)不安…
    嫌な予感してたんですよね。
    澪標さんが偉く早い収束ですと言っておられましたし。
    ん、そんなに早い?

    (修正前)
    aをTCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の数
bをTCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の数
nは培養時の増殖回数
とすると、n回増殖するとTCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の数のあるものの数はそれぞれa^2n, b^2n、STAP幹細胞の数はa^2n+b^2nとなる。
    TCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の比率
{a^2n/(a^2n+b^2n)}(a,b, nは自然数Nでa > bの関係)
    TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率
{b^2n/(a^2n+b^2n)}(a,b, nは自然数Nでa > bの関係)

    (修正後)
    aをTCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の数
bをTCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の数
nは培養時の増殖回数
とすると、n回増殖するとTCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の数のあるものの数はそれぞれa2^n, b2^n、STAP幹細胞の数は(a+b)2^nとなる。
    TCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の比率
{a/(a+b)}(a,b, nは自然数Nでa > bの関係)
    TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率
{b/(a+b)}(a,b, nは自然数Nでa > bの関係)

    TCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の個数
n{a/(a+b)}(a,b, nは自然数Nでa > bの関係)
    TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の個数
n{b/(a+b)}(a,b, nは自然数Nでa > bの関係)

    うーん、ちょっと考え直します。

  18. ため息さん、oTakeさん
     収束しませんorz
     収束するには相澤仮説+増殖率の非対称性・コンフル時のサンプリングバイアス等の補助仮説が必要となるようです。
     無理筋とまでは言えませんが、”STAP細胞”と”STAP幹細胞”は別物またはTCR再構成などなかったと考える方が自然と思います。
     参考書・文献を読みながら、昨夜から始めた15~16世紀の天測航法の算数(筆算:時々エクセルでチートしているのはナイショ)に一区切りついたら再考してみます。
     

  19. 澪標さん
    収束しませんねorz
    取り敢えず、収束していくのは事実なので、何かが間違っているということですから、いくつか除外した条件がありますし、落ち着いて再考します。
    直観的に不安に思った時は、ヤバいです(^_^;)

  20. >それにしても学さんは意地の悪いお方ですね。脾臓に来ている成熟T細胞の10-20%にしかTCR再構成がない理由が河本プライマーで確認するからだということを教えて上げない限り、三馬鹿たちはその外側があるのだと言うことに気づかないままではありませんか。
    https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1965.html#comment8368

    けけけ。面白いですな。
    コントロールとして示したリンパ球で5本くっきりした線が見え、STAP細胞だと主張する物にも複数本見えるのですから仮にこのレンジの外に何本線があろうと構わないのですな。実験のメソッドとして用は足りているんですね。
    この実験で検出されるTCR再構成が、細胞の総数の1%であろうと20%であろうと、こうしてくっきり線を確認できるのですからやはり実験のメソッドとして用は足りているのですな。

    論文で記されたレンジ外に出る線があるとしても、たまたま、そこの線しか出ない細胞だけがSTAP幹細胞になったいうのは非常に稀な偶然がおこったでしかないんですな。
    だってね、現に論文に、実験したレンジの中に線のあるSTAP細胞もできていると実例を示しているんですからね。
    長期培養したSTAP幹細胞からTCR再構成が消失していたことを発見した時、STAP細胞株を使ってTCR再構成の確認をやり直すときに、複数株で行えばなんの問題もないのですな。

    ですからねえ、やはり、TCR再構成が消失したという結果を得たときに、やり直さなかったことは「小保方氏は研究者として資質がない」または「ES細胞の混入であることを知っている」のどちらかであることになんの変わりもないんですな。
    つかったプライマーの性質なんてなんの関係もござらんよ。

    そういうことはTCR実験を熟知しているかどうかとは関係なく、論理的思考ができるかだけの問題ですからねえ。
    高校程度の理科を理解している人であれば、「こうのろんぶん」だとかいう呪文を唱えてもバカが騙しをかけているだけであると、誰でも判断できるわけですな。

    ntES説にとってはさらに大問題ですな。
    ntESであれば、TCRのバリアントは核移植した細胞の数以上あるわけがないんですからね。
    STAP幹細胞で「かすかな線」を確認したというのはどう説明するの?やはりできないの?
    やっぱり一言居士説というのは箱だけあって中身はからっぽ、という実例をまーた学生さんは積み上げるの?
    お大事にしまってあるntES説もやはり箱だけで中身はからっぽだと、蓋をあけてご開陳するまでもなくバレてしまったわけですな。

    学氏に説明してと何度も何度も懇願してるのはなんででしょうねえ。普段はあれほどべらべらと関係のないことまでかくひとですけどねえ。どうしたんでしょうねえ。
    一言居士は自分では筋のとおった弁明ができないことをわかっているから認知症のおばあちゃんを使って煙にまこうとしていると、側で見ている者は思うでしょうなあ。
    みっともないですなあ。

    認知症のおばあちゃんに説明させれば話がどこまでも脱線するので誤魔化せると思っているんでしょうかねえ。ところが認知症のおばあちゃんはなにの説明を求められているんだか全然わかんないと。

    おめでたいおめでたい。

  21. 学とみ子氏は

    小保方氏が、全ての増殖実験をやったわけじゃないです。STAP細胞、幹細胞の増殖作業は、平行してやられていました。
論文にもないし、桂報告書も触れていません。ここは企業秘密のようなものだったようで、誰も触れていません。

    と言っているようですが…

    普通、培養開始後、細胞は何回か分裂を繰り返すと、急に分裂しなくなり、その後細胞は死滅してしまいます。初代培養細胞“primary cell culture“ はこの段階です。
数回の継代培養を経た細胞集団で、永続的に継代培養が可能(不死化)であるとは確認できていない段階の細胞を短期培養細胞“primary cell line“といいます(これを細胞株と呼ぶことがあります。)この段階から遺伝子の状態が色々と変わってきます。若山先生が“STAP幹細胞“として作成したとしたものはここまでの話です。そして、この細胞は更に培養すると増えない状態(増殖クライシス)に陥り、継代培養は不能になる場合があります。しかし、以後も死滅することなく何年にもわたって分裂を繰り返すような細胞を得ることがありますが、これを長期培養細胞“permanent cell line“といいます。若山先生に言われ、小保方氏が増殖度の実験を行なったことになっていますが、増殖クライシスに陥るのか、不死化するのかのSTAP幹細胞の性質を調べるのに重要だったわけです。まぁ、その実験も小保方氏はいい加減なことをしたわけですが。

    とコメントしましたが、若山先生が培養したのは短期培養細胞“primary cell line“
    までですよ。若山先生は永続的に継代培養が可能(不死化)であるとは確認してなかったんですよ。
    元々、STAP幹細胞は若山先生担当という話でなかったでしょ。小保方氏が培養できないと言っていたから、キメラマウスの残りで、若山先生が別の方法で試したら培養できたんですよね。つまり、小保方氏は初代培養細胞“primary cell culture“→STAP細胞、若山先生は短期培養細胞“primary cell line“→STAP幹細胞の細胞株を作成。若山先生に言われ、その後、小保方氏が増殖度の実験を行なったことになっていますが、増殖クライシスに陥るのか、不死化するのかのSTAP幹細胞の性質を調べようとしたというのが流れですよ。最終的に論文を2つに割って、レターの方の第二責任著者、短期培養細胞“primary cell line“のSTAP幹細胞の作成担当。増殖度実験などは小保方氏が実験担当。
    小保方氏はどういうわけか、短期培養細胞“primary cell line“のSTAP幹細胞を取り扱う(実験)を嫌がってまして、それをボスのバカンティ氏に『やりたくねんだけど』と言ったら、バカンティ氏は小保方氏に『あなたはバカンティ研の実験責任者です。あなたがやりなさい。どうしてもというなら、若山先生たちに責任者として協力依頼しなさい。』というようなことを言われ、渋々やっていたんですよね。小保方氏は理研の客員研究者ですが、バカンティ研に籍がありますからね。バカンティ氏としても元々はバカンティ研の研究で、若山先生たちにはその為の技術支援としてお願いしているという前提があります。若山研側としては研究員たちに協力を依頼されたら、出来る限り協力してあげて下さいという話だったんですよね。そういった背景があって、STAP幹細胞のTCR遺伝子再構成の実験も小保方氏の依頼によって若山研の研究員が行なっているわけですよ。こういったことは明確になっています。

    若山氏は、小保方氏を理研の客員規程に従ってハーバード大学から受け入れた
    が、小保方氏は C.バカンティ研究室に籍があり、受入れの目的は技術支援であると 認識していた。そのため、実験計画や結果の判断に深入りしない方針で共同研究を 進め、批判的な観点からの議論や詳細なデータの確認を行わなかった。
    (CDB 自己点検の検証についてp7)

    2014年にSTAP幹細胞を調べると色々おかしなことが発覚し出して、小保方氏側がこれはヤバいと思ったんでしょうね。『STAP幹細胞は若山先生担当じゃないかー!全て若山先生の責任だー!』と小保方氏側が言い出して、若山研側としては『全ての責任を押し付けるのかー!』と言う状態になったんですよ。若山先生は理研CDBの研究室長で、STAP幹細胞を作成しているという点で、その部分での責任はあるとは思います。小保方氏は理研の客員研究者ですが、バカンティ研に籍があって、バカンティ研の実験責任者としての責任があります。
    小保方氏がSTAP幹細胞等の実験を嫌がっていたのは、ES細胞混入が分かっていたからだろうと私は考えています。小保方氏にとって全ての幹細胞実験が捏造になりますし、何しろSTAP細胞は保存出来ないから証拠が残りませんけど、STAP幹細胞は試料として残りますからね。後から調べたらバレます。これは混入者としては不味いでしょ。
    TCR遺伝子再構成で怒った件も不自然でしょ、どう考えても。

    こういったことが明るみ出ると小保方氏側は困るから、若山先生に全責任を押し付け、文科と理研が若山先生の口を封じる為に圧力をかけたんですよ。因みに小保方氏側は困るから、若山先生に全責任を押し付けようとしていたのは2014年4月には既に分かってましたからね。若山先生側はこんなの黙っていいようにされるわけにもいかなかったんですよ。山梨大の学長が文科と理研の圧力をかなりブロックしたと聞いてます。若山先生の記者会見も圧力による延期があったけど、何とか会見出来た。こういった話は外部に漏れるんですよ。研究者の中にはこういった状況に怒ってまして『戦争だー』なんて言ってましたし。捏造の科学者の著者の須田さんもこういった理研等からの圧力をご存じで、著書にそれを書いてましたからね。
    誰がやった実験かなんて、企業秘密でもなんでもないです。そんなものが企業秘密なら、小保方氏の依頼によって若山研の研究員が行なっていた話なんか出てこないですよ。上のバカンティ氏が絡んでいる話は、バカンティ氏が明かしている話ですからね。CDB 自己点検の検証についてp7もその裏付けとなる記載ですしね。
    理研に問い合わせても『小保方氏が正直に話してくれたらいいんですけどね、話してくれないんですよ』と言ってましたからね。小保方氏がダンマリ決め込み、黙秘しているだけということです。実験データの提出も拒否したのもそういうことでしょ。小保方氏の嘘や出鱈目でワケがわからなくなっているだけです。
    Day7の話も同じですよ。若山先生は小保方氏の受け取った細胞をそのままその日のうちにキメラマウス作ってます。残りを若山先生が別の方法で試したら培養できた。この細胞が幹細胞ですよ。この培養はSTAP細胞とは別物ですからね。これは若山先生が発言していることですからね。
    Day7というのは小保方氏が言っているから、それは正しいものとして、Day7として取り扱っているだけですよ。その場合は小保方氏が嘘言っていたということであり、その培養は小保方氏によるものですよ。Day7以降の培養は“細胞は何回か分裂を繰り返すと、急に分裂しなくなり、その後細胞は死滅してしまいます(初代培養細胞“primary cell culture“ )ということを小保方氏が確認したというだけですからね。これは若山先生が行なった実験じゃなく、小保方氏です。
    都合のいいように若山先生に責任を押し付けようとしても駄目ですよ。

  22. 学さんいわく、

    こんな試験問題は、質が悪いですね。

    ほほー。遺伝子再構成で「1000個ほどの遺伝子で100億種以上の抗体が作り出されること」を利根川進先生が発見して、この発見にノーベル賞を受賞したわけよね。
    利根川先生が講演で曰くの「1000個ほどの遺伝子で100億種以上の抗体が作り出されること」の計算式は、確かに今は大学入試問題にも登場するほどポピュラーなのだけれども、入試に出るくらいだからレベルが低いとか質が悪いとか、そういった学さんの誹謗中傷の相手は、ノーベル賞学者の利根川先生の業績ですよ?

