「ワトソンさんは、ESの混入でないと、盛んに在米ポスドクさんと議論していたのですね。（魚拓）」という記事で。学とみ子は、「親マウスの遺伝的背景は均一ではない」の意味を、体内時計さんが紹介された在米ポスドクさんの説明を無視し、ワトソンさんの誤解を、自分と同じであるからと採用しています。
ワトソンさんの言う通り、FES1とFES2の親マウスは当然同じではないし、そのSNPは異なります。
さらに、SNPの違いの様相から、FES1とFES2の親マウスは同時期のものではないのでは？と、調査チームは、疑っていますね。
もはや、自分と異なる意見を評価でき無くなってしまったわけですね。体内時計さんがおっしゃるように、妄想からなるデタラメを吹聴しています。「当然同じではない」という発言から、妄想やデタラメのその根元は正しい細胞生物学を理解していないことにあるのがわかるわけですね。
近交系で無くなってしまったマウスコロニーのマウスは染色体がヘテロ接合体で構成されている部分が出てきちゃったわけで、このようなheterozygoteのマウスの作る配偶子は均一にならないわけですな。もし近交系のマウスならその配偶子はhomozygoteからできるので均一なので、同じ親、異なった親の子でも遺伝子構成は同じになります。
FES1とFES2はB6と１２９の近交系から作成されたとされたのですが、近交系に他のマウスが混ざって近交系ではなくなってしまったわけですな。
ですからFES1とFES2のSNPsを調べたら一致していないというのは親が同一であっても近交系でないということで説明できるわけですな。
「SNPの違いの様相から、FES1とFES2の親マウスは同時期のものではないのでは？と、調査チームは、疑っています。」なんていう発言は、少なくとも昔細胞生物学・発生学を勉強したはずの医師とは思えない発言なので恥ずかしいから撤回したらどうでしょ。
同じ親から生まれた兄弟姉妹のSNPsは同一ではないでしょ。お医者さんなんだから理解してよね。恥ずかしいな。
何回言っても理解できない。理解できないから当方の方が混乱しているとか勘違いだとするしかないのですな。
（homozygoteという言葉の使い方これでいいのかちと自信がない）
学とみ子の主張が変わったというのは無く、いろいろ考えています。
→ はいはい、”いろいろ”ね。
よく分かりましたw
こういう医者がいるのを見ると、世の中で怪しげな診療が跋扈するのもわかりますな。
婆さんの場合はお金儲けでは無いようですが、あちらは完全にお金儲けです。またあちらは患者に重篤な被害が出る可能性がありますが、婆さんはそんな危険もなさそうですな。せいぜい取り巻きの井戸端会議レベルの連中が右往左往するくらいですな。加えて筆頭著者がいつまでも社会復帰できないくらいですかね。これは筆頭著者の自業自得でもありますな。
ぷっぷー。
おばあちゃんはこれまでに延々述べた、
「若山研の特殊なマウスでなければSTAPはできない」
と最近唱え始めた、
桂報告書のどこだかに「幹細胞化のときにESが混入した」
が両立しないことがわかっているから、その二つの説の重なりであるFES1という細胞の起源についての文章を無理やりああも読めるこうも読めると強弁しているだけだと思うなあ。
今度は細胞が「FES1」が問題なのだか「129／GFP ES」が問題なのだかごまかそうとしているだけだと思うなあ。この二つが別々の起源を持つ全く違う細胞だと誤魔化されてくれれば2つの説は一見両立してるみたいに思うおめでたい人もいるとそう思ってるのだと思うなあ。
矛盾に焦点が合わないように用語や指示語を何を指しているのだかわからないいい加減なものにしたら煙にまけると思ってるのだと思うなあ。
擁護のお仲間には丸見えだと思うがなあ。だから最近寄り付く人といえば掲示板として使用してるとしか見えませんなあ。
FES1とFES2のSNPsの違いは、例え同じ両親でも、両親が近交系ではなかったことで説明できることが理解できなかったわけですね。
楽とみ子は都合が悪くなると話を逸らすわけで、今度は「ESの混入は、幹細胞の実験中に混じったと、桂報告書は言っています」などという嘘っぱちを平気で吐ける医師なわけです。
＞母性、父性の染色体が、どこで混じり、かつ離れていくかの基礎知識に戻って勉強しなおすこと。複数の機会で染色体が混じり、離れるのは、どの時点か？。
また木から降りられなくなったわけですな。そのたんびに笑われるのですな。
おろおろ心配して書き込んだ壊れた楽器氏のコメントも無駄骨になったわけですな。
楽器さんも、どれほどバカだと思われようと間違いを認めたり引き下がったりするのだけはイヤなんていう人のことは心配してあげてもくたびれ儲けばかりか火の粉を被るよ。
「ため息さんの焦り」（魚拓）
で学とみ子は何やら怒り狂っています。
受精卵由来ES細胞、FES! と FES2 の SNP が一致しない件です、
桂委員会報告書p6の
「幹細胞の作製に使用したマウスに存在した遺伝的背景の不均一性によるものと結論」
が理解できていないのがわからないのですね。
高校の生物で、医学部の発生学で相同染色体が減数分裂時にどのように配偶子に分かれていくかを勉強したでしょ。相同染色体の一報は父親由来、他方は母親由来ですよね。減数分裂のとき分かれて配偶子（卵子、精子）になるわけだけど、そのまま別れるのではなく交叉して一部が入れ替わるんでしょ。
普通、相同染色体のそれぞれのDNAはほとんど一致しているが、SNPs（こいつもDNA)とか遺伝子に相当するDNAが少し違うわけだ。だからヘテロなわけで、ヘテロな相同染色体が交叉して入れ替わることで、配偶子に多様性が、そして子供に多様性が生じるわけだ。だから同じ親から生まれたとはいえ兄弟のSNPsは一致しない。
