「論文捏造」カテゴリーアーカイブ

Hopeless Page でも

STAP HOPE PAGE をもじってHopeless Pageというのを立ち上げた人がいて、例の理研の再検証実験で得られたとするが、理研ではこのような写真の存在は確認できないというTypical Result の写真を解析して、インチキじゃねーの言っている。
小保方氏ではタイトルが Typical Result なんだけど、普通、論文ではこのような図の場合 Typical results と複数にするんだよね。
ま、それは別として、このHopeless page の解析は、”Typical Result”をR、G、B のフィルタを通した後、3つのどれか2つの組み合わせで強度の相関をみたところ、Typical Result の右側の赤い写真の赤い部分ではどの組み合わせでも相関がある。しかし、問題の中央の緑の塊は、赤ー青では相関があるものの、緑ー赤、緑―青では相関がない、つまり緑は独立した存在だというわけだ。さらに、本ブログの管理者も行ったようにブラシで緑を描き、その緑と背景の黒との移行部を解析すると、Typical Resultの緑の塊と、ブラシで描いた緑の塊がよく似ている、というわけだ。
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左がHopeless page のFig5 から、右が管理者の作成した図

誰もが考えるのは、Photoshopでブラシで描くと同じようなのができるよということだな。
結論は同じで、ブラシで描いたんじゃねえの?ということだ。
誰がみてもTypical Result は綺麗すぎて、怪しいなと思うわけだ。「あの日」とか他の報告でも、理研の再現実験では小保方氏は細胞を酢漬け培養にするだけで、顕微鏡写真は小保方氏が撮影したのではないような雰囲気になっている(注:ところで さんのコメント)。だからもし、こんな綺麗な写真が得られたら、他の撮影した方が騒ぐのではないかと思うわけね。あるいは、小保方氏本人が撮影したとしても、こんなに綺麗な写真を撮れたのなら大喜びでほかの人に見せるでしょうね。
これが捏造だとしたら、あんまりにもeasyな捏造で、もっと真剣に捏造している人に対して失礼だ なんてことになるな。

猪突猛進女史

小保方晴子さんへの不正な報道を追及する有志の会」というブログを主宰されている木星こと上田眞実氏は自称ジャーナリストなんだけど、情報というかデータをまともに読めないで、なんでジャーナリストなんだろ。
2016年06月08日 「STAP細胞をヒト由来試料を使って研究する」事を承認した理研の会議記録 という記事では、若山氏とお嬢様の名前で倫理審査委員会に申請された公開書類を見つけて鬼の首をとってきたように騒いでいる。
研究倫理委員会が開催されたのは2012年4月27日(金)でこれは2014 年 6 月 10 日 CDB 自己点検の検証についての報告書(3p)にもある通りである。したがってヒトの細胞を使うことを企画していたのは周知のことなのに、何をいまさらというわけだ。
ヒトの細胞を使うという申請でこれがSTAPと結び付くかどうかは倫理委員会の議事録にないが、お嬢様が理研のGD(グループディレクター)や竹市センター長の前でプレゼンしたということだから、申請の研究目的はヒトの細胞を使ったSTAP現象を証明することにあったんだろう。議事録は、申請書の不備とか疑問点の質疑だけが記録されているわけで、申請書の中身が妥当なら計画の詳細は議事録に残らない。また、研究計画の申請だから、申請書にあることを全て実施したかどうかも、これだけではわからない。このあとヒトの細胞の培養のための薬品等を購入したようだが、この申請時期はまだまだマウスのSTAP現象についての実験が主で、ヒトの細胞を実際に使うところまで至らなかったと想像できる。その後だって大騒ぎになったんだからヒトの細胞を使った実験なんかできなかっただろう。「若山さんとオボちゃんがヒト血液細胞で幹細胞研究していた事の議事録も発見された。」なんて大嘘を平気でツイートしている。
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ヒトの細胞培養のための準備をしただけで、ヘルシンキ宣言違反だとか言ってもしょうがないだろ。どこがスクープなんだかわからん。先も見えずにただひたすら猪突猛進はこの女史のお得意とするところだな。