    いったいどこが【質の悪い問題】なのか、一万字ほどの論文を提出してくださいね、
    オボQの卒論と同様に、どうせ中身のない論文でしょうけれども。

  23. ハンニバル・フォーチュンさん
    オボQがノーベル賞取れないんで、ただの嫉妬じゃないんですかね。一万字ほどの論文ほどの理由はないでしょう。

  24. 見てきたかのような嘘を言い。

    マウスを手早くさばいて、酸浴して、微妙なタイミングで引き上げるのが難しく、細胞ごと、実験ごとに条件が異なるのでしょう。その後の培養にも、顕微鏡所見やらをあわせての経験を必要とするのでしょうが、細胞量が多くなれば、他の人たちも協力したでしょう。


    酸浴からday 7まで顕微鏡観察をしてなにかの操作をしたという記述は私小説にすらありません。数が多くなっても、小保方氏しかSTAP細胞を作れないのだから、他の方の手を借りるところなどないでしょう。

  25. ため息先生
    学とみ子氏は“マウスだけに猫の手も借りたかった”と言いたいのではないでしょうか(笑)
    そもそも若山先生のメンバーは、実験時間が午前中。午後はデータ整理などの事務的作業というサイクル。小保方氏は時間適当な、昼から来たりしていて、研究室のみんなは直接、実験している姿そのものを見ていないですよね。協力したのはTCR遺伝子再構成の実験とか、依頼された時でしょう。
    キメラマウスを作成するときも、小保方氏が培養室から酸浴細胞を持ってきて、その場でキメラマウスを作っていたということです。若山先生はES細胞を用意する時間すら無いです。
    一回の実験で使用するマウスは5匹、実際に使われたマウスは少ないですから、酸浴細胞は増殖せず、減少する一方ですからね、細胞量が多くて、手が回らないということは無かったはずですよ。

  26. 酸浴細胞は初代培養細胞“primary cell culture“の状態で、分裂せず、死滅するという状態です。いくつかもある培養方法の中から、副腎皮質刺激ホルモン(ACTH)で培養したものをSTAP幹細胞、FGF4で培養したものをFI幹細胞としたわけですが、これは酸浴細胞が増殖力を得て、培養・増殖したのではなく、小保方氏が若山先生に渡した酸浴細胞塊にES細胞由来のものが混入していた為に増殖力を得たように見えただけだったのです。

    これ、何かおかしいですか?
    まず、“酸浴細胞は初代培養細胞“primary cell culture“の状態で、分裂せず、死滅するという状態です。“これを小保方氏はSTAP細胞と呼んでいたんですよね。
    次に“いくつかもある培養方法の中から、副腎皮質刺激ホルモン(ACTH)で培養したものをSTAP幹細胞、FGF4で培養したものをFI幹細胞としたわけですが、これは酸浴細胞が増殖力を得て、培養・増殖したのではなく、小保方氏が若山先生に渡した酸浴細胞塊にES細胞由来のものが混入していた為に増殖力を得たように見えただけだったのです。“ですが、“いくつかもある培養方法の中から、副腎皮質刺激ホルモン(ACTH)で培養したものをSTAP幹細胞、FGF4で培養したものをFI幹細胞としたわけですが”もそのままですし。“これは酸浴細胞が増殖力を得て、培養・増殖したのではなく、小保方氏が若山先生に渡した酸浴細胞塊にES細胞由来のものが混入していた為に増殖力を得たように見えただけだったのです。“は理研のSTAP細胞はES細胞由来によるものとSTAP現象の結果

    研究論文では、STAP 現象を通じて得られる特徴的性質として、そこから 2 種類
    の幹細胞株(STAP 幹細胞ならびに FI 幹細胞)が、培養条件に依存して樹立され たとされている。そこで、肝臓由来の細胞を ATP 処理して得られた STAP 様細胞 塊について、これらを LIF/ACTH を含む培地で培養し、STAP 幹細胞の樹立を試みた。14 回の独立の実験で得られた 492 個の STAP 様細胞塊を培養したところ、少 数の細胞塊からは、小型の幹細胞様の形態の細胞の出現が認められた。しかし、これらは培養 6−7 日目には死滅した。3 例において顕著な増殖が認められたが、これらを継代培養しても、持続的増殖を示すことはなく、細胞株は得られなかっ た。栄養外胚葉幹細胞の培養条件(FGF4 含有培地)における FI 幹細胞の樹立の 試みも 8 回行ったが、STAP 幹細胞の検討と同様の結果で、最終的に細胞株は得られなかった。
    (STAP現象の検証結果12/19 p5)

    から導かれる結論なんですけどね。

    “小保方氏が若山先生に渡した酸浴細胞塊にES細胞由来のものが混入していた“が気に入らないのでしょうね。
    これは、生命科学系の研究者は細胞混入の細胞を渡されたということは確信を持たれている。

    Rudolf Jaenisch, one of Daley’s co-authors, felt no constraint. “Clearly, Obokata gave Wakayama a mix of cells,” he told me. “He believed her and injected them, and he got beautiful chimeras—exactly what you expect if you are injecting embryonic stem cells.
    THE NEW YORKER The Stress Test By Dana Goodyear February 21, 2016

    と以前にもコメントしたことですよ。

    学とみ子氏は『作ってる』とかいうのだけど、これらのどこが?
    事実等を並べただけですよ。幹細胞化したと思っていたものは、ES混入が原因で幹細胞化していなかったというお話ですよ。

    ため息先生、すいません。15:36のコメントの方、タグがおかしくなっているので、削除お願いします。

  27. 凝集塊となるまでのSTAP細胞の動態を、小保方氏は毎日、覗き込んで、観察したでしょう。その様子の一部は論文にも記載されてます。小保方氏は、更なる観察結果を、若山氏、笹井氏、丹羽氏に語ったでしょう。他の人では語れないオリジナリティの高い話でしょう。こうして、小保方氏は、一流学者たちの信頼を得ていきました。

    オリジナリティ? 過去に研究結果がある範囲ですよ。

    以前、以下のようなコメントをしたんですけどね。
    私が Ribozyme を研究していた頃ですから、2000年初頭ですかねー。
    以下の内容の論文を読んだ覚えがあります(1990年代の論文です。)

    大部分は大量死。生き残った細胞には以下の変異等が観察される。
    細胞に酸ストレス(塩酸・ATP溶液)による部分的遺伝子発現。
    分化多能性などの初期化は見られないが、一部、細胞に遊走性を持つものが観察される。転化の可能性はあり。

    Muse細胞が発表された頃。日本の大学院修士論文だったと思いますが…

    酸性度に於けるアポトーシス(細胞死)の状態変化に関する研究で、pH5.7で細胞死がピークになり、勿論、自家蛍光も観察されています。
    細胞死に至っていない細胞、つまり生き残り細胞を調べたところ、いくつかの遺伝子の異常な発現が認められた。それらには分化多能性はありません。

    小保方氏がSTAP細胞200回成功と呼んだ部分は、既存研究の結果がベースになってます。

    新知見、オリジナリティというには、テラトーマやキメラマウスの作成が必要だと何度言えば分かるんですかね。

  28. (再考)
    STAP細胞には、TCR遺伝子再構成のあるものとないものが存在しています。
STAP細胞には、TCR遺伝子再構成のあるものとないものの両方が幹細胞化され、STAP幹細胞には、TCR遺伝子再構成のあるものとないものの両方が存在することになります。
今、
aをTCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の数
    pをTCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の増殖度
    bをTCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の数
    qをTCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の増殖度
nは培養時の増殖回数
とすると、n回増殖するとTCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の数のあるものの数はそれぞれap^n, bq^n、STAP幹細胞の数はap^n+bq^nとなる。
    TCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の比率
{ap^n/(ap^n+bq^n)}(a,b, nは自然数Nでa > bの関係)
    TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率
{bq^n/(ap^n+bq^n)}(a,b, nは自然数Nでa > bの関係)

    pqならば、TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率は1に収束

    つまり、nを無限大にとったとき、TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率が0に収束する。その時の増殖度の条件は

    TCR遺伝子再構成に関して、
    ないSTAP幹細胞の増殖度>あるSTAP幹細胞の増殖度
    の時となる。
    更にこれは、ES混入を考えると、

    ES細胞の増殖度>ないSTAP幹細胞の増殖度>あるSTAP幹細胞の増殖度

    小さい順に消えていくってことですから、
    (1)あるSTAP幹細胞
    (2) ないSTAP幹細胞
    (3) ES細胞
    の順で死滅していくことになりますね。
    
因みに、複数の細胞の分布ムラは無く均等に分布しているものとして、そして、酸浴による変化の無い残存細胞、細胞死数は無視しています(煩雑になりますので)
(以前の前提から“TCR遺伝子再構成の有無によってSTAP幹細胞の増殖度は変わらない”を消しました。あとES細胞を追加してみました。)

    前回の失敗は増殖度が同じであったため、比率が一定になってしまった誤りですね。0に収束するには
    ES細胞混入なしの場合、

    TCR遺伝子再構成に関して、
    ないSTAP幹細胞の増殖度>あるSTAP幹細胞の増殖度

    という条件が成り立っている時ということになりますね。
    若山先生のアドバイスを聞いて試していれば、TCR遺伝子再構成の有無による増殖度の違いが分かったかもしれませんね。
    ES細胞混入ということなのでTCR遺伝子再構成の有無に関わらずSTAP幹細胞は死滅しますね。

    今度は合ってると思う(^_^;)不安…
    まだ、考える余地はあると思いますが…

  29. (バグ)
    pqならば、TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率は1に収束
    (修正後)
    p<qならば、TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率は0に収束
    p=qならば、一定
    p>qならば、TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率は1に収束

    データが飛んでいるバグが出ているようです。

  30. oTakeさん、ため息さん
     Cape Bojador突破・帰還シミだと思いますュレーション終了。oTakeさんのモデル。結果待ちでボ~っと待っている内に考えたモデルと同型だと思います。
     でも、なんせお手付き二回ですので、明日起きてからゆっくり考えます。
     Gil Eanesの帰還ルート:一端カナリア諸島の思い切り西に出るルートだったと思われます(私のブログで書きます)。うーん大変。

  31. oTakeさん

    えーと。
    数学にはまったく疎い私ですが。

    笹井氏の弁明は、私には、稀かもしれないが、起こらないわけではないことが起こった、という風に聞こえました。

    ですから、
    100個のうち2個だけにTCR再構成のある細胞からスタートして、

    10の7乗個になるたび、

    次のディッシュにまく細胞を、ランダムに選択する工程を40回したら、

    10の7乗個の中にTCR再構成のある細胞が1個も含まれていないことになる「確率はどれほどであるか」

    という問題なのではないでしょうか。

  32. 澪標さん

    ボチボチといきましょう。
    大した話でもなく、急ぎでもない話ですから。
    と言いつつ再々改定。

    aをTCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の数
pをTCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の増殖度
bをTCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の数
qをTCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の増殖度
nは培養時の増殖回数
とすると、n回増殖するとTCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の数のあるものの数はそれぞれap^n, bq^n、STAP幹細胞の数はap^n+bq^nとなる。
TCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の比率
{ap^n/(ap^n+bq^n)}(a,b, nは自然数Nでa > bの関係)
TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率
{bq^n/(ap^n+bq^n)}(a,b, nは自然数Nでa > bの関係)

    これを更に煮詰める。
    増殖度をp, qから、2^(時間tにおける分裂回数の関数)に変更。

    aをTCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の数
m(t)をTCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の増殖回数
bをTCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の数
n(t)をTCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の増殖回数
tは時間
    
とすると、TCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞とあるものの数はそれぞれa2^m(t), b2^n(t)、STAP幹細胞の数はa2^m(t) + b2^n(t)となる。
TCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の比率
{a2^m(t)/(a2^m(t) + b2^n(t))}(a,b は自然数Nでa > bの関係)
    = 1 /(1 + b/a×2^(n(t) – m(t)))
    
TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率
{b2^n(t)/(a2^m(t) + b2^n(t))}(a,b, は自然数Nでa > bの関係)
    = 1 /(1 + a/b×2^(m(t) – n(t)))

    ずっとm(t)<n(t)ならば、TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率は1に収束
    ずっとm(t)=n(t)ならば、一定
    ずっとm(t)>n(t)ならば、TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率は0に収束

    つまり、TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の比率が0に収束する。
    その時の増殖度(回数)の条件は
    TCR遺伝子再構成のないSTAP幹細胞の増殖度(回数)>TCR遺伝子再構成のあるSTAP幹細胞の増殖度(回数)
    の時となる。

    ここから培養すればするほど、増殖度が大きいものが残り、小さいものは死滅する方向に向かう。当然、増殖性のない(低い)細胞は死滅する。
    ES細胞はSTAP幹細胞よりも大きいので長期培養したものは、ES細胞のみになる。

    これでいいんじゃないですかぁ・:*+.\(( °ω° ))/.:+

    笹井先生の弁明には一定の科学論理性の妥当性はあることが示せたと思います。
    しかしながら、STAP幹細胞は作成されておらず(上記a, bは0)、次の内容が事実と推定出来ます。『酸浴細胞は初代培養細胞“primary cell culture“の状態で、分裂せず、死滅するという状態です。いくつかもある培養方法の中から、ACTHで培養したものをSTAP幹細胞、FGF4で培養したものをFI幹細胞としたわけですが、これは酸浴細胞が増殖力を得て、培養・増殖したのではなく、小保方氏が若山先生に渡した酸浴細胞塊にES細胞由来のものが混入していた為に増殖力を得たように見えただけだったのです。』

    【まとめみたいなもの】
    ES細胞が混入していた場合、培養すると酸浴細胞は死滅していく方向に向かいます。小保方氏はTCR遺伝子再構成の実験時に初期のものは若山先生より渡されたほぼ直後のもので、TCR遺伝子再構成のある細胞が残っていたため検出されたということになります。しかし、理研は残存試料の解析により、複数の細胞の混合であることを報告していないですよね(FI幹細胞の9:1の混合は除く。)ということはですよ、小保方氏の初期培養時のものはES細胞のみだった可能性が高く、その場合TCR遺伝子再構成が検出されるはずもないので虚偽のデータの疑いが出ますね。また、キメラマウスはES細胞によるものだと考えられますので、そもそも酸浴細胞によるTCR遺伝子再構成は検出されていなかったということになります。
    TCR遺伝子再構成の実験は、TCR遺伝子再構成のある細胞とない細胞の2種類を用意すればSTAP細胞、STAP幹細胞、キメラマウスの細胞を用意することなく、論文で示された、また、特許図の捏造データを作ることが容易に可能です。その為、私はその使用された細胞が確かにSTAP細胞、STAP幹細胞、キメラマウスのものであるという保証をどうするかも問題だと思っています。現状は、性善説が幅をきかせています。今回、論文のデータとしてSTAP幹細胞のTCR遺伝子再構成のデータとキメラマウスのデータが非公表の扱いの為、これらが本来捏造であったとしても未遂行為は研究不正にあたらないため、これで終わりということなのでしょうね。

  33. oTakeさんの小保方氏が若山先生に渡した酸浴細胞塊にES細胞由来のものが混入していた為に増殖力を得たように見えただけだったのです。これ、何かおかしいですか?という疑問に対し、学とみ子は別に科学的におかしくはないですよ。と答えました。
    さらに「STAP細胞を培養している過程で、ESが混じって、培地全体がESになってしまったというのは、その通りです。」とも言いました。

    >学とみ子
    はい、それでは「ES混入をしてしまったのは、誰なのか?はわかりません。」というのは横に置いておいて、キメラ、STAP幹細胞、テラトーマはES細胞の混入結果であり、STAP幹細胞にTCR再構成が証明されなかったというのですからSTAP細胞の分化した細胞が外部からの刺激により(Stimulus-Triggered)初期化され、多能性を獲得した(Acquisition of Pluripotency)は証明されなかったとしていいのですね?

