「折り合いがついたのだろうか？」への7件のフィードバック

1. sighさん
   こちらへのコメント欄の移動、了解です。
   今回の一連のArticle論文の件ですが、私は必ずしもExtFig２ｇは捏造だと決めつけているわけではなく、科学的考察を行えばどうなるか？　というものですけど、、
   （理研の不正調査でも全く対象外ですし、少なくとも、私以外でExtFig２ｇの疑義を挙げた人は見たことも無いし、今更、あと一つ不正疑惑を増やしても何の意味もないですしね。）
   そもそもの経緯は捏造の指摘ではなく、次の流れなんですよね。
   すなわち、例のゲル２に関して
   ＞生のデータを読むために、基礎知識を得るのです。
   ＞生データを読めない基礎知識なら、勉学方向に問題あり。
   と学さんが豪語されていたので、
   「Nature誌Article論文における Figure 1i と Extended Data Figure 2g の 電気泳動画像」 という生データを、基礎知識を得たであろう学さんがどう読むのかを質問したのがキッカケです。
   解像度も悪く、少なくともレーン１～５は研究不正と認定された素性の知れないゲル２なんかではなく、
   こちらのNature論文のゲル図を科学的に読めなければ、まともな科学的議論なんてできないでしょ？
   ということで始めた訳ですが、、
   予想されたことですが、結局のところ学さんは「各レーンの違いを瞬時に見比べてみる」とか言って、「STAP細胞にはTCR再構成があることを示している」ということしか読めませんでした。
   生データというのは、非常に多くの情報が含まれており、EXCELで加工されたグラフとは違って、まさに科学的議論の対象として非常に有用なものです。
   そして、Ｌさんが対応してくれたおかげで、私自身も気づかなかった指摘も含めて、非常に有意義な議論ができたと思っています。　（一時、学さんの卑劣な未承認で妨害されましたが、Ｌさんが別サイトに記載してくれたのでまともに続けられました。）
   ただし、科学的議論といっても何かしら個人的な思いにつられたバイアスがあるようにも感じました。（逆から見れば私もそう見えるかもしれませんが）
   Figure 1i と Extended Data Figure 2g の電気泳動画像を比較して、読み取れることを論じる、というお題は、いくつかの論点がありますが、、、
   ●２つの電気泳動画像で「Lymphocytes」のレーンでＧＬバンドの有無の差異がある
   　→　Ｔ細胞の純化処理のプロセスが違うことで説明可能
   　　　（D1J1再構成を起こしたアレルでは、下流のD2J2に限りGLで残る可能性がある）
   ●ExtFig2gでは、レーン２と３で、ＧＬバンドのすぐ下に変なバンドがある（非典型的？）
   　→　（混在するCD90+CD45+造血前駆細胞のGL関連？　　サイズ的にプライマーダイマーではないよね）
   ●ExtFig2gのレーン２と３では、TCR再構成のラダーバンドが相対位置も濃度もほぼ完全に一致してる
   　→　レーン３のSTAP細胞の材料に使ったLymphocytesを残しておいてレーン２にしたので似ていて当然
   　　　（酸浴処理で過半数死滅しても、比率は維持される？？？）
   ●ExtFig2gのレーン２にはGLバンドが明確に見えるが、レーン３のSTAP細胞には見えない。
   　→　酸浴処理でGLバンドを持つ細胞はほぼ全て死滅したと想像すれば説明できる
   とまあ、それぞれの疑問点に対して、小保方氏潔白の視点でそれなりの科学的な説明はされるわけですが、、
   本当の科学的考察とは、それぞれの説明が総合的に整合性をもって成立するか？ということを考察するものだと思いますね。 個々の疑問についてだけ関連論文とか持ち出して説明がつくなんていう浅薄な考察で満足してるのはご自由ですが。
   小保方潔白の前提というバイアスを捨てて、素直に考察した場合、「レーン２はレーン３のSTAP細胞の材料のLymphocytesそのものであり、酸性処理によって、GLバンドを持つ細胞は全て死滅するが、TCR再構成を有する細胞はその比率を全く変えることなく生き残る」ということが起こるということになるのでしょうか？
   ま、せっかく「科学的考察」というのだから、生データという豊富な情報源に関して、科学的に考察したいものですね。
   というのが、一番言いたいことですね。

2. すこし不正確な記載があったので、修正します。
   （誤）
   解像度も悪く、少なくともレーン１～５は研究不正と認定された素性の知れないゲル２なんかではなく、
   　　↓
   （正）
   解像度も悪く、少なくともレーン１～５は研究不正と認定された素性の知れない特許申請図20なんかではなく、