近交系とは、兄妹の掛け合わせを繰り返し、相同染色体が同一染色体で構成されるようにしたコロニーでしょ。この場合、配偶子作成時に交叉が生じても同じものが交換されるだけだから均一な配偶子になるわけですな。
さてEFS1とEFS2は同じ親（近交系コロニー）の受精卵に由来するから、その相同染色体はどれをとっても129/B6のヘテロでEFS1とEFS2に差がないはずだったわけだ。ところがそうではなく染色体の一部がB6/B6 とか129/129になっていた。
「このことから、ES細胞FES1とES細胞FES2の樹立当時、交配に用いられた親マウスの遺伝的背景は均一ではなく、第6、第11、第12染色体のこれらの領域がB6のSNPsのものと129のSNPsを持つものが併存していたと推定される。そして、ES細胞FES1とFES2は、樹立時にそれぞれ異なるSNPsを持つ染色体を親マウスから受け継いだ可能性が高い（桂調査委員会報告書p6）」つまり親を近交系としたのだが、マウスが紛れ込んじゃって近交系ではなくなり＝遺伝的背景の不均一の結果だったと言っているんですよ。
両親が同じ兄弟と同じだ。
①上記のような説明のどこがおかしくて、どのような根拠から「「SNPの違いの様相から、FES1とFES2の親マウスは同時期のものではないのでは？と、調査チームは、疑っています。」という考えが出てくるの？
②「交雑した親マウスからの影響を取り除いても、説明できない塩基変化が、FES１と２の間にあるという話」てなぁに？
「母性、父性の染色体が、どこで混じり、かつ離れていくかの基礎知識に戻って勉強しなおすこと。複数の機会で染色体が混じり、離れるのは、どの時点か？。」は上に説明しましたよ。
①、②に答えて頂戴。
シュレディンガーの狸さんが、学とみ子の文章は意味不明とまたもや書いています。
学とみ子曰く：「この意味がどのような重みをもつか、生物学を少しでも知識を持ち合わせる人であることが必要でしょうね。」
シュレディンガーの狸さんのご意見がもっともです。
学とみ子は揚げ足取りだとか、意味を読み取れない方がおかしいと言うでしょうが、このような意味不明な文章が非常に多く散見されます。推考してから①、②の答えは公開するようにね。
失語症のブローカ野に障害のある方の発言のようなんだよね。フレーズ単独では意味をなすけど、フレーズが論理的につながらないから文章の意味を誰も理解できないんだよね。
それでいて、私は医師なんだから理解できないお前らの方が悪いと言うわけからね。
狸さんの今回（11/29）の記事も秀逸でいらっしゃいますね。
楽しく読ませて頂きました。
「その現象は、もはや自然科学の領域ではなく、形而上学の領域に属するものであるというのが学さんの意見なんですね。」とまとめ上げられた狸さんにはただただ敬服でございます。最高です♪
一時は狸先生と尊敬していた学さんは、この頃は一切狸さん記事に言及しなくなりましたが、ようやくわかったのでしょうね。（何がわかったかは割愛♪）
この記事をたとえ学さんが読んでも理解できないに全部！
学とみ子の特別レッスン第2回目、
アホ2名の珍説追加コメント、
科学を理解しない一般人、の我々には大変勉強になるのでお待ちしておりまーす！
楽器は無視w
Ooboeという人もつくづく考えなしですな。
そういう時系列をほじればいろいろなことが鮮やかに思い出されるだけでしょ。
結局、石井調査委がすでに上がっていた残存細胞を調べるべきだという理研内部からもあがった声やその他の大量の疑義を無視したことが理研内部のゲリラ的な動きを生んだのですな。理研は細胞の解析をせずに不正調査を終了して処分まですませてそれ以上いじることができないようにしようとしていたわけですね。
そのゲリラは、改革委が抜き打ちでいろいろな発表をして抜き差しならない状況に追い込まれて予備調査を始めますということになるより3ヶ月も前から、細胞の解析をしませんという理研の公式発表に逆らうことをしていたのですな。不正調査が終了しても研究室のロックアウトを解かず、解析のための作業を続行していたことはOoboe氏が公開したんですな。つまり桂調査委の報告書に現れる解析は調査をする組織がない期間になされたのですな。取り寄せのためのペーパー1枚だけが不正規な手続きで行われたのではなく、解析全体が不正規な手続きの産物であったのですな。不正規な調査を理研と桂調査委は後追いで承認せざるを得ない状況に追い込まれたのですな。
そういう追い込まれ方をしたのは、研究所ぐるみで不正の隠蔽に加担しているという見方を一般社会や科学コミュニティからされたからですな。
2014年3月にすぐに論文を撤回していればそうしたゲリラ的な動きも抑え込めた可能性もあっただろうに。副センター長でもあった笹井氏までが撤回に同意しても撤回に反対していた方がいたわけですが、ほじればほじるほど、実験の詳細を明らかにして論文作成時の行いの証をたてられないことを承知していながら、論文を撤回しようとしなかったことが浮上してしまうのですな。理研の上層部となにやら取引があったのかなどという疑いを強めるだけですな。
仮に、今になって解析手続きの一部に疑問があるからES混入に関する調査委見解は無効という論がどこぞの機関で認められたとして、調査報告書からES細胞についての記述が消滅したとしても研究結果が信用できるということになるわけではないのですな。桂調査委が明かした研究全体の信頼性のなさと研究者の素質という問題には関わりがなく、研究社会への復帰の困難には変化はないでしょうな。またそれは論文を信用するかということとつながっているのですな。