    もし、そうなら、学とみ子はSTAP細胞は新規の科学であると日頃主張しているわけですから、”STAP細胞”の生命科学における、あるいは臨床医学における存在意義とはなんでしょうか?ご教授ください。

  34. 学とみ子曰く:小保方氏が、混ぜた確率のリスクは、他の実験者と同じです。 ← 意味不明。「確率のリスク」とはなんでしょね?仮に学とみ子が主張する「事故混入説」が正しいとして、STAP細胞作成からキメラ作成までの間の実験操作中にES細胞が事故で混入するリスクは小保方氏と若山氏の操作中でしかありえません。STAP細胞を作成する7日間の培養を誰かが手助けしたという報告は何処にもありませんし、もしその培養期間中にだれかが手助けしたのなら、ES細胞混入の疑いが小保方氏にあるというわけですから、他人に責任を押し付けるのが好きな小保方氏が私小説に書かないわけがないです。さらに桂調査委員会の事情聴取で言わないわけがないです。混入が疑われたとき誰かが培養を手伝ったと嘘を言ったらすぐバレるから言えません。つまり小保方氏だけの責任で7日間培養したわけです。小保方氏の知らないときに誰かが混ぜたという可能性はありますが、これは事故ではないので事故のリスクとは言わないですな。若山氏の手に渡されたときに事故で混入する可能性は皆無ですね。私小説にもday 7の細胞を小保方氏が若山氏に渡してすぐキメラ作成に使ったということですし、論文にはday 7の、検証実験でも同じ条件にするためにday 7の細胞を使ったとあるので、若山氏は手渡された細胞をすぐにキメラ作成に使ったのでしょう。手渡されてから注入するまでの間に、培養液を交換するとかの操作があるわけではないし、時間を置くわけではないので、毎回ES細胞が事故で混入し、ES細胞が含まれた細胞塊になることは考えられません。

    つまり事故で混入したのなら小保方氏が培養していた7日間だけですね。しかし、STAP幹細胞の樹立日から考えると1年以上に渡って毎回事故が発生しないとできないですね。

    学とみ子は科学で言う「確率」を理解できていないので、わからない言葉を使うべきではありません。

    「STAP細胞は、細胞改変を進めるどのような能力があるのかについては、世界中で答えをもつ科学者がいませんでした。」 ← 存在が否定されたので、科学者とはいわず、だれでもその能力などわかりません。UFOの瞬間移動能力など誰もわからないでしょ。

    「ACTH、FGF培地条件で、ES並みに変化したという実験結果が全てなんですよね。」 ← 「STAP細胞を培養している過程で、ESが混じって、…培地全体がESになってしまったES混入をしてしまった、….ES混入でない場合、どのような機序なのでしょうね?」と言う位なんだから、論文の結果はES細胞の混入だったというのに同意しているんでしょ?なのに「変化した」と言うのはどういうことでしょ?学とみ子には論理などないのですね。もともとES細胞なんだから変化なんかしてないのですよ。

    「STAP細胞は、作成後、塊状で2-3週間は持ちます。この状態でなければ、本来のSTAP細胞ではありません。」 ← 意味不明。day 7でキメラやSTAP幹細胞になったのですけど、このday 7の細胞塊は「本来のSTAP細胞」ではないの??

    「塊状を保ち2-3週間で死滅してしまうSTAP細胞は、ES細胞であるわけないじゃないですか?」 ← その実験ではES細胞が混入してない(させてない)からさ。バッカじゃないの?

  35. 学生

    勝手に裸踊りをしていたらいいでしょ。大好きな自己満足になるのでしょ。金髪美女を除く誰もあんたのキチャナイ裸など見たくもないですね。学とみ子は見たいのかしらん?聞いてみたら?

  36. 学とみ子が追記で相変わらずトンチキな発言を繰り返しています。

    「小保方氏と若山氏の操作中以外にも、それぞれの作業を手伝う人はいます。」 ← キメラ作成まではこの二人しかいないって、その根拠は上のコメントに書いた、

    「故意の混入なら、使用マウスの情報を持つ人の方がしっかりと、培養中にESを混ぜられますから、小保方氏より有利です。」 ← 使用マウスとキメラやSTAP幹細胞の細胞に乖離があったんでしょ。だから使用マウスを知っているかどうかは関係ないですね。知らない方が混入させたんでしょ。「故意の混入なら、」STAP細胞作成スケジュールを知っている方が実施するのに有利です。どなたがスケジュールを知っているんでしょ?自明ですね。

    「桂報告書は、この記載(小保方氏に使用マウスを知らなかった)で小保方氏の故意の混入を否定しています。」 ← 小保方氏が使用マウスを知らないことがどうして小保方氏が意図的に混入したことが否定されるの?意味不明。

    「小保方氏は、day7以後のSTAP細胞について、他の研究室スタッフがSTAP培養に参加していたとは言ってません。あえて言わないようにしています。」 ← 意味不明。何故言わないの、言わないと小保方氏が有利なの?

    「もし、小保方氏が、一手にSTAP培養を任されていたら、マウス系統を知らないなんてあり得ません。」 ← 意味不明。

    「ES画策学者は、day7以後のSTAP細胞の扱いについて、一般人が気づかないように、ストーリー作りをしてます。」 ← 意味不明。どうしてday 7以降も培養を続けるとES細胞による捏造が否定されるの?そもそもday 7以降の細胞は一部を覗いて基本的にキメラ作成に使われていないのですけど。

    「結局、小保方氏が、沈黙してくれているから、多くの関係者が、助かっています。でも、講談社は、知ってるでしょう。」 ← 小保方氏が何故、多くの関係者を助けるの?どうして助けることになるの?講談社は何を知っているの?意味不明ですな。小保方氏は都合の悪いことは私小説に書いてないということが、沈黙なの?

    「ため息さんのような自分勝手でいじわるな人は、あくまで、小保方氏を悪く、悪く、言い続けるんだなあ~と思います。ため息自身の利益を、全てに優先させるのでしょう。」 ← 当方のどこが自分勝手なんでしょ。指摘してごらん。できないでしょ。

    「小保方氏を悪く、悪く、言い続ける」ことなるのは学とみ子のデタラメ、妄想を糾弾した結果です。学とみ子がSTAP事件でデタラメを書かなければ、もはやオワコンになってしまった小保方氏について「悪く、悪く、言い続ける」ことはないのです。

    「ため息自身の利益を、全てに優先させる」 ← 学とみ子を糾弾するつまり非科学的なことを科学と称して嘘をついていることを糾弾するのは、科学者としての良心と言いたいのですが、臭いものに被せた蓋を少しずらして臭いのを確認しているだけですかね。

  37. Day7について

    「小保方氏は、day7以後のSTAP細胞について、他の研究室スタッフがSTAP培養に参加していたとは言ってません。あえて言わないようにしています。」

    「ES画策学者は、day7以後のSTAP細胞の扱いについて、一般人が気づかないように、ストーリー作りをしてます。」
    (学とみ子氏)

    相変わらずしつこいですね。
    “day7以後のSTAP細胞の扱い”について、実験者側(小保方氏と若山先生)が話してますからね。
    両方の話に共通することとして、“小保方氏が若山先生に酸浴細胞(Day7)を渡して、すぐにキメラマウス作成をした“という話なんですよ。
    だから、私たちだけでなく、多くの研究者も同様の判断をしているんですよ。

    Rudolf Jaenisch, one of Daley’s co-authors, felt no constraint. “Clearly, Obokata gave Wakayama a mix of cells,” he told me. “He believed her and injected them, and he got beautiful chimeras—exactly what you expect if you are injecting embryonic stem cells.
    THE NEW YORKER The Stress Test By Dana Goodyear February 21, 2016

    『その中で若山先生のプロセスでES細胞が混入する状況はないので、明らかに小保方氏の渡した酸浴細胞(Day7)にES細胞が混入していた』と皆判断しているですね。若山先生の実験でない、小保方氏によるテラトーマ実験試料からも酸浴細胞(Day7) にES細胞が混入していたということが分かっても当然だねと皆言う訳ですよ。
    酸浴細胞がDay7であることは、実際、若山先生には確証を持って言えない事実なんですよ。若山先生が確証を持って言える事実は、“小保方氏から貰った細胞塊からキメラマウスを作成した。その細胞塊がDay7の酸浴細胞であるというのは、小保方氏が主張しているからであって、それが本当かどうかは確信を持って言えない。“ということなんですよ。若山先生は『小保方氏から受け取った細胞が何だったのか、分からなくなった』というようなコメントを実際にされているんですよ。
    小保方氏がES細胞塊の混入していない酸浴細胞塊を若山先生に渡したという証明は既に出来ません。“小保方氏によるテラトーマ実験試料からも酸浴細胞(Day7) にES細胞が混入していた“をまず否定しなければいけないでしょう。
    キメラマウスに使われた酸浴細胞がDay7でない場合は、小保方氏が主張しているDay7が虚偽の場合ですよ。

    “day7以後の培養“なんて、学とみ後氏のあり得ない作り話なんですよ。
    その作り話は、ES細胞塊の混入が若山先生側の問題であり、小保方氏にはないと主張、責任逃れする為の学とみ子の捏造話でしかないということです。

  38. メンテナンス終了した特許情報プラットフォームで「レキジョ」を検索してみたのですが、登録されておらず。当方の推測は大外れでしたとさ。
    それで、plus99%さんご紹介の「rikejo」を覗いてみました。
    内容は充実していると思いますよ。ただ…。サイトが全体的にピンク色な感じな背景は如何なものか…。科学ってこんなポップな感じじゃないと思いますよ…。
    結果的に研究不正した張本人のようなイロモノを生んでしまったと思うと皮肉な感じがします。

  39. oTakeさん
     はーい。
    ***************************
    それにしても、拘泥すればするほど、ひどくなると申し上げたのに。雀百までそれともDanse Macabre(すこし優美にすぎるかもですが、折しも万聖節のイヴ。思いとしてはそんな所かと。)

  40. うーむ。

    世の大勢(たいせい)は、事件があったときに犯人に悪意があったのか悪意がなかったのかを知りたがるのでしょうねえ。

    STAP事件でも、オボQに悪意があったのかオボQに悪意はなかったのかについて、擁護派は大変に興味があり、そして、
    【オボQに悪意はなかった】を公理にして、つまり結論を先取りして、つまらん理屈を積み上げている。

    しかし、本当はこの切り取り方は駄目なんだよね。

    オボQに悪意があったのかオボQに悪意はなかったのかについては、どうでもいいんですわ。

    研究不正、即、悪意。

    これが擁護派の金科玉条。これが頭のなかにこびりついているからこそ《オボQは研究不正していない、なぜならオボQに悪意はないからだ》という動機付けが強く現れる。

    けれどもね、それは科学の進歩とは一切無関係なんで。

    オボQに悪意があるとか悪意がないとか、そんなのは度外視するのが科学の進歩には有用。

    悪意のあるなしには無関係に、オボQが、無茶苦茶な「実験結果」を提示したことが大問題、このことが科学に対する罪なのですよ。
    過失か故意か、悪意があるか悪意はないか、そんなことは、科学には無関係。
    無茶苦茶な仮説に無茶苦茶な実験結果をくっつけて論文提出したのが大問題なのだよね。

    でもねえ、擁護派はオボQに悪意がないことを公理にし、それゆえにオボQには研究不正はない、かように主張したいわけ。

    これは、根本的に非科学的な態度なのですよ。

    オボQに悪意があろうがなかろうが、「酸浴した細胞に多能性が発現する」とした偽物のデータを提出したことが失敗。

    悪意のあるなしに関わらず、オボQは世紀の大ポンコツ無能者と評価するのが妥当。

    擁護派の弱点は、無能者には悪意があるという思想なんだよねえ。
    そんなの、科学は気にしない。

    悪意があろうがなかろうが、酸浴した細胞の多能性のエビデンスを提出できていないことが、科学にとって重要。

  41. 2箱のMTAもなければ、1箱の盗難届けもないだろ。
    https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1969.html#comment8373

    ほんっとに一言居士って芸がないよねえ。
    メッキが剥げたら、芋⚫️m氏と同じ箱だねぇ。。

    けけけ。
    MTAって何のために、誰と誰が交わす契約なんだか述べてごらん。
    一言居士ちゃんは契約文面を知っているのに読めないんだものねえ。
    法律がわかっている人に聞いてみましたかぁ?

    そしてそれは、本当にただいま現在も存在していないの?
    存在しないというなら、それをいつ、どうやって確認しました?
    Ooboe氏の行った文書公開申請は、まったく網羅的ではないし、しかも「若山研」に限定したものですな。おまけに何年も前のものですな。もう何の意味もないですな。
    その後誰かが調べたというんですかぁ?

    結局Li氏は中国に研究拠点を移した。Li氏の細胞について、若山研が理研とMTAを交わす必要はどこにもないと思うのだなあ。あるというなら説明してちょうだい。

    かように、一言居士の述べることのほとんどは、取り上げる必要もないものばかりだ。

    煽り言葉ばかり派手だが中身はなにもないガラクタの山だと気付いていない人がどれだけいるのやら。。
    相手するのがバカらしくなってきましたよ。いいかげん。

  42. oTakeさんは、イロイロ情報をくれるけど、情報のソースを示すことがないのです。

    >小保方氏が主張しているDay7が虚偽の場合ですよ。

    小保方氏は、day7にいれたとは「あの日」に書いていない。初期のトライアル実験では、day7であっても、その後は若山実験の詳細がわからないとしている。桂報告書には、キメラ作成時、小保方氏が、シャーレの蓋に、塊状の凝集細胞を持参したとあるが、day7とは書いていない。もし、毎回、day7であれば、桂報告書は、必ず書き込む。そこがはっきりしない(実験関係者が、語らない?)から、桂報告書は書けない。

    馬鹿なんですか?