ああ言えばこう言う

もはや小保方氏のSTAP細胞は否定されて・証明されず終わったと思うのだが、ご本人は依然として婦人公論に出たりして人気者なのだ。
詫摩雅子氏が、特許申請書類の図がインチキだ(元図ですらインチキの可能性があるけど)と見つけ出したのに、擁護の方の反論
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改ざんする意味がないから、なんかのエラーだというわけだ。あの有名なワトソン氏は都合が悪いと「揚げ足取り」ということにしちゃうのだ。擁護者の弁はああ言えばこう言うになって、議論にならない。ま議論する方が無理なのだ。そう言えば昔、「ああ言えば上祐」というのもあったね。とあるブログでは、このSTAP物語をドラマするというわけで、キャストを決めたりしている。擁護グループはサイエンスには関係なく、STAPを種に遊びたいのだ。他にすることがないからな。

お嬢さんの博士論文のテラトーマ

アノ姐さんからコメントをいただいて、どう思う?と聞かれたので…コメント欄に返そうと思ったのですが、長くなっちゃったので。
おかしなところがあったらコメントくださいな。
テラトーマですが、11jigenさんのページ(http://stapcells.blogspot.jp/)にある博士論文のテラトーマの図(Fig.14)の legend は「Figure 14 Teratoma like mass from bone marow spheres …」となっていますので、「あの日」の55ページの「組織工学の技術をつかってテラトーマに似た組織を作ることができた」と記述は一致しています。博士論文本文にテラトーマができたという記述があるかどうかはわかりません(後述のように本文に記載がないのかもしれません)。早稲田大学の博士論文の調査(下記)ではテラトーマと記載されていてテラトーマ様組織(細胞塊)とテラトーマの区別はできていません。
この博論の図14をNature Article 論文 Nature 505, 641–647, 2014)のFig.2eの免疫染色の下段3枚に流用したわけで、Nature のこの図の legend では「Teratoma formation assay of day 7 clusters of Oct4-GFP+ cells.」とあり、こちらは骨髄と脾臓という由来の違いの他にも「like 様」がないという大嘘つきだったわけです。
さて、「あの日」によると、Vacanti 研究室では「テラトーマに似た組織」しかできず、PNASに投稿した論文はrejectされたわけですね。キメラを作れと言われ、2010年7月に当時理研の若山氏とキメラの相談のため面会したわけです。この日から同年12月の博士論文を作成するまでの間、さらにキメラができる2011年11月(CDB 自己点検の検証について http://www3.riken.jp/stap/j/c13document14.pdf)までテラトーマの実験を行ったとの記述はどこにもないようです。この間はキメラ作成に集中していたと思われます。博士論文の提出は2011年2月です。
次にテラトーマについて話題になっているのは、STAP細胞を使った実験で、博士号取得後の理研で行ったものですね。2011年12月27日に移植、2012年1月24日に取り出した実験です。例の実験ノートの漫画のやつです。そして2012年2月末ころ免疫染色をおこなった(画像Bの?)そして6月に写真撮影した(画像B)というのがあります。
理研調査委員会がテラトーマはES細胞だったと判定したのは、この2011年12月以降に、理研で作成した標本ですね。
「あの日」の62ページには、若山氏に面会に行く前の大和氏の発言として「こちらにはES細胞とかそういう研究分野の専門家はいないし、みたこともない…」とあるので、早稲田、東京女子医科大学、Vacanti研究室にはES細胞はなかったことになります。つまり博論のテラトーマ(様細胞塊)はES細胞ではないことになります。[ 追記 2016.5.30 ]下記コメントにありますようにES細胞だった可能性があります。TE論文に本当にES細胞を使ったとしたら大和氏の発言がデタラメか、お嬢さんが大和氏の発言を創作したことになります。
早稲田大学の調査書(大学院先進理工学研究科における博士学位論文に関する調査委員会 平成 26 年 7 月 17 日 http://www.waseda.jp/jp/news14/data/140717_committee_report.pdf)でのテラトーマについては、22ページに

本件博士論文本文には、この画像に対応する記載は存在せず、また問題箇所⑪に記載された説明文によっても、さらにその他の本件博士論文に記載された本文、図等によってさえも、問題箇所⑪(Fig. 14 の上段の 3 枚の写真)の意味を理解することができない。よって、意味不明な記載といえる。