研究への信頼はデータを取り直すことでしか取り戻せないのですな。
そして、世間の嫌悪が減少するか再燃するかはBPOの裁定の時を思い出せばよろしいでしょうな。
管理者さん
例えばヒトの一卵性双生児の場合、ひとつの受精卵が二つに別れて二人の子供が生まれるわけですね。この場合、DNAは卵が二つに別れた段階では同じDNAを持っていますね。しかし、卵が二つに別れてから細胞分裂を繰返し、胎児になり、オギャーと生まれて成長した現在までに、それぞれの細胞は何百回も細胞分裂を繰返しその過程でランダムにSNPが生じているのですよね。だから犯罪捜査において、双子のどちらが犯人かとなったとき、DNA鑑定でこのSNPの違いからどちら犯人か解るのですよね。
翻ってこれを培養細胞に当てはめれば、例えばひとつの卵細胞からES細胞を樹立して、二つのチューブA、Bに分けて、Aは実験結果のサンプルとして凍結保存し、Bは例えば遺伝子解析の実験に使用するため何回も経代培養をしているとその間にSNPが生じるわけですね。そして後になってAとBの遺伝子解析をした場合、塩基配列（例えば遺伝子とされている部分が一致しているとか、DNAの中で塩基配列が繰り返されている部分の塩基配列と繰返しの回数が一致しているなど）は一致しているが、SNPは一致しない部分があるということになるわけです。だからBの細胞は、Aの細胞とは同一とは言えないけれど、Bの細胞はAの細胞から派生した（作られた）細胞であると言うのが桂調査委員会の結論だと思うのですが、擁護さんたちはそれが理解できず、SNPが一致しないのに桂調査委員会の結論はおかしいと言ったり、それに妄想をくっ付けて、Aの細胞とB細胞は樹立した時期が違う、親マウスが違うと言っているように思えるのですが。私の理解が間違っているのでしょうか？
小保方氏がESを使ってSTAP細胞をねつ造したのが事実であるなら、そして、理研がその証拠をもっていたら、理研は、損害賠償を請求する行動にでなければいけない。
https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-1153.html
やれやれ。
認知症ばばあは相変わらずですな。
理研は小保方氏を何の容疑、どういう実体のある被害で訴えられると考えているんでしょうね。迷惑を与えられたでは警察は動かないんですよ。実体のある被害がありかつ、それが犯罪でなければ警察は動きません。石川氏の件を見なかったんですかね。小保方氏の行動は留学生に明らかに迷惑をかけましたが犯罪として立件できないとなったんですな。
そして、最も大事なことは、
研究不正は犯罪ではありません。
ということです。
理研はSTAP細胞があるという話に騙されて大金を投資したとかいうこともありませんから詐欺罪は難しいでしょう。研究がダメになったのは個々の研究者なので理研は業務妨害の被害者ではないんですな。不正調査にお金がかかったのは違反者に賠償請求するものでもありません。
公権力を導入して捜査をさせて仮に誰ぞを有罪にしても理研には得るものはないのですな。その後民事裁判をしても損害賠償請求できる金額はスズメの涙の骨折り損のくたびれ儲けである可能性が高いのですな。
この国では誰それが犯罪者として訴えられたという話が広がるだけで職を失い、家族が迫害を受ける国なわけですな。裁判で何年も戦いたとえ無罪を勝ち取ってもなにも戻っては来ないんですな。本人や家族は人生の一番良い時間も将来もただ失うだけという非情な社会であるとしばしばニュースで取り上げられ問題だと言われていますな。訴えて得るものがないとわかっていることについて、なぜ訴えなかったのか、と軽々しく言う人は神経が鈍磨しきっているのですな。小保方氏はひどい目にあったと世の中に訴えたい、とか言っている人でしたな。医者？はあ？うそでしょ。
小保方氏は研究はダメになり職を失い、マスコミに叩かれ大衆に悪口をいわれ精神的苦痛をうけましたね。あの人が自分のせいではないと考えているなら、自分の研究をダメにされたという実体のある被害で威力業務妨害で訴えて警察に捜査を要請できますよ。犯人が判明したなら失ったもの受けた苦痛を金額換算して賠償請求訴訟もおこせますが。それこそなんでしなかったのと、それは犯人だからだと、当時そういう話題になりましたな。そういう話題がもっと盛り上がればよかったとお考えなのでしょうかね、あのばばあは。
12/5の学ブログ記事を読んでの雑感
学さんは何らの責任も負わず、”匿名でネット上で”言いたい放題を書いていれば良いのですから言いたい放題ですね。
それどころか、筆頭著者の名前を出してさえいれば、学さんが書く内容が、撤回されたSTAP論文の内容と完全に反していようが、筆頭著者を間接的に害する事であろうが、科学リテラシーの欠如を露していようが、何でもあり（と考えていると読み取れます）。
ブログで組織、専門家各氏への悪口雑言を書き続けることができ、一定の注目も集められますのでサイコーなのでしょう。
下記の文章は学さんの勝手な思い込みをもとに書いた文章の典型ですね。呆れるだけです。
あ、上記コメントで「言いたい放題」を重ねて書いてしまいました。
言いたい放題ですね、と呆れ返っているので良しとします。
「すり替え、入れ替えなど、個人的な犯罪的行為をできるだけ考えないで、誰でも納得のいく説明は」ありません。
「その悪質性に見合うようなバッシングは、科学界からは起きていない。」科学者にそんな暇はありません。場末の医者とは違います。ただ不正を働いた筆頭著者は科学界から無視され、忘れ去られるだけです。