    Day7は小保方氏の主張しているものですよ。他にあるのなら、逆にそれだけを主張してはいけないでしょ。
    それは主張が嘘で虚偽又は不記載として扱われる。
    ATPに関する不記載問題(STAP 作製のプロトコールが論文の記載と異なる問題)も同じです。
    塩酸HClを使ったと主張したのは小保方氏です。だから、丹羽先生も2014年の検証実験で塩酸を最初に使用し、後に小保方氏がATPを使用したと言った(桂委員会報告書P28『Protocol Exchange の執筆をした丹羽氏も、小保方氏から Article の実験ではすべて HCl を使った』)から、特許等、若山先生のFLS-Tの試料が使われているから、論文とは異なる方法として後の再現実験が行なわれた。論文とは異なる方法というのは相澤先生たちの認識です。
    しかし、調査委員会で小保方氏が『論文での塩酸HCl使用は部分的で、ATPが大部分だ』と主張した。

    笹井先生はもちろん、若山先生もSTAP細胞の培養が7日間と言っているのは、小保方氏が言っているからですよ。そもそも実際のところ小保方氏のSTAP細胞の増殖しない培養が6日でも8日でも構わないんですよ。ただ、Day7以外のものを小保方氏が若山先生に渡していたら、それは小保方氏の嘘で虚偽又は不記載となります。
    つまり、“キメラマウスに使われた酸浴細胞がDay7でない場合は、小保方氏が主張しているDay7が虚偽の場合ですよ”となるんですよ。そして、もし、Day7でない場合、調査委員会で STAP細胞作成期間に関する不記載問題となることになることもあり得る話。

    学とみ子氏は、理解してないでしょ。

  43. いや、あちらさんは色々としつこいね。

    2箱のMTAもなければ、1箱の盗難届けもないだろ。

    この後に“窃盗罪で刑事告発“があったを続けなければならないね。嫌疑不十分の不起訴は窃盗が無かったという扱いにならないんですよ。疑惑として残る。
    窃盗が無かったという扱いは、嫌疑なしの不起訴ですから。

    そもそもMTAはあってもなくても良いもの。理研とそこに属した研究者による試料取り扱いの書類だからね。理研は必須ではなく、推奨としている理由を考えるべきだろうね。推奨だから、MTAがないことがあるってことだからね。特に国の研究機関から国公立大学の研究室へのMTAはないものが多い。

  44. 相変わらず学とみ子はデタラメばかりの記事を書いています。

    前にも書きましたが、学とみ子は「&□✘#と書いてある」しかし「△#○$とは書いてない」だから「△#○$があった」という論理です。
    「day 7の細胞をキメラ作成に使ったと書いてある」しかし「一部実験ではday 7 以降も培養していたことが書いてあるから、この例外的な実験だけではなく、ルーチンとしてday 7以降も培養された細胞がキメラ作成に使われたのだ」というのが学とみ子の論理です。

    このような論理が成り立つわけがないのが科学的な常識です。実験条件が方法にあったら、その条件以外による方法は、特に別途記載がない限り、採用しなかったとするのが科学論文とは限らす、一般の文書でも当然です。

    「小保方氏は、day7にいれたとは「あの日」に書いていない。」 ← 書いています。
    学とみ子自身が「あの日」には、当初、day7のSTAP細胞を注入していたと書かれています。何度も何度も、day7のSTAP細胞を注入実験を繰り返したと、若山氏も言っています。と書いているではないですか。そのあと変更したというようなことを学とみ子は言っていますが、このday 7を変更したという記述は私小説にありません。学とみ子の嘘です。

    「もし、毎回、day7であれば、桂報告書は、必ず書き込む。」 ← バカですね。記載されているように毎回、day 7なんだから改めて記載する必要はないのがわからないの?論文にはday 7としっかり書いてあるのに、学とみ子は、方法は2つの文から構成されていて、thereforeで結びついていても2つ目の文章ではday 7だとは限らないと発言し、英語ができないと批判されてもなんとも思わないわけです」。一度「〜で行った」と方法で書いてあったら、何回もこのことを繰り返さないのは、どんな文章でも当然のことなんですが、学とみ子は自分の妄想に合致しないと、書いてないから「ある」と主張するわけです。

    ハンニバルさんのコメントに対しても「ハンニバルさんは、擁護派の主張を理解できていません。」と見当違いの反応です。ハンニバル・フォーチュンさんは擁護は「小保方氏に悪意がなかった」という前提があってこれを結論としているから、擁護の主張はおかしな論理構成になっているといっているのに、それが理解できず「科学知識が必要です。科学力が必要」などと、具体的に指摘のできないから抽象的に反論らしき、実は「お前のカーチャン出べそ」を繰り返すのです。この擁護のスタンスとは学とみ子の言動そのものでしょうが。学とみ子はまず小保方氏無罪があって、これに反する事実はことごとく無視して論理を組み立てるからデタラメになっているのでしょうが。

    「ほとんどの不正疑いは、不正でないと認められる質のものです。なぜなら、未知のものを解明する過程で、間違いは多く起こるからです。」 ← バカそのものの発言ですな。不正とまちがいの区別つかない医学博士号を持つ医者ですか、ひどいね。母校の、もうリタイヤされたであろう博士論文の指導者は恥ずかしくて表に出られないのでは。大嘘をつく者の博士号を取り消すという規則は取得した大学にないのでしょうか?

    「ため息ブログメンバーって、根拠を示さず、思い込み、言いがかりに終始してるだけじゃない?」 ← ちがいます。根拠を添えて学とみ子の嘘を糾弾しています。学とみ子は根拠を持って反論できないのがこの8年間でした。いまでも変わりなく、学とみ子脳内の妄想に根拠を求めて、したがってデタラメばかり言っています。

    「小保方STAPの多能性については、小保方氏は、証明した。桂報告書も何も文句つけていない。」 ← ぎょえ!?!!。桂調査委員会報告書を読めないの???p30「STAP細胞が多能性を持つというこの論文の主な結論が否定された」と書いてあるではないですか。こんな単純な文章の意味も理解できないのかよ。ひどいのも程度があるのが普通だけど、学とみ子は無限大のひどさですね。

  45. ため息先生

    実験条件が方法にあったら、その条件以外による方法は、特に別途記載がない限り、採用しなかったとするのが科学論文とは限らす、一般の文書でも当然です。

    ということが学とみ子氏には分からないのでしょうね。
    実験方法のATP不記載の問題も理解出来ていないと思いますよ。

  46. 学とみ子さん:話はすこし変わりますが、
     エントリー「雛壇の人たちは皆、まっすぐ前を見つめたまま。」より
     ”チップセック解析だって、大量のSTAP細胞が必要なのだから、day7以後も培養をしていたSTAP細胞を集めて、実験に使っていたのだと思う。”

     学さんのこのご意見と、「kahoの日記: 終わりに代えて〜STAP論文調査委員会NGSデータの公開を求める一提案〜」にて述べられたkaho(遠藤高帆)さんの、以下に引用した意見とを対比して考察をなさる事をお勧めします。

    ”第一にNGSデータへの適用について。
    16ページ2-3-1-2 3)において,残存していたChIP-seq inputからSTAP細胞として持ち込まれた細胞がES細胞に類似していることが示されています。STAP細胞は幹細胞化を行っておらず,増殖もほぼ起こらない細胞ですから「誰が」ES細胞をSTAP細胞と偽って解析に持ち込んだかは容易に分かると思います。この点について証言もなく,評価でも触れられていないのは残念です。”
     ※特に強調部分との対比

    **************************
    以前一部サンプルについて初歩的な数値解析を行った結果はこちら。カナーリ特異なデータです。Totentanzというかシリョウ*の盆踊り。桂報告書や桂委員会記者会見と照合すると、興味深いアネクドートがまだまだいくつもあります。!(^^)!

    *”死霊の盆踊り”でご検索ください。マイケル・ジャクソンのスリラーの超出来の悪いご先祖様として知られる映画です。

    P.S. ”論文における不実記載・不記載の致命性についての言及は無駄”、と思い知らされておりますのでパス。

  47. Day7について
    これに関して、論文作成に関わった笹井先生の説明も“Day7は小保方氏の主張しているもの“であると示せるものがあるので、後でコメントします。
    今は、iPod Touch で入力しているので、長文等のコメントは本当大変なんですよ。今までの長文はPC等の入力でなく、ポチポチと入力してたんですよ(笑)

    iPod Touchも生産終了で、壊れたら…今後どうしようかなと考えているところ。
    基本的に音楽を聴く為に使っているiPod Touchだったので純粋に音楽用のプレーヤーを買ってもいいんですけど(そちらの方が音質がいい)、ネット環境が弱くなるんですよね。iPad Miniも使っているんでそれでもいいかと、うーんどうしよう(´・_・`)
    iPad miniの新しいケースを買いに行ったら、今、第6世代が主流なんですが、私が使っているのは第5世代。世代が変わって、iPad Miniの形状が変わって、前世代のケースが使えないという問題も。第5世代より前のケースも品薄。
    iPad miniの第6世代も欲しいんですけど。出費がwww

    あー後、オルガノイド等に関してだけど、他人に頼らず少しは自分で調べろよな。Day7 の説明コメントだけでも大変で面倒臭いんだよ。
    まぁ、学とみ子氏が何にも知らないことはもう分かっているんだけどね。自覚があるから、『oTakeさんは、学とみ子がどの位知っている人なのかの予想が間違っていると思いますよ。 』なんて記事を投稿したりする。To 学とみ子

  48. 学とみ子は桂調査委員会の目的を理解していないから、その報告書も理解できないのでしょうね。
    酸浴してからの培養機関の7日間、day 7のことです。学とみ子はday 7以降も培養が続けられ、そのような細胞がキメラ作成に使われたと、根拠を示すことなく主張しているわけです。当方等はこの学とみ子の考えは根拠がないと否定しているわけです。

    oTakeさんがDay7以外のものを小保方氏が若山先生に渡していたら、それは小保方氏の嘘で虚偽又は不記載となります。と発言したら、学とみ子はどうして、議論をすりかえるのだろう。というわけです。

    day 7以降も培養された細胞がキメラ作成に使われたとしたら、小保方氏がもっと長く培養した細胞を若山氏にわたしたら、あるいは若山氏がday 7以降も培養した細胞をキメラ作成につかったら、それは論文の記載と異なることになるわけです。虚偽になります。当たり前ですね。どこも議論をすり替えていません。

    さらに学とみ子は「桂報告書には、day7で入れたという文章が無い!ここが全てです。」 と言うわけですが、桂調査委員会の目的は「論文に「研究不正」が含まれるかどうか」ということですから、論文の記載に疑惑のある点を調査しているわけです。day 7 については論文にday 7の細胞をキメラ作成に使ったと書いてあり、その記述に疑惑がないから、報告書には何も記載しなかっただけです。全く調査委員会の目的を理解できていないから、こんな見当違いの発言が出てくるわけですね。くりかえしますが、不正という点で問題がないからday 7について議論していないのです。だからday 7の期間にES細胞が混入したとしているのです。そんな事すら理解できないバカなんですね。

    学とみ子曰く「day7とはっきりは書けないのである」 ← 疑惑の対象ではないから書かないだけです。この点について問題点を提起したのは学とみ子だけです。学とみ子は、小保方氏のレベルでES細胞の混入は、例え事故であっても、あってはなならないのです。キメラはES細胞由来だったから、ES細胞の混入は若山氏に手渡したあと、つまり手渡したのはday 7の細胞ですから、これをさらに若山氏が培養していてここでES細胞か混入したとするしかないのです。そのためにday 7以降も培養した細胞を使ったという記載がないから、day 7以降も培養した細胞を使ったにちがいないとするわけです。

    学とみ子の履歴書に3年間の刑務所生活が記載されてないから、刑務所生活を過ごしたにちがいないと言っているのと全く同じです。学とみ子の論理でいくと学とみ子には前科があるということになります。いいのですか?

  49. 防衛技官の人のPDF(注1参照)を読んでいたら、「量子慣性センサー」を作る技術開発が進んでいることを知りました。

    すげえ精度。(注2参照)へたするとGPS衛星が全て停止しても、あるいはトンネルのなかでも、自動運転中の自動車が、道のセンターラインを誤差数センチで把握できちゃうくらい。

    ドブロイ波の双極性を使うんですって。どひゃー。澪標さん、SFですよね。レーザージャイロの10^10倍の精度とかまじかっ。

    注1: h_xx_ps://www.mod.go.jp/asdf/meguro/center/img/02_ryoushigijyutsu1.pdf
    注2:量子慣性センサー h_xx_p://www.kozuma.phys.titech.ac.jp/research_category/entry15.html

    こういうのはドキドキしますけど、STAPについては、脚光を浴びていた当時もドキドキしなかったなあ…

    ま、一時は物理屋を目指していたんで仕方がないのですが。

    ドブロイ波の双極性…どひゃああああ

  50. ハンニバル・フォーチュンさん
     解析力学、解析接続*が私の限界ですので、おぼろげに原理は想像できますが、そこまで。エンジニアリングは手に余ります。それにしても凄いとしか言いようがありません。
     *そんなわけでリーマン、ハミルトンが、私の永遠のアイドルです。

    Zsczn4さん
     リンク先拝見しました。それはそれで新手のギミック。不実記載に変わりはないと思いますが・・・いずれにせよ、踏み込んだ議論をお望みあら私のブログにおいでください。
     但し私の守備範囲はテキスト解析・統計・技術史・科学哲学です。念の為申し添えます。

  51. アボガド大のセンサーだとか…

    あー……アボガド大学ではなくてですね、アボガドほどの大きさということになります。

    ―――

    なぜか注3を書き落としていましたので補逸です。

    注3:GPSを使わないナビゲーションの先駆けとなり得るデバイス――量子センサーの小型化と高耐久化に成功

    h_xx_ps://engineer.fabcross.jp/archeive/211215_gps-free-navigation.html

    軍事よりも民生に使われるといいなあ。

  52. ああっ
    昨日発売されたっ、じゃなくて販売が発表されたっ。

    住友商事「量子センサー」販売へ  GPSなしで位置情報: 日本経済新聞

    h_xx_ps://www.nikkei.com/article/DGXZQOUC215U20R21C22A0000000/
    記事化にあたって古田さん【誰】が目を通しているはず。【要出典】

    ノーベル賞くらいのインパクトがあります、私には。

  53. なんというか、間抜けとしかいいようがない文章です。
    学とみ子曰く:小保方氏は、わからないと「あの日」に書いているじゃないですか?どこかで、”毎回、Day7に入れた”と小保方氏が言っているなら、告白本にわからないとは書きません。

    小保方氏がES細胞の混入を実施していたら、小保方氏自身はそのような行為を否定しているのだから私小説に書くわけがない。若山氏を疑うような記述をして、自身は「わからない」と書くに決まっているでしょうが。こんな文章を書くとは間抜けもいいところですね。

    「STAP論文には書いていないというのが、学とみ子の主張です。
    学とみ子は、きちんと論拠(一文にせず、二文にして、thereforeでつなぐ)は示しています。」
     ← この2つ目の文はこのままでは意味不明ですが、以前からの主張を読めば以下の様な意味です。

    何日間培養した細胞をキメラ作成に使ったのかというのが、学とみ子だけが問題にしていることで、「論文には(何日間培養した細胞かは)書いてない」、書いてあるところはthereforeでつながった2つの文に分けてかいてあるから、7日間培養(day 7)した細胞とは限らず、何日間培養したのかは曖昧にしているのだ、というのがこの2つの文で学とみ子が言いたいことです。

    「毎回、day7に注入していたら、(論文に)こんな書き方はしません。詳細がわからないから、このように書いてあるのです。」 ← 学とみ子は科学的な論文に限らず論理のある文章を書いたことがないからこんなバカなことを言うのですね。何回も、学とみ子が英語が読めないと指摘し、母校の高校に言って英語の先生に意見を聞けといっているのに、自分の英語の解釈は間違いないと、相変わらずの主張です。いやになるのですが、学とみ子の誤りは誤りなんだからしつこく書きます。

    Nature Article のMethodsです。8ページ目のChimaeric mouse generation and analyses. のセクションです。

    When the STAP conversion conditions (low pH) were applied to CD451 lymphocytes, most day-7 clusters that were large and contained more than a few dozen small cells were positive for Oct4 (although the expression level varied). Therefore, we used only well-formed characteristic clusters (large ones) for this type of study and cut them by microknife to prepare donor cell clusters in a proper size for glass needle injection.