3. 学さんからコメントをいただいていました。

   体内時計さん、TCRの理解ができなければ、STAPは語れません。
   ため息さん、詫摩さん、やっぱりさんの理解は不十分なのがわかりますか？知ったかぶりで皆、突っ張ってますよ。細胞学者も知らないようです。
   TCR多様パターンからの読める細胞背景、GLの予想位置、コンタミとの区別、TCRの場所すらわからずに、わかったふりの以下のため息コメントを味わってください。
   ＞詫摩雅子氏が2014年3月20日 18:04に「ただ、実験条件が書かれていないので（また、私には電気泳動図を解読できるだけの知識が不十分なので）、これがTCR再構成のデータとなっているのかどうかがわかりません。」
   2019/6/5(水) 午前 6:30

   一体、学さんは何を仰りたいのでしょうね。
   「TCRの理解ができなければ、STAPは語れ」ないと仰っている専門家は皆無だと思いますが。
   2014年4月7日の丹羽氏からの説明で、STAP問題を注視していた多くの方々は、TCR再構成を持って、STAP現象の有無を語ることから離れています。
   丹羽氏がどのように仰っていたのか、当時の動画は削除されていましたが、片瀬氏のブログに書き起こしがありましたので、引用します。
   *******************
   丹羽：2倍体キメラから作製したマウスでは、TCR再構成があっても、宿主側のマウスのものと区別がつかない。4倍体キメラだとPCR検出が可能であるが、それがとても微弱な形で出ていたというのが実際のところ。同パターンのTCR再構成が、同じSTAP細胞から作られたSTAP幹細胞でも確認できたらだパーフェクトであったが、そこまで検討が至っていなかった。
   正直、データとして甘い。それは率直に認める。
   一方、TCR再構成のない分化細胞から多能性細胞ができたと考えることも可能で、実際それで査読をパスした。STAP幹細胞にTCR再構成がみられないことは既に分かっていた。
   http://warbler.hatenablog.com/entry/20140902/1409617544
   *********
   また、「捏造の科学者」に『TCR再構成を標識に「分化した体細胞の初期化」を証明するという論文の方法の「弱点」』について、丹羽氏がどの様に解説されたか、詳しく書かれています。
   tea*r*akt2さんのブログに紹介されていた「捏造の科学者」から引用させていただきます。

   「論文では生後一週間のマウスの脾臓から、まず「ＣＤ４５」というたんぱく質を指標にリンパ球を集める。そのうち十〜二十％がＴ細胞で、Ｔ細胞の中でも遺伝子に痕跡を持つのは十〜二十％。つまり集めたリンパ球のうち、ＴＣＲ再構成を持つ細胞は一〜四％しかない。
   　集めたリンパ球の集団からＳＴＡＰ細胞ができる過程を考える。ＣＤ４５を指標に集めた細胞のおおよそ半分がＢ細胞、二十％がＴ細胞、二十％が病原体や死細胞を食べるマクロファージで、それ以外の細胞も若干含まれる。全体の約七十％が酸処理で死に、生き残った三十％の細胞の約半分が初期化されてＯＣｔ４が働き出すというのが論文の主張だ。
   　注意してほしいのは、ＳＴＡＰ細胞の塊は、さまざまな種類の細胞の集団からできており、各種の細胞が混在した性質を残しているということだ。この中には遺伝子に痕跡を持つＴ細胞がいてもほんの一部に過ぎない。
   　さらに、ＳＴＡＰ細胞の塊を十〜二十個の細胞の小さな塊に切り分けて受精卵に注入し、キメラマウスを作る。ＥＳ細胞での実験の経験から考えると、十〜二十個のＳＴＡＰ細胞のうち、キメラマウスの体になっていく細胞はおそらく数個程度だ。その数個の中で、遺伝子に痕跡を持つＴ細胞があるかどうかはかなり確率論的な問題になることは我々も理解していた。
   同じことがＳＴＡＰ幹細胞の樹立過程でも言える。ＴＣＲ再構成がＳＴＡＰ幹細胞の段階でどこまで残るかというのは、現在いろいろと問題として指摘されている。三月六日に発表したＳＴＡＰ細胞作製のプロトコル（実験手技解説）の中で示したように、ＳＴＡＰ幹細胞八株にはＴＣＲ再構成がなかった。
   このような観点から考えると、論文の手法に沿ってリンパ球から初期化がどのように起こるかを検討するのは重要な課題だが、それだけをもってＳＴＡＰ現象が存在するか否かを厳密に検討することは極めて困難だ。」（ｐ159-160）

   https://blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/16281385.html
   たまたまですが、上記の記事で学さんがコメントされていたのを見つけました。あのころの謙虚な学さんに戻って頂きたいという願いを込めて、以下、引用します。