「小保方氏のESねつ造を信じている人は」たくさんいます。ついでにVacanti一派の不正を信じている科学者もたくさんいます。場末の医者が知らないだけですね。
ワトソン、愚民…小保方教(凶)信者のレジェンドw を持ち出す点で学さまのレベルも推して知るべし…(それに加えてアホ2人足す楽器、が学ブレーンでそれが学さまの一般社会、なのでしょう)
山の住人さん
本当にそうですよね。
実際に研究者の若手でも最初は呆れ果てて話題にしていましたが、今では「ああ、いたね。酷かった。あの事件の所為で実験ノートの取り扱いが厳しくなって使いづらくなって困る」と言っていました。
STOP細胞さん
学さんは、まさに共鳴箱の中の住人ですから。
学さんの一般社会って、本当に・・・（以下言葉を選べないので省略）
>ここでも「も」の使い方がおかしいですね。学さんはシナ系の一世のとてもよく日本語のできる方ということでしょうかね。帰化人の2世で日本の学校に通った子はこういう間違いは絶対にしません。周りの子供たちから矯正されてしまいます。日本人がこのような助詞の使い方の間違いを絶対にしないのも同じ理由です。
>でも、外国人、もしくは帰化1世の人だと分かれば簡単に理解できます。我々は日本語はプロですからね。事情が分かれば推測が可能になる。彼女が言ってることは我々の言ってることと全く同じです。
おばあちゃんの日本語の不自由さに一言居士氏は、あなた中国の方でしょ、と確信したと。
セクシストとレイシスト。意見があってめでたいですな。せいぜい仲良くすれば。
最初のキメラについて科学の畑の人が語らない理由なんて単純なものですな。一応礼儀の正しい世界の住人は誰ぞの罪を認定した審判で罪がないとされたことは尊重するという建前なのですな。キメラなどできないと思っていてなおかつSTAP細胞はあると世の中に思わせたい人には最初のキメラを捏造する動機と方法があるわけですが、そう断言することは故意の捏造と断言することになるので、故意と断定できなかったと桂報告に明記されたことを誰々の故意と断定することは礼儀正しい世界では良識に反する発言であるからあえて触れないのですな。
STAP細胞とES細胞が大きさで簡単に見分けられる、が真であると仮定すると、細胞塊を薬剤で分散させる方法から切り分けに変えた途端にキメラができても不思議はないという仮説は以前にも書きましたな。リンパ由来の小さい細胞ばかりを選択して胚に入れていた時にはキメラはできなかった。細胞塊のまま挿入することにすると大きな細胞も入ってしまう。ES細胞は大きいというなら、ES細胞が混入していたら、それも入ってしまうでしょうな。トリプシンでバラバラにしていた時はそれは大きいゆえにはじかれていたのでキメラはできなかったということですな。
小さい細胞の方がOct-4の発現が高いというデータがあるのに、小さい細胞ばかりを選択していたらキメラにはならないのかもという可能性に気がついたら、それまでのデータは点検され、種々の不正は投稿前に発見され、論文は世に出なかったかもしれませんな。桂氏は、切り分けでキメラができるようになった後に、コントロールとしてバラバラにしてやってみるべきであったと述べましたな。
アノ姐さん
おっしゃる通りですね。今回当方がFES1とFES2とのSNPsの違いが、遺伝的背景が異なるからとの桂委員会報告書の説明を学とみこが理解できず、コロニーが違うからだとか言っていましたので、培養中に生ずる変異については、あえて書きませんでした。今だったら、学とみ子はそんなこと（遺伝的背景が異なる）はわかっているとか言うでしょうけど、当初は調査報告書には書いていない「SNPｓも合わない理由を、調査チームは、マウスのコロニーが違うと説明している。」ことを自説に合うことを捏造し、理解できていなかったからです。
学とみ子は自説・解釈に誤りがあっても、決して認めず、話をずらしますので、しつこく言っているわけです。
一言居士氏のコメントです。
今さら何を言っているのでしょうね。FLSもAC129と同じようにCAG-GFP遺伝子の挿入部位を読んだのです。しかし、アクロシンプロモーターが付いたGFP遺伝子とCAG-GFP遺伝子が連結していたため、本来読むべき配列ではなく、通常15番染色体にあるアクロシンプロモーターの配列を読んでしまい、「15番」と誤認したのです。
これは、FLSに使われたマウスがCAG-GFP以外のGFPが挿入されている可能性を考えなかった為に起きた誤認です。最初から小保方氏を犯人にしようと目論んでいたら、Arc-GFP/CAG-GFPの挿入部位も調べるはずだと思いますが。
一言居士氏は小保方氏について「言ってることには嘘が無い」と書いていますが、何を根拠に言っているのでしょうね。小保方氏の手記には辻褄が合わない点が多々あるのですが、それが正しいというエビデンスでも見つけたのでしょうか。
そもそも、研究不正は「嘘」ではないのでしょうか。
実験していない日に実験したことにするのは「嘘」ではないのでしょうか。
博論の画像データが学位論文に由来することに対し、オリジナルの画像データ上に文字を追加するなどした跡が認められ、この文字について、「私自身も正直、文字があることに気がついていた」旨、小保方氏は述べているわけですが、「あの日」P.143にあるように、疑義が出てから初めて画像の取り違いに気付き、「驚きのあまり全身の温度が下がり、パニックになってしまった」という内容の記述は「嘘」ではないのでしょうか。
因みに、テラトーマのスライドグラス試料には「6weeks+PGA12/27 移植. Haruko」と書かれていましたが、一言居士氏は2011年12月27日に小保方氏が理研に出勤していなければ、小保方氏がES捏造者だと主張していました。