    簡単に意訳しますと、「Oct4−GFPを仕込んだマウスからリンパ球( CD45陽性細胞)を採取し酸浴したあと培養を続けると7日後にOct4 陽性細胞を含む細胞塊ができた。したがって 、このキメラ作成実験ではこのよく形成されたな特徴的な大きな細胞塊を使うことにして、マイクロナイフで塊を切って、ガラス管で(胞胚期の胚)に注入した。」です。2つの文に分けられているから、後半の細胞塊を注入した実験は、前の文のday 7の細胞塊という縛りは効いてない、つまりday 7以外の、day 7以降も培養が続けられた細胞塊も使われたと学とみ子は主張するわけです。

    この文章を読んだ普通の英語の読解力のある方は、2つ目の文はtherefore で接続されているからキメラ作成にはday 7の細胞塊を使ったとしか解釈しません。つまり学とみ子はthereforeの意味が理解できないとしか考えられません。学とみ子には論理を繋ぐこのような単語を理解できないという特徴があります。以前はhoweverでした。howeverの前の文の方があとに続く文より重要であると主張しました。mutually exclusive ど「どっちでもない」と解釈しました。こういう、論理的に書いてある文章を理解できない方と議論するのは疲れますね。

    oTakeさんは(もしday 7以外の細胞が使われていてこれが論文に記載されてないとすると)主張が嘘で虚偽又は不記載として扱われる。と当然の発言です。しかし、学とみ子は「虚偽かどうかは、本人以外、周りの他人に判断できません。」 との応答です。バカ丸出しですね。嘘をついた人しか嘘がわからないというのですからどうしようもない方です。嘘かどうか(論文不正調査)は本人が言わないから実施するのでしょうが。小保方氏の嘘がバレたのは、小保方氏が自白したからではないです。嘘の証拠を突き止めたからです。

    「胎内というのは特殊な免疫寛容の状態にあるから、キメラ生物が成立しうる」 ←この表現は正しいのだろうか?免疫系が成立しているときに、「免疫寛容」という状況がありうるのであって、胚のときは、そもそも免疫系がないのだから「免疫寛容」という言葉は成り立たないのではないだろうか?免疫には素人だからわからないですが、感覚的に違和感があります。

    「ため息ブログメンバーでは、学とみ子主張に応じた返答ができるのは、唯一、plusさんだけだ。」 ← へ?plus99%さんも数々の質問を学とみ子に対して発していますが。答えたことがないでしょ?

    「成人になれば胸腺除去をしても生命が維持されるのだが、理学系の学術層は、そうした連想は全くしない。」 ← STAP事件とどんな関係があるのでしょ?意味不明ですね。

    「生命現象を考慮できる人が、ため息ブログに皆無だ。細胞が生きて機能するというイメージがつかない。だから、ため息ブログは、ESねつ造も可能であると思ってしまうのだ。」 ← 「だから」と言っていますが理由になってないですね。初めて科学的なレポートを書く大学1年生の考察によくあるパターンです。理由になってないのに「だから」で結ぶわけですね。学とみ子が論理を繋ぐ単語を理解できていない例の一つです。

    「キメラはday7で必ず入れたという論拠を、oTakeさんは示せないと思うよ。」 ← 上記のように、少なくとも論文では、ごく一部の培養期間が7日が最適であることを示した実験以外では、day 7の細胞を使ったと書いてあります。私小説にも小保方氏は若山氏とスケジュール調整してday 7の細胞を使ったと書いてあります。この私小説の記載は初期の実験だけだと学とみ子はいいますが、その後の実験でday 7以外の細胞を使ったという記載はないですから、ルーチンとしてday 7の細胞を使ったことは明らかです。小保方氏自身が参加した、なんとかして再現できることを望んで論文と同じ条件になるよう設定した検証実験でもday 7の細胞を使ってキメラ作成を試みました。はいこれだけの根拠では不十分なんでしょうか?

    逆にday 7以外の細胞をキメラ作成につかったという根拠を学とみ子が示すべきです。できないでしょ・

    「つまり、day7とはっきりは(桂調査委員会は)書けないのである。」 ← 先にのべましたyほうに、day 7の細胞を使ったという論文の記載に何の不正を疑う理由がないから、不正の調査を目的とする桂調査委員会はこれを検討しなかったのです。だから、あえて何日の細胞だったかを書いてないだけです。学とみ子には理解できないようです。

    「そして、桂調査委員も、実験担当者にきかないようにしているのじゃないかな?」 ← 学とみ子の妄想です・

    「チップセック解析だって、大量のSTAP細胞が必要なのだから、day7以後も培養をしていたSTAP細胞を集めて、実験に使っていたのだと思う。」 ← そうだとしたら、論文の方法と異なることを実施していたのですから書いているでしょう。書いてないということはday 7の細胞を使ったわけで、これが day 10とかの細胞を使ったのなら論文の記載が嘘だったということになります。このかき集めたのにに若山氏は関与していません。

    「実験のあるとあらゆる手技、材料において、ES汚染のリスクはあるのである。」 ← 
    はい、そのすべての過程に関与しているのが小保方氏なのです。そんなに何回も事故が生ずるような若山研究室ではないでしょうね。ひとりだけ異分子がいたのです。

    「STAP細胞論文で示された多能性は、キメラ・幹細胞成功で証明された多能性ですね。
    これを証明したのは若山氏であり、その若山氏がキメラ幹細胞で証明された多能性を否定しました。
    小保方氏の責任ではありません。」
     ← めちゃくちゃですね。テラトーマはどうなの?キメラ・幹細胞は小保方氏が提供した材料でつくられました。小保方氏に責任がないということはないです。

    「なんで、ため息さんは、上記青字のように露骨な素人だましを平気で書けるのかな?」 ← 桂調査委員会報告書p30に「STAP細胞が多能性を持つというこの論文の主な結論が否定された」と書いてあると発言することが「露骨な素人だまし」だと言うの?事実を記載しただけなんですがね。学とみ子は事実と理解できないのですね・

    「ため息さんは、他人が嘘つきであると簡単に書いてしまいますね。何も感じないのでしょう。」 ← はい、学とみ子は(桂調査委員会報告書には)小保方氏がESを混ぜるのは不可能と書いています。と発言するので、平気で学とみ子は嘘つきと批判します。桂調査委員会報告書のどこにこのようなことが書いてあるのでしょ。書いてないでしょ。だから学とみ子を嘘つきと呼びます。文句があるのでしょうか?

  54. いやー妄想もすごいですね。学とみ子のキメラはday 7のSTAP細胞だけではなくもっと長い期間培養された細胞が使われたという主張は根拠を添えて間違いだと言っているのに、改めることはないようです。

    「若山研究室の機密技術だから書いていないのです。
     ← 機密情報であるわけがない。びっくりするような発見なんだから、第三者に再現してもらいたいわけで、レシピ(protocol)をVacantiを含め幾つも作ったし、条件を公開した検証実験もやったんでしょ。何バカを言ってんだよ。

    「若山研究室の独創性の技術を確保するための笹井氏の配慮と思われます。」 ← 上記の通り、第三者に再現してもらいたいわけだから、機密にする理由がないですな。

    「それまでの論文では、2ー3週培養していた事が論文に書かれていたでしょう」 ← どこにも根拠のない学とみ子お得意の妄想です。

    「この記載が企業秘密扱いで削除された」 ← 機密でないから何も隠していない。学とみ子の妄想です。

    「若山研究室からバカンテイ氏に渡され、何の疑惑もないまま、特許申請に使われた」 ← 秘密なのに??誰でも作れるだろうから、そして臨床等に役に立つ、すなわち金になるから、特許にしたわけでしょ。個々の研究者が再現するのに特許は関係ないからね。無許可で再現していいからね。再現してもらわないと、金にならないから、特許を取得する意味がない。

    「専門家は、STAP培養の間でのES混入を想定しても、誰も言えません。」 ← 桂調査委員会という専門家達は小保方氏培養期間に混入したとしているではないか。だからインキュベータにだれでもアクセスできると議論したのだろうが。

    「ここday7での解釈が大事であることは、ため息ブログの否定作業を見れば明らか」 ← 大事ではないですな。day 7以降の細胞を使ったというのは学とみ子の妄想だと言っているだけですね。

    「ため息さんは、日本語もきちんと読めない人だから、微妙な英語表現がわからないのです。」 ← 学とみ子に対する批判のオーム返しです。無能だからオーム返しするしかないのです。

    「このday7部分は、ES混入疑惑を小保方氏一人に擦り付けるための手段」 ← ちがいますよ。学とみ子が若山氏のレベルで混入したとしたいからday 7以降の細胞を使ったと根拠なく言っているでしょ。day 7以降の細胞を使ったという根拠がないから、この学とみ子の主張を否定しているのですよ。「小保方氏一人に擦り付けるための手段」 ではありませんな。学とみ子がデタラメを言うから否定しているんですよ。

    「ここの解釈は、どんなに英語を知ってる人でも、科学を知らなければ、本当の意味を理解することはできません。」 ← どの文章の解釈なんでしょね?ArticleのMethodsに書いてある方法は、科学を知る・知らないとは関係ないですな。ここで問題にしているのは英文の解釈だけで、学とみ子が読めないだけです。読めるというのなら母校の高校の英語の先生に効いてみろと何回も言っているんですよ。

    「学とみ子は、ES捏造を否定し、ため息さんは肯定しているのだから、告白本の解釈が違います。」 ← 立場の違いで解釈が違うということではありません。誰が論文や私小説を読んでもday 7の細胞がルーチンに使われたとしか読めないのです。

    therforeは、「したがって」という意味だから、ため息さんが、day7細胞を入れたんだ!としたいなら、そのように強調していけば良いでしょうよ。
    学とみ子とは、違うのよ。ため息さんには、学とみ子を説得する力が無いのよ。


    学とみ子を説得する気なんかありません。誰かが誤って学とみ子ブログを閲覧したとき、デタラメばかりだということが気がつくようにしているだけです。英語の「therefore」も日本語の「だから」も意味を知らない、まともに使えない奴のブログだということを知らしめたいのですな。

    「明快にしたくないから二文構造なのです。」 ← だから、母校の高校の英語の先生に聞いてみな。どっちが正しいか、すぐ、わかるから。明快にday 7の細胞を使ったと書いてあるのです。

  55. さらに学とみ子は追記していてくりかえすと、小保方氏がday7に入れたと、過去に言っていないという意味です。
    そして、告白本には「わからない」と書いているのです。

    私小説p90には、「採取するための仔マウスとか借り腹のマウスを用意するとかの準備があるから若山氏と緊密にスケジュール調節を行い1週間の細胞を若山氏に渡し、若山氏が注入した」とあります。小保方氏はday7に入れたと、過去に言っているのです。

  56. この日本語の文章、意味がわからないですね。

    一度でも、過去に、小保方氏が、”毎回、Day7に入れた”と言っていたら、過去に言った大事なことを小保方氏は忘れないから、2年後に発売された「あの日」の記載でも、「わからない」と書けると、学とみ子は説明しています。

    変竹林な日本語で意味不明です。

    素直にこの文章を構造を解釈すると:

    一度でも、過去に、小保方氏が、”毎回、Day7の細胞を入れた”と言っていたら、過去に言った大事なことを小保方氏は忘れないから、2年後に発売された「あの日」でも、”毎回、Day7の細胞を入れた”と書くと、学とみ子は説明しています。

    が文章構造的に正しい筋の通った文章になります。

    しかし、それでは学とみ子の言い分にはならないので、きっと

    一度でも、過去に、小保方氏が、”毎回、Day7の細胞を入れた”と言っていたら、過去に言った大事なことを小保方氏は忘れないから、2年後に発売された「あの日」で「わからない」と書くはずがない。もし「わからない」と書いてあるのなら、”毎回、Day7の細胞を入れた”という前言が間違いなのか、「わからない」が嘘になるが、嘘はつかないから、多分前言の”毎回、Day7の細胞を入れた”がまちがいなんだろうと学とみ子は説明しています。

    になるかな?
    メチャクチャな日本語なので解釈するのも不可能だ。

    いずれにしろ、日本語に不自由であるという例がまた一つ増えました。

    Day7に入れた →  day 7の細胞を(胞胚期の胚に)入れた でしょうね。
    言っていたら → 忘れないから → 同じことを書くだろう  が筋の通る文章でしょうね。つまり「わからない」とは書かないでしょう。
    言っていたのに「わからない」と書いているのだから「(そんなことは)言ってない」になるでしょうね。

  57. Day7について
    それにしても学とみ子氏は全く駄目ですね(笑)

    学とみ子氏は、STAP細胞にES細胞由来のものが混入していた事実を認めているのですかね?
    まずは、ここからなのですが(笑)
    理研の小保方研の残存試料(STAP幹細胞等)分析結果から、ES細胞由来のものが混入していたわけですが、全プロセスを見たところ

    小保方氏の酸浴細胞塊(STAP細胞)
    →テラトーマ(小保方氏):ES細胞混入
    →キメラマウス(若山先生):ES細胞混入
    →STAP 幹細胞・FI 幹細胞(若山先生):ES細胞混入

    という結果。桂委員会調査報告書p30,l7(以下、同報告書と略す)に『STAP細胞が多能性を持つというこの論文の主な結論が否定された問題である。その証拠となるべきSTAP幹細胞、FI幹細胞、キメラ、テラトーマは、すべてES細胞の混入に由来する、あるいはそれで説明できることが科学的な証拠で明らかになった。』と記載されています。
    同報告書p14,l33に『混入があった場合、当事者は小保方氏と若山氏(STAP 細胞からのテラトーマ作製では小保方氏のみ)しかいないように見える。』と記載されています。
    ここで、キメラマウス作製時、小保方氏より酸浴細胞塊を受け取って、そのままキメラマウスに用いたことが、調査委員会は若山先生等の証言と実験ノートなどの記録によって分かり、若山先生に手渡した後のES混入の可能性はほぼゼロ。そして、若山先生の関与していないテラトーマも混入していることから、小保方氏の酸浴細胞塊(STAP 細胞)に混入していたと推認されます。小保方氏の酸浴細胞塊(STAP 細胞)に混入していたのであれば、STAP 幹細胞・FI 幹細胞はキメラマウス作製時の残りの細胞塊で作製されているので、遺伝子解析等でES細胞の混入が認められるのは当然となります。
    となると、小保方氏がES細胞が混入した STAP細胞 を若山先生に渡したということが明らかになります。
    今、ES 細胞の混入経緯として、2つのパターンが考えられます。
    (1) 小保方氏のSTAP細胞培養過程(7日間)においての混入
    (2) 小保方氏が直接別ラインでES細胞が混入したSTAP細胞塊を作製
    ケース(2)であれば、小保方氏で確定するのですが、ケース(1)においては次のようなことが判明しており、混入者特定が困難になっています。同報告書p14-15に渡って、小保方氏のSTAP細胞培養過程(7日間)においての混入だと仮定すると、小保方氏以外にも ES 細胞を混入させることが可能であったことが記載されています。