のほかには提出論文とスライド発表の図との差異等についての記載はあるものの、テラトーマ実験がどのようになされたかの議論はないですね。実験ノートはVacanti研究室にあるので提出できないという主張がなされたわけで、どのような実験でこの図が得られたのかを裏付けるものは示されていなようです。
さて、以上のことを考えると、博士論文のテラトーマ(様細胞塊)はなんだったんでしょ?
(1)スフェア細胞を移植した結果だ。
(2)培養筋細胞の写真とかをどっかのページからコピペしてきたのと同様に盗作だ。
(3)「あの日」によると、培養皿では、一つの培養皿に混在しているわけではないが、培養皿によって3つの胚葉のどれか由来の細胞に分化した(?すでに各組織の幹細胞に分化した細胞が混在して増殖したのかも)ようなので、この培養細胞の免疫染色の図を流用した。凍結切片の免疫染色だと組織構造がはっきりしないからね。HE染色は、違う部分をパラフィン切片でつくるから組織の形態が違ってもわからないし。
(1)だったらいいんですけどね。なんせ、信用されてないし、これを裏付けるデータは、ハーバードが公開しないからとかいって示してないからね。
若山氏にキメラをお願いするときに、印刷した博士論文を提示したわけではないでしょ。なんせ大学に提出する2部しか製本しないで、自分自身も持っていないという状況ですからね。若山氏への説明はお得意のパワポのプレゼンだったんでしょうね。どうやらパワポの使い方は素晴らしいようですから。
テラトーマができたと言われたら、やってもいいかなと思うでしょうね。
お嬢さんの頭のなかで「テラトーマ様(つまりテラトーマとは判定できない物)」がだんだん「テラトーマ」になったのでは?
テラトーマができるのは真実なので、この真実に合うデータがあるべきで、だからデータがあったのでは?

Typical results

あらま、小保方氏のSTAP HOPE PAGETypical Resultの図
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STAP cell cluster derived from Oct4-GFP mice Bright field (left), Oct4-GFP (middle), Autofluorescence (right) These photos were taken during the STAP verification experiment in Riken CDB

と説明では、理研の検証実験の結果と表示されているんだけど、Facebook「STAP細胞を語る会 小保方さん擁護派も批判派も越智武義氏(20165月19日 15:18の投稿)によると、

理研より得られた回答は、
① Typical Resultで示された写真3枚は、理研に存在しない。
② 類似のものも(理研が)調べた限り、見当たらない。

とのことだ。
そうだろうな。理研の検証実験の結果だったら、理研の許可無しに公開することはできないだろう。ハーバードの実験結果を調査委員会に提出しなかったのはハーバードの許可がないからという主張だったのだから、理研の結果を許可なしに公開するのはおかしいことになる。しかし理研の所有物ではなく「小保方氏の創作?」だから公開してもいいわけだ。
この真中の緑のやつ、Photoshopで作ってみるかな。
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どうだろ?ちと大きいか?新規レイヤーにして、緑を選び、左の明視野の細胞の塊の上で6ptのブラシでぐるぐると描いたあとぼかしを入れ、真ん中の写真に移動して、画像を統合にしたらおしまいだ。
あの電気泳動のレーンを切り取り引き伸ばして貼り付けたことから判断すると、もし小保方氏が捏造したのだったらこんな程度の創作しかできないだろという想定だ。捏造だと言っているわけじゃないよ。こいつを解析してみる。まずは、STAP事件でちと有名になった画像解析ソフトLPixel / LP-exam Ver.1.03だ。全部は上の図を使ってだれでも解析でるだろ。Schrödingerの狸さんもやっているのよ。

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小保方氏の緑のボールと、管理者が手抜きで作成した緑のボールに差があったりなかったりだな。創作ボールの真ん中がちと黒いな。