Ooboe氏の情報開示により、小保方氏はその日、理研に出勤していないことが明らかにありましたが、一言居士氏はいつのまにか意見を変え、2011年12月27日に小保方氏は休日出勤していたのだと言い出しましたね。
結局、一言居士氏の中では既にSTAPの答えは出ているのだと思います。
おそらく、彼は誰よりも長く、他の人と比較にならないほど、異常なまでにSTAPに執着している人なのだと思います。彼にとって、STAPは人生の一部なのでしょうから、簡単にこの議論をやめることができないのでしょうね。
＞小保方氏は研究はダメになり職を失い、マスコミに叩かれ大衆に悪口をいわれ精神的苦痛をうけましたね。あの人が自分のせいではないと考えているなら、自分の研究をダメにされたという実体のある被害で威力業務妨害で訴えて警察に捜査を要請できますよ。犯人が判明したなら失ったもの受けた苦痛を金額換算して賠償請求訴訟もおこせますが。それこそなんでしなかったのと、それは犯人だからだと、当時そういう話題になりましたな。そういう話題がもっと盛り上がればよかったとお考えなのでしょうかね、あのばばあは。
plus99%さんの仰る通りですね。
以前、この件に関連して、在米ポスドクさんの意見をご紹介したことがあり、学さんは記事にされていたのですが。https://katura1.blog.fc2.com/blog-entry-969.html
ポスドクさんのコメントを一部引用します。
***********
931. 在米ポスドク
2016年02月24日 01:54
（略）「研究職」のはずの方にこんなことを申し上げないといけないはずはないのですが、科学における立証責任は、疑惑をかけられた側にあります。ご本人が誠実にすべての実験を行っておられた、と仮定して考えて下さい。毎回、酸処理細胞からできた塊を使って、RNA-seqを依頼し、テラトーマを作り、塊を渡してキメラや幹細胞を作ってもらった。その上でできた試料のすべてがES細胞で汚染されていた。状況から考えて、都合良く辻褄があうESが混入する事は考えがたい。特にRNA-seqなどは、少量混入ではなくそっくり入れ替わっている。
もし私なら、即、偽計業務妨害で告訴します。自分が手塩にかけた実験が、何者かによって完全に妨害されたのですよ。細かい時系列が警察の手で解明されれば、混入犯は特定可能でしょう。
**************
捏造に使われた129/GFP ESは小保方氏のフリーザーに入っていました。
小保方氏本人が身に覚えがないものであるなら、何故、訴えないのだと、多くの人が述べていましたね。すぐ近くに弁護士がいるのに、と。
2015年3月23日に理研で野依氏の会見が行われました。
その中で野依氏は『若山さんが虚構を拡大し』と述べました。このことについて『若山先生という達人がマウスを作り、笹井さんがそれを信じ、みんながそれを信じた。若山さんが悪いといっているのではなく、若山さんが手伝ったことでこの論文ができた、ということです』と補足されましたね。野依氏が指摘した『虚構』は誰が作ったのでしょうか。
また、理研が小保方氏を懲戒処分せずに退職させたことについて、研究者から多くの批判がありましたが、これを考えても、科学コミュニティの小保方氏への思いがどのようなものであったのか、想像できるはずだと思います。
会見で、野依氏は、須田氏からの
「小保方さんが退職するさい、はなむけの言葉のようなことを述べたのは？」
という質問に対し、
「私は研究不正があった場合、その人が研究の世界を離れれば、その人格、人柄について、それ以上罰せられるべきではないと考えています」
と答えています。
学さんが小保方氏に対して、「その悪質性に見合うようなバッシングは、科学界からは起きていない。」と感じるのは構いませんが、だからといって、「小保方氏のESねつ造を信じている人は、少ないのだと思う」というのは、私は違うと思います。
野依氏が仰ったように、小保方氏は既に「研究の世界を離れた人」であり、それ以上、罰せられるべきではないと考えている、ということなのだと思います。
アノ姐氏のお話には異存はありませんが、残された痕跡から一卵性双生児の遺伝子を比べてどちらのものか特定しようというのなら、原理的には確実に使えるのはひとつだった受精卵がふたつに分かれたそのときに起こった変異だけですね。それ以降の点変異は後になればなるほど、体の一部の細胞にしかその変異はないからです。残された痕跡がたくさんあればそれを総合して「こちらだろう」といえるでしょうが。犯罪捜査で使えるかというと難しいようですね。
SNPsではなくてCNVを使うのだという記述もありましたがSNPsよりCNVがよい理由を見つけることができませんでした。同じコピー数の多型でも東大東北大がSTAPとESの同定に使ったのはSTRですな。一塩基に起こる変異ではなく繰り返し回数を調べたのですね。変異の進むスピードが速く、減数分裂時に変化が起こることがあるからいいのだそうです。一言居士氏がこれについて吠えているのはなんですじゃろ。
最近DNAのメチル化を調べる方法などが開発されたという記事がありました。
「一卵性双生児の DNA 識別方法、英大学が開発。双子がらみの犯罪捜査に活用」
https://japanese.engadget.com/2015/04/29/dna/
おお、ここでメチル化ですか、と少しのけぞりました。
閑話休題
体内時計氏のリンクしてくれた学ブログの下に和尚とか言う人のおもろいコメントがありますね。