    学とみ子氏は、培養が小保方氏のSTAP細胞培養過程(7日間)以降にも小保方氏以外の人間により行われていたと主張しています。これには全く根拠がありません。
    そもそも、小保方氏の STAP 細胞培養期間(7日間)というのは、小保方氏本人の証言であり、論文記載です。実際に7日間かどうかは、小保方氏しかわからないことです。小保方氏の証言を疑う理由がないので、共著者や関係者は小保方氏の証言を元に培養期間は7日間と認識しているということです。もし、小保方氏の STAP 細胞培養期間が7日間でなければ、小保方氏が嘘の期間を言っているということで、前コメントでもしましたが、それは論文に虚偽の記載もしくは不記載という話になります。ここで”論文に虚偽の記載もしくは不記載”と書きましたがそれがそのまま研究不正ということにはなりません。小保方氏の STAP 細胞培養期間が7日間ではないと主張しだしたとしたら、ATP 不記載と同じ問題が起こるということです。

    以下、『捏造の科学者』ハードカバーp312″削られていた不都合なデータ”を参考にしています。)
    酸浴後の Oct4 などの多能性マーカーの様子を示した棒グラフについて、1~7日目までは増加傾向、7日目に ES 細胞並になった後、その後減少していくというグラフが掲載されていました。査読者たちは「増加し、減少する科学的理由」「一時的なものである」という点に疑問を呈していました。Nature への最終稿はその減少していく10日目以降が小保方氏に削除されていました。この削除に関して、「多能性遺伝子の働きが弱まったとすると、一時的で不完全な初期化だったなどの解釈もできた。そのデータの有無によって論文の結論への判断や印象が変わった可能性があります。言い換えれば、科学的理解と考察をミスリードする恐れがあり、科学者として不適切なデータの扱いだと思います。」と京都大学の中辻先生のコメントされています。中辻先生は論文を見て、10日目以降も当然、多能性マーカーの発現が維持されていたものと考えていたそうです。
    更に”STAP 細胞は STAP 幹細胞と異なり、ほとんど増殖しないため、7日目は良い状態だが、それ以降(10日目以降)は「細胞がへたってきた時期」であり、多能性マーカーの発現量の低下をした。論文での STAP 細胞の解析は他のものもほとんどが7日目のものを使っていますので、その時点の遺伝子解析が一番有用。それ以外は不要として小保方氏は削除”といった内容の西川先生のコメントがあります。
    著者間では、酸浴後7日目の細胞が多能性マーカーの発現が最も ES 細胞並に高く、7日目の細胞をキメラやその他の解析で論文を構成したことがうかがえます。
    当時、小保方氏による維持培養7日目の細胞塊を若山先生に渡しており、その後、若山先生等維持培養を行なったのであれば、7日目の細胞の解析という視点から外れるのであり、そして遺伝子発現量の低下を招くことが予想されます。若山先生はキメラ作製に於いて、その酸浴細胞塊の脆弱性により、細胞塊を完全にバラバラにして行う作成法ではなく、細胞塊をいくつかに小分けにした小細胞塊による作成法を選んでいます。若山先生が維持培養をすることはデメリットこそあれ、メリットは一つもありません。
    キメラ作製に使われた細胞塊は酸浴後7日目(小保方氏による維持培養)のものであり、若山先生は維持培養をしていない、ということが資料等数々の根拠により、最も科学的に合理的な妥当な結論となります。

    学とみ子氏の”養が7日目以降にも行なわれていたという主張は、”小保方氏による培養期間ではなく、小保方氏以外の人物による培養期間である”とありもしない事実をでっち上げようとした、悪質な出鱈目であるというのは明らかです。
    ため息先生のコメント2022/11/1 18:58「学とみ子は、小保方氏のレベルでES細胞の混入は、たとえ事故であっても、あってはならないのです。キメラはES細胞由来だったから、ES細胞の混入は若山氏に手渡したあと、つまり手渡したのはday7の細胞ですから、これをさらに若山氏に培養していてここでES細胞が混入したとするしかないのです。そのためにday7以降も培養した細胞を使ったという記載がないから、day7以降も培養した細胞を使ったにちがいないとするわけです。」に同意ですね。
    学とみ子氏らは、学とみ子氏ブログとため息ブログの優劣を劣等コンプレックスでもあるかのごとくいつも比較したがります。
    さて、どちらのブログの内容がまともと読者は判断するでしょうかね。

  58. oTakeさん、オルガノイドからキメラ作成について、実例があるのか?に、答えがないです。

    ん? そもそもバカンティ氏が言っていることでもあるんですけど?(ES細胞の分化能力を維持したオルガノイドに関して)そして、小保方氏にそれを再生医療の基礎技術として教え、それを作ることが出来ると。実際のところ分化の上流のものは扱い辛いんですよ。発生状況の研究として、初期胚のオルガノイドの研究もされてます。キメラマウスの実例もありますよ。
    再生医療として、臓器を目的としたオルガノイドの研究が多いわけですが、そのようなオルガノイドにES細胞のオルガノイド状凝集塊から分化誘導し、培養すると立体形状で凝集しているために、特に球状の塊に関してはその分化状態に中心にいくほど未分化で、表面側に近いほど分化誘導されるムラが出来てしまう。
    その補助技術として、分化能・増殖能をコントロールするために徐放を使う。
    小保方氏テラトーマもどきがPGAが使用されていますが、これは生分解性で消滅しますし、更に増殖能を劇的に上げる効果はありません。そういったことを考えると、テラトーマは元の酸浴細胞以外のもの、ES細胞由来のものが検出されるのは分析する前から予測出来てました。
    だから、再生医療として、臓器を目的としたオルガノイドの研究ではES細胞は基礎技術として、実際の研究としては分化下流の分化誘導されたものを用いているわけですよ。これ、前に説明したよね。
    バカンティ氏が言っていること、つまり、ES細胞のキメラマウスが作成できる分化能力を維持したオルガノイドに関して知りたいのでしょうが、まぁ、バカンティ氏が嘘を言っているのかと思われるかもしれませんが、ES細胞やips細胞をそのまま分化能力を残したまま、オルガノイドを作成してくれる業者もありますしね。実例はありますよ。多能性細胞にも大きさが色々あり、その大きさ別にオルガノイドを形成することもやってくれる。だから、ES細胞由来のものが混入された酸浴細胞塊とやらは、そういったことも考慮すると大きさなどでは判断出来るとは言えない。それがどういったものかはそういった業者に論文などを聞かれたらどうですか? 何でもかんでもクレクレと言って、情報を出したら、都合が悪いものでいつも無視するでしょ。うんざりしてるんだよ。私たちより科学知識があるんでしょ? なら、自分で探せよ!と言ってんの。

    そもそも学とみ子氏らは何か勘違いしているだろ。
    私は科学系研究者ではなくて、科学系技術者なんですよ。大きな違いは相手は誰かということ。私は最初から一般人を相手にしていないんですよ。情報ネットワークのハブとして、“キーマン“しか相手にしていない。研究者のようにオープンではなく、私はクローズドな情報取り扱いをして来ているんですよ。
    特に論文等を紹介したら、その内容が小保方支援者にとって、ものすごい都合が悪くて、その研究者に嫌がらせをしたことがあるんだよ。また、Amazonのコメント欄で研究者の大学に嫌がらせをした話が過去にあったでしょう。その被害者は私の知人研究者なんだよね。 小保方と三木氏が科学的な事実をバラしたら訴えるぞ、ゴルァ!ですからね。別に小保方支援者は研究をするわけでもないんで、別に教える必要もなくてね、厄介事に巻き込まれるぐらいなら、研究者と直接、話すればいいと私は判断している。研究に関しては学会とか、そういった場でやればいいしね。小保方氏らに騙される人がいても、今の現状ではオカルト信者ぐらいだからね。そもそも一般人にとって科学といってもネタレベルでしかないわけで。だから、基本的には公開されていて、多くに認知されている情報を中心にしか話をしていない。9割は黙ってるからね。
    因みにハンニバル・フォーチュンさんのコメントにあるように“クリーンな状態で酸浴細胞がテラトーマやキメラマウスを作成してSTAP現象として学会等で論文として発表し、第三者に再現してもらって認知してもらう “のが最適解だと思いけどね。ま、それが科学の王道。

    色々とオープンにして欲しいんなら、脅迫してくる奴ら(小保方も含む)を何とかしてくれないかな?
    結論ありきブログが出来たのもこういった脅迫してくる奴らがいたからなんだけどね。

  59. 悪質な出鱈目など、刺激的な言葉を使いますね。学とみ子は、考えられることを想像しているだけです。oTakeさんは、一般人向けのヒントを出すな!と言いたいようです。塊状のまま、他のシャーレに移せば、増殖して大きくなれるんじゃないですか?でも、せいぜい3週間くらいなんでしょ。それをSTAP細胞としてため込んで、実験に使う細胞量をふやしても、プロトコール違反ではありません。実際の様子は図示されています。

    STAP細胞の維持培養は増殖しない。”STAP細胞としてため込んで、実験に使う細胞量をふや“すなんて、勝手な完全妄想。なら、検証時のテラトーマ実験、細胞数が少ないからって中止するな。

    ホント下らない。

    甲殻類の胎児(エリック・サティ)でも演奏することを考えるかな。楽譜に、何だか、色々セリフみたいものが書いてあるんだけど(笑)

  60. oTakeさんです。

    >キメラはES細胞由来だったから、ES細胞の混入は若山氏に手渡したあと、つまり手渡したのはday7の細胞ですから、これをさらに若山氏に培養していてここでES細胞が混入したとするしかないのです。

    学とみ子氏ブログにて、ん?
    私、若山先生のことを”若山氏”と表現しませんが?使う時は、別の人のコメント引用ぐらいですよ。
    私の文章ではないものを、私の文章としてコメントしていませんか?

  61. oTakeさんです。

    >ES細胞やips細胞をそのまま分化能力を残したまま、オルガノイドを作成してくれる業者もありますしね。実例はありますよ。多能性細胞にも大きさが色々あり、その大きさ別にオルガノイドを形成することもやってくれる。

    キメラマウスって、分割途上の受精卵(胚盤胞)に注入しないと成功しないんですよね。それ以外もあるんですか?

    胚盤胞注入以外にも、キメラ動物の作り方が、あるのですか?

    学とみ子氏が引用している部分は、細胞塊の話で、キメラマウスの話ではないんですが?
    もしかして、学とみ子氏はわざとやってます? 新手の嫌がらせ?
    因みにため息先生にお任せするわけにもいかないので、コメントしているんですけど。この様子だとすぐに100件に達してしまう。
    コメントは、100件ありまぁす❤️

  62. うーん、『実例はありますよ。』かな。これ、ES細胞をオルガノイド状にしてもらって、それが分化状態を維持又は分化誘導が研究されているってことで、その中でも分化状態が維持されているかという確認実験としてキメラマウスが作られているということですよ。
    分化誘導の際、球状だと外側に行くほど分化が進んでムラが出来てしまう。
    基本的に培養というのは、分化を維持するもの、分化誘導するものと様々ありますからね。
    STAP細胞で小保方氏は前者の維持培養。若山先生は増殖能の追加の培養で維持培養とは異なるもの(実際には、増殖能は得られず。増殖能を得たと思っていたのはES細胞の元々の増殖能)

  63. 【オルガノイドに分化させたら?】
    オルガノイドとは、幹細胞や前駆細胞等を足場“scaffold”となる細胞外環境物質の存在下で凝集させた、3D状細胞塊を構成したものです。
    “オルガノイドに分化”させるのではありません、オルガノイドは凝集させ、細胞塊を構成したものです。学とみ子氏は根本的なことが分かってませんね。また、幹細胞には、胚性幹細胞:Embryonic Stem Cell(ES細胞)、人工多能性幹細胞:induced Pluripotent Stem Cell(iPS細胞)などの多能性幹細胞(pluripotent stem cells)、組織幹細胞 (Tissue Stem Cell)があるわけですよ。
    そもそも幹細胞という細胞があるわけではなく、分化能と増殖能を合わせ持つ細胞の総称のようなものです。
    培養とは、細胞の性質を変えない維持培養、分化を伴った培養、分化させずに増殖させる培養と様々あります。
    オルガノイドも同じでこれらの培養を組み合わせて、生体外でオルガノイド培養させる又は生体内に移植して培養させるなどして、目的とする組織を作ろうとするわけですが、臓器等の組織は複雑で簡単ではありません。バカンティ氏らがSTAP細胞で猿や犬を治療したという話は、この延長線上にあるものです。
    今、ES細胞と酸浴細胞を使って、凝集させ3D状細胞塊つまりオルガノイド状態にするのは簡単です。そして、ES細胞の分化状態を維持するのも、ES細胞単体よりも容易です。細胞塊はその細胞周囲の曝露面が小さいため、周辺環境からの影響を受けにくいからです。細胞間の関係つまり酸浴細胞との関係だけです。この細胞塊を使えば、間違いなくES細胞と同等のキメラマウスが作れます。塊なのでバラバラにしたり、小分けにしなければいけないでしょうけどね。ES細胞塊を用いた方法によるキメラマウスもありますが、そちらでも可能かと思われます(こちらは調べていない。)
    分化状態のコントロールとして、細胞塊の外部からではなくて、足場“scaffold”だけでなく、分化をコントロールする因子、増殖をコントロールする因子を添加し、徐放させることで均一化であったり、増殖度の低い細胞をサポートしたりします。
    足場として使われる生分解性のあるPGAには組織を成長させることが出来るほどの増殖性サポート能力はありません。
    因みに小保方氏はバカンティ氏からこれらの技術を教わり、実際に使えるというところまでは確認が取れています。

    一旦、オルガノイドに分化させたら、もうESではないというのが、学とみ子の理解です。だから、オルガノイド由来細胞の多能性細胞は、もはやES細胞ではないので、胚盤胞でキメラ形成能は失っているだろうと、学とみ子は考えます。

    というわけで、学とみ子氏は“オルガノイドに分化“とか言っていることで、頓珍漢なことを言っていることが分かりますね。
    ま、ごちゃごちゃコメントで書いてますが、早い話がES細胞と酸浴細胞を混合し、STAP細胞塊のようなものを作ることが技術的に可能ですよということです。
    実際に行なわれたかという話ではなく、小保方支援者の不可能だということの否定、つまり、可能だというお話です。
    小保方氏がダンマリですからね、話進まないですよ。

  64. 妄想は止めたら?
    学とみ子曰く:day7の細胞は、塊状を維持したまま培養されてたんでしょ。この間、培養液の交換もあるんです。いろいろな人の手が入ります。 ← 「手が入ります」とどうして断定できるの?day 7に至るまで何回場溶液を交換するのかわかりませんが、通常、培養液の交換の際は、単に古い培養液を捨てて新しい培養液を注ぐという作業ではなく、さらに、浮遊培養だったら遠心して落としてから交換するとか、細胞の状態を肉眼あるいは顕微鏡で観察するわけで、若山研で、若山氏の指示がない限り、小保方氏が他の方に依頼するというような雰囲気ではないような記述、例えば引っ越しの際、小保方氏は自分のサンプル回収を誰もいないときに行った、がありますので、小保方氏自身が実施したのでしょう。もしほかの研究者や学生がこの操作を行ったのなら、ES細胞の混入が疑われるので誰が培養液を交換したのかを調査したはずですが、そのような記載はどこにもありません。「小保方氏以外がインキュベータにアクセスできた」と桂調査委員会は記載しているだけで、誰かが培養液の交換をしたとの記述はありません。つまり小保方氏以外が培養液の交換を実施したという事実はないでしょうね。

    学とみ子は、論文や報告書に記載していないから、記載していないことが実施された、発生した、あるいは可能性があるとするわけです。何回も言っていますが、学とみ子のCVに刑務所生活の記録がないから、学とみ子は刑務所生活の実績がある可能性があるというのでしょうか?それでいいのでしょうか?