次に、捏造でないと主張している 白鳥は鳥にあらず というブログを公開している方の方法、「Photoshopで、彩度を最低にして、フィルターで「表現手法>輪郭抽出」を実行する」と
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と小保方氏の緑の玉と、管理者が手抜きで作成した緑の玉に、これまた差が見られない。
単純に中央の写真の輪郭抽出を行い、拡大して画面のハードコピーを取ると
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どこがちがうだろ?ちがいはきっと、ぼかしの程度に依存するようだ。もっと手抜きしてぼかしをかけるのを少なくしたらもっと似たのになるのではないかな。
手作りだと断定しているわけではないですよ。同じようなのが作れるよと言っているだけですね。誤解しないでちょうだい。
なんでこんな暇なことやっているかというと、一昨日、PCのHDDがコケたのだ。でバックアップからデータの回復を試みているのだ。なぜか、去年の11月以降の変更が反映されていない。コケたPCより古いWindows機でともかく仕事をしないといけないので回復を試みているのだが、昨日は授業や会議があったし…時間がとれない。回復動作を開始させておいてうっちゃっておけばいいのだが、必ず途中で、このファイルは「なんちゃら」なのでできないとか言ってきて進まないので、近くにいて実施する必要がある。夜動作させて朝みても途中で止まっていて進まないのだ。だから、暇つぶしにMacの方でこんなことをやっているのだ。Macが仕事のメインマシンなんだから「Macで仕事しろと」いわないでね。Winのマシンも、事務書類がWinでないとだめなんでWin が動かないとまずいのだ。また、普通紙マークシートで学生の毎週の小テストとかアンケートを実施しているのだ。スキャナの方はWin/Mac どっちでもいいのだがマークを読み取るアプリにMacで対応しているのがなさそうなのでWinも使わないといけないのだ。
だからWindows回復が優先なのだ。ジャンクのPCなんで、とりあえずの仕事ができるようにして、バックアップファイルを外付けのHDに復活させておいて、新しいWin 機がくるまで我慢なのだ。またPCを購入しないといけない。とほほ。コケたのは5年以上経過した化石だから買い替えの良い口実なのだ。
というわけで、来週からはいやでもWin10、Office2016 なのだ。いやなんだよね、ジジイだから新しいのについていくのが辛いんだよね。

木星はジャーナリストを自称するが…

外国語ができない自称ジャーナリストが、日本語にも不自由だとすると、どうやってジャーナリストとして生きてていけるのだろうか?
小保方晴子さんへの不正な報道を追及する有志の会 の記事 小保方晴子さんの実験ノートの疑義 のコメント欄でこのブログの主催者である木星の発言;

66. 木星 2016年04月21日 15:19
現象が酸による初期化の変化が癌化のフォルムだ、は、STAP現象が酸以外の方法でも初期化するため、無意味な論争です。

これを読んで理解できる人がいるんだろうか?
「現象が酸による初期化の変化が癌化のフォルムだ」には「現象」と「変化」という2つの主語があってこのどっちか?両方?が「癌化のフォルム」らしい。 で、これは「無意味な論争」だと書いてある。意味がわからん。「STAP現象が初期化する」とはなんだろ?
めちゃくちゃですな。小学生でも書かない文字列だ。
都合が悪いと、断りなしに削除しちゃうブログだから、画像をはりつけておこう。20160422mokusei

消化試合の外野からのヤジ

一研究者・教育者の意見というブログの2016年04月02日の記事のコメンントに科学誌印刷業者さんが、いわゆる小保方擁護派を

1226. 科学誌印刷業者
前略
「プロ野球の消化試合のガラガラのスタンドで、相手チームに口汚いヤジを飛ばすタチの悪い私設応援団」

と例えているのは言い得て妙で、ぴったんこ という感じですね。
で、この私設応援団は、STAP という文字の論文が出ると、大喜びになって、STAP再現を試みた研究者がいると大騒ぎなわけです。
Kim JY1, Cheng X2, Alborzinia H3, Wölfl S4. Modified STAP conditions facilitate bivalent fate decision between pluripotency and apoptosis in Jurkat T-lymphocytes. Biochem Biophys Res Commun. 2016, 472(4):585-91. という論文なんですけど、結論は、「細胞を酸性環境においたらどんどん死んでいくよ。生き延びた細胞に多能性のマーカーの一つであるalkaline phosphatase が発現している細胞があるよ。STAP 事件で問題とされている多能性のマーカーOct4 は出てもわずかで、細胞が生き延びるかどうかとは関係ないよ。」ということですね。論文はがん細胞を取り巻くローカルな環境が酸性になることについての議論ですね。STAPのレシピを実施したとぬか喜びしているわけですね。結果にpH5.7のObokata condition でOct4は出てないよという図があるようです。ワトソンさんも都合のいいように解釈しないほうがいいのでは?
レシピを実行した人がでてきたことを喜んでもしょうがない。それでSTAP細胞ができたとしたら喜ばないと。Oct4が発現しなかったんで、がっかりというコメントであるべきですね。

また訂正された。

STAP HOPE PAGE で Correction – April 18, 2016 ということで Role-sharing in STAP study のページの一部

“Although the idea of STAP was born in Dr. Vacanti’s lab at Harvard University, all practical experiments for STAP papers were performed in Dr. Wakayama’s lab at RIKEN CDB in Japan.”