だれも答えないのねとか書いていますが引用元ですでに在米ポスドク氏が答えていますな。
1015. 在米ポスドク 2016年02月25日 04:53
ーーーーこれより引用—-
ESの混入疑惑という分かりやすいテーマについて考えている際に、わざわざ分かりにくい銃の比喩を用いるのは賢いやり方ではありません。あえて乗るならば、実弾が検出されてライフルマークが一致している。渡された銃はおもちゃか本物か？ おもちゃの銃でも撃てるっていうけど何百回試しても撃てなかったじゃん、というのが現在の状況です。見分けがつかないわけないっていうなら渡したおもちゃの銃の写真を見せるべきでしょう。おもちゃの銃のカタログ写真（例えば電顕）を出してこれを渡しました、本物に見えないでしょ、では議論になりません。
ーーー引用終わり—-
在米ポスドク氏の上の比喩がお題に合ってるのかどうかは知りませんが、彼はこのお題に限らず当事者が、本来の土俵でなにがしかする以外に解決の方法はなかったと丁寧に答えつづけていましたな。
外野が「なんとなくあやしいきがするぅー」と合唱して「おぼちゃんはサイコパス」で幕引きになっちゃったと研究職（異分野）氏は言うわけですな。それで解決したと思わないから研究職だかなんだか氏は不満を書き込んでるのだろうに、「なんとなくあやしいきがするぅー」とされたことと同じことをすると解決すると思ってるならアホかと。
「研究職」のはずの方にこんなことを申し上げるのは、というロッソ教授の言葉が言い得て妙。
一言居士氏のコメントです。
＞15番にはCAGは無いと言ってるのに分からないんですね。
もちろん分かっています。だから「誤認」と書いているでしょう？現在もSTAPの議論に参加されている方で、知らない人がいるとは思えませんが。
一言居士氏の該当コメントを全文引用します。
*********************
放医研は何を探していたのでしたかね。
CAG-GFPがどこに有るかですよね。放医研は最初１５番にヘテロで入っていたと報告したことになっている。
でもそこにはGFPは無かった。実際には３番染色体にあったのです。岡部マウスのＡｃｒ-ＣＡＧ-ＧＦＰは３番に有るんです。
ではどうして放医研は１５番染色体にあると言ったのか。３番に有るのは内在性アクロシンプロモーター配列です。
では彼らは若山さんからプロモーター配列を知らされていてアクロシンプロモーター配列を含むプライマーで探していたのだ。若山さんは放医研が岡部マウスのＧＦＰを見つけてくれると期待していたのに放医研は内在性アクロシンのプロモーターを捕まえてしまったのです。
ということはここにある１８番にGFPが無いという結論も間違っている可能性がありますね。放医研はＣＡＧ-ＧＦＰを探しているのではなくてアクロシンＧＦＰを探している結果になっている。１８番にアクロシンプロモーターが無いのは当たり前です。ではＣＡＧ-ＧＦＰは調べ直したか。彼らは３番にＡｃｒ-ＣＡＧがあったと訂正した。では１８番にヘテロで１コピーＣＡＧが入っているか否かを調べたか。
少なくとも報告書は沈黙している。我々のＳＮＰｓ解析の分析では129は「僕のマウス」の片割れであるという結果になっている。つまり１８番にヘテロで１コピーのＣＡＧがあるはずだと。
上の記者会見の説明映像のFLSはアクロシンプロモーターを探した結果です。右のＡＣ１２９等はＣＡＧプロモーターを探している。プライマーが違うんです。もしCAGプロモーターでFLSを調べていたら１５番なんかに見つかるわけがない。そこにはCAGはありません。犯人は若山さんですよね。
***********************
私は生物学を専門に学んだことはありませんので、間違っているかもしれませんが、私が理解していることを述べます。間違っていたらご指摘ください。
GFPの挿入位置を調べるためには、挿入された遺伝子の上流の配列を読むのだと思います。岡部マウスのArc-GFP/CAG-GFPの挿入位置は3番染色体に在ったわけですが、アクロシンプロモーターが付いたGFP遺伝子とCAGプロモーターが付いたGFP遺伝子が連結していたため、本来、アクロシンプロモーターの上流のマウス本来の配列を読まなければならないところ、誤って、アクロシンプロモーターの配列を読んでしまった。また、アクロシンはもともとマウスの15番染色体にある遺伝子だったため、そのような誤認が起きた、とうことだと、理解していますが、間違っているでしょうか。
ところで、一言居士氏の推察だと、若山氏は最初からFLSにArc-GFP/CAG-GFPが混ざっていることを知ってて、GFP遺伝子が3番染色体に在ることを放医研につきとめてほしかった、ということですね。それが放医研が誤認したと。
であるなら、FES1 (129B6F1 GFP FES-1)のラベルを129/GFP ESと書き換え、小保方氏のフリーザーに忍ばせたのも若山氏、と言うことになりますが、何故、若山氏は129/GFP ESと書き換えたのでしょうか。FLSに大田氏が作製したFES1が使われている、ということを明らかにしたいのならば、FES1(129B6F1 GFP FES-1)のままにしておくと思いますが。
何故ですか？お答えください。
因みに、
＞３番に有るのは内在性アクロシンプロモーター配列です。
この意味がよくわかりません。15番ではないですか？
＞では彼らは若山さんからプロモーター配列を知らされていてアクロシンプロモーター配列を含むプライマーで探していたのだ。
この日本語の意味もわかりません。「では」を「つまり」に変えるか、「探していたのだ」を「探していたのだろうか」に変えればわかりますが、学さんの日本語を批判できないですね。