  65. >3箱のMTAも、1箱の盗難届けも、本人もしくはラボから出されていない。
    おっちょこちょい石川の第三者告発でも警察に否定されている。しかも李は感想とのやり取りで未発表サンプルだと嘘をついている。RG108を使った論文は2011/12/6に寺下、野老、夫妻共著で発表されている。
    https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1972.html#comment8378

    けけけ。
    MTAってなんだかも説明もできないくせに。
    MTA契約の文面は読めましたかぁ?
    3箱のMTAが「出されていない」と誰がどう困るの?それも説明してみてちょうだい。

    盗難届が出ていなくても、石川氏の第三者告発で警察が捜査して、「嫌疑なし」にならなかったんだから、物品が行方不明になったという事実は確かにあったと確定したわけだ。
    なーにを言っているんでしょうね。どこまで頭が悪いんでしょうね。
    残念な人だこと。

    「2011/12/6に寺下、野老、夫妻共著で発表されている」というのは
    Reproduction Fertility and Development (December2011)
    「Effect of DNA methyltransferase inhibitor, RG108, on in vitro development and ntES establishner rate in cloned mouse embryos」
    のことでしょうね。

    https://www.researchgate.net/publication/221681685_Effect_of_DNA_methyltransferase_inhibitor_RG108_on_in_vitro_development_and_ntES_establishner_rate_in_cloned_mouse_embryos

    小保方氏のフリーザーにあったLibox内の細胞の樹立日は2011年7月8日と30日。
    Reproduction Fertility and Development は査読付き雑誌のようですから、投稿してから掲載まで5ヶ月ぐらいはかかるのではないかと思うのですね。
    5ヶ月というのはこれを参考にしました。

    「論文投稿から掲載までの時間は長くなっている?!」粥川準二
    ttps://www.enago.jp/academy/time-submit-journal/

    すると樹立するやいなやの2011年7月に投稿してギリギリですな。
    すると論文書く時間がないと思うのですなあ。書くのに半年とかかかるのじゃないかと思うのですよ。

    また、ooboe氏のリストで見るかぎり、件の論文のアブストラクトから読み取れる、RG108の添加時期を1細胞期と2細胞期で比較している実験ではないようですしね。アブストラクトには21個の胚盤胞から11株できたとありますが、125が6株、250が7株、500が9株ありますな。ぜんぜん数があっておりませんな。

    「Effect of DNA methyltransferase inhibitor, RG108, on in vitro development and ntES establishner rate in cloned mouse embryos」に使った細胞は残りの3箱にあり、その論文を発展させた論文を計画していて、その実験成果が小保方氏のフリーザーから見つかったLiBoxに入っていたんじゃないかと思いますなあ。
    知らんけど。

    一言居士氏はどうせ、残りの3箱になにが入っているのか調べたわけではないであろうしねえ。RG108と500という数字が共通しているだけで、とびついて安易にお話を作っただけですな。つい最近もトコロとかいう不妊治療クリニックの「女医が」とか書いてましたなあ。けけけ。調べたら工学博士のようですけどね。論文もいっぱいあるようですし。

    一言居士氏の言う事なんて真面目に聞くのは認知症とバカだけだと思いますよ。
    基本的に、誰でも調べられることばかりですからね。自分で調べたならば、一言居士の述べていることはパラッペラだと誰でも気づくでしょう。

    あーあ。本当に一言居士の相手はくだらない。飽きてきましたなあ。金太郎飴もいいところ。頭がわるいからでしょうな。

    おまけ。
    金髪鼻タレおんなさんはまーだクリーンベンチがなければ細胞培養ができないと思っているの?恥ずかしいねえ。無知の上の開き直りって救いようがないんだってさ。

  66. oTakeさん、

    >そもそも幹細胞という細胞があるわけではなく、分化能と増殖能を合わせ持つ細胞の総称のようなものです。

    いろいろ書いてくれるのはありがたいけど、こういう説明要らないと思うけど。

    こういうのも、焦点がどんどんずれていく。

    これは文章構成上必要な説明なんです。
    オルガノイドの定義に“幹細胞“と使われており、その幹細胞とは何か。そして、“胚性幹細胞:Embryonic Stem Cell(ES細胞)、人工多能性幹細胞:induced Pluripotent Stem Cell(iPS細胞)などの多能性幹細胞(pluripotent stem cells)、組織幹細胞 (Tissue Stem Cell)があるわけですよ”とES細胞も幹細胞なんですよという説明です。

    >オルガノイドも同じでこれらの培養を組み合わせて、生体外でオルガノイド培養させる又は生体内に移植して培養させるなどして、目的とする組織を作ろうとするわけですが、臓器等の組織は複雑で簡単ではありません。バカンティ氏らがSTAP細胞で猿や犬を治療したという話は、この延長線上にあるものです。

    こうした答えは、焦点から、どんどん離れてしまいます。オルガノイドからキメラができたなら、ESのままじゃなく、オルガノイドにすると何か有利なことがあるんでしょ?そこが知りたいです。

    バカンティ氏らが再生工学、組織工学を定義したんですよ。バカンティ氏らにとって3D培養、オルガノイド培養は中心的な課題でその一例として出したまでですが?

    でも、オルガノイドについては、学とみ子の捉え方とoTakeさんが違うようです。ESの機能を、100%有しているオルガノイドなら、それは単にES凝集塊なんじゃないかと。それをオルガノイドと呼ぶのかどうか?

    オルガノイドの定義は、厳密に定められているものでもありません。
    私は“オルガノイドとは、幹細胞や前駆細胞等を足場“scaffold”となる細胞外環境物質の存在下で凝集させた、3D状細胞塊を構成したものです。“という定義を採用したわけです。私が以前のコメントの最初にこう記載しています。つまり、ES細胞の単なる凝集塊ではないですよ。

    同一動物内で、遺伝子構造の異なる細胞が共存できるのは、いかなる状況か?という、生命の根幹を学とみ子は問てます。そこって、STAP疑惑を考える上で、何より大事じゃない。
    そこに目がいかない人は、STAP細胞を理解できないと思います。

    まず、凝集塊にはスフェロイド“Spheroid“というものもあります。最初、私はスフェロイド“Spheroid“、オルガノイド”organoid“等と凝集塊という括りでコメントしたかと思います。今、オルガノイドだけでの話になっているのは学とみ子氏がそこに拘るからですよ。3D組織形成の技術は笹井先生も興味を持たれていた分野です。
    ところで、学とみ子氏の“遺伝子構造の異なる細胞“とは? 遺伝子の配列の違い? 遺伝子の発現状態の違い? どんな違いかを明確にしないと議論出来ないですよ。

    小保方氏が“ES細胞混入の細胞塊“を若山先生に渡したのはどういう状況かを考えたわけです。
    まず、事故によるES細胞混入か、故意によるES細胞混入かといった時に、桂委員会報告書では“事故によるES細胞混入は考えにくく、故意によるものの可能性が高い”と結論付けています。故意によるES細胞混入ということは、その渡した細胞塊が、人工的に作る3D組織形成の技術、スフェロイド“Spheroid“、オルガノイド”organoid“等と凝集塊を作成する技術で、酸浴細胞塊が技術的な面で可能かどうか。そして、技術的に可能なら、その技術を適用出来たかということを考える必要があります。
    私は、出来ると分かっているので、小保方支援者の不可能と言ってもあまりに稚拙過ぎる内容なので、最初から無視しています。
    結局は、最終的にそれらを実際に行なわれたかの確認が必要になるわけですが、そんな確認出来るものを混入犯が出すわけもないので、解決しないということです。
    そういったいつまでも解決しない問題を放棄し、実際に疑いのないクリーンな実験として、小保方氏にテラトーマやキメラマウスが作成出来る多能性細胞を作ってもらい、そのプロセスを第三者にも確認してもらうという通常の科学としてのプロセスを採った方がいいと思うわけです。

  67. plus 99 %さん

    MTA(Material Transfer Agreement: 成果有体物移転同意書)について以下の内容(群馬大のMTAに関する説明)を参考のため確認下さい。

    https://research.opric.gunma-u.ac.jp/researcher/mta/

    成果有体物の提供元に対してMTA締結等の必要な手続きをを確認してください。
    提供元がMTA締結を不要とする場合は締結せずに受け入れることができます。
    MTAの締結が必要な場合は先方のひな形を入手して事務担当者へお送りください。
    上記サイトから抜粋。

    とあります。“提供元がMTA締結を不要とする場合“があるということです。
    Li氏や若山先生が移転した当時、理研はMTAは必ず必要なものではなく、あくまでも推奨であったことが分かっています。文科のガイドラインでも推奨になっていますからね。それに準拠した形を採っていたということです。
    小保方氏の手記『あの日』のMTAに関する内容も小保方氏の虚偽であることは、もう確定しています。理研に書面確認して、虚偽ですということになってます(笑)
    講談社は小保方氏の手記の内容確認をしたと言えない状況になっているんですよ。虚偽であるということを物証等で示していますからね。

    いつまでも、MTA、MTAだと言って騒ぐあちらさんは、ただのバカですよ。
    それにしても試料を扱う研究者や技術者がどれだけいると思っているんだろうか。そう小保方氏そして支援者の嘘がバレバレなんですよ。小保方支援者がMTAがどうたらと騒いでいた時、みーんな冷めてたでしょ。あれは、バーカ!と思われていたんですよ(笑)

  68. 小保方氏が手記『あの日』にMTAの件を記載したことで、小保方氏が虚偽の内容で若山先生を貶めた。つまり、信用毀損(罪)に該当する行為を行なったことが確定したんですよね。信用毀損罪で告訴することも可能(第三者告発も可能)だったのですが、若山先生は実害がほとんどないということ、小保方氏に関わりたくないということで告訴していないだけですよ。

    まぁ、小保方氏が手記『あの日』にMTAの件を記載したことで、小保方氏がそういうことをする輩だということが、自らの手記で示してしまった。全く愚かなことです。MTAと騒ぐといつまでもこういった話が出てきますのでね。もっと愚かです。

  69. 実験者の誰も気付かないから、論文発表まで進んじゃたんでしょう?どうして、そう考えられないのかしら。

    いかに一流と言われる研究者であっても騙されることがあります。

    Voodoo Science: The Road from Foolishness to Fraud is a book published in 2000 by physics professor Robert L. Park
    (翻訳本『わたしたちはなぜ科学にだまされるのか』著:ロバート・L・パーク)

    という書籍の内容を以下に一部紹介します。

     Alas, many “revolutionary” discoveries turn out to be wrong. Error is a normal part of science, and uncovering flaws in scientific observations or reasoning is the everyday work of scientists. Scientists try to guard against attributing significance to spurious results by repeating measurements and designing control experiments. But even eminent scientists have have had their careers tarnished by misinterpreting unremarkable events in a way that is so compelling that they are thereafter unable to free themselves of the conviction that they have made a great discovery. Moreover, scientists, no less than others, are inclined to see what they expect to see, and an erroneous conclusion by a respected colleague often carries other scientists along on the road to ignominy. This is pathological science, in which scientists manage to fool themselves.

     If scientists can fool themselves, how much easier is it to craft arguments deliberately intended to befuddle jurists or lawmakers with little or no scientific background? This is junk science. It typically consists of tortured theories of what could be so, with little supporting evidence to prove that it is so.
    Voodoo Science: The Road from Foolishness to Fraud is a book published in 2000 by physics professor Robert L. Park

    笹井・若山・丹羽先生他は上記のように病的科学“pathological science“になってしまったのです。
    それは以前コメントした検証と妥当性確認についての話が大きいです。

    検証と妥当性確認について
    科学研究(技術分野に於いても同じなのですが)今回のSTAP研究に於いて、これがなされなかったことが大きいです。
    ①データを取り、それを論文に掲載可能なデータとして形作る。この時、生データや記録、実験行為が科学的に正しいかのチェック(検証)はこの段階で行なわれます。
    ② ①で取り纏められたデータを論文の主張・要求される事項を満たしているかの確認(妥当性の確認)を行なわれます。
    論文の査読についてですけども以下が中心になっています。
    (1)新規性のある研究かどうかの確認
    (2)発表によるインパクトを判断
    (3)論文内の実験結果、結論、提言の科学的根拠を検証・妥当性確認
    (4)文章としての執筆の品質を確認
    査読で、上記①生データや実験プロセスの確認はかなり甘い状態になっています。現実的に上記①のチェックを査読側が行なっていると査読時間がかかり過ぎるので、論文著者側でその確認はなされている前提としています。
    となると、今回、著者側の確認がどうであったかという問題になります。
    これは私たち技術者でも同じなのですが、①検証と②妥当性の確認を一人が二つを行なうことはほとんどありません。①検証はデータを取得、形作った人が行ない、②妥当性の検証は取り纏める人が行なうのが普通だと思います。
    つまり、若山先生や笹井先生、丹羽先生(西川先生も)は②の妥当性の確認しかしていないんですよ。その結果、誰も小保方氏の実験、生データ等の実験記録を見てないということが発生します。そして、笹井先生も西川先生も『実験データはあるんだ!』と仰っていましたが、それはほとんど生データ等の実験記録からではなく、論文取り纏めの際に出されたデータだったわけですよ。
    ②の妥当性確認は、笹井先生や査読者が行なっているので、見かけ上の結論は正しくなるわけです。ただ、①の検証、生データや実験プロセスの確認による正しさが必要になるわけです。調査委員会の調べで小保方氏は生データ等の拒否をしています。これは調査委員会に①の検証をさせなかったということになります。こうなると論文は信頼性を保証出来ないものとなるんですよね。
    ①の検証は、研究者個人に委ねられている現状があります。
    A.スミス氏も①生データや実験プロセスの確認に関して、笹井・若山・丹羽先生が関わっていること、理研であるという点で完全に信用してしまったわけですね。
    笹井先生もそういった現状を踏まえて奥さんに以下のように話をされていたそうです。