   私は専門家ではありませんが、私に読んだ文献によると、細胞の未分化性の獲得の過程は、まず、①テラトーマをつくれる（これは奇形種と呼ばれ、正常な構造でなく、分化と未分化組織が混じる）、次は②キメラを作れるか（正常細胞から作られた組織と万能細胞由来組織が混じる。今回は胎盤を作れるかが争点）、最後は、完全な個体を作れるかですが、完全個体では免疫細胞も働くので、TCRの再合成能も含みます。今回のTCR議論は、STAPが元の脾臓細胞（リンパ球）由来のTCR再編成能を維持したままSTAP細胞となったかが議論の的。
   2015/2/22(日) 午後 7:48

   2015年2月、学さんは「STAPが元の脾臓細胞（リンパ球）由来のTCR再編成能を維持したままSTAP細胞となったかが議論の的」と仰っていますが、STAP論文におけるTCRについては、「文献」ではなく丹羽氏の言葉でお考えください。

4. sighさん、yap*ari*w*katt*na*さん
   学さんは以下のように仰っています。

   私は間違える事はあります。しかし、自信がなくても、当てずっぽうで文章を書くなどと言う事を、私はしたことはありません。屑呼ばわりのあなたに対し、私は答えません。
   2019/6/4(火) 午前 8:10

   https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15961702.html#15961965
   「私は間違える事はあります。」と仰っているので、それが学さんの折り合いの付け方なのだと、私は理解しました。

5. 体内時計さん
   学さんは以下のように仰っています。

   私の説は、“誰が何をしたかわからない”というものです。
   結論を導くのは困難だ”というものです。
   2019/6/2(日) 午後 8:13　

   https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15961107.html
   学さんは「誰が何をしたかわからない」と仰っているので、それが学さんだと、私は理解しました。（笑）

6. なんだか、デタラメばかりでもう突っ込むのさえ嫌になってきますね。
   2019/6/6(木) 午後 1:16 学とみ子
   「桂報告書が決定した小保方氏の不正行為は、本人が抗議しない限り、正しいこととして通用するのが社会のルールです。
   つまり、彼女はねつ造した人となりますが、」
   ここまではいいでしょ。つまり、学とみ子は小保方氏が捏造したとして問題ないと言っているんですよね？
   「ES派が悪意を持って広げたESねつ造とは全く質の異なる研究不正です。」
   はて「ES派が悪意を持って広げたESねつ造」とは、誰が何時どのように発言したことを根拠に言っているんでしょね。質がどのように違うのかわからないのですが、ともかく、学とみ子は小保方氏が研究不正したことは認めているようです（2017/4/5には小保方捏造説を否定していましたからね＊）。ES細胞で説明できるというのが桂委員会の結論ですけど、このことを持って「悪意を持って結論を捏造した」とでも言うのでしょうかね。学とみ子の頭の中の妄想で記事を書いたりコメントしてほしくないですね。
   「特に増殖実験は、複数回で複数の人たちが関係して出したデータかもしれません。こうした実験責任に対し、小保方氏が一切触れないのは、本人しかわからない事情があると思います。」
   小保方氏は桂委員会の調査では自分で実験したと言っていて、捏造と判定され（報告書１７，１８ページ）、御本人も異議を唱えていないんですけど。報告書すら読めず、頭の中で妄想を作りあげているとしか言えないですねぇ。
   ＊「世の中に、なぜねつ造論を信じられる人がいるのであろうか？むしろ、そこに疑問を感じる。」という学とみ子の記事のコメントを読んでいたらyap*ari*w*katt*na* さんが初めて学とみ子ブログにコメントしていました。学とみ子にはその主張の「根拠を示せ」というものです。当方が以前から、学とみ子に言っていたことと全く同じですねぇ。
   yap*ari*w*katt*na* さんだけでなく、桂報告書をしっかり読め、都合のいいように解釈するなとのコメントがありますね。２年も経過したのに、全く変化がないというのも素晴らしいことなのかもしれませんな。

7. ・（不正認定で撤回された論文の）STAP細胞も論文と離れた学とみ子氏解釈。
   ・筆頭著者本人の言と異なる内容を「小保方氏は、（中略）事情がある、と（学とみ子は）思います」と推測の末尾をつけながら主張し続ける。
   学さんにとっては、STAPも小保方氏も、実はどうでもよいのでは無いですか？
   これほど、小保方氏が言っている事と違う内容を言い続けるのですから。
   学とみ子さんが＝ネット上だけの実体のない人格と、学とみ子本人だけが思い込んでいる妄想にすぎませんが＝好き放題言い放ち、しっかりした論拠を述べる人々を貶め、不承認、承認の権利を振りかざせる空間が心地よいのでしょう。
   ため息先生の、先日の美味しそうで楽しそうだった「女子会」に学さんが参加していれば、実社会で楽しい事を経験する事ができ、一人芝居の儚い力を振る、勝手な推測の世界から目が覚めるのではございませんでしょうか。
   そちらでご参加の女性方に、学さんお得意の上から目線での行動をしてみたら面白いのでは？