学さんも仰っていますが、一言居士氏の文章は本当に読みにくいです。
また、
＞この人はもと数字君とコンビの岡目何とか君じゃなかったかな。
「岡目」何とかさんが誰なのかわからないのですね。こんな洞察力でSTAPを5年も語っていたなんで、チコちゃんに叱られますよ。
まあどうでもいいですけどね。
わざわざまわりくどく小難しく書いてあるわけですが、
一言居士氏の文章のどこを探しても、CAGを探すプライマーではなく、アクロシンプロモーターを探すプライマーであると考えるほうが他の事実によく合致するような事実は記されていないですね。
従来のCAG-GFPを探すプライマーを使ってああなりこうなったという説明ではここの辻褄が合わないというところもないですし、説明できなかったことを説明できるようになってもいないですな。
それでは一言居士氏の説には、理研の解析に携わった人を騙したのはどのような方法であったか、または理研放医研両方がグルで虚偽を述べているかを示すものがなければ価値がないということですが。
ずるずるとやたら長く、記述もあちこちに分割するばかりで、新たに必要な証明がしてあるんだかないんだかわからない破片がいっぱい詰まってるものを全部読んで辻褄があってるあってないと判断するとかいう暇人はいるのかいないのか。
そのうちに日本人全部グルと言い出したりしそう。
一言居士氏のコメントです。
CDBも同じ解析結果でしたけどね。このように、答えられなくなると、他者を批判したり話をすり替えるのは擁護の方の特徴ですね。
この件について、専門家の方々の意見を見つけましたので引用します。一言居士氏は、この時同じ場所にいたようですが、無反応ですね。
確かに難しい話なので、理解できなかったのかも知れませんが。
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3056. 感想 2016年06月15日 21:18
「有志の会」の記事のコメント欄で、以下のようなコメントを見ました。
9. ヨシオ 2016年06月15日 10:26
> PCRを調べる限り、CAGGFPの存在を確認することはできるが、どこにあるかなんてどうやって見つけるのでしょうか？そんなの途方にくれるでしょう。どこから手をつければいいのかさえわからない。こんなのPCRだけで無理でしょう。シーケンサーなどがあれば別ですが。シーケンサーする資金はない。
> 若山さんはPCRで15番染色体と発表した時点で詰んでると思います。
例えば、ゲノムを制限酵素で断片し環状化して、CAGGFP（既知配列）内部に設計したプライマーから外側に向かってPCRをかければ、CAGGFPに隣接するゲノム配列を増幅し、それをシーケンスすることができます。隣接配列が分かれば、それをマウス全ゲノム配列データ中で配列サーチしてどこの染色体にCAGGFPが挿入されていたのか知ることが出来ます。最初の解析では、この隣接配列に予期しないアクロシンのプロモーター配列が入っていたので、１５番染色体のアクロシンが配列サーチでヒットしてしまったのでしょう。
この場合のシーケンスはPCR断片のサンガー法によるシーケンスになるので、１ランあたり1000円もしないのではないでしょうか。いったん隣接配列が分かれば、その内部に片方のプライマーを新たに設計することで、PCRによって挿入の有無を検出できるようになります。このプライマー対の配列を別の場所に教えれば、そこでも挿入の有無を追試できます（若山氏の場合は、理研での確認に相当）。
私がもし若山氏に第３者機関として依頼されたとしたら、CAGGFPの配列を電子メールで送ってもらい、上のように解析を行うと思います。関わりたくないので、ここに書いておきます。
3059. 在米ポスドク2016年06月15日 23:05
お久しぶりです。
>>3056. 感想 さん
さすがです。たしか、鍋島研が開発した手法（Nature. 1997 Nov 6;390(6655):45-51）ですね。
未知のトランスジーンの場所を特定する方法としては、FISHが第一選択だと思いますが、仰るようにベクターの配列を含んだままトランスジェニックマウスが作成されている場合には、抗生物質耐性遺伝子を上手に利用してクローニングしてシークエンスするのが手っ取り早いですね。
鍋島研の場合は、トランスジーン挿入部位の前と後ろの両方のクローンを得て確定していましたが、アクロシンの検出時は、飽和するほど多くのクローンを拾わなかったのか、それとも、偶然挿入部位の近辺に制限酵素サイトがなかったのかで、前後両方を検出できなかったのでしょう。そもそも、CAG-GFPは挿入されていると思って解析している時に別の配列（アクロシン）が検出されれば、ゲノム上の挿入部位だと思うのは順当でしょうね。境目の部分の配列を注意深く見ればおかしいことに気付けたはずですけども。
http://blog.livedoor.jp/pyridoxal_phosphate/archives/57682248.html#comments
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一言居士氏のコメントです。
一言居士氏はおかしな人ですね。
学さんは「もう、やめましょうよ。非専門家同士で批判しあうのは。」という記事を書いた直後に、「ため息グループのレベル」という誹謗中傷だらけの記事を書いています。
私だったら「大丈夫だろうか？」と不安になるのですが、一言居士氏の認識では「立ち直った」ということになるのですね。
＞私なんか彼らが工作を続けていてくれているから何度でも繰り返し、若山さんが犯人だと繰り返せるわけです。