    “妥当性確認“がなされていても、“検証“がきちんととなされていなければ、研究不正を防ぐことは出来ないですよ。そして、病的科学“pathological science“になってしまい、多くの人が被害を被るのです。

  70.  All Hallows Dayはとうに過ぎたはずなのに、また亡霊が一つ。
    ~三胚葉分化が可能でも、なぜ、キメラは可能でないのか?そこを考えることが大事と思います。
    三胚葉分化が可能になるから、テラトーマやキメラもできるようになると、理解してしまうのです~
     ”三胚葉分化”、いつどこで担保されたのでしょうか、”あーてぃくる論文”も”てぃしゅうえんじにありんぐ・パートA”に載せられた「The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers」も、Retract済、博論は没だし・・・
     それにこの話題は学とみ子さんに取ってリスキーにすぎます。前提部が偽なら…以下Ry。

    <追記>
    ~小保方氏は、STAPにはキメラや幹細胞になれる能力はないと思っています。
    だから、塊状STAP細胞において、初期化蛋白合成を確認できたことで、自身の義務は終わったと思っているでしょうね。~
     この記述は「小保方さんは極め付きの無能及び/または研究者として不適格者である」と学さんが評価していることを含意します。
     なんせ、小保方さんがFirst Authorの”あーてぃくる論文”のたいとるは「Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency」、これまたFirst Authorの”れたー論文”のたいとるは「Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency」ですから。

  71. 学トミ子大先生
    >小保方氏は、STAPにはキメラや幹細胞になれる能力はないと思っています。

    では、何故小保方氏は、キメラマウスを作成するために若山先生を頼って理研に来たのでしょうか?
    ド素人で頭の悪い私にも良く解るように説明してください。

  72. 学とみ子氏が、オルガノイド関連の話を分かっていないので、それに関しては終了。
    それにしても、ついにここまで来たかですね(≧∇≦)

    小保方氏は、STAPにはキメラや幹細胞になれる能力はないと思っています。

    ならば、小保方氏には用がないのですけどね。
    小保方氏は、FI幹細胞を作ったんじゃあ無かったんですか?
    論文に採用していないだけでFI幹細胞を作ったことは作ったんでしょ?
    小保方研の試料から、なーぜ、ES混入を示す小保方産STAP幹細胞とFI幹細胞が出てきているのでしょ。聴取している人も『どういうこと?』ってなってますよ。
    なるほど、そりゃあ、オホホポエムのような内部リークのようなものが出るはずだ。揉み消そうとしたでしょ(笑)
    ES細胞の混入に確信が無ければESであることなんて、ラベルに書かないでしょ。

    若山先生の増殖能の発見は、小保方氏の予定外だったんじゃないの。ヤバい、証拠が残されるって。ずっと幹細胞に関して嫌がっていたといえば辻褄は確かにあうよね。だから、ボスのバカンティ氏に『幹細胞の実験やりたくなーい。』ってメールしたんだ? 問題発覚後、若山先生が凍結保存されている幹細胞を分析しようとしたら、そりゃあ、確かに『解析されたら、バレる〜』って、慌てますな。
    学とみ子氏は“小保方氏は、STAPにはキメラや幹細胞になれる能力はないと思っています。“なら、そういうことになる。つまり、小保方氏は嘘だって思っていて、論文を出したってことになるね。

    学とみ子氏は自分が何をコメントしているかをよーく考えた方がいいんじゃないの。

    Ne me faites pas rire, brin de mousse: Vous me cbatouillez.
    (E. Satie)

  73. アノ姐さんです。
    2022年11月3日 20:38

    >>小保方氏は、STAPにはキメラや幹細胞になれる能力はないと思っています。
    >では、何故小保方氏は、キメラマウスを作成するために若山先生を頼って理研に来たのでしょうか?

    細胞には無限の可能性がありますが、人類はまだ、細胞の能力を解明していません。
    解明していないだけで、細胞に能力が無いわけではありません。
    科学者は、未来の可能性にかける人だから、今の能力の小保方氏にはできなくても、能力の高い人に教わりたいは、小保方氏にあったでしょう。

    ごくごく、平凡な答えです。

    「あの日」には、今の能力の私(小保方)にはできないと書かれていることを読み取ってください。
    自分の能力がわかる人は、優れています。

    ”STAPにはキメラや幹細胞になれる能力“は、小保方の能力ではありません。細胞の潜在的な能力です。小保方の能力とするには、『STAPからキメラや幹細胞を作る能力が小保方氏にはありません』とでもしないと通じません。学とみ子の表現が悪いんですよ。

  74. 学トミ子大先生

    全然回答になっていませんが。
    小保方氏は、博論の元になったテイッシュエンジニアリング誌論文を先ず米国の一流科学誌に投稿したけれど、「多能性の証明が不十分。キメラマウスを作成すべき」とコメントされてリジェクトされたのです。そこでバカンティ氏主宰のティッシュエンジニアリング誌に載せて(査読付き科学誌に論文が掲載されたという実績がないと博士号が取れない)そしてバカンティ研の研究者の小島宏司氏の尽力で若山先生に引き合わせてもらったわけ。で博士論文に向けて若山先生にキメラマウスの作成をしてもらったのです。ただしこの時のキメラマウスは、若山先生はできなかったとしているのに小保方氏はできた完璧なものではないけどできたとしていて齟齬があります。
    つまり小保方氏はバカンティ研の時代から「多能性幹細胞」の研究を一貫してやっているわけで、小保方氏がキメラマウスができない
    と思っていたら若山先生のところへ来る理由がありませんからね。

  75. あ、ついでに言えば、小保方氏が手記で、「自分は多能性にそれほど関心がなく、若山先生が前のめりになって研究の主導権をとって自分はそれに引きずられた」というような主張を展開していますが、上記コメントに書いた事実から、若山先生に責任を擦り付けるための大嘘ということになります。

  76. oTakeさん、

    議論をギブアップですか?

    ため息ブログ共通の手法の逃げ方で、相手をバカ扱いで終わらせました。
    生命現象を考えられる力が欠落しているのでしょう。

    オルガノイド関連の話を分かっていないのが丸分かりだからですよ。オルガノイドを分化したものだと思っている時点で話にならないでしょう。一度、勉強されたらいかがです? 話はそれからでしょう。長文説明するのも大変なんですよ(笑)
    学とみ子氏は、STAP細胞であるとする必須条件“Requirement“も分かっていないですからね。
    まぁ、色々と分かってしまいそれらを認めてしまうと、酸浴細胞塊と同じようなものがES細胞で作れるとまで分かるわけで、そうなれば、一言居士らの今までの話も致命的にぶっ飛んでしまい崩壊しますからね(笑)
    小保方支援者が置いてけぼりになるだけですからね。もう置いていかれてるますが。最前線に立っている研究者が馬鹿を見なければ、別にそれでいいんですよ。
    頑張って、“STAP教“という宗教を布教して下さいな。

    教祖『STAP細胞はありますか?』
    信者『ありまーす』
    と、福永法源氏のように(笑)

    そうそう、『STAP細胞はあるんですか?』と記者会見場で尋ねた記者は、宗教関係でしたよね(笑)
    そして、小保方氏は『STAP細胞はありまぁす!』
    当時、私は笑い転げましたよ。福永法源氏の再来として。

    これね、おかしいんですよ。
    STAP細胞は作成するものであって作成方法の問題で方法論なんですよ。あるとかいう表現は存在論ですからね。この時点で、小保方氏には作成したと自覚が最初から無かったということですよ。これを修正しようと笹井先生は、STAP現象だの、リアルフェノメノン“Real Phenomenon“とか。
    笹井先生も苦しかったろうなー

  77. >理研に確認したというMTAに関する回答書を出してみな。馬鹿が。
    https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1972.html#comment8379

    けけけ。

    その前におまいは、
    「MTAとは何か」、と
    『3箱のMTAが「出されていない」と誰がどう困るの?何がどういけないことなの?』にきちんと回答できないとだめだろ。

    回答できないなら、根拠なく他人を侮辱している、と指摘されていることに反論できていないということだからねえ。
    「MTAがなくても異常なことではない」ということで確定なわけだ。
    おまいさんは「無知なので、くだらないことで騒ぐただのバカ」でしたとなって、議論はそこで終了なわけだよ。

    反論できて、この場合にはMTAがあるべきだとなって、初めて理研がどう回答をしたのかどうかということになるんですなあ。
    他人になにか要求する前に物事の筋を通したらどうかな。

    あとは、そういう「公開の義務のない情報の確認」に関する回答は公開してよいものであるか、Ooboe氏のように無制限に公開のメディアで閲覧可能な状態にすることにはどういう責任が伴うのか、法に詳しい人に確認してから発言するようにね。
    私は常識のない恥ずかしい人だと大声で叫んでいるとしか見えんよ。
    すでに擁護派の皆様にまで広くそう思われてるけど思うが。

    そして、「ソースは?」というのはいつでもどこでも使えると思うのは頭が悪い証拠。
    法的に対処できる準備があるよと通告した、と言っている人にその文書を公開しろというのはその好例。笑われるよ。いやすでに随分笑われているわけですが。
    そして自身がソースを出せない常習犯だったらねえ、大笑いされるだけですけどねえ。おまいさんソースを示せてたっけ?質問に答えろとずっと言われている人じゃないの?

    頭が決定的に悪いんじゃない?
    貧しいねえ。

    朝っぱらから。やだやだ。

  78. >脾臓内の成熟T細胞はすべてTCR再構成を受けているということすら理解出来てない
    >桂チームはTCR再構成確認実験の検証を全く行っていません。そこに彼らの虚偽の本質が見えている。ESならGLバンド以外にはでません。
    それ以外のバンドがでるのが怖かったんですな。
    https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1972.html#comment8380

    「脾臓内の成熟T細胞はすべてTCR再構成を受けているということすら理解出来てない」
    これは著名な研究者である丹羽氏とアイザー何某に言ってあげればいいでしょ。
    10%から20%というのは彼らの発言ですからね。

    「実験で検出できる」というのはどういうことであるかという説明が帰ってくるだけだと思うなあ。
    継代後の細胞で実験で検出できなくなったことの説明ですからねえ。数字がどういうベースの数字なのかという読解力が問われるだけですな。
    丹羽氏の発言を免疫の専門家達は大いに関心を持って聞いたはずだが、学生氏のようなイチャモンをつけた人がいたという話を聞きませんな。丹羽氏のあげた数字に基づいて自分の意見を言っている専門家はいましたけどね。

    笑われていれば。
    笑われるのも個人の意思だ。自由さー。

    学生氏は読解力に問題があるのか?
    いや、誰かを騙そうとしてわざと「作った」イチャモンでしょうなあ。他のすべての発言で、とにかく他人を騙す事にしか関心がない事がミエミエですからね。

    桂委員会がTCR再構成を確認しなかった理由は明快ですな。
    石井委員会による不正調査が始まるより前に、プロトコルエクスチェンジが発表されて、STAP幹細胞にTCR再構成を確認したという著者の見解はとっくに撤回されていたからですな。

    それ以外のバンドが出ない事を著者たちが確認したと発表したんですねえ。
    まちがいでしたと著者が言ったわけだ。
    調査委が調べなければいけないことではなくなったから調査しなかったんですな。

    なにを言っているんでしょうね。この人は。
    普段、時系列だ、ファクトチェックだとか述べているのに、自分の都合の良いところだけそれを平然と無視するんですな。論者としていかに質が低いか、この人の言う事には信頼性がないと、自分で宣伝しているんですな。
    とにかく他人を騙す事にしか関心がない事がミエミエですからね。

    頭悪すぎです。お可哀そうに。

  79. オルガノイドは、人工的に分化させたものです。オルガノイドは、100%ES多能性を維持しているとの証拠を示すことはできませんから、oTakeさんは降参したらどうでしょう。それから、キメラ成立のための原則を理解していなかったことも認めましょうね。そうでないと、oTakeさんは、今後も苦しくなりますし、前にも進めませんよ。

    『オルガノイドとは、幹細胞や前駆細胞等を足場“scaffold”となる細胞外環境物質の存在下で凝集させた、3D状細胞塊を構成したものです。
    “オルガノイドに分化”させるのではありません、オルガノイドは凝集させ、細胞塊を構成したものです。学とみ子氏は根本的なことが分かってませんね。また、幹細胞には、胚性幹細胞:Embryonic Stem Cell(ES細胞)、人工多能性幹細胞:induced Pluripotent Stem Cell(iPS細胞)などの多能性幹細胞(pluripotent stem cells)、組織幹細胞 (Tissue Stem Cell)があるわけですよ。
    そもそも幹細胞という細胞があるわけではなく、分化能と増殖能を合わせ持つ細胞の総称のようなものです。』
    と何度言ったらわかるんだwww
    仕方ないなー
    何度でも連呼しようか。学とみ子氏が恥ずかしいだけだぞ。

  80. まあだいたいね。
    一言居士氏や金髪美女氏は、一研究者のところでマルチハンドル使ってた時点で、周囲から「頭が悪い奴が来たぞ」と思われていたわけですな。

    考えてみればわかるでしょ。マルチハンドルとは何のために使うのか?
    そしてそれは他人に信用されるのか?
    自分が、マルチハンドルを使って多数派工作をしなければ議論をコントロールできない論者を目撃したら、その論者に高い評価をするのか?

    いくつのマルチハンドルをつくってがやがややろうと、感想氏一人にすらまったく歯が立たなかったんですな。
    さて。どちらの論者が評価されていたの?

    それが現実。

    自分を客観視したらいかがかと。
    自分のバカさに気付きなよ。

    ころころハンドルを変えるのは、他人に、

    多数派工作や騙しを目的にしていると思われるだけさあ。
    議論をリードする自信がないから多数派工作をするのだと思われるだけさあ。

    発言に責任を持たないで済まそうという志の低さを見せるだけさあ。
    負けや間違いのたびにトンズラして、認めて発言内容を修正できない質の低い論者であると知らせるだけさあ。

    つまり、お仲間からも、この人に付き合っても、自分の意見をごり押しするだけでシェイプされて良い議論になっていくことはなかろうと思われるだけさあ。

    要は質の低い、ただの嘘つきと思わせるだけさあ。
    頭悪すぎ。

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