“Although the idea of STAP was conceived of by Drs. Charles and Martin Vacanti, and born in Dr. Vacanti’s lab at Harvard University, where the preliminary studies were done, all practical experiments for STAP papers were performed in Dr. Wakayama’s lab at RIKEN CDB in Japan.”

に訂正された。訂正前の文章を読むと、明確ではないが、小保方の個人的なページに書いてあるのだから、「STAPのアイデアは(小保方が)ハーバードで思いついたもの」と解釈される。これが訂正されて「「STAPのアイデアはVacanti兄弟が思いついて(妊娠させて)、ハーバードで生まれた(産ませた)もの」ということになった。
Dana Goodyear The Stress Test Rivalries, intrigue, and fraud in the world of stem-cell research The New Yorker, FEBRUARY 29, 2016. によると、バカンティ兄弟がアイデアを剽窃されたと主張しているので、これに対応したんだろうか?
成功しなかった実験のアイデアの出処を、本人ではないとして、逃げを打ったのか?それとも、実験結果は真実で、その発想のアイデアはバカンティに帰すという仁義を通したのかな?まだ、前者ではないだろうね。訂正を加えているところをみると、まだ諦めていないようだ。
200 nM を 200 mM に訂正したという訂正記録を消しちゃった。[ 追記 ] 訂正します。News のタブには記録が残っていました。トップページから削除されただけでした。2016.4,24。トップページ(Home)の意味がわからん。最新の「xx日更新しました」だけの表示でいいじゃん。
Adenosin5’-triphosphate disodium salt hydrate (Sigma, A3377) と Adenosine に訂正されていない。
数字と単位の間に半角スペースがないのも訂正されていない。
意見等を受け付けていないのだから、訂正されることないだろう。ここの・あるいはどこかからの指摘を受けても、その指摘元がSTAP HOPE PAGEに提示されることはないだろう。

エクセルでこんなグラフやめてよね

STAP現象の検証の中間報告 (2014年8月27日)相澤 慎一&丹羽 仁史 のスライドのページ4のグラフ;
20160418 graph
だれが作ったのか知らないけど、エクセルの表に数値を入れて折れ線グラフにしたんだよね。色がエクセルのデフォルトだからね。事務方が作ったんだろうか?まさか丹波氏作成の図じゃないだろうね。散布図にしないと。横軸が 2単位ずつ増加するのなら0-2-4-6-….とならないといけないんだよね。エクセルで表を作る高校生/大学1年生の最初のミスがこれなんだよね。縦軸・横軸の測定値は等間隔にならないことが多いので20160418 graph-excelの「折れ線」ではなく、「散布図」を選択しないといけないのね。再来週あたりの実習で使うから教えないとね。

このヒト最悪!

ジャーナリストを自称するくらいなら、根拠をもって発言してほしい。
笹井芳樹博士 言質 記者会見書き起こし」という例のデマ飛ばし自称ジャーナリストおばさんはブログ記事で、実は単なる記載ミスだった神戸市立医療センター中央市民病院での麻酔薬剤「プロポフォール」紛失事件が、ちょうど笹井氏の自殺と時期が近接していたことを、あえて暗示的に関係があるように書いて、煽っている。
さらに実験ノートが2冊しかないことを

小保方氏のノートも14年4月17日までは4、5冊ある事になってるのに(笹井博士も数を言っている)何故か三年間で二冊しか存在しなかった事になってますし、数が増えたり減ったり。
魔術ですか?

だって。ひどいね。小保方がもっとあると主張しているのにもかかわらず2冊しか提出しなかったんだろうが。
これは「若山照彦博士、STAP幹細胞は43株樹立 いくつ山梨大学に運んだか」の記事で

> わたくし、理系でないので引き算足し算が苦手でございますので皆さん、計算なさって下さい。

と言って
えりさんという方から

当時の朝日の記事(http://nueq.exblog.jp/22510986/)には「論文や共著者の若山照彦山梨大教授によると、STAP幹細胞は若山教授が少なくとも43株を作った。」とありますけど。
「少なくとも43株」なんですから、44株以上あっても特に問題ないんじゃないんですか?

と諭され、

3. 木星 2016年04月14日 18:15
えりさん、三木弁護士にどれくらいの数量だったのか、確認できたらしてみます。それから「少なくとも」という表現はわたくしも同意します

と返事をした後の記事だよ。最悪だね。