よく言いますね。自分に都合の悪いエビデンスは無視し、平気で主張を変えているのは皆さんご存知ですよ。
ところで、一言居士氏は「15番」については理解できたのでしょうか。
上記で引用させていただいた、感想さん、在米ポスドクさんの説明がされた後も、一言居士氏はかなり頓珍漢な主張を続けていましたね。敢えてコメントは引用しませんが。
http://blog.livedoor.jp/obokata_file-stap/archives/1062914167.html
体内時計さん
なんとか居士氏はおばあちゃんに絶交されたのでなんとか媚びを売って関係修復したいんでしょ。
実は近いことを言っているのですよと楽器氏言い寄っても主張は違うとはっきり言われ。人の意見を自説の方向へぐいぐい捻じ曲げるからですな。DORA氏にも踏み絵を踏ませようとして出入り禁止でしたな。
一研究者ブログでの感想氏、L氏もこれきりですよと言いましたな。ジム氏もひでたろう氏もご無沙汰ですからね。
さむいんでしょう。
5年を経てなお日本国政府の官僚組織が工作員を雇って隠蔽しようとしている秘密は、若山氏が小保方氏を山梨大にリクルートするためについた小さな嘘であった。
って竜頭ミミズ尾が平気な頭ですからそんなものでしょう。
plus99%さん
＞5年を経てなお日本国政府の官僚組織が工作員を雇って隠蔽しようとしている秘密は、若山氏が小保方氏を山梨大にリクルートするためについた小さな嘘であった。
って竜頭ミミズ尾が平気な頭ですからそんなものでしょう。
同意します。
小保方氏を山梨大に連れて行きたいのなら、若山マウス(129B6F1)でES細胞を樹立し、それでキメラを作ればいいだけなのだと、何人の人も言っているのですけど、それを受け入れたら議論が終わってしまうので、持論を続けるしかないのでしょうね。
5年を経てなお
「左のサンプルを右のプライマーで挟んだら15番にはCAGプロモーターは無いから検出できない筈だよ」
って竜頭シラス尾が平気な頭ですからそんなものなのかも知れません。
体内時計さん
>小保方氏を山梨大に連れて行きたいのなら、若山マウス(129B6F1)でES細胞を樹立し、それでキメラを作ればいいだけなのだと、何人の人も言っているのですけど
それはなんとか居士さんの思考法が理解できていないです（笑）。
普通であれば、ある時点でごまかしを行い、それの発覚を恐れるなら、発覚しにくいように工作すればいいじゃないのと、言うところを、
なんとか居士氏は「小保方無罪」「若山悪人」という結論を先において「発覚してしまったという事実」を解釈しなおしているのです。
だから、
小保方氏の手で「僕のマウス」で作られた正しい細胞(といってもテラトーマ形成能もキメラ形成能もない)を、
若山氏は、「核移植ES」にしてキメラをつくるという不正をし、
それがまだ発覚していない論文作成中に、「発覚した場合小保方氏に罪を着せられるような工作をしていた」になるのです。
そしてこれこれを調べれば真相がわかるのに、理研が故意に調べなかったので「小保方氏は罪を着せられてしまった」となればベターというわけです。
それゆえに、故意に間違ったプライマーを指示して「放医研が間違った解析をするような誘導を行った」というお話ができるのですね。
なんとか居士さんのお話の限りでは「若山氏にとって発覚したほうが得であった」という理由はなにもないように思うので、おかしな行動原理だと思いますね。
そして、発覚したのは、小保方氏の作成した図表がおかしかったからなのですね。しかも最初はティッシュエンジニアリングで見つかったのですね。すぐ後で博士論文にも見つかったのですね。
小保方氏があちらでもこちらでもおかしな図表をつくったり写真の取り違えばかりする人であることが、若山氏が小保方氏を陥れる工作をしなければならない前提条件なのですな。不思議な論理なのです。
ねーえ。
plus99%さん
コメントをありがとうございました。
plus99%さんはいつも、擁護の方々の難解な主張をわかりやすく解説してくださるので、私はとても助かっています。
なんとか居士氏は都合の悪い事はごまかすので、私の頭では理解不能なのですが、plus99%さんが華麗にまとめてくださったので、なんとか居士氏の主張がどれだけおかしいのか、認識することができました。感謝します。
＞それがまだ発覚していない論文作成中に、「発覚した場合小保方氏に罪を着せられるような工作をしていた」になるのです。
面白いですね。だとすると、FES1を129/GFP ESを書き変えたのも若山氏、ということになりますが、若山氏は何故、そのような行為を行ったのでしょうね。
「なるべく、ばれないように」手書きで129/GFP ESと書いたというのでしょうか。自分の筆跡がばれたら小保方氏に罪は着せられないと思いますけど笑
＞そして、発覚したのは、小保方氏の作成した図表がおかしかったからなのですね。しかも最初はティッシュエンジニアリングで見つかったのですね。すぐ後で博士論文にも見つかったのですね。
小保方氏があちらでもこちらでもおかしな図表をつくったり写真の取り違えばかりする人であることが、若山氏が小保方氏を陥れる工作をしなければならない前提条件なのですな。不思議な論理なのです。
ねーえ。
確か、なんとか居士氏は、若山氏は既に小保方氏の博論を読んでいたのだと主張してたような気がします。
「2冊しか製本してなかったのに、どうやって読むの？小保方氏に罪を着せるために、神戸から東京の国会図書館まで行ったとでも？」と突っ込もうかと思いましたが、本当に馬鹿馬鹿しいのでやめた記憶があります（苦笑）